Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397612.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_482.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 548 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1120 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 5--3555 Score: 2017
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1 TTGA
* * * * **
5 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAACAAG
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70 AAAAGTCTATNNNNNNNNNNCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCATTTTAAAAAGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * *
135 TCT-AATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACAATTTTGG
130 TCTCAA-AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* ********** * **
176 TTAAAACAGACTATAATTGNNNNNNNNNNTTAAGAAATGTGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
241 AAAAGTCTATTTCTAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATCA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * ** * * * *
306 TCACAAAATTCATTTTAAACTCAATTTTTTTTTGCATGTTTAG
130 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT--ATTTTTGG
* ** * * *
349 TTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTC-TAAGAAA-ATGTGTAGATAAAGCCATTCATTTGG-
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAG-CATTCA-TTGGC
* * * ********** *
411 AAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTCTCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTA
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * *
476 TAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAAGTTTTTCACATTTTTCG
127 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * *
520 TTAAAACTGACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAGAAACGTATTGACTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * * *********** *
585 AAAAGTCTATTTATTGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATTA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * **
650 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTTTAA
130 TCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGG
* * ** * *
692 TTAAAACTGATTATAGTTGAATG-CTTGCTTCGTGAAACAT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGGGA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGA-AGAAAAAG-CATTCATTGGCA
* * * *
755 AGATAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATAGTTTTAT
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * *
820 TATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTTTCACATTTCTAG
128 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTT-TTTT-ATATTTTTGG
* * * * **
866 TTAAAACAGATTATAATTGAATTTCTAGCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTAGCCATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * *
931 AAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTTGCTTACTCACTTTAAACAGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
995 ATCTCACAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTATATTTTTGG
129 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
** * * ** *
1037 TTTGAACAGATTATAATTGAATGCCTACCATGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* *
1102 AAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTC-CTCTGTCAAATAGGTTTA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-T-T-AAATA-GTTTT
* * * * * * *
1165 ATTAGTTCTCCGAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAG
126 A-TA-ATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTGG
* * * * ** *
1214 TTAAAACAGATTATAACTGATTGTCTAGCTTGAAAAACATGAAGAAAAATATATTTATTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
1279 AAAACTCCATTTATAGTCAACCATT-TTTGCAAAACCCTTGTTACTCACTTTAAATTGTTTTATA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* * **
1343 ATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA
129 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * *
1384 TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTT-AGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-A
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTCA-TTGGCA
* * * * * *
1447 AGAAAAGTTCACTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAAT-GATTTTA
63 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTA
* *
1511 TAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TCATTTTTGG
127 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAT-ATTTTTGG
* * * * *
1555 TTAAAACAGATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAGAAACGTGAAGTAAAAAGTAGTCATTGACAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAA
* *
1619 GAAAAGTCCATTTATAATCACCCAATT-CTTCAAAAAG-CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
** * * *
1682 TAGA-CTCGTAATTGA-TTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTG
127 TA-ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * *
1725 TTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTTGCCTATGA-AAACGTG-TGAAAAAAGCAATTCATTTGG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCT-TGAGAAACATGAAG-AAAAAGC-ATTCA-TTGG
* * ** ** ** *
1787 -AAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTTTTCAAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTT
61 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTT
* * * * *
1850 TACAATCGCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTTACATTTCTGG
125 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATT-TTTTTATATTTTTGG
* * * * *
1898 TTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAGCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCCTTGGCAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAG
* * * *
1963 AAAAGTCTATTTGTAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
*********************** * *
2028 TC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTAG
130 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * *
2068 TTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAAACATGAAGTAAAAGGCATTCATTGGAAAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * **
2133 AAAAGGT-CATTTATAGTCACCTATTCCTTCGATAGCCTTATTACTCGTTTTAAA-AGGTTTTAT
65 AAAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-GTTTTAT
* ********** * *
2196 AATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTTTACATTTTTGA
128 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* **
2239 TTAAAACAGATTATAATTGAATCG-CTACTTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAA
**********
2303 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTAT
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTAT
** * * *
2367 AATCTCAAAATTGATTTTATTTTAAATTCTTTGTACATTTTTAG
128 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * * * **
2411 TTAAAGCATATTATAATTGAGTATTTACCTTGAAAAACAGGAACAAAAAGATATTCATTGTTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* * ********** ** * *
2476 AAAAGTCTATTTATTGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGTAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * **
2541 TCTCATAGTTGA-TTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTTTCA
130 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * *
2581 TTAAAATAGACTAT-ATTGAATG-CTTCCCTT-AGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTC-TACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAG-CATTCA-TTGGC
* * * * * *
2642 AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGGC-TTAAATGGTTTT
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTT
* * * * *
2706 ATAATCTCAAAATTTATTGTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAG
126 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * ** * * * * * *
2752 CTGAAACAGATTATAATTAAATGTTTACCTAGAGAAAGGTCAAGGAAAAGGTATTTATTAGTAAG
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * * * * *
2817 AAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTGACTTTAAATGGTATTACAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * * * *
2882 TCTGAAAACTGATTTGAACTTCAATTTTTTTAACATTTTTGG
130 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-ATATTTTTGG
* * * * *
2924 TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GCAA
* * * * * * *
2987 GAAAAGTCCAATTATGGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCTAATTAGT-AGCTTTAAAT-GATTTTA
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATAG-TTTTA
********** ** * **
3050 TAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTT-TTTTTTTTTACATTTTTCA
127 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
** ** * *
3093 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCAAGAAACAAGAAAAAAAAAAGCATTCATTGGCAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * * * * **
3158 GAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTANN
64 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
******** * * * *
3223 NNNNNNNNATTGATTTTACGTTCAATTTTTTTTGTATTTTTAG
129 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTATATTTTTGG
* * *
3266 TTAAAATAGATTATAATTGAATGCCTACCTT-AGAAA-ATGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACA--TGAAGAAAAAG-CATTCATTG-GC
* * * * * ***** ** ** * *
3328 AACAAAAGTCTATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAATTTGGTATTACTTGCTTTTGATGGTTTCA
62 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
** * * * *
3393 TAATCGAAAAATTAATTTT-AGTTTGATTTTTTTTACATTTTTGG
127 TAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTATATTTTTGG
* * * * * * * *
3437 TTAGAACAGATTATAATTGAATGTGTACCCTGGGAAACATCAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAA
1 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* * **
3502 AAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
65 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
3556 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2557, Mismatches: 709, Indels: 228
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 141 0.06
170 425 0.17
171 900 0.35
172 534 0.21
173 284 0.11
174 132 0.05
175 16 0.01
176 23 0.01
177 93 0.04
178 6 0.00
179 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGG
Found at i:1700 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 215--3555 Score: 1690
Period size: 343 Copynumber: 9.7 Consensus size: 343
205 TTAAGAAATG
* * * * * * *
215 TGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTT
* * * * * ** * * *
280 ATTACTCAATTTAAATGGTTTTATCATCACAAAATTCATTTTAAACTCAATTTTTTTTTGCATGT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT--ATTT
* * ** * ** *
345 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGCCTGTCTAAGA-AAATGTGTAGATAAAGCCATTCATTT
128 TTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTT
* * * ********** * *
409 GGAAGAAAAGTCCATTTAAAGTC-TCTCATTCCTTCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTT
193 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATT
* * * * * * * * * *
473 TTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-GTTTTTCACATTTTTCGTTAAAACTGACTATAAT
257 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAAT
* *
537 TGAATGTCTACCTT-AAGAAACA
322 TGAATATCTAGCTTGAA-AAACA
* * * * * * * * *
559 TGAAGAGAAACGTATTGACTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTT
********** * * * *
624 ATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTT
* * * ** * * * *
689 TAATTAAAACTGATTATAGTTGAATG-CTTGCTTCGTGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGG
129 TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * *
753 GAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACATTAAAT-AGTT
194 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGA-TT
* *
816 TTATTATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTCTTTTCACATTTCTAGTTAAAACAGATTATA
257 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTT-TTTT-ACATTTCTAGTTAAAACAGATTATA
*
881 ATTGAATTTCTAGCTT-AAGAAACA
320 ATTGAATATCTAGCTTGAA-AAACA
* *
905 TGAAGAAAAAGGTAGCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTG
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTT-
* ** * * * * *
970 CTTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCACAACTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTATATTTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
** ** * * ** * *
1035 GGTTTGAACAGATTATAATTGAATGCCTACCAT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCA-TTGA
130 AATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTG-
* * * * * *
1098 CAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCCTCTGTCAAATAGGT
194 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-CTCT-TTAAAT-GAT
* * * * * * * *
1162 TTAATTAGTTCTCCGAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTA
256 TTTA-TA-ATCT-CAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTA
* * *
1227 TAACTGATTGTCTAGCTTGAAAAACA
318 TAATTGAATATCTAGCTTGAAAAACA
** * * * * * *
1253 TGAAGAAAAATATATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAACCATT-TTTGCAAAACCCT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT-CAAAA-GCT
* *
1317 TGTTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
64 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT
* *
1381 TCATTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAG-GAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTG
129 TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * *
1445 GAAGAAAAGTTCACTTATAGTCTCCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTT
194 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTT
* * *
1510 ATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTT-CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
259 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTG
* *
1574 AATATCTA-CTTCGAGAAACG
324 AATATCTAGCTT-GAAAAACA
* *
1594 TGAAGTAAAAA-GTAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAATT-CTTCAAAAAGC
1 TGAAG-AAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATTCCTTC-AAAAGC
* *
1657 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCGTAATTGA-TTTAAGCTGAATTTTTTTATATT
63 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT
** * * * *
1720 TTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCC-TATGA-AAACGTGT-GAAAAAAGCAATTCA
127 TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTA-GAGAAACATGTAG-AAAAAGCCATTCA
* * * * ** * * *
1782 TTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTTTTCAAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAAAGG
190 TTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGA
* * * *
1847 TTTTACAATCGCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTAT
255 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTAT
1912 AATTGAATATCTAGCTTGAAAAACA
319 AATTGAATATCTAGCTTGAAAAACA
* * * * * *
1937 TGAAGAAAAAGGCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTAACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTT
*********************** *
2002 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT
* * * *** * * * *
2066 AGTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTT-GGGAAACATGAAGTAAAAGGCATTCA-TTGG
130 AATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG
* * * * * *
2129 AAAAAAAAGGT-CATTTATAGTCACCTATTCCTTCGATAGCCTTATTACTCGT-TTTAAAAGGTT
195 -AAGAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTC-TCTTTAAATGATT
* ********** *
2192 TTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAA-TTTTTTTACATTT-TTGATTAAAACAGATTATAA
257 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAG-TTAAAACAGATTATAA
** * **
2255 TTGAATCGCTA-CTTTGAGAAAGG
321 TTGAATATCTAGC-TTGAAAAACA
** * **********
2278 TGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAGCCTT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CTT
* * ** * * *
2343 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTATTTTAAATTCTTTGTACATTTT
65 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTT
* * * * * *** * * * * **
2408 TAGTTAAAGCATATTATAATTGAGTATTTACCTT-GAAAAACAGGAACAAAAAGATATTCA-TTG
129 TAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTG
* * * * ********** *
2471 TTAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTT
194 -GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAATGATT
* * * * * * * * *
2535 TTGTAATCTCATAGTTGA-TTTAAGTTGAA-CTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGACTAT-A
257 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCT-AGTTAAAACAGATTATAA
* ** *
2596 TTGAAT-GCTTCCCTT-AGGAAACA
321 TTGAATATC-TAGCTTGA-AAAACA
* ** * * * * *
2619 TGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCTTTTATAGTCTCCCATTCTTTTAAAAGCCT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG-CT
* * * * * *
2683 TATTACTCGGC-TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTGTAAGTTCAATTTTTTTTACATT
64 TATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATT
** * * * ** ** ** * ** *
2747 TTTAGCTGAAACAGATTATAATTAAATGTTTACC-TAGAGAAAGGTCAAGGAAAAGGTATTTATT
127 TTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT
* * * * * * * ** * *
2811 AGTAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAAAAGTCTTATTACTGACTTTAAATGGTA
192 TGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATT
* * * * * * * * *
2876 TTACAATCTGAAAACTGATTTGAACTTCAATTTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAAT
257 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAAT
* * * *
2941 TGAATGT-TTGCCTTG-GAAACG
322 TGAATATCTAG-CTTGAAAAACA
* ** * * * * * *
2962 TGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCAATTATGGTCTCTCATTCCTTCAAAACCCT
1 TGAAGAAAAAGGTAGTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-GCT
* * * ********** ** *
3026 AATTAGT-AGCTTTAAATGATTTTATAATCTCANNNNNNNNNNTAAGTT-TTTTTTTTTACATTT
64 TATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTT
* * * ** * * * *
3089 TTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATATCA-AGAAACAAGAAAAAAAAAAG-CATTCA-
128 TTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATG--TAGAAAAAGCCATTCAT
* * * * * * *
3151 TTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATGG
191 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGA
********** * ** * *
3216 TTTTANNNNNNNNNNATTGATTTTACGTTCAATTTTTTTTGTATTTTTAGTTAAAATAGATTATA
255 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATA
** * **
3281 ATTGAATGCCTACCTT-AGAAAATG
320 ATTGAATATCTAGCTTGA-AAAACA
* * * * * * * *
3305 TGTAGAAAAA-GTCATTCATTGAG-AACAAAAGTCTATTTATGGTCTCCTATTCCTTCAAATTTG
1 TGAAGAAAAAGGT-AGTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA--AG
* ** ** * ** * * * *
3368 -GTATTACTTGCTTTTGATGGTTTCATAATCGAAAAATTAATTTT-AGTTTGATTTTTTTTACAT
62 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTATAT
** * * ** * * ** **
3431 TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTGTACCCT-GGGAAACATCAAGAAAAAGATATTCA-
126 TTTTAATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCAT
* * *
3494 TTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAA
191 TTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCT-CTTTAAA
3556 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2317, Mismatches: 586, Indels: 189
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.01
341 645 0.28
342 241 0.10
343 718 0.31
344 172 0.07
345 108 0.05
346 140 0.06
347 117 0.05
348 132 0.06
349 11 0.00
350 20 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (343 bp):
TGAAGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA
ATTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAGAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTAT
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAA
TATCTAGCTTGAAAAACA
Found at i:2137 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 656--2026 Score: 1150
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 338
646 ATTATCTCAA
* * * * * * * *
656 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTTTAATTAAAACTGATTATAGTTGAATGCTT-GC
1 AATTGA-TTTAAGCTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACC
* * * * * *
720 TTCGTGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGATAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
64 TT-G-GAAACAT-GAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAAAAAAGT-CATTTATAGTCTCCTATT-CT
* * * *
785 TT-AAAAGCCTTATTACTCACATTAAATA-GTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
124 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT
* * *
848 TTCTTTTCACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTCTAGCTT--AAGAAACATGAAG-
188 TT-TTTT--CATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAA-AAACATGAAGT
* * * * * * *
910 AAAAAGGTAGCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCC-ATTCCTTC-AAAAGCTTGCTT
248 AAAAA-GCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATT-CTTCAAAAAGCTT-ATT
** **
973 ACTCACTTTAAACAGTTTTATA-ATCTCAC
310 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCGT
* * * * * * ** * * *
1002 AACTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTATATTTTTGGTTTGAACAGATTATAATTGAATGCCTACCA
1 AATTGA-TTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT
** * * * *
1067 TGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCA-TT-GACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATTCCT
65 TG-GAAACATG-AGAAAAAGGCATTCATTTGGA-AA-AAAAGT-CATTTATAGTCTCCTATTCTT
* * * *
1130 TCAAAAGCCTTA-TACTC-CTCTGTCAAATAGGTTTAATTAGTTCTCCGAAATTGATTTTAATTT
125 TCAAAAGCCTTATTACTCGCT-T-T-AAA-AGGTTTTA-TA-ATCT-CAAAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * *
1193 GAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTGATTGTCTAGCTT-GAAAAACATGAA
183 CAATT-TTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAAAAACATGAA
** * * * * * * ** *
1257 G-AAAAATATATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAA-CC-ATTTTTGCAAAACCCTTG
246 GTAAAAA-GCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAAT-AACCCAATTCTT-CAAAAAGCTTA
* *
1319 TTACTCACTTTAAATTGTTTTATA-ATCTCAT
308 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCGT
* * *
1350 AATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCT
1 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT
* * * *
1414 TAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTTCACTTATAGTCTCCAATTCTTTC
65 T-GGAAACATG-AGAAAAAGGCATTCATTTGGAAAAAAAG-TCATTTATAGTCTCCTATTCTTTC
* * * *
1479 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
127 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * *
1544 TTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCGAGAAACGTGAAGTAAAAAGTAG
192 TTCATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACTTCGAAAAACATGAAGTAAAAAGCAG
*
1609 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAATTCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAA
257 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATTCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAA
1674 TGGTTTTATAGACTCGT
322 TGGTTTTATAGACTCGT
* *
1691 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTA
1 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT-
* * * * * *
1756 TGAAAACGTGTGAAAAAAGCAATTCATTTGGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTTTTCA
65 TGGAAACATGAGAAAAAGGC-ATTCATTTGGAAAAAAAGT-CATTTATAGTCTCCTATTCTTTCA
** * *
1821 AAAGAGTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTACAATCGCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTT
128 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTT
1886 TTACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAGCTT-GAAAAACATGAAG-AAAAAGG
192 TT-CATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAAAAACATGAAGTAAAAA-G
* * * * * *
1949 CATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTAACCC-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACT
254 CAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATT-CTTCAAAAAG-CTTATTACTCACT
2012 TTAAATGGTTTTATA
317 TTAAATGGTTTTATA
2027 ATCNNNNNNN
Statistics
Matches: 849, Mismatches: 137, Indels: 81
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 12 0.01
341 265 0.31
342 49 0.06
343 112 0.13
344 16 0.02
345 92 0.11
346 25 0.03
347 111 0.13
348 128 0.15
349 16 0.02
350 21 0.02
351 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT
GGAAACATGAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAAAAAAGTCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAA
GCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTCA
TTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACTTCGAAAAACATGAAGTAAAAAGCAGTCAT
TGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATTCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGGT
TTTATAGACTCGT
Found at i:2146 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 656--2318 Score: 1136
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 339
646 ATTATCTCAA
* * * * * * * *
656 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTTTAATTAAAACTGATTATAGTTGAATGCTT-GC
1 AATTGA-TTTAAGCTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACC
* * * * * *
720 TTCGTGAAACATATAGAAAAAGCCATTCATTGGGAAGATAA-GTCCATTTATAGTCACCTATTCC
64 TT-G-GAAACAT-GAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAAAAAAGGT-CATTTATAGTCTCCTATT-C
* * * *
784 TTT-AAAAGCCTTATTACTCACATTAAATA-GTTTTATTATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
124 TTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * *
847 TTTCTTTTCACATTTCTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATTTCTAGCTT--AAGAAACATGAAG
188 TTT-TTTT--CATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAA-AAACATGAAG
* * * * * * *
910 -AAAAAGGTAGCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCC-ATTCCTTC-AAAAGCTTGCT
248 TAAAAA-GCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATT-CTTCAAAAAGCTT-AT
** **
972 TACTCACTTTAAACAGTTTTATA-ATCTCAC
310 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCGT
* * * * * * ** * * *
1002 AACTGATTTTAGGTTAAATTTGTTTATATTTTTGGTTTGAACAGATTATAATTGAATGCCTACCA
1 AATTGA-TTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT
** * * * *
1067 TGAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCA-TT-GACAAGAAAA-GTACATTTATAGTCACCCATTCC
65 TG-GAAACATG-AGAAAAAGGCATTCATTTGGA-AA-AAAAGGT-CATTTATAGTCTCCTATTCT
* * * *
1129 TTCAAAAGCCTTA-TACTC-CTCTGTCAAATAGGTTTAATTAGTTCTCCGAAATTGATTTTAATT
125 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCT-T-T-AAA-AGGTTTTA-TA-ATCT-CAAAATTGATTTTAAGT
* * * * * * * * *
1192 TGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAACTGATTGTCTAGCTT-GAAAAACATGA
183 TCAATT-TTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAAAAACATGA
** * * * * * * **
1256 AG-AAAAATATATTTATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAA-CC-ATTTTTGCAAAACCCTT
246 AGTAAAAA-GCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAAT-AACCCAATTCTT-CAAAAAGCTT
* * *
1318 GTTACTCACTTTAAATTGTTTTATA-ATCTCAT
308 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGA-CTCGT
* * *
1350 AATTGATTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAGACTATAATTGAATGCCTACCT
1 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT
* * * * *
1414 TAGGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTTCACTTATAGTCTCCAATTCTTTC
65 T-GGAAACATG-AGAAAAAGGCATTCATTTGGAAAAAAAGGTCATTTATAGTCTCCTATTCTTTC
* * * *
1479 AAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * *
1544 TTCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTCGAGAAACGTGAAGTAAAAAGTAG
193 TTCATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACTTCGAAAAACATGAAGTAAAAAGCAG
*
1609 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCAATTCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAA
258 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATTCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAA
1674 TGGTTTTATAGACTCGT
323 TGGTTTTATAGACTCGT
* *
1691 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTA
1 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCT-
* * * * * *
1756 TGAAAACGTGTGAAAAAAGCAATTCATTTGGAAAAAAA-GTCCATTTATAGTCTCTTATTTTTTC
65 TGGAAACATGAGAAAAAGGC-ATTCATTTGGAAAAAAAGGT-CATTTATAGTCTCCTATTCTTTC
** * *
1820 AAAAGAGTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTACAATCGCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TT
1885 TTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTAGCTT-GAAAAACATGAAG-AAAAAG
192 TTT-CATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTA-CTTCGAAAAACATGAAGTAAAAA-
* * * * * *
1948 GCATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTGTAGTAACCC-ATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCAC
254 GCAGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATT-CTTCAAAAAG-CTTATTACTCAC
**
2011 TTTAAATGGTTTTATA-A-TCNNNN
317 TTTAAATGGTTTTATAGACTC--GT
******************* * * * **
2034 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTT
1 AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT
* * *
2099 GGGAAACATGAAGTAAAAGGCATTCA-TTGGAAAAAAAAGGTCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
66 -GGAAACATG-AGAAAAAGGCATTCATTTGG-AAAAAAAGGTCATTTATAGTCTCCTATTCTTTC
* * * * **********
2163 GATAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGANNNNNNNNNNAATTTTTT
128 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT
* * * * ** * * **
2228 TACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATCGCTACTTTGAGAAAGGTGAAG-AAAAAGACA
193 TTCATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACTTCGAAAAACATGAAGTAAAAAG-CA
* *
2292 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
257 GTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
2319 GTCACCCANN
Statistics
Matches: 1064, Mismatches: 206, Indels: 99
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 16 0.02
341 338 0.32
342 59 0.06
343 232 0.22
344 25 0.02
345 92 0.09
346 25 0.02
347 110 0.10
348 128 0.12
349 16 0.02
350 21 0.02
351 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
AATTGATTTAAGCTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTACCTT
GGAAACATGAGAAAAAGGCATTCATTTGGAAAAAAAGGTCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTC
ATTTCTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACTTCGAAAAACATGAAGTAAAAAGCAGTCA
TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATAACCCAATTCTTCAAAAAGCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAGACTCGT
Done.