Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400842.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4012.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1686
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.24
Warning! 561 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:297 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--944 Score: 987
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
* * ** *
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGC-CTCAATAAATGTGAAGAAAAAAGCATACA
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACACT-AAGAAACATGAAGAAAAAA-CATTCA
* * ** *
65 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCAAATTCCCTT-AAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATT
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATT-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* *
129 GTTTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTTCAC-
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACA
* * * * * *
171 TTTCTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATATTTACACTGAGAAACCTGAAGAAACAAACATTCA
1 TTT-TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACACTAAGAAACATGAAGAAA-AAACATTCA
* ** * *
236 TTGGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCTGTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATTG
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG
* * * *
301 TTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGCTAACTTTTTTTCACA
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTCACA
* * * * *
344 ATTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGC-CTAGGGAAACATGTAGAAAAAATCATCC
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACACTA-AGAAACATGAAGAAAAAA-CATTC
* * * *
407 ATTGAG-AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTCAAA
63 ATTG-GCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
** *
470 TAATTTTATAATCT-TTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT-ACA
126 TTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTCACA
* * * * * * *
514 TTTTTAGTTAAAATAGACTATATTTGAATGTGTAC-CAATAGAAACATAAAGAAACAAGCATTCA
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACACTA-AGAAACATGAAGAAA-AAACATTCA
* * *
578 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCTTATTCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATT
* * * *
642 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGATGAATTTTTTCACT
128 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACA
* * ** *
685 TTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTAAAGAAACGTGAAGAAACAGGCATTTA
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACACT-AAGAAACATGAAGAAA-AAACATTCA
* * * * * *
749 TTAGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTG
* * *
814 TTTTATAATATCACAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTCACA
129 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACA
*
856 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCAC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCA
1 TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA-CACTAAGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCA
* * *
920 TTGGAAAGAAAAATCCATTTATAGT
64 TTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGT
945 GACCCATTCC
Statistics
Matches: 638, Mismatches: 112, Indels: 47
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 126 0.20
171 389 0.61
172 119 0.19
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACACTAAGAAACATGAAGAAAAAACATTCATT
GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTCACA
Found at i:628 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 2--943 Score: 1123
Period size: 342 Copynumber: 2.8 Consensus size: 339
1 T
* *
2 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTCAATAAATGTGAAGAAAAAAGCATACATT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATACATT
* * * *
67 G-GCAAGAAAAGTCCATTTATATTCTCAAATTCCCTTAAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATTGT
65 GAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATT-CCTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
*
131 TTTATAATCTTATAATTGATTTTGAGTTAAATTTTTT-CACTTTCTTAGTTAAAACAGACTATAA
129 TTTATAATCTT-TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACA-TTT-TTAGTTAAAACAGACTATAA
* * * * * * * *
195 TTAAATATTTA-CACTGAGAAACCTGAAGAAACAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTACTTATA
191 TTGAATGTCTACCAAT-AGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
* *
259 GTCTGTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTT
255 GCCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTT
*
324 TAAGCT-AACTTTTTTTCACAA
320 TAAGATGAA--TTTTTTCACAA
* * * * *
345 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTAGGGAAACATGTAGAAAAAATCATCCAT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TGCCTA-AGAAACGTGAAGAAAAAAGCATACAT
* * * * * *
409 TGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTCAAATAA
64 TGAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* *
473 TTTTATAATCTTTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATATT
128 TTTTATAATCTTTAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
* *
538 TGAATGTGTACCAATAGAAACATAAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGC
192 TGAATGTCTACCAATAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGC
* * * *
603 CTCTTATTCCTTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
257 CTCTTATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTTT
* **
667 TAGATGAATTTTTTCACTT
321 AAGATGAATTTTTTCACAA
* * * * **
686 TTTTGGTTCAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTAAAGAAACGTGAAGAAACAGGCATTTATT
1 TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATACATT
* * *
751 -AGCAACAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
65 GAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTCC-TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** * *
815 TTTATAATATCACAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTTCACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAAT
129 TTTATAATCT-TTAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAT
* *
880 TGAATGTCTACCACA-AGAAACATGAAGAAA-AAGGCATTCATTGGA-AAGAAAAATCCATTTAT
192 TGAATGTCTACCA-ATAGAAACATGAAGAAACAA-GCATTCATT-GACAAGAAAAGTCTATTTAT
942 AG
254 AG
944 TGACCCATTC
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 68, Indels: 37
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.00
341 121 0.24
342 252 0.49
343 135 0.26
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATACATTG
AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCAATTCCTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTT
TATAATCTTTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCAATAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTAATTTTAAGAT
GAATTTTTTCACAA
Done.