Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397289.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_121.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 741006
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.10, T:0.23
Warning! 251738 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 2
Found at i:849 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5--1582 Score: 1257
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 169
1 TTGC
* * * ** * * * * **
5 TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACATGAGGAAGAAAC
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATG-TTTACTTCGAAAACGTGAAGAA-AAGG
* * * * **********
70 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATNNNNNNNNNN
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
** * * *
135 AAATAATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAACTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** *
176 TTTTATATTTTTAGTTAGAATATATTATAATTAAATG-TTGGTTGGGAAAACGTGAAGAACAAGG
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTACTT-CGAAAACGTGAAGAA-AAGG
* * *
240 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACAAATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTAGCTTT
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * **********
305 AAATGGTTTTAAAATCTTATAATTGATTNNNNNNNNNNTTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * **
346 TTTTACATTTTTAGTTAGAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAATGTGAAGAAAAAAA
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTCGA-AAACGTGAAG-AAAAGG
* * * * * ** * *
411 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTT
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
* * * * *
476 AAATAGTTTTATGATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTG
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * * * * * *
517 TTTTGTATTTTTAGTTA-AAAAGGGCTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAGGAATTAG
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATA-GATTATAATTGAATGTTTACTTC-GAAAACGTGAAGAA-AAG
* * * * * ********** *
581 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCGCTC-ATGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCT
63 GCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCT
** * *
645 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATACATTTTAAGTTAAATAT
127 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
688 TTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTGGGAAAACATGAAGAAAAGGA
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTACTT-CGAAAACGTGAAGAAAAGG-
* * * *
753 CATTTATAAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
*
818 AAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * * * *
860 TTTTATATTTTT-GGTAAAACAAATTACAATTGAATCTTTGCCTTCGAAAATGTCAAGAGAAAGG
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTT-ACTTCGAAAACGTGAAGA-AAAGG
* * * * * *
924 CATTCATTAACAAGAAAAATCTATTTATGGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTT
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTT
*
989 AAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** * * * * *
1030 TTTTATATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGCAAACCTTAACAAAAGGC
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGT-TTACTTCGAAAACGTGAAGAAAAGGC
* ** * *
1095 ATTCATTAGCAAGAAGAGTCCATTTATCCTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCA-CTTT
65 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTT
* *
1159 AAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT
129 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
1200 TATTATATTATTTA-TTAGAATAGATTATAGTCGAATGTTAACCTCGAGAAACATGAAAAAAAGG
1 TTTTATATT-TTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTCGA-AAACGTGAAGAAAAGG
* * * * * * *
1264 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCAATTTATCGACAGCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTT
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTT
* *
1328 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAGGTTGAATTT
128 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * *
1370 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGTCTACTTTGAGAAACGTTAAGAAAAAGA
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTCGA-AAACGTGAAG-AAAAGG
* * * *
1435 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCA-CTT
64 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTT
* *
1499 TAAATGGTTTGATAATCTCAAAATTGATTTTCAA-TTGAATTT
128 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTT
* * *
1541 TTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTAC
1 TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
1583 CTCAGGAAAC
Statistics
Matches: 1112, Mismatches: 268, Indels: 54
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 414 0.37
171 657 0.59
172 30 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTTATATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTACTTCGAAAACGTGAAGAAAAGGCA
TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAA
ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
Found at i:1752 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 1456--1756 Score: 417
Period size: 150 Copynumber: 2.0 Consensus size: 150
1446 AAGAAAAGTC
* * *
1456 CACTTATAGTTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCAAA
1 CACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAA
*
1521 ATTGATTTTCAATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTC
66 ATTGATTTTCAATTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTC
* **
1586 AGGAAACATTCAGAAAAAAG
131 AGAAAACATGAAGAAAAAAG
* * * * *
1606 CACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAACGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
1 CACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAA
* * * *
1671 ATTGATTTTTAGA-TGAA-TATTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTT
66 ATTGATTTTCA-ATTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCT
* *
1734 GAGAAAACATGAAGGAAAAAG
130 CAGAAAACATGAAGAAAAAAG
1755 CA
1 CA
1757 TTCATTGGTA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 18, Indels: 3
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
149 60 0.45
150 71 0.54
151 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (150 bp):
CACTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTGATAATCTCAAA
ATTGATTTTCAATTGAATTATTTTATATTTTTGGTTAGAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTC
AGAAAACATGAAGAAAAAAG
Found at i:1924 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1609--4397 Score: 2496
Period size: 171 Copynumber: 16.4 Consensus size: 170
1599 AAAAAAGCAC
* * * * *
1609 TTATAGTCACCCATTCTTTCAAACGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
1674 GATTTTTAGATGAA-TATTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* *
1737 AAAACATGAAGGAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCAT
131 -AAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
1779 TTATAGTCACTCATTCGTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTGAATGCTTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
1844 AATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT-ACTATGA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-TGA
**
1908 GAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTTGAAAAGAAAAGTCCA-
130 GAAACATGAAGAAAAAGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
1949 GT-TAGTCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * **
2013 GACTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTGAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTCAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* **
2077 GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTTAT
130 GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
*
2119 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GCATTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** * * * * *
2183 T-AATTTAAATCAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAGAA-AGGCCATAATTGAATGTCTACCTTT
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTG
* *** * * * *
2246 AGGAACGCAAAGCAAAAGCCATCCACTGGCATGAAAAGTCCAT
129 AGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *** * * * * * * *
2289 TTATAATCACTCAAGGCTTCGAAAGTCTTATTGCTTGCTTTAAATGGCTTTATAAACTAATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
2354 GATTTTAAGTTGAATATTTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTGTACCTTGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* *
2419 AAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCAT
131 AAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * ** * *
2460 TTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCAATTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * **
2525 GATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATATTTGGTT-AAACAAATTACATTTGAATGTCTGCCTCAAG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* *
2589 AAATATGAAGAAAAAGGCATT-ATTGGCAAGAAAAGTTCAT
131 AAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
2629 TTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTCATAATCTCATAGTT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * *
2694 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTGTA-TTTTGGTTACAAA-AG--TGATAATTGAATGTTTGCCTCG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAACAGACT-ATAATTGAATGTCTGCCTTG
* ** * ** *
2755 GGGCATATGAAGCAAAATCCATTTATTGGCACA-AAAAGTCCAT
129 AGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCAT
* * ** * ** * **
2798 TTATCGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTACTTTAAATAGTTTTATAAGT-GAATAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAAT
* * * * * * * *
2862 TAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTATATTTTTAGTCAAAAAATG-CTATAATTGAAT-T-TTCAT
65 TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-GACTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * *
2924 ATTAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTAT
127 -TGAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * *
2971 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAATCTCATAACT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
3036 GATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGGCTT-AG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA-
** * * *
3100 GAATTATTAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
130 GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
3142 TTATTGTCGCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAATTTCAAAAT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
3206 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTCAGAACAAATTATAATTGAATGTTTGCC-TCA
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * *
3270 GGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA-ACAAATATCCAC
130 -GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA-AAA-GTCCAT
* * * *
3314 TTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
3379 GATTTTAAGATGAATATTTTTACATTTTTAGTTAGAAGAGATTATAATTGAATGTTTG-CTTGAG
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* * * *
3443 AAAACGTGAAAAAAAAGACATTCATTGGTAAGTAAAGTCCAT
131 -AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * * * *
3485 TTATAGTCAGCCATTTGTGCAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAGTT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * ** *
3550 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAAACTATAATTCAATGTCTACCTCAAT
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
* * * * *
3614 AAACGTGAATAAAAAAACATTCATTGGTAAAAAAAGTCCAT
131 AAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
3655 TTATAG-CTACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAT
1 TTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
3719 TGTTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGCTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
65 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGA
* * * ** * * * *
3784 TAAACAAGAAGAAAATGGTGTTTATTAGAAAGAAAAGTTCAT
130 GAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * *
3826 TTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* ** * * * ** *
3891 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACTATAATTGACTGTCTGACTCAAA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
** * * * * *
3956 AAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAACTCTAT
131 AAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * **
3997 TTATAG-CTACCCATTCCTTCGAAAGCCTT-TCTACTCCCTTTACTTGGTTTTATAATCTCATAA
1 TTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
4060 TTGATTTTAAATTG-ATTTGTTTTACATTTTTTGTTAAAAGATACTATAATTGAATATCTGCC-T
64 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * * *
4123 CAGAAAACATAAAGAAAAAGATATTCATTAGTAAG-ACAGCTCCAG
128 GAG-AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCAT
* * * * * * *
4168 TTATAGCCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAATCCCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCAAAATT
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** * * * * **
4233 AATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTCAGTGAGAACAGATTATAATCGAATGT-TTTCTTCGA
66 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-GA
* * *
4296 GAAACATGAAGAAAAAGGTATTCACTGGCAAGAAAAGTCAAT
130 GAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* *
4338 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
1 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
4398 AACAGACTAT
Statistics
Matches: 2129, Mismatches: 421, Indels: 138
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 40 0.02
169 312 0.15
170 522 0.25
171 983 0.46
172 169 0.08
173 101 0.05
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGAG
AAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
Found at i:4214 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 5--8444 Score: 3587
Period size: 341 Copynumber: 25.0 Consensus size: 340
1 TTGC
* * * * * * *
5 TTTTACATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAAAACATGAGGAAGAAA-
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAA-AAAG
* * * * * * *********
69 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTTATNNNNNNNNN
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * * * * * * * *
134 NAAATAATTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAACTTTTTTATATTTTTAGTTAGAATAT
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAAAG
* * ** *** * *
199 ATTATAATTAAATGT-TGGTTGGGAAAACGTGAAGAACAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCA
194 ACTATAATTGAATGTCTACTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
** * * * * *
263 TTTATAGTCACAAATTCTTTCAAAAGCCTTATTGCTAGCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAAT
258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
**********
328 TGATTNNNNNNNNNNTTT
323 TGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * ** * *
346 TTTTACATTTTTAGTTAGAATAGACTATAATTAAATGTCTACCTC-GAGAAATGTGAAGAAAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG
* * * * ** *
410 ACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCTATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGTTT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * ** *
475 TAAATAGTTTTATGATATCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTGTATTTTTAGTTAAAAAGG
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAA-G
* * * * * ** * * *
540 GCTATAATTAAATGTCTACCTCAAAAAATGTGAGGAATTAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
194 ACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * **********
605 TTTATAGTCGCTCATGCCTTCGAANNNNNNNNNNCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
** * *
670 ACATTTTAAGTTAAATAT
323 TGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * ** *
688 TTTTACATTTTTAGTTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTGGGAAAACATGAAG-AAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGG
* ** * * * * *
752 ACATTTATAAGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTT
66 -CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
817 TAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-TATATTTTTGGTAAAACA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTGTTAAAA-A
* * * * * * * * * * ** *
881 AATTACAATTGAATCTTTGCCTTCGA-AAATGTCAAGAGAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAATC
193 GACTATAATTGAATGTCT-AC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
945 TATTTATGGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
1010 ACTGATTTTAAGTTGAATTT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** * * * *
1030 TTTTATATTTTTGGCTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGCAAACCTTAA-CAAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGG
* * * ** * *
1094 CATTCATTAGCAAGAAGAGTCCATTTATCCTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTT
66 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
1159 AAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTATTATATTATTTATTAGAATAGA
131 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAAAGA
* * * * * * *
1224 TTATAGTCGAATGT-TAACCTCGAGAAACATGAA-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCAA
195 CTATAATTGAATGTCT-A-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
1287 TTTATCGACAGCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTAT
258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
1352 TGATTTTAGGTTGAATTT
323 TGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * ** * *
1370 TTTTATATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAAAGTCT-ACTTTGAGAAACGTTAAGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG
* * * * * * *
1434 ACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTTACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
1499 TAAATGGTTTGATAATCTCAAAATTGATTTTCAA-TTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AA-A
* *
1563 A-ATTATAATTGAATGTTTACCTC-----A---G--G--AAA--CATTCA---G-AA-AAAAG--
192 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
1606 CACTTATAGTCACCCATTCTTTCAAACGCCTTATTAGTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
1671 ATTGATTTTTAGATGAA-TA
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
1690 TTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCTTGAGAAAACATGAAGGAAAAA-
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACAT-AAAGAAAAAG
* * * *
1754 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCGTGCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
1819 TGAATGCTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTCAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-AG
* **
1884 ACTATAATTGAATGTCTACT-ATGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTTGAAAAGAAAAGTC
194 ACTATAATTGAATGTCTACTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
1947 CA-GT-TAGTCACTCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
2010 ATTGACTTTAAGTTGAATTT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
2030 TTTTACA-TTTTGAGTTAAAACAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGAAAAA
1 TTTTACATTTTTG-GTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAA
** **
2093 GGCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACAT-GC
64 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGC
* * * * ** * *
2157 ATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AATTTAAATCAAATTTTTTTACAGTTTTGGTTAAGAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAA-AA
* * ** * ** * * * * *
2221 AGGCCATAATTGAATGTCTACCTTTAGGAACGCAAAGCAAAAGCCATCCACTGGCATGAAAAGTC
192 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *** * * * * * * *
2286 CATTTATAATCACTCAAGGCTTCGAAAGTCTTATTGCTTGCTTTAAATGGCTTTATAAACTAATA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
2351 ATTGATTTTAAGTTGAATAT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * *
2371 TTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGAATGTGTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG
* * * * **
2435 GCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCAATT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
2500 TAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATATTTGGTTAAACAA-
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-AAG
* * * * ** *
2564 ATTACATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATT-ATTGGCAAGAAAAGTTCA
194 ACTATAATTGAATGTCT-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
2628 TTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCGTTAAATGGTTTCATAATCTCATAGT
258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
2693 TAATTTTAAGTTGAATTT
323 TGATTTTAAGTTGAATTT
** * *** * * *
2711 TTTTGTA-TTTTGGTTACAAA-AG--TGATAATTGAATGTTTGCCTCGGGGCATATGAAGCAAAA
1 TTTTACATTTTTGGTTA-AAAGAGACT-ATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAA
** * * * * ** * **
2772 TCCATTTATTGGCACA-AAAAGTCCATTTATCGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTTAC
64 GGCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * *
2836 TTTAAATAGTTTTATAA-GTGAATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTATATTTTTAGTCAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTTGTTAA
* * * *
2900 AAA-ATGCTATAATTGAATTTTCATA-T-TAGAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
190 AAAGA--CTATAATTGAA-TGTC-TACTCAAG-AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
2962 AAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGCTTTATAAT
250 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
3027 CTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTT
315 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** * * * ** *
3053 TTTTACATTTTTGATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGGCTTAGGAATTATTAAGAAAAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGG
* * * * * *
3118 TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCGCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTT
66 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTT
* * * * *
3182 TAAATGGTTTTATAATTTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTGGTCAGAACAA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AA-AA
* * * * * * *
3247 -ATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA-ACAAATAT
193 GACTATAATTGAATGTCT-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA-AAA-GT
* * * * *
3310 CCACTTATAGCCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
255 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
3375 AATTGATTTTAAGATGAATAT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
3396 TTTTACATTTTTAGTTAGAAGAGATTATAATTGAATGTTTGCTTGAGAAAACGTGAAA-AAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACAT-AAAGAAAAAG
* * * ** * *
3460 ACATTCATTGGTAAGTAAAGTCCATTTATAGTCAGCCATTTGTGCAGAAGCCTTATTACTCGCTT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
3525 TAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACAA-
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAA-AAG
* * * ** * *
3589 ACTATAATTCAATGTCTACCTCAATAAACGTGAATAAAAAAACATTCATTGGTAAAAAAAGTCCA
194 ACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
3654 TTTATAG-CTACCCATTCTTTCGAAAGCCTTATTATTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
258 TTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
3718 TTGTTTTTAAGTTGAATTT
322 TTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * *
3737 TTTTACATTTTTGGCTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGATAAACA-AGAAGAAAAT
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATA-AAGAAAAA
** * * * * * *
3800 GGTGTTTATTAGAAAGAAAAGTTCATTTATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCT
64 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
3865 TTAAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAATA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-A
* * * * * * * *
3930 GACTATAATTGACTGTCTGACTCAAAAAATGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAACTCT
193 GACTATAATTGAATGTCT-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * **
3995 ATTTATAG-CTACCCATTCCTTCGAAAGCCTT-TCTACTCCCTTTACTTGGTTTTATAATCTCAT
257 ATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
4058 AATTGATTTTAAATTG-ATTT
320 AATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * *
4078 GTTTTACATTTTTTGTTAAAAGATACTATAATTGAATATCTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAG
1 -TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAG
** * * * * * * * *
4143 ATATTCATTAGTAAG-ACAGCTCCAGTTATAGCCACTCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAATCCCT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * ** * *
4207 TTAAATGGTTTTATAAGCTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTCAGTGAGAACA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAAA
* * * * * * * * *
4271 GATTATAATCGAATGTTTTCTTCGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCACTGGCAAGAAAAGTCA
193 GACTATAATTGAATGTCTAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* *
4336 ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AA
257 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * *
4400 CAGACTATAA-TTGAA--T
322 TTGATTTTAAGTTGAATTT
* * **** * ** * * * * ** ***
4416 ATTTAC----CTCAAAAAATATGAGA--AAAAAGGCAT-TCATTGGC-AAGAAAA-GTTTA-TTT
1 TTTTACATTTTTGGTTAAA-A-GAGACTATAATTGAATGT--TTGCCTCAGAAAACATAAAGAAA
* * * **** * * * ** * * * * * *
4471 ATGGTCA-CCTATT-CTTTCTAAA-TCCTTATTACTCGCTTTAAAC-TGCTTTAAAATATCATAA
62 AAGG-CATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCAT-TTA-TAG--TCACCCATTCCTTCAAA-AGCCTTA
* * * * * ** * * * ** ** * * *
4532 TTATTTTGAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGGCTATAA-TTGAA--TGTCTAC
120 TTA-CTCG--CTTTAAATGGTTTTATA---AT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * * ** * *
4594 -------CTCAAAAA-ACGTGTAGA--AAAAGTC-ATTC-A-TTA-GT-AAG-AAAAGTCCATTT
178 ATTTTTTGTTAAAAAGAC-TATA-ATTGAATGTCTACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-GCATTC
* * * * ** *** * **
4643 ATAGTCGCGCATGCTGTCAAAAG-CCTTATTACTCGCTTGACTTATT--TTTGTAATCTCAAAAT
240 AT--T-G-GCA---AG--AAAAGTCCAT-TTA-TAG--TCACCCATTCCTTCAAAAGC-C-TTAT
* **** * * * * *** *
4705 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATAT-TTAGTAAAAAAAATTATAA-TTG-A-TT
290 T-A-CTCGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTCA-T--AATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * ** * * ** ***
4758 GTCT--A-TCTTGAG--AAACGTGAATAAAAAGGTAT-TCATTG--GCAGAAAA-AGTCCATTTA
1 TTTTACATTTTTG-GTTAAAAGAGACTATAATTGAATGT--TTGCCTCAGAAAACA-TAAAGAAA
* * * *** ** * ** *** * * * *
4814 TAGTCA-ACTATCCCT-TCAAAAGT-C--TTACTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCA-T
62 AAGGCATTC-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC---CCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * ** * ** * * *** * * *
4872 AATTGATTTTAA--GTTTGATTTTTTTTATATT-TTTGGTTAA-AACATATTATAATTGA-A-TG
122 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT--TTAAGTTGA-ATT-T-TTTTACATTT
* * *** * * * * * *
4931 TCTGCTATGAGAAAAG--T-GAAGAAAAAGTC-ATTCATTG--AC---CA-AAAAAGTCCATTTA
182 TTTG-T-T-A-AAAAGACTATAATTGAATGTCTACTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAG-GCATTCA
* * *** * * * * * * * *
4986 TAGTC-ACTCATGT-C-TTTGA-A---AACC-TT-ATT---ACGCGCTT-TAAAT-GATTT-TAT
241 TTGGCAAGAAAAGTCCATTT-ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC-CTTATTACTCGCTTTAAAT
** * * * * *
5036 AATCTCATAAT-TGAT--TTTAGTTT-A----AATTT
304 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * ** * * *
5065 TTTTACATTTTT-TTATAAAACAGATTTTGATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACTTAAAGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGT-TAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAG
* * ** * * * * **
5129 TCCTTCATTAACTAA-AAAAGTCTATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTACTCATT
65 GCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
5193 TTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT-CA-TTTTCGATTAGAAC
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTA-AAA
* *** * *
5255 AGA-TCATAATTGAATGCCTACTTGGTGAAACGTGAGGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGT
192 AGACT-ATAATTGAATGTCTAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ** *
5319 CCAGTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
255 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
5384 AATTGATTTTAAGGTGAATTC
320 AATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * ** * * ** * * * ** * *
5405 TTTCATATTTTTTTATTAAAATAGACTATAGTTGAATGGCTACAT-TGAGAAATGTGAAGGAAAA
1 TTTTACA-TTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAA
* * * * * *
5469 GGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATTCTTTCAAAATCCTTATTACTCACT
64 GGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * * * *
5532 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTGAGTTGAATTTTTTCATATTTTTAGTTAAAACA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-A
* * * * *
5597 -AGCTATAATTGAATGTCTGC-CATGAGAAACGTAAAG-AAAAGACATTCATTGGTAAGAATAGT
193 GA-CTATAATTGAATGTCTACTCA--AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
** ** * * * * *
5659 TTATTTATAGTCAATCATTCTTTCAAAAGCCTTAATACAT-GCATTAAATAG-TTTATAGTCTCA
255 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
5722 TAATTGATTTTAAGTTAAATTA
319 TAATTGATTTTAAGTTGAATTT
*********** * * * * * * *
5744 TTTTACATTTTNNNNNNNNNNNGTCTATAATTGAATGTTAGTCT-TGAGGAACATAGAGCAAAA-
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG
* * * * * *
5807 GCCTTCCATT-G---G---A---C--TGA-AG----GC--T--TT-AAAAGCTTTATTAGTTGCT
65 GCATT-CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * *
5850 TTAAATGGTTTTATAAACT-AATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAAC
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAA-
************* * *
5914 AGACTATAATTGANNNNNNNNNNNNNNAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
192 AGACTATAATTGA-ATGTCTACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * ** * *
5979 CATTTATAGTCACACAATCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATCATCTCAAA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
6044 ATTAATTTTAAGTTTAATTT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** *** * *
6064 TTTTACATTTTTTGATTAAACA-A-ATTACAATTGAATGTTTATCTCA-AGAAGTGTGATGAAAA
1 TTTTACA-TTTTTGGTTAAA-AGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAA
* * * * *********
6126 AGGCATTTATTGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNN
63 AGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * **
6191 NTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACA-TTGTAATTAAAA
128 TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAA
* *** * ** * * *
6255 ATG-CTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGGAATATGAAGCAAAAGTCATTCATTGGCACGAAAAGT
192 A-GACTATAATTGAATGTCT-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *** * *
6319 CCATTTATAGTCGCTCATGCTTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTA-
255 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
6383 AATTTGATTTTCAA-TTGAATTT
320 AA-TTGATTTT-AAGTTGAATTT
* * * ** ** ** * * **
6405 TTTTATA-TTTTGGTTAAAA-ACACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGCGAATGTGAAGTAAAATC
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGG
* * * * ** * * *
6468 CATCCATTGGTACA-AAAAGTCAATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTTGCTT
66 CATTCATTGGTA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
6532 TAAATAGTTTTATAAGCT-AATAATT-AGTTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTAGTGTAAAA
130 TAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGT-TAAAA
* * *** * ** *
6595 ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAAACCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
192 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* ** * *
6660 CATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCCGCATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATGTCATA
256 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
6725 ACTAATGTTAAGTTGATTTT
321 ATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * ** ** *
6745 TTTTGCATTTTTGGTAAAAACAAACTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATTAAGAAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAG-AAAAAG
* * * ****
6810 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATCA-TCGCCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTNNNN
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
****** * * * * *
6874 NNNNNNGGTTTTATAATGTCAAAATTGAATTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACA
129 TTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTA-AAAA
* * * * ** * *
6939 GATTATAATTAAATGTTTGCCTCAAGAAATATTAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAACAAAAGTCC
193 GACTATAATTGAATGTCT-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * ********** * * * *
7004 ACTTATAGCCACCCATTCTTTNNNNNNNNNNATTAGTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAA
257 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
7069 TTGATTTTAGGTTGAATTT
322 TTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * ** ** * ** * *
7088 TTTTACTTTTTTGGTGAGAACAGATTATCATTGAATGTCTATCTTGGGAAATGTGAAGAACAAGG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACATAAAGAAAAAGG
* * * * * * ** * *
7153 TATTCATTGGCAAAAAAATTCTATTTATAGCCACTGATTCCTTCAAAAGACTTATTACTTGCTTT
66 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
7218 AAATGGTTTTATGATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAAGTTTTTTACA-TTTTTGTTAAATAGAC
131 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAAGAC
* * * * ** ********
7282 TATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAANNNNNNNN
196 TATAATTGAATGTCT-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** * * *
7347 NNTAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATT
260 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
*
7411 GATTTTATGTTGAA-TT
324 GATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * * **
7427 TTTTACATTTTTAGTTAGAATATATTATAATCGAATATTTGCTTC-GAGAAACGTGTAGAAAAAG
1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG
* * * * * * *
7491 GTATTCATTAGTATGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGCTT
65 GCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
7556 TAAATGGTCTTATAATTTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTTA-ATTTTTAGTTAAAACA
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*
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* * ** * * * ** * * *
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** * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *** ** *
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* * * * * *
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258 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
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322 TTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * * * * * * * * *
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1 TTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGA-AAACATAAAGAAAAAG
* * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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******* * *
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* * * * * * * * ** * * *** * *
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** * ** * * *** * *
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* * * ** *
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* * ** * * ** ** *
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* * * ****
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1 AAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
****** * * **
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* * * * **
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* * * * * ***
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * *
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** * * * **
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* * * *
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* * * *
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********** * * * * *
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* * * * * * ********** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* ** ********** * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * ** *
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Statistics
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Found at i:5356 original size:169 final size:169
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* ** * * * *
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* ** * * * * * **
4502 CTCGCTTTAAACTGCTTTAAAATATCATAATT-ATTTTGAAGTTCAATTTTTTTTATATTTTTGG
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4566 TTAAAAAAG-GCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGTAG
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* * * * *
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128 TAAAACAGATCATAATTGAATGTCTA-CTTGAGAAACGTGAAG
** * * *
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1 AAAAAGACATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * **
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* * * *
4908 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTATGAGAAAAGTGAAG
127 TTAAAACAGATCATAATTGAATGTCTACT-TGAGAAACGTGAAG
* * * *
4952 AAAAAGTCATTCATTGACCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAA-CCTTATT
1 AAAAAGACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
5015 ACGCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGTTTAAATTTTTTTACATTTTTT-
64 ACTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTTTACATTTTTTA
** * * * * * *
5078 TATAAAACAGATTTTGATTGAATGTCTGCCTTGGGAGACTTAAAG
127 T-TAAAACAGATCATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACGTGAAG
* * ** * * *
5123 AAAAAGTCCTTCATTAACTAA-AAAAGTCTATTTAGAGTCACTCATTCCTTCAAAGGCCTTATTA
1 AAAAAGACATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA
* **
5187 CTCATTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CATTTTCGATTA
65 CTCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTA
* * * *
5251 GAACAGATCATAATTGAATGCCTACTTGGTGAAACGTGAGG
130 AAACAGATCATAATTGAATGTCTACTT-GAGAAACGTGAAG
* * * *
5292 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAGTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
5357 TCATTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTGAATTCTTTCATATTTTTTTAT
66 TCACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTTAT
* * * *
5421 TAAAATAGA-CTATAGTTGAATGGCTACATTGAGAAATGTGAAG
128 TAAAACAGATC-ATAATTGAATGTCTAC-TTGAGAAACGTGAAG
* * * * *
5464 GAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCA-TT-TAGTCACTCATTCTTTCAAAATCCTTATTAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * *
5527 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGAGTTTGAGTTGAATTTTTT-CATATTTTTAGTT
66 TCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACAT-TTTTTA-TT
* * * *
5591 AAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTGCCATGAGAAACGTAAAG
129 AAAACAGATC-ATAATTGAATGTCT-ACTTGAGAAACGTGAAG
* * ** * * *
5633 -AAAAGACATTCATTGGTAAGAATAGTTTATTTATAGTCAATCATTCTTTCAAAAGCCTTAATAC
1 AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* *
5697 ATGCA--TTAAATA-G-TTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTT
66 -T-CACTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTT
5755 NNNNNNNNNN
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Consensus pattern (169 bp):
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TCACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAA
AACAGATCATAATTGAATGTCTACTTGAGAAACGTGAAG
Found at i:6140 original size:171 final size:171
Alignment explanation
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* * *
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* * * * *
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**********
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* ** * * *
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* * * * * * * ***
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66 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA-TTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATT
* * *
6412 TTTTGGTTAAA-AACACTATAATTGAATGTCTGCCTTG-GCGAAT
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* * ** * * * * * ** *
6455 GTGAAGTAAAATCCATCCATTGGTACA-AAAAGTCAATTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCC
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* * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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********** * * * *
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* * * * **
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* * * * * *********
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* * * * * *
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* * * * *
7098 TTGGTGAGAACAGATTATCATTGAATGTCTATCTTGGGAAAT
131 TTGGTTA-AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
7269 TT-GTTAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGGAAAC
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** ********** *
7309 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAANNNNNNNNNNTAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
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* * *
7374 TATTACTC-CTTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTATGTTGAA-TTTTTTACA-TT
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* * * * * ** *
7436 TTTAGTTAGAATATATTATAATCGAATAT-TTGCTTCGAGAAAC
130 TTTGGTTA-AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAAT
* * * * * * * * *
7479 GTGTAGAAAAAGGTATTCATTAGTATGAAAAGTTCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAGCTT
1 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * *
7544 TATTACTTGCTTTAAATGGTCTTATAATTTCATAATTAATTTTAATTTTAATTTTTTTTA-A-TT
66 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
* * * * ** *
7607 TTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATAT-TTGCTTGAGAAAC
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* * * * * * * **
7649 ATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCACGAATAGTCTATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAATTCT
1 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
7714 TGTTACTTGCTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATATT
66 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TT
* * * * *
7777 TTTGGTTAAATCATATTGTAATTGAATGGCTACCTTAAGAAAC
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* * * ** * *
7820 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCCAGAAAAGTCCATTTATAGTAAACTTTTCTTTCAAAATCCT
1 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * * * *
7885 TGTTAGTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTACA-TTT
66 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * * *
7949 TTGGTAAAACAAACTACAATCGAATGTTTTCCTTGGGAAAT
131 TTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * *
7990 ATGAAG-AAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATTTCTTTAAGAGCCT
1 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * ** *
8054 TATTTA-TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTGAGGTTGAATTCGTTTATA-TT
66 TA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * *
8117 TTTCGTTAAAACATATTATAATT-AATGTTTACCTTGAGTAAC
130 TTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * * * * * * *
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1 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* * * ** *
8223 TTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTAGAAGCTCATAATTGATTTTATCTTGAATTGTTTTACA-TT
65 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * **
8287 TTTGATTCACACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAT
130 TTTGGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
* * * * * *
8330 GTGAAGAAAAAGGCAGTCATTAGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCC-
1 ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
** *
8394 TATTACTTACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
66 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
8445 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
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TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
TTGGTTAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAT
Found at i:10424 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 10143--13401 Score: 2474
Period size: 171 Copynumber: 19.1 Consensus size: 168
10133 TGAGGTAGAT
* * * * *
10143 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGAT
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* * * * **
10208 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTC
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* * * *
10273 TTACTAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTACCTAAAGCAGAC
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* * * * *
10315 ATTCAATTATAATTTGTTCTAACTAAAAATATAAAAATATTAATCTTAAAATTAAGTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * * *
10380 CTAAAATCAGTTAAAGTGACTAATAAGG-TTGTTAAAAGAATGGGTGATTATAAGTGGACATTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * **
10444 TTACCAATGAATGCCCTTTTCTTAATGTTTCTTGAGACAAAC
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* * *
10486 ATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TGGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTAT-GAGAT
* * * * * *
10550 TACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATAGGTTG-CTATAAATGGACTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
10614 CCTGCCAATTAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGAT
127 CTTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
* * * * *
10657 ATTGAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
10722 ATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
10787 TGCTAGTGAATACCTTGTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAAC
129 TACTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAAAC
** * * *
10828 ATTTGATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * *
10893 TAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGAGC-CTTCT
65 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCT
* ** * *
10957 TACTAATGAATGCCTTTTTCTTCACACTTCCTAAGGTAGAT
129 TACTAATGAATACCTTTTTCTTCA-TGTTCCTAAGGTAAAC
* * *
10998 ATTTAATTATAGTCTCTTTTAAC-AAAAATTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
11062 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGAATCGATGACTATAAATAGAATTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
11127 TTACTGATGAATACCTTTTGCTTCATGTTTCCCATGGCAAAC
128 TTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
* ** * * * *
11169 ATTCAATTATGATCTGTTCCAACCAAAAATATAGAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
11234 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTGT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
11298 T-GTCAATGAATA-CTTTTTCTTCATATTTCTAAAGAAAAA
129 TACT-AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCTAAGGTAAAC
** * * * *
11337 ATTCGGTTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AAGTT-TTAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT-AACTT-AAAATCAA-TTATGAGA
* * ** * *
11400 TTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAGGGCTTTTTAAGGAATGGACGACAATAAATAGACTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
11464 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTAATGTTTCCTGAGGTAAAC
126 TCTTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
* * * * *
11508 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
11573 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-TCTTTC
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTC
* * *
11637 TT-CTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
128 TTAC-TAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAAAC
* * *
11679 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAAC-AAATAATGTGAAAGAAATT-ACCTAAGAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-AATGT-AAA-AAATTAACTTAA-AATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
11742 TCATAAAGTCATTTAAAACAAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
11807 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
127 CTTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAAAC
* * * *
11850 ATTCAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATTA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
11915 TAAAACCATTTAACA-CAAGT-ATCAAGGCTTTTAAAGTAATGGGTGACTATAAATTGACTTATC
65 TAAAACCATTTAA-AGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * *
11978 TTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGAG
128 TTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
* * * **
12020 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTACAAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** ** *
12085 ATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCA
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * ** * * * * *
12150 TGCCAAGGGATAAGTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCAAGC
129 TACTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAAAC
** * *
12191 ATTCAATTATAGCCT-TTTTAACAAAAAAATGTAAAAGAATTCAA-TTGAAAATCAATGATGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAA-AATT-AACTT-AAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
12254 TTATAAAGCAATTTAACGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * *
12319 CTTACCATTGAATGCCTTTCTCTTTATATTTTCC-AAGATAGAC
127 CTTACTAATGAATACCTTTTTC-TT-CATGTTCCTAAGGTAAAC
* * * * * * *
12362 ATTCAATTACAGTCTGTTTTAA-TAAAAAATGTGAAAAAAATCACCTT-GAATTAGTTATGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT--AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
12425 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATTGGTGGCTATAAATGAACTTTTC
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** * * * * *
12490 TTGTTAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGATAGAC
128 TTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
* *
12532 ATTCAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTATG-G-
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGT-AAAAAATT-AACTTAAAA-TCAATTATGAGA
* * * * *
12594 ------AAGCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * ** *
12653 CTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGAT
127 CTTACTAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
* * * *
12696 ATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * *
12761 ATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAATTGAACTTTT-T
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* ** * * * *
12825 TAGTCAATGAATGGCTTTTTCATT-ACGGCTCTCGAA-GTAGAC
129 TACT-AATGAATACCTTTTTC-TTCA-TGTTC-CTAAGGTAAAC
* * *
12867 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
12932 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGAAACGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * *
12997 TACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGAC
129 TACTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCT-AAGGTAAAC
* * *
13038 ATTCAAATATAGTCTGTTTTTAAAAAAATTTAACTTAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
1 ATTCAATTATAATCTG-TTTT-----AA-CTAA---AAATG-TAAAAAA-TTAACTTAAAATCAA
* * * * ** * ** ** **
13103 TTATTAGTTTATACAACTATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAAT
54 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * ** * * * * *
13168 GGTCTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATGGTCGCAAAGGCAGAC
119 GGACTTTTCTTACTAATGA-ATACCTTTTTCTTCATGTTC-CTAAGGTAAAC
** *
13219 ATTCAATTATAGCCT-TGTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAG
1 ATTCAATTATAATCTGT-TTTAACT-AAAAATGT-AA-AAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
13282 ATTATAAAATCATCTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGAACCTT
61 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * * *
13347 TT-TTA-TCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGAC
125 TTCTTACT-AATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTCCTAAGGTAAAC
*
13391 ATTTAATTATA
1 ATTCAATTATA
13402 GTNNNNNNNN
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
CTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTCCTAAGGTAAAC
Found at i:10975 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 10143--13403 Score: 2879
Period size: 342 Copynumber: 9.5 Consensus size: 341
10133 TGAGGTAGAT
* * * * * *
10143 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGAT
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* * * * **
10208 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTC
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * *
10273 TTACTAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTCTAAC
130 TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* * * * * * * * *
10338 TAAAAATATAAAAATATT-AATCTTAAAATTAAGTATGAGATTCTAAAATCAGTTAAAGTGACTA
195 AAAAAATGTAAAAA-ATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * *
10402 ATAAGG-TTGTTAAAAGAATGGGTGATTATAAGTGGACATTTCTTACCAATGAATGCCCTTTTCT
258 ATAAGGCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCT
* **
10466 TAATGTTTCTTGA-GACAAAC
322 TCATGTTTCTCAAGGA-AAAC
* * * *
10486 ATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TGGAGAT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT-GAGAT
* * * * * *
10550 TACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCTAAAGGAATAGGTTG-CTATAAATGGACTTTT
65 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
10614 CCTGCCAATTAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTGAATTATAATCTGTTCTAA
129 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * *
10679 CAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTA
194 CAAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
10744 ATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAGTGAATACCTTGTTCTT
258 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTT
*
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323 CATGTTTCTCAAGGAAAAC
** * *
10828 ATTTGATTATAATCTGTTCTAACTAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * *
10892 ATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGAGC-CTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTC
* *** * * *
10956 TTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCACACTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATAGTCTCTTTTAAC
130 TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
* *
11021 AAAAATTGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAA
195 AAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAA
* * * * * * * * * *
11086 AAAGGCTTTCGAAAGAATCGATGACTATAAATAGAATTTTCTTACTGATGAATACCTTTTGCTTC
259 TAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTC
* * *
11151 ATGTTTCCCATGGCAAAC
324 ATGTTTCTCAAGGAAAAC
* ** * * * * *
11169 ATTCAATTATGATCTGTTCCAACCAAAAATATAGAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
11234 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTGT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * * * * ** * * * *
11298 TGTCAATGAAT-ACTTTTTCTTCATATTT-CTAAAGAAAAAATTCGGTTATAATCTATTCTAACC
131 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA
*
11361 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AAGTT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGT
196 AAAAATGT-AAAAAATTCAACTT-AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGT
* * ** * * * *
11423 AATAGGGCTTTTTAAGGAATGGACGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
257 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCT
* * *
11488 TAATGTTTC-CTGAGGTAAAC
322 TCATGTTTCTC-AAGGAAAAC
* * * * *
11508 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * *
11573 ATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-TCTTTC
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTC
* *
11637 TT-CTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTA
130 TTAC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * ** * *
11700 ACAAATAATGTGAAAGAAATT--ACCTAAGAATCAATTATGAGATCATAAAGTCATTTAAAACAA
193 ACAAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAA-AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* * * *
11763 ATGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTT
255 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTT
* *
11828 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
320 CTTCATGTTTCTCAAGGAAAAC
* * * * *
11850 ATTCAATCATAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * *
11914 ATAAAACCATTTAACA-CAAGT-ATCAAGGCTTTTAAAGTAATGGGTGACTATAAATTGACTTAT
66 ATAAAACCATTTAA-AGCGAGTAAT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
11977 CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
129 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * ** * *
12042 CTAAAAATGAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTA
194 CAAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
** ** * * * * ** *
12107 ATAAGGCTTTTGAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAGGGATAAGTTTTACTT
258 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTT
* * *
12172 CACGTTTCTCAAGGCAAGC
323 CATGTTTCTCAAGGAAAAC
** * * *
12191 ATTCAATTATAGCCT-TTTTAACAAAAAAATGTAAAAGAATTCAA-TTGAAAATCAATGATGAGA
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
12254 TTATAAAGCAATTTAACGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
12319 CTTACCATTGAATGCCTTTCTCTTTATATTTTCC-AAGATAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTA
129 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA
* * * * * *
12383 ATAAAAAATGTGAAAAAAATCACCTT-GAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
193 ACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
12447 AATAAGGTTTTTGAAGGAATTGGTGGCTATAAATGAACTTTTCTTGTTAATGAATGCTTTTTTCT
257 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCT
* *
12512 TCATGTTTCTTAA-GATAGAC
322 TCATGTTTCTCAAGGA-AAAC
* *
12532 ATTCAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTATG-G-
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGA
* * * * *
12594 ------AAGCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * * *
12653 CTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGATATTCAATTATAATCTATGTTAA
129 CTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
* * * *
12718 CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTGAAAGCGAGTA
194 CAAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * * **
12783 ATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAATTGAACTTTT-TTAG-TCAATGAATGGCTTTTTC
258 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCT-AATGAATACCTTTTTC
* ** * *
12846 ATT-ACGGCTCTCGAA-GTAGAC
321 -TTCATGTTTCTC-AAGGAAAAC
* * * *
12867 ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
12932 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGGAGAAACGGGTGACTATAAATAGACTTTTTT
66 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
12997 TACCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGTTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTTAA
131 TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTT--
* * * * * *
13061 AAAAATTTAACTTAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATACAACTATTTA
192 -AACA---AA---AAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
** * ** ** ** * * * *
13126 AAATGAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGTCTTTTCATGCCAAT-AGATG
249 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGA-ATA
* * * * * *
13190 GCTTTTGCTTCATG-GTCGCAAAGGCAGAC
313 CCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGAAAAC
** * *
13219 ATTCAATTATAGCCT-TGTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAG
1 ATTCAATTATAATCTGT-TTTAACT-AAAAATGTAAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * * * *
13282 ATTATAAAATCATCTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGAACCTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTT
* * * * * *
13347 TT-TTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAGT
127 TTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGT
13404 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2377, Mismatches: 457, Indels: 158
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 5 0.00
334 144 0.06
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336 5 0.00
338 1 0.00
339 212 0.09
340 85 0.04
341 720 0.30
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346 3 0.00
349 2 0.00
351 9 0.00
352 136 0.06
353 119 0.05
354 6 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
ATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
TACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACA
AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA
AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCAT
GTTTCTCAAGGAAAAC
Found at i:11186 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 10143--13380 Score: 2850
Period size: 512 Copynumber: 6.3 Consensus size: 510
10133 TGAGGTAGAT
* * ** * * *
10143 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATTAAAAATATAAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCT-GTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * **
10208 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGTAATGGGTGACTATAAATAAACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
10273 TTACTAATGAATACCTTTCTCTTCATGTTACCTAAAGCAGACATTCAATTATAATTTGTTCTAAC
128 TTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTT-TCTCAAGAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * * * * *
10338 TAAAAAT-ATAAAAATATT-AATCTTAAAATTAAGTATGAGATTCTAAAATCAGTTAAAGTGACT
192 TAAAAATGA-AAAAA-ATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * * * *
10401 AATAAGG-TTGTTAAAAGAATGGGTGATTATAAGTGGACATTTCTTACCAATGAATGCCCTTTTC
254 AATAAGGCTT-TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTC
* * * ** * * * *
10465 TTAATGTTTCTTGAGACAAACATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATT-TAAAAAAATTTA
318 TTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCA
* * * *
10529 ACTTAAAATCAATT-TGGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCTAAAGGAAT
383 ACTTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA-GAAT
* * * * *
10592 AGGTTG-CTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATTAATTCCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGA
446 -GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA
*
10656 T
510 C
* * *
10657 ATTGAATTATAATCTGTTCTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTCAAATCAATTATGAGATT
1 ATTCAATTATAGTCTGTT-TAACAAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* *
10722 ATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * **
10787 TGCTAGTGAATACCTTGTTCTTCACGTTTCTCAAGGAAAACATTTGATTATAATCTGTTCTAACT
129 TGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACT
* * *
10852 AAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGGGAGTAATA
193 AAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * *
10917 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGCTATAAATGGAGC-CTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCA
258 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCA
*** * * * *
10981 CACTTCCTAAGGTAGATATTTAATTATAGTCTCTTTTAAC-AAAAATTGTAAAACAATTCAACTT
322 TGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTT
* * *
11045 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCGAAAGAATCGATGA
387 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGATGA
* * * ** * * *
11110 CTATAAATAGAATTTTCTTACTGATGAATACCTTTTGCTTCATGTTTCCCATGGCAAAC
452 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC
* * * *
11169 ATTCAATTAT-GATCTGTTCCAACCAAAAATATAGAAATATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 ATTCAATTATAG-TCTGTT-TAACAAAAAATGTA-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
11233 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGAAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTG
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * ** *
11297 TTG-TCAATGAATA-CTTTTTCTTCATATTTCTAAAGAAAAAATTCGGTTATAATCTATTCTAAC
128 TTGCT-AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAAC
* * *
11360 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAAT-AAGTT-TTAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGT
192 TAAAAATG-AAAAAAATTCAACTT-AAAATCAA-TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * ** * *
11423 AATAGGGCTTTTTAAGGAATGGACGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
254 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * * *
11488 TAATGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAGTTTGTTTTAAGTAAAAA-TGTAAAAAAAGTCAA
319 TCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
11552 CTTAAAATCAGTTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
384 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGA
* * * * *
11617 TGACTATAAATAGA-TCTTTCTT-CTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
449 TGACTATAAATGGACT-TTTCTTGC-CAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC
* *
11679 ATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAATAATGTGAAAGAAATT--ACCTAAGAATCAATTATGAGA
1 ATTCAATTATAGTCTG-TTTAACAAAAAATGT-AAA-AAATTCAACCTAA-AATCAATTATGAGA
* ** * * * * *
11742 TCATAAAGTCATTTAAAACAAATGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
62 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
11807 CTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTTTAA
127 CTTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * **
11872 CCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACCATTTAACA-CAAGT-
191 CTAAAAATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA-AGTGAGTA
* * * * *
11935 ATCAAGGCTTTTAAAGTAATGGGTGACTATAAATTGACTTATCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
255 AT-AAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * * * *
12000 TTACGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA-TG-AGAAAAAATTCA
319 TCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATTGTA-AAAAAATTCA
* ** * * * ** **
12063 ACTTAAAATCAGTTACAAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGCTTT
383 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGG
* * * ** * * *
12127 AGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAAGGGATAAGTTTTACTTCACGTTTCTCAAGGCA-AGC
448 A-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGA-C
* * * *
12191 ATTCAATTATAGCCTTTTTAACAAAAAAATGTAAAAGAATTCAA-TTGAAAATCAATGATGAGAT
1 ATTCAATTATAGTCTGTTTAAC-AAAAAATGTAAAA-AATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
12255 TATAAAGCAATTTAACGCGAGTAATAATGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * * * * *
12320 TTACCATTGAATGCCTTTCTCTTTATATTT-TCCAAGATAGACATTCAATTACAGTCTGTTTTAA
128 TTGCTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGA-AGACATTCAATTATAATCTGTTCTAA
* * * * *
12384 -TAAAAAATGTGAAAAAAA-TCACCTT-GAATTAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
191 CT-AAAAA--TGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *** *
12446 TAATAAGGTTTTTGAAGGAATTGGTGGCTATAAAT-GAACTTTTCTTGTTAATGAATGCTTTTTT
253 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTT
* * *
12510 CTTCATGTTTCTTAAGATAGACATTCAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTC
317 CTTCATGTTTCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTC
* * * *
12575 AACTTAAAAGT-AATTATG-G-------AAGCATTTAAAGCAATTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
382 AACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAAT
* * * *** ** *
12631 GGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACTACCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTGGAT
446 GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC
* * * * *
12696 ATTCAATTATAATCTATGTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGGTT
1 ATTCAATTATAGTCTGT-TTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ** * * *
12761 ATAAAACTATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAATTGAACTTTT-T
64 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * ** * * *
12825 TAG-TCAATGAATGGCTTTTTCATT-ACGGCTCTCGAAGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
129 T-GCT-AATGAATACCTTTTTC-TTCATGTTTCTC-AAGAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTA
* * *
12888 ACAAAAAATGTAAAAGAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
190 ACTAAAAATG-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
12953 AATAAGGCTTTTGGAGAAACGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATACCTTTTTCT
254 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCT
* * * ** *
13018 TCATGTTT-CTCAAGTTAGACATTCAAATATAGTCTGTTTTTAAAAAAATTTAACTTAAATGTTA
319 TCATGTTTCCT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-ATTTTAACTAAA---AA--T---TGTAA
* * * * * ** *
13082 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATACAACTATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTC-
374 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
** ** * * ** * *
13146 AAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGTCTTTTCATGCCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATG-GTCGC
439 AAAGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATACCTTTTTCTTCATGTTTC-C
*
13209 AAAGGCAGAC
501 CAAGGCAGAC
* * * * *
13219 ATTCAATTATAGCCTTGTTTAATAAAAAATGTAAACAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGAT
1 ATTCAATTATAGTC-TGTTTAACAAAAAATGT-AA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
13284 TATAAAATCATCTAAAGCGTGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAAATGAACCTTTT
63 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTT
* * * *
13349 -TT-ATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCT
127 CTTGCT-AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCT
13381 TGAGGTAGAC
Statistics
Matches: 2219, Mismatches: 408, Indels: 184
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
503 2 0.00
504 8 0.00
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509 41 0.02
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525 7 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
ATTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CTAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGAAGACATTCAATTATAATCTGTTCTAACTAAA
AATGAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTT
TCCTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAATGGATGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAGAC
Found at i:15717 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13889--15714 Score: 1248
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 170
13879 NNNNNNNNNN
* * * * * *
13889 AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGACTAAGAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** * * * *
13954 AAGACATG-GATGACTATAAATTAACTTTTGTAGTTAATGAATGGCTTTTTG-TTCACGTTT-CT
66 AAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGAC-TTTTGCTTCACGTTTCCT
* ** *
14016 CATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTA
129 -AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAAATGTA
** * * * *
14059 AAACAATTGTACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGTCTTTT
1 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *** * * * *
14124 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGCACTTTTCACCCTTATGGATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCCA
65 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTA
* * * *
14189 GGGCAGATATTCAATCATAATATATTTTAATAAAAAATATAA
130 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-A
* * * * **
14231 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATCATACAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * ** * * * *
14296 AATGAATGAGTGACTTTATGTAGACTTTTCTTGCTAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTT-TTGA
66 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCT-A
* * **** *
14360 AAGCAGACGTTCAATTATTGCCT-TTTTAACAAAAAATGTAA
130 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-A
* * * * * * * ** *
14401 AAAAATTCACCTTAAAATTAATTATTAGCTTATAACACTATTTAAAGCAAACAATAAGGCTTTCG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * * * * *
14466 AAGGCTTAAGTCACTATAAATGAACTTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCAA
66 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
*** ** * * **
14531 GATTGACATTCAATTATAGCATTTTTTACT--AAAATACA
131 GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA
* * * **
14569 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAACGCGAGTAATAAGATTTTTG
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * * *
14634 AAGGAATGGGTTACTATATATGAACTTTTCTTG-TCAATAAATGACTTTTGCCTCACGTTTCTTG
66 AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTA
** * * *
14698 AGGTGGACATTTAATTATAATATATTTTTA-AAAAAATATAA
130 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGT-A
* * * * * * *
14739 AAAAATACAAATTAAAATCCATTATGAGATTACAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAGGGCTATC
1 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
14804 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATAAATGACTTTTGCCTT-ACGTTTCC
65 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGACTTTTG-CTTCACGTTTCC
** * * * * *
14867 TGGGGTAAAGATTCAATTATAAGATATTTT-ATCCAAAAATGTA
128 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT-AAAAAATGTA
* ** * * *
14910 AAAAAGTTTAACTTAAAATCAGCTATGAGATTAAAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
1 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * *
14975 GAAGGCATGGGTGACTATACATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT-AGCTTTT-TTTCATGTTTCCT
65 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCCT
** ** *** *
15038 AATACAGACATTCAA--ATGCTATCAGTTTTAACCGAAAATATA
129 AAGGCAGACATTCAATTATAATAT-A-TTTTAATAAAAAATGTA
* * * * *
15080 AAAAACTTCAACTTCAAATCAATTATGAGAGTATAAAACTATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTC
1 AAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * *
15145 GAAGGCATGGGTGACTATAGATAGACTTTTCTTG-TCAATGAA-GAGTTTTTTCTTCATGTTTCT
65 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT-AATGAATGA-CTTTTGCTTCACGTTTCC
* * * * * * * * *
15208 TGATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTGATCAAAAATGTTA
128 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATG-TA
********* *
15252 AAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNG-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTATTAAGGCTTTT
1 AAAAATTCAACTTAAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * * * * * **********
15316 GAAGACTTAAGCGAATATAAATGGACTTTTTTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCNNNNNNNNNN
65 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTA
* * * *
15381 AGGCAAACATTCAATTATAATATAGTTTAACAAAAAATGAAA
130 AGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATG-TA
* * *
15423 AACAAATTC-ACTTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTT
1 AA-AAATTCAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* ** * * * * * * * * *
15487 CGAAAACTTAAGCGACAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-AATATTTGCTTCATGTTTCC
64 TGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACT-TTTGCTTCACGTTTCC
* *
15551 TAAGGCAGACTTTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGCA
128 TAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA
* * * * *
15594 AAACAATTCAACTTCAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAATTATAAGGCTTTT
1 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
15659 GAAGGCATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACTAATGAATGACTTTTTCTTCA
65 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTGCTTCA
15715 TGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 350, Indels: 79
0.75 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 125 0.10
169 14 0.01
170 291 0.23
171 657 0.52
172 175 0.14
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGACTTTTGCTTCACGTTTCCTAA
GGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA
Found at i:16351 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16010--16852 Score: 684
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
16000 NNNNNNNNNN
* * *
16010 AAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTATTAAGGCTTTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* ** * * * * * * * *
16075 GAACG-TTTGGGTTACTATAGATGAAAC-TTTCTTACTAATGAATAGCTTTTTCTTCATGTTTCC
66 GAA-GACTTAAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * * * * * * * *
16138 TAATGTAGACGTTCAAATGTTATTTGTTTTAACCATAAATGTA
129 TAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATA
* * * * * *
16181 AAAAAATTTAACTCAAAATCAATTAAGAAATTATAAAATCATTTAACGCGAGTAGTAAGGCTTTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
16246 GAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTCCTTTACGTTTCTTA
66 GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* * *
16311 AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTA
131 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATA
* * ********** * * *
16352 AAAAAGTCTAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAACGAATAATAAGGCTCTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
*
16417 GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGCCGATGAATAACTTTTTGCTTCACGTTTCT
66 GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTT-CTTCACGTTTCT
* * * *
16481 TGAGGCATACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATACA
129 TAAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATA
* * * * *
16524 AAAAAATTGAACTTAAAATTAATTATGTGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * ** * *
16589 AAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACTGTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
66 GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* * * * * * *
16654 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTGACTAAAAATATA
131 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATA
* * ********** * *
16695 AAAAAATTAAACTGAAAATCAATTATGAGANNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTT
1 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * * * *
16760 AAAGATTTAAGCGACTAGAAATGGACTCTTCTTGCCAATGGATAACTTTTACTTCACGTTTCCTA
66 GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTA
* *
16825 AGGTAAACTTTCAATTATAATATATTTT
131 AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT
16853 GAGATTATAA
Statistics
Matches: 520, Mismatches: 147, Indels: 10
0.77 0.22 0.01
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 383 0.74
172 134 0.26
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAACTTTTTCTTCACGTTTCTTA
AGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATA
Found at i:16550 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 16236--16550 Score: 346
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
16226 ACGCGAGTAG
* * * *
16236 TAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTCCTTT
1 TAAGGCTCTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTCCTTC
* * ** *
16301 ACGTTTCTTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATGTAAAAAAGTCTAACTT
66 ACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATCTAACTT
16366 AAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAACGAATAA
131 AAAATCAATTATGAG----------CATTTAAAACGAATAA
* * * *
16407 TAAGGCTCTCGAAGACTTAAGTGACTATAAATGGACCTTTT-TTGCCGATGAATAACTTTTTGCT
1 TAAGGCTCTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGA-CTTTTCTTACCAATGAATAAC-TTTTCCT
* * *
16471 TCACGTTTCTTGAGGCATACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATACAAAAAAAT-TGAA
64 TCACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATCT-AA
*
16535 CTTAAAATTAATTATG
128 CTTAAAATCAATTATG
16551 TGATTATAAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 17, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 45 0.36
172 79 0.64
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TAAGGCTCTCGAAGACTTAAGCGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTCCTTC
ACGTTTCTTAAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATACAAAAAAATCTAACTT
AAAATCAATTATGAGCATTTAAAACGAATAA
Found at i:17857 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16947--20825 Score: 2623
Period size: 171 Copynumber: 22.7 Consensus size: 171
16937 TTTTTTTTTC
* * * * * *
16947 ATGTA-ACATTCAAATATAATTATCAATTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAGGAATAAAGTTAAAA
1 ATGTAGACATTCAATTATAA-TAT--A-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAA--ATTTAACTTAAAA
* * ** * * *
17011 TTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTAAGCGACAAT
60 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTAT
* * * *
17076 AAATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTG
125 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * * *
17123 AGGTA-AGCATTCTATTATAAAATATTGTAATAAAAAATTGTAAAACAATTTAACTTAAAATAAA
1 ATGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA-TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * ********** * ** *
17187 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTATAGAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAAT
* * * *
17252 GGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATGTTTTTCTTCACGTTTCCCG
129 GGACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * * *
17295 ATGTATACATTCAAATATTATCA-ATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAN
1 ATGTAGACATTCAATTATAAT-ATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
********* * * * * * *
17358 NNNNNNNNNTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATACTTAAGCGATTATAAAT
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAAT
** * * * * * *
17423 AAACTTTTCTTGCCAATGCATGAATTTTGCCTC-TCGTTTCC-C
129 GGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCCTG
* * * * * * * *********
17465 AAGATAGATAGTCAATTATAATATGTTTTGACAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNN
1 ATG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * * * * * *
17530 NTATGAGATTATAAAATCATGTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATAGGTGACTATAGA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTAAGTGACTATAAA
* * * *
17594 TGGAC-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTG
128 TGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * * * * * *
17637 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTTTAGCCAACAATGTAAGAAAATTTAACTTGAAATGAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * *
17702 ATCAGATCATAAAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTGGAAGACTTAAGAGACTATAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGG
** **
17767 ACTTTTCTTACTGATGGATGACTTTGGCTTCATGTTTCCTG
131 ACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * *
17808 AGGTAGACATTCAATTAAAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * ** * *
17873 ATGAGATTATAAAACTA-TTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AGCGCATCGGTGATTATAGATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-ACTTAAGTGACTATAAATG
* ** * *
17936 GACTTTTCTTGCCAATAAAT-ATCTTTTTCTTCATGTTTCTTT
130 GACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * * * * *
17978 ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTGA-AAGAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCTATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* ** * * * *
18042 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGCGACAATAGAA-G
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATA-AATG
* * * *
18106 GACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCAC-A
130 GACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTC-CTG
* * * * * * * *
18148 ATGTAGACATTCAAATATTATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAGCAAA-TTAACTTAAAATTAAT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * ** *
18212 TATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATATGG-TTGTCGAAGACTTAAGCCAGTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TTGAAGACTTAAGTGACTATAAAT
* * * * * *
18276 GGAGTTTTCTTACTAATCGATAACTTTTGT-TTCATGTTT-TTCA
129 GGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTT-TCTTCATGTTTCCT-G
* * * *
18319 AGGTAGACATTCAATTACAATATATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * ** * * * *
18384 TATGAGATTATAAAATCATGTACAA-TAAGTAATAAGAC-TTAGGAGACTTAAATGACTATAAAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAAT
* * * * * * *
18447 GGACTTTTCTTACCAATAGATGTCTTTTGCATCACGTGT-CTT
129 GGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * *
18489 AAGATAGATATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAAATTTAACTTTAAATGA
1 ATG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCA
* **
18554 ATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGCAACTATAAA
63 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAA
* * * * **
18619 TGGACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTCTGCTTCATGTTTTTTG
128 TGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *
18663 AGGCAGACATTCAATTATAATATATCTT---AAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * *
18725 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-A-ACTCATGGATGACTATAGAT
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTA-AG-TGACTATAAAT
* *** * * *
18788 GAACTTTTCTTGTTAA-GGAATGGCTTTTTCTTTATGTTT-CTC
129 GGACTTTTCTTACCAATGG-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *
18830 ATTGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTTGACTTAAAATCAAT
1 A-TGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
** * * * *
18895 TATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATATGCCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATG
* * * * * *
18960 AACTTCTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTTCTA
130 GACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * *****
19002 AGGTAAAGATTCAATTACAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATNNNNN
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
***** * * ** * ** *
19067 NNNNNATTCTAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAACGA-ATGGGTGACTATAGATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTAAGTGACTATAAATG
* ** ** *
19131 GACTATTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCCCAT-TTT-CT-
130 GACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTT--CATGTTTCCTG
* * * * * * *
19172 AAGATAGACATTC-A-GATACTATCAGTTTAACAAAAAATGTAAGAGAATTCAACTTAAAATCAA
1 ATG-TAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * * * * ** *
19235 TTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCG-AGCGCATGGGTGACTATAGA
64 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-ACTTAAGTGACTATAAA
* * * * ** **
19298 TAGA-TTTTCCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTATTG
128 TGGACTTTT-CTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * *
19342 ATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTACAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
********** * * ** * *
19407 ATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA-AGCATGGGTGGCTATAGATG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGA-CTTAAGTGACTATAAATG
* * * * * *
19471 GATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-CTCA
130 GACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-G
* * * * ** * * *
19513 ATGTAAACAAAT-AAATATTACCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAAT
1 ATGTAGAC-ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * ** *
19577 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCG-AGTGCATGGGTGACTATAGAT
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-ACTTAAGTGACTATAAAT
* * *
19641 GGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTTTTTATGTTT-CTCG
129 GGACTTTTCTTACCAATGGATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCT-G
* * * * ** * *
19684 ATGTAGACATTCAAATATTATCTGTTGGAATAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * *
19749 ATGAGATTATAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGTAGATGT
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGG
* * * * *
19814 ACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCTTTATGTTT-CTCG
131 ACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-G
* * * * ** * * *
19855 ATGTAGACATTTAAATATTATCTATTTTGATTAGAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAAT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * *
19920 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGACTTAAGGGACTAGAAATG
65 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATG
* *
19985 GACTTTTCTTACCAATGGATGAATTTTGCTTCATGTTTCCTG
130 GACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * *
20027 ATGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * ** * *
20092 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCAACTATAAAAGT
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
20157 ACTTCTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTTTCC-A
131 ACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATG-TTTCCTG
* * * * * * * **
20198 AAGCAGACTTTCAATTATAATATAGTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATGTATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * ** * *
20263 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTGTAAATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGG
* * * *
20328 ACTTTTATTGA-CAATGAATGAGGTTTTT-TTCATGTTTCC-C
131 ACTTTTCTT-ACCAATGGATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * **
20368 ACTGTAGACATTTAA--A-AATTATCAGTTTTAACAACAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAATC
1 A-TGTAGACATTCAATTATAA-TAT-A-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
* * * *
20430 AATTATG-GCATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGACTTAAGCGAACTAT
62 AATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTG-ACTAT
* * *
20494 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTGTGCTTCACGTTT-CTAG
125 AAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCT-G
* * * * * * * *
20541 AGGTAGGCATTCTATTATATTATATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAA-TCAGCTTAAAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* * * * * * * * *
20605 ATGAGATTATAAAATCATTTAATGTGACTAATATGGCTTTTGAAGGCATATGTGACTATAGATGG
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGG
* * * * ** **
20670 ACTGTTT-TTCCCAATAGATGACTTTTGCCTCACATTTTTTG
131 ACT-TTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
* * * * * * * *
20711 AGGCAAACATTCAGTTATATTATATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCAATT
1 ATGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
** * **
20776 ATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGACTTA
66 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTA
20826 TCTTACCAAT
Statistics
Matches: 2885, Mismatches: 719, Indels: 203
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
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167 8 0.00
168 125 0.04
169 135 0.05
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176 7 0.00
177 11 0.00
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Consensus pattern (171 bp):
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ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTTTCTTCATGTTTCCTG
Found at i:18325 original size:511 final size:507
Alignment explanation
Indices: 17005--20825 Score: 2565
Period size: 511 Copynumber: 7.5 Consensus size: 507
16995 AGGAATAAAG
* * * * *
17005 TTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTAAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * * * ** *
17070 GACAATA-AATGGACTTTTCTTGCTAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCAT
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* * * ** * * * *
17133 TCTATTATAAAATATTGTAATAAAAAATTGTAAA-ACAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATT
129 TCAAATATTATCTGTT-TACT-AAAAA-TGTAAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * ********** * **
17197 ATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGNNNNNNNNNNCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCT
190 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCT
* * * ** * * *
17262 TACCAATGAAT-A-TGTTTTTCTTCACGTTTCCCGATGTATACATTCAAATATTATCAATTTTAA
255 TACTAATGAATGACT-TTTCT-TTCATGTTTTTCGATGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAA
* * * **********
17325 TC-AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAATCATTTAAAGTGAGT
318 -CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTGAGT
* * * * * * ** * * * *
17389 AATAAGGCTTTCGAATACTTAAGCGATTATAAATAAACTTTTCTTGCCAATGCATGAATTTTGCC
381 AATAAGACTTTTG-AGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTTTGCT
** * * * * * * * *
17454 TC-TCGTTTCCCAA-GATAGATAGTCAATTATAATATGTTTTGACAAAAAAATATAAAAAAATTC
444 TCAT-GTTTCTTAATG-TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAATGT-AAAAAATTT
17517 AAC
505 AAC
********** * * * * * * *
17520 TNNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAATCATGTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACGCATAGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * * * **
17585 GACTATAGATGGAC-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGATGTAGACATTC
66 GACTATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTC
* * * * * * *
17649 AAATATTATCTGTTTTAGCCAACAATGT-AAGAAAATTTAACTTGAAATGAATTATCAGATCATA
131 AAATATTATCTG-TTTA-CTAAAAATGTAAAG-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
17713 AAACCATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTGGAAGACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTAC
193 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTAC
* * * * * ** *
17778 TGATGGATGACTTTGGC-TTCATG-TTTCCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATATATTTTAACAA
258 TAATGAATGACTTT-TCTTTCATGTTTTTC-GATGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAA
* * *
17841 AAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTAATGCGAGTAATA
321 AAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGTGAGTAATA
* * * * * * * ** *
17905 AGGCTTTTGAGCGCATCGGTGATTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCAT
385 AGACTTTTGAG-ACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATA-CTTTTGCTTCAT
* * * * * * * *
17970 GTTTCTTTATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTGA-AAGAAATGTAAAAATATTCAAT
448 GTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-ATTTAAC
* * *
18030 TTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * *
18095 GACAATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCACAATGTAGACATTC
66 GACTATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTC
* * *
18160 AAATATTATTTGTTTTGACTAAAAATGTAAAGCAAATT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTACA
131 AAATATTATCTG-TTT-ACTAAAAATGTAAAG-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * ** * * *
18224 AAGCCATTTAAAGCGAGTAATATGG-TTGTCGAAGACTTAAGCCAGTATAAATGGAGTTTTCTTA
193 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTA
* * * * ** * *
18288 CTAATCG-ATAACTTTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTACAATATATTTTAAGAA
257 CTAAT-GAATGACTTTTCTTTCATGTTTTTCGATGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAA
* * *
18352 AAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTACAA-TAAGTAA
321 AAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTA-AAGTGAGTAA
** ** * * *
18416 TAAGACTTAGGAGACTTAAATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGTCTTTTGCATCA
383 TAAGACTTTTGAGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTTTGCTTCA
* * * * * *
18481 CGTGTCTTAA-GATAGATATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAAATTTAAC
447 TGTTTCTTAATG-TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAAATGT--AAAAAATTTAAC
* * * * * *
18545 TTTAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * * * * * ** * *
18610 AACTATA-AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTCTGCTTCATGTTTTTTGAGGCAGACATT
66 GACTATAGAA-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATT
* * * * *
18674 CAATTATAATATATCTTA--AAAAATATAAA-AATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
130 CAAATATTATCTGT-TTACTAAAAATGTAAAGAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
18736 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-A-ACTCATGGATGACTATAGATGAACTTTTCTT
193 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA-AG-TGACTATAGATGGACTTTTCTT
** * * * * *
18799 GTTAAGGAATGGCTTTTTCTTT-ATGTTTCTC-ATTGTAGACATTTAATTATTATCTGTTTTAAC
256 ACTAATGAATGAC-TTTTCTTTCATGTTTTTCGA-TGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAAC
* *
18862 AAAAAATGTTAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAA
319 AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAATATTTAAAGTGAGTAA
* * * * * *
18927 TATGCCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAACTTCTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTC
383 TAAGACTTTTG-AGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTTTGCTTC
* * * *
18992 ACGTTT-TCTAAGGTAAAGATTCAATTACAA-CATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAAC
446 ATGTTTCT-TAATGTAAACATTCAATTATAATC-TATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAAC
********** * * ** * * * ** *
19055 TTAAAATNNNNNNNNNNATTCTAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * * * *
19120 GACTATAGATGGACTATTCTTGTCAATTAATGGCTTTTTCTTCCCAT-TTTCT-AA-GATAGACA
66 GACTATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTT--CATGTTTCTCAATG-TAGACA
* * * *
19182 TTCAGATACTATCAGTTTAACAAAAAATGT-AAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
128 TTCAAATATTATCTGTTT-ACTAAAAATGTAAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** *
19246 TAAAA-TATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCG-AGCGCATGGGTGACTATAGATAGA-TTTTCC
191 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-ACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTT-C
* * * *
19308 TTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTACAT-TTATT-GATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTA
254 TTACTAATGAATGAC-TTTTCTTT-CATGTTTTTCGATGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTA
* **********
19371 ACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTACAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGT
317 ACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAATATTTAAAGTGAGT
* * * * * * * * * * * *
19436 AATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGGCTATAGATGGATTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCT
381 AATAAGACTTTTGAGA-CTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTTTGCT
* * * * * *
19501 TCATGTTTCTCAATGTAAACAAAT-AAATATTACCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAA
444 TCATGTTTCTTAATGTAAAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AATTTAA
19565 C
507 C
* * **
19566 TCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCG-AGTGCATGGG
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATAAG
* * * * * *
19630 TGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTTTTTTATGTTTCTCGATGTAGACAT
65 CGACTATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGA-CTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACAT
* * *
19694 TCAAATATTATCTGTTGGAATAAAAAATGTAAA-AATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
129 TCAAATATTATCTGTT-TACT-AAAAATGTAAAGAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
19758 TAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGTAGATGTACTTTTCTT
191 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTT
* * * * * * **
19823 GCCAATGAATGGCTTGTTCTTT-ATGTTTCTCGATGTAGACATTTAAATATTATCTATTTTGATT
256 ACTAATGAATGACTT-TTCTTTCATGTTTTTCGATGTAGACATTCAATTATTATCTATTTT-AAC
* * *
19887 AGAAAATATAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAA
319 AAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGTGAGTAA
* *
19952 TAAGACTTTTGAAGACTTAAGG-GACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGAATTTTGCTT
383 TAAGACTTTTG-AGACTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTTTGCTT
* * * * * *
20016 CATGTTTCCTGATGTAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAAC
445 CATGTTTCTTAATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAT-GTAAAAAATTTAAC
* * *
20080 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGC
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * * * * * * * * * *
20145 AACTATAAAAGTACTTCTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAAGCAGACTTT
66 GACTATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAATGTAGACATT
* * * * **
20209 CAATTATAATATAGTTTAATAAAAAATGTAAA-ACAATTCAACTTAAAATGTATTATGAGATTAT
130 CAAATATTATCT-GTTTACT-AAAAATGTAAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * * *
20273 AAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTGTAAATGGACTTTTATTG
192 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTT-
* * * * **
20338 AC-AATGAATGAGGTTTT-TTTCATG-TTTCCCACTGTAGACATTTAAAAATTATC-AGTTTTAA
256 ACTAATGAATGA-CTTTTCTTTCATGTTTTTCGA-TGTAGACATTCAATTATTATCTA-TTTTAA
* ** * * *
20399 CAACAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATG-GCATTAGAAAACCATTTAAAGCGAGT
318 CAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAA-TATTTAAAGTGAGT
* * * *
20463 AATAA-AGCTTTTAAAGACTTAAGCGAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTGTG
381 AATAAGA-CTTTT-GAGACTTAGGTG-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGAT-ACTTTTG
* * ** * * * * *
20527 CTTCACGTTTC-TAGAGGTAGGCATTCTATTATATTATATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAA-TC
442 CTTCATGTTTCTTA-ATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAA-TGTAAAAAATTT
*
20590 AGC
505 AAC
* * * * * * * *
20593 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTGACTAATATGGCTTTTGAAGGCATATGT
1 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
* * * * ** * ** * * *
20658 GACTATAGATGGACTGTTT-TTCCCAAT-AGATGACTTTTGCCTCACATTTTTTGAGGCAAACAT
66 GACTATAGAAGGACT-TTTCTTGCCAATGA-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACAT
* * * *
20721 TCAGTTATATTATAT-TTTAACAAAAAATATAAA-AAACTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
129 TCA--AATATTATCTGTTT-ACTAAAAATGTAAAGAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
** * *
20784 ATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGACTTA
190 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTA
20826 TCTTACCAAT
Statistics
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516 6 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (507 bp):
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAAGC
GACTATAGAAGGACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTC
AAATATTATCTGTTTACTAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACTAA
TGAATGACTTTTCTTTCATGTTTTTCGATGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAAT
GTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGACTT
TTGAGACTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATACTTTTGCTTCATGTTTCTTA
ATGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAAC
Found at i:18360 original size:682 final size:678
Alignment explanation
Indices: 16852--20822 Score: 3045
Period size: 682 Copynumber: 5.8 Consensus size: 678
16842 TAATATATTT
* * *
16852 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTCGAAGACAT-GAGTGACTATAGATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAG-GTGACTATAAATGG
* ** *
16916 ACTTTTCTTGA-C---G-ATAA-ATGGTTT--T-TTTTTC-ATGTA-ACATTCAAATATAATTAT
65 ACTTTTCTT-ACCAATGAATAACTTTTTTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTCAAATACAA-TAT
* * * * * * *
16970 CAATTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAGGAATAAAGTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACCAT
128 --A-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAA--ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
** * * * * *
17035 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTAAGCGACAATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGGA
188 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGA
* * * * *
17100 TGACTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGTA-AGCATTCTATTATAAAATATTGTAATAAAAAATTGT
253 TGACTTTGGCTTCATGTTTC-TGAGGTAGA-CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAA-TGT
* * * * ****
17164 AAAACAATTTAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAACTAATAAGGNNNN
315 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
****** * * * **
17229 NNNNNNCATGGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATATGTTTTTCTTCACGTTTCCC
379 TGAAGGCATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCACGTTTCTT
* * * *
17294 GATGTATACATTCAAATATTATCAATTTTAATC-AAAAATATAAAAAAATTCAAGTTAAAATCAN
444 GATGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAA
********* * * * * *
17358 NNNNNNNNNTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAATACTTAAGCGATTATA-AA
507 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACTATAGAA
* * * * * * * * *
17422 TAAACTTTTCTTGCCAATGCATGAATTTTGCCTC-TCGTTTCCCAA-GATAGATAGTCAATTATA
572 -GAACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAATG-TAGACATTCAATTATT
* * * **********
17485 ATATGTTTTGACAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTNNNNNNNNNNTA
634 ATCTGTTTTAAC-AAAAAATGT-AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTA
* * * * *
17533 TGAGATTATAAAATCATGTAAGGCAAGTAATAAGGCTTTCGAACG-CATAGGTGACTATAGATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GACATAGGTGACTATAAATGG
** * * ** *
17597 AC-TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTT-GATGTAGACATTCAAATATTATCT
65 ACTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTT-TTCATGTTT-TTCAATGTAGACATTCAAATACAATAT
* * * * * * * * *
17660 GTTTTAGCCAACAATGTAAGAAAATTTAACTTGAAATGAATTATCAGATCATAAAACCATTTAAA
128 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * **
17725 GCGAGTAGTAAGGCTTTGGAAGACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACTGATGGATGACT
193 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACT
* *
17790 TTGGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
258 TTGGCTTCATGTTT-CTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
*
17855 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA-TTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AGCG
322 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-G
* * * * * * *
17918 CATCGGTGATTATAGATGGACTTTTCTTGCCAATAAATATCTTTTTCTTCATGTTTCTTTATGTA
385 CATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCACGTTTCTTGATGTA
* * * * *
17983 GACATTCAAATATTATCTATTTTGA-AAGAAATGTAAAAATATTCAATTTAAAATCTATTATGAG
450 GACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
18047 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAAGCGACAATAGAAGGACTTT
514 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACTATAGAAGAACTTT
* * * * *
18112 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTTTTCATGTTTCACAATGTAGACATTCAAATATTATTTGTTTTG
579 TCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTA
* *
18177 ACTAAAAATGTAAAGCAAATTAACTTAAAATTAATTA
644 ACAAAAAATGTAAA--AAATTAACTTAAAATCAATTA
* * * * * ** *
18214 TGAGATTACAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATATGG-TTGTCGAAGACTTAAGCCAGTATAAATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGACATAGGTGACTATAAATGG
* * * *
18278 AGTTTTCTTACTAATCG-ATAACTTTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTACAATAT
65 ACTTTTCTTACCAAT-GAATAACTTTT-TTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTCAAATACAATAT
* * * *
18342 ATTTTAAGAAAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATGTAC
128 ATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA-
** * * * *
18407 AA-TAAGTAATAAGAC-TTAGGAGACTTAA-ATGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATG
191 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGA-GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
* * * * * * * * *
18469 TCTTTTGCATCACGTGTCTTAAGATAGATATTCAGTTATAATATATTTTAACAAAAAAATGTAAA
255 ACTTTGGCTTCATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAAATGT-AA
* *
18534 AAAAATTTAACTTTAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
317 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * ** * * * * * * *
18599 AAGACTTAAGCAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAACTTCTGCTTCATGTTTTTTGA
381 AAGGCATAGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCACGTTTCTTGA
* * * * * *
18664 GGCAGACATTCAATTATAATATATCTT---AAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTA
446 TGTAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** * * *
18726 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAACTCAT-GGATGACTATAGATGA
510 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAG-CGACTATAGAAGA
** * * * * *
18790 ACTTTTCTTGTTAAGGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCATTGTAGACATTTAATTATTATCTG
574 ACTTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATTATCTG
*
18855 TTTTAACAAAAAATGTTAAAAAATTTGACTTAAAATCAATTA
639 TTTTAACAAAAAATG-TAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTA
** * * * * * * * *
18897 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATATGCCTTTTGAAGACTTAAGCGACTATAAATGAA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * * * *
18962 CTTCTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTCACG-TTTTCTAAGGTAAAGATTCAATTACAACATA
66 CTTTTCTTACCAATGAATAACTTTT-TTTCATGTTTTTC-AATGTAGACATTCAAATACAATATA
********** * * *
19026 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATNNNNNNNNNNATTCTAAAACTATTTAAAA
129 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * * ** ** *
19091 TGAGTAATAAGGCTTTTGAACGA-ATGGGTGACTATAGATGGACTATTCTTGTCAATTAATGGCT
194 CGAGTAATAAGGCTTTTGAA-GACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACT
** * * * * * * *
19155 TTTTCTTCCCAT-TTTCTAAGATAGACATTC-A-GATACTATCAGTTTAACAAAAAATGTAAGAG
258 TTGGCTT--CATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATAT-ATTTTAACAAAAAATGTAAAAA
* * *
19217 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCCAGTAATAAGGCTTTCG-AGC
320 AATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-
* * * * * * *
19281 GCATGGGTGACTATAGATAGA-TTTTCCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTATTGATG
384 GCATAGGTGACTATAGATGGACTTTT-CTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCACGTTTCTTGATG
* * *
19345 TAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTACAATCAATTATG
448 TAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
********** * ** * * * * *
19410 AGNNNNNNNNNNCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-CATGGGTGGCTATAGATGGAT
512 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGACATAAGCGACTATAGAAGAAC
* * * * * *
19474 TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAAACAAAT-AAATATTACCTGT
576 TTTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGAC-ATTCAATTATTATCTGT
*
19538 TTTAACAAAAAATGTAAAAGAATTTAACTCAAAATCAATTA
640 TTTAACAAAAAATGTAAAA-AA-TTAACTTAAAATCAATTA
* * * *
19579 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGCTTTCG-AGTGCATGGGTGACTATAGATGG
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-ACATAGGTGACTATAAATGG
* * * * ** * *
19643 ACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTTTTTTATGTTTCTCGATGTAGACATTCAAATATTATCTG
65 ACTTTTCTTACCAATGAATAAC-TTTTTTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTCAAATACAATATA
** * * * *
19708 TTGGAATAAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAGG
129 TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * * * *
19773 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGTAGATGTACTTTTCTTGCCAATGAATGGC-T
194 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTT
* * * * * * * ** * *
19837 TGTTCTTTATGTTTCTCGATGTAGACATTTAAATATTATCTATTTTGATTAGAAAATATAAAAAA
259 TG-GCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTT-AACAAAAAATGTAAAAAA
* * * *
19902 ATTTAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGA
321 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
19967 CTTAAGG-GACTAGAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGA-ATTTTGCTTCATGTTTCCTGATG
385 CAT-AGGTGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATCTTTTGCTTCACGTTTCTTGATG
* * * * * * *
20030 TAAATATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAAATATTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
448 TAGACATTCAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATA-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
** * * * * *
20095 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCAACTATAAAAGTACT
512 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACTATAGAAGAACT
* * * * * * * * * *
20160 TCTCTTGCCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTT-TCCAAAGCAGACTTTCAATTATAATATAG-
577 TTTCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCT-CAATGTAGACATTCAATTATTATCT-GT
* **
20223 TTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATGTATTA
640 TTTAACAAAAAATGTAAAA-AATT-AACTTAAAATCAATTA
* * * * * *
20264 TGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGATTGTAAATGGA
1 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGA
* ** ** * * *
20329 CTTTTATTGA-CAATGAATGAGGTTTTTTTCATGTTTCCCACTGTAGACATTTAAA-A-ATTATC
66 CTTTTCTT-ACCAATGAAT-AACTTTTTTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTCAAATACAATAT-
* ** *
20391 AGTTTTAACAACAAATGTAAAAAAATTCGACTTAAAATCAATTATG-GCATTAGAAAACCATTTA
128 A-TTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTA
* * *
20455 AAGCGAGTAATAAAGCTTTTAAAGACTTAAGCGAACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
191 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGAG-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATG
* * * * * *
20520 AC-TTGTGCTTCACGTTTCTAGAGGTAGGCATTCTATTATATTATATTTTAACAAAAAATTTTAA
255 ACTTTG-GCTTCATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAA
* * * * * *
20584 AAAA-TCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAATGTGACTAATATGGCTTTTGA
318 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
20648 AGGCATATGTGACTATAGATGGACTGTTT-TTCCCAAT-AGATGA-CTTTTGCCTCACATTTTTT
382 AGGCATAGGTGACTATAGATGGACT-TTTCTTACCAATGA-AT-ATCTTTTGCTTCACGTTTCTT
* * * *
20710 GAGGCAAACATTCAGTTATATTA--TATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTCAACTTAAAATCA
444 GATGTAGACATTCA--AATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCA
** * *
20773 ATTATGAGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGAC
506 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAC
20823 TTATCTTACC
Statistics
Matches: 2615, Mismatches: 579, Indels: 189
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
678 6 0.00
679 86 0.03
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ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (678 bp):
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTACCAATGAATAACTTTTTTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTCAAATACAATATATT
TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTTGAAGACTTAAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGGATGACTTTG
GCTTCATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAGG
TGACTATAGATGGACTTTTCTTACCAATGAATATCTTTTGCTTCACGTTTCTTGATGTAGACATT
CAAATATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACATAAGCGACTATAGAAGAACTTTTCTTGCC
AATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAA
ATGTAAAAAATTAACTTAAAATCAATTA
Found at i:28103 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 28017--28155 Score: 235
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
28007 CAAGAAGTAG
* *
28017 TGTTAGTCGACTAAGAGCTTACTGCCAAAAACTGGGTTCAGAGACAGAA-ATGACTTAATCGACT
1 TGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGGGTTCAAAGACA-AAGATGACTTAATCGACT
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65 AAAAAGTTT
*
28090 TGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGTCAAAAACTGGGTTCAAAGACAAAGATGACTTAATCGACTA
1 TGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGGGTTCAAAGACAAAGATGACTTAATCGACTA
28155 A
66 A
28156 GTGGCAATGT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 3, Indels: 2
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.03
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ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (73 bp):
TGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGCCAAAAACTGGGTTCAAAGACAAAGATGACTTAATCGACTA
AAAAGTTT
Found at i:28167 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 28017--28194 Score: 214
Period size: 73 Copynumber: 2.4 Consensus size: 73
28007 CAAGAAGTAG
* * *
28017 TGTTAGTCGACTAAGAGCTTACTGCCAAAAACTGGGTTCAGAGACAGAAATGACTTAATCGACTA
1 TGTTAGTCGACTAAGAGCATACTGTCAAAAACTGGGTTCAAAGACAGAAATGACTTAATCGACTA
***
28082 AAAAGTTT
66 AAAAGCAA
*
28090 TGTTAGTCGACTAAGAGCCTACTGTCAAAAACTGGGTTCAAAGACA-AAGATGACTTAATCGACT
1 TGTTAGTCGACTAAGAGCATACTGTCAAAAACTGGGTTCAAAGACAGAA-ATGACTTAATCGACT
***
28154 AAGTGGCAA
65 AAAAAGCAA
* * *
28163 TGTTAGTTGGCTAAGAGCATTCTGTCTAAAAA
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28195 TTTGAATTGA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 13, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.02
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.21, T:0.26
Consensus pattern (73 bp):
TGTTAGTCGACTAAGAGCATACTGTCAAAAACTGGGTTCAAAGACAGAAATGACTTAATCGACTA
AAAAGCAA
Found at i:31565 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 31195--33302 Score: 1388
Period size: 171 Copynumber: 12.3 Consensus size: 168
31185 NNNNNNATTA
* * * *
31195 ATTTTAAGTTG-AATGTTTTTACATTTTTGGTCAAAACATATAATATTTGAATGTCTA-TATAGT
1 ATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTACT-TAG-
* * * * *
31258 GAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCATGCCTTCAAA
63 GAAACATGAACAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC-TCGAA
* * **
31323 AGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTG
126 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
********** * * * *
31366 ATTTTNNNNNNNNNNTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATAAAATTTGAATGTCGACTTAAGGA
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTACTT-AGGA
* * * *
31431 AACATGAACAAAAAGATATTCATTAGCAGGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCACTCAAAAG
65 AACATGAACAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-CTCGAAAG
* *
31496 CTTTATTACTAGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
128 CCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * *
31537 ATTTTAAGTTGAAATTTCTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCTGCTTTAGG
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA-TAAAATTTGAATGTCTAC-TTAGG
* * ** *
31601 AAACGT-AAGGC-AAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAAACTCCATCTATAGTCACTGATGCGTTCG
64 AAACATGAA--CAAAAAGT-ATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-CTCG
********** * *
31663 AAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATNNNNNNNNNNTCTTATAATAG
124 AAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
31708 ATTTTAAGTTG-AATTATTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAGTTGAAAATCTACCTTAGG
1 ATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTA-CTTAGG
* * * * ** * *
31772 AACCATGAAGC-AAAAG--TT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAA
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* * *
31833 GCTTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATATTTG
127 GCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
31875 ATTTTCAGTT-AAATTTTTTA-ATATATTTTTTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCTGCCTCA
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACAT-T-TTTTGTTAAAATATA-TAAAATTTGAATGTCT-ACTTA
* * * * *
31937 GGAAACGTGAGGC-AAAAGTTATAT-ATTGGCAAGAAAGGTACATCTATAGTCACCCATACCTTC
62 GGAAACATGA-ACAAAAAG-TAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC-TC
* **
32000 GAAAGCCATATTTGTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
123 GAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * ** * * * * *
32046 ATTTTGAGTT-AAATGCTTTTATGTTTTTTGTTAAAATATATTATAA-TAGAATGCCTACATCGA
1 ATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATA-TAAAATTTGAATGTCTACTTAG-
* * * * * * * ** * *
32109 GAAACATAAAGC-AAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATGGTCGCTTAAGTCTTCGA
63 GAAACATGAA-CAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CCTCGA
* *
32173 AAGCCGTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
125 AAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * *
32217 ATTTTAACATG-AATATTTTTACATCTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGG
1 ATTTTAAGTTGAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTAC-TTAGG
* * * * **
32281 AAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGACG
64 AAACATGAACAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC-TCGAAA
* * * * *
32346 GCCTTATTAGTTGTTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTG
127 GCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * * *
32388 ATTTTAAGTT-ATTTTTTTTACAATTTTCTATTAAAATATATTATAA-TAGAATGCCTACCTCTA
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTAC-ATTTTTTGTTAAAATATA-TAAAATTTGAATGTCTA-CT-TA
* ** * * * ** ** * * **
32451 -GAAATATGAACAAAAAGTCACCCGTAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTTAA
62 GGAAACATGAACAAAAAGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CCTCGA
* *
32515 AAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
125 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
*** * * * *
32559 ATTTTAAGTT-TTTTTTTTTTCATTGTTTGTTAAAAT-TGATAATATTTGAATGTCTACATCA-G
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT-ATAAAATTTGAATGTCTAC-TTAGG
* ** ** *
32621 AAA-ATGTAA-AGAAAGGGTCATTCATTGTTAAGAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATGCCTTTG
64 AAACATG-AACA-AAA-AGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC-TCG
* * **
32684 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTCATAATAA
124 AAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * *
32730 ATTTTAAGTTG-AATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAA-TTCAACGTTTGCCTTGG
1 ATTTTAAGTTGAAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATA-TAAAATTTGAATGTCT-ACTTAG
* * * **** * *
32793 GAAACGTG-ACGTAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTTTAAGTCTTCGA
63 GAAACATGAAC-AAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CCTCGA
* * * *
32857 AAGTCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCGTAATTG
125 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
32901 GTTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAAAAGATAAAATTTGAATGTCTACATTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTAC-TTAGGA
* * * * * *
32966 AACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAATAAAAGTCCATCTATTGCCACCTATGCCTTCGAAAG
65 AACATGAACAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCC-TCGAAAG
* *
33031 CCTTATTACTCA-CTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAATTG
128 CCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * *
33072 ATTTTCAGTTGAATTTTGTTTTATATATTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATCAG
1 ATTTTAAGTTGAA-ATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTAC-TTAG
* * *
33137 GAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCATTCGAA
63 GAAACATGAACAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGC-CTCGAA
* * *
33202 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAATTT
126 AGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
** * * * *
33245 ATTTTACCTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTAC
1 ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTAC
33303 ATGATAACTC
Statistics
Matches: 1496, Mismatches: 363, Indels: 156
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 7 0.00
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174 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
ATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATAAAATTTGAATGTCTACTTAGGAA
ACATGAACAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTCGAAAGCCT
TATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
Found at i:32285 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 31195--33304 Score: 1795
Period size: 342 Copynumber: 6.2 Consensus size: 339
31185 NNNNNNATTA
* * * * *
31195 ATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTCAAAACATATAATATTTGAATGTCTATA-TAGTG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAG-G
* * * *
31259 AAACATGAAGAAAAAG-CTATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCATGCCTTCAA
64 AAACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* * ** ********
31322 AAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNT-TTTT
127 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT--AAGTTAATTGTTTT
* * * * * **
31386 ATATTTTTTGTTAAAACAGA-TAAAATTTGAATGTCGA-CTTAAGGAAACATGAA-CAAAAAGAT
190 ACATTTTTTGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGC-AAAAG-T
* * * * * * ** * * * *
31448 ATTCATTAGCAGGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATG-CACTCAAAAGCTTTATTACT-AGCTT
251 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTT
* *
31511 GAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
314 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
31537 ATTTTAAGTTGAAATTTCTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGA
* * * ** *
31602 AACGT-AAGGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAAACTCCATCTATAGTCACTGATGCGTTCGAA
65 AACGTGAA-GAAAAAGTCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
********** * * *
31665 AGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTTATAATAGATTTTAAGTTGAATTATTTTAC
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTTTAC
* ** * *
31730 ATTTTTTGTTAAAATATATTATAGTTGAAAATCTACCT-TAGGAACCATGAAGCAAAAGT-T--A
192 ATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGTATCCA
* *
31791 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCTTTATTACT-AGCTTTAAATA
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATA
*
31855 GTTTTATAATCTCATATTTG
320 GTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
31875 ATTTTCAGTTAAATTTTTTAATATATTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTT--TACATTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGG
* * * * * * *
31939 AAACGTGAGGCAAAAGTTATAT-ATTGGCAAGAAAGGTACATCTATAGTCACCCATACCTTCGAA
64 AAACGTGAAGAAAAAGTCAT-TCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* ** * * *
32003 AGCCATATTTGTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGCTTTTAT
128 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTG-TTTTAC
* * * * *
32068 GTTTTTTGTTAAAATATATTATAATAGAATGCCTACATCGAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCA
192 ATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGT-ATCCA
* * * *
32133 TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATGGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAG
256 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG
32198 TTTTATAATCTCATAATTG
321 TTTTATAATCTCATAATTG
** * * *
32217 ATTTTAACATGAATATTTTTACATCTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATTGGGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGA
* **
32282 AACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGACGG
65 AACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* *** * * * *
32347 CCTTATTAGTTGTTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTATTTTTTTTACAAT
130 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTAC-AT
* * * * * * * *
32412 TTTCTATTAAAATATATTATAATAGAATGCCTACCTCTAGAAATATGAA-CAAAAAGTCACCCGT
194 TTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGC-AAAAGT-ATCCAT
* * ** * * *
32476 AGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
257 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
32541 TTTATAATCTCATAATTG
322 TTTATAATCTCATAATTG
** * * * *
32559 ATTTTAAGTT-TTTTTTTTTTCATTGTTTGTTAAAATTGATAATATTTGAATGTCTACATCAGAA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGA
* * ** ** ** *
32623 AATGTAAAGAAAGGGTCATTCATTGTTAAGAAAAGTTTATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAG
65 AACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAG
* * **
32688 CCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTCATAATAAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA
130 CCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTTTACA
* * * * * * * * * *
32753 TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAACGTTTGCCTTGGGAAACGTGACGTAAAAGTTATTCAT
193 TTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAG-TATCCAT
* * *
32818 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTTTAAGTCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAA-AGG
257 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA-G
*
32882 TTTTATAATCTCGTAATTG
321 TTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * *
32901 GTTTTAAGTTTAATTTTTTTATATTTTTAGTCAAAAAAGATAAAATTTGAATGTCTACATTAAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGA
* * * * *
32966 AACATGAAGAAAAAG-CTATTCATTGACAATAAAAGTCCATCTATTGCCACCTATGCCTTCGAAA
65 AACGTGAAGAAAAAGTC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * *
33030 GCCTTATTACTCACTTTAAACGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTGTTTTA
129 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--TTGTTTTA
* * * * * * * * *
33095 TATATTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATC-AGGAAACATGAAGAAAAAGATATT
191 CATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAG-TATC
* * * ** * **
33159 CATTGGCAAGAGAAGTCCATCTATAGTCACCCATG-CATTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA
254 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTC-TTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
*
33223 T-GCTTTTATAATCTCATAATTT
318 TAG-TTTTATAATCTCATAATTG
** * *
33245 ATTTTACCTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACAT
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACAT
33305 GATAACTCTA
Statistics
Matches: 1422, Mismatches: 302, Indels: 86
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 3 0.00
338 255 0.18
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341 130 0.09
342 706 0.50
343 135 0.09
344 174 0.12
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATAGATAATATTTGAATGTCTACATTAGGAA
ACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGC
CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTACATTT
TTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGTATCCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
TAATCTCATAATTG
Found at i:32559 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 31191--33304 Score: 1550
Period size: 513 Copynumber: 4.1 Consensus size: 507
31181 NNNNNNNNNN
* * * *
31191 ATTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTCAAAACATATAATATTTGAATGTCTATATA
1 ATTAATTTTAACTTGAAT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACATT
* * * * * *
31256 GTGAAACATGAAG-AAAAAGCTATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATCTATAGTCATCCATGCCTT
64 GGGAAACGTGAAGAAAAAATC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTT
* * *** **********
31319 CAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATTCTTTTATAATCTCATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTT
127 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTT
* * * * * * * *
31384 TTATATTTTTTGTTAAAACAGATAAAATTTGAATGTCGAC-TTAAGGAAACATGAACAAAAAGAT
192 TTAAATTTTTAGTCAAAAAAGATAAAATTAGAATGCCTACATTAA-GAAACATGAACAAAAAGCT
** * * * * * * *
31448 ATTCATTAG-CAGGAAAAGTCTATCTATAGTCACCCATGCAC-TCAAAAGCTTTATTACT-AGCT
256 ACCCA-TAGACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCTAAGC-CTTCAAAAACCTTATTACTCA-CT
* * *
31510 TGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATT-TCTTACATTTTTTGTTAAAAT
318 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAAT
* * * * * * * * *
31574 ATATTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACGTAAGGCAAAAGTCA-TCTATTGGCAAGAAAACT
381 ATATAATATTTGAATGTCTACATCA-GAAACATAAAG-AAAAGTCATTC-ATTGGTAAGAAAAGT
* ** * ********** *
31638 CCATCTATAGTCACTGATGCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATNNNNNNNNNNTCTTAT
443 CTATCTATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
31703 A
507 A
* * * * ** *
31704 A-TAGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAGTTGAAAATCTACCT
1 ATTA-ATTTTAACTTGAATT-TTTTACA-TTTTTGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACAT
* * * * * ** * * ** *
31768 TAGGAACCATGAAG-CAAAA--GTT-ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAAGTCTTC
63 TGGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * *
31829 GAAAGCTTTATTACTAGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATATTTGATTTTCAG-TTAAATTTT
128 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTT
* * * * * * * * * * * *
31892 TTAATATATTTT-TTTAAAATATATTATAATT-GAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGAGGC-AAAA
192 TTAA-AT-TTTTAGTCAAAAAAGA-TAAAATTAGAATGCCTACATTAAGAAACATGA-ACAAAAA
* *** * * * * * * * * * **
31954 GTTATATATTGGCAAGAAAGGTACATCTATAGTCACCCATA-CCTTCGAAAGCCATATTTGTCAC
253 GCTACCCATAGACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCTA-AGCCTTCAAAAACCTTATTACTCAC
* * *
32018 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTAAATGCTTTTATGTTTTTTGTTAAAAT
317 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTG-TTTTATATTTTTTGTTAAAAT
* * * * *
32083 ATATTATAATAGAATGCCTACATCGAGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
381 ATATAATATTTGAATGTCTACATC-AGAAACATAAAG-AAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * ** * * *
32148 TATTTATGGTCGCTTAAGTCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
444 TATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
* * *
32213 ATTGATTTTAACATGAATATTTTTACATCTTTTGTTAAAACAGATAATATTTGAATGTCTACATT
1 ATTAATTTTAACTTGAAT-TTTTTACAT-TTTTGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACATT
*
32278 GGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCATGCCTTCG
64 GGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTCG
** * * * * *
32343 ACGGCCTTATTAGTTGTTTTAAACGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTATTTTTTTT
129 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
* * * * * *
32407 ACAATTTTCTA-TTAAAATATATTATAA-TAGAATGCCTACCTCT-AGAAATATGAACAAAAAG-
194 A-AATTTT-TAGTCAAAAAAGA-TAAAATTAGAATGCCTACAT-TAAGAAACATGAACAAAAAGC
* * * *** * * * *
32468 TCACCCGTAGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTTAAGTCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTT
255 T-ACCCATAGACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCTAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTT
* * * *
32533 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTTTCATTGTTTGTTAAAAT-T
319 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATAT
* * *
32596 GATAATATTTGAATGTCTACATCAGAAA-ATGTAAAGAAAGGGTCATTCATTGTTAAGAAAAGTT
383 -ATAATATTTGAATGTCTACATCAGAAACA--TAAAGAAA-AGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* *
32660 TATCTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTTATAATCTCAT
444 TATCTATAGTCACCCATG-CTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTCAT
32725 A
507 A
* * * * * * * * * *
32726 ATAAATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTCAACGTTTGCCTT
1 ATTAATTTTAACTTGAATT-TTTTACA-TTTTTGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACATT
* * * * * * **** *
32791 GGGAAACGTGACGTAAAAGTTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTTTAAGTCTTCG
64 GGGAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTCG
* * * *
32856 AAAGTCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCGTAATTGGTTTTAAGTTTAATTTTTTT
129 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
* * * * **
32921 ATATTTTTAGTCAAAAAAGATAAAATTTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAGCTATT
194 AAATTTTTAGTCAAAAAAGATAAAATTAGAATGCCTACATTAAGAAACATGAACAAAAAGCTACC
* * * * * * *
32986 CATTGACAATAAAAGTCCATCTATTGCCACCTATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAC
259 CATAGACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCTAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
33051 GGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAATTTTGTTTTATATATTTTGTTAAAACAGATA
324 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA--TTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATA
* * * *
33116 ATATTTGAATGTCTACATCAGGAAACATGAAGAAAAAGAT-ATTCATTGGCAAGAGAAGTCCATC
386 ATATTTGAATGTCTACATCA-GAAACATAAAG-AAAAG-TCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATC
*
33180 TATAGTCACCCATGCATTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT-GCTTTTATAATCTCATA
448 TATAGTCACCCATGC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATA
* *
33241 ATTTATTTTACCTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACAT
1 ATTAATTTTAACTTGAA-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACAT
33305 GATAACTCTA
Statistics
Matches: 1260, Mismatches: 280, Indels: 120
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
507 3 0.00
508 10 0.01
509 354 0.28
510 26 0.02
511 14 0.01
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513 537 0.43
514 24 0.02
515 59 0.05
516 101 0.08
517 15 0.01
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (507 bp):
ATTAATTTTAACTTGAATTTTTTACATTTTTGTTAAAACATATAATATTTGAATGTCTACATTGG
GAAACGTGAAGAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTAA
ATTTTTAGTCAAAAAAGATAAAATTAGAATGCCTACATTAAGAAACATGAACAAAAAGCTACCCA
TAGACAAGAAAAGTCCATCTATAGCCACCTAAGCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGG
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATAATATT
TGAATGTCTACATCAGAAACATAAAGAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATCTATAGTCA
CCCATGCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
Found at i:33472 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 33439--33482 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
33429 AAGTGATTAA
33439 TTTAAGTTATTTTA-GTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
* * *
33460 TTTAGGTTGTTTTATTTTAAAT
1 TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
33482 T
1 T
33483 ACTTTAAGAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.63
22 7 0.37
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.11, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
Found at i:40345 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 40296--40343 Score: 80
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
40286 TTAATATTTT
*
40296 AATATCATTTTATTTATAA
1 AATATTATTTTATTTATAA
40315 AATATTATTTTATTT-TAA
1 AATATTATTTTATTTATAA
40333 AATATTATTTT
1 AATATTATTTT
40344 TACCTATCAC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.50
19 14 0.50
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.00, T:0.58
Consensus pattern (19 bp):
AATATTATTTTATTTATAA
Found at i:51423 original size:231 final size:228
Alignment explanation
Indices: 51006--52075 Score: 949
Period size: 231 Copynumber: 4.8 Consensus size: 228
50996 ATAAACTGAT
51006 ATTTATAGGATTAT-AATGAATTATATATCATAACT-TTGATGA-AAATATGTTATCAAAATAGA
1 ATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAA-TATTGATGATAAA-ATGTTATCAAAAT-GA
* * * * *
51068 -AATTATTCATTGATAAATCATTCCAACCTTCTAAAGACATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCT
63 TAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCT
* * * * * * * *
51132 TCTCAAGGGATACCATCCACTACATGCTTCCCAATGCAAGCATCCAATTATGATAGGCTTTAACC
128 TGTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACC
* *
51197 AAGAACATCAAACCTTCGATTTATTTTTGATTTATAATC
193 AAGAACAACAAAGCTT--ATTTATTTTT-ATTTATAATC
* * *
51236 ATTTATAGTATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGTTGATAAAATGCTATCAAAATGATAA
1 ATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAA
* * * * *
51301 TTATTCATGGATAAATCATTTTAAGCTTTTGAAGAG-ATGACAAA-TGTAAAACGATCTTTCCTT
66 TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAG-GCATGATAAACT-TAAAATGCTCTTTCCTT
** *
51364 GTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAATGCAAAGGTCCAATTATGATAGGCTTTATCCA
129 GTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCA
*
51429 AGAACAACAAAGCTT-TTGATTTTTA---AT--T-
194 AGAACAACAAAGCTTATTTATTTTTATTTATAATC
* * * * * *
51457 AGTTAAAGGAATATAAATGAATTATATATCATAAGATTAATAATAAAATGTTATCAAAATGATAA
1 ATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAA
* * ** * *
51522 GTT-TTCATTGATAAACCATTTCAAGCTTTAGAAGGCACAATAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTC
66 -TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTG
* * * * * * * * *
51586 TCAATGGATAGCATCCATTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAACTATTATAGGCTTTCACTAA
130 TCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAA
** *
51651 GAACAATGAAGATTTCAATTTATTTTTGATTTATAATC
195 GAACAACAAAG-CTT--ATTTATTTTT-ATTTATAATC
* * * ** * * *
51689 ATTTGTAGGATTATAATTGAATTATATATTATAAT-TCAATAATAAAATGTTATGAAAATGTTAA
1 ATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGAT-A
* * * * *
51753 ACTT-TT-ATTTATAAATCATTTCAAACTTTTGAAGGTATGATAAACTTCAAATGCTTTTTCCTT
65 A-TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTT
* *** * * * * *
51816 GTCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTT-ACAAATGTAGACATCCAATGATGATAGGCCTTAACT
129 GTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCAC-AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACC
* * *
51880 AGGAACAACAAAGC-TA-TCA-----ATTTATAAGC
193 AAGAACAACAAAGCTTATTTATTTTTATTTATAATC
* * * *
51909 ATTTATAGGTTTATAAATG-A--AT-TATCACAATATTGATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAA
1 ATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAA
* ** * * * * * *
51970 TTATTCACTGATAAATCACATAAAGGTTTTGAAGGCATGACACAGTTAAAATGCCCTTTCCTTGT
66 TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGT
* * *
52035 CAATGGATAGCATCCACTTCACATTTC-CAAATGTAAACATC
131 CAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCAC-AATGCAAACATC
52076 TGTAACGACC
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 140, Indels: 65
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
215 2 0.00
216 11 0.02
217 100 0.15
219 1 0.00
220 26 0.04
221 164 0.24
222 6 0.01
224 2 0.00
225 8 0.01
226 3 0.00
227 2 0.00
228 8 0.01
229 3 0.00
230 18 0.03
231 283 0.42
232 37 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (228 bp):
ATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAA
TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGT
CAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAG
AACAACAAAGCTTATTTATTTTTATTTATAATC
Found at i:51870 original size:452 final size:451
Alignment explanation
Indices: 51012--52075 Score: 1118
Period size: 452 Copynumber: 2.4 Consensus size: 451
51002 TGATATTTAT
* *
51012 AGGATTAT-AATGAATTATATATCATAACTTTGATGAA-AATATGTTATCAAAATAGA-AATTAT
1 AGGATTATAAATGAATTATATATCATAACATTGAT-AATAAAATGTTATCAAAAT-GATAATTAT
* * *
51074 TCATTGATAAATCATTCCAACCTTCTA-AAGACATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTCTCAA
64 TCATTGATAAATCATTTCAAGCTT-TAGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTCTCAA
* * * * * *
51138 GGGATACCATCCACT-ACATGCTTCCCAATGCAAGCATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAA
128 TGGATAGCATCCATTCACAT--TTCCCAATGCAAACATCAAACTATGATAGGCTTTAACCAAGAA
* *
51202 CATCAAACCTTCGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGTATTATAAATGAATTATATATCA
191 CATCAAACCTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCA
*** * * *
51267 TAATATTGTTGATAAAATGCTATCAAAATGATAATTATTCATGGATAAATCATTTTAAGCTTTTG
256 TAATATCAATAATAAAATGCTATCAAAATGATAATTATTCATGGATAAATCATTTCAAACTTTTG
51332 AAGAGATGACAAATGTAAAACGATCTTTCCTTGTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAA
321 AAGAGATGACAAATGTAAAACGATCTTTCCTTGTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAA
** * * * * ** * **
51397 TGCAAAGGTCCAATTATGATAGGCTTTATCCAAGAACAACAAAGCTTTTGATTTTTAATTAGTTA
386 TGCAAACATCCAATGATGATAGGCCTTAACCAAGAACAACAAAGCTATCAATTTATAAGCAGTTA
51462 A
451 A
* * *
51463 AGGAATATAAATGAATTATATATCATAAGATTAATAATAAAATGTTATCAAAATGATAAGTT-TT
1 AGGATTATAAATGAATTATATATCATAACATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAA-TTATT
* ** *
51527 CATTGATAAACCATTTCAAGCTTTAGAAGGCACAATAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTCTCAATG
65 CATTGATAAATCATTTCAAGCTTTAGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTCTCAATG
* * *
51592 GATAGCATCCATTTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAACTATTATAGGCTTTCACTAAGAACAA
130 GATAGCATCCA-TTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAACTATGATAGGCTTTAACCAAGAAC-A
* * * * *
51657 TGAAGA-TTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTGTAGGATTATAATTGAATTATATATTAT
193 TCAA-ACCTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCAT
* * * **
51721 AAT-TCAATAATAAAATGTTATGAAAATGTTAAACTT-TT-ATTTATAAATCATTTCAAACTTTT
257 AATATCAATAATAAAATGCTATCAAAATGAT-AA-TTATTCATGGATAAATCATTTCAAACTTTT
* * * * * * ***
51783 GAAG-GTATGATAAACT-TCAAATGCTTTTTCCTTGTCAATGGATAACTTTTGCTTCACGTTT-A
320 GAAGAG-ATGACAAA-TGTAAAACGATCTTTCCTTGTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCA
* * * *
51845 CAAATGTAGACATCCAATGATGATAGGCCTTAACTAGGAACAACAAAGCTATCAATTTATAAGCA
383 C-AATGCAAACATCCAATGATGATAGGCCTTAACCAAGAACAACAAAGCTATCAATTTATAAGCA
* *
51910 TTTAT
447 GTTAA
* * * ** *
51915 AGGTTTATAAATG-A--AT-TATCACAATATTGATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAATTATTC
1 AGGATTATAAATGAATTATATATCATAACATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTC
* ** * * * * * * * *
51976 ACTGATAAATCACATAAAGGTTTTGAAGGCATGACACAGTTAAAATGCCCTTTCCTTGTCAATGG
66 ATTGATAAATCATTTCAAGCTTTAGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTCTCAATGG
* *
52041 ATAGCATCCACTTCACATTTCCAAATGTAAACATC
131 ATAGCATCCA-TTCACATTTCCCAATGCAAACATC
52076 TGTAACGACC
Statistics
Matches: 507, Mismatches: 91, Indels: 33
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
447 2 0.00
448 118 0.23
449 2 0.00
451 17 0.03
452 294 0.58
453 67 0.13
454 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (451 bp):
AGGATTATAAATGAATTATATATCATAACATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTC
ATTGATAAATCATTTCAAGCTTTAGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTCTCAATGG
ATAGCATCCATTCACATTTCCCAATGCAAACATCAAACTATGATAGGCTTTAACCAAGAACATCA
AACCTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATA
TCAATAATAAAATGCTATCAAAATGATAATTATTCATGGATAAATCATTTCAAACTTTTGAAGAG
ATGACAAATGTAAAACGATCTTTCCTTGTCAATGGATAACATCCACTTCACGTTTCACAATGCAA
ACATCCAATGATGATAGGCCTTAACCAAGAACAACAAAGCTATCAATTTATAAGCAGTTAA
Found at i:54250 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 53927--55050 Score: 965
Period size: 170 Copynumber: 6.6 Consensus size: 169
53917 NNNNNNNNNN
** * * ** * * *
53927 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTGTGGGTGGCTGTAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACT-TAAGCGACTATAG
* * * * * *
53991 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCGATGTAGACATTTAAAAATTA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCCTCACGTTTCCCGATGTAGACATTCAAATATTA
** * *
54056 TCTATTTTGATGAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
129 TCTATTTT-AACAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
54098 ATTATGAGATTAT-AAACCATTTAATGCAAGTAATAAGACTTTTGAAGACTTAAGCGACTATA-A
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAGA
* * * * * * * * * *
54161 TGGACTTTTCTTGCTAATGGATGGACTTTTGCCTCAAGTTTCCTGAGGCATACATTCAATTATAA
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-CTTTTTCCTCACGTTTCCCGATGTAGACATTCAAATATTA
* * *
54226 TATATTTTAACAAAAAAGGTAAAAAGATTCAACTT-AAATTA
129 TCTATTTTAAC-AAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
54267 ATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAA-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGATTATAG
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAG
* * * ** *
54331 ATGGACCTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAATGTAGACATTCAAATATTA
65 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCCTCACGTTTCCCGATGTAGACATTCAAATATTA
* * * *
54396 TCTATTTTCACCAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCA
129 TCTATTTTAACAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * *
54437 ATTATGATATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAATG-CATT-GGTGACTATA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GAC-TTAAGCGACTATA
** * * *
54500 GATGGACTTTTCTTATCAATGAAT-TTTTTTCCTTCATGTTTCCCAATGTAGACATTCAAATATT
64 GATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCC-TCACGTTTCCCGATGTAGACATTCAAATATT
* *
54564 ATCTATTTTAACAAAAAGTATAAAAAAATTCAATTTAAAATCA
128 ATCTATTTTAACAAAAAG-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * * *
54607 TTTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTCCG-A-ACTCATGGGTAACT-TA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCG--ACTATA
* * * *
54669 GATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCCAGATATAGACATTCAAATATT
64 GATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCCTCACGTTTCCCGATGTAGACATTCAAATATT
* * * * * * * *
54734 ATCTGTTTTAGCGAAAAATGTAAGAACATTTATCTTAAAATGA
128 ATCTATTTTAAC-AAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * *
54777 ATTAT-AGGATCATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCCACTATAA
1 ATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAG
* * * * * *
54841 ATGGACTTTTCTTGCCAATCG-ATAACTTTTACTTCACGTTTCCCGA-GAAAAACTTTCAATTAT
65 ATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAAT-GCTTTTTCCTCACGTTTCCCGATG-TAGACATTCAA--AT
* * * *
54904 AATAT-TA-TTTAA-TAAAA--TATAAAAAATTTAACTCAAAATCA
125 ATTATCTATTTTAACAAAAAGGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * *
54945 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGGAGACTTAAGCGACTATAAA
1 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAGA
* *
55010 TGAACTTTTCTTGCCAAT-AGATGACTTTTGCCTCACGTTTC
66 TGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATG-CTTTTTCCTCACGTTTC
55051 TGCTGGGATT
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 143, Indels: 69
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 117 0.15
169 141 0.18
170 398 0.51
171 104 0.13
172 8 0.01
173 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTAAGCGACTATAGA
TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCCTCACGTTTCCCGATGTAGACATTCAAATATTATC
TATTTTAACAAAAAGGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
Found at i:57477 original size:231 final size:231
Alignment explanation
Indices: 57009--57670 Score: 712
Period size: 231 Copynumber: 2.9 Consensus size: 231
56999 TTATAAATCA
* * * * * **
57009 AAAGCTTTATTGTT-TGAAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTTTGCAATGGAAG-AGGA-GAA
1 AAAGCTTTGTTGTTCT-TAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTATAC-AT-TAAGAAACATGAA
* * * ** *
57071 GTGGATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAGTTTATCTTGCCTGAAAAAGCTTGAAAA
63 GTGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAAT
*
57136 GATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTACCATCAATATATGATATACAATTAAT
128 GATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTACAATCAATATATGATATACAATTAAT
** * * *
57201 TTATAATCGTATAAATGAATATAAATCAAAAATAATTTG
193 TTATAATCCCATAAATGAATATAAATCAAAAACAATATC
* * * ** **
57240 AAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCC-ATTTATAATTGGATGTTTATATTGGGAAATGTGGAA-
1 AAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCCTA-TCATAATTGGATGTATACATTAAGAAACAT-GAAG
* * ***
57303 TGAATGCTATCCATTGATAAGGAAAAAACATTTTAAATTTATCATGCCTTCGGCAGCTTGAAATG
64 TGAATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATG
* * * * *
57368 ATTTATCAATGAATAATTATCATTTTGATAACATTTTACAATCGATATTATG-TCTTATAATTCA
129 ATTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTACAATCAATA-TATGAT-ATACAATTAA
* * ** *
57432 TTTATAATCCCATAAATGATTATAATTTGAGAACAA-ATC
192 TTTATAATCCCATAAATGAATATAAATCAAAAACAATATC
* * *
57471 AAAGCTTTGTTGTTCTTGGTTAAAGCCTATCATAATTTGATGTATGCATTAAGAAACATGAAGTG
1 AAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTATACATTAAGAAACATGAAGTG
* ** * *
57536 GACACTATCCATTGACAAGGCAAGAGCATTTTAAATTTATCATG-CTTGCAAAAGCTTGAAATGA
66 AATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTT-CAAAAGCTTGAAATGA
* *
57600 TTTATTAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTAATC-ATCAATATTATGATATACAATTAAT
130 TTTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTA-CAATCAATA-TATGATATACAATTAAT
57664 TTATAAT
193 TTATAAT
57671 TATATATTAT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 65, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
229 1 0.00
230 10 0.03
231 297 0.84
232 46 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (231 bp):
AAAGCTTTGTTGTTCTTAGTTAAAGCCTATCATAATTGGATGTATACATTAAGAAACATGAAGTG
AATGCTATCCATTGACAAGGAAAAAGCATTTTAAATTTATCATGCCTTCAAAAGCTTGAAATGAT
TTATCAATGAATAATTATAATTTTGATAACATTTTACAATCAATATATGATATACAATTAATTTA
TAATCCCATAAATGAATATAAATCAAAAACAATATC
Found at i:57899 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 57877--57916 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
57867 ATTATTTTTA
57877 TTTTA-AAATAAAATAATAT
1 TTTTATAAATAAAATAATAT
*
57896 TTTTATAAATAAAATATTAT
1 TTTTATAAATAAAATAATAT
57916 T
1 T
57917 AAAATATTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.26
20 14 0.74
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TTTTATAAATAAAATAATAT
Found at i:57913 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 57877--57932 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
57867 ATTATTTTTA
*
57877 TTTTAAAATAAAATAATAT
1 TTTTAAAAT-ATA-AATAT
57896 TTTTATAAATA-AAATAT
1 TTTTA-AAATATAAATAT
* *
57913 TATTAAAATATTAATAT
1 TTTTAAAATATAAATAT
57930 TTT
1 TTT
57933 ATTTATTAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 6
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.16
17 16 0.50
18 1 0.03
19 6 0.19
20 4 0.12
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAAAATATAAATAT
Found at i:65171 original size:231 final size:229
Alignment explanation
Indices: 64758--65877 Score: 975
Period size: 231 Copynumber: 4.8 Consensus size: 229
64748 CGAAGCTTTT
* * * * *
64758 GAACAACAAATCTTTCT-ATTTACTTTCGACTTATAATCATTTATAGGATTATAAATAAATTATA
1 GAACAACAAAGCTTT-TGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATA
* * * * *
64822 TATCATAATATCGATAA-ACAATTTTATCAAAATGATAATTATAATTTGATCAATCATTTCAAGC
65 TATCATAATATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATCA-TTGATAAATCATTTCAAGC
* * * * *
64886 TTTCG-AGTTCATGATAAACTTAAAATTCCCTTT-TCTTGTCAATGAATGGCATCCACTTCACGT
129 TTT-GAAG-GCATGA-AAACTTAAAATGCTCTTTCT-TTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
* * * * * * *
64949 TTCCCGATGCAAACAACCAGTTTTGATAGACTTTTAGCAA
190 TTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAA
* * * * *
64989 GAACAACAAAGGTTTGGATTCATTTTTGATTTATAATCATTTAAAGGTTTATAAATGAATTATAT
1 GAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA-T-TAT
* * * * *
65054 ATATCATAATATTGATAACAAAATGTTATCAAAATTATAA-TACTCCTGGATAAATTATTTCAAG
64 ATATCATAATATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAATTA-TCATTGATAAATCATTTCAAG
* * *
65118 CTTTGAAGGAATGAAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCGCATTTC
128 CTTTGAAGGCATGAAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTC
* * * *
65183 TCAATGCAAATATCCAATTATGATTGGCTTGAACCAA
193 CCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAA
* ** * *
65220 AAACAA-AATAGCTTCCGATTTGTTTTTGATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTATA
1 GAACAACAA-AGCTTTTGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATA
* * * *
65284 TATCACAACATTGA-AGATAAAATGTTATTAAAATGATAATTACTCATTGATAAAAGCATTTCAA
65 TATCATAATATTGATA-ATAAAATGTTATCAAAATGATAATTA-TCATTGAT-AAATCATTTCAA
* * * * * * * * *
65348 CCTTTTGAA-GCATGGTATACTTAAAATGTTGTTTCCTAGTCAATGAATAGCATCCACTTCATGT
127 GC-TTTGAAGGCAT-GAAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
* * * *
65412 TTTCCAACGCAAACAT-CAACTTATGATAGGCTTTAGCTAA
190 TTCCCAATGCAAACATCCAA-TTATGATAGGCTTTAACCAA
** * * *
65452 GAACAACAACCCTTTTGATTTATTTTTAAGTTATTTTTTATCTACAATCATATATAGGGTTGTAA
1 GAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTT--G--A---TTTA--T--AATCATTTATAGGATTATAA
* * * * **
65517 ATGAATTGTATATCACAATATTAATGATATCATGTTATCAAAAAT-AGTAATTATTCATTGATAA
55 ATGAATTATATATCATAATATTGATAATAAAATGTTATC-AAAATGA-TAATTA-TCATTGATAA
* * *
65581 ATCATTTC-AGCCTTTTGAAGGCATGGTAAACCTAAAATGCTCTTTCTTTATCAATGGATAGCAT
117 ATCATTTCAAG-C-TTTGAAGGCAT-GAAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCAT
* * * * *
65645 CCACTTCATGTTTCCCAATGTAAATATCCAATTATGATAGGCGTTAACCAT
179 CCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAA
* * * * * *
65696 GAACAACAAAGCTTTTGAGTTATTTTCGATTTGTAATCATTTTTACGATTATAAATAAATTATAT
1 GAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATAT
** * * *
65761 ATCATAATAAAGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATACTTTGATAAATCATTTGAAGCT
66 ATCATAATATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAATTAT-CATTGATAAATCATTTCAAGCT
** * * *
65826 TACAAAGGCATGATAAACTCAAGATGCTCTTTCTTTGTTAATGGATAGCATC
130 T-TGAAGGCATGA-AAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCATC
65878 TATTGCTAGG
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 140, Indels: 73
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
228 1 0.00
229 36 0.05
230 12 0.02
231 185 0.26
232 166 0.23
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234 20 0.03
235 1 0.00
236 1 0.00
237 3 0.00
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240 1 0.00
241 1 0.00
242 2 0.00
243 65 0.09
244 117 0.16
245 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (229 bp):
GAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATAT
ATCATAATATTGATAATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATCATTGATAAATCATTTCAAGCTT
TGAAGGCATGAAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCA
ATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAA
Found at i:65597 original size:243 final size:244
Alignment explanation
Indices: 65271--65721 Score: 590
Period size: 244 Copynumber: 1.9 Consensus size: 244
65261 TATAGAATTA
*
65271 TAAATGAATTATATATCACAACATTGAAGATAAAATGTTATTAAAATGATAATTACTCATTGATA
1 TAAATGAATTATATATCACAACATTGAAGATAAAATGTTATAAAAATGATAATTACTCATTGATA
* * * *
65336 AAAGCATTTCAACCTTTTGAA-GCATGGTATACTTAAAATGTTGTTTC-CTAGTCAATGAATAGC
66 AAAGCATTTCAACCTTTTGAAGGCATGGTAAACCTAAAATGCTCTTTCTCTA-TCAATGAATAGC
* * * * *
65399 ATCCACTTCATGTTTTCCAACGCAAACAT-CAACTTATGATAGGCTTTAGCTAAGAACAACAACC
130 ATCCACTTCATGTTTCCCAACGCAAACATCCAA-TTATGATAGGCGTTAACCAAGAACAACAAAC
*
65463 CTTTTGATTTATTTTTAAGTTATTTTTTATCTACAATCATATATAGGGTTG
194 CTTTTGAGTTATTTTTAAGTTATTTTTTATCTACAATCATATATAGGGTTG
* * ** *
65514 TAAATGAATTGTATATCACAATATT-AATGATATCATGTTATCAAAAAT-AGTAATTATTCATTG
1 TAAATGAATTATATATCACAACATTGAA-GATAAAATGTTAT-AAAAATGA-TAATTACTCATTG
* * * *
65577 AT-AAATCATTTCAGCCTTTTGAAGGCATGGTAAACCTAAAATGCTCTTTCTTTATCAATGGATA
63 ATAAAAGCATTTCAACCTTTTGAAGGCATGGTAAACCTAAAATGCTCTTTCTCTATCAATGAATA
* * * *
65641 GCATCCACTTCATGTTTCCCAATGTAAATATCCAATTATGATAGGCGTTAACCATGAACAACAAA
128 GCATCCACTTCATGTTTCCCAACGCAAACATCCAATTATGATAGGCGTTAACCAAGAACAACAAA
*
65706 GCTTTTGAGTTATTTT
193 CCTTTTGAGTTATTTT
65722 CGATTTGTAA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 25, Indels: 11
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
242 2 0.01
243 54 0.31
244 116 0.66
245 5 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (244 bp):
TAAATGAATTATATATCACAACATTGAAGATAAAATGTTATAAAAATGATAATTACTCATTGATA
AAAGCATTTCAACCTTTTGAAGGCATGGTAAACCTAAAATGCTCTTTCTCTATCAATGAATAGCA
TCCACTTCATGTTTCCCAACGCAAACATCCAATTATGATAGGCGTTAACCAAGAACAACAAACCT
TTTGAGTTATTTTTAAGTTATTTTTTATCTACAATCATATATAGGGTTG
Found at i:65812 original size:476 final size:462
Alignment explanation
Indices: 64757--65813 Score: 1105
Period size: 476 Copynumber: 2.3 Consensus size: 462
64747 CCGAAGCTTT
* * *
64757 TGAACAACAAATCTTTCT-ATTTACTTTCGACTTATAATCATTTATAGGATTATAAATAAATTAT
1 TGAACAACAAAGCTTT-TGATTTATTTTCGATTTATAATCATTTATA-GATTATAAATAAATTAT
* * * * *
64821 ATATCATAATATCGAT-A-AACAATTTTATCAAAATGATAATTATAATTTGAT-CAATCATTTCA
64 ATATCATAATATAGATGATAA-AATGTTATCAAAATGATAATTATACTTTGATAAAAGCATTTCA
* * * *
64883 AGCTTTCGAGTTCATGATAAACTTAAAATTCCCTTTTCTTGTCAATGAATGGCATCCACTTCACG
128 ACCTTTCGAG-TCATGATAAACTTAAAATTCCCTTTCCTAGTCAATGAATAGCATCCACTTCACG
* * * * * **
64948 TTTCCCGATGCAAACAACCAGTTTTGATAGACTTTTAGCAAGAACAACAAAGGTTTGGATTCATT
192 TTTCCCAACGCAAACAACAACTTATGATAGACTTTTAGCAAGAACAACAAACCTTTGGATTCATT
* * * *
65013 TTTGATTTATAATCATTTAAAGGTTTATAAATGAATTATATATATCATAATATTGATAACAAAAT
257 TTTGATTTATAATCATATAAAGGGTTATAAATGAATTATATATATCACAATATTAATAACAAAAT
* * * *
65078 GTTATCAAAATTATAATACTCCTGGATAAATTATTTCAAGCTTTGAAGGAATGAAAACTTAAAAT
322 GTTATCAAAAATATAATACTCATGGATAAATCATTTCAAGCTTTGAAGGAATGAAAACCTAAAAT
* * * *
65143 GCTCTTTCTTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCGCATTTCTCAATGCAAATATCCAATTATGATT
387 GCTCTTTCTTTATCAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAATATCCAATTATGATA
65208 GGCTTGAACCA
452 GGCTTGAACCA
** ** * * *
65219 AAAACAA-AATAGCTTCCGATTTGTTTTTGATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTAT
1 TGAACAACAA-AGCTTTTGATTTATTTTCGATTTATAATCATTTATAG-ATTATAAATAAATTAT
* * * * * *
65283 ATATCACAACATTGAAGATAAAATGTTATTAAAATGATAATTACT-CATTGATAAAAGCATTTCA
64 ATATCATAATATAGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTA-TACTTTGATAAAAGCATTTCA
* * * ** *
65347 ACCTTTTGAAG-CATGGTATACTTAAAATGT-TGTTTCCTAGTCAATGAATAGCATCCACTTCAT
128 ACCTTTCG-AGTCATGATAAACTTAAAAT-TCCCTTTCCTAGTCAATGAATAGCATCCACTTCAC
* * * * * *
65410 GTTTTCCAACGCAAACATCAACTTATGATAGGC-TTTAGCTAAGAACAACAACCCTTTTGATTTA
191 GTTTCCCAACGCAAACAACAACTTATGATAGACTTTTAGC-AAGAACAACAAACCTTTGGATTCA
* * *
65474 TTTTTAAGTTATTTTTTATCTACAATCATATATAGGGTTGTAAATGAA-T-TGTATATCACAATA
255 TTTTT--G--A---TTTA--T--AATCATATAAAGGGTTATAAATGAATTATATATATCACAATA
* * ** * *
65537 TTAATGATATCATGTTATCAAAAATAGTAATTATTCATTGATAAATCATTTC-AGCCTTTTGAAG
309 TTAATAACAAAATGTTATCAAAAATA-TAA-TACTCATGGATAAATCATTTCAAG-C-TTTGAAG
* * ** *
65601 GCATGGTAAACCTAAAATGCTCTTTCTTTATCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGT
370 GAAT-GAAAACCTAAAATGCTCTTTCTTTATCAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAATGC
65666 AAATATCCAATTATGATAGGCGTT-AACCA
434 AAATATCCAATTATGATAGGC-TTGAACCA
* * *
65695 TGAACAACAAAGCTTTTGAGTTATTTTCGATTTGTAATCATTTTTACGATTATAAATAAATTATA
1 TGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTCGATTTATAATCATTTATA-GATTATAAATAAATTATA
*
65760 TATCATAATAAAGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATACTTTGATAAA
65 TATCATAATATAGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATACTTTGATAAA
65814 TCATTTGAAG
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 86, Indels: 46
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
461 3 0.01
462 66 0.14
463 117 0.24
464 19 0.04
465 3 0.01
467 1 0.00
470 4 0.01
472 33 0.07
473 6 0.01
474 39 0.08
475 11 0.02
476 172 0.36
477 5 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (462 bp):
TGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTCGATTTATAATCATTTATAGATTATAAATAAATTATAT
ATCATAATATAGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATACTTTGATAAAAGCATTTCAACC
TTTCGAGTCATGATAAACTTAAAATTCCCTTTCCTAGTCAATGAATAGCATCCACTTCACGTTTC
CCAACGCAAACAACAACTTATGATAGACTTTTAGCAAGAACAACAAACCTTTGGATTCATTTTTG
ATTTATAATCATATAAAGGGTTATAAATGAATTATATATATCACAATATTAATAACAAAATGTTA
TCAAAAATATAATACTCATGGATAAATCATTTCAAGCTTTGAAGGAATGAAAACCTAAAATGCTC
TTTCTTTATCAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAATATCCAATTATGATAGGCT
TGAACCA
Found at i:68082 original size:231 final size:232
Alignment explanation
Indices: 67647--70518 Score: 1829
Period size: 231 Copynumber: 12.3 Consensus size: 232
67637 TTCCATTGAT
* * *
67647 TTTTTATTTATTTTTTATTTATAATCA-TTATATGATTATAAATGAATTTTATATCATAATATTG
1 TTTTTATTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG
* * *
67711 ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTCTTCACTGATAAATGATTTCAAGCTTTCAAAGGCATG
66 ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATG
* * ** * * ** * * *
67776 ATAAACTTAAAATGCTCTTTTCTCATTAATGGATGGCATCCACTTTAGGTTTCCCGATGCAAAAA
131 ATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACA
***
67841 TTTGATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAGACAA-C
196 TCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAA-ACAAGC
* * * *
67878 TTTTTATTTATTTTTGATTTATAAT-ATTTTATAGGATTATAAATTACTTATATATCATAACATT
1 TTTTTATTTATTTTTCATTTATAATCA-TTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATT
* * ** *
67942 GATGATAAAAT-TTATCAAAATGATAATTATTCATTGACAAAACATTTCAAGCTTTTGAGGGCAT
65 GATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCAT
* * * * * *
68006 CATCACCTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCAGTTCATATTTTCCAAAGCAAAC
130 GATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAGCAAAC
* * * * *
68071 AACTAATTATGATAGGATTTAGCCAAGAAC-AACAATTC
195 ATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAACAA-GC
** * * * * *
68109 TTTCAATTT-GTTTTCAATTTGTAATCATTT-TATGATTATAAATGAATTACATATCATAATGTT
1 TTTTTATTTATTTTTC-ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATT
* * * * * *
68172 GATGATAAAATGTTATGAAAATGGTAATTATTCATTGATAAATCACTGCAACCTTTCAAAGACAT
65 GATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCAT
* * * * * * *
68237 GATATATTTAAAATCCTCATTT-CTTGTCAATGGATATCATCCATTTCACATTT-GCAAAGGCAA
130 GATAAACTTAAAATGCT-ATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAA-GCAA
* *
68300 ACATCCAATTATGATAGGCTTGAACCAAGGAC-AACAAAGC
193 ACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
* * * * * * * * *
68340 -TTTCATTT-TATTTTCTATTTATAATTATTTACAAGATTATATATTAATTACATAGCATAATGT
1 TTTTTATTTAT-TTTTC-ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATAT
* * * * * *
68403 TGATGACAAAATATTATCAAAATCG-TAATTATTTACTGATAAATCTTTTGAAGCTTTCAAAGGC
64 TGATGATAAAATGTTATCAAAAT-GATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGC
* * * * * *
68467 ATGATACAA-TT-AAATACTCTTT-CTTTTTCAATGGATACCATCCACTTCA-AGTTGCCCAATG
128 ATGATA-AACTTAAAATGCTATTTCCTTGTT-AATGGATAGCATCCACTTCACA-TTTCCCAAAG
* * * * *
68528 CAAACATCCAATTATAATTGGCTTTAA-CTAGGATAAACAAAGC
190 CAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
** * * * * *
68571 TTTCAATTTATTGTTCATTTATAATCATTTACAGGATTATAGATGAATTATATATCATATTATTA
1 TTTTTATTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG
* * * * ** *
68636 ATCATAAAATTTTATCAAAATGATAATTATTCATTCATAAATCATTTCAAACTTTTGAAGGCCTG
66 ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATG
* * * * * * * *
68701 ATAAACTTAAAATGCTCA-TTCCCTATTAATAGATAGCATCCACTTCACGTTTTCTAATGCAAAT
131 ATAAACTTAAAATGCT-ATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAGCAAAC
* * * *
68765 ATCCAATTATGACAGGCTTTAACTATGGAC-AACAAAG-
195 ATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
* * * * * * *
68802 TTTTCGATTT-GTCTTCAGTTTATAAGCATTTAAAAGATTATAAATGAATTATATATAATAATAT
1 TTTT-TATTTATTTTTCA-TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATAT
* * * *
68866 TGATGATAAAATGTTATC-AAGTGATAATTTTTCATGGATAAATCATTTGAAGCTTTCAAAGGCA
64 TGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCA
* * ** * * * * * ** *
68930 TGATAATCATAAAACACTCTTTCCTTGTCAATTGATAGCATACACTTTATGTTTCCCAATA-CAG
129 TGATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAA-AGCAA
** ** * ***
68994 ACATCCAAGCATGATAATCTTTGATGTAGAAC-AACAAGGC
193 ACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAACAA-GC
* * * * **
69034 TTTTGACTTATTTTTGATTTATAATCATTT-TAGGATTATGAATGAATTATATATCATAATATAA
1 TTTTTATTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG
* * * * * *
69098 ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTGATTGATAAACCATTTTAAGCTTTCGAATGTATG
66 ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATG
** * * * ** ** * *
69163 ATAAACTTAAAATGCTCCTTCCCTGTTAGTGTATAGCATCCACTTCATGTTTCTTAAGGTAAACA
131 ATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACA
** * *
69228 TCCTTTTAAGATAGGCTTTGACCAAGAAC-AACAAAG-
196 TCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
* *
69264 TTTTCTATTTATTTTTAAATCATTTTTTATCTATAATAATTTATAGGATTATAAATAAATTATAT
1 TTTT-TATTTA-TTTT---TCA-----T-T-TATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATAT
* * * * * * * * *
69329 ATCATAATAGTGATAATAATATCTTATAAAAAATAATACTTATACATTGATAAATTATTTCAA-C
54 ATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT-CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC
* * * * * * * *
69393 TTTCCAAAGGAATGA-CAA--T-GAATGATCTTTCCTTATCAATGGATAGCATCCACTTCACGTT
118 TTT-CAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATT
* * * * * * * **
69454 CCCCAGATGTAAACCT-TAATTATGTTAGGGTTTAATGAAGAAC-AACAAAG-
182 TCCCA-AAGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
* * * * *
69504 TTTTCAATTTATTTTTTATTTATAATCAGTTATCA-CATTATAAATGAATTATGTATCATAATAT
1 TTTT-TATTTATTTTTCATTTATAATCATTTAT-AGGATTATAAATGAATTATATATCATAATAT
* * * * * *
69568 TGATGATAAAATATTATTAAAACGATAATTTTTCATCGATAAATCATTTCAA-CATTTTTGAAAG
64 TGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC---TTTCAAAG
* * * * * * ** * *
69632 TG--TGATGAACTTAAAAAGCTCTTTTCTTGGTAATGGATAGCATCTACTTCATGTTTTCCAATG
126 -GCATGATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAG
* * * **
69695 TAAATATTCAATTATGATAGG-TTGTAATGAAGAAC-AACAAAGC
190 CAAACATCCAATTATGATAGGCTT-TAACCAAGAACAAAC-AAGC
** * ** * * * * * *
69738 TTTCAACTTATTTTTGTTTTATAGTTATTTATAGGATTATAAATGAATTATTTATCACAATGTAG
1 TTTTTATTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG
** * * * * * *
69803 ATGAT-AAATGCCATCATAATGATAATTATTAATT-ATTAATTATTTCAAACTTTCGAAGGCATG
66 ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATG
* * * * *** * *
69866 ATGAACTTAAAATGCTCTTTCCTT-TTCAATAGACAGCATCTGTTTCGCGTTT-CCAAATGCAAA
131 ATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTT-AATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAA-GCAAA
* * * ***
69929 TAGCCAATTATAATTTACTTTAACCAAGAAC-AACAAAGC
194 CATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
* *
69968 TTTTGAATGATTTTTCATTTACTTTCAAATTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTACATA
1 TTTT---T-A--TTT-A-TT--TTTC-ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATA
* * * * *** *
70033 TCACAATAATGATGGTAAAATGTTATCAAGATGATAATTATTCAACAATAAATC-TCTTCAACCT
55 TCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCAT-TTCAAGCT
** * * * * * * * ***
70097 TTTGAAGGCATGACAAACTGAAAATGTTCTTTCCTTATTAATAGATGGCATCCACTTCATGCTTC
119 TTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTC
* * * * *
70162 CCGATGTAAACATCTAATTATGATAGGCATTAACCAAGAAC-AACAAAGC
184 CCAAAGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAAC-AAGC
** * * *
70211 TTTAAATTTCA--TTTCAATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATATACCATAATTT
1 TTTTTATTT-ATTTTTC-ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATAT
* * * * * *
70274 TGATGATAAAATGCTATCAATAA-AATAATTGTTCAGTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAGGGC
64 TGATGATAAAATGTTATCAA-AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGC
* * * * ** * * * * *
70338 ATGATACACTTGCAAA-GCTCTTTCCTTGTCAATCAACAACATCCACTACACATTTCCTAATGCA
128 ATGATAAACTT-AAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAGCA
* * *
70402 AACATCCAATTATGATAGGATTTAACTAA-AAAACAACAAAGC
192 AACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACA-AAC-AAGC
* * *
70444 TTTTGATTTATTTTCAATTTATTTTATATTTATAATCATTTGTAGGATTAAAAATGAATTATATA
1 --TT--TTTA-TTT--A--T-TTTT-CATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATA
70509 TCATAATATT
55 TCATAATATT
70519 CTAGGAACAG
Statistics
Matches: 2057, Mismatches: 479, Indels: 197
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
228 29 0.01
229 68 0.03
230 206 0.10
231 713 0.35
232 477 0.23
233 141 0.07
234 4 0.00
235 4 0.00
236 4 0.00
237 8 0.00
238 5 0.00
239 6 0.00
240 74 0.04
241 54 0.03
242 33 0.02
243 145 0.07
244 86 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (232 bp):
TTTTTATTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG
ATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATG
ATAAACTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAAGCAAACA
TCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAACAAGC
Found at i:69000 original size:694 final size:693
Alignment explanation
Indices: 67653--69175 Score: 1570
Period size: 694 Copynumber: 2.2 Consensus size: 693
67643 TGATTTTTTA
* * * ** * *
67653 TTTATTTTTTATTTATAATCATTATATGATTATAAATGAATTTTATATCATAATATTGATGATAA
1 TTTATTTTCTATTTATAATCATTACAAGATTATAAATGAATTACATAGCATAATATTGATGACAA
* * *
67718 AATGTTATCAAAATGATAATTCTTCACTGATAAATGATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACT
66 AATATTATCAAAATGATAATTATTCACTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACT
* ** * * * * ***
67783 TAAAATGCTCTTTTCTCATTAATGGATGGCATCCACTTTAGGTTTCCCGATGCAAAAATTTGATT
131 TAAAATACTCTTTTCTCATTAATGGATACCATCCACTTCAAGTTGCCCAATGCAAAAATCCAATT
* * ** * * *
67848 ATGATAGGCTTTAACCAAGAACAAGACAACTTTTTATTTATTTTTGATTTATAATATTTTATAGG
196 ATAATAGGCTTTAACCAAGAACAACACAACTTTCAATTTATTGTTCATTTATAATATTTTACAGG
* * * * *
67913 ATTATAAATTACTTATATATCATAACATTGATGATAAAATTTATCAAAATGATAATTATTCATTG
261 ATTATAAATGAATTATATATCATAACATTAATCATAAAATTTATCAAAATGATAATTATTCATTC
* * * * * * *
67978 ACAAAACATTTCAAGCTTTTGAGGGCATCATCACCTTAAAATGCTATTTCCTTGTTAATGGATAG
326 ACAAAACATTTCAAACTTTTGAAGGCATCATAAACTTAAAATGCTATTTCCCTATTAATAGATAG
* * * * * *
68043 CATCCAGTTCATATTTTCCAAAGCAAACAACTAATTATGATAGGATTTAGCCAAGAACAACAATT
391 CATCCACTTCACATTTTCCAAAGCAAACAACCAATTATGACAGGATTTAACCAAGAACAACAAGT
* * * * * * *
68108 CTTTCAATTTGTTTTCAATTTGTAATCATTTTATGATTATAAATGAATTACATATCATAATGTTG
456 CTTTCAATTTGTCTTCAATTTATAAGCATTTAAAGATTATAAATGAATTACATATAATAATATTG
* *
68173 ATGATAAAATGTTATGAAAATGGTAATTATTCATTGATAAATCACTGCAACCTTTCAAAGACATG
521 ATGATAAAATGTTATGAAAATGATAATTATTCATGGATAAATCACTGCAACCTTTCAAAGACATG
* * * * *
68238 ATATATTTAAAATCCTCATTTCTTGTCAATGGATATCATCCATTTCACATTTGCAAAGGCAAACA
586 ATATATATAAAATCCTCATTTCTTGTCAATGGATAGCATACATTTCACATTTCCAAAGACAAACA
68303 TCCAATTATGATAGGCTTGAACCAAGGACAACAAAGCTTTCAT
651 TCCAATTATGATAGGCTTGAACCAAGGACAACAAAGCTTTCAT
* * * *
68346 TTTATTTTCTATTTATAATTATTTACAAGATTATATATTAATTACATAGCATAATGTTGATGACA
1 TTTATTTTCTATTTATAATCA-TTACAAGATTATAAATGAATTACATAGCATAATATTGATGACA
* * *
68411 AAATATTATCAAAATCG-TAATTATTTACTGATAAATCTTTTGAAGCTTTCAAAGGCATGATACA
65 AAATATTATCAAAAT-GATAATTATTCACTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATA-A
** *
68475 A-TT-AAATACTC-TTTCTTTTTCAATGGATACCATCCACTTCAAGTTGCCCAATGCAAACATCC
128 ACTTAAAATACTCTTTTCTCATT-AATGGATACCATCCACTTCAAGTTGCCCAATGCAAAAATCC
* * *
68537 AATTATAATTGGCTTTAACTAGGATA-AACA-AAGCTTTCAATTTATTGTTCATTTATAATCA-T
192 AATTATAATAGGCTTTAACCAAGA-ACAACACAA-CTTTCAATTTATTGTTCATTTATAAT-ATT
* **
68599 TTACAGGATTATAGATGAATTATATATCATATTATTAATCATAAAATTTTATCAAAATGATAATT
254 TTACAGGATTATAAATGAATTATATATCATAACATTAATCATAAAA-TTTATCAAAATGATAATT
* * * *
68664 ATTCATTCATAAATCATTTCAAACTTTTGAAGGCCTGATAAACTTAAAATGCTCA-TTCCCTATT
318 ATTCATTCACAAAACATTTCAAACTTTTGAAGGCATCATAAACTTAAAATGCT-ATTTCCCTATT
* * * * * * * * *
68728 AATAGATAGCATCCACTTCACGTTTTCTAATGCAAATATCCAATTATGACAGGCTTTAACTATGG
382 AATAGATAGCATCCACTTCACATTTTCCAAAGCAAACAACCAATTATGACAGGATTTAACCAAGA
* * *
68793 ACAACAAAGT-TTTCGATTTGTCTTCAGTTTATAAGCATTTAAAAGATTATAAATGAATTATATA
447 ACAAC-AAGTCTTTCAATTTGTCTTCAATTTATAAGCATTT-AAAGATTATAAATGAATTACATA
* * * * *
68857 TAATAATATTGATGATAAAATGTTAT-CAAGTGATAATTTTTCATGGATAAATCATTTG-AAGCT
510 TAATAATATTGATGATAAAATGTTATGAAAATGATAATTATTCATGGATAAATCA-CTGCAACCT
* * **
68920 TTCAAAGGCATGATA-ATCATAAAA-CACTC-TTTCCTTGTCAATTGATAGCATACACTTT-ATG
574 TTCAAAGACATGATATAT-ATAAAATC-CTCATTT-CTTGTCAATGGATAGCATACA-TTTCACA
* * * ** ** *** * * *
68981 TTTCCCAATACAGACATCCAAGCATGATAATCTTTG-ATGTAGAACAACAAGGCTTTTGA-
635 TTTCCAAAGACAAACATCCAATTATGATAGGC-TTGAACCAAGGACAACAAAGC-TTTCAT
* ** * * * * ** *
69040 CTTATTTT-TGATTTATAATCATTTTAGGATTATGAATGAATTATATATCATAATATAAATGATA
1 TTTATTTTCT-ATTTATAATCATTACAAGATTATAAATGAATTACATAGCATAATATTGATGACA
* * * * * * * *
69104 AAATGTTATCAAAATGATAATTATTGATTGATAAACCATTTTAAGCTTTCGAATGTATGATAAAC
65 AAATATTATCAAAATGATAATTATTCACTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAAC
69169 TTAAAAT
130 TTAAAAT
69176 GCTCCTTCCC
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 136, Indels: 43
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
692 12 0.02
693 232 0.35
694 365 0.54
695 63 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (693 bp):
TTTATTTTCTATTTATAATCATTACAAGATTATAAATGAATTACATAGCATAATATTGATGACAA
AATATTATCAAAATGATAATTATTCACTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACT
TAAAATACTCTTTTCTCATTAATGGATACCATCCACTTCAAGTTGCCCAATGCAAAAATCCAATT
ATAATAGGCTTTAACCAAGAACAACACAACTTTCAATTTATTGTTCATTTATAATATTTTACAGG
ATTATAAATGAATTATATATCATAACATTAATCATAAAATTTATCAAAATGATAATTATTCATTC
ACAAAACATTTCAAACTTTTGAAGGCATCATAAACTTAAAATGCTATTTCCCTATTAATAGATAG
CATCCACTTCACATTTTCCAAAGCAAACAACCAATTATGACAGGATTTAACCAAGAACAACAAGT
CTTTCAATTTGTCTTCAATTTATAAGCATTTAAAGATTATAAATGAATTACATATAATAATATTG
ATGATAAAATGTTATGAAAATGATAATTATTCATGGATAAATCACTGCAACCTTTCAAAGACATG
ATATATATAAAATCCTCATTTCTTGTCAATGGATAGCATACATTTCACATTTCCAAAGACAAACA
TCCAATTATGATAGGCTTGAACCAAGGACAACAAAGCTTTCAT
Found at i:71258 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 71225--71275 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
71215 TTACAATATT
*
71225 ATTAATT-AA-TTTAAGTAA
1 ATTAATTCAATTTTAAATAA
*
71243 ATTATATTCAATTTTAAATTA
1 ATTA-ATTCAATTTTAAATAA
71264 ATTAATTCAATT
1 ATTAATTCAATT
71276 CCATAGACCA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.14
19 3 0.11
20 10 0.36
21 11 0.39
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATTCAATTTTAAATAA
Found at i:73367 original size:229 final size:231
Alignment explanation
Indices: 72877--73884 Score: 640
Period size: 231 Copynumber: 4.3 Consensus size: 231
72867 CTTTCAATTG
* *
72877 ATTTTTCATTTAG-TTTGAAATTGTAATCATTTA-TAGATTATAAATGAATTATATATCATAATA
1 ATTTTTCATTTAGTTTTG-ATTTGTAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATA
* * ** *
72940 ATGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTTAATGATAAATCATTTCAACTTGTCAAAGGC
65 TTGATGATAAAATGTTATCAAAA-GATAATTATTTAATGACAAATCAAATCAACGTGTCAAAGGC
* * * * *
73005 TTAATAAATTTAAAAATGCTCTTTCCTTGTTAATGGATAGCATCCAATTCACGTTTCCCAAAGCA
129 ATAATAAACTTAAAAATGCTCTGTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCACATTTCCCAAAGCA
** *
73070 AACATCTAATTATGATAGGCATTAACCAAGAACAACAA
194 AACATCTAATTACAATAAGCATTAACCAAGAACAACAA
* ** * *
73108 AGTTTTTTATTTCA-TTTCAATCTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT
1 A-TTTTTCATTT-AGTTTTGATTTGTAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT
* * * * * *
73172 GTTGATGAGAAAATGTTATTAAAA-ATAA-TATCTTAATGACAAATTAAATCAAGGT-TC-GAGG
64 ATTGATGATAAAATGTTATCAAAAGATAATTAT-TTAATGACAAATCAAATCAACGTGTCAAAGG
* ** * * *
73233 ACATGATAAACTTGCAAA-GCTCTGTCCTTGTCAACT-TATAGCATCCACTTCACATTTCCCAAT
128 -CATAATAAACTTAAAAATGCTCTGTCCTTGTCAA-TGGATAGCATCCAATTCACATTTCCCAAA
* * *
73296 GCAAACATCTAATTCCAATAAG-ATTTAACTAAGAATAACAA
191 GCAAACATCTAATTACAATAAGCA-TTAACCAAGAACAACAA
* * * **
73337 TATTTTTGATTTAGTTTTGATTTGTAATCATTTGTAGGATTA-AAATGTCTTATATATCATAATA
1 -ATTTTTCATTTAGTTTTGATTTGTAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATA
* * * * * ** * *
73401 TTGATGCTAAAATGTAATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAACCTTTCGAAA-G
65 TTGATGATAAAATGTTATCAAAA-GATAATTATTTAATGACAAATCAAATCAACGTGTC-AAAGG
** * * * * * ** *
73465 CATGGTAAACTT-AAAATGCTCTTTCCTTGTCAATAGATAGCACCCACTTCATATTTTTCAATGC
128 CATAATAAACTTAAAAATGCTCTGTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCACATTTCCCAAAGC
* * * * * * *
73529 AAACATCCAATCATGAA-AGGCATTAACAAAAAATAGCAAAGCTTTTGAT
193 AAACATCTAATTA-CAATAAGCATTAAC-CAAGA-A-C-AA-C-----AA
* * * *
73578 TTATTTTCGATTTA-TTTTCATTT-TACAATCATTTATAGGATTATAAAGGAATTATATATCATA
1 AT-TTTTC-ATTTAGTTTTGATTTGT--AATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATA
* * * * * * * ** * * * **
73641 ATATAGATTAT-ACATGTTATAAAAATGACAATTATTGATTGATTAATTAATTCAAAC-TTTTGA
62 ATATTGATGATAAAATGTTATCAAAA-GATAATTATTTAATGACAAATCAAATC-AACGTGTCAA
* * * * * * * * *
73704 AGGCATAATAAAATT-AAAATGTTCTTTTCTTGTCAGTAGATAACATCCACTTCACATTTGCCAA
125 AGGCATAATAAACTTAAAAATGCTCTGTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCACATTTCCCAA
* * * * *
73768 TGCAAACATCCAATTATGAA-AAGCTTTAACCAAGAGCAACAA
190 AGCAAACATCTAATTA-CAATAAGCATTAACCAAGAACAACAA
* * *
73810 AGCTTTTTC-TTTA-TTTTCGA-TTGAAAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTGTATATCATA
1 A--TTTTTCATTTAGTTTT-GATTTG-TAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATA
*
73872 ATATTGGTGATAA
62 ATATTGATGATAA
73885 TTATTCATTG
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 121, Indels: 85
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
228 40 0.07
229 104 0.17
230 42 0.07
231 147 0.24
232 31 0.05
233 58 0.09
234 1 0.00
235 2 0.00
236 1 0.00
237 1 0.00
238 2 0.00
239 1 0.00
240 2 0.00
241 18 0.03
242 136 0.22
243 27 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (231 bp):
ATTTTTCATTTAGTTTTGATTTGTAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATAT
TGATGATAAAATGTTATCAAAAGATAATTATTTAATGACAAATCAAATCAACGTGTCAAAGGCAT
AATAAACTTAAAAATGCTCTGTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCACATTTCCCAAAGCAAA
CATCTAATTACAATAAGCATTAACCAAGAACAACAA
Found at i:73738 original size:242 final size:241
Alignment explanation
Indices: 73337--73831 Score: 573
Period size: 242 Copynumber: 2.0 Consensus size: 241
73327 AGAATAACAA
* * * * **
73337 TATTTTTGATTTAGTTTTGATTTGTAATCATTTGTAGGATTAAAATGTCTTATATATCATAATAT
1 TATTTTCGATTTAGTTTTCATTTGTAATCATTTATAGGATTAAAAGGAATTATATATCATAATAT
* * * * *
73402 TGATGCTAAAATGTAATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAACCTTTCGAAAGCA
66 AGAT-CTAAAATGTAATAAAAATGACAATTATTCATTGATAAATCAATTCAAACTTTCGAAAGCA
** * * * **
73467 TGGTAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATAGATAGCACCCACTTCATATTTTTCAATGCAAA
130 TAATAAAATTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATAGATAACACCCACTTCACATTTGCCAATGCAAA
* * *
73532 CATCCAATCATGAAAGGCATTAACAAAAAATAGCAAAGCTTTTGATT
195 CATCCAATCATGAAAAGCATTAACAAAAAACAACAAAGCTTTTGATT
73579 TATTTTCGATTTA-TTTTCATTT-TACAATCATTTATAGGATTATAAAGGAATTATATATCATAA
1 TATTTTCGATTTAGTTTTCATTTGT--AATCATTTATAGGATTA-AAAGGAATTATATATCATAA
* * * * * * *
73642 TATAGAT-TATACATGTTATAAAAATGACAATTATTGATTGATTAATTAATTCAAACTTTTGAAG
63 TATAGATCTA-AAATGTAATAAAAATGACAATTATTCATTGATAAATCAATTCAAACTTTCGAAA
* * * *
73706 GCATAATAAAATTAAAATGTTCTTTTCTTGTCAGTAGATAACATCCACTTCACATTTGCCAATGC
127 GCATAATAAAATTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATAGATAACACCCACTTCACATTTGCCAATGC
* * * * * **
73771 AAACATCCAATTATGAAAAGCTTTAACCAAGAGCAACAAAGCTTTTTCTT
192 AAACATCCAATCATGAAAAGCATTAACAAAAAACAACAAAGCTTTTGATT
73821 TATTTTCGATT
1 TATTTTCGATT
73832 GAAAATCATT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 39, Indels: 8
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
240 1 0.00
241 10 0.05
242 176 0.84
243 23 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (241 bp):
TATTTTCGATTTAGTTTTCATTTGTAATCATTTATAGGATTAAAAGGAATTATATATCATAATAT
AGATCTAAAATGTAATAAAAATGACAATTATTCATTGATAAATCAATTCAAACTTTCGAAAGCAT
AATAAAATTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATAGATAACACCCACTTCACATTTGCCAATGCAAAC
ATCCAATCATGAAAAGCATTAACAAAAAACAACAAAGCTTTTGATT
Found at i:75034 original size:206 final size:206
Alignment explanation
Indices: 74679--75049 Score: 577
Period size: 206 Copynumber: 1.8 Consensus size: 206
74669 CATGAACAAA
** *
74679 GAAGAACAACAAAGCTCTCAATTTTTTTCGATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTAT
1 GAAGAACAACAAAGCTCTCAATTTTTTTCGATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAT
*
74744 ATATCATAATATTGAAATTACAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAG
66 ATATCATAATATTGAAATTACAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAAGCATTTCAAG
*
74809 CTTCTAAAGGGAAGATAAACTTAAAATGCTCTTTCACATTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGG
131 CTTCTAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCTTTCACATTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGG
74874 TAGGCTTTAAC
196 TAGGCTTTAAC
*
74885 GAAGAAC-ACAAAGCTTTCAATTCATTTTT-GATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGAATT
1 GAAGAACAACAAAGCTCTCAATT--TTTTTCGATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGAATT
** * *
74948 ATATATCATAATATTGAGTTTA-AATTTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTC
64 ATATATCATAATATTGAAATTACAATGTTATC-AAAATGATAATTATTCATTGATAAAGCATTTC
* * *
75012 AAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTC
128 AAGCTTCTAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCTTTC
75050 CTTGTCAATG
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 13, Indels: 6
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
205 22 0.15
206 122 0.82
207 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (206 bp):
GAAGAACAACAAAGCTCTCAATTTTTTTCGATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTAT
ATATCATAATATTGAAATTACAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAAGCATTTCAAG
CTTCTAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCTTTCACATTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGG
TAGGCTTTAAC
Found at i:75504 original size:233 final size:230
Alignment explanation
Indices: 74847--75755 Score: 924
Period size: 233 Copynumber: 3.9 Consensus size: 230
74837 CTCTTTCACA
* * * * *
74847 TTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACGAAGAAC-ACAAAGCTTTCAATTCATT
1 TTCCC-AATACAAAGATCTAATTA-GGTAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATT
* * * * *
74911 TTTGATTTATAATCATTTA-TAAGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGA-GTTTAAATT
64 TTTCATTTATAATCATTTATTGA-ATTATAAATGAATTATATATCATAATA-TAATGTTAAAATG
* * **
74974 TTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAA
127 TTATC-AAAATTATAATTATTCATTGATTAATAATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAA
*
75039 AATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
191 AATGCTCTTTCCTAGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
* * * * *
75079 TTTCCAATGC-AAGCTTCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTACT
1 TTCCCAATACAAAG-ATCTAATTA-GGTAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTC-A---A--
* *
75143 TTTGATTTTTTTTTCATTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGATGA
58 TTT-A----TTTTTCATTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAAT-ATAA
* * * * * *
75208 TATAAAAATGTTATGAAAATTATAATTATTCATTTATTAATAATTTAAAGCCTTTTCAAGGCATG
117 TGTTAAAATGTTATCAAAATTATAATTATTCATTGATTAATAATTTCAAG-CTTTTGAAGGCATG
* * *
75273 ATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCATGT
181 ATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
* * * *
75323 TTCCCAATACAAAGATCTAATTAGGCTAAGCTTGAACCAAGAACAATAAAACTTTCAATTTATTT
1 TTCCCAATACAAAGATCTAATTAGG-TAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTT
* *
75388 TTCACTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTTTAAA-GT
65 TTCATTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATA-TAAT-GTTAAAATGT
* *
75452 TATCAAAATTAAAATTGTTCATAT-ATTAATAATTTCAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAA
128 TATCAAAATTATAATTATTCAT-TGATTAATAATTTCAAGCTTTT-GAAGGCATGATAAACTTAA
* * * * **
75516 AGTGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTGCTTCACGT
191 AATGCTCTTTCCTAGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
* * * *
75556 TTCCCAAAACAAACAT-TCAATTATGGTAGGCTTTACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAA-TT-TT
1 TTCCCAATACAAAGATCT-AATTA-GGTAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATT
** * * *
75618 TTT-ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAA-GATAAAATG
64 TTTCATTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATA-T-AATGTTAAAATG
* * * * *
75681 TTATC-AAATTGATAATTTTTCATTGCTAAATCATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAA
127 TTATCAAAATT-ATAATTATTCATTGATTAATAATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAA
*
75745 AGTGCTCTTTC
191 AATGCTCTTTC
75756 TCGTTCCCTA
Statistics
Matches: 570, Mismatches: 78, Indels: 61
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
229 39 0.07
230 76 0.13
231 39 0.07
232 24 0.04
233 182 0.32
234 7 0.01
236 1 0.00
237 1 0.00
238 5 0.01
239 1 0.00
240 1 0.00
243 80 0.14
244 111 0.19
245 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (230 bp):
TTCCCAATACAAAGATCTAATTAGGTAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTT
TCATTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATATAATGTTAAAATGTTAT
CAAAATTATAATTATTCATTGATTAATAATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
TCTTTCCTAGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGT
Found at i:75654 original size:912 final size:897
Alignment explanation
Indices: 73879--85384 Score: 4106
Period size: 926 Copynumber: 12.6 Consensus size: 897
73869 ATAATATTGG
* * * * * **
73879 TGATAATTATTCATTGATTAATCATTTTAAGTTTAC-AAAGGGATGATAAATTTCAAACACTCTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTT-CTAAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTC-T
* * * * *
73943 TTGA-GTTTCTTAA-GACAAACATCTAATTATGATAGGCTTTAACCAA-AACAACAAAGCTTTTG
64 TTCACGTTCCCTAATG-CAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAA-CAAGAACAACAAAGCTTTTG
* * * *
74005 ATTTATTTTTTATTTA-AATCATTTATAGGATTATAAATGAGTTATACAGCACAATATTGATGAT
127 ATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGA-GAT
* * * * *
74069 AAAATGTTA--ATAAAATGATAATTATTTATTGAT-AATTCA-ATCGAAGATTTTGAAGGCATGG
191 AAAATGTTATCA-AAAATGATAATTATTCATTGATCAA-GCATTTC-AAGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * * * *
74130 TAAACTT-AAACGGTCTTTCCTTATCACA-AGATAGGATCCACTTCACATTTCCCAATGCAAACA
253 TAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCA-ATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAACT
* * *
74193 TCTAATTATAATTAGCTTTAATCGAGAACAACAAAGCTTTCAAGTTATTTTCA-----ATTTATA
317 TCAAATTATGA-TAGCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAA-TTATTTT-ATTTTTATTTATA
* * * * * *
74253 ATCATTTATAGGATTATAAATGAAATATATATAATATTGA-CA-ATAAAATGTTATCAAAGTGAT
379 ATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGATGATATAAAATGTTATCAAAATAAT
* * * * *
74316 AATTATTTAGTGA-TATATCATTTCAAGC-ATTCGAATGCCTGATAAACTTAAAATGCA-TATTC
444 AATTATTCACTGATTA-ATCATTTCAAGCTTTTC-AAGGCATGATAAACTTAAAATGCACT-TTC
* * * * * * * * * * *
74378 CTTGTCATTAGATCA-CATCCAGTTCACGGTTCCTAATGCAAACATCCGATT-GTGATAGGCTTT
506 CTAGTCAATGGA-AAGCATCCACTTCACGTTTCCTAATACAAAGATCCAATTAG-GATAAGCTTG
* * ** * * **
74441 AACCAGGAATAACAAAGCTTTTGATTTA-TTGTC-GTTATAATAGCATTTAAAGGATTATAAATG
569 AACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAAT--CATTTATTGGATTATAAATG
* * * * * * * * *
74504 AATTATATATCATAATATTGATGGTAAAATGTTATTAAACTGATAATTATTTATTGATAAATCAT
632 AATTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAATTGTTCATT-ATTAATAAT
* * * * * *
74569 TTGAAGC-TTTCAAAAGGCATGAT-AACATAAAATGC-TCTTTCCATGTCAATGGATAGC-TTTC
696 TTGAAGCTTTTC-GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTA-GACAATGGATAGCATCT-
* * * ** * * **
74630 ACTTCATGTTTTCCAATGCAAATATTCAACTATAATAGACATGAACAAAGAAGAACAACAAAGCT
758 ACTTCAAG-TTTCCAATACAAA-ATTCAATTATGGTAGGC-TTAACCCA-AA-AACAACAAAGCT
*
74695 CTCAATTTTTTTCGATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAA
818 TTCAATTTTTTT--ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAA
*
74760 ATTACAATGTTATCAAAA
881 A-TACAATGTTATCAAAT
*
74778 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGAAGATAAACTTAAAATGCTCTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
* **
74843 CACATTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACGAAGAAC-ACAAAGCTTTCAATT
66 CACGTTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAAC-AAGAACAACAAAGCTTTTGATT
* * * * *
74907 CATTTTTGATTTATAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAGTTTAAA
130 TATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAGATAAAA
*
74972 TTTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTT
195 TGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTT
* *
75037 AAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAGCTTCCAATTA
260 AAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTA
*
75102 TGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTACTTTTGATTTTTTTTTCATTTATAAT
325 TGATA-GCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAA-TTA-TTTT-A----TTTTT-ATTTATAAT
* * *
75167 CATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGATGATATAAAAATGTTATGAAAATTATA
381 CATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGATGATAT-AAAATGTTATCAAAATAATA
* * * *
75232 ATTATTCATTTATTAATAATTTAAAGCCTTTTCAAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTA
445 ATTATTCACTGATTAATCATTTCAAG-CTTTTCAAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTA
* * * *
75297 GTCAATGGAAAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATACAAAGATCTAATTAGGCTAAGCTTGAACCA
509 GTCAATGGAAAGCATCCACTTCACGTTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGATAAGCTTGAACCA
* * *
75362 AGAACAATAAAACTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATA
574 AGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATA
* * *
75427 TATCATAATACTAATGGTTTAAA-GTTATCAAAATTAAAATTGTTCATATATTAATAATTTCAAG
639 TATCATAATACTAATGG-TAAAATGTTATCAAAATTATAATTGTTCAT-TATTAATAATTTGAAG
* * *
75491 CTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAGTGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTGCTTCACGT
702 CTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTACTTCAAGT
* *
75556 TTCCCAAAACAAACATTCAATTATGGTAGGCTTTACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATTTTTTT
767 TT-CCAATACAAA-ATTCAATTATGGTAGGCTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATTTTTTT
*
75621 ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATC
830 ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAA-ATACAATGTTATC
75686 AAAT
894 AAAT
* * * * *
75690 TGATAATTTTTCATTGCTAAATCATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAGTGCTCTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
* * * * ** *
75755 CTCGTTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAATCAAGAACAAAAAATTTTTTGCTT
66 CACGTTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAA-CAAGAACAACAAAGCTTTTGATT
* * *
75820 TATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTGCAGCTAAA
130 TATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG-AGATAAA
* *
75885 ATGTTATC-AAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCGTAATAAACT
194 ATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACT
** * * * * *
75949 TAAAATGCTCTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTCCAGTTTACGTGTTCCATTGCAAACTTCAAATT
259 TAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATT
*
76014 ATGATAAGCTTTAATCAAGAACAACAAA-TTTTC-A--A-TTTATTTTTGATTTATAATCATTTA
324 ATGAT-AGCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTATTTTATTTTT-ATTTATAATCATTTA
* * *
76074 TAGGATTATCAATGAATTAAATATCATAAT-ATTGATGATAATATGTTATCAAAATAATAATTAT
387 TAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA-TGAT-ATAAAATGTTATCAAAATAATAATTAT
* * * * *
76138 TCACTGATGAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGACAAACTTTAAATGCTCTTTCCTAGTCAAT
450 TCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAAT
* * *
76203 GGATAGCATCCACTTCACATTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGAT-AGTATTTG-ACCAAGAA
515 GGAAAGCATCCACTTCACGTTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGATAAG--CTTGAACCAAGAA
* * *
76266 CAACAAAGCTCTCAATTTTTGTTATATATTTTTTATTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAA
578 CAACAAAGCTTTCAA-------T-T-TATTTTTCACTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAA
* * *
76331 TTATATGTCATAATACTAATGGTAAAATATTATCAAAATTATAGTTGTTCATTTATTAATAATTT
634 TTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAATTGTTCA-TTATTAATAATTT
* * * * *
76396 GAAGCTTTT-GAAGGCATGATAAACTTAAAACGCTCTTTCCTAGACAATGGATAGTATCCACTTC
698 GAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTACTTC
* * *
76460 ATAGTTTCCAATA-AAAATATCTAATTATGATGGAGG-TTAACCC-AAAAGAACAAAGGTTTC-A
763 A-AGTTTCCAATACAAAAT-TC-AATTATG--GTAGGCTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAA
** * **
76521 -------ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCGTAGGATTGATAA-ACAA
823 TTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGA-AATACAA
76578 TGTTATCAAAGT
887 TGTTATCAAA-T
* * *
76590 TG-TAACTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC-TCTCGAAGGTATGATAAACTTAAAATGCTCTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCT-AAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTCTT
* * * *
76653 TC-CTTGTCAATGGATAGCACCCACATCATGTTTCCCAAAGCAACCATCAAATTATGAT-GCACT
65 TCAC--G----T---T-----CC-C-TAATG-----C--A--AA-CATCCAATTATGGTAG-GCT
* * ** *
76716 TTAACCAAGAAGAACAAAGCTTTAGATTTATTTTCCATTTATAATCATTTAAAGGATTATAAATG
103 TTAA-CAAGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATG
* * * *
76781 AATTATATATCAGAATATTGATGATAAAAAT-TTATC-AAAATAATAATTATTCATTGATAAATC
167 AATTATATATCATAATATTGA-GAT-AAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGC
* *** ** * **
76844 ATTTAAAGCTTCCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCAT-TTTCAATGTCAATGAATAGCATATA
230 ATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC-TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCA
* * * * * * * * *
76908 CTTCATGTTTTCCAATGCAAA-TATCCAACTATAAAAGACATCAACCAAGAAGAACAACAAAACT
294 CTTCACGTTTTCCAATGCAAACT-TCAAATTATGATAG-CTTTAATC---AAGAACAACAAAGCT
* * ** * * *
76972 TTCAATT-TGTT-TTTTGATTTATAATGGTCTATAGGGTTATAAATGAATTATATACCATAAT-A
354 TTCAATTATTTTATTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA
* * * * * * * * *
77034 TTGAAGATAAAATGTTATAAAAATGATAATTATTCATTGATAAACCATGTCAAGCTTCTAAAGGC
419 -TG-ATATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGC
* *
77099 ACGATAAACTTAAAATG--C-TT--T--T---T------CA--C-CTTC-C----CC-AATGCAA
482 ATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACGTTTCCTAATACAA
* * * * * * *
77139 ACATCCAATTATGG-TAGGCTTTAACAAAGAATAAAAAAGCTTTTGATTTAATTTTGATTTATAA
547 AGATCCAATTA-GGATAAGCTTGAACCAAGAACAACAAAGC---T--TTCAA-TTT-ATTT-T--
* * * * * *
77203 TCTTTTGATTTATAATCATTTATAGTATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAACGTTAAAA
601 TC-----ACTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAA
* * ** ** * ** *
77268 TGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGACCAAGCATTTCAAGCTTTT-GAAGGTGTGAAAAACTT
661 TGTTATCAAAATTATAATTGTTCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTT
* * * * * * * ** *
77332 AAAATGC-TCTTTCATTGTCAATAGATGGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGTAAACTTCTAATT
725 AAAATGCTTTTTTC-TAGACAATGGATAGCATCTACTTCAAG-TTTCCAATACAAAATTC-AATT
* * **
77396 ATGATAGGCTTTAA-CCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAG
787 ATGGTAGGC-TTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAA-TT-TTTTT-ATTTATAATGGTTTATAG
** *
77460 GATTATAAATGAATTATATATCATAGCATTGAAGATA-AAGTGTTATCAAAA
848 GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAA-ATACAA-TGTTATCAAAT
* * * * * *
77511 TAATAATTATTCATTAATCAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
* * ** * **
77576 -TCTTGTCAGTGAATAGCATCAACTTCACGTTTCCCAATACAAAGATCAAATTCAGATACACTTT
66 CACGT-TCCCT-AAT-GCA--AA---CA----T-CCAAT-------T---A-T--GGTAGGCTTT
* * * * * * * *
77640 GACCAAAAACAACAAAGGTTTTAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATGGGATCATAAATAAA
105 -AACAAGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA
* * * * * * * **
77705 TTATATATCATAATACTGATGGTAAAATATTATC-AAAATTATAGTTATTCATTTATTAATAATT
169 TTATATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATT
* * * * * * ***
77769 TCAAACTTTCGAAGGTATGACAAACTTAAAAAGCTCTTT-CTTAGTCAATGGCTAGCATCTGTTT
233 TCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTT-GTCAATGGATAGCATCCACTT
* * ** * * * * ** *
77833 CACATTTCCCAACACAAGCATCCAATTATGAAACGCTCCAAGCAAGAACAACAAAGCTTTC---T
297 CACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATA-GCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAATT
* * * * * * *
77895 A-TTTATTTTCGATTTGTTATCATTTGTAGGATTATAAATGTTATCAAAATATTGATGTTTATAA
361 ATTTTATTTT-TATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATG------AATTA-T-AT-ATCATAA
* * * * * ** * *
77959 -GATTGTATATCATACTATTGATGAT-AAAATGTTATCAAATATTCATTGACAAAGCATTTCATG
416 TGA-TG-ATAT-A-A--AATG-TTATCAAAA--TAAT-AATTATTCACTGATTAATCATTTCAAG
* * ** * * * * * * *
78022 -GTTTCGAAGGCAAGATAAACTTAAAA-AAATATTTCCTTGTCTATTGATAGCATCCATTTCACA
471 CTTTTC-AAGGCATGATAAACTTAAAATGCA-CTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACG
* ** * * * * * * * * **
78085 TTTCCCAATGTAAACATCTAATTATGAT-TGACTTTAACCCAA-AACTACAAGGATTTTGATTT-
534 TTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGATAAG-CTTGAA-CCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTA
* * * * * * * * * *
78147 TCTTTT-ATTTATAATTATTTACTAGATTATGAATGACTTATATATCATAACATTGATGATAAAA
597 T-TTTTCACTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAA
* * * * * * * *
78211 TGTTATCAAAATTATAATTATTCATTGATAAATCACTTCAAGCTTTT-GACGGTATGATAAAATT
661 TGTTATCAAAATTATAATTGTTCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTT
* * ** * * * * * * * * *
78275 GAAACGCCCTTTCCTTGTCAATGGATAGCACCCACATCCCA-TTTCCTAAAACAAACATCCAATT
725 AAAATGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTAC-TTCAAGTTTCC-AATACAAA-ATTCAATT
* * * * ** *
78339 GTGGT-GCGTTTTAA-CCAAGAACAACAAAACTTTCAATTTATTTTCAATTTATAATCATTTAAA
787 ATGGTAG-G-CTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATTT-TTTT--ATTTATAATGGTTTATA
*
78402 GGATTATAAATG----A-AT-T-AT-ATA-T--AA-A-AAT-TTATCAAAA
847 GGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAATACAATGTTATCAAAT
* ** * *
78439 TAATAATTATTCATTGATAAATTGTTTGAAGCTTCTAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
* * * * * *
78504 CATGGTCGATTGATAAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGTAAATATCAAATTATGATTGGTTTT
66 CA----C----G-T-----T-C-C--C-----T---AATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTT
* * ** * * * * * *
78569 AACCGAGAACAACAATG-TTTCCAATTTATTTTTTATTTCTTATCGTCTACAAGATTATAAATGA
105 AA-CAAGAACAACAAAGCTTT-TGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGA
* * * * * * **
78633 ATTTTATATCATAGTATTAATGGTAAAGTGTTATTC--AAATGATAATTATTCATT-AACTAATT
168 ATTATATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTA-TCAAAAATGATAATTATTCATTGATC-AAGC
* * *
78695 ATTTCAAGCTTTCTAAAGG-GTGATAAACTT-AAATGCT-TTTCCCTTGTCAATGGATGGCATCC
230 ATTTCAAGCTTT-TGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT-CCTTGTCAATGGATAGCATCC
* *** * * * * * *
78757 ACTTCACGTTTCCCAATGTGTACATCCAATTATTATAGGCTTTAACCAAGAAAAACAAGGCTTTC
293 ACTTCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATA-GCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTC
* * *
78822 AA--A-TTT-TTTTAATTTATTATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATATATCATAAT-ATTG
357 AATTATTTTATTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA-TG
* * * * * * * *
78882 ATGATAAAATATTAACAAAGTAATAATTATTAATTGATAAATCATTTCAAGC-TATCAAAGCATG
421 AT-ATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATG
**** * * * *
78946 ATAAA-TTGAAAATATTTTTTCCTTA-TCAATGGATAA-TATCCACTTCACGCTTCCCAATGCAA
485 ATAAACTT-AAAATGCACTTTCC-TAGTCAATGGA-AAGCATCCACTTCACGTTTCCTAATACAA
* * * * * * * * ** * *
79008 ACATCAAATTATGG-TAGGCTTTAACCACGAAGAAGAAAGCTTTCGATTTA-TAATCATTTGTAA
547 AGATCCAATTA-GGATAAGCTTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAA
* * * * * * ** * *
79071 --A---A---GA--AGAAATGCATTACATGTCGTAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATGAT
611 TCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAAAATTAT
* * * ** * * * * * ** * * *
79126 AACTATTCATTGATAAATCTTTTCAAG-GTATCAAAGGCATTATAAACTTAAAATGCACTCTCCC
676 AATTGTTCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCT
* * * * * * * * ** *
79190 CGTCAATGGATATCTTCTA-TATGATGTTTTCCAATGCAAACA-TCTAACTATAATCGGCTTTAA
740 AGACAATGGATAGCATCTACT-TCAAG-TTTCCAATACAAA-ATTC-AATTATGGTAGGC-TTAA
* ** * ** * **
79253 -TCATGAATAACAAAGAGTTCAATTTTTTTTATTTATATTCATTTATAGGATTATAAAT-AATTA
800 CCCAAAAACAACAAAGCTTTCAA-TTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTA
* * * * * * *
79316 TATATTATAATATTGATGACAAAATATTATAAAAA
864 TATATCATAATATTGA-AATACAATGTTATCAAAT
* ** * * *
79351 TGATTATTATTCATTGATAAATCATTTCACCCTTTCGAAA-GCAAGATAAACTTAAAACGTTATT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC-TTCTAAAGGGATGATAAACTT-AAA----A-T
* * * * * *
79415 GTCAATGGATAGCATTCACCTCATGTTTTCC-AATTCAAACATCTAATTATGACTAGG-TTTAGT
59 G-C------T--C-TT----TCACG-TTCCCTAATGCAAACATCCAATTATG-GTAGGCTTTA-A
* * * * * *
79478 CGAGAACCACAAAGCTTTGGATTTGTTTCTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTA
107 CAAGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTA
* * * * * * *
79543 TATGTCATAATTTTGATGATAAAATGTAAT-TAAAGTGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCA
172 TATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCA
* * * ** * * * *
79607 AGCTTTCGAAAGCATGATAAACTAAAAATGCTCTTTTATTCTCAAAGGATAGCACCCACTTCATG
236 AGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACG
* * * * * *
79672 TTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACCACAATGCATTT-GA-T-TT
301 TTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATA-GCTTTAATCAAGAACAACAAAGC-TTTCAATTATT
* ** * * * * * *
79734 GT-TTTCAATTTACAATCATTTAAAGGTTTAAAAATGAATAATATATCATAA-AATTGATGATAA
364 TTATTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA-TGAT-ATAA
* * * * * * *
79797 AATGTTATCAAAATGATAATTATTCA-TTAGTAAATTATTTCAACCTTTTGAAGGCATGTTAAAC
427 AATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGA-TTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATGATAAAC
* * * * * * * * ** * *
79861 TTAAAATGCTA-TTCCCTTGTTAGTGGATAGCATCCCCTTCATGATTTCCAAATGTAAATATCCT
491 TTAAAATGC-ACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACG-TTTCCTAATACAAAGATCCA
* * * * ** * *
79925 ATTATGATAGGCATT-AACCAAGAACATCAAAGCTTCCAAACTATTTTTTATTTATAATCATTTA
554 ATTAGGATAAGC-TTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTA
* * * ** * * * * * * *
79989 TAGAATTATAAATAAATTATATATCATAATTTTGATGATAAATTTTTATCGAAATGATAATTATT
618 TTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAATTGTT
* * ** * * * * * *
80054 CATTAGTAAATCATTACAAGGTTTT-GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGCCAGT
683 CATTA-TTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTAGACAAT
* * * * * * ** * ***
80118 GGATAGCATCCACTCCACGTTTTCCATTGCAAACATCCAATTATGAAAGGCTTTAA-CTAAGGGC
747 GGATAGCATCTACTTCAAG-TTTCCAATACAAA-ATTCAATTATGGTAGGC-TTAACCCAAAAAC
* * ** * * *
80182 AATAAAGCTTT-ATATTTATTTTCGATTTACAATCATTTATA-G-TCATAAATAAATTATATAGC
809 AACAAAGCTTTCA-ATTT-TTTT--ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATC
* **
80244 ATAATATTG--ATGATAA--TTAT-TTAT
870 ATAATATTGAAAT-ACAATGTTATCAAAT
* * * * * ** *** * ***
80268 TGATAA--A-TCATT--TCAACCTTTTGACGGCATGATAAACCTAACATGCTCTTTCTTTGTTAA
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCA-AGC-TTCTAAA---GGGATGAT-AAAC----TTAA
* * ** * **
80328 TGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCTAATACAAACATCCAATTATGAAAGGCTTTAACCAA-AAG
56 --AAT-GC-T-C-TTTCACGTTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAA-CAAGAA-
* ** * * * * * *
80392 TAGTAAAGCTTTCGATTTATTTTTGAATTATAATTACTTATAGGATTATAAATGGATTATATATC
113 CAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATC
** * * * * * * *
80457 AGGATATGGATGATGAAATCTTAT-AAAAA--ATAA-TAATAATTGATAAATCATTTCAAGCTTT
178 ATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTT
** * *** * * * **
80518 CAAAGGAATGATAAACTTAAAGCACTCTTTACTTGTCAATCGATAACATCTGCTTCACG-TTTCT
242 TGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTC-
* * * * **
80582 CAATGCAAACATCTAATTATGATAGACTTTAACCAAAAACAACAAAGCTTT---GGA-TTTATTT
306 CAATGCAAACTTCAAATTATGATAG-CTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTATTTTATTT
* * * * * * *
80643 TCGATTTATAATCATATATAGAATTATAAATGACTTATATATCAT-ATTATTGGTGATGAAATGT
370 T-TATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA-TGAT-ATAAAATGT
* * * * * ** * * *
80707 TACCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTCCAAGCTTTTGGAGGCAAGATAAACATAAAG
432 TATCAAAATAATAATTATTCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATGATAAACTTAAAA
* * * * * * * * ** *
80772 TGCTCTTTACTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCATGTTTTCC-AATGCAAACAGGCAATTATGA
497 TGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACG-TTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGA
* * * * * * * *** * * *
80836 -AAGGCTTTAACTAAAAAGAGCGAAGCTTTCCATTTATTTTTGTTTTGTAATAATTTATAGGATT
561 TAA-GCTTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTATTGGATT
** * * * * *
80900 ATTTAT-AGATTATATATCAAAATATTGA-GGATAAAATGTTATCAAAATTGTAATTATTCATTG
625 ATAAATGA-ATTATATATCATAATACTAATGG-TAAAATGTTATCAAAATTATAATTGTTCATT-
* ** * * * * * * * * *
80963 ATAAATCGTCTCAA-CCTTTCGAAGGCATGACAAACTTAAATTGCTCTTTCCTTGTCAATGGATA
687 ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTAGACAATGGATA
* ** * * * * * *
81027 GCATCTACTTCATGTTTCACAATGTAAACTTCCAATTATGCTAGCCTTTAA-GCAAGAACAACGA
752 GCATCTACTTCAAGTTTC-CAATACAAAATT-CAATTATGGTAGGC-TTAACCCAAAAACAACAA
* * * * ** * *
81091 AGCTTTCTATTTATTGTCGATTTGTTATCATTTTTAGGATTATAAATGAATGATATATCATAATA
814 AGCTTTCAATTT-TT-T-TATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATA
** * * *
81156 TTGATGCTAAAATGTTATAAAAAA
876 TTGA-AATACAATGTTAT-CAAAT
* * * * * *
81180 TGATAATTATTGATTGATAAATCATTTTAAG-TTTTCGAAGGCATGATAAATTTAAAATGCTCTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCT-AAAGGGATGATAAACTTAAAATG--C--
* * *
81244 TCCTTGTCAATGGATCACATCTGCTTCACGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGGTTGGCTTT
61 T-C---T---T---T--CA-C-G-TTC-C-----CTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTT
* * * ** * ** * * *
81309 AACTGAGAACAATAATGC-TTAAAATTATTTTTGGTTTATAATCAATTGTAGGATT-TTAATGAA
105 AAC-AAGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA
* * *
81372 TTATATATCATAATATTGTTGATAAAATGTTAT-TAAAATGATAATTATTCATTGATAAATG-AT
169 TTATATATCATAATATTG-AGATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAA-GCAT
* * * * *
81435 TTTAAGCTTTCT-AAGGCATGATGAACTCAAAATGCACTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAAT
232 TTCAAGCTTT-TGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACT
* * ** * * * *
81499 TCATGTTTCCCAATGCAAAAATCCAATTTTGATAGGCTTTAAGCAAGGACAACAAAGCTTT---T
296 TCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATA-GCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAAT
* * * *
81561 GA-TTTA----TA---AT--T-A-TT-T---ATTCTAAATGAATTATATATCATCAT-ATTGGTG
360 TATTTTATTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA-TGAT-
* * * * *
81609 ATAAGATGTTATCAACATGAA-AATTATTCATTAATAAATCATTTCAAGC-TTTCAAAGGCATGA
423 ATAAAATGTTATCAAAAT-AATAATTATTCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTC-AAGGCATGA
* * * ** * ** * *
81672 TAAACTTAAAATACTCTTTCCTAGTCAATGGATAGCATCCGTTTTATATTTTCC-AATAGAAACA
486 TAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCA-CGTTTCCTAATACAAAGA
* ** * * * * * ** * *
81736 TCCAATTATGATAAGCATT-AATTAAAAAGAGCAACGTTTTTGACTTATTTTTCATTTATAATCA
550 TCCAATTAGGATAAGC-TTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCA
* * * * * * * *
81800 TTTATAT-GATTATAAATGAATTATATGTCATAATATTGATGATAAGATATTATCAAACGTAATA
614 TTTAT-TGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAAA-ATTATA
* * * * * * ** * * *
81864 ATTATTTATTGATAAATCATTTTAGGCTTTT-GAATACATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTT
677 ATTGTTCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTA
* ** * * * * * * *
81928 GTCAATGGATAGCATCCGCTTTACA-TTCCCTATGC-AAATATCTAATTATGATAGAG-TTTAGC
741 GACAATGGATAGCATCTACTTCA-AGTTTCCAATACAAAAT-TC-AATTATGGTAG-GCTTAACC
* * * * * *
81990 C-AAAAC--C--AGC---AAAGTTTTTGATTTATAAT-CTTATATAGGACTGTAAATGAATTATA
802 CAAAAACAACAAAGCTTTCAATTTTTTTATTTATAATGGTT-TATAGGATTATAAATGAATTATA
* ** * * *
82046 TATCATATTATTGGTGATAAAATGTTACCAAAA
866 TATCATAATATT-GAAATACAATGTTATCAAAT
* * * *
82079 TGATAAATTTTTCATTGATAAATCATTTCAACCTT-TCAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCA
1 TGAT-AATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCT-AAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTC-
* * ** *
82143 TTCCTAGTCAATGGATATCATCCAGTTCATGTTTTCAAATGCAAATATCCAATTATAATAGGCAT
63 -T--T--TC-A-CG---T--TCC----C------T--AATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTT
* * * * * **
82208 TAACTAAGAAAAACAGCA-CTTTTG-TCTTATTTTTTATTTGTAATCATATATAGTATTATACGT
104 TAAC-AAGAACAACA-AAGCTTTTGAT-TTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT
** * * * * * * **
82271 GAATTATATATCATAATACCGACAATAAAATGTTATC-AAAATGGTAACTATTGATTGGTAAATT
166 GAATTATATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGC
* * * * * * * * * * *
82335 ATTTTAAGCTTTCGGAGGCAAGTTAAAGTCAAAATGTTCTTTACTTGTCCATGAATA-CTATCCA
230 ATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGC-ATCCA
* * * * * * * * *
82399 TTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGAAAGTCTTTAACCAAGAAAAAAAAAGCTTTGC
294 CTTCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATAG-CTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTT-C
* * * ** *
82464 ATTTAGTTTAAATTGATTTTCAAATTT-TAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATACCTCAA
357 AATTA--TT---TT-ATTTT--TATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCAT
* * * * * *
82528 AAT-ATTGAGGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTCATAAATCATTTCAAAAC-TTT
414 AATGA-TGA-TATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATTAATCATTTC-AAGCTTTT
* * * * * *
82591 CAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGCCAATGGATAGCATCAACTTCACGTTTCAT
476 C-AAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACGTTTCCT
* * * * * * * * ** * * *
82656 AAGACAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAAACAAAAACAAGAAAGCTTTTGATTTGTTTTTGAT
540 AATACAAAGATCCAATTAGGATAAGCTTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCAC
* * * * * * * ** *
82721 TTATAATTATTTATTAGCTTACAAATGAATGATATATCATAATATTGATGACAAAATCTTATCAA
605 TTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAA
* * * * * * *** * *
82786 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTTAAGC-TTTCAAAGGTGGGATAAACTTAAAATACTC
670 AATTATAATTGTTCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTT
* * * * * ** * * *
82850 TTTCCTTGCCAATGGATTGCATCTACTTCATGTTTCCTAATGTAAATATCCAATTATGTTTGGCT
734 TTTTCTAGACAATGGATAGCATCTACTTCAAGTTTCC-AATACAAA-ATTCAATTATGGTAGGC-
* ** * *** * *
82915 TTAA-CCAAGAACAACAAAGCTTAAAAGTTATTTTTGATTTATATTCAATTGTAGGATTTTAAAT
796 TTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAA-TT-TTTTT-ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAAT
* * *
82979 GAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAA
858 GAATTATATATCATAATATTGA-AATACAATGTTATCAAAT
* * * * * * * *
83020 TGATATTTATTCATTGATAAATAATTTCAACCTT-TCATAGGTAGGATAGACTGAAAATGCTTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCT-AAAGGGATGATAAACTTAAAATGC----
* * * *
83084 TCCTTTTCAATGTATAGCATGCACTTCACATTTACCAATGCAAACAGCTAATTATGATAGGCTTT
61 T-C-TTTC-------A-C--G---TTC-C-----CTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTT
* * * * ** * * * *
83149 GACCAAGAACAACAAAACTTTCGATTTAGTTTAGATTTCTTATTATTTATAGGGTTATAAATGAA
105 -AACAAGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA
* * * * * *
83214 TTGTGTATCAAAATATTGATGATAAAATGTTATC-AAAATGATAATTATTCATTCATAAATCATT
169 TTATATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATT
* * * * * *
83278 TCAAGCTTCTAAAGGCATGATACACTTAAAATGCTCTTTACTTGTCAATTGATAACATCCA-TTC
233 TCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTT-
* * * * * * *
83342 CATGTTTTCCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAATAACAAAGGTTTC----
297 CACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGAT-AGCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAATT
* * * * * * *
83403 ----------GATTTATAATCATTTATCGAAGTATAAGTGAATTATATATCGTAAT-ATTGATGC
361 ATTTTATTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGA-TGAT-A
* * * * * * * * *
83457 TAAAATGTTATCAAAATGATGATTTTTCATTGATAAATCATTTGAAGCTTTTGAAGTCGTGATAA
424 TAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATGATAA
* * ** * * * * * *
83522 ACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATATATAGTATTCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCA
489 ACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACGTTTCCTAATACAAAGATCCA
* * * * * * *
83587 ATTATGAT-TGTCCTT-AAACAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTGATTTATAATTATTG
554 ATTAGGATAAG--CTTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTT
* * * * * * * ** * *
83650 ATAGCATTATAAATGAATTAAATATTATAATATTGATGATAAAAAATTATCAAAATGATAATTAT
617 ATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAATTGT
* * * * * * * * * * * * *
83715 TTATTGGTAAATTATTTCAAG-ATTTCGAAGGCATGATAAACTTTAATTTCTCTTTCCTTGTCAA
682 TCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTAGACAA
* ** * * * * * * * * * *
83779 TGAACGGCATCCATTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTACGATAGGTGTTAA-CTAAGAA
746 TGGATAGCATCTACTTCAAG-TTTCCAATACAAA-ATTCAATTATGGTAGG-CTTAACCCAAAAA
* * * ** * * *
83843 CAACAATGCTTTCAATTTACTTTCGATTTCTAATCATTTACAGGATTATAAATAAACTATATATC
808 CAACAAAGCTTTCAATTT--TTT-TATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATC
* ** * *
83908 ATAATTTTGTTGATAAAATGTTTTCAAA-
870 ATAATATTG-AAATACAATGTTATCAAAT
* * * *
83936 TGATATTTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTT-TAGAGGGATTAACAAACTTAAAATACTTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGA-TGATAAACTT-AAA-A-----
* * * * *
84000 TCGTTGTCAATGGATTGCACCCACTTCACATTTCCTAATGTAAACATCTAATTATGATAGGCTTT
58 T-G--CTC--T---TT-CA--C-GTT--C----CCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTT
* * *
84065 AACCAAGAACATCATAGCTTTCAATTTATTTTTATATAGTTTTTATTTATAATCATTTATAGGAT
105 AA-CAAGAACAACAAAGC-TT---TTGA---TT-TAT--TTTTTATTTATAATCATTTATAGGAT
* * * * *
84130 TGTAATTGAATTATATACCATAATATTGATGATAAAATTTTATC-AAAATGATAATTGTTCATTG
159 TATAAATGAATTATATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTG
** * *** * * * *
84194 AT-AGATTATTTCAAGCTTTTAAAGATGTGTTAAACTTAAAAAGCTCTTTACTAGTCAATGGATA
223 ATCA-AGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATA
* * * * * *
84258 GTATCCACTTCACGTTTTCCAATGTAAACATCAAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAATAGCAAA
287 GCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATA-GCTTTAATCAAGAACAACAAA
* * * * *
84323 GGTTTC---------A-----ATTTATAATCATTCATAGAATAAGAAATGAATTATATATCATAA
351 GCTTTCAATTATTTTATTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAA
** * * * * *
84374 TTTTTTATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATT-AATGGATAAATCATTTCAAGC-TCTCA
416 -TGATGAT-ATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACT-GATTAATCATTTCAAGCTTTTC-
* * * * * * *
84437 AAGGCAT-ATAAACTCAAAATGCACTTTCCTTGCCAATGGATAGCGTCCACTTCATGTTT-TTCA
477 AAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTTCACGTTTCCT-A
* * * ** * * * * * * *
84500 ATCCAAACATCCAATTATGATTGGCGTT-TACTAAGAATAGCAAAGCTTTCGATTTATTTTTGAT
541 ATACAAAGATCCAATTAGGATAAGC-TTGAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCAC
* * * *
84564 TTATACATGC-TTT-TAGGATTATAAATAAATTATATATCATAATCAC-ACTGATAAAATGTTAT
605 TTATA-AT-CATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT-ACTAATGGTAAAATGTTAT
* * * * *
84626 CAAAATGT-T-ATCTATTCATTGATAAATCATTTCAAAC-TTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAA
667 CAAAAT-TATAAT-TGTTCATT-ATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAA
** * * * * * *
84688 TGCTCTTTCTT-T-GTTAGTGGATAGCATCCACTTCACGTTTCTTACTACAAACATCCAATTATG
729 TGCT-TTT-TTCTAGACAATGGATAGCATCTACTTCAAGTTTC-CAATACAAA-ATTCAATTATG
* * * * * ** * *
84751 ATAGGCTTTGA-CTAAGAGCAACAAAGCTTTTGATTTATTT-TTTAT-A----TTATCGGATTAT
790 GTAGGC-TTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTAT
* * * * * * *
84809 AAATGAATTATATATCATAAAATTCATCATAGAATCTTATGAAAG
854 AAATGAATTATATATCATAATATTGA-AATACAATGTTATCAAAT
* * * * * * * *
84854 TGATCATTATTCATTAACAAACCATTTTAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
1 TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGATGATAAACTTAAAATG--C--T
* * * *
84919 CCTTGTCAATGAATAGAATCCATTTCATGTTTCCCAATGCACACATCCAGTTATGATAGGCTTTA
62 -CTT-TC-ACG--T----TCC----C-----T---AATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTA
* * *
84984 ACCAAGAACAACAAAGC-TTTCAATTATTTTTTATTTATAATCATTTACAGGATTATAAATGAAT
106 A-CAAGAACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAAT
* * * *
85048 TATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAACAAGAA-GATAACTATTCATTGAT-AACTCATT
170 TATATATCATAATATTGA-GATAAAATGTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAA-GCATT
* * * * *
85111 TCAAG-GTTTCATAGGCACGATAAACTTTAAATGCTCTTTCATTGTCAATGGATAGCATCCACTT
233 TCAAGCTTTTGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTT
* * * * * *
85175 CAC-TTTTGCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTGT--T----AAC--C-AAGATTT---TG
297 CACGTTTT-CCAATGCAAACTTCAAATTATGATAGCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAATT
85227 A-TTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT-AATTTATATATCATAAT-ATTGAT
361 ATTTTA-TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA-TTATATATCATAATGA-TGAT
* * * * * * * *
85289 GATAAAATATTTTCGAAAA-GATAATTATCCACTGATAAATCAATTCAAGCTTTTGATGGCATGA
423 -ATAAAATGTTATC-AAAATAATAATTATTCACTGATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATGA
* * *
85353 TAAACTTAACATGCTCTTTCCTTGTCAATGGA
486 TAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGA
85385 TAACATTCAT
Statistics
Matches: 8221, Mismatches: 1695, Indels: 1373
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
890 2 0.00
891 2 0.00
892 5 0.00
893 2 0.00
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897 6 0.00
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956 1 0.00
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959 29 0.00
960 3 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (897 bp):
TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGATGATAAACTTAAAATGCTCTTT
CACGTTCCCTAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAGAACAACAAAGCTTTTGATTT
ATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAGATAAAAT
GTTATCAAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTA
AAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAACTTCAAATTAT
GATAGCTTTAATCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTATTTTATTTTTATTTATAATCATTTATAGG
ATTATAAATGAATTATATATCATAATGATGATATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTG
ATTAATCATTTCAAGCTTTTCAAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAG
CATCCACTTCACGTTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGATAAGCTTGAACCAAGAACAACAAAG
CTTTCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATACT
AATGGTAAAATGTTATCAAAATTATAATTGTTCATTATTAATAATTTGAAGCTTTTCGAAGGCAT
GATAAACTTAAAATGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTACTTCAAGTTTCCAATACAAAAT
TCAATTATGGTAGGCTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATTTTTTTATTTATAATGGTTTAT
AGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAATACAATGTTATCAAAT
Found at i:76607 original size:913 final size:899
Alignment explanation
Indices: 73958--76654 Score: 2425
Period size: 900 Copynumber: 3.0 Consensus size: 899
73948 TTTCTTAAGA
* ** * * ** * *
73958 CAAACATCTAATTATGATAGGCTTTAACCAA-AACAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATTTA-
1 CAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAACGAAGAACAA-AAAGCTTTCAATTCATTTTTGATTTAT
* ** * * * * *
74021 AATCATTTATAGGATTATAAATGAGTTATACAGCACAATATTGATGATAAAATGTTA--ATAAAA
65 AATCATTTATAAGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTGA-GCTAAAATGTTATCA-AAAA
* * * * ** * *
74084 TGATAATTATTTATTGAT-AATTCA-ATCGAAGATTTTGAAGGCATGGTAAACTT-AAACGGTCT
128 TGATAATTATTCATTGATCAA-GCATTTC-AAGCTTTTGAAGGCATAATAAACTTAAAATGCTCT
* * * * * * * *
74146 TTCCTTATCACA-AGATAGGATCCACTTCACAT-TTCCCAATGCAAACATCTAATTATAATTAGC
191 TTCCTTGTCA-ATGGATAGCATCCACTTCACGTGTT-CCAATGCAAACTTCAAATTATGATAAGC
* * *
74209 TTTAATCGAGAACAACAAAGCTTTC-A-A-GTT-A--TTTTCAATTTATAATCATTTATAGGATT
254 TTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATACTTTGATTTTTTC-ATTTATAATCATTTATAGGATT
* * * * * * * * *
74268 ATAAATGAAATATATATAATATTGA-CA-AT-AAAATGTTATCAAAGTGATAATTATTTAGTGAT
318 ATAAATGAATTAAATATCATAATGATGATATAAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGAT
* * * * * * * * *
74330 -ATATCATTTCAAG-C-ATTCGAATGCCTGATAAACTTAAAATGCA-TATTCCTTGTCATTAGAT
383 GA-ATAATTTAAAGCCTTTTC-AAGGCATGACAAACTTAAAATGCACT-TTCCTAGTCAATGGA-
* * ** * * * * * * * *
74391 CA-CATCCAGTTCACGGTTCCTAATGCAAACATCCGATT-GTGATAGGCTTTAACCAGGAATAAC
444 AAGCATCCACTTCACATTTCCCAATACAAAGATCCAATTAG-GATAAGCTTGAACCAAGAACAAC
* * ** * * ** *
74454 AAAGCTTTTGATTTA-TTGTC-GTTATAATAGCATTTAAAGGATTATAAATGAATTATATATCAT
508 AAAACTCTCAATTTATTTTTCACTTATAAT--CATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCAT
* * * * * * * * * * * *
74517 AATATTGATGG-TAAAATGTTATTAAACTGATAATTATTTAT-TGATAAATCATTTGAAGC-TTT
571 AATACTAATGGTTAAAA-ATTATCAAAATTAAAATTGTTCATAT-ATTAATAATTTCAAGCTTTT
* * * * * * * *
74579 CAAAAGGCATGAT-AACATAAAATGCTCTTTCC-ATGTCAATGGATAGCTTTCACTTCATGTTTT
634 C-GAAGGCATGATAAACTTAAAACGCTCTTTCCTA-GACAATGGATAGCATCCACTTCAAGTTTC
** * * *** * * ** *
74642 CCAATGCAAATATTCAACTATAATAGACATGAACAAAGAAGAACAACAAAGCTCTCAATTTTTTT
697 CCAAAACAAACATTCAATTATGGGAGGC-TTAACCCA-AA-AACAACAAAGCTTTCAA------T
** ** *
74707 CGATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAA-ATTACAATGTT
753 --ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATACAAGA-TAAAATGTT
* *
74771 ATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGGAAGATAAACTTAAAAT
815 ATC-AATTGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGCAAGATAAACTTAAAAT
74836 GCTCTTTCACATTCCCTAATG
879 GCTCTTTCACATTCCCTAATG
* * *
74857 CAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACGAAGAACACAAAGCTTTCAATTCATTTTTGATTTATA
1 CAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAACGAAGAACAAAAAGCTTTCAATTCATTTTTGATTTATA
* * * * *
74922 ATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAGTTTAAATTTTATCAAAAATGA
66 ATCATTTATAAGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTGAGCTAAAATGTTATCAAAAATGA
*
74987 TAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCT
131 TAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATAATAAACTTAAAATGCTCTTTCCT
* * * *
75052 TGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCCAATGCAAGCTTCCAATTATGATAGGCTTTAACC
196 TGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTGTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATAAGCTTTAACC
*
75117 AAGAACAACAAAGCTTTCAATTTACTTTTGATTTTTTTTTCATTTATAATCATTTATTGGATTAT
261 AAGAACAACAAAGCTTTCAA--TAC-TTTGA---TTTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTAT
* * * * * *
75182 AAATGAATTATATATCATAATGATGATATAAAAATGTTATGAAAATTATAATTATTCATTTATTA
320 AAATGAATTAAATATCATAATGATGATATAAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATGA
*
75247 ATAATTTAAAGCCTTTTCAAGGCATGATAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCAT
385 ATAATTTAAAGCCTTTTCAAGGCATGACAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCAT
** * * * *
75312 CCACTTCATGTTTCCCAATACAAAGATCTAATTAGGCTAAGCTTGAACCAAGAACAATAAAACTT
450 CCACTTCACATTTCCCAATACAAAGATCCAATTAGGATAAGCTTGAACCAAGAACAACAAAACTC
75377 TCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAAT
515 TCAATTTATTTTTCACTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAAT
* *
75442 GGTTTAAAGTTATCAAAATTAAAATTGTTCATATATTAATAATTTCAAGCTTTTCGAAGGCATGA
580 GGTTAAAAATTATCAAAATTAAAATTGTTCATATATTAATAATTTCAAGCTTTTCGAAGGCATGA
** * * ** *
75507 TAAACTTAAAGTGCTTTTTTCTAGACAATGGATAGCATCTGCTTCACGTTTCCCAAAACAAACAT
645 TAAACTTAAAACGCTCTTTCCTAGACAATGGATAGCATCCACTTCAAGTTTCCCAAAACAAACAT
* * **
75572 TCAATTATGGTAGGCTTTACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATTTTTTTATTTATAATGGTTTAT
710 TCAATTATGGGAGGCTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAA------TATTTATAATCATTTAT
** *
75637 AGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAATTGATAATTTTTC
769 AGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATACAAGATAAAATGTTATC-AATTGATAATTATTC
* * * * * *
75702 ATTGCTAAATCATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAGTGCTCTTTCTCGTTCCCTAA
833 ATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCTTTCACATTCCCTAA
75767 TG
898 TG
** *** * *
75769 CAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAATC-AAGAACAAAAAATTTTTTGCTTTATTTTTTATTTA
1 CAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAA-CGAAGAAC-AAAAAGCTTTCAATTCATTTTTGATTTA
*
75833 TAATCATTTATAGGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTGCAGCTAAAATGTTATC-AAAA
64 TAATCATTTATAAGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTG-AGCTAAAATGTTATCAAAAA
*
75897 TGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCGTAATAAACTTAAAATGCTCTTT
128 TGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATAATAAACTTAAAATGCTCTTT
** * * * *
75962 TGTTGTCAATGGATAGCTTCCAGTTTACGTGTTCCATTGCAAACTTCAAATTATGATAAGCTTTA
193 CCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTGTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATAAGCTTTA
* * * *
76027 ATCAAGAACAACAAA-TTTTC-A-A-TTT-A-TTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATCAA
258 ACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATACTTTGATTTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAA
*
76086 TGAATTAAATATCATAAT-ATTGATGAT-AATATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATGAA
323 TGAATTAAATATCATAATGA-TGAT-ATAAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATGAA
* * * * * *
76149 TCATTTCAAG-CTTTTGAAGGCATGACAAACTTTAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGGATAGCATC
386 TAATTTAAAGCCTTTTCAAGGCATGACAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATC
* * *
76213 CACTTCACATTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGAT-AGTATTTG-ACCAAGAACAACAAAGCT
451 CACTTCACATTTCCCAATACAAAGATCCAATTAGGATAAG--CTTGAACCAAGAACAACAAAACT
* * * *
76276 CTCAATTTTTGTTATATATTTTTTATTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATGTCA
514 CTCAA-------T-T-TATTTTTCACTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCA
* * * *
76341 TAATACTAATGG-TAAAATATTATCAAAATTATAGTTGTTCATTTATTAATAATTTGAAGCTTTT
570 TAATACTAATGGTTAAAA-ATTATCAAAATTAAAATTGTTCATATATTAATAATTTCAAGCTTTT
*
76405 -GAAGGCATGATAAACTTAAAACGCTCTTTCCTAGACAATGGATAGTATCCACTTCATAGTTT-C
634 CGAAGGCATGATAAACTTAAAACGCTCTTTCCTAGACAATGGATAGCATCCACTTCA-AGTTTCC
* * *
76468 CAATA-AAA-ATATCTAATTATGATGGAGG-TTAACCC-AAAAGAACAAAGGTTTC-A-ATTTAT
698 CAAAACAAACAT-TC-AATTATG--GGAGGCTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATATTTAT
* ** *
76527 AATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCGTAGGAT---TGATAAACAATGTTATCAAAG
759 AATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATACAAGAT-AA-AATGTTATC-AA-
* * * *
76589 TTG-TAACTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC-TCTCGAAGGTATGATAAACTTAAAATGCTCT
820 TTGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCT-AAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCT
76652 TTC
884 TTC
76655 CTTGTCAATG
Statistics
Matches: 1520, Mismatches: 214, Indels: 128
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
897 3 0.00
898 5 0.00
899 127 0.08
900 237 0.16
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918 8 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (899 bp):
CAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAACGAAGAACAAAAAGCTTTCAATTCATTTTTGATTTATA
ATCATTTATAAGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTGAGCTAAAATGTTATCAAAAATGA
TAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATAATAAACTTAAAATGCTCTTTCCT
TGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTGTTCCAATGCAAACTTCAAATTATGATAAGCTTTAACC
AAGAACAACAAAGCTTTCAATACTTTGATTTTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGA
ATTAAATATCATAATGATGATATAAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCACTGATGAATAATT
TAAAGCCTTTTCAAGGCATGACAAACTTAAAATGCACTTTCCTAGTCAATGGAAAGCATCCACTT
CACATTTCCCAATACAAAGATCCAATTAGGATAAGCTTGAACCAAGAACAACAAAACTCTCAATT
TATTTTTCACTTATAATCATTTATTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTTAA
AAATTATCAAAATTAAAATTGTTCATATATTAATAATTTCAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACT
TAAAACGCTCTTTCCTAGACAATGGATAGCATCCACTTCAAGTTTCCCAAAACAAACATTCAATT
ATGGGAGGCTTAACCCAAAAACAACAAAGCTTTCAATATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT
GAATTATATATCATAATATACAAGATAAAATGTTATCAATTGATAATTATTCATTGATAAATCAT
TTCAAGCTTCTAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCTTTCACATTCCCTAATG
Found at i:76956 original size:232 final size:232
Alignment explanation
Indices: 75765--85413 Score: 7605
Period size: 232 Copynumber: 42.0 Consensus size: 232
75755 CTCGTTCCCT
** * * * ** * * *
75765 AATGCAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAATCAAGAACAAAAAATTTTTTGCTTTATTTTTTAT
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* * *
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66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTG-ATGATAAAATGTTATCA
* * * * *
75894 AAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCGTAATAAACTTAAAATGCTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
** * * * * *
75959 TTTTGTTGTCAATGGATAGCTTCCAGTTTACGTGTTCC
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* * * * * *
75997 ATTGCAAACTTCAAATTATGATAAGCTTTAATCAAGAACAACAAA-TTTTCA-ATTTATTTTTGA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTTGA
* * *
76060 TTTATAATCATTTATAGGATTATCAATGAATTAAATATCATAATATTGATGATAATATGTTATCA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * * *
76125 AAATAATAATTATTCACTGATGAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGACAAACTTTAAATGCTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
* **
76190 TTTCCTAGTCAATGGATAGCATCCACTTCA-CATTTCC
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * ** * * *
76227 TAATACAAAGATCCAATTAGGATAGTATTTGACCAAGAACAACAAAGCTCTCAATTTTTGTTATA
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAG----C---TTTAG--ATT
* * * * * *
76292 TATTTTTTATTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATGTCATAATACTAATGGTAAA
56 TATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAA
* * * * * * * * *
76357 ATATTATCAAAATTATAGTTGTTCATTTATTAATAATTTGAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTT
121 ATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTT
* * * *
76422 AAAACGCTCTTTCCTAGACAATGGATAGTATCCACTTCATAG-TTTCC
186 AAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCAT-GTTTTCC
** * * *
76469 AATAAAAATATCTAATTATGATGGAGG--TTAACCCAA-AAGAACAAAG-----G-TTTCA----
1 AATGCAAACATCCAATTATGAT--AGGCTTTAA-CCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTT-ATTTT
* **
76521 --ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCGTAGGATTGAT-A-AACAATGTT
62 TGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAA-AATGTT
* * * *
76582 ATCAAAGTTG-TAACTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTCTCGAAGGTATGATAAACTTAAAA
126 ATCAAA-ATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAA
* * *
76646 TGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCACCCACATCATGTTTCCC
190 TGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * **
76689 AAAGCAACCATCAAATTATGAT-GCACTTTAACCAAGAAGAACAAAGCTTTAGATTTATTTTCCA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAG-GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* *
76753 TTTATAATCATTTAAAGGATTATAAATGAATTATATATCAGAATATTGATGATAAAAAT-TTATC
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGAT-AAAATGTTATC
* * * *
76817 AAAATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTAAAGCTTCCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCA
129 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC-
** * **
76882 T-TTTCAATGTCAATGAATAGCATATACTTCATGTTTTCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * * * *
76921 AATGCAAATATCCAACTATAAAAGACATCAACCAAGAAGAACAACAAAACTTTCA-ATTTGTTTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACC---AAGAACAACAAAGCTTT-AGATTT-ATTT
** * * * *
76985 TTGATTTATAATGGTCTATAGGGTTATAAATGAATTATATACCATAATATTGAAGATAAAATGTT
61 TTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTT
* * * * *
77050 ATAAAAATGATAATTATTCATTGATAAACCATGTCAAGC-TTCTAAAGGCACGATAAACTTAAAA
126 ATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTC-GAAGGCATGATAAACTTAAAA
* ** * * * * ***
77114 TGCTTTTTCACCTTCCCCAATGCA-AACATCCAATT-ATGGTAGGC
190 TGCTCTTT--CCTT-GTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
** *** * * * * *** *
77158 --T-TTAACAAAGAA-TA-AAAAAGCTTT-----TG---ATTTAA--TTTTGATTTATAATCTTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGA-TT-T-AT-TTT
* * * *
77208 TGATTTATAATCATTTATAGTATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAACGTTAAAATGTTA
62 TGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTA
** * * ** *
77273 TCAAAATGATAATTATTCATTGACCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGTGTGAAAAACTTAAAATG
127 TCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATG
* * *
77338 CTCTTTCATTGTCAATAGATGGCATCCACTTCATGTTTTCC
192 CTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * *
77379 AATGTAAACTTCTAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCA-ATTTATTTTTGA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTTGA
** * *
77443 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAGCATTGAAGATAAAGTGTTATCA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * *
77508 AAATAATAATTATTCATTAATCAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
* * * * * *
77573 TTTTCTTGTCAGTGAATAGCATCAACTTCACGTTTCCC
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * ** * * *
77611 AATACAAAGATCAAATTCA-GATACACTTTGACCAAAAACAACAAAGGTTTTA-ATTTATTTTTG
1 AATGCAAACATCCAATT-ATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAA-GCTTTAGATTTATTTTTG
* * * * * *
77674 ATTTATAATCATTTATGGGATCATAAATAAATTATATATCATAATACTGATGGTAAAATATTATC
64 ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * * * * *
77739 AAAATTATAGTTATTCATTTATTAATAATTTCAAACTTTCGAAGGTATGACAAACTTAAAAAGCT
129 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
* *** ** *
77804 CTTT-CTTAGTCAATGGCTAGCATCTGTTTCACATTTCCC
194 CTTTCCTT-GTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
** * * * ** * ** *
77843 AACACAAGCATCCAATTATGAAACGCTCCAAGCAAGAACAACAAAGCTTTCTATTTATTTTCGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * * *
77908 TTGTTATCATTTGTAGGATTATAAATGTTATCAAAATATTGATGTTTATAAGATTGTAT-ATCAT
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATG------AATTA-T-AT-ATCATAATATTG-ATGAT-A-
* * * * * * * *
77972 ACTATTGATGAT-AAAATGTTATCAAATATTCATTGACAAAGCATTTCATGGTTTCGAAGGCAAG
119 A--AATG-TTATCAAAATG--AT-AATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATG
*** * * * * ** *
78036 ATAAACTTAAAAAAATATTTCCTTGTCTATTGATAGCATCCATTTCACATTTCCC
178 ATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * * *
78091 AATGTAAACATCTAATTATGATTGACTTTAACCCAA-AACTACAAGGATTTTGATTT-TCTTTT-
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAA-CCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTAT-TTTTG
* * * *
78153 ATTTATAATTATTTACTA-GATTATGAATGACTTATATATCATAACATTGATGATAAAATGTTAT
64 ATTTATAATCATTTA-TAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT
* * * * * * * *
78217 CAAAATTATAATTATTCATTGATAAATCACTTCAAGCTTTTGACGGTATGATAAAATTGAAACGC
128 CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
* * * ***
78282 CCTTTCCTTGTCAATGGATAGCACCCACATC-CCATTTCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
** * * * * *
78321 TAAAACAAACATCCAATTGTGGT-GCGTTTTAACCAAGAACAACAAAACTTTCA-ATTTATTTTC
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATAG-GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTT
* *
78384 AATTTATAATCATTTAAAGGATTATAAATG------A-AT--T-ATA-T-AT-A-AAAAT-TTAT
63 GATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT
* ** * *
78434 CAAAATAATAATTATTCATTGATAAATTGTTTGAAGC-TTCTAAAGGCATGATAAACTTAAAATG
128 CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTC-GAAGGCATGATAAACTTAAAATG
* * * * *
78498 CTCTTTCATGGTCGATTGATAAGCATCCACTTCATGTTTCCC
192 CTCTTTCCTTGTCAATGGAT-AGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * * *
78540 AATGTAAATATCAAATTATGATTGGTTTTAACCGAGAACAACAATG-TTTCCA-ATTTATTTTTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT--AGATTTATTTTTG
* * * * * * * * * * *
78603 ATTTCTTATCGTCTACAAGATTATAAATGAATTTTATATCATAGTATTAATGGTAAAGTGTTATT
64 ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTA-T
* * * *
78668 C-AAATGATAATTATTCATTAACT-AATTATTTCAAGCTTTCTAAAGG-GTGATAAACTT-AAAT
128 CAAAATGATAATTATTCATTGA-TAAATCATTTCAAGCTTTC-GAAGGCATGATAAACTTAAAAT
* * *
78729 GCT-TTTCCCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCACGTTTCCC
191 GCTCTTT-CCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
*** * * * * *
78771 AATGTGTACATCCAATTATTATAGGCTTTAACCAAGAAAAACAAGGCTTTCA-AATT-TTTTTAA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTTGA
* * * *
78834 TTTATTATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATATTAACA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * * **
78899 AAGTAATAATTATTAATTGATAAATCATTTCAAGCTATC-AAAGCATGATAAA-TTGAAAATATT
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTT-AAAATGCT
* * ** * * *
78962 TTTTCCTTATCAATGGATAATATCCACTTCACGCTTCCC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * ** *
79001 AATGCAAACATCAAATTATGGTAGGCTTTAACCACGAAGAAGAAAGCTTTCGATTTA-TAATCAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * * *
79065 TTGT-A--A---A-A-GA--AGAAATGCATTACATGTCGTAATATTGGTGATAAAATGTTATCAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * * * *
79120 AATGATAACTATTCATTGATAAATCTTTTCAAGGTATCAAAGGCATTATAAACTTAAAATGCACT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
* ** * * * *
79185 CTCCCCGTCAATGGATATCTTCTA-TATGATGTTTTCC
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* * * * * * * * *
79222 AATGCAAACATCTAACTATAATCGGCTTTAATCATGAATAACAAAGAGTTCA-ATTT-TTTTT-A
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAG-CTTTAGATTTATTTTTGA
* * * * *
79284 TTTATATTCATTTATAGGATTATAAAT-AATTATATATTATAATATTGATGACAAAATATTATAA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* ** * *
79348 AAATGATTATTATTCATTGATAAATCATTTCACCCTTTCGAAAGCAAGATAAACTTAAAA----C
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
* * * *
79409 GTT-ATTGTCAATGGATAGCATTCACCTCATGTTTTCC
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * ** * * * * *
79446 AATTCAAACATCTAATTATGACTAGG-TTTAGTCGAGAACCACAAAGCTTTGGATTTGTTTCTGA
1 AATGCAAACATCCAATTATGA-TAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* * * *
79510 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATGTCATAATTTTGATGATAAAATGTAATTA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * *
79575 AAGTGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAAGCATGATAAACTAAAAATGCTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
** * * * *
79640 TTTTATTCTCAAAGGATAGCACCCACTTCATGTTTTCT
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * **
79678 AATGCAAACATCAAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACCACAATGCATTT-GATTTGTTTTCAA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGC-TTTAGATTTATTTTTGA
* * * * * *
79742 TTTACAATCATTTAAAGGTTTAAAAATGAATAATATATCATAAAATTGATGATAAAATGTTATCA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * *
79807 AAATGATAATTATTCATT-AGTAAATTATTTCAACCTTTTGAAGGCATGTTAAACTTAAAATGCT
130 AAATGATAATTATTCATTGA-TAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
* * * * * *
79871 ATTCCCTTGTTAGTGGATAGCATCCCCTTCATGATTTCC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * ** *
79910 AAATGTAAATATCCTATTATGATAGGCATTAACCAAGAACATCAAAGCTTCCA-AACTATTTTTT
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTT-TAGATTTATTTTTG
* * * * *
79974 ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATAAATTATATATCATAATTTTGATGATAAATTTTTATC
64 ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * *
80039 GAAATGATAATTATTCATT-AGTAAATCATTACAAGGTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
129 AAAATGATAATTATTCATTGA-TAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
* * * *
80103 TCTTTCCTTGCCAGTGGATAGCATCCACTCCACGTTTTCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * ** * * *
80143 ATTGCAAACATCCAATTATGAAAGGCTTTAACTAAGGGCAATAAAGCTTTATATTTATTTTCGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * *
80208 TTACAATCATTTATA-G-TCATAAATAAATTATATAGCATAATA-T--TG-----ATG--AT---
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * *
80258 AAT--T-A-T-TT-ATTGATAAATCATTTCAACCTTTTGACGGCATGATAAACCTAACATGCTCT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
* * * *
80317 TTCTTTGTTAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTTCT
196 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * ** *
80354 AATACAAACATCCAATTATGAAAGGCTTTAACCAA-AAGTAGTAAAGCTTTCGATTTATTTTTGA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAA-CAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* * * * ** * * *
80418 ATTATAATTACTTATAGGATTATAAATGGATTATATATCAGGATATGGATGATGAAATCTTAT-A
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * * ***
80482 AAA-AATAA-TAATAATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGAATGATAAACTTAAAGCACTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
* * * ** *
80545 TTTACTTGTCAATCGATAACATCTGCTTCACG-TTTCTC
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTC-C
* * * * *
80583 AATGCAAACATCTAATTATGATAGACTTTAACCAAAAACAACAAAGCTTTGGATTTATTTTCGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * * *
80648 TTATAATCATATATAGAATTATAAATGACTTATATATCATATTATTGGTGATGAAATGTTACCAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * * *
80713 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTCCAAGCTTTTGGAGGCAAGATAAACATAAAGTGCTCT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
* *
80778 TTACTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCATGTTTTCC
196 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
** * * * * * * ** *
80815 AATGCAAACAGGCAATTATGAAAGGCTTTAACTAAAAAGAGCGAAGCTTTCCATTTATTTTTGTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * ** * *
80880 TTGTAATAATTTATAGGATTATTTAT-AGATTATATATCAAAATATTGAGGATAAAATGTTATCA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGA-ATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * *
80944 AAATTG-TAATTATTCATTGATAAATCGTCTCAACCTTTCGAAGGCATGACAAACTTAAATTGCT
130 AAA-TGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
*
81008 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCTACTTCATG-TTTCAC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTC-C
* * * * * * ** * *
81047 AATGTAAACTTCCAATTATGCTAGCCTTTAAGCAAGAACAACGAAGCTTTCTATTTATTGTCGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * *
81112 TTGTTATCATTTTTAGGATTATAAATGAATGATATATCATAATATTGATGCTAAAATGTTATAAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT-CA
* * * *
81177 AAATGATAATTATTGATTGATAAATCATTTTAAGTTTTCGAAGGCATGATAAATTTAAAATGCTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
** *
81242 TTTCCTTGTCAATGGATCA-CATCTGCTTCACGTTTTCC
195 TTTCCTTGTCAATGGAT-AGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * ** * * * * *
81280 AATGCAAACATCAAATTATGGTTGGCTTTAACTGAGAACAATAATGC-TTAAAATTATTTTTGGT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * *
81344 TTATAATCAATTGTAGGATT-TTAATGAATTATATATCATAATATTGTTGATAAAATGTTATTAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * * *
81408 AATGATAATTATTCATTGATAAATGATTTTAAGCTTTCTAAGGCATGATGAACTCAAAATGCACT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
* *
81473 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCATGTTTCCC
196 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * *
81510 AATGCAAAAATCCAATTTTGATAGGCTTTAAGCAAGGACAACAAAGC-----------TTTTGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * *
81564 TTATAATTA-TT-T---ATTCTAAATGAATTATATATCATCATATTGGTGATAAGATGTTATCAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * *
81624 CATGAAAATTATTCATTAATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATACTCT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
* ** * *
81689 TTCCTAGTCAATGGATAGCATCCGTTTTATATTTTCC
196 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * ** * * * * * * * *
81726 AATAG-AAACATCCAATTATGATAAGCATTAATTAAAAAGAGCAACGTTTTTGACTTATTTTTCA
1 AAT-GCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* * * *
81790 TTTATAATCATTTATATGATTATAAATGAATTATATGTCATAATATTGATGATAAGATATTATCA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * * * **
81855 AACGTAATAATTATTTATTGATAAATCATTTTAGGCTTTTGAATACATGATAAACTTAAAATGCT
130 AA-ATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
* * ** *
81920 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCGCTTTA-CATTCCC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * *
81958 TATGCAAATATCTAATTATGATAGAG-TTTAGCCAA-AAC--C--AGC---A-A---AGTTTTTG
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAG-GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTA-TTTTTG
* * * * *
82010 ATTTATAATC-TTATATAGGACTGTAAATGAATTATATATCATATTATTGGTGATAAAATGTTAC
64 ATTTATAATCATT-TATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT
* * * *
82074 CAAAATGATAAATTTTTCATTGATAAATCATTTCAACCTTTCAAAGGCAAGATAAACTTAAAATG
128 CAAAATGAT-AATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATG
* * * * *
82139 CTCATTCCTAGTCAATGGATATCATCCAGTTCATGTTTTCA
192 CTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * * *
82180 AATGCAAATATCCAATTATAATAGGCATTAACTAAGAAAAACAGCA-CTTTTG-TCTTATTTTTT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACA-AAGCTTTAGAT-TTATTTTTG
* * * ** ** **
82243 ATTTGTAATCATATATAGTATTATACGTGAATTATATATCATAATACCGACAATAAAATGTTATC
64 ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * * * * * * * *
82308 AAAATGGTAACTATTGATTGGTAAATTATTTTAAGCTTTCGGAGGCAAGTTAAAGTCAAAATGTT
129 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
* * * * *
82373 CTTTACTTGTCCATGAATA-CTATCCATTTCATGTTTCCC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGC-ATCCACTTCATGTTTTCC
* * * *
82412 AATGCAAACATCCAATTATGAAAGTCTTTAACCAAGAAAAAAAAAGCTTT-GCATTTAGTTTAAA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAG-ATTTA-TTT---
* ** * *
82476 TTGATTTTCAAATTTTAATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATACCTCAAAATATTGAGGATA
61 TTGA-TTT---A---TAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATA
* * *
82541 AAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTCATAAATCATTTCAAAACTTTCAAAGGCATGATAAA
119 AAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTC-AAGCTTTCGAAGGCATGATAAA
* * *
82606 CTTAAAATGCTCTTTCCTTGCCAATGGATAGCATCAACTTCACG-TTT-C
183 CTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * *
82654 ATAAGACAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAAACAAAAACAAGAAAGCTTTTGATTTGTTTTTG
1 A-ATG-CAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTG
* * * * * *
82719 ATTTATAATTATTTATTA-GCTTACAAATGAATGATATATCATAATATTGATGACAAAATCTTAT
64 ATTTATAATCATTTA-TAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT
* * *** *
82783 CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTTAAGCTTTCAAAGGTGGGATAAACTTAAAATAC
128 CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
* * *
82848 TCTTTCCTTGCCAATGGATTGCATCTACTTCATG-TTTCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * *
82887 TAATGTAAATATCCAATTATGTTTGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTAAAAGTTATTTTTGA
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* * * *
82952 TTTATATTCAATTGTAGGATTTTAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * * * *
83017 AAATGATATTTATTCATTGATAAATAATTTCAACCTTTC-ATAGGTAGGATAGACTGAAAATGCT
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGCT
* * * * ** *
83081 TTTTCCTTTTCAATGTATAGCATGCACTTCACATTTACC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * * *
83120 AATGCAAACAGCTAATTATGATAGGCTTTGACCAAGAACAACAAAACTTTCGATTTAGTTTAGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * * *
83185 TTCTTATTATTTATAGGGTTATAAATGAATTGTGTATCAAAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * *
83250 AATGATAATTATTCATTCATAAATCATTTCAAGC-TTCTAAAGGCATGATACACTTAAAATGCTC
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTC-GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
* * *
83314 TTTACTTGTCAATTGATAACATCCA-TTCCATGTTTTCC
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTT-CATGTTTTCC
* * * *
83352 AATGTAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAATAACAAAG-----G------TTTCGAT
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * *
83406 TTATAATCATTTATCGAAGTATAAGTGAATTATATATCGTAATATTGATGCTAAAATGTTATCAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * * *
83471 AATGATGATTTTTCATTGATAAATCATTTGAAGCTTTTGAAGTCGTGATAAACTTAAAATGCTCT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
** * * * *
83536 TTCCTTGTCAATATATAGTATTCACTTCACGTTTCCC
196 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * *
83573 AATGCAAACATCCAATTATGATTGTCCTTAAACAAGAACAACAAAGCTTTCA-ATTTATTTTTGA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTTGA
* * * * * **
83637 TTTATAATTATTGATAGCATTATAAATGAATTAAATATTATAATATTGATGATAAAAAATTATCA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * * * *
83702 AAATGATAATTATTTATTGGTAAATTATTTCAAGATTTCGAAGGCATGATAAACTTTAATTTCTC
130 AAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTC
* ** *
83767 TTTCCTTGTCAATGAACGGCATCCATTTCATGTTTTCC
195 TTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * *
83805 AATGCAAACATCCAATTACGATAGG-TGTTAACTAAGAACAACAATGCTTTCA-ATTTACTTTCG
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCT-TTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTTG
* * * * * * *
83868 ATTTCTAATCATTTACAGGATTATAAATAAACTATATATCATAATTTTGTTGATAAAATGTTTTC
64 ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * *
83933 -AAATGATATTTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTAG-AGGGATTAACAAACTTAAAATAC
129 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCA-TGATAAACTTAAAATGC
* * * * **
83996 TTTTTCGTTGTCAATGGATTGCACCCACTTCA-CATTTCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * *
84035 TAATGTAAACATCTAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACATCATAGCTTTCA-ATTTATTTTTA
1 -AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTA--TTT-
* * *
84099 TATAGTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTGTAATTGAATTATATACCATAATATTGATGATA
61 T-T-G-----ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATA
* * * * ** *** *
84164 AAATTTTATCAAAATGATAATTGTTCATTGATAGATTATTTCAAGCTTTTAAAGATGTGTTAAAC
119 AAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAAC
* * * * *
84229 TTAAAAAGCTCTTTACTAGTCAATGGATAGTATCCACTTCACGTTTTCC
184 TTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * *
84278 AATGTAAACATCAAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAATAGCAAAG-----G-TTTCA------A
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTT-ATTTTTGA
* * * * * *
84331 TTTATAATCATTCATAGAATAAGAAATGAATTATATATCATAATTTTTTATGATAAAATGTTATC
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAA-TATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * *
84396 AAAATGATAATTATTAATGGATAAATCATTTCAAGCTCTCAAAGGCAT-ATAAACTCAAAATGCA
129 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
* * *
84460 CTTTCCTTGCCAATGGATAGCGTCCACTTCATGTTTTTC
194 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * * * * *
84499 AATCCAAACATCCAATTATGATTGGCGTTT-ACTAAGAATAGCAAAGCTTTCGATTTATTTTTGA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGC-TTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* *
84563 TTTATACATGC-TTT-TAGGATTATAAATAAATTATATATCATAATCA--CACTGATAAAATGTT
65 TTTATA-AT-CATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT-ATTGA-TGATAAAATGTT
* *
84624 ATCAAAATG-TTATCTATTCATTGATAAATCATTTCAAACTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAA
126 ATCAAAATGATAAT-TATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAA
* * * * *
84688 TGCTCTTTCTTTGTTAGTGGATAGCATCCACTTCACG-TTTCTT
190 TGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTC-C
* * * * * *
84731 ACTACAAACATCCAATTATGATAGGCTTTGACTAAGAGCAACAAAGCTTTTGATTTA---TT--T
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
* * * * * * *
84791 TT-T-AT-A-TTATCGGATTATAAATGAATTATATATCATAAAATTCATCATAGAATCTTATGAA
66 TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
* * * * * * *
84852 AGTGATCATTATTCATTAACAAACCATTTTAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
131 AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
* * * *
84917 TTCCTTGTCAATGAATAGAATCCATTTCATGTTTCCC
196 TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
* * *
84954 AATGCACACATCCAGTTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCA-A-TTATTTTTTA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTTGA
* *
85017 TTTATAATCATTTACAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAACA
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCA
* * * * *
85082 AGAA-GATAACTATTCATTGATAACTCATTTCAAGGTTTC-ATAGGCACGATAAACTTTAAATGC
130 A-AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGC
* *
85145 TCTTTCATTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACT-TTTGCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCA-TGTTTTCC
* *
85185 AATGCAAACATCCAATTATGATAGG-TGTTAACCAAG--------A--TTTTGATTTATTTTTTA
1 AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCT-TTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGA
* *
85239 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT-AATTTATATATCATAATATTGATGATAAAATATTTTC
65 TTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA-TTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * *
85303 GAAAA-GATAATTATCCACTGATAAATCAATTCAAGCTTTTGATGGCATGATAAACTTAACATGC
129 -AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
* * * ** *
85367 TCTTTCCTTGTCAATGGATAACATTCATTTCACATTTCCC
193 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
85407 AATGCAA
1 AATGCAA
85414 TAAACCTTTC
Statistics
Matches: 7456, Mismatches: 1593, Indels: 746
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
211 139 0.02
212 4 0.00
213 21 0.00
214 1 0.00
215 4 0.00
216 162 0.02
217 76 0.01
218 84 0.01
219 24 0.00
220 231 0.03
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222 378 0.05
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229 263 0.04
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234 43 0.01
235 30 0.00
236 126 0.02
237 12 0.00
238 24 0.00
239 15 0.00
240 7 0.00
241 244 0.03
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246 3 0.00
247 24 0.00
248 111 0.01
249 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (232 bp):
AATGCAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTAGATTTATTTTTGAT
TTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA
AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCT
TTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTTCC
Found at i:77210 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 77190--77219 Score: 60
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77180 TTTGATTTAA
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Statistics
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TTTTGATTTATAATC
Found at i:77448 original size:690 final size:676
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Indices: 75082--85746 Score: 4256
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75072 TTCACGTTTT
* * * * * * ** *
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* *
75147 ATTT-TTTTTTCATTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATTATATATCATAATGATGATAT
64 ATTTATTTTTT-ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT-ATTA-AT
* * * * ** * * *
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126 AAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAG-CTTTTGAAGGCATGAAA
* * * * * *
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190 AACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCA
* * * * * *
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255 AATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCATTTA
* * * * * * *
75406 TTGAATTATAAATGAATTATATATCATAATACTAATGGTTTAAA-GTTATCAAAATTAA-AATTG
320 TAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAT-GATAAAATGTTATCAAAA-TAATAATTA
* * * *
75469 TTCATAT-ATTAATAATTTCAAGCTTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAGTGCTTTTTTC-TAGA
383 TTCAT-TGATAAATCATTTCAAGC-TTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC-TTTTTCAT-GT
* * * * * * * *
75532 CAATGGATAGCATCTGCTTCACGTTTCCCAAAACAAACATTCAATTATGGTAGGCTTTACCCAAA
444 CAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-TTAACCAAA
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508 GAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATAT
* * *
75658 ATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAATTGATAATTTTTCATTGCTAAATCATTTCAAGCT
573 ATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCT
* *
75723 TCTGAAGGCATGATAAACTTAAAGTGCTCTTTCTCGTTCC
638 TCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTC-CCTTCC
* * * * *
75763 CTAATGCAAACATCCAATTATGGCAAGCTTTAATC-AAGAA-CAAAAA-----A-TT--TTTTGC
1 CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAA-CAAAGAATAAAAAATTTTGATTTAATTTTGA
* * *
75818 TTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAACTATATATCATAATACTGCAGCT-
65 TTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATA-T-TA-ATA
*
75882 AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCGT-AATAA
127 AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGAA-AA
** * * * * * *
75946 ACTTAAAATGCTCTTTTGTTGTCAATGGATAGCTTCCAGTTTACGTGTT-CCATTGCAAACTTCA
191 ACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGT-TTCCCAATGCAAACATCA
* * *
76010 AATTATGATAAGCTTTAATCAAGAACAACAAA-TTTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTA
255 AATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCATTTA
* * *
76074 TAGGATTATCAATGAATTAAATATCATAATATTGATGATAATATGTTATCAAAATAATAATTATT
320 TAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATT
* * * * * * *
76139 CACTGATGAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGACAAACTTTAAATGCTCTTTCCTAGTCAATG
385 CATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTCAT-GTCAATG
* ** * * * * * *
76204 GATAGCATCCACTTCACATTTCCTAATACAAAGATCCAATTAGGATAGTATTTGACC-AAGAACA
449 AATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAG-ACTTAACCAAAGAACA
* ** *
76268 ACAAAGCTCTCAATTTTTGTTATATATTTTTTATTTATAATCATTTATTGGATTATAAATGAATT
513 ACAAAGCTTTCAA--TTTG-------TTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATT
* * * * * * * * * * *
76333 ATATGTCATAATACT-AATGGTAAAATATTATCAAAATTATAGTTGTTCATTTATTAATAATTTG
569 ATATATCATAATATTGAA-GATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTC
* * **
76397 AAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAACGCTCTTT-CC-TAG
633 AAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
* * ** * * *** *
76439 ACAATGGATAGTATCCACTTCA---TA-G-TTTCCAATAAA-AATATCTAATTATGATGGAGGTT
1 CCAATGCA-AACATCCAATT-ATGGTAGGCTTT--AACAAAGAATAAAAAATT-T--T-GA-TTT
**** *** * ** *
76498 AACCCAAAAGAACAAAGGTTTCAATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCGT
57 AA---TTTTG-ATTTA-TTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCAT
** * * * * * * *
76563 AGGATTGATAAACAATGTTATCAAAGTTG-TAACTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTCTCGA
117 AATATTAATAAA-AATGTTATCAAA-ATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGA
* * * * *
76627 AGGTATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCACCCACATCATGTTTCCCAAA
180 AGGCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAAT
* * * *
76692 GCAACCATCAAATTATGATGCA-CTTTAACCAAGAAGAACAAAGCTTT-AGATTTATTTTCCATT
245 GCAAACATCAAATTATGAT-AAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCA-ATTTATTTTTCATT
* *
76755 TATAATCATTTAAAGGATTATAAATGAATTATATATCAGAATATTGATGATAAAAAT-TTATCAA
308 TATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGAT-AAAATGTTATCAA
* * * *
76819 AATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTAAAGCTTCCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCATT
372 AATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTT
* * * * * * *
76884 TTCAATGTCAATGAATAGCATATACTTCATGTTTTCCAATGCAAATATCCAACTATAAAAGACAT
437 TTC-ATGTCAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-T
* * * *
76949 CAACCAAGAAGAACAACAAAACTTTCAATTTGTTTTTTGATTTATAATGGTCTATAGGGTTATAA
500 TAACC-A-AAGAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTT-ATTTATAATGGTTTATAGGATTATAA
* * *
77014 ATGAATTATATACCATAATATTGAAGATAAAATGTTATAAAAATGATAATTATTCATTGATAAAC
562 ATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAAT
* * * *
77079 CATGTCAAGCTTCTAAAGGCACGATAAACTTAAAATGCTTTTTCACCTTCC
627 CATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTC-CCTTCC
77130 CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAAGAATAAAAAAGCTTTTGATTTAATTTTG
1 CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAAGAATAAAAAA--TTTTGATTTAATTTTG
*
77195 ATTTATAATCTTTTGATTTATAATCATTTATAGTATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAA
64 ATTTAT--T-TTTT-ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAA
* * **
77260 CGTTAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGACCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGTGTGA
125 --TAAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * *
77325 AAAACTTAAAATGCTCTTTCATTGTCAATAGATGGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGTAAACTT
188 AAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACAT
* * *
77390 CTAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTGATTTATAATCATT
253 CAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCATT
** * *
77455 TATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAGCATTGAAGATAAAGTGTTATCAAAATAATAATTA
318 TATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAATAATTA
* * * * *
77520 TTCATTAATCAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTTCTTGTCAG
383 TTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT-TTTTCATGTCAA
* * * *
77585 TGAATAGCATCA-ACTTCACGTTTCCCAATACAAAGATCAAATTCA-GATACACTTTGACCAAA-
447 TGAATAGCAT-ATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATT-ATGATAGAC-TTAACCAAAG
* * * * ** * * *
77647 AACAACAAAGGTTTTAATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATGGGATCATAAATAAATTATATA
509 AACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATA
* * * * * * * * * *
77712 TCATAATACTGATGGTAAAATATTATCAAAATTATAGTTATTCATTTATTAATAATTTCAAACTT
574 TCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTT
* * *
77777 -TCGAAGGTATGACAAACTTAAAAAGCTCTTTCTTAGTCAATGGCTAGCATCTGTTTCACATTTC
639 CT-GAAGGCATGATAAACTTAAAATG--C--TC-T--T---T--C---C--C---TT--C----C
** * ** * ** * *
77841 CCAACACAAGCATCCAATTATGAAACGCTCCAAGC-AAGAACAACAAAGCTTTCT-ATTT-ATTT
1 CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAA-CAAAGAATAA-AAA-ATTT-TGATTTAATTT
* * * * ** * * * * *
77903 TCGATTT-GTTATCATTTGT-AGGATTATAAATG-TTATCAAA--ATATTGATGT-TTATAAGAT
62 T-GATTTATTTTTTATTTATAATCATT-TATAGGATTAT-AAATGA-ATT-ATATATCATAATA-
* * * * * *
77962 TGTATATCATACTATTGATGAT-AAAATGTTATCAAATATTCATTGA-CAAAGCATTTCATGGTT
121 T-TA-AT-A-A-AAATG-TTATCAAAATG--AT-AATTATTCATTGATC-AAGCATTTCAAGCTT
* * * *** * * * * **
78025 TCGAAGGCAAGATAAACTTAAAAAAATATTTCCTTGTCTATTGATAGCATCCATTTCACATTTCC
176 TTGAAGGCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCC
* * * * * * **
78090 CAATGTAAACATCTAATTATGAT-TGACTTTAACCCAA-AACTACAAGGATTTTGATTT-TCTTT
241 CAATGCAAACATCAAATTATGATAAG-CTTTAA-CCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTAT-TTT
* * * *
78152 T-ATTTATAATTATTTACTA-GATTATGAATGACTTATATATCATAACATTGATGATAAAATGTT
303 TCATTTATAATCATTTA-TAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTT
* * * * * * * *
78215 ATCAAAATTATAATTATTCATTGATAAATCACTTCAAGCTTTTGACGGTATGATAAAATTGAAAC
367 ATCAAAATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAAT
* * * * *** * * * * * * *
78280 GCCCTTTCCTTGTCAATGGATAGCACCCACATCCCATTTCCTAAAACAAACATCCAATTGTGGTG
432 G-CTTTTTCATGTCAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGAT-
* ** * * ** ** *
78345 CGTTTTAACC-AAGAACAACAAAACTTTCAATTTATTTTCAATTTATAATCATTTAAAGGATTAT
495 AGACTTAACCAAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTAT
*
78409 AAATG----A-AT-T-AT-ATA-T----A-AAAAT-TTATCAAAATAATAATTATTCATTGATAA
560 AAATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAA
** * * * ***
78459 ATTGTTTGAAGCTTCTAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT-CATGGT
625 ATCATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
* * * * *** * ** * ****
78510 CGATTG-ATAAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGTAAATATCAAATTATGATTGGTTTTAACCG
1 CCAATGCA-AA-CATCCAATT-ATGGTAGGC--T-T---TAACAAAGAATAAAAAATTTT-----
*** * * * * * * * *
78574 AGAACAACAATGTTTCCAATTTATTTTTTATTTCTTATCGTCTACAAGATTATAAATGAATTTTA
52 -G-A-TTTAAT-TTT--GATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATA
* * * * **
78639 TATCATAGTATTAATGGTAAAGTGTTATTC-AAATGATAATTATTCATT-AACTAATTATTTCAA
111 TATCATAATATTAAT--AAAAATGTTA-TCAAAATGATAATTATTCATTGATC-AAGCATTTCAA
* * * * *
78702 GCTTTCTAAAGG-GTGATAAACTT-AAATGCT-TTTCCCTTGTCAATGGATGGCATCCACTTCAC
172 GCTTT-TGAAGGCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTT-CCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCAT
*** * * * * * *
78764 GTTTCCCAATGTGTACATCCAATTATTATAGGCTTTAACCAAGAAAAACAAGGCTTTCAAATT-T
235 GTTTCCCAATGCAAACATCAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTAT
* * * *
78828 TTTTAATTTATTATCATTTATAAGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATA
300 TTTTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATG
* * * * *
78893 TTAACAAAGTAATAATTATTAATTGATAAATCATTTCAAGCTATC-AAAGCATGATAAA-TTGAA
365 TTATCAAAATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTT-AA
** * * * * * *
78956 AATATTTTTTCCTTATCAATGGATA--ATATCCACTTCACGCTTCCCAATGCAAACATCAAATTA
429 AATGCTTTTT-CATGTCAATGAATAGCATAT--ACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTA
* * * * * * * ** * *
79019 TGGTAGGCTTTAACC-ACGAAGAAGAAAGCTTTCGATTT-ATAATCATTTGTAA------A-A-G
491 TGATAGAC-TTAACCAAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGG
* * * * * ** *
79074 A--AGAAATGCATTACATGTCGTAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATGATAACTATTCATT
555 ATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATT
* * * * * * *
79137 GATAAATCTTTTCAAGGTATC-AAAGGCATTATAAACTTAAAATGCACTCTCCC--CG
620 GATAAATCATTTCAAGCT-TCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
* * * * * * * * * * *
79192 TCAATGGATATC-TTCTA-TAT-G-ATGTTTTCCAATGCAAACATCTAACTATAATCGGCTTTAA
1 CCAATGCA-AACATCCAATTATGGTAGGCTTT--AA--CAAAGA-ATAA--AAAAT----TTTGA
**** * *
79253 TCATGAATAACAAAGAGTTCAATTTTTTTTATTTATATTCATTTATAGGATTATAAAT-AATTAT
54 T--T---TAATTTTGA-TT---TATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTAT
* * * * * * * **
79317 ATATTATAATATTGATGACAAAATATTATAAAAATGATTATTATTCATTGATAAATCATTTCACC
110 ATATCATAATATTAAT-A-AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAG
* * * * * * * *
79382 CTTTCGAAAGCAAGATAAACTTAAAA----CGTT-ATTGTCAATGGATAGCATTCACCTCATGTT
173 CTTTTGAAGGCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTT
* * * * ** * * ** *
79442 TTCCAATTCAAACATCTAATTATGACT-AGGTTTAGTCGAGAACCACAAAGCTTTGGATTTGTTT
238 TCCCAATGCAAACATCAAATTATGA-TAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTT
* * * * *
79506 CTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATGTCATAATTTTGATGATAAAATGTA
302 TTCATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTT
* * * * *
79571 ATTAAAGTGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAAGCATGATAAACTAAAAAT
367 ATCAAAATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAAT
* * * *** * * * * *
79636 GCTCTTTT-ATTCTCAAAGGATAGCACCCACTTCATGTTTTCTAATGCAAACATCAAATTATGAT
432 GCT-TTTTCA-TGTCAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGAT
* * * * ** * ** * *
79700 AGGCTTTAACC-AAGAACCACAATGCATTT-GATTTGTTTTCAATTTACAATCATTTAAAGGTTT
495 AGAC-TTAACCAAAGAACAACAAAGC-TTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATT
* * * *
79763 AAAAATGAATAATATATCATAAAATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATT-AG
558 ATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGA-
* * * *
79827 TAAATTATTTCAACCTTTTGAAGGCATGTTAAACTTAAAATGCTATTCCCTTGTTAGTGGATAGC
622 TAAATCATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC---T--C-------T---T---
79892 ATCCCCTTCATGATTTC
669 -T-CCCTTC-------C
* * * * * * * * ** * *
79909 CAAATGTAAATATCCTATTATGATAGGCATTAACCAAGAACATCAAA----GCTTCCAA-----A
1 CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAAGAATAAAAAATTTTGATT-TAATTTTGA
* * * * *
79965 -CTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATAAATTATATATCATAATTTTGATGATA
65 TTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAAT-A-A
* * * * * * * *
80029 AATTTTTATCGAAATGATAATTATTCATT-AGTAAATCATTACAAGGTTTTGAAGGCATGATAAA
128 AAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGA-TCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGAAAAA
* * * * * * *
80093 CTTAAAATGCTCTTTCCTTGCCAGTGGATAGCATCCACTCCACGTTTTCCATTGCAAACATCCAA
192 CTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAA
* ** * *
80158 TTATGA-AAGGCTTTAACTAAGGGCAATAAAGCTTT-ATATTTA-TTTTCGATTTACAATCATTT
257 TTATGATAA-GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCA-ATTTATTTTTC-ATTTATAATCATTT
* * *
80220 ATA-G-TCATAAATAAATTATATAGCATAATA-T--TG-----ATG--AT---AAT--T-A-T-T
319 ATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAATAATTAT
* * * * * * * *
80265 T-ATTGATAAATCATTTCAACCTTTTGACGGCATGATAAACCTAACATGCTCTTTCTTTGTTAAT
384 TCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTC-ATGTCAAT
* ** * * * * **
80329 GGATAGCATCCACTTCACGTTTTCTAATACAAACATCCAATTATGAAAGGCTTTAACCAAA-AGT
448 GAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-TTAACCAAAGAAC
** * * * * *** *
80393 AGTAAAGCTTTCGATTTATTTTTGAATTATAATTACTTATAGGATTATAAATGGATTATATATCA
512 AACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCA
** * * * * * * *
80458 GGATATGGATGATGAAATCTTAT-AAAA-AATAA-TAATAATTGATAAATCATTTCAAGCTT-TC
577 TAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCT-
* *
80519 AAAGGAATGATAAACTTAAAGCACT-CTTTACTTGTCAATCGATAACATCTGCTTCAC
641 GAAGGCATGATAAACTTAAA--A-TGC--T-C---T---T---T--C--C--CTTC-C
* * * * * *
80576 GTTTCTCAATGCAAACATCTAATTATGATAGACTTTAACCAAA-AACAACAAA----G-----CT
1 ----C-CAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAA-CAAAGAATAAAAAATTTTGATTTAAT
* ** * * * * **
80631 TTGGATTTATTTTCGATTTATAATCATATATAGAATTATAAATGACTTATATATCATATTATTGG
60 TTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAA
* * * * * * *
80696 TGATGAAATGTTACCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTCCAAGCTTTTGGAGGCAAGA
125 T-A-AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGA
* * * * * *
80761 TAAACATAAAGTGCTCTTTACTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCATGTTTTCCAATGCAAACAG
188 AAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACA-
* * * * * * * ** * *
80826 GC-AATTATGA-AAGGCTTTAACTAAAAAGAGCGAAGCTTTCCATTTATTTTTGTTTTGTAATAA
252 TCAAATTATGATAA-GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCA
** * * **
80889 TTTATAGGATTATTTAT-AGATTATATATCAAAATATTGAGGATAAAATGTTATCAAAATTGTAA
316 TTTATAGGATTATAAATGA-ATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAATAA
* * * * * * *
80953 TTATTCATTGATAAATCGTCTCAACCTTTCGAAGGCATGACAAACTTAAATTGCTCTTTCCTTGT
380 TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT-TTTTCATGT
* * * * ** * * * *
81018 CAATGGATAGCATCTACTTCATGTTTCACAATGTAAACTTCCAATTATGCTAGCCTTTAAGC-AA
444 CAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-TTAACCAAA
* * * * ** * * ** * *
81082 GAACAACGAAGCTTTCTATTTATTGTCGATTTGTTATCATTTTTAGGATTATAAATGAATGATAT
508 GAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATAT
* * * * *
81147 ATCATAATATTGATGCTAAAATGTTATAAAAAATGATAATTATTGATTGATAAATCATTTTAAG-
573 ATCATAATATTGAAGATAAAATGTTAT-CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC
* *
81211 TTTTCGAAGGCATGATAAATTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATCACATCTGCTTCAC
637 TTCT-GAAGGCATGATAAACTTAAAATG--C--T-C---T---T---T--C--C--CTTC-C
* * ** * * *
81273 GTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGGTTGGCTTTAACTGAGAA-CAATAA---TG-CTTAA--
1 -----CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAAGAATAAAAAATTTTGATTTAATT
* ** * * * **
81331 ---AATTATTTTTGGTTTATAATCAATTGTAGGATT-TTAATGAATTATATATCATAATATTGTT
61 TTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAAT
* * *
81392 GATAAAATGTTATTAAAATGATAATTATTCATTGATAAATG-ATTTTAAGCTTTCT-AAGGCATG
126 -A-AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAA-GCATTTCAAGCTTT-TGAAGGCATG
** * * * *
81455 ATGAACTCAAAATGCACTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCAATTCATGTTTCCCAATGCAAAAA
187 AAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACA
* * * * * * *
81520 TCCAATTTTGATAGGCTTTAAGCAAGGACAACAAAG----C-------TTTTGATTTATAATTA-
252 TCAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCAT
* * * * *
81573 TT-T---ATTCTAAATGAATTATATATCATCATATTGGTGATAAGATGTTATCAACATGAA-AAT
317 TTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAAT-AATAAT
* * * * *
81633 TATTCATTAATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATACTCTTTCCTAGTC
381 TATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTCAT-GTC
* **** * ** * * **
81698 AATGGATAGCATCCGTTTTATATTTTCCAATAGAAACATCCAATTATGATA-AGCATTAATTAAA
445 AATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGA-C-TTAACCAAA
* * * * ** * * * ** *
81762 -AAGAGCAACGTTTTTGACTTATTTTTCATTTATAATCATTTATATGATTATAAATGAATTATAT
508 GAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATAT
* * * * * * * * *
81826 GTCATAATATTGATGATAAGATATTATCAAACGTAATAATTATTTATTGATAAATCATTTTAGGC
573 ATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAA-ATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGC
* ** *
81891 TTTTGAATACATGATAAACTTAAAATGCTCTTT-CCTT-G
637 TTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
* * * ** ** ** ** * * * ** * *
81929 TCAATGGATAGCATCCGCTT-T-ACATTCCCTATGCAAA-TATCTAATTATGATAGAGTTTAGCC
1 CCAATGCA-AACATCCAATTATGGTAGGCTTTA-ACAAAGAAT-AAAAAAT-TTTGA-TTTA---
***** *** * * * *
81991 AAAACCAGCAAAGTTTTTGATTTATAATC-TTATATAGGACTGTAAATGAATTATATATCATATT
58 ATTTTGA-TTTA-TTTTTTATTTATAATCATT-TATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT
** * * * * * **
82055 ATTGGTGATAAAATGTTACCAAAATGATAAATTTTTCATTGATAAATCATTTCAACCTTTCAAAG
120 ATTAAT-A-AAAATGTTATCAAAATGAT-AATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAG
* * * * * * * *
82120 GCAAGATAAACTTAAAATGCTCATTCCTAGTCAATGGATATCATCCAGTTCATGTTTTCAAATGC
182 GCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGC
* * * * * * * * ** * *
82185 AAATATCCAATTATAATAGGCATTAACTAAGAAAAACAGCA-CTTT-TGTCTTATTTTTTATTTG
247 AAACATCAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACA-AAGCTTTCAAT-TTATTTTTCATTTA
* * ** ** **
82248 TAATCATATATAGTATTATACGTGAATTATATATCATAATACCGACAATAAAATGTTATCAAAAT
310 TAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAAT
** * * * * * * * * * *
82313 GGTAACTATTGATTGGTAAATTATTTTAAGCTTTCGGAGGCAAGTTAAAGTCAAAATG-TTCTTT
375 AATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTT-TTT
* * * * * * *
82377 ACTTGTCCATGAATA-C-TATCCATTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGAAAGTCTT
439 -CATGTCAATGAATAGCATAT--ACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-T
* * * **
82440 TAACC-AAGAAAAAAAAAGCTTTGC-ATTTAGTTTAAATTGATTTTCAAATTTTAATCATTTATA
500 TAACCAAAGAACAACAAAGCTTT-CAATTT-GTTT---TTTA-TTT---A---TAATGGTTTATA
* ** * *
82503 AGATTATAAATGAATTATACCTCAAAATATTGAGGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCA
553 GGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCA
* * *
82568 TTCATAAATCATTTCAAAACTT-TCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGCCAATG
618 TTGATAAATCATTTC-AAGCTTCT-GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT-C---CC--T-
82632 GATAGCATC
674 --T--C--C
* * *
82641 AACTTCACGTTTCATAAGACAAACATCCAATTATGATAGGCTTTAAACAAA-AACAAGAAA----
1 --C--CA------AT--G-CAAACATCCAATTATGGTAGGCTTT-AACAAAGAATAAAAAATTTT
* * * * * * *
82701 G-----CTTTTGATTTGTTTTTGATTTATAATTATTTATTA-GCTTACAAATGAATGATATATCA
52 GATTTAATTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTA-TAGGATTATAAATGAATTATATATCA
* * * * * **
82760 TAATATTGATGACAAAATCTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTTAAGCTTTCA
116 TAATATTAAT-A-AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTG
*** * * * * * *
82825 AAGGTGGGATAAACTTAAAATACTCTTTCCTTGCCAATGGATTGCATCTACTTCATGTTTCCTAA
179 AAGGCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAA
* * * * ** ** * *
82890 TGTAAATATCCAATTATGTTTGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTAAAAGTTATTTTTGATTT
244 TGCAAACATCAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTT
* * * *
82955 ATATTCAATTGTAGGATTTTAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAA
309 ATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAA
* * * * * * * *
83020 TGATATTTATTCATTGATAAATAATTTCAACCTTTC-ATAGGTAGGATAGACTGAAAATGCTTTT
374 TAATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTT
* * * ** * * * * * *
83084 TCCTTTTCAATGTATAGCATGCACTTCACATTTACCAATGCAAACAGCTAATTATGATAGGCTTT
438 T-CATGTCAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-TT
* * * ** * * ** *
83149 GACC-AAGAACAACAAAACTTTCGATTTAG-TTTAGATTTCTTATTATTTATAGGGTTATAAATG
501 AACCAAAGAACAACAAAGCTTTCAATTT-GTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATG
* * * * *
83212 AATTGTGTATCAAAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTCATAAATCAT
565 AATTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCAT
* * * *
83277 TTCAAGCTTCTAAAGGCATGATACACTTAAAATGCTCTTT-ACTT-G
630 TTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
* * *** * ** * * ** **
83322 TCAATTG-ATAACATCC-ATTCCATGTTTTCCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGCTTT-AAC
1 CCAA-TGCA-AACATCCAATT--ATGGTAGGC--T-TTAACA---AAGAATAAAAAATTTTGATT
* *** * *** * ** * * * * *
83384 CAAGAATAACAAAGGTTTCGATTTATAATCATTTATCGAAGTATAAGTGAATTATATATCGTAAT
56 TAATTTTGATTTA-TTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT
* * * * * * * *
83449 ATTGATGCTAAAATGTTATCAAAATGATGATTTTTCATTGATAAATCATTTGAAGCTTTTGAAGT
120 ATTAAT--AAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGG
* * ** * * *
83514 CGTGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATATATAGTATTCACTTCACGTTTCCCAATGCA
183 CATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCA
* * * * *
83579 AACATCCAATTATGAT-TGTCCTTAAACAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTGATTTATA
248 AACATCAAATTATGATAAG-CTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATA
* * * * * ** *
83643 ATTATTGATAGCATTATAAATGAATTAAATATTATAATATTGATGATAAAAAATTATCAAAATGA
312 ATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAA
* * * * * * * * *
83708 TAATTATTTATTGGTAAATTATTTCAAGATTTCGAAGGCATGATAAACTTTAATTTCTCTTTCCT
377 TAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT-TTTTCA
** ** * * * * * **
83773 TGTCAATGAACGGCATCCATTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTACGATAGGTGTTAA-C
441 TGTCAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATA-GACTTAACC
* * ** ** * ** * * *
83837 TAAGAACAACAATGCTTTCAATTTACTTTCGATTTCTAATCATTTACAGGATTATAAATAAACTA
505 AAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTA
* ** * *
83902 TATATCATAATTTTGTTGATAAAATGTTTTC-AAATGATATTTATTCATTGATAAATCATTTCAA
570 TATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAA
* * * *
83966 GCTT-T-AGAGGGATTAACAAACTTAAAATACTTTTTCGTTGTCAATGGATTGCACCCACTTCAC
635 GCTTCTGA-AGGCA-TGATAAACTT-AAA-A-----T-G--CTC--T---TT----CC-CTTC-C
* * * * * * ** **
84029 ATTTCCTAATGTAAACATCTAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAACATCATAGCTTTCAATTT-A
1 ----CC-AATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAAG-A-ATAAAAAATTTTGATTTAA
* * * * * * *
84093 TTTTTATATAGTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTGTAATTGAATTATATACCATAATATTG
59 TTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTA
* * ** * ***
84158 ATGATAAAATTTTATCAAAATGATAATTGTTCATTGAT-AGATTATTTCAAGCTTTTAAAGATGT
124 AT-A-AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCA-AGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCAT
** * * * * * * *
84222 GTTAAACTTAAAAAGCTCTTTACTAGTCAATGGATAGTATCCACTTCACGTTTTCCAATGTAAAC
186 GAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAAC
* * * *
84287 ATCAAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAATAGCAAAGGTTTC-----A------ATTTATAATCA
251 ATCAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCA
* * * * * * *
84341 TTCATAGAATAAGAAATGAATTATATATCATAATTTTTTATGATAAAATGTTATCAAAATGATAA
316 TTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAA-TATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAATAA
* * * * * * * * *
84406 TTATTAATGGATAAATCATTTCAAGCTCTCAAAGGCAT-ATAAACTCAAAATGCACTTTCCTTGC
380 TTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC-TTTTTCATGT
* * ** * ** * * * * *
84470 CAATGGATAGCGTCCACTTCATGTTTTTCAATCCAAACATCCAATTATGATTGGCGTTTA-CTAA
444 CAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGAC-TTAACCAAA
* * * * * * *
84534 GAATAGCAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATACATGCTTT-TAGGATTATAAATAAATTATA
508 GAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATA-ATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATA
* * *
84598 TATCATAATCA--CACTGATAAAATGTTATCAAAATG-TTATCTATTCATTGATAAATCATTTCA
572 TATCATAAT-ATTGA-AGATAAAATGTTATCAAAATGATAAT-TATTCATTGATAAATCATTTCA
* **
84660 AACTT-TCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTT--CTTTG
634 AGCTTCT-GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
** * * * * * ** * **
84701 TTAGTGGATAGCATCCACTTCA-CGT-TTC-TTACTACAAA-CATCCAATTATGATAGGCTTTGA
1 CCAATGCA-AACATCCAATT-ATGGTAGGCTTTA--ACAAAGAAT--AA--A--A-A-ATTTTGA
* ***** *** * * ** * *
84762 -CTAAGAGCAACAAAGCTTTTGATTTATTTTTTATATTATCGGATTATAAATGAATTATATATCA
54 TTTAATTTTGATTTA-TTTTTTATTTA-TAATCAT-TTATAGGATTATAAATGAATTATATATCA
* * * * * * * * * *
84826 TAAAATTCATCATAGAATCTTATGAAAGTGATCATTATTCATT-AACAAACCATTTTAAGCTTTT
116 TAATATTAAT-A-AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATC-AAGCATTTCAAGCTTTT
* * * *
84890 GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGAATAGAATCCATTTCATGTTTCCCA
178 GAAGGCATGAAAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCA
* * * * *
84955 ATGCACACATCCAGTTATGATAGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAA-TTATTTTTTATT
243 ATGCAAACATCAAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATT
* *
85019 TATAATCATTTACAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAACAAG
308 TATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA-
* * * * * * *
85084 AA-GATAACTATTCATTGATAACTCATTTCAAGGTTTC-ATAGGCACGATAAACTTTAAATGCTC
372 AATAATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGCTT
* ** * * * **
85147 TTTCATTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACTTTTGCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGTG
436 TTTCA-TGTCAATGAATAGCATATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATA-GAC
** * **
85212 TTAACC-AAG--------A--TTTTGATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT
499 TTAACCAAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAAT
* * * * *
85266 -AATTTATATATCATAATATTGATGATAAAATATTTTCGAAAA-GATAATTATCCACTGATAAAT
564 GAA-TTATATATCATAATATTGAAGATAAAATGTTATC-AAAATGATAATTATTCATTGATAAAT
* * * * *
85329 CAATTCAAGCTTTTGATGGCATGATAAACTTAACATGCTCTTT-CCTT-G
627 CATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
* * * * ** * ** *
85377 TCAATGGATAACATTC-ATT-T--CA--CATTTCCCAATGCAAT-AAACCTTTCG---------T
1 CCAATGCA-AACATCCAATTATGGTAGGC-TTTAACAAAG-AATAAAAAATTTTGATTTAATTTT
* * *
85426 --TTTATTTTTTATTTACAATCATTTATAGGAGTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGA
63 GATTTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAAT-A
* * * * * * * ** *
85489 TAAAATGCTATTAAAATGATAATTAGTCATTGATAAATCATTTCAAG-GTTCGGTGGCATGATAA
127 -AAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGAAAA
* ** * *
85553 ACTTCAAATGCTCTTTGTTTGTCAATGGATAGCATCCATTATACAT-TTT-CCAATGCAAATATC
191 ACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACT-T-CATGTTTCCCAATGCAAACATC
* * * * * * * * * *
85616 CAATTATGATATGCTTTTACTAGGAAGAACAAAGCTTTCGATTTACTTTTGATTTGCT-ATCATT
254 AAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTT-ATAATCATT
* * * * *
85680 TATTGGACTATAAATGAATTATATCTCATAATATTGATGAT-AAATGTTAATTAAAATCATAATT
318 TATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTT-ATCAAAATAATAATT
85744 ATT
382 ATT
85747 TGTCATGACC
Statistics
Matches: 7600, Mismatches: 1769, Indels: 1260
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
650 107 0.01
651 148 0.02
652 19 0.00
653 9 0.00
654 1 0.00
656 1 0.00
658 6 0.00
660 1 0.00
661 1 0.00
664 3 0.00
665 3 0.00
666 12 0.00
667 108 0.01
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670 224 0.03
671 27 0.00
672 253 0.03
673 77 0.01
674 42 0.01
675 114 0.01
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678 48 0.01
679 537 0.07
680 209 0.03
681 81 0.01
682 28 0.00
683 76 0.01
684 80 0.01
685 497 0.07
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695 286 0.04
696 184 0.02
697 359 0.05
698 5 0.00
699 2 0.00
700 3 0.00
701 2 0.00
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715 1 0.00
716 7 0.00
717 9 0.00
718 5 0.00
720 5 0.00
722 2 0.00
724 9 0.00
725 4 0.00
726 9 0.00
727 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (676 bp):
CCAATGCAAACATCCAATTATGGTAGGCTTTAACAAAGAATAAAAAATTTTGATTTAATTTTGAT
TTATTTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTAATAAAAA
TGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATCAAGCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGAAAAACTTA
AAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCATGTTTCCCAATGCAAACATCAAATTAT
GATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAGGAT
TATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATAATAATTATTCATTGA
TAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTTTTTCATGTCAATGAATAGCA
TATACTTCACGTTTCCCAATACAAACATCCAATTATGATAGACTTAACCAAAGAACAACAAAGCT
TTCAATTTGTTTTTTATTTATAATGGTTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGA
AGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTCTGAAGGCATGA
TAAACTTAAAATGCTCTTTCCCTTCC
Found at i:81741 original size:216 final size:218
Alignment explanation
Indices: 81128--82210 Score: 824
Period size: 216 Copynumber: 4.8 Consensus size: 218
81118 TCATTTTTAG
* * * * * *
81128 GATTATAAATGAATGATATATCATAATATTGATGCTAAAATGTTATAAAAAATGATAATTATTGA
1 GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGGTGATAAAATGTTAT-CAAAATGAAAATTATTCA
* * * * *
81193 TTGATAAATCATTTTAAGTTTTCGAAGGCATGATAAATTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGA
65 TTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGGA
* * * ** * * * * * *
81258 TCA-CATCTGCTTCACGTTTTCCAATGCAAACATCAAATTATGGTTGGCTTTAA-CTGAGAACAA
130 T-AGCATCCGATTTATATTTCCCAATGCAAAAATCCAATTATGATAGGCTTTAAGC-AAG-AC--
* ** * * *
81321 TAATGCTTAAAATTATTTTTGGTTTATAATCAATTGTAG
190 CAA--C---AAA--GCTTTTGATTTATAAT---TTATAT
* * * *
81360 GATT-TTAATGAATTATATATCATAATATTGTTGATAAAATGTTATTAAAATGATAATTATTCAT
1 GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATGAAAATTATTCAT
* * * * * * *
81424 TGATAAATGATTTTAAGCTTTCTAAGGCATGATGAACTCAAAATGCACTTTCCTTGTCAATGGAT
66 TGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGGAT
* * * *
81489 AGCATCCAATTCATGTTTCCCAATGCAAAAATCCAATTTTGATAGGCTTTAAGCAAGGA-CAACA
131 AGCATCCGATTTATATTTCCCAATGCAAAAATCCAATTATGATAGGCTTTAAGCAA-GACCAACA
81553 AAGCTTTTGATTTATAA-TTAT-T
195 AAGCTTTTGATTTATAATTTATAT
* * * * *
81575 TATTCTAAATGAATTATATATCATCATATTGGTGATAAGATGTTATCAACATGAAAATTATTCAT
1 GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATGAAAATTATTCAT
* *
81640 TAATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATACTCTTTCCTAGTCAATGGAT
66 TGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGGAT
* * * * * *
81705 AGCATCCGTTTTATATTTTCCAATAG-AAACATCCAATTATGATAAGCATTAATTAA-AAAGAGC
131 AGCATCCGATTTATATTTCCCAAT-GCAAAAATCCAATTATGATAGGC--T--TTAAGCAAGACC
*** *
81768 AACGTTTTTGACTTATTTTTCATTTATAATCATTTATAT
191 AAC---AAAG-C----TTTTGATTTAT-A--ATTTATAT
* * * * * *
81807 GATTATAAATGAATTATATGTCATAATATTGATGATAAGATATTATC-AAACGTAATAATTATTT
1 GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATG-AA-AATTATTC
* * ** ** *
81871 ATTGATAAATCATTTTAGGCTTTTGAATACATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGG
64 ATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGG
* * * * * *
81936 ATAGCATCCGCTTTACA-TTCCCTATGCAAATATCTAATTATGATAGAG-TTT-AGCCAAAACCA
129 ATAGCATCCGATTTATATTTCCCAATGCAAAAATCCAATTATGATAG-GCTTTAAG-CAAGACCA
* *
81998 GCAAAGTTTTTGATTTATAATCTTATAT
192 ACAAAGCTTTTGATTTATAAT-TTATAT
* * * * *
82026 AGGACTGTAAATGAATTATATATCATATTATTGGTGATAAAATGTTACCAAAATGATAAATTTTT
1 --GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATGA-AAATTATT
* * *
82091 CATTGATAAATCATTTCAACCTTTCAAAGGCAAGATAAACTTAAAATGCTCATTCCTAGTCAATG
63 CATTGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATG
* * * * * * * *
82156 GATATCATCC-AGTTCATGTTTTCAAATGCAAATATCCAATTATAATAGGCATTAA
128 GATAGCATCCGA-TTTATATTTCCCAATGCAAAAATCCAATTATGATAGGCTTTAA
82211 CTAAGAAAAA
Statistics
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GATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGGTGATAAAATGTTATCAAAATGAAAATTATTCAT
TGATAAATCATTTCAAGCTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTAGTCAATGGAT
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AGCTTTTGATTTATAATTTATAT
Found at i:83801 original size:453 final size:453
Alignment explanation
Indices: 82487--85413 Score: 2749
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82477 TGATTTTCAA
** * *
82487 ATTT-TAATCATTTATA-AGATTATAAATGAATTATACCTCAAAATATTGAGGATAAAATGTTAT
1 ATTTATAATCATTTATAGA-ATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT
* * **
82550 CAAAATGATAATTATTCATTCATAAATCATTTCAAAACTTTCAAAGGCATGATAAACTTAAAATG
65 CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTC-AAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATG
* * **
82615 CTCTTTCCTTGCCAATGGATAGCATCAACTTCACGTTTCATAA-GACAAACATCCAATTATGATA
129 CTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATG-CAAACATCCAATTATGATA
* * * * * * * *
82679 GGCTTTAAACAAAAACAAGAAAGCTTTTGATTTGTTTTTGATTTATAATTATTTATTA-GCTTAC
193 GGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTA-TAGGATTAT
* * *
82743 AAATGAATGATATATCATAATATTGATGACAAAATCTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAA
257 AAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAA
* * *** * * *
82808 ATCATTTTAAGCTTTCAAAGGTGGGATAAACTTAAAATACTCTTTCCTTGCCAATGGATTGCATC
322 ATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATC
* * * * **
82873 TACTTCATG-TTTCCTAATGTAAATATCCAATTATGTTTGGCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTT
387 CACTTCATGTTTTCC-AATGCAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAG---
*
82937 AAAAGTTATTTTTG
448 ----G----TTTCG
* * * * *
82951 ATTTATATTCAATTGTAGGATTTTAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
1 ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * * * *
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66 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGC
* * * * * * * *
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130 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGG
* * * * * * * *
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195 CTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAA
* * * *
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260 TGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATC
* * * * *
83275 ATTTCAAGC-TTCTAAAGGCATGATACACTTAAAATGCTCTTTACTTGTCAATTGATAACATCCA
325 ATTTCAAGCTTTC-GAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCA
* *
83339 -TTCCATGTTTTCCAATGTAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAATAACAAAGGTTTC
389 CTT-CATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGGTTTC
83403 G
453 G
* * * * *
83404 ATTTATAATCATTTATCGAAGTATAAGTGAATTATATATCGTAATATTGATGCTAAAATGTTATC
1 ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * *
83469 AAAATGATGATTTTTCATTGATAAATCATTTGAAGCTTTTGAAGTCGTGATAAACTTAAAATGCT
66 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
** * * * *
83534 CTTTCCTTGTCAATATATAGTATTCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATTGTC
131 CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGC
* * * * * *
83599 CTTAAACAAGAACAACAAAGCTTTCAATTTATTTTTGATTTATAATTATTGATAGCATTATAAAT
196 TTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT
* * ** * * *
83664 GAATTAAATATTATAATATTGATGATAAAAAATTATCAAAATGATAATTATTTATTGGTAAATTA
261 GAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCA
* * * * * ** *
83729 TTTCAAGATTTCGAAGGCATGATAAACTTTAATTTCTCTTTCCTTGTCAATGAACGGCATCCATT
326 TTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACT
* * *
83794 TCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTACGAT-AGGTGTTAACTAAGAACAACAATGCTTTCAA
391 TCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGCT-TTAACCAAGAACAAC-A-------AA
**
83858 TTTACTTTCG
447 ---GGTTTCG
* * * * * * * *
83868 ATTTCTAATCATTTACAGGATTATAAATAAACTATATATCATAATTTTGTTGATAAAATGTTTTC
1 ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
* * * * * *
83933 -AAATGATATTTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTAG-AGGGATTAACAAACTTAAAATAC
66 AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCA-TGATAAACTTAAAATGC
* * * * * * * *
83996 TTTTTCGTTGTCAATGGATTGCACCCACTTCACATTTCCTAATGTAAACATCTAATTATGATAGG
130 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGG
* * *
84061 CTTTAACCAAGAACATCATAGCTTTCAATTTATTTTTATATAGTTTTTATTTATAATCATTTATA
195 CTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTA--TTT-T-T-G-----ATTTATAATCATTTATA
* * * * *
84126 GGATTGTAATTGAATTATATACCATAATATTGATGATAAAATTTTATCAAAATGATAATTGTTCA
250 GGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCA
* * ** *** * * * *
84191 TTGATAGATTATTTCAAGCTTTTAAAGATGTGTTAAACTTAAAAAGCTCTTTACTAGTCAATGGA
315 TTGATAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGA
* * * * * * *
84256 TAGTATCCACTTCACGTTTTCCAATGTAAACATCAAATTATGATAGGCTTTAACCAAGAATAGCA
380 TAGCATCCACTTCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACA
*
84321 AAGGTTTCA
445 AAGGTTTCG
* * * * *
84330 ATTTATAATCATTCATAGAATAAGAAATGAATTATATATCATAATTTTTTATGATAAAATGTTAT
1 ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTATATATCATAA-TATTGATGATAAAATGTTAT
* * * ** *
84395 CAAAATGATAATTATTAATGGATAAATCATTTCAAGCTCTCAAAGGCAT-ATAAACTCAAAATGC
65 CAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGC
* * * * ** * *
84459 ACTTTCCTTGCCAATGGATAGCGTCCACTTCATGTTTTTCAATCCAAACATCCAATTATGATTGG
130 TCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGG
* * *
84524 CGTTT-ACTAAGAATAGCAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATACATGC-TTT-TAGGATTAT
195 C-TTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATA-AT-CATTTATAGGATTAT
* * *
84586 AAATAAATTATATATCATAATCA--CACTGATAAAATGTTATCAAAATG-TTATCTATTCATTGA
257 AAATGAATTATATATCATAAT-ATTGA-TGATAAAATGTTATCAAAATGATAAT-TATTCATTGA
* * * *
84648 TAAATCATTTCAAACTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCTTTGTTAGTGGATAGC
319 TAAATCATTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGC
* * * * * * * *
84713 ATCCACTTCACG-TTTCTTACTACAAACATCCAATTATGATAGGCTTTGACTAAGAGCAACAAAG
384 ATCCACTTCATGTTTTC-CAATGCAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAG
* *
84777 CTTTTG
448 GTTTCG
** * * * * * * * *
84783 ATTTATTTTTTATATTATCGGATTATAAATGAATTATATATCATAAAATTCATCATAGAATCTTA
1 ATTTA-TAATCAT-TTATAGAATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTA
* * * * * * *
84848 TGAAAGTGATCATTATTCATTAACAAACCATTTTAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATG
64 TCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATG
* * * * * *
84913 CTCTTTCCTTGTCAATGAATAGAATCCATTTCATGTTTCCCAATGCACACATCCAGTTATGATAG
129 CTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAG
* * *
84978 GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTC-AATTATTTTTTATTTATAATCATTTACAGGATTATAA
194 GCTTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAA
* * *
85042 ATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAACAAGAA-GATAACTATTCATTGATAAC
259 ATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAA-AATGATAATTATTCATTGATAAA
* * * *
85106 TCATTTCAAGGTTTC-ATAGGCACGATAAACTTTAAATGCTCTTTCATTGTCAATGGATAGCATC
323 TCATTTCAAGCTTTCGA-AGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATC
* * *** ***
85170 CACTTCACT-TTTGCCAATGCAAACATCCAATTATGAT-AGGTGTTAACCAAGATTTTGATTTA-
387 CACTTCA-TGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGCT-TTAACCAAGA--ACAACAAAG
* **
85232 TTTTTT
448 GTTTCG
* * *
85238 ATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT-AATTTATATATCATAATATTGATGATAAAATATTTT
1 ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAA-TTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTAT
* * * * *
85302 CGAAAA-GATAATTATCCACTGATAAATCAATTCAAGCTTTTGATGGCATGATAAACTTAACATG
65 C-AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATG
* * * *
85366 CTCTTTCCTTGTCAATGGATAACATTCATTTCACATTTCCCAATGCAA
129 CTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAA
85414 TAAACCTTTC
Statistics
Matches: 1986, Mismatches: 414, Indels: 137
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
452 14 0.01
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459 1 0.00
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474 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (453 bp):
ATTTATAATCATTTATAGAATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATC
AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCT
CTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGATAGGC
TTTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCGATTTATTTTTGATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT
GAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATGTTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCA
TTTCAAGCTTTCGAAGGCATGATAAACTTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACT
TCATGTTTTCCAATGCAAACATCCAATTATGATAAGCTTTAACCAAGAACAACAAAGGTTTCG
Found at i:85411 original size:222 final size:223
Alignment explanation
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Period size: 222 Copynumber: 5.8 Consensus size: 223
84094 TTTTATATAG
* * * *
84104 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTGTAATTGAATTATATACCATAATATTGATGATAAAATT
1 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATG
* * * * *** *
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* * * * * * *
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131 ATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGA
* * * *
84299 TAGGCT-TTAACCAAGA-ATAGCA--AAGG
196 TAGGCTGTTAACCAAGATTTTG-ATTTA-T
** * * * * * *
84325 TTTCAATTTATAATCATTCATAGAATAAGAAATGAATTATATATCATAATTTTTTATGATAAAAT
1 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAA-TATTGATGATAAAAT
* * * ** *
84390 GTTATCAAAATGATAATTATTAATGGATAAATCATTTCAAGCTCTCAAAGGCAT-ATAAACTCAA
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* * * * ** *
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130 AATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATG
* * *
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* * *
84557 TTTTGATTTATACATGC-TTT-TAGGATTATAAATAAATTATATATCATAATCA--CACTGATAA
1 TTTTTATTTATA-AT-CATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAAT-ATTGA-TGATAA
* * *
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62 AATGTTATCAAAATGATAAT-TATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAAC
* * * ** * *
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126 TTAAAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAAT
* *
84747 TATGATAGGCTTTGACTAAGAGCAACAAAGCTTTTGATTTA-
191 TATGATAGGC--TG--TTA-A-C--C-AAGATTTTGATTTAT
* * * * * *
84788 ---TT-TTT-T-AT-A-TTATCGGATTATAAATGAATTATATATCATAAAATTCATCATAGAATC
1 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATG
* * * * * * *
84845 TTATGAAAGTGATCATTATTCATTAACAAACCATTTTAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAA
66 TTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAA
* * * * * *
84910 ATGCTCTTTCCTTGTCAATGAATAGAATCCATTTCATGTTTCCCAATGCACACATCCAGTTATGA
131 ATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGA
* * *
84975 TAGGCT-TTAACCAAGAACAACAAAGCTTTCAATTAT
196 TAGGCTGTTAACCAAG--------A-TTTTGATTTAT
*
85011 TTTTTATTTATAATCATTTACAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATG
1 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATG
* * * * * * *
85076 TTAACAAGAA-GATAACTATTCATTGATAACTCATTTCAAG-GTTTCATAGGCACGATAAACTTT
66 TTATCAA-AATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGA-AGGCATGATAAACTTA
* * *
85139 AAATGCTCTTTCATTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACTTTTGCCAATGCAAACATCCAATTAT
129 AAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTAT
85204 GATAGG-TGTTAACCAAGATTTTGATTTAT
194 GATAGGCTGTTAACCAAGATTTTGATTTAT
85233 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAAT-AATTTATATATCATAATATTGATGATAAAAT
1 TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAA-TTATATATCATAATATTGATGATAAAAT
* * * * * *
85297 ATTTTCGAAAA-GATAATTATCCACTGATAAATCAATTCAAGCTTTTGATGGCATGATAAACTTA
65 GTTATC-AAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTA
* * * * *
85361 ACATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAACATTCATTTCACATTTCCCAATGCAA
129 AAATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAA
85414 TAAACCTTTC
Statistics
Matches: 866, Mismatches: 163, Indels: 119
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
213 3 0.00
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (223 bp):
TTTTTATTTATAATCATTTATAGGATTATAAATGAATTATATATCATAATATTGATGATAAAATG
TTATCAAAATGATAATTATTCATTGATAAATCATTTCAAGCTTTTGAAGGCATGATAAACTTAAA
ATGCTCTTTCCTTGTCAATGGATAGCATCCACTTCACGTTTCCCAATGCAAACATCCAATTATGA
TAGGCTGTTAACCAAGATTTTGATTTAT
Found at i:91451 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 91419--91478 Score: 84
Period size: 25 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
91409 GGTTTGTGAT
* *
91419 ATATACATGGAAAGGCCGCGGGTTG
1 ATATACATGGAAAGGCCACGAGTTG
**
91444 ATATACATGGCTAGGCCACGAGTTG
1 ATATACATGGAAAGGCCACGAGTTG
91469 ATATACATGG
1 ATATACATGG
91479 TTGCGACCAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATATACATGGAAAGGCCACGAGTTG
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93346 CGGTGATAGG
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* *
93375 T-AAAATAATATTTTATAAA
1 TAAAAAGAATATTTTAGAAA
93394 TAAAA
1 TAAAA
93399 TATTATTAAA
Statistics
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TAAAAAGAATATTTTAGAAA
Found at i:93384 original size:18 final size:19
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93348 GTGATAGGTA
*
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*
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*
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Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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AAAATAATATTTTAGAAAT
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93371 GAAATAAAAT
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*
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Statistics
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AATATTTTATAAATATA
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115183 CATCGGTCTT
** *
115193 TTAAACTTTTCAATATTTGTAATTTAGTCCTC
1 TTAAACTTTTCAATATTTACAATTTAATCC-C
* * * ** *
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1 TTAAACTTTTCAATATTTACAATTTAATCCC
* * * * *
115255 ATAAGCTTATCCATATTTGCAATTTAATCCC
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* *
115286 TTAAACTTTTCAATATTTACACTTTAACCCC
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* *
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TTAAACTTTTCAATATTTACAATTTAATCCC
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115947 AAATTTAATA
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*
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ATATTTTATTAGTAAAATATCATTAAAATT
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116449 ATGAATGACT
*
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*
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*
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AAATAAAATTAGAGGAATAAGGTGGTGCATG
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116726 GAATCAATTT
*
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* *
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GAAAGCAAAAAGAAGAAAGAA
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116733 TTTGAAAGTA
116743 AAAAGAGAAAGGAAGAAACAA-AAAGGAAG
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*
116772 AAAAGAGAAAGGAGAAAGAAGAAAGAAG
1 AAAAGAGAAAGGAGAAACAAGAAAGAAG
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1 AAAAG
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116733 TTTGAAAGTA
116743 AAAAGAGAAAGGAAG
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1 AAAAGAGAAAGGAAG
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1 AAAAG-AGAAAGGAAG
116800 AAAAG
1 AAAAG
116805 CTAGAGGAAG
Statistics
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AAAAGAGAAAGGAAG
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119331 CTTTTTCTTG
* * * * *
119341 CTTTAAGTGGTTTTTTAA-CTTTGTAAATGATTTTAAGTTGAACCTTATTTTCATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATTTTTGGTTAA
* * * * * *
119405 CACATATAATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGTGAAAGTCATCCATTGATAAGAAAA
63 -ACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACAAGAAAA
* * * *
119470 GTCCATGTATAATCAC-CTATGCCTTTGAAAGCCTGGTTACTAA
126 GTCCATTTATAGTCACTC-ATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCA
* * *
119513 CCTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTGTTTTCATGTTTTTGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCAT-TTTTGGTT-AA
* ** *
119578 ATAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT-TTGAAA-ATGTGAAGCGAAAGGCATCAATTGACAAGAAA
63 ACAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACA--TGAAGCGAAA-GCATCCATTGACAAGAAA
** * * *
119641 CCTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTA-TAGACTCA
125 AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGT-TACTCA
* * * *
119685 CTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAAATGAGTTTCAATTGAATGTTTTTT-AGTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAT-TTTTTTCATTTTTGGTT-AAA
* * * * *
119749 CAAATCATAATTTGTTATTTGCATCAACAAACGTGAAGC-AACAGCTATCCATTGAAAAGAAAAG
64 CAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAA-AGC-ATCCATTGACAAGAAAAG
* * *
119813 TCCATCTATAGTCACTGATGCCTTTGAAAACCTAGTTACTCA
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCA
* * ** * *
119855 CTTTAAATTGTTTTATAATTTTATAAGCGATTTTAAATTAAATTATTTTTCATTTTAGGTTCAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTT-AAA
* * * *
119920 GAGCTCATAATTTGTTGTTTGCTTCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
64 CAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAG-CATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
119985 CCATTTATATTCATTTC-T-ACTTATGACAGCCTAGTTACTCA
128 CCATTTATAGTCA-CTCATGCCTT-TGAAAGCCTAGTTACTCA
** * *
120026 CTTTAAACAGTTTTATAATCTTACAAATGATTTTAAATT-AATTGTTTTTCATTTTTGGCTAGAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTA-AA
* *
120090 AAGATCATAATTTGATGTTTGCAT
64 CAGATCATAATTTGTTGTTTGCAT
120114 TGGAAAATGT
Statistics
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CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAACA
GATCATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAAGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCA
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119378 TTGAACCTTA
* * * * * * * * * *
119388 TTTTCATTTTTGGTTAACACATATAATAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGTGAA-AG-
1 TTTTCAGTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTTGATATTTGCATCAACAAACGTGAAG-CAACAGC
* * * *
119451 TCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATGTATAATCACCTATGCCTTTGAAAGCCTGGTTACTAACCT
65 T-ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCTATGCCTTTGAAAACCTAGTTACTAACCT
* * ** *
119516 TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAACTGAATTTGTTTTCATGTTTTTGTTAAAATA
129 TAAATGGTTTTATAATCTTATAAACGATTTTAAACTAAATTTGTTTTCATGTTTAGGTTAAAAGA
** ** * * *
119581 GATCATAATTTGTTGTTTGCATTTGAAAATGTGAAGCGAAAGGCATCAATTGACAAGAAACCTCC
194 GATCATAATTTGTTGTTTGCATTCAAAAACATAAAGCGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAACTCC
** * *
119646 ATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTATAGACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTTATAA
259 ATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTATAGACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTTACAA
*
119711 ATGAGTTTCAATTGAATGT
324 ATGAGTTTAAATTGAATGT
* * *
119730 TTTTTAGTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGTTATTTGCATCAACAAACGTGAAGCAACAGCT
1 TTTTCAGTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTTGATATTTGCATCAACAAACGTGAAGCAACAGCT
* * *
119795 ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATCTATAGTCA-CTGATGCCTTTGAAAACCTAGTTACTCACTTT
66 ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCT-ATGCCTTTGAAAACCTAGTTACTAACCTT
* * * * *
119859 AAATTGTTTTATAATTTTATAAGCGATTTTAAATTAAATTAT-TTTTCAT-TTTAGGTTCAAAGA
130 AAATGGTTTTATAATCTTATAAACGATTTTAAACTAAATT-TGTTTTCATGTTTAGGTTAAAAGA
* * *
119922 GCTCATAATTTGTTGTTTGC-TTCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
194 GATCATAATTTGTTGTTTGCATTCAA-AAACATAAAGCGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAACTC
* * * * *
119986 CATTTATATTCATTTC-TA-CTTATGACAGCCTAGT-TACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTT
258 CATTTATAGTCA-CTCATACCTT-CGAAAGCCTA-TAGACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTT
*
120048 ACAAATGATTTTAAATT-AATTGT
320 ACAAATGAGTTTAAATTGAA-TGT
* * *
120071 TTTTCATTTTTGGCTAGAAA-AGATCATAATTTGATGTTTGCAT
1 TTTTCAGTTTTGGCTA-AAACAAATCATAATTTGATATTTGCAT
120114 TGGAAAATGT
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 55, Indels: 21
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (342 bp):
TTTTCAGTTTTGGCTAAAACAAATCATAATTTGATATTTGCATCAACAAACGTGAAGCAACAGCT
ATCCATTGAAAAGAAAAGTCCATCTATAATCACCTATGCCTTTGAAAACCTAGTTACTAACCTTA
AATGGTTTTATAATCTTATAAACGATTTTAAACTAAATTTGTTTTCATGTTTAGGTTAAAAGAGA
TCATAATTTGTTGTTTGCATTCAAAAACATAAAGCGAAAGCCATCAATTGACAAGAAAACTCCAT
TTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTATAGACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTTACAAAT
GAGTTTAAATTGAATGT
Found at i:121242 original size:168 final size:166
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Indices: 120194--122532 Score: 1093
Period size: 171 Copynumber: 13.8 Consensus size: 166
120184 TCTTAAAGAG
* * * * * * *
120194 TTTAGATTGATTTTTTTTCACTTTTGTTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTTGCATCGAGAAAC
1 TTTA-ATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGAG-AAC
* ** * * * * * * *
120259 ATGAAATAAAAACCATCCACTAACAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCT
63 GTG-AAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT
* * * ** *
120324 AGTTACTCACTTTCAGCGGTTTTATACCTTTACAAATGATT
127 AGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGA-T
* * * * * * * * *
120365 TTTGATTGGATTTTTATT-TTTTTCTGATTAAAACATAAT-ATAATTTGATGTTTACATCGGAAA
1 TTTAATTGAATTTTT-TTCATTTT-TGGTT-AAACA-GATCATAATTTGATGCTTGCAT-TGAGA
* * * * * *
120428 ACATAAAGTGAAAGCCATCTATTAACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTCAC-CAATAG-CTTCAAA
61 ACGTGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTC-AT-GCCTTCGAA
* * * * * *
120490 AGCCTACTTGCTCGCATTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAAATGA-
122 AGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGA-TTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * *
120534 --T--TTG----TTTTT-ATTTTTTGTTAAAACATATTC-TAAGTTATTAT--TTACATCATGA-
1 TTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGA-TCATAA-TT-TGATGCTTGCAT--TGAG
* * * * * *
120586 AACATGAAGCAAAAGTCATGCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAG
60 AACGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* * ** * * *
120651 CTTTGTTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAGATGAT
124 CCTAGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * * * ** * *
120694 TTTAAATTAAATTTTTTTTATTTATGGTTAAAACAAATCATACTTCAATGTTTGCATTGAGAACC
1 TTT-AATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGAGAACG
* * * * * * *
120759 TAAAGTGAACGCCATCCATTGACAAAAAAAG-CCTCTTTATAGTCACTCATACCTTTGGAAGCCT
64 TGAAG-CAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCT
** * *
120823 AGTTACTTGCTTTAAGCGAATTTAT-ATCTTTATAAATGAT
127 AGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAAT-TTTATAAATGAT
* ** * *
120863 TTTAAGTTGAAATTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGAAAATAATTTGATGCTTGCATCAGAAAACG
1 TTTAA-TTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGATCATAATTTGATGCTTGCAT-TGAGAACG
* * * * * *
120928 TGAAGCAAGAGCCATCCATTGACAA-AAAA-ACCAGTTTTATAATCATTCATGCATTTGAAAGTC
64 TGAAGCAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC--TTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
* * * * *
120991 GAGTTACACACTTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAAATGAT
126 TAGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * *
121032 TTTAATTGAATTTTTTTTCATTCTTGGTGAAACCAGATCATAATTTGATGCTTACATTGGGAA-G
1 TTTAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAA-CAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGAGAACG
* * *
121096 GGAAGCAAAGCTATCCATTGACGAGAAAAGTCCTTTTATTA-TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTT
64 TGAAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTA-TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-T
* *
121160 A-TTACTTACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATAAT
127 AGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * *
121199 TTTGAATTGAAGTTTTTTTCATTTTTAGTTAAGACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAA
1 TTT-AATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAA-ACAGATCATAATTTGATGCTTGCATT-GAGAA
* ** * * * * *
121264 CGTGAAATG-AAAGCTATTTATTGACAAGAAAAAT-CTATTTATAGTCATTAATGTCTTAGAAAG
62 CGTG-AA-GCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* ** * * *
121327 CCTAGTTGCTTTCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAAATTG-T
124 CCTAGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAA-TGAT
* * * *
121370 TTTAAATTAGATTTTTTTTTCATTTTT-TTCTAAGAAAGATCATATATTGTTAT--TTGCATT-A
1 TTT-AATT-GA-ATTTTTTTCATTTTTGGT-TAA-ACAGATCATA-ATT-TGATGCTTGCATTGA
* * * * * * * ** *
121431 GGACACTTGAAGCAAAAACCATCAATTAACAACAAAAGTTCATTTATAG-CTACTCATATCTTTG
59 -GA-ACGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTC-ACTCATGCCTTCG
* ** * * *
121495 AAAGCC-ATGTCACTTGCTTTAAGAGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
120 AAAGCCTA-GTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * * * * * *
121542 TTTAAATAGAATTTGTTATCATTTTTAGTTAAAACATATCGTAATTTCATGTTTTCATTGAGAAA
1 TTT-AATTGAATTT-TTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGAG-AA
* * * * **
121607 CATGAAACGAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTATAGTAACTCATGCCTTTAAAAGC
62 CGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
* * * * *
121671 CTTGTTATTCACTTTAAGCGAATTTATAACTTTATAAATGAT
125 CTAGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * * * * * **
121713 TTCAAGTTG-ATTTTTTGGTCATTGTTGGTTAAAACAAATAATAATTTCATGTTTTCATCAAGAA
1 TTTAA-TTGAATTTTTT--TCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGAG-A
* * * * * * *
121777 ACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGT-CTATTTGTACTCACTCATGCTTTAGAAAG
61 ACGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* * * * * * *
121841 CCTAATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGAT
124 CCTAGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * * * * * * *
121884 TTTAAATTGATTTTTTTTTATATTTTAGTTAAAATAGTTCATAA-TTGTTTGTTTACATCTGAAA
1 TTT-AATTGAATTTTTTTCAT-TTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTG-ATGCTTGCAT-TGAGA
* ** * * * * ** * * *
121948 ACGTAAAGTGAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTAGAGTTGCTCATGCCTACAAAAACC
61 ACGTGAAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
* * * ** *
122013 TAATGACTCGCTTTAAACGATTTTATAATGTTATAAATGAAT
126 TAGTTACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATG-AT
* * * * * * *
122055 TTCAATTGAATTTTTTTTATTTTT-GTTAAAACAGATCACAATTTGTTGTTTTCA-TCAGGAAAC
1 TTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGA-G-AAC
* * * * * * * *
122118 ATGAAGCAAAAGTCAACCATTGATAAAAAAAGT-CTATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAACT
63 GTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCT-TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
* * * *
122182 TAGTTACT-AGCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAAATAACT
126 TAGTTACTCA-CTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGA-T
* * * ** * *
122224 TTTAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTAGGTTGAAACAAATCATAATTTGTTATTTTCATTGGAAA
1 TTT-AATTGAA--TTTTTTTCATTTTTGGTT-AAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATT-GAGA
* * * * ** *
122289 ATGTGAAGCTAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTC-TGATTTTGAAAG
61 ACGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCA-CTCATGCCTTCGAAAG
* ** * **
122353 CTTAGTTACTTGCTTTTAA-TGGTTTTATAAACTTATAAATGAT
124 CCTAGTTACTCAC-TTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
* * * * *
122396 TTTACATTGAATTTTTTT-ATATTTGGTTAGAACAGATCAGAATTTGAT-ATGTGCATTAAAAAA
1 TTTA-ATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTA-AACAGATCATAATTTGATGCT-TGCATT-GAGAA
* ** ** * ** *
122459 CGTGAAGCGAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAAGCATCCCTTAAAAATCC
62 CGTGAAGC-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC
122524 TAGTTACTC
126 TAGTTACTC
122533 GCTCTAAATA
Statistics
Matches: 1674, Mismatches: 380, Indels: 230
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.00
159 98 0.06
160 11 0.01
161 6 0.00
162 1 0.00
165 5 0.00
166 2 0.00
167 72 0.04
168 138 0.08
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170 192 0.11
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174 13 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
TTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGATCATAATTTGATGCTTGCATTGAGAACGTG
AAGCAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
ACTCACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATGAT
Found at i:121365 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 120597--122569 Score: 1213
Period size: 169 Copynumber: 11.6 Consensus size: 169
120587 ACATGAAGCA
* * * * * * * * *
120597 AAAGTCATGCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCTTTGTTACTC
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * * * * *
120662 GTTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAGATGATTTTAAATTAAATTTTTTTTATTTATGGTTAAA
66 GCTTTAAATGATTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTT-AA
* * ** * * * *
120726 ACAAATCATACTTCAATGTTTGCATT-GAGAACCT-AAAGTG
129 ACAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAA-CG
* * * * * * *
120766 AACGCCATCCATTGACAAAAAAAGCCTCTTTATAGTCACTCATACCTTTGGAAGCCTAGTTACTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
** * * * *
120831 GCTTTAAGCGAATTTAT-ATCTTTATAAATGATTTTAAGTTGAAATTTTTTCATTTTTGGTTAAA
66 GCTTTAAATGATTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAA
** * * ** *
120895 CAGAAAATAATTTGATGCTTGCATCAGAAAACGTGAAGC-
130 CAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAACG
* * * * * * * *
120934 AAGAGCCATCCATTGACAA-AAAA-ACCAGTTTTATAATCATTCATGCATTTGAAAGTCGAGTTA
1 AA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTA--TTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTA
*** * * * * * *
120997 CACACTTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAAATGATTTT-AATTGAATTTTTTTTCATTCTTGGTG
63 CTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTAGTT
* * * * *
121061 AAACCAGATCATAATTTGATGCTTACATTGG-GAA-GGGAAGC-
127 AAA-CAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAACG
* * *
121102 AAAGCTATCCATTGACGAGAAAAGTCCT-TTTATTA-TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTA
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTATTTA-TAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCC-TAGTTA
* * * * *
121164 CTTACTTTAAGTGATTTTATAATTTTATAAATAATTTTGAATTGAAGTTTTTTTCATTTTTAGTT
63 CTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTAGTT
* * *
121229 AAGACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAATG
127 AA-ACAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAACG
* ** * * * * *
121273 AAAGCTATTTATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCATTAATGTCTTAGAAAGCCTAGTTGCTT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
* * * *
121338 TCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAAATTG-TTTTAAATTAGATTTTTTTTTCATTTTT-TTCT
66 GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAA-TGATTTTAAATT-GA-ATTTTTTTCATTTTTAGT-T
* * * * * * * *
121401 AAGAAAGATCAT-ATATTGTTATTTGCATTAGG-ACACTTGAAGCA
127 AA-ACAGATCATAAT-TTGATGTTTTCATT-GGAAAACGTGAAACG
* * * * ** * *
121445 AAAACCATCAATTAACAACAAAAGT-TCATTTATAG-CTACTCATATCTTTGAAAGCC-ATGTCA
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACTCATGCCTTAGAAAGCCTA-GTTA
* * *
121507 CTTGCTTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATAGAATTTGTTATCATTTTTAG
63 CTTGCTTTAA-ATGATTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTT-TTTTCATTTTTAG
* * * *
121570 TTAAAACATATCGTAATTTCATGTTTTCATT-GAGAAACATGAAACG
125 TT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGA-AAACGTGAAACG
* * *
121616 AAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCTTTA-AAAGCCTTGTTA-T
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCC-TTAGAAAGCCTAGTTACT
* ** * * * * *
121679 TCACTTTAAGCGAATTTATAA-CTTTATAAATGATTTCAAGTTG-ATTTTTTGGTCATTGTTGGT
65 T-GCTTTAAATGATTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTT--TCATTTTTAGT
* * * ** *
121742 TAAAACAAATAATAATTTCATGTTTTCA-TCAAGAAACAT-AAAGCG
126 T-AAACAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGA-AAACGTGAAA-CG
* * * * *
121787 AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTGTACTCACTCATGCTTTAGAAAGCCTAATTA-TT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
* * * *
121851 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTATATTTTAGTTAA
66 -GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCAT-TTTTAGTT-A
* * * *
121916 AATAGTTCATAA-TTGTTTGTTTACATCT-GAAAACGT-AAA-G
128 AACAGATCATAATTTG-ATGTTTTCAT-TGGAAAACGTGAAACG
* * * * * ** * * * *
121956 TGAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTAGAGTTGCTCATGCC-TACAAAAACCTAATGAC
1 -AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTA-GAAAGCCTAGTTAC
* * * * * *
122020 TCGCTTTAAACGATTTTATAATGTTATAAATGAATTTCAATTGAATTTTTTTTATTTTT-GTTAA
64 TTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTT-A
* * * * * *
122084 AACAGATCACAATTTGTTGTTTTCATCAGG-AAACATGAAGCA
128 AACAGATCATAATTTGATGTTTTCAT-TGGAAAACGTGAAACG
* * * * * * * * *
122126 AAAGTCAACCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAACTTAGTTACTA
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
* *
122191 GCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAAATAACTTTTAAATTGAATTTTTTTTTCA-TTTTAGGTT
66 GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATTGAA--TTTTTTTCATTTTTA-GTT
* * * * * *
122255 GAAACAAATCATAATTTGTTATTTTCATTGGAAAATGTGAAGCT
127 -AAACAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAACG
* * * ** * *
122299 AAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTC-TGATTTTGAAAGCTTAGTTACT
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACT
* * * * * *
122363 TGCTTTTAATGGTTTTATAAACTTATAAATGATTTTACATTGAATTTTTTT-ATATTTGGTTAGA
65 TGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTA-A
* * * * ** *
122427 ACAGATCAGAATTTGATATGTGCATTAAAAAACGTGAAGCG
129 ACAGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAACG
* * * ** * * * *
122468 AAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAAGCATCCCTTAAAAATCCTAGTTACTC
1 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
* * * * *
122533 GCTCTAAAT-AGTTTTATAACCCTGTAAATGAATTTAA
66 GCTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA
122570 TTTTTCTTTT
Statistics
Matches: 1414, Mismatches: 314, Indels: 152
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 71 0.05
168 127 0.09
169 400 0.28
170 171 0.12
171 366 0.26
172 160 0.11
173 116 0.08
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTAGAAAGCCTAGTTACTT
GCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAC
AGATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACGTGAAACG
Found at i:121916 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 121510--122334 Score: 850
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
121500 CATGTCACTT
* * * *
121510 GCTTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATAGAATTTGTTATCAT-TTTTAGTT
1 GCTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATATTTTAGTT
* * *
121572 AAAACATATCGTAATTTCATGTTTTCATTGAGAAACATGAAACGAAAGGCATCCATTGACAAGAA
64 AAAACATATCATAATTT-TTGTTTTCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAA
* ** * ** * * *
121637 AAGTCTATTTATAGTAACTCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTATTCACTTTAAGCGAATTTATAACT
128 AAGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTACAAAAACCTAATGACTCACTTTAAACGAATTTATAA-T
*
121702 -TTATAAATG-ATTTCAAGTTG-ATTTTTTGGTCATTGTTGGTTAAAACAAATAATAATTTCATG
192 GTTATAAATGAATTTCAA-TTGAATTTTTT--TCATT-TTGGTTAAAACAAATAACAATTTCATG
* * * *
121764 TTTTCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTGTACTCACTCA
253 TTTTCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATACTCACTCA
* * * *
121829 TGCTTTAGAAAGCCTAATTATTC
318 TGCCTTAGAAAACCTAATTACTA
*
121852 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTTATATTTTAGTTAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATATTTTAGTTAA
* * * * *
121916 AATAGT-TCATAATTGTTTGTTTACATCTGA-AAACGT-AAA-GTGAAGCCATCCATTAACAAGA
66 AACA-TATCATAATT-TTTGTTTTCAT-TGAGAAACATGAAACG-AAAGCCATCCATTGACAAGA
* * ** * *
121977 AAAATCCATTTAGAGTTGCTCATGCCTACAAAAACCTAATGACTCGCTTTAAACGATTTTATAAT
127 AAAGTCCATTTATAGTAACTCATGCCTACAAAAACCTAATGACTCACTTTAAACGAATTTATAAT
* * * * **
122042 GTTATAAATGAATTTCAATTGAATTTTTTTTATTTTTGTTAAAACAGATCACAATTTGTTGTTTT
192 GTTATAAATGAATTTCAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAAATAACAATTTCATGTTTT
* * * * *
122107 CATCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCAACCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATGCC
257 CATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCC
* * *
122172 TTCGAAAACTTAGTTACTA
322 TTAGAAAACCTAATTACTA
** * *
122191 GCTTTAAATTATTTTATAATCTTATAAATAACTTTTAAATTGAATTTTTTTTT-CATTTTAGGTT
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATTGAATTTTTTTTTATATTTTA-GTT
* * * * * *
122255 GAAACAAATCATAATTTGTTATTTTCATTG-GAAA-ATGTGAAGCTAAAGCCATCTATTGACAAG
64 AAAACATATCATAATTT-TTGTTTTCATTGAGAAACA--TGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAG
122318 AAAAGTCCATTTATAGT
126 AAAAGTCCATTTATAGT
122335 CATTTCTGAT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 69, Indels: 40
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 120 0.30
340 28 0.07
341 125 0.32
342 115 0.29
343 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (340 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATATTTTAGTTAA
AACATATCATAATTTTTGTTTTCATTGAGAAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
TCCATTTATAGTAACTCATGCCTACAAAAACCTAATGACTCACTTTAAACGAATTTATAATGTTA
TAAATGAATTTCAATTGAATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACAAATAACAATTTCATGTTTTCATC
AAGAAACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGATAAAAAAAGTCTATTTATACTCACTCATGCCTTAG
AAAACCTAATTACTA
Found at i:122432 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 120194--122569 Score: 1321
Period size: 342 Copynumber: 7.0 Consensus size: 337
120184 TCTTAAAGAG
* * * * *
120194 TTTAGATTG-ATTTTTTTTCACTTTT-GTTTAAAACATATCGTAATTTGATGTTTGCA-TCGAGA
1 TTTAAATTGAATTTTTTTTCA-TTTTAG-TT-AAACAAATCATAATTTGATGTTTTCATTGGA-A
* * * * * * * * **
120256 AACATGAA-ATAAAAACCATCCACTAACAAGAATAGTCCATTTATAGTCA-CTCATACCTTCAAA
62 AACGTGAAGCT-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTCATGCCTTTGAA
* * * ** * * * *
120319 AGCCTAGTTACTCACTTTCAGCGGTTTTAT-ACCTTTACAAATGATTTTTGATTGGATTTTTATT
126 AGCTTAGTTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAAAC-TTATAAATGA-TTTTAATTGAATTTTT-TT
* * * * * * **
120383 TTTTTCTGATTAAAACATAAT-ATAATTTGATGTTTACATCGGAAAACATAAAGTGAAAGCCATC
188 TATTT-TGGTTAAAACA-GATCATAATTTGATGTTTGCATAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * * *
120447 TATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CAATAG-CTTCAAAAGCCTACTTGCTCGCATTAA
250 CATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AT-GCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAA
120510 AT-AGTTTTATAATCTTATAAATGA-
313 ATGA-TTTTATAATCTTATAAATGAT
* * *
120534 --T---TTG--TTTTTATT--TTTT-GTTAAAACATATTC-TAAGTT-AT-TATTTACATCAT-G
1 TTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTAGTT-AAACA-AATCATAATTTGATGT-TTT-CAT--TGG
* * * * * * *
120585 -AAACATGAAGCAAAAGTCATGCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTCGA
60 AAAACGTGAAGCTAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTCATGCCTTTGA
* * *
120648 AAGCTTTGTTACTCG-TTTTAAGTGGTTTTAT-AACTTTATAGATGATTTTAAATTAAATTTTTT
125 AAGCTTAGTTACTCGCTTTTAA-TGGTTTTATAAAC-TTATAAATGATTTT-AATTGAATTTTTT
* * ** * * * ** *
120711 TTATTTATGGTTAAAACAAATCATACTTCAATGTTTGCAT-TGAGAACCTAAAGTGAACGCCATC
187 TTATTT-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGGA-AACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * * * **
120775 CATTGACAAAAAAAGCCTCTTTATAGTCACTCATACCTTTGGAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAGC
250 CATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAAT
*
120840 GAATTTAT-ATCTTTATAAATGAT
315 GATTTTATAATC-TTATAAATGAT
* * * * * * **
120863 TTTAAGTTGAA-ATTTTTTCATTTTTGGTTAAACAGAA-AATAATTTGATGCTTGCATCAGAAAA
1 TTTAAATTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAAACA-AATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAA
* * *
120926 CGTGAAGC-AAGAGCCATCCATTGACAA-AAAA-ACCAGTTTTATAATCA-TTCATGCATTTGAA
64 CGTGAAGCTAA-AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA--TTTATAGTCATTTCATGCCTTTGAA
* * * * *
120987 AG-TCGAGTTACACAC-TTTAAGTGGTTTTATAATCTAATAAATGATTTTAATTGAATTTTTTTT
126 AGCT-TAGTTACTCGCTTTTAA-TGGTTTTATAAACTTATAAATGATTTTAATTGAATTTTTTTT
* * * * * * ** *
121050 CATTCTTGGTGAAACCAGATCATAATTTGATGCTTACATTGGGAA-GGGAAGC-AAAGCTATCCA
189 -ATT-TTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* *
121113 TTGACGAGAAAAGTCCT-TTTATTA-TCACTCATGCCTTCGAAAGCCTTA-TTACTTA-CTTTAA
252 TTGACAAAAAAAGT-CTATTTA-TAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTAC-TAGCTTTAA
* * *
121174 GTGATTTTATAATTTTATAAATAAT
313 ATGATTTTATAATCTTATAAATGAT
* * * *
121199 TTTGAATTGAAGTTTTTTTCATTTTTAGTTAAGACATATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAA
1 TTTAAATTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTTAA-ACAAATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAA
* * ** * * * * *
121264 CGTGAA-ATGAAAGCTATTTATTGACAAGAAAAATCTATTTATAGTCA-TTAATGTCTTAGAAAG
64 CGTGAAGCT-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTCATGCCTTTGAAAG
* * ** * * * *
121327 CCTAGTTGCTTTCTTTAAATGCTTTTATAATCTTATAAATTG-TTTTAAATTAGATTTTTTTTTC
128 CTTAGTTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAAACTTATAAA-TGATTTT-AATT-GAATTTTTTTT-
** * * * * *
121391 ATTTTTTTCTAAGAA-AGATCAT-ATATTGTTATTTGCATTAGGACACTTGAAGCAAAAACCATC
189 ATTTTGGT-TAA-AACAGATCATAAT-TTGATGTTTGCA-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * ** * * *
121454 AATTAACAACAAAAGT-TCATTTATAG-CTACTCATATCTTTGAAAGCC-ATGTCACTTGCTTTA
250 CATTGACAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTA-GTTACTAGCTTTA
*
121516 AGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGAT
312 A-ATGATTTTATAATC-TTATAAATGAT
* * * * * *
121542 TTTAAATAGAATTTGTTATCATTTTTAGTTAAAACATATCGTAATTTCATGTTTTCATT-GAGAA
1 TTTAAATTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGTT-AAACAAATCATAATTTGATGTTTTCATTGGA-AA
* * * * * ** *
121606 ACATGAAACGAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT-AACTCATGCCTTTAAAAG
63 ACGTGAAGCTAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTCATGCCTTTGAAAG
* * * *
121670 CCTT-GTTATTCAC-TTTAA-GCGAATTTAT-AACTTTATAAATGATTTCAAGTTG-ATTTTTTG
128 -CTTAGTTACTCGCTTTTAATG-G-TTTTATAAAC-TTATAAATGATTTTAA-TTGAATTTTTT-
* * * * * * * *
121730 GTCATTGTTGGTTAAAACAAATAATAATTTCATGTTTTCATCAAGAAACATAAAGCGAAAGCCAT
187 -TTATT-TTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * * * * * * *
121795 CCATTGATAAGAAAAGTCTATTTGTACTCACTCATGCTTTAGAAAGCCTAATTATTCGCTTTAAA
249 CCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAA
* *
121860 TGGTTTTATAATCTTGTAAATGAT
314 TGATTTTATAATCTTATAAATGAT
* * * * *
121884 TTTAAATTGATTTTTTTTTATATTTTAGTTAAA-ATAGTTCATAA-TTGTTTGTTTACATCT-GA
1 TTTAAATTGAATTTTTTTT-CATTTTAGTTAAACA-A-ATCATAATTTG-ATGTTTTCAT-TGGA
* * * * * * ***
121946 AAACGTAAAG-TGAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTAGAGT--TGCTCATGCCTACAA
61 AAACGTGAAGCTAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-TTCATGCCTTTGA
* * * * * * * ** *
122008 AAACCTAATGACTCGCTTTAAACGATTTTATAATGTTATAAATGAATTTCAATTGAATTTTTTTT
125 AAGCTTAGTTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAAACTTATAAATG-ATTTTAATTGAATTTTTTTT
* * * * * *
122073 ATTTTTGTTAAAACAGATCACAATTTGTTGTTTTCATCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCAACCAT
189 ATTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * * *
122138 TGATAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAAAACTTAGTTACTAGCTTTAAATTAT
253 TGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGAT
*
122203 TTTATAATCTTATAAATAACT
318 TTTATAATCTTATAAATGA-T
* *
122224 TTTAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTAGGTTGAAACAAATCATAATTTGTTATTTTCATTGGAAA
1 TTTAAATTGAA-TTTTTTTTCATTTTA-GTT-AAACAAATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAA
* * **
122289 ATGTGAAGCTAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTC-TGATTTTGAAAG
63 ACGTGAAGCTAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTCATGCCTTTGAAAG
*
122353 CTTAGTTACTTGCTTTTAATGGTTTTATAAACTTATAAATGATTTTACATTGAA-TTTTTTTATA
128 CTTAGTTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAAACTTATAAATGATTTTA-ATTGAATTTTTTTTAT-
* * * * ** * * *
122417 TTTGGTTAGAACAGATCAGAATTTGATATGTGCATTAAAAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTT
191 TTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * ** * ** * * *
122482 ACAAGAAAAGTCCAATTATAGTCAAGCATCCCTTAAAAATCCTAGTTACTCGCTCTAAAT-AGTT
255 ACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGA-TT
* * * *
122546 TTATAACCCTGTAAATGAA
319 TTATAATCTTATAAATGAT
122565 TTTAA
1 TTTAA
122570 TTTTTCTTTT
Statistics
Matches: 1564, Mismatches: 350, Indels: 243
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
327 4 0.00
328 85 0.05
329 44 0.03
330 103 0.07
331 9 0.01
332 1 0.00
333 1 0.00
334 10 0.01
335 8 0.01
336 82 0.05
337 55 0.04
338 218 0.14
339 152 0.10
340 58 0.04
341 143 0.09
342 380 0.24
343 206 0.13
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTAGTTAAACAAATCATAATTTGATGTTTTCATTGGAAAACG
TGAAGCTAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATTTCATGCCTTTGAAAGCTT
AGTTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAAACTTATAAATGATTTTAATTGAATTTTTTTTATTTTGG
TTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAA
AAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTAGCTTTAAATGATTTTATAAT
CTTATAAATGAT
Found at i:123031 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 122673--124982 Score: 1097
Period size: 170 Copynumber: 13.7 Consensus size: 166
122663 GTTGTCCACG
* * * * ** *
122673 ATTTTAAATTTAATATTTATTCAATTTTGGTTAAAACAGATTTTAA-TTGATGTTTGCATCAAGA
1 ATTTTAAATTGAAT-TTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGGA
* * *
122737 AACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
64 AACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* * * * *
122802 CCTAGTAACTCACTTTTAAT-AGTTTTATAATGTTATAAATG
129 CCTAGT-AGTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA--TCATAAATA
* * * *
122843 AGTTTAACTTGAA-TTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTAGCACTAGGAA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGGAA
* * **
122907 ATGTGAAGTGACAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTAT-AAAAG
65 ACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCT-TCAAAAG
* *
122971 CCTAGTAGTTGCTTTAACTGATTTTATAATCATGGAAATA
129 CCTAGTAGTCGCTTTAAATGATTTTATAATCAT--AAATA
* * * * * *
123011 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTGGTTAGAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGAAAA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAA
* * * * * * *
123076 CCGTGATGCG-AAGCCATCCACTAACTAGAAAAGTCCATTTATAG-CTATTCAT-CATTTCAAAA
66 -CGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATGC-CTTCAAAA
* * * * * *
123138 TCTTGGTTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTTATAAATA
128 GCCTAG-TAGTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATC--ATAAATA
* * * * * **
123180 AGTTTAGATTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTT-ATTGTTTGCA-AT
1 ATTTTAAATTGAA--TTTTTTTT-AATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATA-
* ** ** *
123243 GGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCA-CAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT
61 GG-AAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * *
123307 GAAAGCCTAGTTAGTCGCTTTAAGT-AGTTTTATAACTTTATAAATG
124 AAAAGCCTAG-TAGTCGCTTTAAATGA-TTTTATAA--TCATAAATA
* * * * *
123353 ATTTTTAATTGAATTTTTATTT-ATTTCTAGTTAAAATAAATCATAATTTGATTTTTGCATCAAG
1 ATTTTAAATTGAATTTTT-TTTAATTT-TGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGG
* * * * * ** *
123417 AAACGTGAAATGAAAGCAATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTAATTTCTTCAATA
63 AAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
** * * * * *
123482 GTGTACTTGATCACATTAAATGTTTTTATAATC-T---T-
128 GCCTAGTAG-TCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAAATA
* * * * *
123517 A---TAAA-TG-A--TTTTTTAATATTTGATTAAAATAGATCATAA-AT--TGTTTGTATCGTGT
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAAT-TTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAG-GA
* * * * *
123572 AATGTGAA--GAAAGTCATCCGTTGACAAGAAATGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
64 AACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* * * * * * * * *
123635 TCGT-GTTGCTCACTTTGAGTGGTTTTATAAGTTTATAGATG
129 -CCTAGTAG-TCGCTTTAAATGATTTTATAA--TCATAAATA
* *
123676 ATTTTAAATT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCACAATTTGATGTTTGCATTAGG
1 ATTTTAAATTGAA-TTTTTTTT-AATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGG
** ** * * *
123740 AAACGCAAAACGAAAGTCAT-CATTGACAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACTC-TCGCCTTTAAA
63 AAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-GCCTTCAAA
*** * * * ** * * * *
123803 ATATTTGTTATTGGCTTTAAGCGGTTTAATAAATTTATATATA
127 AGCCTAG-TAGTCGCTTTAAATGATTTTAT-AA-TCATAAATA
* * * * * * **
123846 ATTTTAAAATGAATTTTTATTCATTTTCAGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCACCGAGA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTT-GGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAG-GA
** * * * *
123911 AACAAGAAGTGAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCCTT--AAA
64 AACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CCTTCAAAA
* *
123974 GCCTAGTTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTTATAAATA
128 GCCTAGTAG-TCGCTTTAAATGATTTTATAA--TCATAAATA
* * * ** * * * *
124016 ATTTTAAATTGAAATTTTCTTATTTTTCATTAAAATAAATCATAGTTTGTTGTTTTCATTGAGG-
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCA-T-AGGA
* * * * * *
124080 AACGTGAAGTGAAAACCACCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATGCCTTCGAACG
64 AACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
124145 CCTTA-TTGCTCGCTTTTAGTGGTTTTATAACTTTAGAAATG
129 CC-TAGTAG-TCGCTTTAAATGATTTTATAA--TCATAAATA
* * *
124186 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAGATCGTAATTTGATGTTTGCATCTA
1 ATTTTAAATTGAA--TTTTTTTT-AATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCA--TA
* *** * * * * *
124251 -GAAACATGAAACAAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAA
61 GGAAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
* * * * * **
124315 AAGCC-ACCTTACTGGCTTTAAGTTG-TTTTATAACTTTATAAACG
126 AAGCCTA--GTAGTCGCTTTAA-ATGATTTTATAA--TCATAAATA
* * * * * * * * *
124359 ATTTTAAGTTGAATTTTTCTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAATTGTTGTTTGTATCAGGAA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-AGGAA
* * * ** * ** * * * * *
124424 ACATAAAGAGAAAGCCATTTATTGTCAAGAAAAGTCCATCCATATTCATTTAAGCC-CCTAAAAG
65 ACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC-AAAAG
* * * * * ** * * * *
124488 CTTTATTACTTGCTCTATGTGGTTTTATAACTTTACAAATC
129 C-CTAGTAGTCGCTTTAAATGATTTTATAA--TCATAAATA
* * * *
124529 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGGAA
* * ** * * * *
124593 TCATGCAA-CAAAAGCTATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTGTAATCACTCATGCCTT-AGAAA
65 ACGTG-AAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA-AAA
* * * * * *
124656 ACTTAGTTACTCACTTTAAAT-AGTTTAATAATCTTATAAATG
128 GCCTAG-TAGTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATC--ATAAATA
* * ** * * *
124698 ACTTTAAAATG-ATTTTTTTT-ATTCTTGGTTAAAGCAAAT-AT-ATTTTATTGCTTGCATTA-G
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATT-TTGGTTAAAATAGATCATAATTTGA-TGTTTGCA-TAGG
* ** * * ** *
124758 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAAAGTCTATTTATAAACACTCATGCCTTCGAAA
63 AAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAA
* * * * *
124823 GCTCAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATA
128 GC-CTAGTAGTCGCTTTAAATGATTTTATAATC--ATAAATA
* * * * * * * * * *
124865 GGTTTAAAATTGAATATTTCTCAATTTTGGTTAAAA-AGATTATAATTTGGTATTTTCATTGGAA
1 -ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGG-A
* * * * *
124929 AACGTGAAGCGAAAGCCAACCGTTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT
64 AACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
124983 TGTAACAACC
Statistics
Matches: 1637, Mismatches: 388, Indels: 230
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
152 64 0.04
153 2 0.00
154 16 0.01
155 1 0.00
156 4 0.00
157 21 0.01
158 3 0.00
159 2 0.00
160 2 0.00
161 3 0.00
162 4 0.00
163 2 0.00
164 1 0.00
165 1 0.00
166 30 0.02
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174 6 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
ATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAGGAAA
CGTGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCC
TAGTAGTCGCTTTAAATGATTTTATAATCATAAATA
Found at i:124455 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 123846--124650 Score: 845
Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 339
123836 TTTATATATA
* * * * *
123846 ATTTTAAAATGAATTTTTATTCATTTTCAGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCACCGAGA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTGA-TTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCTAGA
* *** * ** * *
123911 AACAAGAAGTGAATGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCCTTAAAGC
65 AACATGAAACAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAAAGC
* * * *
123976 CTAGTTGCTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTTATTT
130 CTACTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTTATAAACAATTTTAAATTGAAATTTTCTCATTT
* ** * * * *
124041 TTCATTAAAATAAATCATAGTTTGTTGTTTTCATTGAGGAACGTGAAGTGAAAACCACCCATTGA
195 TTCATTAAAACAAATCATAAATTGTTGTTTTCATTCAGGAACATAAAGAGAAAACCACCCATTGA
* ** * * * * * *
124106 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTCATG-CCTTCGAACGCCTTATTGCTCGCT-TTTAGTGGTT
260 CAAGAAAAGTCCATCCATAGTCATTCAAGCCCCT-AAAAGCCTTATTACTCGCTCTAT-GTGGTT
* *
124169 TTATAACTTTAGAAATG
323 TTATAACTTTACAAATC
* * *
124186 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAGATCGTAATTTGATGTTTGCATCTA
1 ATTTTAAATTGAA--TTTTTTTTCA-TTTTGATTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCTA
* * *
124251 GAAACATGAAACAAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAAA
63 GAAACATGAAACAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTT-AA
* * * * *
124316 AGCC-ACCTTACTGGCTTTAAGTTG-TTTTATAACTTTATAAACGATTTTAAGTTGAATTTTTCT
127 AGCCTA-CTTACTCGCTTTAA-ATGATTTTATAACTTTATAAACAATTTTAAATTGAAATTTTCT
* *
124379 CATTTTT-AGTTAAAACAGATCATAAATTGTTGTTTGT-A-TCAGGAAACATAAAGAGAAAGCCA
190 CATTTTTCA-TTAAAACAAATCATAAATTGTTGTTT-TCATTCAGG-AACATAAAGAGAAAACCA
*** * * * * *
124441 TTTATTGTCAAGAAAAGTCCATCCATATTCATTTAAGCCCCTAAAAGCTTTATTACTTGCTCTAT
252 CCCATTGACAAGAAAAGTCCATCCATAGTCATTCAAGCCCCTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAT
124506 GTGGTTTTATAACTTTACAAATC
317 GTGGTTTTATAACTTTACAAATC
* *
124529 ATTTTAAGTT-AATTTTTTTTCATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCAT-TAGGA
1 ATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTGATTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCTA-GA
* * * * * *
124592 ATCATGCAACAAAAGCTATCCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTGTAATCACTCATGCCTT
65 AACATGAAACAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTT
124651 AGAAAACTTA
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 69, Indels: 25
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 2 0.01
339 86 0.22
340 22 0.06
342 95 0.25
343 171 0.45
344 8 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTGATTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCTAGAA
ACATGAAACAAAAGCCATCAATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAAAGCC
TACTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAACTTTATAAACAATTTTAAATTGAAATTTTCTCATTTT
TCATTAAAACAAATCATAAATTGTTGTTTTCATTCAGGAACATAAAGAGAAAACCACCCATTGAC
AAGAAAAGTCCATCCATAGTCATTCAAGCCCCTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTATGTGGTTTTA
TAACTTTACAAATC
Found at i:124617 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 122672--124909 Score: 1346
Period size: 512 Copynumber: 4.4 Consensus size: 504
122662 TGTTGTCCAC
* * * * * ** *
122672 GATTTTAAATTTAA-TATTTATTCAATTTTGGTTAAAACAGATTTTAA-TTGATGTTTGCATCAA
1 GATTTTAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-TA
** * * * *
122735 GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAA
65 GAAACATGAAACAAAAGCCAT-CATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAAA
* * ** * * * * *
122800 AGCCTAGTAACTCACTTTTAA-TAGTTTTATAATGTTATAAATGAGTTTAACTTGAATTTTT-TT
129 AGCC-AATTACTGGC-TTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTTTCTC
* * * * * * *** * * *
122863 AATTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGTTGTTAGCACTAG-GAAATGTGAAGTGACAGCCATCC
191 ATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAATTGATGTTTGCAC-AGAGAAACAAGAAGAGAAAGCCATCA
** * ** * * * * *
122927 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTATAAAAGCCTAG-TAGTTGCTTTAACTG
255 ATTGACAAGAAAAGTCCATCCATTGTCACTTAAGCC-CTAAAAGCCTAGTTACTCGCTCTAAATG
* ** * * ** * *
122991 ATTTTATAA-TCATGGAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTTCA-TTTTGGTTAGAACATATCAT
319 ATTTTATAACT-TTACAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTT-ATTTTTCATTAAAACAAATCAT
* * * * * * * * *
123054 AATTTGATGTTTGCATCGA-AAACCGTGATGCGAAGCCATCCACTAACTAGAAAAGTCCATTTAT
382 AATTTGATGTTTGCATTGAGGAA-CATGAAGCAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
123118 AG-CTATTCAT-CATTTC-AAAATCTTGGTTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTTATAAAT
446 AGTC-ACTCATGC-CTTCGAAGA-CTT-ATTGCTCACTTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAAT
* * * * * ** *
123179 AAGTTTAGATTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGGCTAAAACAGATTGTAATTT-ATTGTTTGCAAT
1 GATTTTAAATTGAA-TTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATT
* * ** * *
123243 GGAAA-ATGTGAAGCAAAAGCCATCCA-CAAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
64 AGAAACA--TGAAACAAAAGCCAT-CATTGA-CAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTT
* * * * * * *
123306 TGAAAGCCTAGTTAGTCGCTTTAAGTAGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTTAATTGAATTTTT
125 TAAAAGCC-AATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTTT
* * * * * * * **
123371 ATTTATTTCTAGTTAAAATAAATCATAATTTGATTTTTGCATCA-AGAAACGTGAA-ATGAAAGC
188 -CTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAATTGATGTTTGCA-CAGAGAAACAAGAAGA-GAAAGC
* * * ** ** ** * * ** * *
123434 AATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAATCAC-TAATTTCTTCAATAGTGTACTTGA-TCACA
250 CATCAATTGACAAGAAAAGTCCATCCATTGTCACTTAA-GCCCT-AAAAGCCTAGTT-ACTCGC-
* * * * *
123497 T-TAAATG-TTTT-T-A---T---AAT-CTTATAAA-TG--ATTTT-TTAATATTTGATTAAAAT
311 TCTAAATGATTTTATAACTTTACAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTT-ATTTTTCATTAAAAC
* * * * * * ** ** * *
123547 AGATCATAA-AT--TGTTTGTATCGTGTAATGTGAAG-AAAGTCATCCGTTGACAAGAAATGTCC
375 AAATCATAATTTGATGTTTGCATTGAGGAACATGAAGCAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
123608 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCGTGTTGCTCACTTTGAGTGGTTTTATAAGTTTATAG
440 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCG-AAGACTTATTGCTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAA
123673 AT
503 AT
*
123675 GATTTTAAATT-AATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCACAATTTGATGTTTGCATTAG
1 GATTTTAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATTA-
*** * * * *
123739 GAAACGCAAAACGAAAGTCATCATTGACAAGAAAAGGCCATTTATAGTCACTC-TCGCCTTTAAA
65 GAAACATGAAACAAAAGCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCAT-GCCTTTAAA
***** * * * * * *
123803 ATATTTGTTATTGGCTTTAAGCGGTTTAATAAATTTATATATA-ATTTTAAAATGAATTTTTATT
129 A-GCCAATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTAT-AATTTATA-AAAGATTTTAAATTGAATTTTT-CT
* * * * * *
123867 CATTTTCAGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCACCGAGAAACAAGAAGTGAATGCCATCA
190 CATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAATTGATGTTTGCACAGAGAAACAAGAAGAGAAAGCCATCA
** * * * *
123932 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATGCCCTTAAAGCCTAGTTGCTCGCTTTAAATGA
255 ATTGACAAGAAAAGTCCATCCATTGTCACTTAAGCCCTAAAAGCCTAGTTACTCGCTCTAAATGA
* * *
123997 TTTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTTATTTTTCATTAAAATAAATCATAGT
320 TTTTATAACTTTACAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTTATTTTTCATTAAAACAAATCATAAT
* * * * * *
124062 TTGTTGTTTTCATTGAGGAACGTGAAGTGAAAACCACCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGT
385 TTGATGTTTGCATTGAGGAACATGAAG-CAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * *
124127 CATTCATGCCTTCGAACGCCTTATTGCTCGCTTTTAGTGGTTTTATAACTTTAGAAAT
449 CACTCATGCCTTCGAA-GACTTATTGCTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAAT
* *
124185 GATTTTAAATTGAATTTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAATAGATCGTAATTTGATGTTTGCATCT
1 GATTTTAAATTGAA-TTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCAT-T
*
124250 AGAAACATGAAACAAAAGCCATCGATTGATAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAA
64 AGAAACATGAAACAAAAGCCATC-ATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAA
* * * *
124315 AAGCCACCTTACTGGCTTTAAGTTGTTTTATAACTTTATAAACGATTTTAAGTTGAATTTTTCTC
128 AAGCCA-ATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAA-TTTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTTTCTC
* * *
124380 ATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAATTGTTGTTTGTATCAG-GAAACATA-AAGAGAAAGCCATT
191 ATTTTTAGTTAAAACAGATCATAAATTGATGTTTGCA-CAGAGAAACA-AGAAGAGAAAGCCATC
* * * * * *
124443 TATTGTCAAGAAAAGTCCATCCATAT-TCATTTAAGCCCCTAAAAGCTTTA-TTACTTGCTCTAT
254 AATTGACAAGAAAAGTCCATCCAT-TGTCACTTAAG-CCCTAAAAGC-CTAGTTACTCGCTCTAA
* * * * * * ** *
124506 GTGGTTTTATAACTTTACAAATCATTTTAAGTT-AATTTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACATATC
316 ATGATTTTATAACTTTACAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTT-ATTTTTCATTAAAACAAATC
* *
124569 ATAATTTGATGTTTGCATT-AGGAATCATGCAA-CAAAAGCTATCCATTGAGAAGAAAAGTCCAT
380 ATAATTTGATGTTTGCATTGAGGAA-CATG-AAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
124632 TTGTAATCACTCATGCCTTAGAAAACTTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTAATAATCTTATAAAT
442 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAGACTTA-TTGCTCACTTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAAT
* * * ** * * *
124697 GACTTTAAAATG-A-TTTTTTTT-ATTCTTGGTTAAAGCAAAT-AT-ATTTTATTGCTTGCATTA
1 GATTTTAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATTA
* * * * * **
124757 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAATAAAAGTCTATTTATAAACACTCATGCCTTCGAA
65 GAAACATGAAACAAAAGCCAT-CATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAAA
** * * * *
124822 AGCTCAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATAGGTTTAAAATTGAATATTTCTC
129 AGC-CAATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAAT-TTATAAA-AGATTTTAAATTGAATTTTTCTC
* * *
124887 AATTTTGGTTAAAA-AGATTATAA
191 ATTTTTAGTTAAAACAGATCATAA
124910 TTTGGTATTT
Statistics
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GATTTTAAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG
AAACATGAAACAAAAGCCATCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAATCACTCATGCCTTTAAAAG
CCAATTACTGGCTTTAAGTGGTTTTATAATTTATAAAAGATTTTAAATTGAATTTTTCTCATTTT
TAGTTAAAACAGATCATAAATTGATGTTTGCACAGAGAAACAAGAAGAGAAAGCCATCAATTGAC
AAGAAAAGTCCATCCATTGTCACTTAAGCCCTAAAAGCCTAGTTACTCGCTCTAAATGATTTTAT
AACTTTACAAATAATTTTAAATTGAAATTTTCTTATTTTTCATTAAAACAAATCATAATTTGATG
TTTGCATTGAGGAACATGAAGCAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
GCCTTCGAAGACTTATTGCTCACTTTAAGTGGTTTTATAATTTATAAAT
Found at i:127455 original size:18 final size:19
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127422 GTAATAGGTA
*
127432 AAAATAATATTTTTA-AAT
1 AAAATAATATTTTAAGAAT
127450 AAAATAATATTTTAAGAAT
1 AAAATAATATTTTAAGAAT
127469 AAAATA
1 AAAATA
127475 TCATTAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
AAAATAATATTTTAAGAAT
Found at i:137248 original size:170 final size:167
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Indices: 136982--137405 Score: 444
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 167
136972 TTTAATTATA
* * * * * * * *
136982 ATTTTTTTCATTTTTGGTCAAAACAAATCATAATTTGTTGTTTGCATCGGGAAACGT-TAA-GTA
1 ATTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGCTTGCATCGAGAATCATGCAACG--
* * * * *
137045 AAAGCTATCTATTAGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAAGTATTGTTACTC
63 AAAGCTATCCATTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTC
* *
137110 ACTTTAAGTGATTTTATACCTTTA-CAATGGATTTAAACATAATG
128 ACTTTAAGT-AATTTATACCTTTATAAAT-GATTTAAA-AT--TG
* * **
137154 -TTTTTTTCATTTTTGTT-AAACGATATCATAATTTGATGCTTGCATTGAGAATTGTGCAACGAA
1 ATTTTTTTCATTTTGGTTAAAAC-ATATCATAATTTGATGCTTGCATCGAGAATCATGCAACGAA
* * * * * *
137217 AGCTATCCATTGGCAAAAAAAGTCTATTTATATTCACTCATGCCTTCGAAAGCATTATTACTCAC
65 AGCTATCCATTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCAC
*
137282 TTTAAGTAATTTATACCTTTATAAATGATTTTAAATTG
130 TTTAAGTAATTTATACCTTTATAAATGATTTAAAATTG
* * *
137320 AATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCGGGAATCATGCAATGAA
1 -ATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGCTTGCATCGAGAATCATGCAACGAA
* *
137385 AGCTATCCATTAACAAGAAAA
65 AGCTATCCATTAGCAAAAAAA
137406 GTTCATTTGT
Statistics
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172 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
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ATTTTTTTCATTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGCTTGCATCGAGAATCATGCAACGAAA
GCTATCCATTAGCAAAAAAACTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCATTATTACTCACT
TTAAGTAATTTATACCTTTATAAATGATTTAAAATTG
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Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
138320 TTTGCATGAA
** ** * *
138330 AAATATGAAGCAAAAGACGTTTATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAA
1 AAATATGAAGCAAAAGAAATCCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
* * * * * *
138395 GCCTAATTACTTGCTTCAAATGATTTTGTATTCTGATAACTAATTTTAAATCAA-TTTTTTTTAA
66 GCCTAATTACTTGCCTCAAATGATTTTATAATCTAATAAATAATTTGAAATCAATTTTTTTTTAA
*
138459 TTTCTGGTTAGCATTGGTCATAATTGGGTGTTTGCATTAGG
131 TTTCTGATTAGCATTGGTCATAATTGGGTGTTTGCATTAGG
* * **
138500 AAATATGAAGCAAAAGAAATCCATTGATAAGATAA-GTCCATTTATAGTCACTTTTGCCTTCGAA
1 AAATATGAAGCAAAAGAAATCCATTGACAAGA-AATATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * * * *
138564 ATCCTAGTTACTTGCACT-AAATGATTTTATAATCTAATAAATGATTTGAGATGAATTTTTTTTT
65 AGCCTAATTACTTGC-CTCAAATGATTTTATAATCTAATAAATAATTTGAAATCAATTTTTTTTT
*
138628 TATTTCTGATTAG
129 AATTTCTGATTAG
138641 AATAGATTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40
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AAATATGAAGCAAAAGAAATCCATTGACAAGAAATATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAA
GCCTAATTACTTGCCTCAAATGATTTTATAATCTAATAAATAATTTGAAATCAATTTTTTTTTAA
TTTCTGATTAGCATTGGTCATAATTGGGTGTTTGCATTAGG
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Alignment explanation
Indices: 137518--140416 Score: 1384
Period size: 171 Copynumber: 17.1 Consensus size: 170
137508 ACCAGAAAAG
* * * * * *
137518 TTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATTGTTACCCACTTTAAGTAATTTTATACAT-TTATAA
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTC-TAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATA-ATCTTATAA
** * * * * *
137581 ATGATTTTAAATTTAATTTAATTTTTCATTTTTAATTAAAACATA-TCATAATTTGATGTTTGCA
64 ATGATTTTAAATCAAAATT--TTTTT-ATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCA
* * * * * *
137645 TTGGGAAACTTGAAGCAAAGGCTATGCTTTGACAAGAAAAGTCCAC
126 TT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
137691 TTGTAGTCAAC-CAT-ACCTTTAACAAG-CTTGTTATTCGCTTTAAGTGGTTTTCTAAAT-TTAT
1 TTATAGTC-ACTCATGA-CTTCAA-AAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTAT-AATCTTAT
* * * *
137752 AAATGATTTTAAATTC--AATTGATTTTCATATT-TAGTTAAAACA-AATCATAATTTGATGCTT
62 AAATGATTTTAAA-TCAAAATT--TTTTTAT-TTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTT
** * * * *
137813 GCAAGAGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCTATTGGCAAG-AAAGTCCACT
123 GC-ATTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-T
** * *
137862 TT-TAGTCACTCATG-CTTTTGAAAG-CGTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTATAA
1 TTATAGTCACTCATGAC-TTCAAAAGTC-TAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
* * * * * * *
137924 ATGATTTTAAGTTAAATTTTATTTTCATTTTTCA-TTAAATCAGA-TCATAGACT--ATTGTTTT
64 ATGATTTTAAATCAAAATTT-TTTT-ATTTCT-AGTTAAAACAGATTCATA-ATTGGA-TGTTTG
* ** * *
137985 CATTGAGAAACGTGAAATACAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCAT
124 CATTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
138033 CTATAGTCACTAATGCCTTTC-AAAG-CATTA-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTAT
1 TTATAGTCACTCATGAC-TTCAAAAGTC--TAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATC-TTAT
* ** * * * * *
138094 AAATGATTTTAGAT-TGATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAATAGA-TCATAATT-G-T-TTTGTAT
62 AAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCAT
** * * * * * *
138154 CAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATGCATTGATAGGAAAAATCAAT
127 -TGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
138199 TTATAGTGACTTATGTC-TCTAAAAGCCTAGTTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTTACAAA
1 TTATAGTCACTCATGACTTC-AAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAA
* * * ** * * * *
138263 TGAGTTTCAATTTAATTTTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATA-TCTTAATTTGATGTTTGCA-
65 TGA-TTTTAAATCAAAATT-TTTTT-ATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCAT
* * * * **
138326 TGAAAAATATGAAGCAAAAGACGTTTATTGACAAGAAATA-TCCAT
127 TG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCAT
* * * * * ** * * * * *
138371 TTATAGTCGCTCATGTCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTTCAAAT-GATTTTGTATTCTGATAAC
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTTATAAA
* * * ** ** * *
138435 TAATTTTAAATC-AATTTTTTTTAATTTCTGGTTAGCATTG-GTCATAATTGGGTGTTTGCATTA
65 TGATTTTAAATCAAAATTTTTTT-ATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCATT-
* ** * *
138498 GGAAATATGAAGCAAAAGAAATCCATTGATAAGATAAGTCCAT
128 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
** * * *
138541 TTATAGTCACTTTTGCCTTCGAAA-TCCTAGTTACTTGCAC--TAAAT-GATTTTATAATCTAAT
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGT-CTAGTTAC-T-CACTTTAAATAG-TTTTATAATCTTAT
* * * ** * * * *
138602 AAATGATTTGAGATGAATTTTTTTTTTATTTCT-GATTAGAATAGATT-GTAATTGGATGTTTAC
62 AAATGATTTTAAATCAA-AATTTTTTTATTTCTAG-TTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGC
* * ** * * *
138665 ACTGAGAAACATAAAGTGAAAGTCATCCATTAACAAGAAAAGCCCAT
125 ATTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
138712 TTATACTCATTAATG-CATT-AGAAAGCCTAGTTGCTCGCTTTAAATAG-TTTATAATCTTATAA
1 TTATAGTCACTCATGAC-TTCA-AAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
* * *
138774 ATCATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTTTAGTTAAAACA-ATTCATAATTGGATGTTTGCATT
64 ATGATTTTAAATCAAAATT-TTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCATT
* * *
138838 GGTAACTATGAAGCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
128 GGAAAC-ATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
138882 TTATAATCACTCTTGACTTCAAAAGTTTAGTTACTCACTTTAATTAGTTTTATAATCTTCTAAAT
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAT
* * * * **
138947 GATTTAAAATCAAAATTATTTTTATTTCTAATTAAAACA-ATTCATTATTGGATGTTTTCATCAA
66 GATTTTAAATCAAAATT-TTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCAT-TG
* ** * *
139011 GAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATGGATAAGAAAAGTCCAT
129 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
139053 CTATAGTCACTCAT-ACCTCCAAAAG-CATTGTTATTCACTTTAAATCA-TTTTAAAATCTCATA
1 TTATAGTCACTCATGA-CTTCAAAAGTC-TAGTTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATA
* * * * * *
139115 AATGATTTTAAAAT-GAACTTTTTTTCATTT-TAGGTTCAACCAGA-TCATAATT-TATTGTTTA
63 AATGATTTT-AAATCAAAATTTTTTT-ATTTCTA-GTTAAAACAGATTCATAATTGGA-TGTTTG
* * *
139176 CATTAGGAAACATTAGGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTCCAT
124 CATT-GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * * *
139224 TTATAGTGACTTATGCCTCCAAAAATCTA-TGCACTTACTTTCAATGGTTTTATAATCTTAAAAA
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTCTAGT-TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAA
* * ** * * * * *
139288 TGAGTTTCAAT-TGAATTTTTTTCCCACTTT-T-GTTTAAAACAGA-TCCTAGTTTGAAGTTTAC
65 TGATTTTAAATCAAAATTTTTTT---A-TTTCTAG-TTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGC
* * *
139349 ATT-GAAAAATACGAAACGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
125 ATTGGAAACAT--GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * *
139396 TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGTCTAATTACAT-TCTTTAAATGGTTTTTTAATCTAATAAA
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTCTAGTTAC-TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAA
* * * * * * **
139460 TGATTTCAAATCAAAATATTTTTATTTCTAATTAGAACATA-TCATAATTGCATGTTTGCATCAA
65 TGATTTTAAATCAAAATTTTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCAT-TG
* * * *
139524 GAAACATGAAACAAAAGCTATCCATTGACAATAAAAGTCTAT
129 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
139566 TTATAGTCACTCGT-ACTTTCGAAAA-CCTAGTTGCTCGCTTTAAA-AGGTCTTATAGTCTTATA
1 TTATAGTCACTCATGAC-TTC-AAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATA-GTTTTATAATCTTATA
* * ** *
139628 AATAAATTTAAAT-TGAATTTTTTTCATATT-T-GTTAAAACAGA-TCATAATTTGATGTTTGCA
63 AATGATTTTAAATCAAAATTTTTTT-AT-TTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCA
* * * *
139689 CTAGGAAATGA-GAAGCAAAAAG-C-T--A-T--C---AAAACTCTAT
126 -TTGGAAA-CATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
139726 ATATAGTCACTTATGCCTTCAAAAGACTAGTTACTCATTTTAAATAG-TTTATAATCTTATAAAT
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAT
* * * * * ** *
139790 AATTTTAAATCAAAATTATTTTTATTTTTTGTTAGAACAGA-TCATAATTAGATGTTTTTATTAA
66 GATTTTAAATCAAAATT-TTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCATT-G
* *
139854 GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTACAT
129 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * *
139896 TTATAGTCACTAAT-ACCTTCGAAAGTCTAGTTACTCACTTTAACTAGTTTTAAAATCTTATAAA
1 TTATAGTCACTCATGA-CTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAA
* * * * *
139960 TAATTTTAAATCGAAATTGTTTTCATTTCTAGTTAAAACATA-TCATAATTGCAT-TTTGCATTA
65 TGATTTTAAATCAAAATT-TTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCATT-
* * *** * *** *
140023 AGAAACGTGAAATGAAAGCTATATGTTGACAAGAAAAGTCCTT
128 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * * * *
140066 TTATAGTCACTCATGCCTCCAGAAG-CATTGTTACTCGCTATAAATCA-TTTCAAAATCTCATAA
1 TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTC-TAGTTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAA
** * * * * *
140129 ATGATTTTAAAAT-GTATTTTTTTTCATTT-TATGTTCAAATATA-TCATAATT-TATTGTTTGC
64 ATGATTTT-AAATCAAAATTTTTTT-ATTTCTA-GTTAAAACAGATTCATAATTGGA-TGTTTGC
** ** * *
140190 ACCGAGAAATGTAAAGCAAAAGCCATCCATT-AGGAAGAAAAGTCCAT
125 ATTG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCAT
* * * * * * *
140237 TTATAGTCACTTAT-ACCTTCAATAAG-CTTGTTACCCTCTTTAAGTAGTTTTTTAACCTTATAA
1 TTATAGTCACTCATGA-CTTCAA-AAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAA
** * * * * **
140300 ATGATTTTAAAT-TGAGTTAATTTTCATTTTTGGTTAAAACAGA-TCATAATAT-GATGTTCACA
64 ATGATTTTAAATCAAAATT--TTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAAT-TGGATGTTTGCA
* * * * *
140362 TTTAGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTGACAAG-AAAGTCTAC
126 -TTGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
140407 TTATAGTCAC
1 TTATAGTCAC
140417 ACATTTTTTA
Statistics
Matches: 2098, Mismatches: 478, Indels: 303
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 30 0.01
160 53 0.03
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162 1 0.00
163 1 0.00
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168 6 0.00
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174 8 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTATAGTCACTCATGACTTCAAAAGTCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAAT
GATTTTAAATCAAAATTTTTTTATTTCTAGTTAAAACAGATTCATAATTGGATGTTTGCATTGGA
AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT
Found at i:142159 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 141861--142753 Score: 731
Period size: 169 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
141851 ATCTTAAAGT
* ** *
141861 GAAAGCCTAGTGACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAA-TTTTT
* * * *
141926 TTCTATTTTTGGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCCTT-GAGAAACATAAAGTGAAAGCC
65 TTC-ATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATAAA-CGAAAGCC
**
141990 ATCCATTGACAAGAAAAATCCACCTATAGTCACTCATGCCTTC
127 ATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * *
142033 GAAAGTCTAGTTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTT-AATTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAATTTTTT
* * *
142097 TCATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAACGAAAGCCATT
66 TCATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACAT-AAACGAAAGCCATC
* * * * *
142162 CATTAACAAGAAAAATCTATTTATCA-TCACTTATACCTTT
130 CATTGACAAGAAAAATCCATTTAT-AGTCACTCATGCCTTC
* * * * * * * *
142202 GAAAGCCTAATAACTTACTTTAAATCGTTTTATACTCTTATAAATGA-TTTTAAATCAATTTTTT
1 GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAA-TTTTT
* * * ** * * * * * * *
142266 TTCATTTTT-GTTAAAATAGATTATAATTGGACATTTGAATTTGAAAACGTCAAGCAAAAGTCAT
65 TTCATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACAT-AAACGAAAGCCAT
* * * * *
142330 CCATTAACAAG-AATAGCCTAGTTATAGTCACTCATGCCTTT
129 CCATTGACAAGAAAAATCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * * * *
142371 AAAAACCTTGTTAGTTGTTTTAAATGGTTTTATAA-CTTAGTAAATGATTTTAAATTG-ATTTTT
1 GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTA-TAAATGAGTTTCAATTGAATTTTT
* ** * * *
142434 TTCATTTTCGGTTAAAACTTG-TCATAATTTGATGTTTACATTGGGAAACA-AGAAGCAAAAGCC
65 TTCATTTTTGGTTAAAA-AAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATA-AA-CGAAAGCC
* * ** * * * *
142497 ATCCGTTGA-TAGAAATGTCCATTTATAG-CGAGTTATACCTCC
127 ATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTC
* *
142539 GGAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGG-TTTACAATCTTA-ATAATGAGTTTCAATTGAATTGTT
1 GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATA-AATGAGTTTCAATTGAATT-TT
* * * * *
142602 TTTTATTTTTGGTTAAAACAA-ATCCTAAATTGATGTCT-CTATTAGGACATACA-AAGCGAAAG
64 TTTCATTTTTGGTTAAAA-AAGATCATAATTTGATGTTTGC-ATTAGGA-A-ACATAAACGAAAG
** * * *
142664 TTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCATTC
125 CCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * * *
142709 GGAAGCCTATTTACTTACTTTAAATGGTTTTCTAATCTAATAAAT
1 GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAAT
142754 TGTAACAGCC
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 123, Indels: 55
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 21 0.04
168 71 0.12
169 324 0.57
170 85 0.15
171 24 0.04
172 45 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
GAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAATTTTTT
TCATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATAAACGAAAGCCATCC
ATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
Found at i:142247 original size:436 final size:437
Alignment explanation
Indices: 141423--142256 Score: 1191
Period size: 436 Copynumber: 1.9 Consensus size: 437
141413 CTTATGCCTC
* *
141423 TGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTTG
1 TGAAAGCCTAGTGACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTTG
*
141488 TTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCATTGAGAAATATGAAACAAAAGC
66 TTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAACAAAAGC
** * * * * * *
141553 CATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCATGCTTTTGAAAGCATATTTTCTTATTTT
131 CATCCATTGACAAGAAAAATCCACCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATAGTTGCTCACTTT
* * * *
141618 AAATGATTTTATAATCTGATAAATAATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTGGTTAGAACAGGTC
196 AAATGATTTTATAATCTGATAAATAAGTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAGATC
* * * * *
141683 ATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGTCTATTT
261 ATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAACGAAAGCCATCCATTAACAAAAAAAGTCTATTT
* * * *
141748 ATAGTCACTCTTGCTTTCGAAACCATAGTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAAATGA
326 ATAGTCACTCTTCCTTTCGAAACCATAATAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAAATGA
141813 TTTTAAATAAAAAATTATTTTATTTATGGTCAAAATAGATCTTAAAG
391 TTTTAAATAAAAAATTATTTTATTTATGGTCAAAATAGATCTTAAAG
141860 TGAAAGCCTAGTGACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTT-
1 TGAAAGCCTAGTGACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTTG
* * **
141924 TTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCCTTGAGAAACAT-AAAGTGAAAG
66 TTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAA-CAAAAG
*
141988 CCATCCATTGACAAGAAAAATCCACCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTC-TAGTTGCTCGCT
130 CCATCCATTGACAAGAAAAATCCACCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG-CATAGTTGCTCACT
* * *
142052 TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTT-AATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAG
194 TTAAATGATTTTATAATCTGATAAATAAGTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAG
* *
142116 ATCATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAACGAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAA-TCT
258 ATCATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAACGAAAGCCATCCATTAACAA-AAAAAGTCT
* * * *
142180 ATTTATCA-TCACT-TATACCTTT-GAAAGCC-TAATAACTTACTTTAAATCGTTTTATACTCTT
322 ATTTAT-AGTCACTCT-T-CCTTTCGAAA-CCATAATAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTA
142241 ATAAATGATTTTAAAT
383 ATAAATGATTTTAAAT
142257 CAATTTTTTT
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 38, Indels: 17
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
435 8 0.02
436 268 0.76
437 75 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (437 bp):
TGAAAGCCTAGTGACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTTG
TTTTCTATTTTTAGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACATGAAACAAAAGC
CATCCATTGACAAGAAAAATCCACCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCATAGTTGCTCACTTT
AAATGATTTTATAATCTGATAAATAAGTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAGATC
ATAATTGGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAACGAAAGCCATCCATTAACAAAAAAAGTCTATTT
ATAGTCACTCTTCCTTTCGAAACCATAATAACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAAATGA
TTTTAAATAAAAAATTATTTTATTTATGGTCAAAATAGATCTTAAAG
Found at i:142733 original size:338 final size:338
Alignment explanation
Indices: 141861--142753 Score: 830
Period size: 338 Copynumber: 2.6 Consensus size: 338
141851 ATCTTAAAGT
* * *
141861 GAAAGCCTAGTGACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTTCTAAATGAGTTTCAATTGAATTTTTT
1 GAAAGCCTAGTAACTTGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAA-TTTTT
* * * *
141926 TTCTATTTTTGGTTAAAACAGATCCTAATTTGATGTTTGCCT-TGAGAAACAT--AAAGTGAAAG
64 TT-TATTTTTGGTTAAAACAGATCCTAAATTGATGTTT--CTATTAG-GACATACAAAGCGAAAG
* * * * * * *
141988 CCATCCATTGACAAGAAAAATCCACCTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCTAGTTGCTCGCTT
125 TCATCCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTATTTACTTGCTT
*
142053 TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAGAT
190 TAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTCGGTTAAAAAAGAT
* ** * * *
142118 CATAATTTGATGTTTGCATCAGGAAACGTGAAACGAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAATCTATT
255 CATAATTTGATGTTTACATCAGGAAACAAGAAACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATT
* **
142183 TATCATCACTTATACCTTT
320 TATCAGCACTTATACCTCC
* * * * * *
142202 GAAAGCCTAATAACTTACTTTAAATCGTTTTATACTCTTATAAATGA-TTTTAAATCAATTTTTT
1 GAAAGCCTAGTAACTTGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAATTTTTT
* ** ** * * * *
142266 TTCATTTTT-GTTAAAATAGAT--TATAATTGGACATTTGAATT-TGA-AAACGTCAAGCAAAAG
65 TT-ATTTTTGGTTAAAACAGATCCTA-AATT-GATGTTTCTATTAGGACATAC--AAAGCGAAAG
* * * ** * * *
142326 TCATCCATTAACAAGAATAG-CCTAGTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAACCT-TGTTAGTTGT
125 TCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAT-TTACTTGC
*
142389 TTTAAATGGTTTTATAA-CTTAGTAAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTCATTTTCGGTTAAAAC
188 TTTAAATGGTTTTATAATCTTA-TAAATGAGTTT-AATTGAATTTTTTTCATTTTCGGTTAAAA-
** ** * * * * **
142452 TTG-TCATAATTTGATGTTTACATTGGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCGTTGA-TAGAAATGT
250 AAGATCATAATTTGATGTTTACATCAGGAAACAAGAAACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAAT
*
142515 CCATTTAT-AGCGAGTTATACCTCC
315 CCATTTATCAGC-ACTTATACCTCC
* * * *
142539 GGAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTACAATCTTA-ATAATGAGTTTCAATTGAATTGTTT
1 GAAAGCCTAGTAACTTGCTTTAAATGTTTTATAATCTTATA-AATGAGTTTCAATTGAATT-TTT
* * *
142603 TTTATTTTTGGTTAAAACAAATCCTAAATTGATGTCTCTATTAGGACATACAAAGCGAAAGTTAT
64 TTTATTTTTGGTTAAAACAGATCCTAAATTGATGTTTCTATTAGGACATACAAAGCGAAAGTCAT
* * * * *
142668 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCATGCATTCGGAAGCCTATTTACTTACTTTAAA
129 CCATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTATTTACTTGCTTTAAA
* *
142733 TGGTTTTCTAATCTAATAAAT
194 TGGTTTTATAATCTTATAAAT
142754 TGTAACAGCC
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 95, Indels: 55
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 2 0.00
336 20 0.05
337 69 0.16
338 255 0.59
339 31 0.07
340 14 0.03
341 39 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (338 bp):
GAAAGCCTAGTAACTTGCTTTAAATGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTCAATTGAATTTTTTT
TATTTTTGGTTAAAACAGATCCTAAATTGATGTTTCTATTAGGACATACAAAGCGAAAGTCATCC
ATTGACAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTATTTACTTGCTTTAAATG
GTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAATTGAATTTTTTTCATTTTCGGTTAAAAAAGATCATAAT
TTGATGTTTACATCAGGAAACAAGAAACAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATCAG
CACTTATACCTCC
Found at i:147736 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 147495--149232 Score: 1265
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 169
147485 TATTACTTAT
* * * **
147495 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTCGAGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGA-TTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAC
* ** *
147560 ATATCATAATTGGATGTTTCCATTAGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTC
64 ATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
147625 CATTTATACTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCAC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * ** * *
147666 TTTAATTAGTTTTGTAATTTTATAAATCATTTCAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGATTT-AAATAAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * **
147731 TATCATAATTTGATGGTTGCATAAGGAAACATAAAGTGAAAGCCATTTATTGACAAG-AAAGTCC
65 TATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
147795 ATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGT
130 ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * * *
147835 TTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGAATTTAAATCAAATTTTTTTTAATTTCTAGTTAGAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATG-ATTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTTTAGTTA-AAA
* * * ** ** * *
147900 -ATATCATAATTGGATGCTTACATT-GAGAAACGTGAATTGAAAGCCATTTATTGAAAAGAAAAT
63 CATATCATAATTGGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * *** *
147963 TTCATTTATAGTCATTCATATTTTCGAAAGCCTAGTTACTCAC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * * * * *
148006 TTCAAATGGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTCCATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGA-TTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
148071 AAAAT-GTAATTGGATGTTTGTAATTGGGAAATATGAAGTGAAAG----CCA-T----------G
64 -ATATCATAATTGGATGTTTG-CATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * *
148120 TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTACTCAC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * * ** * * *
148163 TTCAAATCA-TTTTATGATCTGATAAATGATTT-AATTCAATTTTATTTTATTTTTAGTTAGATC
1 TTTAAAT-AGTTTTATAATTTTATAAATGATTTAAATAAAATTTT-TTTCATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
148226 AGATCATAATTGGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGCGAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAATTC
64 ATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
148290 CATTTATAGTCACTTATGTCTTCAAAAGCCTAATTACTTGC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * * * * *
148331 TTTAAATGGTTTTATGATTTGATAAATAATTTTAAATCAAAAGTTTTTTT-GTTTCTAGTTAGAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGA-TTTAAAT-AAAA-TTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * ** * * *
148395 TAGATTATAATTGGATGTTTACATTA-AAGAACATGTATTGCAAGCTATCCATTGACAACAAAAG
63 CATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGA-AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * * * * *
148459 TTCATTTATA-ACAACTCATTCCTTTGAAAGACTAGTTACACGC
127 TCCATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* ** * *
148502 TTTAAA-AGATTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAATTTAATTTCTTTCTATTTTTAGTAAAAA
1 TTTAAATAG-TTTTATAATTTTATAAATGA-TTTAAATAAAATTTTTTTC-ATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * *
148566 CATATAATAATTTGATGTTTGCATCAGAAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAAT
63 CATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
148631 CCATTTATAGTAACTTATGCCTTCGAAAGCGTACTTACTCGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * * * * *
148673 TTTAAGTAGTTTTAT-ATTATTGTAAATGGCTTTAAATCGAAATGTTTTTCATTTCTAGTTCAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATT-TTATAAAT-GATTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
148737 TAGATCATAGTTAGATATTTGTAATGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATTGACATGGAAAGT
63 CATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
148802 TCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCC-ATTTACTCGC
128 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * * *
148843 TTTAATTAGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTATAATTGAAATTATTTTCATTTTCTA-TTAAA
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGA-TTTA-AA-TAAAATTTTTTTCATTTT-TAGTTAAA
* * * * * *
148907 ACATATCATAATTAGATGTTTGCATTGGGAAACATGGAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAGAC
62 ACATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG
* * **
148972 TCCATTTATAGTCACTCATGACTTCGAAAGTCTAGTTACTTAC
127 TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
* * * *
149015 TTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGATTTAAATCAAAAATTTTTTT-ATTTCTAGTTAGAAC
1 TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGATTTAAAT--AAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAC
* * ** * * * *
149079 AAATCATAATTGGATGGTTGCATTAATAAATATAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTC
64 ATATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC
* * * * *
149144 TATCTATAGTGACTCATGCTTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCC
129 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTACTCG-C
* * * *
149186 TCT-AGT-GTTTTCATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAAATTTTTTT
1 TTTAAATAGTTTT-ATAATTTTATAAATGA-TTTAAATAAAATTTTTTT
149233 TTTGCTTTTG
Statistics
Matches: 1230, Mismatches: 278, Indels: 120
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
154 24 0.02
155 31 0.03
156 3 0.00
157 64 0.05
158 1 0.00
167 1 0.00
168 61 0.05
169 95 0.08
170 340 0.28
171 538 0.44
172 71 0.06
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATAGTTTTATAATTTTATAAATGATTTAAATAAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAT
ATCATAATTGGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGC
Found at i:148465 original size:496 final size:495
Alignment explanation
Indices: 147625--148538 Score: 1121
Period size: 496 Copynumber: 1.8 Consensus size: 495
147615 AAGAAAAGTC
* * * * * * *
147625 CATTTATACTCACTCATGTCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAATTAGTTTTGTAATTTTATA
1 CATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAAATCAGTTTTATAATCTGATA
* * * *
147690 AATCATTTCAAATTGATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGGTTGCATAA
66 AATCATTT-AAATTAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGGATGGTTGCATAA
* ** *
147755 GGAAACATAAAGTGAAAGCCATTTATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAA
130 GGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAA
* * *
147820 AACCTAGTTACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGAATTTAAATCAAATTTTTTTTA
195 AACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGAATTTAAATCAAAGTTTTTTTA
* * * **
147885 ATTTCTAGTTAGAAAATATCATAATTGGATGCTTACATTGAGAAACGTGAATTGAAAGCCATTTA
260 ATTTCTAGTTAGAAAAGATCATAATTGGATGCTTACATTAAGAAACATGAATTGAAAGCCATCCA
* * * * * * *
147950 TTGAAAAGAAAATTTCATTTATAGTC-ATTCATAT-TTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTCAAAT
325 TTGAAAACAAAAGTTCATTTATA-ACAACTCAT-TCTTT-GAAAGACTAGTTACACACTTCAAAA
* * *
148013 GGTTTTATAATCTTGTAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAAATGT
387 GATTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAATCAAAATTGTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAAATGT
148078 AATTGGATGTTTGTAATTGGGAAATATGAAGTGAAAGCCATGTT
452 AATTGGATGTTTGTAATTGGGAAATATGAAGTGAAAGCCATGTT
* * *
148122 CATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTACTCACTTCAAATCA-TTTTATGATCTGAT
1 CATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTT-AAATCAGTTTTATAATCTGAT
* * * *
148186 AAATGATTT-AATTCAATTTTATTTT-ATTTTTAGTTAGATCAGATCATAATTGGATGTTTGCAT
65 AAATCATTTAAATT-AATTTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGGATGGTTGCAT
* * * *
148249 CAA-GAAACATGAAGCGAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTTATGTCTT
128 -AAGGAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTT
* *
148312 C-AAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATTTGATAAAT-AATTTTAAATCAAAAGT
191 CGAAAA-CCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGAA-TTTAAATC-AAAGT
* * * * * *
148375 TTTTTT-GTTTCTAGTTAGAATAGATTATAATTGGATGTTTACATTAA-AGAACATGTATTGCAA
253 TTTTTTAATTTCTAGTTAGAAAAGATCATAATTGGATGCTTACATTAAGA-AACATGAATTGAAA
* * *
148438 GCTATCCATTGACAACAAAAGTTCATTTATAACAACTCATTCCTTTGAAAGACTAGTTACACGCT
317 GCCATCCATTGAAAACAAAAGTTCATTTATAACAACTCATT-CTTTGAAAGACTAGTTACACACT
*
148503 TTAAAAGATTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAAT
381 TCAAAAGATTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAAT
148539 TTAATTTCTT
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 56, Indels: 25
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
495 25 0.07
496 244 0.70
497 76 0.22
498 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (495 bp):
CATTTATACTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTAAATCAGTTTTATAATCTGATA
AATCATTTAAATTAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAGATCATAATTGGATGGTTGCATAAG
GAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAA
ACCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGAATTTAAATCAAAGTTTTTTTAA
TTTCTAGTTAGAAAAGATCATAATTGGATGCTTACATTAAGAAACATGAATTGAAAGCCATCCAT
TGAAAACAAAAGTTCATTTATAACAACTCATTCTTTGAAAGACTAGTTACACACTTCAAAAGATT
TTATAATCTTATAAATGAGTTTAAATCAAAATTGTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAAATGTAATT
GGATGTTTGTAATTGGGAAATATGAAGTGAAAGCCATGTT
Found at i:149183 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 147188--149232 Score: 1388
Period size: 342 Copynumber: 6.1 Consensus size: 339
147178 GGTCGTTACA
* * * **
147188 TAAATGATTTTAAA-TC-AATTTTTTTTA-TTTCTTGTTTGAAC-TAATCATAATTGGATGTTTG
1 TAAATGATTTTAAATTCAAATTATTTTCATTTTCTAGTTAAAACAT-ATCATAATTGGATGTTTG
* * * * * * * ** * * ** *
147249 TATT-GGAAAACGTTAAACGAAGGCCATCCAATGGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTGTGC
65 CATTAGG-AAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATGA
* * * * * ** **
147313 CTTCAAAAGCCTAGTTACTCTCTTTAAATGGTTTTAGAATCTT-ACAAATGAGTTTCAATTGATT
129 CTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TTGATAAATGA-TTTAAATCAAAA
* * * * * * * *
147377 TTTTTTTATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGTATCAAGAAACATGAAGTGAAAG
192 TTTTTTTATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAAATATAAAGTGAAAG
* **** * * * * * ***
147442 CTATCCA---A-ACTCCA-TT-TGT-T-GTCCCTTATGCCTT-TAATAGCATTA-TTACTTATTT
257 CCATCCATTGACAAGAAAGTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA-AGC-CTAGTTACTCGCTT
**
147497 TAAATAGTTTTATAATCTCA
320 TAAATAGTTTTATAATCTTG
* * *
147517 TAAATGATTTTAAA-TCAAAATTGTTTTCA-TTTCGAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTC
1 TAAATGATTTTAAATTC-AAATTATTTTCATTTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTG
** * * *
147580 CATTAGGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTCATGTC
65 CATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATGAC
* * * * * * * ** *
147645 TTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAATTAGTTTTGTAATTTTATAAATCATTTCAAAT-TGATTT
130 TTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGATTT-AAATCAAAATT
* * * * * *
147709 TTTTTCATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGGTTGCA-TAAGGAAACATAAAGTGAAAG
194 TTTTT-ATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATTAA-GAAATATAAAGTGAAAG
** * * * * *
147773 CCATTTATTGACAAGAAAGTCCATTTATAGTCATTTATGCCTTCGAAAACCTAGTTACTCGTTTT
257 CCATCCATTGACAAGAAAGT-TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT
*
147838 AAATGGTTTTATAAT-TTG
321 AAATAGTTTTATAATCTTG
* * * * *
147856 ATAAATGAATTTAAA-TCAAATTTTTTTTAATTTCTAGTTAGAAA-ATATCATAATTGGATGCTT
1 -TAAATGATTTTAAATTCAAATTATTTTCATTTTCTAGTTA-AAACATATCATAATTGGATGTTT
* * ** * * * *
147919 ACATT-GAGAAACGTGAATTGAAAGCCATTTATTGAAAAGAAAATTTCATTTATAGTCATTCAT-
64 GCATTAG-GAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATG
* *
147982 ATTTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTCAAATGGTTTTATAATCTTG-TAAATGATTTTAAATCAA
128 A-CTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TTGATAAATGA-TTTAAATCAA
** * * * * ** *
148046 AATTGTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAAAT-GTAATTGGATGTTTGTAATTGGGAAATATGAAGT
190 AATT-TTTTTATTTCTAGTTAAAAC-AAATCATAATTGGATGTTTG-CATTAAGAAATATAAAGT
* * * *
148110 GAAAGCCAT--GTT--C---------ATTTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGGCTAGTTACTCA
252 GAAAGCCATCCATTGACAAGAAAGTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCG
* *
148162 CTTCAAATCA-TTTTATGATC-TG
317 CTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTG
* * * *
148184 ATAAATGA-TTT-AATTCAATTTTATTTT-ATTTT-TAGTTAGATCAGATCATAATTGGATGTTT
1 -TAAATGATTTTAAATTCAA-ATTATTTTCATTTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTT
* * * * * *
148245 GCATCAAGAAACATGAAGCGAAA-CCATCCATTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTTATGT
64 GCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATGA
* * ** * *
148309 CTTCAAAAGCCTAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATGATTTGATAAATAATTTTAAATCAAAAG
129 CTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGA-TTTAAATCAAAA-
* * * * * * * * *
148374 TTTTTTTGTTTCTAGTTAGAATAGATTATAATTGGATGTTTACATTAAAGAACATGT--ATTGCA
192 TTTTTTTATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATT-AAGAA-ATATAAAGTGAA
* * * * * * *
148437 AGCTATCCATTGACAACAAAAGTTCATTTATA-ACAACTCATTCCTTTGAAAGACTAGTTACACG
255 AGCCATCCATTGACAA-GAAAGTT-ATTTATAGTC-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCG
*
148501 CTTTAAA-AGATTTTATAATCTTA
317 CTTTAAATAG-TTTTATAATCTTG
* * * * *
148524 TAAATGAGTTTAAATT-TAATT-TCTTTCTATTTT-TAGTAAAAACATATAATAATTTGATGTTT
1 TAAATGATTTTAAATTCAAATTAT-TTTC-ATTTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTT
* * * * * * * * *
148586 GCATCAGAAAACATAAAGCGAAAGCCATCCATTGACAACAAAAATCCATTTATAGTAACTTATGC
64 GCATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATGA
* * * * * * * *
148651 CTTCGAAAGCGTACTTACTCGCTTTAAGTAGTTTTATATTATTG-TAAATGGCTTTAAATCGAAA
129 CTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-TTGATAAAT-GATTTAAATCAAAA
* * * * * * * * * ** *
148715 TGTTTTTCATTTCTAGTTCAAATAGATCATAGTTAGATATTTGTAATGGGAAACATAAAGTGAAA
192 T-TTTTTTATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAAATATAAAGTGAAA
* * *
148780 GCCATCCATTGACATGGAAAGTTCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGCC-ATTTACTCGCT
256 GCCATCCATTGACA-AGAAAGTT-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCT
*
148844 TTAATTAGTTTTATAATCTTG
319 TTAAATAGTTTTATAATCTTG
* *
148865 TAAATGATTTTATAATTGAAATTATTTTCATTTTCTA-TTAAAACATATCATAATTAGATGTTTG
1 TAAATGATTTTA-AATTCAAATTATTTTCATTTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTG
* * * *
148929 CATTGGGAAACATGGAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAGACTCCATTTATAGTCACTCATGAC
65 CATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATGAC
* *
148994 TTCGAAAGTCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGATTTAAATCAAAAATT
130 TTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGATTTAAATC-AAAATT
* * * **
149059 TTTTTATTTCTAGTTAGAACAAATCATAATTGGATGGTTGCATTAATAAATATAAAGCAAAAGCC
194 TTTTTATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAAATATAAAGTGAAAGCC
* * * * * *
149124 ATCCATTAACAAGAAAAGTCTATCTATAGTGACTCATGCTTTTGAAAGCCTTA-TTACTCGCCTC
259 ATCCATTGACAAG-AAAGT-TATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TAGTTACTCG-CTT
* *
149188 T-AGT-GTTTTCATAA-CTTTA
320 TAAATAGTTTT-ATAATC-TTG
*
149207 TAAATGATTTTAAATT-AAATTTTTTT
1 TAAATGATTTTAAATTCAAATTATTTT
149233 TTTGCTTTTG
Statistics
Matches: 1350, Mismatches: 277, Indels: 167
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
324 18 0.01
325 114 0.08
326 48 0.04
327 11 0.01
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332 3 0.00
334 1 0.00
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337 1 0.00
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343 19 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
TAAATGATTTTAAATTCAAATTATTTTCATTTTCTAGTTAAAACATATCATAATTGGATGTTTGC
ATTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCTATTGACAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCATGACT
TCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATTTGATAAATGATTTAAATCAAAATTTT
TTTATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTGCATTAAGAAATATAAAGTGAAAGCCAT
CCATTGACAAGAAAGTTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATA
GTTTTATAATCTTG
Found at i:152879 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 152855--152893 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
152845 ATTATGTGGA
152855 ATAAAG-GT-TTATTCAATTT
1 ATAAAGAGTATTATTCAATTT
*
152874 ATAAAGATTATTATTCAATT
1 ATAAAGAGTATTATTCAATT
152894 CTTATTACAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 1 0.06
21 10 0.59
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAGAGTATTATTCAATTT
Found at i:153338 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 153110--153467 Score: 438
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
153100 AGTTATTGAG
* * * *
153110 AAGAAAAATTTATTTATAATCACTCATACTTTCGAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGTTTTA
1 AAGAAAAATCTATTTACAATCACTCATACTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTA
* *
153175 TAACTTTATAAATGATTTTAAATTGATATTT-TTTTCATTCTTGGTT-AAAACATATTAGAATTT
66 TAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA-ATTTGTTTCCATTCTTGGTTCAAAA-AAATTAGAATTT
* ** * * * *
153238 CATGTTTGTATTGAGAAAA-ATGAACCAAAAGCTATTCATTAAC
129 AATGTTTACATAG-GAAAACATGAAACAAAAGCTATCCACTAAC
* **
153281 AAGAAAAATCCATTTACAATCACTCATGA-TTTCAAAAGCCTTGTTACAT-GGTTTAAGTAGATT
1 AAGAAAAATCTATTTACAATCACTCAT-ACTTTCAAAAGCCTTGTTAC-TCACTTTAAGTAGATT
* * * *
153344 TATAACTTTATAAATTATTTTAAGTTGAATTTGTTTCCATTTTTGGTTCAAAAAAATTATAATTT
64 TATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTCCATTCTTGGTTCAAAAAAATTAGAATTT
*
153409 AATGTTTACATAGGAAAACATGAAACAAAAGGTATCCACTAAC
129 AATGTTTACATAGGAAAACATGAAACAAAAGCTATCCACTAAC
*
153452 AAGAAAAGTCTATTTA
1 AAGAAAAATCTATTTA
153468 TAGTGATTTA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 23, Indels: 10
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.06
171 144 0.91
172 6 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AAGAAAAATCTATTTACAATCACTCATACTTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAGTAGATTTA
TAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTGTTTCCATTCTTGGTTCAAAAAAATTAGAATTTAA
TGTTTACATAGGAAAACATGAAACAAAAGCTATCCACTAAC
Found at i:153873 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 153857--153886 Score: 60
Period size: 11 Copynumber: 2.7 Consensus size: 11
153847 AATGAAACTC
153857 CCAAGCTTCCA
1 CCAAGCTTCCA
153868 CCAAGCTTCCA
1 CCAAGCTTCCA
153879 CCAAGCTT
1 CCAAGCTT
153887 TTACAATGGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 19 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.43, G:0.10, T:0.20
Consensus pattern (11 bp):
CCAAGCTTCCA
Found at i:155863 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 154777--156167 Score: 818
Period size: 169 Copynumber: 8.3 Consensus size: 168
154767 CATCCATAAG
* * * * * * * *
154777 CAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAT-GCTTTTGTAAGCCTAGTTATTCGCTTTAA-ATGGTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCT-AAAGCCTTGTTACTCGATTTAAGA-GGTT
* ** * ** * *
154840 TTATAATTTTATAAAAGATTTTAAATCAAAGTTGTTTTCATTTTTAGTTCAAACAGATCATAATT
64 TTATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAA-TTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATCATAATT
* * * *
154905 GGATGTTTGCATT-AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
127 TGATATTTGCATTGA-GAAAAGTGAAGCAGAAGCCAT-CATTGA
* ** * * * *
154948 TAAGAAACA-TCCATTTATAATCACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTCACTCGCTTTAAGTA-GTT
1 CAAGAAA-AGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAG-AGGTT
* * * * * * ** * *
155011 TTGTAACTTTATAAATAATTTTAAATTTATTTTTTTTCATTTTTGGCCAAAACAGATTATAATAT
64 TTATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATCATAATTT
* * * * **
155076 GATGTTTGCATT-AGGAAACAG-AAAACAAAAGTCGTTCATTGA
128 GATATTTGCATTGA-GAAA-AGTGAAGCAGAAG-CCATCATTGA
* * * * * * *
155118 CAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTTATACCTTC-AAAG-GTT-TAACTACTAACTTCAA-ATGC
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACT-C-GA-TTTAAGA-GG
* * ** * * *
155178 TTTTGT-ATTCTTATAAATGGTTTTAAATT--ATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACAAATCATAA
62 TTTTATAACT-TTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATCATAA
* * * * * *
155240 TTAGATCTTTGCATTGAGAACCA-TGTAGCAAAAGCCATCCGTTGA
125 TTTGATATTTGCATTGAGAA-AAGTGAAGCAGAAGCCAT-CATTGA
* * * ***
155285 C-AGTGAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTAAAAAAGCCTTGTTACTC-ACTTTAAGTA-GT
1 CAAG-AAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGA-TTTAAG-AGGT
* * * * *
155347 TTTGTAACTTTATAAATAATTTTAAATTG-A---TTTT--TTTT-GTTAAAACATATTATAATTT
63 TTTATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATCATAATTT
** *
155405 GATGCTTGCATT-AGGAAATA-TAAAGC-GAAAGCCATTCATTGA
128 GATATTTGCATTGA-GAAA-AGTGAAGCAG-AAGCCA-TCATTGA
* * ** * * * *
155447 TAAGGAAAAG-CCATTTATAGTCACCAATACTTTCGT-AAGCC-TGTTACTC-A-CTACAAATGA
1 CAA-GAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTC-TAAAGCCTTGTTACTCGATTTA-AGA-GG
* * * * * * * * *
155507 TTTTATAA-TCCTACAAATGATTTCAAATTGAAATTTTTATCATTTTTGATTAAAACATATCGTA
62 TTTTATAACT-TTATAAATTATTTTAACTTG-AATTTTTTTCATTTTAG-TTAAAACAGATCATA
* * * * *
155571 ATTAGATGTTTGCA-TCAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCATTGA
124 ATTTGATATTTGCATTGAGAAAAGTGAAGCAGAAGCCATCATTGA
* ** * * * * *
155615 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCTACTTATGTCTTCGAAAGCCTTGTTATTGGATTTAAAAGGTTAT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAGAGGTTTT
* * *
155680 ATAAATTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGATCATGATTTGA
66 ATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGA
*
155745 TATTTGCATTGA-AAAAGTAAAGCAGAAGCCATCCATTGA
130 TATTTGCATTGAGAAAAGTGAAGCAGAAGCCAT-CATTGA
* * * * * * * *
155784 CAACAAAAGTCCATTTGTAACCACTCATCCCTTTTAAAGCCTAGTTACTCGTTTTAAGAGGTTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAGAGGTTTT
*
155849 ATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACA-ATTCATGATTT
66 ATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAA-TTTTTTTCA-TTTTAGTTAAAACAGA-TCATAATTT
* * * *
155913 GTTATTTACATTGAGAAAAGTGAAGCAGAAACCATCTTTGA
128 GATATTTGCATTGAGAAAAGTGAAGCAGAAGCCATCATTGA
*
155954 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTA-ACCTTCTAAAGCCTTGTTACTC-ACTTTAGGAGGTTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGA-TTTAAGAGGTTT
* * * * * *
156017 TATAACTTTATAAATTATTTGAACATGAATTTTTTTTATTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTCA
65 TATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGA
* * *
156082 TATTT--ATTTTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGTCATCCATTGA
130 TATTTGCA-TTGA-GAAA-AGTGAAGCAGAAGCCAT-CATTGA
* * * * *
156122 CAAGAAAAGTCCCTTGATAGTCACTCT-TACCTTCGAAAGCCATGTT
1 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACT-TATACCTTCTAAAGCCTTGTT
156168 TTAGGCTTTA
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 185, Indels: 138
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 3 0.00
160 2 0.00
161 33 0.03
162 70 0.07
163 11 0.01
164 1 0.00
165 1 0.00
166 18 0.02
167 109 0.11
168 180 0.19
169 269 0.28
170 172 0.18
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172 4 0.00
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATACCTTCTAAAGCCTTGTTACTCGATTTAAGAGGTTTT
ATAACTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCATTTTAGTTAAAACAGATCATAATTTGAT
ATTTGCATTGAGAAAAGTGAAGCAGAAGCCATCATTGA
Found at i:156849 original size:341 final size:334
Alignment explanation
Indices: 156244--158480 Score: 779
Period size: 341 Copynumber: 6.6 Consensus size: 334
156234 TTGACAGGCT
* * * *
156244 TGTTACTCGCTTTTAGTGATTTTATAACTGTATAAATGACTTTAAATTGGATTTTTTCCTATTTT
1 TGTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTT-C-ATTTT
* * * * * * * * *
156309 TGATTAAAACAGATAATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAACCATCTATTGAC
64 TG-TTAAAA-AAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAGAC
* * * * * *
156374 TAAAACAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTAACTCACTTCAAATGGTTTTA
127 -AAAAAAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTTTTA
* * * *** * *
156439 TAGTCCTATAAATCATTTCAAATTGAATTTTTTCCATTTTTAATTAAAATGGATCATAATTTCTT
191 TAATCCTATAAATCATTTCAAATTGAATTCTTTCCATATTTAATTAAAACAAATAAGAATTTCTT
** * * * * * * * *
156504 GTTTGCATCAAGAAATGTAATGCAAAAGCCATTCATTGATAAGTAAATTCTATTTATAGTCATTC
256 GTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATATAGAGTCATTA
156569 ATACCCTCAACAA-A
321 ATACCCTCAA-AAGA
* * *
156583 TTGGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTAATATTCATT
1 -T-GTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT--TTTTCATT
* * *
156648 TTTAGTTAAAATAAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCGAAAGCTAGCCATAG
62 TTT-GTTAAAA-AAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAG
* * * * *
156713 A-AAAGAAAATCCACTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTAATCACTCACTTTAAATATTTT
125 ACAAA-AAAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTTT
* * * * *
156777 TATAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGCTTTCTCATATTTAGTTAAAACAAATAAGAA-T
189 TATAATCCTATAAATCATTTCAAATTGAATT-CTTTC-CATATTTAATTAAAACAAATAAGAATT
* * * *
156841 TGTTGTTTGCATCGAGAAACATAAAGCATAAGCCATCCTTTGACAAGAAAAGTCTATATAGAGTC
252 TCTTGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATATAGAGTC
* *
156906 ATTAATACCTTTAAAAGCGA
317 ATTAATACCCTCAAAA--GA
* * * *
156926 TGTTTCTTGCTTTAAGTTATTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTT
1 TGTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTCATTTT
* * * * ** * * ** * *
156991 TGGTTAAAAAAATCATAATT-TATTGTTTGCCTCA-AGAAATGTGAAGTATAGGCCATCCATTGA
64 T-GTTAAAAAAATCATAATTGGA-TCTTTGCATTAGA-AAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAGA
* ** * * * * * * *
157054 CAAGAAAAGTCCTTTTATAGTGACTTATGCCTCCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTT
126 CAA-AAAAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTTTT
* * * * * * * ***
157119 ATAGTCTTAAAAATGATTTTC-AATTGAATTTTTTTCA-ATTCTAGTTAAAACAAATCTTAATTT
190 ATAATCCTATAAATCA-TTTCAAATTGAATTCTTTCCATATT-TAATTAAAACAAATAAGAATTT
** * * ** * * * * * * * *
157182 GATGTTTGTATTAAGAAATGTGAAGCGAAAGCCATCTAATGACAAGAAGAGTCCT-TTTATACTC
253 CTTGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-CTATATAGAGTC
* * * ** * *
157246 ACTCATGCTTTCGAAAGCC
317 ATTAATACCCTCAAAAG-A
* * * * *
157265 TAGTTACTCACTTTAAATGATTTTA-AAATTTGATAAATGATTTTAAA-TCAATTTTTTTTATTT
1 T-GTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTT-ATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTCATTT
* * * * * ** * **
157328 TTGATTAGAACAGATCATAA-TGAGATGTTTGCATTGGGAAACATGATTC-AAAAGCATTCATTA
63 TTG-TTA-AAAAAATCATAATTG-GATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCA-TA
** ** * * * * * ** ** * * *
157391 -ACAAGAAAGGTTTATTTAGAGTCACTTATGCATTTGAAAGCCTTGCT-ACTTGCTTTAAGTGGT
124 GACAA-AAAAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCC-TAATAACTCACTTCAAATAGT
* * * * * * * *
157454 TTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTCTTT-CATTTTTAGTTAAAATAAATCATA
187 TTTATAATC-CTATAAATCATTTCAAATTGAA--TTCTTTCCATATTTAATTAAAACAAATAAGA
* *** ** * ** * *
157516 ATTTAC-TGTTTACATTGTGAAATGTGAAGCAAAAGGTATCCATTGAAAACAAAAGATC-ATATA
249 ATTT-CTTGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-TCTATATA
* * * * * *
157579 TAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCT
312 GAGTCATTAATACCCTCAAAAG--A
** *
157604 TGTTACTCGCTTTAAGT-AGTTTTATAACTTTATAAATTTTTTTAAATTGAATTCTTTTAAATTT
1 TGTTACTCGCTTTAAGTGA-TTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTT-CATTT
* * * * * * * * * * * * * * **
157668 TAGGTTCAAACAGATCATATTTCGTTGTTTGCATTGGGAAATATGAATCAAAAGCTATCCATTCA
63 T-TGTT-AAAAAAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAGA
* ** * * * ** * * *
157733 TAAGAAATGTCC-CTCTATAGTCACTTATACC-TCTGAAAGCGTTCTTACTCACTTTAAATGGTT
126 CAA-AAAAATCCACT-TATAGTCACTCATGCCTTC-GAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
157796 TTATAATCAC-ATAAATAATTTTAAATTGAATTCTTTTTCAT-TTTAGGTTCAAACAGATCATAA
188 TTATAATC-CTATAAATCATTTCAAATTGAATTC-TTTCCATATTTA-ATTAAAACAAATAAGAA
* * * * * * ** * * * * *
157859 TTTGTTATTTGCATTAGGAAGCATGAAG-AGAAAGCCATTTATTGATAAAAAAAGTCCATTTATA
250 TTTCTTGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCA-AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATATAGA
* ** * * * * *
157923 TTCCCTCATACCTTTGC-TAGGC
314 GTCATTAATACC-CT-CAAAAGA
* * ** *
157945 T-TATAATTAGCTTTAAAAGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATT
1 TGT-T-ACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA--TTTTTTCA-T
* * ** * * ** ** *** * *
158009 TTTTATTAAAACAGATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCGGAAGTTATCCATTG
61 TTTTGTTAAAA-AAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAG
* * * * * * * * * * *
158074 GCAAGAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATAGTTACTCACTTTAAATGGTTTT
125 ACAAAAAAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTTTT
* * * * * * * ** *
158139 ATAATCTTATAAATAATTTTAAGTTGACTTCTTTTTCATTTTTGGTTAAAA-AAGATTAGAATTT
190 ATAATCCTATAAATCATTTCAAATTGAATTC-TTTCCATATTTAATTAAAACAA-ATAAGAATTT
* * ** * ** * * *
158203 GTTGTTTACATCAAGAAATGTGAAGCCCAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATCTATAGTCA
253 CTTGTTTGCATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATATAGAGTCA
* ** * **
158268 CTGTTACCTTTGAAAGCA
318 TTAATACCCTCAAAAG-A
* * * * * * * * *
158286 TTGTTGCTTGGTTTAAGTGGTTATATAACTTTATAGATAATTTTAAATTGATTTTTTTTAATTTT
1 -TGTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGA-ATTTTTTCATTTT
* * * * * * * * * ** *
158351 TGGTTAAAACATATCATAATTTGTTGTTTACATTGGGAAACATTAAGCAAAAGCCATTCATTGAC
64 T-GTTAAAA-AAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAGAC
* * * * * * *
158416 AATAAAAATCTA-TTGACAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAGTAACTCACTTCAGATGGTTTT
127 AA-AAAAATCCACTT-ATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTTTT
158480 A
190 A
158481 AATTGAAAAG
Statistics
Matches: 1465, Mismatches: 349, Indels: 165
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 8 0.01
338 208 0.14
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340 323 0.22
341 628 0.43
342 190 0.13
343 19 0.01
344 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (334 bp):
TGTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTCATTTTTG
TTAAAAAAATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCAAAAACCAGCCATAGACAAAA
AAATCCACTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAATAACTCACTTCAAATAGTTTTATAATC
CTATAAATCATTTCAAATTGAATTCTTTCCATATTTAATTAAAACAAATAAGAATTTCTTGTTTG
CATCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATATAGAGTCATTAATACC
CTCAAAAGA
Found at i:157841 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 156192--158480 Score: 1665
Period size: 170 Copynumber: 13.4 Consensus size: 170
156182 GATTTATAGT
* * * * * * *
156192 CATCCATTCACAAGAAATGTCAATTTATAGTCATTCATGCCTTTGACAGGCTTGTTACTCGCTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
* * * * * * * *
156257 TAGTGATTTTATAACTGTATAAATGACTTTAAATTGGATTTTTTCCTATTTTTGATTAAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTC-ATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * ** *
156322 TAATAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAAC
130 TCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * *
156363 CATCTATTGACTAA-AACAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTAACTCACTT
1 CATCCATTGAC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTT
* * * * * * ** **
156427 CAAATGGTTTTAT-AGTCCTATAAATCATTTCAAATTGAATTTTTTCCATTTTTAATTAAAATGG
65 TAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
156491 ATCATAATTTCTTGTTTGCATCAAGAAATGT-AATGCAAAAGC
129 ATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAA-GCAAAAGC
* * * * * * * * * **
156533 CATTCATTGATAAGTAAATTCTATTTATAGTCATTCATACC-CTCAACA-AATTGGTTACTCACT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAA-AGCCTT-GTTACTCACT
* * * * *
156596 TTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTAATATTCATTTTTAGTTAAAATA
64 TTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * ** *
156661 AATCATAATTGGATCTTTGCATTAGAAAACATGAAGCGAAAGC
128 GATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * * * * * ** *
156704 TAGCCATAGAAAAGAAAA-TCCACTTATTGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTAATCACTCACTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
** * * * *
156768 AAATATTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGCTTTCTCATATTTAGTTAAAACA
66 AAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT--TTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
* * * * ** * *
156832 AATAAGAA-TTGTTGTTTGCA-TCGAGAAACATAAAGCATAAGC
128 GATCATAATTTGTTGTTTGCATTAG-GAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * * * * * ** * **
156874 CATCCTTTGACAAGAAAAGTCTATATAGAGTCATTAATACCTTTAAAAGCGATGTTTCTTGCTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
* ** * *
156939 AAGTTATTTTATAATTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAA-AAA
66 AAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * * *
157003 TCATAATTTATTGTTTGCCTCAAGAAATGTGAAGTATAGGC
130 TCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * ** *
157044 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCTTTTATAGTGACTTATGCCTCCGAAAGCCTAGTTACTCACTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
* * * * * * *
157109 AAATGGTTTTAT-AGTCTTAAAAATGATTTTCAATTGAATTTTTTTCAATTCTAGTTAAAACAAA
66 AAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
157173 TCTTAATTTGATGTTTGTATTAAGAAATGTGAAGCGAAAGC
130 TCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * * *
157214 CATCTAATGACAAGAAGAGTCCTTTTATACTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTT-GAAAGCCTTGTTACTCACTT
* * * * * *
157278 TAAATGATTTTA-AAATTTGATAAATGATTTTAAA-TCAATTTTTTTTATTTTTGATTAGAACAG
65 TAAATGGTTTTATAACTTT-ATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
** * * ** **
157341 ATCATAATGAGATGTTTGCATTGGGAAACATGATTCAAAAG-
129 ATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * ** * * * * **
157382 CATTCATTAACAAGAAAGGTTTATTTAGAGTCACTTATGCATTTGAAAGCCTTGCTACTTGCTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
* * * *
157447 AAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTCTTTCATTTTTAGTTAAAATAAA
66 AAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TTTCATTTTTGGTTAAAACAGA
** * *
157511 TCATAATTTACTGTTTACATT-GTGAAATGTGAAGCAAAAGG
130 TCATAATTTGTTGTTTGCATTAG-GAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * ** *
157552 TATCCATTGAAAACAAAAGAT-CATATATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTT
* * ** ** * *
157616 TAAGTAGTTTTATAACTTTATAAATTTTTTTAAATTGAATTCTTTTAAATTTTAGGTTCAAACAG
65 TAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
* * *
157681 ATCAT-ATTTCGTTGTTTGCATTGGGAAATATGAATCAAAAGC
129 ATCATAATTT-GTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * * * * * * * *
157723 TATCCATTCATAAGAAATGTCCCTCTATAGTCACTTATACCTCTGAAAGCGTTCTTACTCACTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
** * * *
157788 AAATGGTTTTATAA-TCACATAAATAATTTTAAATTGAATTCTTTTTCATTTTAGGTTCAAACAG
66 AAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
* ***
157852 ATCATAATTTGTTATTTGCATTAGGAAGCATGAAG-AGAAAGC
129 ATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCA-AAAGC
** * * * * * ** * * * *
157894 CATTTATTGATAAAAAAAGTCCATTTATATTCCCTCATACCTTTGCTAGGCTT-ATAATTAGCTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCA-CTT
* **
157958 TAAAAGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTTATTAAAACAG
65 TAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
** ** *
158023 ATCATAATTTAATGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCGGAAGT
129 ATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * *
158065 TATCCATTGGCAAG-AAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCATAGTTACTCACTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
* * * *
158129 AAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATAATTTTAAGTTGACTTCTTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAG
66 AAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * **
158193 ATTAGAATTTGTTGTTTACATCAAGAAATGTGAAGCCCAAGC
129 ATCATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * ** * * * ***
158235 CATCCATTGATAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTGTTACCTTTGAAAGCATTGTTGCTTGGTTT
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
* * * * * * *
158300 AAGTGGTTATATAACTTTATAGATAATTTTAAATTGATTTTTTTTAATTTTTGGTTAAAACATAT
66 AAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGAT
* * ** *
158365 CATAATTTGTTGTTTACATTGGGAAACATTAAGCAAAAGC
131 CATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
* * * * * * * * * *
158405 CATTCATTGACAATAAAAATCTATTGACAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAGTAACTCACTTC
1 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
*
158470 AGATGGTTTTA
66 AAATGGTTTTA
158481 AATTGAAAAG
Statistics
Matches: 1636, Mismatches: 434, Indels: 97
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 75 0.05
169 151 0.09
170 772 0.47
171 620 0.38
172 18 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACTCACTTT
AAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGAT
CATAATTTGTTGTTTGCATTAGGAAATGTGAAGCAAAAGC
Found at i:159520 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 159193--159687 Score: 464
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 169
159183 AACCTAAAGC
* * * * * * * * *
159193 GCAAGCCTTCCATTAACATGAAAAGTGCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTATTGTTAGT
1 GCAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATGCCTTTGAAAGTATAGTTACT
* * * *** * * *
159258 CGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAGTGATTTTGAATTAAATTTTTTTTTCATTTTTTGTTA
66 CGCATTAAATGGATTTATAACTTTATAAACAATTTTAAATT-GA--TTTTTTTCAATTTTTGTTA
* * *
159323 AAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCTAGAAACATGAAGT
128 AAACAAATAAGAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGT
* * * * * *
159365 G-AGGGCTATCTATTGATAAG-AAAGTCTATTTAGAGTCACTC-ATGCCTTT-ACAAGTGTAGTT
1 GCA-AGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCAC-CAATGCCTTTGA-AAGTATAGTT
*
159426 ACTCGCATTAAAT-GATTTTATAA-TCTTATAAACAATTTTAAGTTGAATTTTTTTCTAATTTTT
63 ACTCGCATTAAATGGA-TTTATAACT-TTATAAACAATTTTAAATTG-ATTTTTTTC-AATTTTT
* * *
159489 GTTAAAACATATAAGAATTTGTTGTTTGCATCAAGAAATATGAAGT
124 GTTAAAACAAATAAGAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGT
* *
159535 GCAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGTATTGTTACT
1 GCAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATGCCTTTGAAAGTATAGTTACT
* * * * * * *
159600 TGCTTTAAGTGGATTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGA-TTTTTCCATTTTTTGTGAAAA
66 CGCATTAAATGGATTTATAACTTTATAAACAATTTTAAATTGATTTTTTTCAATTTTTGTTAAAA
* * *
159664 CAAATAATAATTTCATGTTGGCAT
131 CAAATAAGAATTTGATGTTTGCAT
159688 TGGGAAACGT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 52, Indels: 30
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 31 0.12
169 14 0.05
170 65 0.25
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172 15 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
GCAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCAATGCCTTTGAAAGTATAGTTACT
CGCATTAAATGGATTTATAACTTTATAAACAATTTTAAATTGATTTTTTTCAATTTTTGTTAAAA
CAAATAAGAATTTGATGTTTGCATCAAGAAACATGAAGT
Found at i:159924 original size:338 final size:337
Alignment explanation
Indices: 159552--160182 Score: 756
Period size: 338 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
159542 ATCCATTAAT
** * * *
159552 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTTGAAAGTATTGTTACTTGCTTTAAGTGGATTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAACCACCAATACCTTTGAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTA
*
159617 TAACTTTATAAATAATTTTAAATTG-ATT-TTTCCATTTTTTGTGAAAACAA-ATAATAATTTCA
66 TAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTCTTTCCATTTTTGGTGAAAA-AAGATAATAATTTCA
** ** * * *
159679 TGTTGGCATTGGGAAACGTGTAGAGAATGCCATTCAATGACTAAAAAAATTC-ATTTATAGTCAC
130 TGTTGGCATTACGAAACGTAAAGAGAAAGCCA-TCAATGAATAAAAAAAGTCTA-TT-TAGTCAC
* *
159743 TCATACCTTCGAAAGCATAGTAACTCACTTCAAAT-AGTTTTATAGTAGTATAAAT-AATTTAAA
192 TCATACCTTCAAAAGCATAGTAACTCACTTCAAATGA-TTTTATAATAGTATAAATGAATTTAAA
* * *
159806 TCAATATATTTTTCA-TTTATGGTTAAAATAGATCATAATTGAATATTTGCATTAAAAAACGTGA
256 TCAA-ATATTTTTAACTTTA--GTTAAAACAGATAATAATTGAATATTTGCATTAAAAAACGTGA
159870 AGCAAAAATTGTGCATTGAG
318 AGCAAAAATTGTGCATTGAG
* *
159890 AAGAAATGTCCATTTATAACCACTC-ATACCTTTGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAACCAC-CAATACCTTTGAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTT
* * * * * * *
159954 ATAACTTTATGAATGATTTTAGATTGAATTCTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGA
65 ATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTCTTTCCATTTTTGGTGAAAAAAGATAATAATTTCA
* * * * * * *
160019 TGTTTGCGTTACGAAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCTATTTCGTCACTCA
130 TGTTGGCATTACGAAACGTAAAGAGAAAGCCATCAATGAATAAAAAAAGTCTATTTAGTCACTCA
* * * ** *
160084 TGCCTTCAAAAGCCTAGTAACTCATTTCAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAA
195 TACCTTCAAAAGCATAGTAACTCACTTCAAATGATTTTATAATAGTATAAATGAATTTAAATCAA
*
160149 ATTTTTTTAACTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
260 ATATTTTTAACTTTAGTTAAAACAGATAATAATT
160183 TGATGTTTAC
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 41, Indels: 17
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 17 0.07
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339 38 0.16
340 51 0.21
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAACCACCAATACCTTTGAAAGCATTGTTACTCGCTTTAAGTGGATTTA
TAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTCTTTCCATTTTTGGTGAAAAAAGATAATAATTTCAT
GTTGGCATTACGAAACGTAAAGAGAAAGCCATCAATGAATAAAAAAAGTCTATTTAGTCACTCAT
ACCTTCAAAAGCATAGTAACTCACTTCAAATGATTTTATAATAGTATAAATGAATTTAAATCAAA
TATTTTTAACTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATATTTGCATTAAAAAACGTGAAGCAAAAA
TTGTGCATTGAG
Found at i:160476 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 159257--161070 Score: 771
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 171
159247 GTATTGTTAG
* * * *
159257 TCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAGTGATTTTGAATT-AAATTTTTTTTTCATTTTTTG
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAA--TTTTTTTCATTTTTGG
* * * * ** ** * *
159320 TTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATCTA-GAAACATGAAGTGAGGGCTAT-CTATTGATA
63 TTAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCAT-AAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGC-ATTGACA
* * ** *** *
159383 AG-AAAGTCTATTTAGAGTCACTCATGCCTTT-ACAAGTGTAGTTAC
126 AGAAAAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGA-AAACCTAGTAAC
* * ** *
159428 TCGCATTAAATGATTTTATAATCTTATAAACAATTTTAAGTTG-AATTTTTTTCTAATTTTT-GT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTC--ATTTTTGGT
* * * * * ** *** * * *
159491 TAAAACATATAAGAATTTGTTGTTTGCATCAA-GAAATATGAAGTGCAAGCCATCCATTAATAAG
64 TAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCAT-AAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAG
** *** * *
159555 AAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAATGCCTTTGAAAGTATTGTTAC
128 AAAAGTCCATTTATAACCACTC-ATGCCTTTGAAAACCTAGTAAC
* * * * * * *
159599 TTGCTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTG--A-TTTTTCCATTTTTTGTG
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * ** * ** * * * *
159660 AAAACAAATAATAATTTCATGTTGGCATTGGGAAACGTGTAG-AGAATGCCATTCAATGACTAA-
65 AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAGGAAACGTGAAGCA-AAAGCCATGCATTGAC-AAG
* * ** * * * *
159723 AAAAATTCATTTATAGTCACTCATACCTTCGAAAGCATAGTAAC
128 AAAAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAAC
* * * * ** * * * *
159767 TCACTTCAAATAGTTTTATAGTAGTATAAAT-AATTTAAA-TCAATATATTTTTCATTTATGGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA-ATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * * * **** *
159830 AAAATAGATCATAATTGAATATTTGCATTAA-AAAACGTGAAGCAAAAATTGTGCATTGAGAAGA
65 AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCA-TAAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAGA
* * * * *
159894 AATGTCCATTTATAACCACTCATACCTTTGAAAGCCTTGTTAC
129 AAAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAAC
* * * * *
159937 TCGCTTTAAGTGGATTTATAA-CTTTATGAATGATTTTAGATTG-AATTCTTTTCATTTTTGGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * * * * * ** * * *
160000 AAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCGTTACGAAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATTAATAAGAA
65 AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAGAA
* * *
160065 AAGTCTATTTCGT---CACTCATGCC-TTCAAAAGCCTAGTAAC
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* * * ** *
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1 TCGCTTT-AAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTTGGTT
* * * ** * * * * *
160167 AAAACAGATAATAATTTGATGTTTACATTGGGAAACATGCAA-TAAATA-TCATTCATTGACTAG
65 AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAGGAAACGTG-AAGCAAA-AGCCATGCATTGACAAG
* * ** * * * ****
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* * * * *
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTTTGGTTA
* * * * * *
160339 AAACAGCTCATAATTGGATATTTTCATAAGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATGCATTGAGAAGAAA
66 AAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAGAAA
** *
160404 AGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTTCTTAC
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* * **
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1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAATTGA-AATTTTTTTCATTTTTGGT
* * * * * * * *
160509 TAAAATAGTTCATCATTGGATGTTTGCATAGGGAAACATGAAGCGAAATCCATTCATTGACAAGA
64 TAAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAGA
* * *
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129 AAAGTCCATTTATAAC-CACTCATGCCTTTGAAAA-CCTAGTAAC
* * * * * * ** * *
160617 TTGCTTCAAATCGTTTTGTAGTCCTTA-AAATGATTTTCAATCAAAATTTCTTTT-ATTATTAGT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTT-TTTTCATTTTTGGT
* * ** * * * * *
160680 TAAAACATATCAAAATAT-TTTGTTTGCATCAA-GAAATGAGAAGCAAAAGCTATCCATTGA-TA
64 TAAAACAGATCATAAT-TGGATGTTTGCAT-AAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAA
** ** * * * * * *
160742 GAAAAAGTCCATCCATAGTCATTTATGCCTTTGAAAGCATTGTTAC
127 G-AAAAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAAC
* * * * * * * * * * *
160788 TCACTTTAAATTGTTTCAAAATCTCATCACTGATTTTAAATTGGATTTTGTTTTTATTTTAGGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTT-TTTTCATTTTTGGTT
* * * *** * * * * * * * * *
160853 CAACCAGACCATAATTTCTTTTTTGCAT-TGAGAAAAGTAAAGCAAAACCCATCCACTAATAAGA
65 AAAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAGA
* *** * * * *
160917 AAAGTCTATTTATTGTCACTCATGCC-TTCAACAAGCTTGTTA-
129 AAAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAA-AACCTAGTAAC
* * * * * *
160959 TAGGTTTTAATTGATTTTATAAAT-TTACAAATGATTTTAAATTGAATTATTTTTTT-ATTTTTA
1 T-CGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTTATAAATGATTTTAAATTGAA--ATTTTTTTCATTTTTG
* * * * * *
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AAACAGATCATAATTGGATGTTTGCATAAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAGAAA
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159713 CAATGACTAA
* ** * * * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * **** *
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** * * * * * * * *
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1 AAAAATCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAA
* * * * * * * * * * *
159958 -CTTTATGAATGATTTTAGATTG-AATTCTTTTCATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATG
66 TC-CTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTCTAGTGAAAACAGCTCATAATTGGATA
* * * * * ** * * *
160021 TTTGCGTTACGAAACGTAAAGTGAAAGCCATCCATTAATAAG
130 TTTGCATAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAG
* * * * *
160063 AAAAGTCTATTTCGT---CACTCATGCC-TTCAAAAGCCTAGTAACTC-ATTTCAAAT-GATTTT
1 AAAAATCCATTT-ATAACCACTCATGCCTTTGAAAA-CCTAGTAACTCGCTTT-AAATAG-TTTT
* * * * * * * * *
160122 ATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TCAAATTTTTTTAACTT-TAGTTAAAACAGATAATAATTTG
62 GTAATCCTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTCTAGTGAAAACAGCTCATAATTGG
* * ** * * * *
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* ** * * * **** *
160230 AAAAATCAATTTATAGTCATTCATACCTTCGAAGGTATAGTAACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
1 AAAAATCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAA
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* ** * *
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* ** * * *
160401 AAAAGTCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTTCTTACTCGCTTTAACTGGTTTTGTAA
1 AAAAATCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAA
* ** * * * * * *
160466 -CTTGATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGTTCATCATTGGAT
66 TCCT-ATAAATGATTTTAAATTGA-AATTTTTTTCATTTCTAGTGAAAACAGCTCATAATTGGAT
* * * * *
160530 GTTTGCATAGGGAAACATGAAGCGAAATCCATTCATTGACAAG
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* * * * *
160573 AAAAATTCATTTAT-ACTCACTCATGCCTTT-AAAATGCTAGTAACTTGCTTCAAATCGTTTTGT
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*
160636 AGTCCT-TAAAATGATTTT
64 AATCCTAT-AAATGATTTT
160654 CAATCAAAAT
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AAAAATCCATTTATAACCACTCATGCCTTTGAAAACCTAGTAACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAA
TCCTATAAATGATTTTAAATTGAAATTTTTTTCATTTCTAGTGAAAACAGCTCATAATTGGATAT
TTGCATAAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATGCATTGACAAG
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163360 ACCTTTATTC
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* *
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1 CTT
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CTTTCTCTCTTTTCTTTCTTT
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169646 AAGTGATTAA
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*
169677 TTTAAGTTATTTTATTTTAAAT
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1 T
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TTTAAGTTATTTTATGTTAAAT
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176619 ACCTTCCTTC
176629 CTTTCTTTCTTT-TCTTT
1 CTTTCTTTCTTTGTCTTT
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CTTTCTTTCTTTGTCTTT
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* *
176640 TTCTTTCTTTCTTCTCCTTTGTCTTTTC
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1 TTCTT
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178920 GATAGGCTTG
* * * * *** *
178930 TTACTTGCTTTAAGTAGTTTTATTA-CTTTATAAATGATTTTAAATTGGTTCTTTTCATTTTTAG
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* * * * ** *
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* * *
179057 AGAAAAATCCATTTATGGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAA
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* * * * * *
179099 TAACTAGCTTCAAATGGTTTTATAGTCCTATAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTTTCATTTTTG
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTT-
* * * * * *
179164 GGTTAAAC-GTATCAAAATTAGATGCTTGCATT-GAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
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* * * * * * *
179227 AAGAAAAGTGCATTTATAGCCATTTAT-GCTTTCAATAGGCT-T
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAA-AGCCTAT
* * * * * * *
179269 ATTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGACTTTAAATTGACTTTTTCTCATTTTT
1 -TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATTTTT
* * * * ** * * *
179333 -GATTAAAACATATCATAAATTGATATTTGCATCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATGGAC
63 AG-TT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
* * ** *
179397 AAG-AAAGTCCATTTATAG-CTAGTCATGCCTTTGAAAGTGTAG
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * *
179439 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAGCTACATCTTTTTCTCAATTTT
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA-ATAAAT-TTTTT-TCATTTTT
* * * * * ** * * *
179504 GGCTAAA-ATGGATAAGAATTT-ATTGTGTGCATT-GAGAAATGTGAAGTACAAGCTATCCATTG
63 AGTTAAACA--GATCATAATTTGA-TGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* ** * * * * * *
179566 ATAAGAAAACTTAATCTATAGTTACTAATGCCTTCGAAAGCGT-T
124 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
179610 GTCACTTGCCTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTTATTTTT
1 -TTACTAGCTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTT
* * * ** * *
179673 AGTTAAAACATATCATAATTT-ATTATTTTCATCTA-GAAATGTGGAGCAAAAGTCATCCATTGA
63 AGTT-AAACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCAT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * **
179736 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTTATACCTCAGAAAGCCT-T
125 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* ** * * * * * * * *
179779 GTTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTTAAAAATAAGCTTCAATTGATTTTTTTTTATTTTTG
1 -TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTT-
* * * * * * * * ** * *
179844 ATTTAAAAAGATCCTAATTTGATATCTGTATT-GAAAAATATGAAGTGAAAGTCATCCATTAATA
63 AGTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATA
* *
179908 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATATCTTTTAAAGCCTAT
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* ** * *
179950 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTCTAATCAAATAAGTGATTTTAAATAAATTCTTTTTTATTTTTAG
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAATT-TTTTTCATTTTTAG
* * * * *
180015 TTAGAACAGATCATAATTGGATGTTTGTATAAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAG
65 TTA-AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAG
* * * * * * *
180080 AAAAATCCATTTATAATCAATTA-AGCCTTCG-ATGACCTAG
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAG-CCTAT
* **
180120 TTACT--CATATTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTTAAATCAAAATTGCTTTCATTT
1 TTACTAGC-T-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTT
* **
180183 TTAGTTAAA-AGATATCATAA-TTGCATGTTTGCATT-GAGAAACTTGAAGTGAAAGCCATCCAT
61 TTAGTTAAACAG--ATCATAATTTG-ATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCAT
* * * **
180245 TGATGAGAAAAGTCCATTTATTGTTACTCATACCTTCAAAAGCCT-T
122 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
180291 GTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT
1 -TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATTTTT
* * * * ** * ** * *
180355 -GCTTAAAATAGATCATAACTTGATGTTTTCATCAGGAAATGTAAAGTGAAAGCCATTCGTTG-T
63 AG-TT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
** * * * * *
180418 CAAGAAAAGTTTATTTATACTCACACATGCCTTCGAAAGCCTAG
126 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
180462 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGA-CTTATAAATTATTTTACATCAAAATATTTTTCA-TTTA
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATA-ATCTTATAAATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTT
* ** * * * * *
180525 ATGTTAAAACA-ATTCATAA-TTGAATATTCACATTGGGAAATATGAAACGAATGCCATCCATTG
63 A-GTT-AAACAGA-TCATAATTTG-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * *
180588 ACT-AGAAAAGTCTATTTATAATCACTAATGCCTTTGAAAGCCTAG
124 A-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * *
180633 TTAGTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTATCATTTTT-
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA-ATAAATTTTTT-TCATTTTTA
* * * * * * * * *
180697 GCATAATATAGATCATAATTTGTTGGTTGTATT-GAGCAACGTGAATG-ACAAGCCATCCGTTGA
64 G-TTAA-ACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * * ***
180760 CAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCCCGG
125 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * *
180804 TTACTTGCTTTTAAACGGTTTTATAATCTTACAAATG-TATTTAAACTGAATTTCTTTT-ATTTT
1 TTACTAGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAT-TTTAAA-TAAATTT-TTTTCATTTT
* * * * * **
180867 TGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCAAGAAATATGAAGTGAAAG-----C--T-AT
62 TAGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
* * * * * *
180924 --CAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAG
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * * ***
180965 TTACCCA-TTTTATATGGTTTTGTAATCTTGTAAATGATTTTAAATTGAAATTGTTTTCATNNNN
1 TTA-CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-T-AAATTTTTTTCAT-TTT
****** * * * * * * * ** *
181029 NNNNNNAATAGATTATCATTGGATGTTTACATTGGGAAACATTAAGTGAAAGCTATCCATTGATA
62 TAGTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATA
* * *
181094 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTCTGAAAGCCT-T
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
181135 GTTACTTA-CTTTAAGTGGTTTTGTAA-CTTTATAAAT-AGTTTTAGATTGATTTTTTTTCCATT
1 -TTAC-TAGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGA-TTTTA-AATAAATTTTTTT-CATT
* * * * * *
181197 TTTGGTTGAAACAGATCATAAGTTGATGTTTGTATTTA-GAAACATGAAG-TAAA-TCATTCATT
60 TTTAGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * *
181259 GACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCTTACCTTTGAAAGCCTAGA
123 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTA-T
* * * **
181306 TT-CTCA-CTTTAAATAGTTTTACAATCTGATAAATGATTTTAAATCTAAATTTTTTTCATTTCC
1 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA--TAAATTTTTTTCATTTTT
* * * * * * ** *
181369 AGTTAGGATAGTTCATGATTTAATGTTTGCATT-GAGAAACATAAAATAAAAGCCATCCATTGAC
63 AGTTA-AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
* * * * * *
181433 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCGATGCATTTAAAAGTCTAG
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
181476 TTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTATTTTAATTTTTT
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTTA
* * * * * * * **
181541 GTTAAAAAAATCGTAATTGGGTGCTTGCATTAGG-AACATGAAGCGAAAGTGATCCATTGATAAG
64 GTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAG
** * * * ** *
181605 AAATCTTCATTTATGGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTA-
129 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* *
181644 TTATTTA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAATGA-TTTAAATCATAATTTTTTT--TTGTT
1 TTA-CTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-A-AATTTTTTTCATT-TT
* * * * * * * *
181705 TATTGTTAGAACAAATTAT-ATTTGGATATTTACATTGGGAAACATGTAGCGAAACCCATCCATT
62 TA--GTTA-AACAGATCATAATTT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT
* * * *
181769 GACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCT-T
123 GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * *
181814 GTTACTCA-ATTTAAATGATTTTATAATCTAATAAATGATTTTAAATCAATTTTTTTTTATTTCT
1 -TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAATTTTTTTCATTTTT
* * * * * ** *
181878 AGTTAGAATAGATCATAATTAGATGTTTGCATAAGAAAATATGATA-CAAAAGTTAT---TTAAT
63 AGTTA-AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGA-AGCAAAAGCCATCCATTGAT
* * * * * * * *
181939 AACTAGAAAGATCCGTTTATAGCCACT-AGTGCCTTCGCAAGACTAG
126 AA-GA-AAAG-TCCATTTATAGTCACTCA-TACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * *
181985 TTACTCA-CTTTAAATGCTTTTATACTCTTATAAATAAGTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTT
1 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAAT-AA-ATTTTTTTCATTTT
* * ** * * *
182049 TCA-TTAAAGCAG-TTATAATTTGATGTTTACATTAGGGTAGATGAAGCGAAAGCTATCCATTGA
62 T-AGTTAAA-CAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * * * *
182112 CAAGAAAAGTCTATCTACAGTCACTTATGA-CTTCGAAAGCCTAG
125 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT-ACCTTTGAAAGCCTAT
** * *
182156 TTACCCGCTTTAAATGGTATTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTATTTTCATTTCTT
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-T-AAATTTTTTTCATTT-TT
* * * *
182221 -GTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAT-AAGCAAAAGCCATCCATTGAGA
63 AGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATA
* *
182284 A-TAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGTCT-T
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * ** *
182324 GTCACTTGCTTTCAATGGTTTTGTAA-CTTTATAAATGATTTTATATTTATTTTTTTTATTTTTA
1 -TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTA
* * * * ** * * * *
182388 GTTTGAACATATTATAATTTGATGATTGCA--CCGAGAA-ATGGAAAG-GAAAGGCATTCATTAA
64 G-TTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGA-AACAT-G-AAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * * *
182449 CAAGAAAA-TTCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAACCTAG
125 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * * * *
182492 TAACTCA-CTTCAAATGATTTTATAAT-TATGTAAATCATTTTAAATCAAAAGTTTTCTCATTTA
1 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAAATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTT
* * * * * *
182555 TGGTTAAAACAGATTATAATTAGATGCTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAAC
62 TAGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
* *
182620 AAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGCCT-T
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
182662 ATTACTCA-CTTTAAGA-GGTTTTAT-AGCTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTC-GTT
1 -TTACT-AGCTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAA-ATAAATTTTTTTCATTT
** * * * * * *
182723 TCGGTTAAAAAGATTATAATTTCG-TGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGCAGAGGCCATCCATTGA
61 TTAGTTAAACAGATCATAATTT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * ** * *
182787 CAAAAAAAGTCTATTTATATTTGCTCATGCCTTCGAAAGCCT-T
125 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
182830 GTTAC-ATGCTTTAACTGGATTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTCAATTTGTTTCCATTT
1 -TTACTA-GCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATTT-TTTTCATTT
* *
182893 TTAGTTCAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCA-TAGGAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTG
61 TTAGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
** * * *
182957 ACCACAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGGCT-T
124 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * *
183001 GTTACTCA-CCTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTGTTTCCATTT
1 -TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATTT-TTTTCATTT
* * * *
183064 TTTGTTCAAATAAATTATAATTTGATGTTTGCA-TAGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
61 TTAGTT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * *
183128 ACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTTGAAAGCCT-T
124 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
183172 GTTACTCGCCTTAAGA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTCCCTTT
1 -TTACTAGCTTTAA-ATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAA-TAAATT-TTTTTCATTT
* * * ** * * * * *
183235 TTGGTTAAATATATCATTGTTTGATATTTACA-TCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGA
61 TTAGTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * * * * *
183299 TAAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTAAT-GCTTTCGATAGGCT-T
125 TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTT-GAAAGCCTAT
* * * ** *
183342 GTTACTCA-CTTTTAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGACTTTAAATTGGATTTTTTT-TTTAG
1 -TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATT--
* * * * * *
183404 TTTTGATTAAAACAGATCTTAATTTGATGTTTGCATTGGGAAACGTTAAGTGAAAA-CCATCCAT
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* * * * ** *
183468 CGATGAGAAACGTCAATTTATAGTCACTCATGGCTTTGAAAGCCTAG
122 TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * * ** *
183515 TAACTCGCTTCATATGGTTTTATAGTCCTATAAACCATTTTAAATTGAATTTTTTTTCATTTTTA
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-T-AAATTTTTTTCATTTTTA
* * ** * ** * ** *
183580 GTTAAA-ATGGACCATATTTTTTTGTTTGCATTAAGAAATGTAAAGTGAAAGCCATCCATTGAGA
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* * * * * * **
183644 AGAAAATTCCATCTATAGTCATTCATGCCCTT-AATAGGCTCG
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAA-AGCCTAT
* ** * * * *
183686 TTACTCA-CTATAGGTGGCTTTATAA-CTTTCTAAATAATTTTAAATTGAATTAATTTTT-A-TT
1 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATT--TTTTTCATTT
* * * * * * * *
183747 TTAGGTAAAACATATCTTAATTTGATGTTTGCA-TCGAGAAACATGAAGCGAAAGCTAGCCATGG
61 TTA-GTTAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * * * * * ** * *
183811 ACAA-TAAAGTCTACTTGTTGTCACTTACGCCTTTGAAAGCGTAG
124 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * * *
183855 TTACTTGCTTTATATGTTTTTACAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTCATTTTT
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAA-ATAAATT-TTTT-TCATTTTT
* * * * * ** * *
183920 AGTTAAAATAGATAAAAATTT-ATTGTTTGCATT-GAAAAACGTGAAGCGCAAGCCATCCCTCGA
63 AGTT-AAACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA
* * *** * * *
183983 CAAGAAAAGCCCATCCGTAGTCATTAATACTTTTGAAAG--TGAT
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* * * * * * * *
184026 GTTTCTCGCTTTAGGA-GCTTTTATAA-CTTTATAAATGGTTTTGAATTGAATATTTTTTCACTT
1 -TTACTAGCTTTA-AATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTT-AAATAAAT-TTTTTTCATTT
* * * ** * *
184089 TTCGTTAAAACAAATCATAATTT-ACTGTTTTCATTAGG-AATGTGAAGTAAAAGCCATTCATTG
61 TTAGTT-AAACAGATCATAATTTGA-TGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * * ** *
184152 ACAAG-AAAGTCCATTTATAGTGACTTATACCTCCGAAAGCCTAA
124 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* *** * * * * * *
184196 TTACTTGCTTTAAACAATTTTTTAATTTTAAAAATGATTTTCAATTGAGTTTTCTTTACATTTTT
1 TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT-AAATAAATTTT-TTT-CATTTTT
* * ********* * * * ** ** * * *
184261 GGTCANNNNNNNNNNTAATTTCATGTTCT-CATCAAGAAATGTGAAGTGAAGGCCATCCAATGAC
63 AGTTA-AACAGATCATAATTTGATGTT-TGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
* * ** ** * * * * *
184325 AAGAAAAGTCAATTTCTAACCTTTCATGCCTTCGAAAACTTAG
126 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * *
184368 TTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAAATGATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTT
1 TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTT
* * ** * * ** * *
184432 GGTTAGAACAAATCATAATGGGATGTTTGCATTCGAAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACA
63 AGTTA-AACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATA
* * * **
184497 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCT-T
127 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
184538 GTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAGTGA-TTTAAATTGAATTTTTTTTATTTTT
1 -TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAATTTTTTTCATTTTT
* * * * *
184601 -GATTAAAAGAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCA-GAAA-AAGTAAGGCAAAAGCCATCCATTA
63 AG-TT-AAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATG-AA-GCAAAAGCCATCCATTG
* * * ** * * * ** *
184663 AAAATAAAAGTCTC-TTTGTAGTTGCTTATGCCATCAAAAG-CTTT
124 ATAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
* * * * *
184707 GTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTAATTTCT
1 -TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--AAATTTTTTTCATTTTT
* *
184772 AGTTAAAACAGATCATATATGTT--TGTTTGC-TATAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTG
63 AGTT-AAACAGATCATA-AT-TTGATGTTTGCAT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTG
* * **
184834 GTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAT
124 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
184863 GACTACAAAA
Statistics
Matches: 4392, Mismatches: 1065, Indels: 612
0.72 0.18 0.10
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161 79 0.02
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163 1 0.00
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAATTTTTTTCATTTTTAGT
TAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAA
AAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAT
Found at i:183109 original size:510 final size:502
Alignment explanation
Indices: 178907--184862 Score: 2617
Period size: 512 Copynumber: 11.7 Consensus size: 502
178897 TAATTATAAC
* * * * ** * * *
178907 CACTCATGACTTCGATAGGCTTGTTACTTGCTTTAAGTAGTTTTATTA-CTTTATAAATGATTTT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTT
*** * * * ** * * *
178971 AAAT-TGGTTCTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAAGCACAATTTGATGTTGACA-TAGTGAAACGT
65 AAATCAATTTGTTTTCATTTTTTGTT-AAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAG-GAAACAT
* * * * * *
179034 GAAGTGAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAATCCATTTATGGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTAA
128 GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCT-A
* * * * * ** * *
179099 TAACT-AGCTTCAAATGGTTTTATAGTCCTATAAATGATTGTAAATCAAAATCTTTTTCATTTTT
192 TTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAATTTTTTTC-GTTTT
* * * * * * * * * *
179163 GGGTT-AAACGTATCAAAATTAGATGCTTGCATTGAGAAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAT
254 -GGTTAAAAAG-ATTATAATTTGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCATCCATTGAC
* * * * * * * * * * *
179227 AAGAAAAGTGCATTTATAGCCATTTAT-GCTTTCAATAGGCTTATTACTCGTTTTAAGTGGTTTT
315 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTT-AAAAGCCTTGTTACT-GCTTTAAATGGATTT
* * * * * * *
179291 ATAA-CTTTATAAATGACTTTAAATTGACTTTTTCTCATTTTT-GATTAAAACATATCATAAATT
378 ATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTTAG-TT-AAATAGATCATAATTT
* * * * * * * * *
179354 GATATTTGCATCAGGAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATGGACAAG-AAAGTCCATTTATAG-
440 GATGTTTGCATAAGAAAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * ** *
179415 CTAGTCATGCCTTTGAAAGTGTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
1 C-ACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
* * * * ** * * * *
179480 -AAGCTACATCTT-TTTCTCAATTTTGGCTAAAATGGATAAGAATTT-ATTGTGTGCATT-GAGA
65 AAATC-A-AT-TTGTTT-TCATTTTTTG-TTAAATAAATTATAATTTGA-TGTTTACATTAG-GA
** * * * * * * * * *
179541 AATGTGAAG-TACAAGCTATCCATTGATAAGAAAACT-TAATCTATAGTTACTAATGCCTTCGAA
123 AACATGAAGCGA-AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATACCTTTGAA
* ** *
179604 AGCGT-TGTCACTTGCCTTAAGA-GGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTT
186 AGCCTAT-T-ACTCACTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAA-TTTTT
** * * * * * * * ** * *
179665 TTATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTT-ATTATTTTCATCT-AGAAATGTGGAGCAAAAGTCA
246 TTCGTTTTGGTTAAAA-AGATTATAATTTGA-TGTTTGC-TTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCA
* * * *
179728 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTTATACC-TCAGAAAGCCTTGTTACTCGCTTTA
306 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTA-AAAGCCTTGTTACT-GCTTTA
* * * ** * * * * * *
179792 AAT-AATTTTATAATCTTAAAAATAAGCTTCAATTGATTTTTTTTTATTTTTGATTTAAAAAGAT
369 AATGGA-TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTT-AGTTAAATAGAT
* * * * * * * * * * *
179856 CCTAATTTGATATCTGTAT-TGAAAAATATGAAGTGAAAGTCATCCATTAATAAGAAAAGTCCAT
432 CATAATTTGATGTTTGCATAAG-AAAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTAT
179920 TTATAGT
496 TTATAGT
** ** * * ** *
179927 CACTCATATCTTTTAAAGCCTATTTACT-AGCTTTAAATGGTTTTCTAATCAAATAAGTGATTTT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
* * * * * * * ** * *
179991 AAATAAATTCT-TTTTTATTTTTAGTTAGAACAGATCATAATTGGATGTTTGTATAAGGAAACGT
65 AAATCAATT-TGTTTTCATTTTTTGTTA-AATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACAT
* * * * * * * *
180055 GAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAATCAATTA-AGCCTTCG-ATGACCT
128 GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-CCTTTGAAAG-CCT
* ** ** *
180118 AGTTACTCA-TATTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTTAAATCAAAATTGCTTTCATT
191 A-TTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTTTAAAT-TGAATTTTTTTC-GT
* * * * *
180182 TTTAGTT-AAAAGATATCATAA-TTGCATGTTTGCATTGAGAAACTTGAAGTGAAAGCCATCCAT
251 TTTGGTTAAAAAGAT-T-ATAATTTG-ATGTTTGCTTTGGGAAACATGAA--GCAAGCCATCCAT
** * * * *
180245 TGATGAGAAAAGTCCATTTATTGTTACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGT-GA
311 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACT-GCTTTAAATGGA
* *
180309 TTTTATAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTCATTTTT-GCTTAAAATAGATCATA
375 -TTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTTAG-TT-AAATAGATCATA
* * * * * * * * * *
180372 ACTTGATGTTTTCATCAGGAAATGTAAAGTGAAAGCCATTCGTTGTCAAGAAAAGTTTATTTATA
436 ATTTGATGTTTGCATAAGAAAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATA
*
180437 CT
501 GT
* ** *
180439 CACACATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAGA-CTTATAAATTATTTT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATA-ATCTTATAAATGATTTT
* * ** * * *
180503 ACATCAAAATAT-TTTTCATTTAATGTTAAA-ACAATTCATAA-TTGAATATTCACATTGGGAAA
65 AAATC--AATTTGTTTTCATTTTTTGTTAAATA-AATT-ATAATTTG-ATGTTTACATTAGGAAA
* * * * * * *
180565 TATGAAACGAATGCCATCCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAATCACTAATGCCTTTGAAAGCC
125 CATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCC
* * * * * *
180630 TAGTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTTTAATCTTATAAATGATTTTAAGTTAAATTTTTTATCATTT
190 TA-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTT-TC-GTT
** * * * * * * * *
180695 TTGCATAATATAGATCATAATTTGTTGGTTG-TATTGAGCAACGTGAATGACAAGCCATCCGTTG
252 TTGGTTAA-AAAGATTATAATTTGATGTTTGCT-TTGGGAAACATGAA-G-CAAGCCATCCATTG
* * * ** * *
180759 ACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTTATACCTTTAAAAGCCCGGTTACTTGCTTTTAAACGGTT
313 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTAC-TGC-TTTAAATGGAT
* * * * * *
180824 TTATAATCTTACAAATG-TATTTAAACTGAATTTCTTTT-ATTTTTGGTTAAAACATATCATAAT
376 TTATAATCTTATAAATGAT-TTTAAATTCAATTT-TTTTCATTTTTAGTT-AAATAGATCATAAT
*
180887 TTGATGTTTGCATCAAG-AAATATGAAGTGAAAG-C--T-A-T--C---AAAAGTCTATTTATAG
438 TTGATGTTTGCAT-AAGAAAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
180941 T
502 T
* * * * * *
180942 CACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACCCATTTTATATGGTTTTGTAATCTTGTAAATGATTTTA
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
* * ********* * * * * *
181007 AATTGAAATTGTTTTCATNNNNNNNNNNAATAGATTATCATTGGATGTTTACATTGGGAAACATT
66 AA-TCAATTTGTTTTCAT-TTTTTGTTAAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACATG
* * * * * *
181072 AAGTGAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTCTGAAAGCCTTGT
129 AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCC-TAT
* * * * * *
181137 TACTTACTTTAAGTGGTTTTGTAA-CTTTATAAAT-AGTTTTAGATTGATTTTTTTTCCATTTTT
193 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGA-TTTTAAATTGAATTTTTTT-C-GTTTT
* * * ** * ** *
181200 GGTTGAAACAGATCATAAGTTGATGTTTG-TATTTAGAAACATGAAGTAAATCATTCATTGACAA
254 GGTT-AAAAAGATTATAATTTGATGTTTGCT-TTGGGAAACATGAAGCAAGCCATCCATTGACAA
* * * * * * * *
181264 GAAAAGTCCATTTATAATCACTCTTACCTTTGAAAGCCTAGATT-CTCACTTTAAATAGTTTTAC
317 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTG-TTACT-GCTTTAAATGGATTTAT
* * ** * * * *
181328 AATCTGATAAATGATTTTAAATCTAAATTTTTTTCATTTCCAGTTAGGATAGTTCATGATTTAAT
380 AATCTTATAAATGATTTTAAAT-TCAATTTTTTTCATTTTTAGTTA-AATAGATCATAATTTGAT
* * *
181393 GTTTGCATTGAGAAACATA--AAATAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
443 GTTTGCA-TAAGAAA-ATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* ** * * *
181453 CA-TCGATGCATTTAAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
1 CACTC-ATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTT
* * * * ** * * * *
181517 AAATCAAAATTATTTTAATTTTTTGTTAAAAAAATCGTAATTGGGTGCTTGCATTAGG-AACATG
65 AAATC-AATTTGTTTTCATTTTTTGTTAAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACATG
** * * * ** *
181581 AAGCGAAAGTGATCCATTGATAAG-AAA-TCTTCATTTATGGTCACTCATGCCTTCAAAAACCTA
129 AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTC-T-ATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTA
* * * *
181644 TTATTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAATGA-TTTAAATCAT-AATTTTTTTTTGTTTA
192 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--TGAA-TTTTTTTCGTTT-
* * * * * *
181707 TTGTTAGAACAA-ATTAT-ATTTGGATATTTACATTGGGAAACATGTAGCGAAACCCATCCATTG
253 TGGTTA-AA-AAGATTATAATTT-GATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCATCCATTG
* *
181770 ACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTTGTTACT-CAATTTAAAT-GAT
313 ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACTGC--TTTAAATGGA-
* * *
181833 TTTATAATCTAATAAATGATTTTAAA-TCAATTTTTTTTTATTTCTAGTTAGAATAGATCATAAT
375 TTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAA-TTTTTTTCATTTTTAGTTA-AATAGATCATAAT
* * ** * * * * **
181897 TAGATGTTTGCATAAGAAAATATGATA-CAAAAGTTATTTAATAACTAG-AAAGATCCGTTTATA
438 TTGATGTTTGCATAAGAAAATATGA-AGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG-TCTATTTATA
*
181960 GC
501 GT
* * * * *
181962 CACT-AGTGCCTTCGCAAGACTAGTTACTCACTTTAAATGCTTTTATACTCTTATAAATAAGTTT
1 CACTCA-TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGA-TTT
* * * * ** ** * ** *
182026 GAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAGCAGTTATAATTTGATGTTTACATTAGGGTAGAT
64 TAAATCAA-TTTGTTTTCATTTTTTGTTAAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACAT
* * * * *
182091 GAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATCTACAGTCACTTATGA-CTTCGAAAGCCTA
128 GAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-ACCTTTGAAAGCCTA
* * * * *
182155 GTTACCCGCTTTAAATGGTATTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTATTTTCATTTCT
192 -TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTG-AATTTTTTTCGTTT-T
* * * *
182220 TGTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAT-AAGCAAAAGCCATCCATTGAGA
254 GGTTAAAA-AGATTATAATTTGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCATCCATTGACA
* * * * * * *
182284 A-TAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGTCTTGTCACTTGCTTTCAATGGTTTTGT
316 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTAC-TGCTTTAAATGGATTTAT
* * * * * * *
182348 AA-CTTTATAAATGATTTTATATT-TATTTTTTTTATTTTTAGTTTGAACATATTATAATTTGAT
380 AATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTTAG-TTAAATAGATCATAATTTGAT
* ** * * * * *
182411 GATTGCA-CCGAGAAAT-GGAAAG-GAAAGGCATTCATTAACAAGAAAATTC-ATTTATAGT
443 GTTTGCATAAGA-AAATATG-AAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
** * * * * * *
182469 CACTCATGCCTTTAAAAACCTAGTAACTCACTTCAAATGATTTTATAAT-TATGTAAATCATTTT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-TATAAATGATTTT
* * * * * * *
182533 AAATCAAAAGTT-TTCTCATTTATGGTTAAA-ACAGATTATAATTAGATGCTTGCATTAGGAAAC
65 AAATC--AATTTGTTTTCATTTTTTGTTAAATA-A-ATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAAC
* * *
182596 ATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGCCT
126 ATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCC-
* * *
182661 TATTACTCACTTTAAGA-GGTTTTAT-AGCTTTATAAATTATTTTAACTTGAATTTTTTTCGTTT
190 TATTACTCACTTTAA-ATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCGTTT
*
182724 CGGTTAAAAAGATTATAATTTCG-TGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGCAGAGGCCATCCATTGAC
253 TGGTTAAAAAGATTATAATTT-GATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGCA-A-GCCATCCATTGAC
* * * ** * ** *
182788 AAAAAAAGTCTATTTATATTTGCTCATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACATGCTTTAACTGGATTTA
315 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTAC-TGCTTTAAATGGATTTA
* *
182853 TAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTCAATTTGTTTCCATTTTTAGTTCAAATAGATCATAATTTG
379 TAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTT-TTTTCATTTTTAGTT-AAATAGATCATAATTTG
* * * * *
182917 ATGTTTGCATAGGAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGACCACAAAAGTCTATTTATAGT
441 ATGTTTGCATAAGAAAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
* * * * * *
182979 CACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACCTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTT
* *
183043 AAATTCAATTTGTTTCCATTTTTTGTTCAAATAAATTATAATTTGATGTTTGCA-TAGGAAAACA
65 AAA-TCAATTTGTTTTCATTTTTTGTT-AAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGG-AAACA
* *
183107 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTTGAAAGCCTT
127 TGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCC-T
* * * * *
183172 GTTACTCGCCTTAAGA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTCCCTTT
191 ATTACTCACTTTAA-ATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATTGAATT-TTTT-TCGTT
* * * ** * * * * * * * *
183235 TTGGTTAAATATATCATTGTTTGATATTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGAT
252 TTGGTTAAAAAGATTATAATTTGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCATCCATTGAC
* * * * * * * * * * *
183300 AAGAAAAGTTCATTTATAGCCACTAAT-GCTTTCGATAGGCTTGTTACTCACTTTTAGTGGTTTT
315 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTT-AAAAGCCTTGTTACT-GCTTTAAATGGATTT
* ** * * * *
183364 ATAA-CTTTATAAATGACTTTAAATTGGATTTTTTT-TTTAGTTTTGATTAAAACAGATCTTAAT
378 ATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATT--TTTAG-TT-AAATAGATCATAAT
** * ** * * * ** * *
183427 TTGATGTTTGCATTGGGAAACGTTAAGTGAAAA-CCATCCATCGATGAGAAACGTCAATTTATAG
438 TTGATGTTTGCATAAGAAAATATGAAGT-AAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
183491 T
502 T
* * * * * * * * **
183492 CACTCATGGCTTTGAAAGCCTAGTAACTCGCTTCATATGGTTTTATAGTCCTATAAACCATTTTA
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
* * * ** ** * ** * * ** *
183557 AATTGAATTTTTTTTCATTTTTAGTTAAAATGGACCATATTTTTTTGTTTGCATTAAGAAATGTA
66 AA-TCAATTTGTTTTCATTTTTTGTT-AAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACATG
* * * * * * * * * *
183622 AAGTGAAAGCCATCCATTGAGAAGAAAATTCCATCTATAGTCATTCATGCCCTT-AATAGGCTCG
129 AAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAA-AGCCT-A
* ** * * * *
183686 TTACTCACTATAGGTGGCTTTATAA-CTTTCTAAATAATTTTAAATTGAATTAATTTTT-ATTTT
192 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATTGAATT--TTTTTCGTTTT
* * * * * * *
183749 AGG-TAAAACATATCT-TAATTTGATGTTTGCATCGAGAAACATGAAGCGAAAGCTAGCCATGGA
254 -GGTTAAAA-AGAT-TATAATTTGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCATCCATTGA
* * * * * * ** * * * * **
183812 CAA-TAAAGTCTACTTGTTGTCACTTACGCCTTTGAAAGCGTAGTTACTTGCTTTATATGTTTTT
314 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTAC-TGCTTTAAATGGATTT
* * * * *
183876 ACAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTTTCTCATTTTTAGTTAAAATAGATAAAAATTT
378 ATAATCTTATAAATGATTTTAAATTCAATT-TTTT-TCATTTTTAGTT-AAATAGATCATAATTT
* *** * * * * * ***
183941 -ATTGTTTGCAT-TGAAAA-ACGTGAAGCGCAAGCCATCCCTCGACAAGAAAAGCCCATCCGTAG
440 GA-TGTTTGCATAAGAAAATA--TGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAG
184003 T
502 T
* * * * * * * * * *
184004 CATTAATACTTTTGAAAG--TGATGTTTCTCGCTTTAGGA-GCTTTTATAA-CTTTATAAATGGT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCT-A-GTTACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATC-TTATAAATGAT
* * * * * * *
184065 TTTGAATTGAATATT-TTTTCACTTTTCGTTAAAACAAATCATAATTT-ACTGTTTTCATTAGG-
62 TTT-AAATCAAT-TTGTTTTCATTTTTTGTT-AAATAAATTATAATTTGA-TGTTTACATTAGGA
** ** * * * * **
184127 AATGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTGACTTATACCTCCGAAAG
123 AACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAG
** *** * * * * *
184191 CCTAATTACTTGCTTTAAACAATTTTTTAATTTTAAAAATGATTTTCAATTGAGTTTTCTTTACA
188 CCT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTT-TTT-C-
* * ********* * * *** ** *
184256 TTTTTGGTCANNNNNNNNNNTAATTTCATGTTCT-CATCAAGAAATGTGAAGTGAAGGCCATCCA
249 GTTTTGGTTA-AAAAGATTATAATTTGATGTT-TGCTTTGGGAAACATGAAG-CAA-GCCATCCA
* * * ** ** * * *
184320 ATGACAAGAAAAGTCAATTTCTAACCTTTCATGCCTTCGAAAA--CTTAGTTACTCACTTTAAAT
310 TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT-TAAAAGCCTT-GTTACT-GCTTTAAAT
* * * * * * *
184383 GGTTTTATAGTCTAATAAATGATTTTAAA-TCAAAATATTTTTCATTTTTGGTTAGAACAAATCA
372 GGATTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTC--AATTTTTTTCATTTTTAGTTA-AATAGATCA
** ** * ** *
184447 TAATGGGATGTTTGCATTCGAAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
434 TAATTTGATGTTTGCATAAGAAAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTA
184512 TAGT
499 TAGT
* * * * * *
184516 CACTCATGCATTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAGTGA-TTT
1 CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TTATAAATGATTTT
* * * * * *
184579 AAATTGAATTT-TTTTTA-TTTTTGATTAAA-AGAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCA-GAAA-
65 AAA-TCAATTTGTTTTCATTTTTTG-TTAAATA-A-ATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAAC
* * * * * * * ** * * * **
184639 AAGTAAGGCAAAAGCCATCCATTAAAAATAAAAGTCTCTTTGTAGTTGCTTATGCCATCAAAAGC
126 ATG-AA-GCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGC
* * * * ** * **
184704 TTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTAATT
189 -CTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-TGAATTTTTTTCGTT
* * * * *
184769 TCTAGTTAAAACAGATCATATATGTT--TGTTTGCTATAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCAT
252 T-TGGTTAAAA-AGATTATA-AT-TTGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGC--AAGCCATCCAT
** * **
184832 TGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAT
311 TGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
184863 GACTACAAAA
Statistics
Matches: 4140, Mismatches: 1029, Indels: 555
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
500 35 0.01
501 90 0.02
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (502 bp):
CACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA
AATCAATTTGTTTTCATTTTTTGTTAAATAAATTATAATTTGATGTTTACATTAGGAAACATGAA
GCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGCCTATTAC
TCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATTGAATTTTTTTCGTTTTGGTTAAA
AAGATTATAATTTGATGTTTGCTTTGGGAAACATGAAGCAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTGTTACTGCTTTAAATGGATTTATAATCTTATAAA
TGATTTTAAATTCAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAAGAA
AATATGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT
Found at i:183489 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 178900--184863 Score: 2027
Period size: 341 Copynumber: 17.5 Consensus size: 337
178890 TTCTCTATAA
* * * ** * *
178900 TTATAACCACTCATGA-CTTCGATAGGCTTGTTACTTGCTTTAAGTAGTTTTATTACTTTATAAA
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* * * * * ** * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * **
179091 AAGCCTAATAACTAG-CTTCAA-ATGGTTTTAT-AGTCCTATAAATGATTGTAAATCAAAATCTT
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* ** ** * * * * *
179153 TTT-CATTTTTGGGTTAAACGTATCAAAATTAGATGCTTGCATTGAGAAACGTAAAGCAAAAGCC
252 TTTCCATTTTT-AGTTAAATATATC-ATTTTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
*
179217 ATCCATTGATAAGAAAAGTGC-AT
315 ATCCATTGACAAGAAAAGT-CTAT
* * * * * **
179240 TTATAGCCATTTAT-GCTTTCAATAGGCTTATTACTCGTTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAA-AGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
* * * * * * * * **
179304 TGACTTTAAATTGA-CTTTTTCTCATTTTTGATTAAAACATATCATAAATTGATATTTGCATCAG
65 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTGG
** * * * *
179368 GAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATGGACAAG-AAAGTCCATTTATAG-CTAGTCATGCCTTTGA
129 GAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-ACTCATGCCTTTGA
** * * * **
179431 AAGTGTAGTTACTCGCTTTAA-ATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAGCT-ACATCTTT
192 AAGCCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATAATTTTAAATTGA-AT-TTT
* * * ** * ** * *
179493 TTCTCAATTTTGGCTAAAATGGATAAGAATTTATTG-TG--TGCATTGAGAAATGTGAAGTACAA
253 TTC-CATTTTTAG-TTAAAT--AT-ATCATTT-TTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAA
* * *
179555 GCTATCCATTGATAAGAAAACT-TAAT
312 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-AT
* ** * * * * ** * *
179581 CTATAGTTACTAATGCCTTCGAAA-GCGTTGTCACTTGCCTTAAGAGGTTTTATAACTTTATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGC-TTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
* * * * * *
179645 TGATTTTAAATT-A-ATTTTTTTTATTTTTAGTTAAAACATATCATAATTT-ATTATTTTCATCT
65 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTTGA-TGTTTGCAT-T
* ** * * * * * * * **
179707 -AGAAATGTGGAGCAAAAGTCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACTTATACCTCAG
127 GGGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* ** * ** * *
179771 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAA-ATAATTTTATAA-TCTTAAAAATAAGCTTCAATTGATTTTTT
191 AAAGCCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTT
** * * * * * * * * * * * ** *
179834 TTTATTTTTGATTTAAAAAGATCCTAATTTGATATCTGTATTGAAAAATATGAAGTGAAAGTCAT
254 TCCATTTTT-AGTTAAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * *
179899 CCATTAATAAGAAAAGTCCAT
317 CCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * **
179920 TTATAGTCACTCATATCTTTTAAAGCCTAT-TTACT-AGCTTTAAATGGTTTTCTAA-TCAAATA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCT-TGTTACTCA-CTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATA
* * * * * * * * * *
179982 AGTGATTTTAAA-TAAATTCTTTTTTATTTTTAGTTAGAACAGATCATAATTGGATGTTTGTATA
63 AATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATT
* * * * * * * * *
180046 AGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATTTATAATCAATTAAGCCTTCG
127 GGGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * *** * * **
180111 -ATGACCTAGTTACTCATATTAA-ATAGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTTAAATCAAAATT
191 AAAG-CCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAAT-AATTTTAAAT-TGAATT
* * ** * * **
180173 GCTTT-CATTTTTAGTTAAAAGATATCATAATTGCATGTTTGCATTGAGAAACTTGAAGTGAAAG
251 -TTTTCCATTTTTAGTT-AAATATATCATTTTTG-ATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAG
** *
180237 CCATCCATTGATGAGAAAAGTCCAT
313 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* ** ** * * *
180262 TTATTGTTACTCATACCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGATTTTATAACTTTATAAAT
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAT
* * * * * * * * **
180327 AATTTTAAATTGA-ATTTTTTTCATTTTTGCTTAAAATAGATCATAACTTGATGTTTTCATCAGG
66 GATTTTAAATTGATTTTTTTTTTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTGGG
** * * * * * * * * * *
180391 AAATGTAAAGTGAAAGCCATTCGTTGTCAAGAAAAGTTTATTTATACTCACACATGCCTTCGAAA
130 AAACATGAAG-CAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * * * **
180456 GCCTAGTTACTTGCTTTAA-ATGGTTTTAT-AGACTTATAAATTATTTTACATCAAAATATTTTT
194 GCCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAG-TTTATAAATAATTTTAAAT-TGAAT-TTTTT
* * ** * ** * * * * * *
180519 -CA-TTTAATGTTAAA-ACAATTCATAATTGAATATTCACATTGGGAAATATGAAACGAATGCCA
255 CCATTTTTA-GTTAAATA-TA-TCATTTTTG-ATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
*
180581 TCCATTGACTAGAAAAGTCTAT
316 TCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
** * * * * * * * *
180603 TTATAATCACTAATGCCTTTGAAAGCCTAGTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTTTAA-TCTTATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAA
* * * * * * * * * * *
180667 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTATCATTTTTGCA-TAATATAGATCATAATTTGTTGGTTGTATTG
65 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTA-TTTTG-ATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTG
* * * * * * * * *
180731 AGCAACGTGAATG-ACAAGCCATCCGTTGACAAGAAAAGTCTATCTATAGTCACTTATACCTTTA
128 GGAAACATGAA-GCA-AAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
** * * * * *
180795 AAAGCCCGGTTACTTGCTTTTAA-ACGGTTTTATAA-TCTTACAAAT-GTATTTAAACTGAATTT
191 AAAGCCTTGTTACTCGC-CTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATAAT-TTTAAATTGAATTT
* * * * * **
180857 CTTT-TATTTTTGGTTAAAACATATCATAATTTGATGTTTGCATCA-AGAAATATGAAGTGAAAG
252 -TTTCCATTTTTAGTT-AAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAG
180920 -C-T--A-T--C---AAAAGTCTAT
313 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * * * * *
180935 TTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACCCATTTTATA-TGGTTTTGTAA-TCTTGTAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTA-AGTGGTTTTATAACT-TTATAA
** * * ********* * * * *
180998 ATGATTTTAAATTGAAATTGTTTTCATNNNNNNNNNNAATAGATTATCATTGGATGTTTACATTG
64 ATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTAT-TTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTG
* * * * * * * *
181063 GGAAACATTAAGTGAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTCTGA
128 GGAAACATGAAG-CAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
** * ** * * * * *
181128 AAGCCTTGTTACTTACTTTAAGTGGTTTTGTAACTTTATAAATAGTTTTAGATTGATTTTTTTTC
192 AAGCCTTGTTACTCGCCTTAACAGGTTTTATAAGTTTATAAATAATTTTAAATTGA-ATTTTTTC
* * * ** * ** * * *
181193 CATTTTTGGTTGAAACAGATCATAAGTTGATGTTTGTATTTAGAAACATGAAG-TAAA-TCATTC
256 CATTTTTAGTT-AAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
*
181256 ATTGACAAGAAAAGTCCAT
319 ATTGACAAGAAAAGTCTAT
** * * * * * * *
181275 TTATAATCACTCTTACCTTTGAAAGCCTAGATT-CTCACTTTAAATAGTTTTACAA-TCTGATAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTG-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAA
** * ** ** * * *
181338 ATGATTTTAAATCT-AAATTTTTTTCATTTCCAGTTAGGATAG-TTCATGATTTAATGTTTGCAT
64 ATGATTTTAAAT-TGATTTTTTTTTTATTTTGA-TTAAAACAGATT-ATAATTTGATGTTTGCAT
* * ** *
181401 TGAGAAACATAAAATAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TCGATGCATT
126 TGGGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTT
* * * * ** * **
181465 TAAAAGTCTAGTTACTCGCTTTAATTGGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTA
189 TGAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAACAGGTTTTATAAGT-TTATAAATAATTTTAAAT-TGAATT-
* * * * * * * * * * *
181529 TTTT-AATTTTTTGTTAAAAAAATCGTAATTGGGTGCTTGCATTAG-G-AACATGAAGCGAAAGT
251 TTTTCCATTTTTAGTTAAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACATGAAGCAAAAGC
* *
181591 GATCCATTGATAAG-AAA-TCTTCAT
314 CATCCATTGACAAGAAAAGTC-T-AT
* * * * ** * * * * * *
181615 TTATGGTCACTCATGCC-TTCAAAAACCTATTATTTACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTGATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAA
* * * * *
181678 TGA-TTTAAATCATAATTTTTTTTTGT-TTATTG-TTAGAACAAATTAT-ATTTGGATATTTACA
65 TGATTTTAAAT--TGATTTTTTTTT-TATT-TTGATTAAAACAGATTATAATTT-GATGTTTGCA
* * * *
181739 TTGGGAAACATGTAGCGAAACCCATCCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT
125 TTGGGAAACATGAAGC-AAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *** * * * *
181804 TAAAAGCCTTGTTACTCAATTTAA-ATGATTTTATAA-TCTAATAAATGATTTTAAA-TCAATTT
189 TGAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATAATTTTAAATTGAA-TT
** * * * * *
181866 TTTTTTATTTCTAGTTAGAATAGATCATAATTAGATGTTTGCATA-AGAAAATATGATA-CAAAA
251 TTTTCCATTTTTAGTTA-AATATATCAT-TTTTGATGTTTGCATAGAG-AAACATGA-AGCAAAA
** ** * * * **
181929 GTTATTTAATAACTAG-AAAGATCCGT
312 GCCATCCATTGACAAGAAAAG-TCTAT
* * * * * * *
181955 TTATAGCCACT-AGTGCCTTCGCAAGACTAGTTACTCACTTTAAATGCTTTTAT-ACTCTTATAA
1 TTATAGCCACTCA-TACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAA
* * * * * * *
182018 ATAAGTTTGAATTGAATTTTTTTTTCATTTTTCATTAAAGCAG-TTATAATTTGATGTTTACATT
64 ATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTTTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATT
* * * * * * * * *
182082 AGGG-TAGATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCTATCTACAGTCACTTATGACTTC
127 -GGGAAACATGAAGC-AAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTT
* * * * *
182146 GAAAGCCTAGTTACCCGCTTTAA-ATGGTATTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATTGAAATTA
190 GAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATAATTTTAAATTG-AATT-
* * * * * * *
182209 TTTT-CATTTCTT-GTTAAAACAGATTATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACAT-AAGCAAAAG
251 TTTTCCATTT-TTAGTT-AAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAG
* * *
182271 CCATCCATTGAGAA-TAAAGTCCAT
313 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * ** *
182295 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGTCTTGTCACTTGCTTTCAA-TGGTTTTGTAACTTTATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTT-AAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
* * * ** * * ** *
182359 TGATTTTATATT--TATTTTTTTTATTTTTAGTTTGAACATATTATAATTTGATGATTGCACCGA
65 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTGG
* ** * * * *
182422 G-AA-ATGGAAAGGAAAGGCATTCATTAACAAGAAAATTC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTTAA
129 GAAACAT-G-AAGCAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * * * * * * ** **
182484 AAACCTAGTAACTC-ACTTCAA-ATGATTTTATAA-TTATGTAAATCATTTTAAATCAAAAGTTT
192 AAGCCTTGTTACTCGCCTT-AACA-GGTTTTATAAGTT-TATAAATAATTTTAAATTGAATTTTT
* * * * * * * *
182546 TCTCATTTATGGTTAAAACAGATTATAATTAGATGCTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCC
254 TC-CATTTTTAGTT-AAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
*
182610 ATCCATTAACAAGAAAAGTCTAT
315 ATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * *
182633 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAGAGGTTTTATAGCTTTATAAAT
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAT
* * * ** * * *
182698 TATTTTAACTTGA-ATTTTTTTCGTTTCGGTTAAAA-AGATTATAATTTCG-TGTTTGCTTTGGG
66 GATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTGATTAAAACAGATTATAATTT-GATGTTTGCATTGGG
** * * ** *
182760 AAACATGAAGCAGAGGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATATTTGCTCATGCCTTCGAAA
130 AAACATGAAGCA-AAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAA
* * * * *
182825 GCCTTGTTACAT-GCTTTAACTGGATTTATAACTTTATAAATAATTTTAAATTCAATTTGTTTCC
194 GCCTTGTTAC-TCGCCTTAACAGGTTTTATAAGTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTT-TTTCC
* * *
182889 ATTTTTAGTTCAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATAG-GAAAACATGAAGTAAAAGCCATCC
257 ATTTTTAGTT-AAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCATAGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* *
182953 ATTGACCACAAAAGTCTAT
319 ATTGACAAGAAAAGTCTAT
* *
182972 TTATAGTCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAT
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAT
* ** * * * *
183037 GATTTTAAATTCAATTTGTTTCCATT-TTTTG-TTCAAATAAATTATAATTTGATGTTTGCATAG
66 GATTTTAAATT-GATTT-TTT-TTTTATTTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTG
* * *
183100 GAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATACCTTTGA
128 GGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* *
183165 AAGCCTTGTTACTCGCCTTAAGAGGTTTTATAAGTTTATAAATGATTTTAAATTGAATTGTTTTC
192 AAGCCTTGTTACTCGCCTTAACAGGTTTTATAAGTTTATAAATAATTTTAAATTGAATT-TTTTC
* * * * * * *
183230 CCTTTTTGGTTAAATATATCATTGTTTGATATTTACATCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCA
256 CATTTTTAGTTAAATATATCATT-TTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
*
183295 TTGATAAGAAAAGT-TCAT
320 TTGACAAGAAAAGTCT-AT
* * * *
183313 TTATAGCCACTAAT-GCTTTCGATAGGCTTGTTACTCACTTTTAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTT-GAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
*
183377 TGACTTTAAATTGGATTTTTTTTTTAGTTTTGATTAAAACAGATCT-TAATTTGATGTTTGCATT
65 TGATTTTAAATT-GATTTTTTTTTTA-TTTTGATTAAAACAGAT-TATAATTTGATGTTTGCATT
* * * * ** * * *
183441 GGGAAACGTTAAGTGAAAACCATCCATCGATGAGAAACGTCAATTTATAGTCACTCATGGCTTTG
127 GGGAAACATGAAG-CAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * * * **
183506 AAAGCCTAGTAACTCG-CTTCATATGGTTTTAT-AGTCCTATAAACCATTTTAAATTGAATTTTT
191 AAAGCCTTGTTACTCGCCTTAACA-GGTTTTATAAGT-TTATAAATAATTTTAAATTGAA-TTTT
* * ** ** * **
183569 TTTCATTTTTAGTTAAA-ATGGACCATATTTTTTTGTTTGCATTA-AGAAATGTAAAGTGAAAGC
253 TTCCATTTTTAGTTAAATAT--ATCAT-TTTTGATGTTTGCA-TAGAGAAACATGAAGCAAAAGC
* * *
183632 CATCCATTGAGAAGAAAATTCCAT
314 CATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * * * * * * * *
183656 CTATAGTCATTCATGCCCTT-AATAGGCTCGTTACTCACTATAGGTGGCTTTATAACTTTCTAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAA-AGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
* * ** * * *
183720 TAATTTTAAATTGAATTAATTTTTATTTT-AGGTAAAACATATCT-TAATTTGATGTTTGCATCG
65 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTGA-TTAAAACAGAT-TATAATTTGATGTTTGCATTG
* * * * * * * * * * *
183783 AGAAACATGAAGCGAAAGCTAGCCATGGACAA-TAAAGTCTACTTGTTGTCACTTACGCCTTTGA
128 GGAAACATGAAGC-AAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* * * * * * * * *
183847 AAGCGTAGTTACTTG-CTTTATATGTTTT-TACAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTGTTT
192 AAGCCTTGTTACTCGCCTTAACAGGTTTTATA-AGT-TTATAAATAATTTTAAATTGAATT-TTT
* * ** * * * **
183910 TCTCATTTTTAGTTAAAATAGATAAAAATTT-ATTGTTTGCATTGAAAAACGTGAAGCGCAAGCC
254 TC-CATTTTTAGTT-AAATATAT-CATTTTTGA-TGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * *
183974 ATCCCTCGACAAGAAAAGCCCAT
315 ATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
*** * * * * * * * * * *
183997 CCGTAGTCATTAATACTTTTGAAAGTG-ATGTTTCTCGCTTTAGGAGCTTTTATAACTTTATAAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAG-GCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAA
* * * * * * * *
184061 TGGTTTTGAATTGAATATTTTTTCACTTTTCG-TTAAAACAAATCATAATTT-ACTGTTTTCATT
65 TGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTA-TTTT-GATTAAAACAGATTATAATTTGA-TGTTTGCATT
* ** * * * * * * **
184124 AGG-AATGTGAAGTAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAGTCCATTTATAGTGACTTATACCTCCG
127 GGGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
** * * * * * * * * *
184187 AAAGCCTAATTACTTGCTTTAAACA-ATTTTTTAATTTTAAAAATGATTTTCAATTGAGTTTTCT
191 AAAGCCTTGTTACTCGCCTT-AACAGGTTTTATAAGTTTATAAATAATTTTAAATTGA-ATTT-T
* * * ********* * * ** ** *
184251 TTACATTTTTGGTCANNNNNNNNNNTAATTTCATGTTCT-CATCA-AGAAATGTGAAGTGAAGGC
253 TTCCATTTTTAGTTA-AATATATCAT-TTTTGATGTT-TGCAT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGC
* *
184314 CATCCAATGACAAGAAAAGTCAAT
314 CATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * ** * * * * * *
184338 TTCTAACCTTTCATGCCTTCGAAA-ACTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AGTCTAATAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTT-GTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAA
** ** * * * * * * ** *
184401 ATGATTTTAAATCAAAATATTTTTCATTTTTGGTTAGAACAAATCATAATGGGATGTTTGCATTC
64 ATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTA-TTTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTG
* ** * * **
184466 GAAAATGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATTCAA
128 GGAAACATGAAGCAAAA-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGA
* ** * * * **
184531 AAGCCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAGTGA-TTTAAATTGAATTTTTTTT
192 AAGCCTTGTTACTCGCCTTAACAGGTTTTATAAGTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTCC
* * * *
184595 ATTTTT-GATTAAAAGAGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAGA-AAA-A-GTAAGGCAAAAGCCA
257 ATTTTTAG-TT-AAATATATCAT-TTTTGATGTTTGCAT-AGAGAAACATG-AA-GCAAAAGCCA
* * * *
184656 TCCATTAAAAATAAAAGTCTCT
316 TCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* *** * * * * * * *
184678 TTGTAGTTGCTTATGCC-ATCAAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAGC-TTATAA
1 TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGC-TTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAA
** ** * * *
184741 ATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTAATTTCT-AGTTAAAACAGATCATATATGTT--TGTTTGC-
64 ATGATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTT-TGA-TTAAAACAGATTATA-AT-TTGATGTTTGCA
* * * ** * *
184802 TATAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATG
125 T-TGGGAAACATGAAGC-AAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATG
184864 ACTACAAAAT
Statistics
Matches: 4301, Mismatches: 1064, Indels: 518
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TTATAGCCACTCATACCTTTGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAT
GATTTTAAATTGATTTTTTTTTTATTTTGATTAAAACAGATTATAATTTGATGTTTGCATTGGGA
AACATGAAGCAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGC
CTTGTTACTCGCCTTAACAGGTTTTATAAGTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTCCATTT
TTAGTTAAATATATCATTTTTGATGTTTGCATAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACA
AGAAAAGTCTAT
Found at i:184994 original size:340 final size:340
Alignment explanation
Indices: 184350--184973 Score: 785
Period size: 340 Copynumber: 1.8 Consensus size: 340
184340 CTAACCTTTC
*
184350 ATGCCTTCGAAAACTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAAATGATTTTAAATCA
1 ATGCCATCGAAAACTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAAATGATTTTAAATCA
* * * * * *
184415 AAATATTTTTCATTTTTGGTTAGAACAAATCATAATGGGATGTTTGCATTCGAAAATGTGAAACA
66 AAATATTTTTAATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATGGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAACA
* * *
184480 AAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATTCAAAAGCCTTGTTACTC
131 AAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATACAAAAGCCTTATTACTC
** * * *
184545 GCTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAGTGATTTAAATTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAAG
196 GCTTTAAGTGACTTTATAACTTTATAAATAATTTAAATTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAAC
* * * *
184610 AGATCATAATTTGTTGTTTGCATCAGAAAAAGTAAGGCAAAAGCCATCCATTAAAAATAAAAGTC
261 AGATCATAATTTGATATTTGCATCAGAAAAAGAAAAGCAAAAGCCATCCATTAAAAATAAAAGTC
184675 TCTTTGTAGTTGCTT
326 TCTTTGTAGTTGCTT
* * *
184690 ATGCCATC-AAAAGCTTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAG-CTTATAAATGATTTTAAAT
1 ATGCCATCGAAAA-CTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AGTCTAATAAATGATTTTAAAT
* ** *
184753 CAAAAT-TGTTTTAATTTCTAGTTAAAACAGATCATATAT-GTTTGTTTGC-TATAGGAAACGTG
64 CAAAATAT-TTTTAATTTCTAGTTAAAACAAATCATA-ATGGGATGTTTGCAT-TAGAAAACGTG
* * ** * *
184815 AAGCGAAAGCCATCCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATAGTCACTCATG-ACTACAAAATCCTTA
126 AAACAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCA-TACAAAAGCCTTA
* * *
184879 TTACTCGCTTTAAGTGACTTTGTAACTTTATAAATAATTTTATATT-TATTTTTTTATATTTTTG
190 TTACTCGCTTTAAGTGACTTTATAACTTTATAAATAA-TTTAAATTGAATTTTTTT-TATTTTTG
* **
184943 ATTAAAACATATTGTAATTTGATATTTGCAT
253 ATTAAAACAGATCATAATTTGATATTTGCAT
184974 TGGGAATGAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 36, Indels: 15
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.03
340 189 0.79
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ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (340 bp):
ATGCCATCGAAAACTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTAATAAATGATTTTAAATCA
AAATATTTTTAATTTCTAGTTAAAACAAATCATAATGGGATGTTTGCATTAGAAAACGTGAAACA
AAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCATACAAAAGCCTTATTACTC
GCTTTAAGTGACTTTATAACTTTATAAATAATTTAAATTGAATTTTTTTTATTTTTGATTAAAAC
AGATCATAATTTGATATTTGCATCAGAAAAAGAAAAGCAAAAGCCATCCATTAAAAATAAAAGTC
TCTTTGTAGTTGCTT
Found at i:186556 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 184989--187389 Score: 1007
Period size: 171 Copynumber: 14.2 Consensus size: 170
184979 ATGAAAAGCA
* * * * *
184989 AAAGCCTAGTTGCTCTA-TTCAAATGGTTTTAT-ATTTCTGTAAATGATTTTAAATC--AATTTT
1 AAAGCCTAGTTACTC-ACTTTAAAT-GTTTTATAATCT-TATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTT
* * * * *
185050 TTAT-ATTTCTGGTTAAAACATA-AT-ATAATTAGAT-ATTGCATTGGGAAA-TGTGAAGCAAAA
63 TT-TCATTTTTAGTT-AAA-ATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAA
* * * * * * *
185110 GCCATCCATTGAGAATAAAAGTCCATTTATTGTTATTCAT-ACTTGAG
124 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TG
* * * * * ****
185157 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAACTAGTTTTGTAA-CTTTATAAATTATTTTAAA--TTGGTTATT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAAGCAAAATT-TT
* * * * * * *** * * ** *
185219 TTT-ATTTTTTGTTAAAATAAATTAGAATTTGATGTTTACA-TCAAAAAATGTGAAGTGAAAGTC
63 TTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAAGCC
* * * * * * * *
185282 ATTCATTGATAAAAAAAATCCATATATAGTAACCCATGCCTTCG
127 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * * * * * *
185326 AAAGCTTAG-TAATCTAATTCAAATGGTTTTGTAGTCCTATAAATGATTTTAAATCAAAATTTTT
1 AAAGCCTAGTTACTC-ACTTTAAAT-GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTTT
* * * * * * *
185390 TT-ATTTCTAGTTAAAATAGATCATAATTGAATGTTTGC-TTTGAAAAATATGAAGCGAAAGCCA
64 TTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAAGCCA
* * * * * * *
185453 TCTATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGCCATTCAT-ACTTACG
128 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTT-TG
* * * * ** *
185496 AAAACCTTGTTACTCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTT-AA-CTTGATTTTT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAAGC-AAAATTTT
* * * * ** ** **
185558 TTTCACTTTTGGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCTTTAAGAAA-TGTGCAGTGAAAGCC
63 TTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAAGCC
**
185622 ATCCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCA
127 ATCCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* ** * * **
185666 AAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAACTTG-ATTTATT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAA--AGCA-AAATT
* * * * * * * **
185729 TTTTTCATTTTTAGTTGAAATAGATCATAATT-TATTTATTGCATTAGGAACCGTGAAGGGAAAG
61 TTTTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGT-TTGCATTGGGAAACTTAAAGCAAAAG
* * ** * *
185793 CAATCCATTGACAAGAAAAGTTCATCCATAGT-AGCTGATG-CTTTC
125 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCATGCCTTTG
* * * * ***
185838 AAAG--T-GTTA-T---TGTTAAATCATTTTAAAATCTCATATATGATTTT-AAGTTGAATTTAT
1 AAAGCCTAGTTACTCACT-TTAAAT-GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTT-T
* * * * * *** * * * *
185895 TTTCAATTTT-GCTTGAAAA-AAATTATAATTTGTTGTTTGCATCAAGAGACATGGAATG--TAA
63 TTTCATTTTTAG-TT-AAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAAC-T-TAAAGCAAAA
* * * ** * * * *
185956 GCCTTCCATTAACAAGTAAAGTTGATCTATAGTCACTAATACCTTCG
124 GCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * * *
186003 AAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAAT-AATTTGAAGTTAAGATTTTT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAG-CAA-AATTTT
* * * * * * * *
186067 TTTCATATTTGGTTAAAATAG-T--TCA-T--ATGCTTGCATT-AGAAAATGTGAAGAAAAAGCC
63 TTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAAGCC
* *
186125 ATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTG
127 ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
** *
186169 AAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAAGCAAAATTTTTT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTTTT
* * * * * * * * * ***
186234 TCACTTTTACTTAAAACA-AGTCATAACTGAATGTATGTATAGGGAAA-TGTGAAGCAAAAGATG
65 TCATTTTTAGTTAAAATAGA-TCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAAGCCA
* * * *
186297 TCTATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTTG
128 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * *
186340 AAAGCTTAGTTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCATAATTTTTC
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTTT-
* ** *
186405 TTCATTTTTAGTTAAAATAGATCACAATTGGATGTTTGTGTTGGGAAACTTAAAGCGAAAGCCAT
64 TTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACTTAAAGCAAAAGCCAT
* * * * *
186470 CCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTTATCCCTTT-
129 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * * * *
186511 AGAAGCATAGTTTCTCACATTAAATGTTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAATCAAAATTGTT
1 A-AAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTTT
* ** * * * * *
186576 TTCATTTCTAGTTTGAGTAGATCATAATTGCATGTTTGCATCGGGAAACTTGATA-CGAAAGCCA
64 TTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACTT-AAAGCAAAAGCCA
* * * * * *
186640 TTCATTGATAAGAAAATTCCATTTATACTCACTCAAGCCTTTA
128 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
** * * **
186683 AAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTTATAACTGATTTTAAATTCAATTGTTT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-GCAA-AATTT
* * * * *
186747 TTTTAATTTTT-GCTGAAAGTAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACATGAAGCAAAAGC
62 TTTTCATTTTTAG-TTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACTTAAAGCAAAAGC
* * * * *
186811 TATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTC-CACGTG-CTTTG
126 CATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * ** *
186854 TAAA-CCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATAAAAAATTT
1 -AAAGCC-TAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTT
* * * * * **
186918 TCTAATTTATGGTTAAAATCA-ATCATAA-TGAATGTTTGCATCAGGAAACTTGAAATG---AAG
63 TTTCATTTTTAGTTAAAAT-AGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACTT-AAA-GCAAAAG
* * * * * *
186978 TCAACCATT-A-ATACAAAA----A---AT--T-TCTCATACCTTCG
125 CCATCCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * * * *** * **
187013 AAAGGCTTGTTACTCCCTTTAAGTAGTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTTAAATTTAAGTGCTT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTTT
* * * * * ** *** ** * * *
187077 TTCATTTTTTGTTAAAACATATCGTAATTTGATACTTGCATCAAGAAACAAAAAGTAAAAACTAT
64 TTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACTTAAAGCAAAAGCCAT
* * * *
187142 CCATTGAC-AGAAAAATTCTAGTTATAGTCACTTATG-C-TTG
129 CCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* * *
187182 AAAGCCTAATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGATTTTAGAA-CAACA--TTT
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATG-TTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AAGCAAAATTTTT
* * * * * *
187244 GTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATAATTGGA-GTTT-CATT-GAAAAATGTAAAGCAAAAGCCA
64 TTCATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACT-TAAAGCAAAAGCCA
* * * * *
187306 TCTATTGA-AA-AAAAATCCATTTATAGTTACTCATACCTTCG
128 TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
* ** * *
187347 AATGTGTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAAA
1 AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTTATAAA
187390 GGTGTTTAAA
Statistics
Matches: 1701, Mismatches: 412, Indels: 243
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
157 3 0.00
158 73 0.04
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173 167 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCAAAATTTTTTT
CATTTTTAGTTAAAATAGATCATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACTTAAAGCAAAAGCCATCC
ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTG
Found at i:186945 original size:343 final size:337
Alignment explanation
Indices: 186112--186971 Score: 833
Period size: 343 Copynumber: 2.5 Consensus size: 337
186102 TTAGAAAATG
* * *
186112 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCTTTG-AAAGCCT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC--ATG-CTTTGTAAA-CCT
* * * *
186176 AGTTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAAGCAAAATTTTTTTCACTTT
62 AGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAA-TAAAAATTTTTT-AATTT
* * * *
186241 TACTTAAAA-CAAGTCATAACTGAATGTATGTATAGGGAAA-TGTGAAGCAAAAGATGTCTATTG
125 TAGTTAAAATCAA-TCATAA-TGAATGTTTGCATCGGGAAACT-TGAAGCAAAAGATGTCTATTG
* * * *
186304 AAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCATGCCTTTGAAAGCTTAGTTACTCATTTTAAATAGTTT
187 AAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTT
* *
186369 TATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCATAATTTTTCTTCATTTTTAGTTAAAATAGATCACAATT
252 TATAATCTTATAAATGATTTTAAAGCATAATTTTTCTTAATTTTTAGTGAAAATAGATCACAATT
** *
186434 GGATGTTTGTGTTGGGAAACT
317 GGATGTTTGCATTGGGAAACA
* * * * * * *
186455 TAAAGCGAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTTATCCCTTTAG-AAGCAT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA--CAT-GCTTT-GTAAACCT
* * * * * * *
186519 AGTTTCTCACATTAAATGTTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTC
62 AGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAATAAAAATT-TTTTAATTT-
** * * *
186584 TAGTTTGAGT-AGATCATAATTGCATGTTTGCATCGGGAAACTTGATA-CGAAAGCCAT-TC-AT
125 TAGTTAAAATCA-ATCATAA-TGAATGTTTGCATCGGGAAACTTGA-AGCAAAAG--ATGTCTAT
* * * * ** *
186645 TGATAAGAAAATTCCATTTATACTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGT
185 TGAAAAAAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATAGT
* * * * *
186710 TTTATAA-CTTTATAACTGATTTTAAATTCA-ATTGTTTTTTTAATTTTT-GCTGAAAGTAGATC
250 TTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-GCATAAT-TTTTCTTAATTTTTAG-TGAAAATAGATC
*
186772 ATAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
311 ACAATTGGATGTTTGCATTGGGAAACA
* * *
186799 TGAAGCAAAAGCTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCCACGTGCTTTGTAAACCTTAG
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGT-CACATGCTTTGTAAACC-TAG
* * * * * *
186864 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATAAAAAATTTTCTAATTTATG
64 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAAT-AAAAATTTTTTAATTT-TA
*
186929 GTTAAAATCAATCATAATGAATGTTTGCATCAGGAAACTTGAA
127 GTTAAAATCAATCATAATGAATGTTTGCATCGGGAAACTTGAA
186972 ATGAAGTCAA
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 80, Indels: 44
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 39 0.09
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344 100 0.24
345 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATGCTTTGTAAACCTAGTT
ACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAAATGACTTTAAATAAAAATTTTTTAATTTTAGTTA
AAATCAATCATAATGAATGTTTGCATCGGGAAACTTGAAGCAAAAGATGTCTATTGAAAAAAAAA
GTCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTT
ATAAATGATTTTAAAGCATAATTTTTCTTAATTTTTAGTGAAAATAGATCACAATTGGATGTTTG
CATTGGGAAACA
Found at i:187737 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 187475--188444 Score: 660
Period size: 169 Copynumber: 5.7 Consensus size: 168
187465 CTTTCTAACT
* * * * * *
187475 TTATAATTGACTTTAAA-TAATTTTTTTCATTTTT-GTAAAAATAGATCA-AAATTAGATGCTTG
1 TTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTA-ATGCTTG
** * * *
187537 CATTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTATACC
65 CATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATA-C
* * * *
187602 TTTGAAAGGCTTGTTAATCGCTTTAAGTGGTTTTATAA-C
129 TTCGAAAGGCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
187641 TTTATAAATAATTTTAAATTAAATTTTTTTAATTTTT-GTTAAAACAAATCATAGTTTAATGTTT
1 -TTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGCTT
* * * * * * * *
187705 GCATCGAGAAACGTGAAGTACAAGCTATCCATTAATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTTGTGA
64 GCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT-A
* * *
187770 GTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
128 CTTCGAAAGGCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * ** *
187811 TTATAAATGATTTTAAGTTATATTTATTTTTATTTTTACTTAAAA-AAGATCATAATTTGTTGTT
1 TTATAAATGATTTTAAATTA-ATTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACAA-ATCATAATTTAATGCT
* * * * * * ** * *
187875 TGCATCAAGAGACGTGAAACACAACCCTTCCATTGATAAGAAAAGTTTATCTATAGCCA-TTAAT
63 TGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AT
* *
187939 ACTTTCGAAA-GCTTTATTACTTGTTTTAAAT-GTGTTTATAATC
127 AC-TTCGAAAGGC-TTGTTACTTGCTTTAAATGGT-TTTATAATC
* * * *
187982 TTATGAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTGATGCTTAC
1 TTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGCTTGC
* * * *
188047 ATTAAGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCGATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATGCCT
66 ATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAT-ACT
** ** * * *
188112 TCGAAAAACTAATTACTCAG-TTTAAATGATTTTACAATC
130 TCGAAAGGCTTGTTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* ** *
188151 TTAAAAATTTTTTTTAAATTAAGTTTTGTTTTTCATTTTTAGTTAAAA-ACATCATAATTTGATA
1 TTATAAA-TGATTTTAAATTAA---TT-TTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTT-A-A
* * * * * * * * *
188215 T-CTT-CATCGATAAACATGAAACAAAAGTCATCCATTAATAAGAAAAGTCC-TTCTATAATAAC
59 TGCTTGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCAC
** * * * * * **
188277 CCATTCCGTCGAAAGCCTAGTTGA-TTACTTTAAATTATTTTATAATC
123 TTA-TACTTCGAAAGGCTTGTT-ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * ** * ** *
188324 TTATAAATGATTTTAAAGTAAATTTTTTTATCATTTTTAGCTAAAGTAATATTATAATTGGAT-A
1 TTATAAATGATTTTAAA-TTAA-TTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAA-ATCATAATTTAATGC
* * * * **
188388 TAAGCGTCAAGAAACATGAAGCAAAACCCATAAATTGAGC-AGAAAAGTCCATTTATA
62 T-TGCATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATA
188445 AATGACTTTA
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 132, Indels: 70
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 14 0.02
168 2 0.00
169 247 0.39
170 52 0.08
171 135 0.21
172 11 0.02
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174 26 0.04
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGCTTGC
ATCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATACTT
CGAAAGGCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
Found at i:189307 original size:342 final size:337
Alignment explanation
Indices: 188516--190812 Score: 1276
Period size: 342 Copynumber: 6.8 Consensus size: 337
188506 TTTGAAAACT
* * * * * * **
188516 TGAAGCGAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACTTATACCTTTAAAAGCC-T
1 TGAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGT-ACATATGTCTTT-AAAGCCTT
* * * * *
188580 AGTTATTTACATTAAATAGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTTCAT-T
64 A-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTCATAT
* * ** ** * ** * *
188643 TCTAGTTAACACCTATCATAATTACATGTTTACATTGTGAAAA-GTGAAGCGAAAA-CCATCCAT
126 ACTAGTTAAAACAAATCATAATTGTATGTTTGCATT-AAAAAACATGAAAC-AAAAGCCATCCAT
* * * * * *
188706 TGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTCGGAAA-CCTCA-TTACTTGCTTTAAGTG
189 TGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTC-GAAAGCCT-AGTTACTTACTTTAAATG
* * ** * * *
188769 GTTTTATAACTTCATAAATTATTCTAAATTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAA
252 GTTTTATAACTT-ATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT-A
* ** **
188834 TTTGATGTTTACAT-TGGGAAACA
315 TTTTATGTTTACATCAAGG-AATG
* * * * * * ***
188857 AGAAGCGAGAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATACT-CAATCACACCTTTAAAAGCC-
1 TGAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTAC-AT-ATGTCTTT-AAAGCCT
** * * ** *
188920 TAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAA-TCTTATATGTTATTTTAAATCAAAATTTTTTTCATA
63 TA-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTCATA
* * * *
188984 TACT-GTTAAAAAAAATCATAATTGAATATTTGCACTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATT
125 TACTAGTTAAAACAAATCATAATTGTATGTTTGCATTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATT
* * *
189048 GATAAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGAT
190 GA-AAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGT
* * ** *
189113 TTTCTAATCTTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTAGTTAAAACACATCATATT
254 TTTATAA-CTTATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAAATCATATT
**
189178 TTATGTTTGTATCAAGGAATG
317 TTATGTTTACATCAAGGAATG
* * * ** * * * *
189199 AGAAGCGCAAGTTGCCCATTGAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACATATGTCTTTGAAAGGCTT
1 TGAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGT-ACATATGTCTTT-AAAGCCTT
* * * * * ** *
189264 TTTACTCTCCTTAAGTGATTTTGTAACTTTATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTT--TATATT
64 ATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATATACT
* * * * *
189327 GGATTAAAACAAATCATAATT-TATTTCTTGCATTATGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATT
129 AG-TTAAAACAAATCATAATTGTATGT-TTGCATTA--AAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATT
* * * * **
189391 GATAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTTCTTTAGGTGGTT
190 GAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTT
* * ** * * * * *
189456 TTATAACTTTATAAGTAATTTTAAATTGAATATTTGTTCATTTTTGGTTAAAAGAGATCATAATT
255 TTATAAC-TTATAAATGATTTTAAATCAAAT-TTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATATTT
* *
189521 TATTGTTTACAT-TAGGCAAAG
318 TA-TGTTTACATCAAGG-AATG
* * * *
189542 TGAAGCAAAAGCCATCCATT-AAAAATAAAAGTCCATTTATAGT-C----G-C-TT-ATGCCTTG
1 TGAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAA-AAAAGTCCATTTATAGTACATATGTCTTTAAAGCCTTA
* * * * *
189598 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTAT-AATGATTTTAAATCAAAATTGTTATCAT-TTC
65 TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTCATATAC
* * * * * * * ** ***
189660 TAGTTCAAATAGATCATATTTGTGTGTTTACAATAGGAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGAA
128 TAGTTAAAACAAATCATAATTGTATGTTTGCATTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGAA
* * * * * *
189725 AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTA-TTGAC-TCCTTTTAAGTGGTTT
193 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTT-ACTTAC-TTTAAATGGTTT
* * **
189788 TAGAACTT-TATAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTGG
256 TATAACTTATA-AATGATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCAT-ATTTT
*
189852 ATGTTTACATCAAGAAATG
319 ATGTTTACATCAAGGAATG
* * **
189871 TGAAGTGAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTA-ATTCATGTCTTTAGAAGCCT
1 TGAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTACA-T-ATGTCTTTA-AAGCCT
* * * **
189935 TATTACTCACTTTGAGTGGTTTTATAACTTTGTAAATGATTTTAAAT-TAATTTTTTTCAT-TTG
63 TATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATATAC
* ** * *
189998 TTGTTAAAACAAATCATAATT-TGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGA-AAAAGCCATTCATTG
128 TAGTTAAAACAAATCATAATTGT-ATGTTTGCATTAAAAAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTG
* * * * * * *
190061 ACAAGGAAAGTCTATTTATTGTCATTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTGT
191 AAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTT
* * * ** * * *
190126 TATAGTCTAATAAATTATTTTAAATCAAAGCTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATACCATAATTTA
256 TATA-ACTTATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATATTTTA
* * * **
190191 TTTTTTGCATCATAGAAAACA
320 -TGTTTACATCA-AG-GAATG
* * * * * * * ** * *
190212 TG-AGCCAAAACAAATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATGGT-CACTCATACCTTCGAAAGGC
1 TGAAGCGAAAGC-TATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTACA-T-ATGTCTT-TAAAGCC
* * * * * **
190275 TTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAATTTATAAATGATTTTAGATTCAATTTATTTTCA-AT
62 TTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATAAAATTT-TTTTCATAT
* * * * * *** * * *
190339 TCTAGTTAGAATAAATCTTAATTTGT-TGTTCGCATCATAGGTAACGTGAACCAAAAGCCATTCA
126 ACTAGTTAAAACAAATCATAA-TTGTATGTTTGCAT--TAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCA
* * * * * * * * * ** * *
190403 TTGATAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATGCCATCAAAAGCCTTGTTAATCGCTTTGAACGG
188 TTGAAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGG
* * ** * *
190468 ATTTATAACTTCACAAATGATTTTAAAT-TGATTTTTTTCATTTTT-GATTAAAACATATCATAA
253 TTTTATAACTT-ATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTAG-TTAAAACAAATCATAT
* ***
190531 TTTATTGTTTGC-TTTGGGAAATG
316 TTTA-TGTTTACATCAAGG-AATG
* * * * * ** ** *
190554 T-ATAGTGAAAG-TCATCCATTGACAAGAACAGGCCATTTATAGT-CATTCATACCTCCATAAGT
1 TGA-AGCGAAAGCT-ATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTACA-T-ATGTCTTTA-AAGC
* * * * *
190616 CTTATTATTCGCTTTAAGCGGTTTTATAACTTTATAAATTATTTTAAAT-TAATTTTTTTCAT-T
61 CTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATAT
** * ** *** * * *
190679 TTTGGTTAAAACAAATCATAATT-TAATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGAGAGCCATTCATA
126 ACTAGTTAAAACAAATCATAATTGT-ATGTTTGCATTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATT
* * * * * * *
190743 GACAAGAAAAAT-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTTC-AAAGCCTAGTAACTCACTTCAATTGG
190 GAAAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTTATGCC-TTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGG
190806 TTTTATA
253 TTTTATA
190813 GTCCTATAAA
Statistics
Matches: 1534, Mismatches: 341, Indels: 165
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
329 71 0.05
330 28 0.02
331 79 0.05
332 14 0.01
333 56 0.04
334 6 0.00
335 4 0.00
336 2 0.00
337 4 0.00
338 183 0.12
339 97 0.06
340 68 0.04
341 277 0.18
342 372 0.24
343 137 0.09
344 44 0.03
345 92 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
TGAAGCGAAAGCTATCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTACATATGTCTTTAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATATACTAG
TTAAAACAAATCATAATTGTATGTTTGCATTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGAAAAG
AAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAA
CTTATAAATGATTTTAAATCAAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATATTTTATGTTTA
CATCAAGGAATG
Found at i:189715 original size:160 final size:161
Alignment explanation
Indices: 189431--189745 Score: 374
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
189421 GCCTTCGAAA
** ** * *
189431 GCCTTGTTACTTTCTTTAGGTGGTTTTATAACTTTATAAGTAATTTTAAATTGAATATTTGTTCA
1 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAGTAATTTTAAATTCAAAATTTGTTCA
* * * *
189496 TTTTTGGTTAAAAGAGATCATAATTTATTGTTTACATTAGGCAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
66 TTTCTAGTTAAAAGAGATCATAATTTATTGTTTACAATAGGCAAAATGAAGCAAAAGCCATCCAT
189561 T-AAAAATAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAT
131 TGAAAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAT
*
189592 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAA-TGATTTTAAA-TCAAAA-TTGTTA
1 GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAGTAATTTTAAATTCAAAATTTG-T-
* * * **
189653 TCATTTCTAGTTCAAATAGATCAT-ATTTGTGTGTTTACAATAGG-AAACATGAAGTGAAAGCCA
63 TCATTTCTAGTTAAAAGAGATCATAATTTAT-TGTTTACAATAGGCAAA-ATGAAGCAAAAGCCA
*
189716 TCCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
126 TCCATTGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
189746 ACTCATACCT
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 17, Indels: 13
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.02
159 13 0.10
160 77 0.59
161 38 0.29
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAGTAATTTTAAATTCAAAATTTGTTCA
TTTCTAGTTAAAAGAGATCATAATTTATTGTTTACAATAGGCAAAATGAAGCAAAAGCCATCCAT
TGAAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAT
Found at i:190521 original size:683 final size:662
Alignment explanation
Indices: 188444--190823 Score: 1794
Period size: 683 Copynumber: 3.5 Consensus size: 662
188434 GTCCATTTAT
* * * * * *
188444 AAATGACTTTAAATTGAATTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAAAT-ACAATATGATGTTTGCATT
1 AAATGATTTTAAATTGATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAC-AAATCATAAT-TTATGTTTGCA--
* * * * * * **
188508 TGAA-AACT-TGAAGCGAAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACTT-ATACCT
62 TCAAGAAATGTGAAGTGAAAG-TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAA-TTCATGTCT
* * * * * * *
188570 TTAAAAGCC-TAGTTATTTACATTAAATAGTTTTATAA-TCTTATAAATGATTTTAAATCAAAAT
125 TTAGAAGCCTTA-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAATGATTTTAAAT--TAAT
* * * ** * * * *
188633 TTTTTTCATTTCTAGTTAACACCTATCATAATTACATGTTTACATTGTGAAAA-GTGAAGCGAAA
186 TTTTTTCATTTGTTGTTAAAACAAATCATAATT-TATGTTTGCATTG-GAAAACATGAAG-AAAA
* * * * * *
188697 A-CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTCGGAAA-CCTCA-TTACTT
248 AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTT-TGAAAGCCT-AGTTACTC
* * * * * ** * * * *
188759 GCTTTAAGTGGTTTTATA-ACTTCATAAATTATTCTAAATTGAA-TTTTTTTTATTTTTGGTTAA
311 ACTTTAAATGGTTTTATAGTC-T-ATAAATAATTTTAAATCAAAGATTTGTTCATTTTTAGTTAA
* * * * * * *
188822 AACAGATCATAATTTGA-TGTTTACATTGGGAAACAA-GAAGCGAGAGCCATTCATTGACAAA-A
374 AACAGACCATAATTT-ATTGTTTACATTAGGAAA-AATGAAGCAAAAGCAATCCATT-AAAAAGA
* * * * *
188884 AAAGTCCATTTATACTCAATCACACCTTTAAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAT
436 AAAGTCCA-TT-TA-T-AGT--CA-C-TT--ATGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * ** *
188949 CTTAT-ATGTTATTTTAAATCAAAATTTTTTTCATATACT-GTTAAAAAAAATCATAATTGAATA
491 CTTATAATG--ATTTTAAATCAAAATTATTATCA-ATTCTAGTTCAAATAAATCATATTTGTGTG
** * **
189012 TTTGCACTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAAGAAAAGTCTATTTATAGT-TACT
553 TTCACAATAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCT-CT
* * * * * *
189076 TATGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTCTAATCTTA
616 CATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAGGA-TTTATAA-CTTA
* * * *
189125 TAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTAGTTAAAACACATCATATTTTATGTTTGTAT
1 -AAATGATTTTAAATTG-ATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTATGTTTGCAT
* * * * * *
189190 CAAGGAATGAGAAGCGCAAGT-TGCCCATTGAGAAGAAAAGTCCATCTATAGTCACA-T-ATGTC
63 CAAGAAATGTGAAGTGAAAGTAT--CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-A-ATTCATGTC
* * * * * *
189252 TTT-GAAAGGCTTTTTACTCTCCTTAAGTGATTTTGTAACTTTATAAATGATTTTAAATTTAATT
124 TTTAG-AAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAA-TTAATT
* * * *
189316 TTTTTTATATTG--GATTAAAACAAATCATAATTTATTTCTTGCATTATGAGAAACATGAAGCAA
187 TTTTTCAT-TTGTTG-TTAAAACAAATCATAATTTATGT-TTGCATT-GGA-AAACATGAAGAAA
* * * * * * **
189379 AAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCACTTATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTT
247 AAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCA
** * * * ** * *
189444 CTTTAGGTGGTTTTATAACTTTATAAGTAATTTTAAATTGAATATTTGTTCATTTTTGGTTAAAA
312 CTTTAAATGGTTTTAT-AGTCTATAAATAATTTTAAATCAAAGATTTGTTCATTTTTAGTTAAAA
* * * * * *
189509 GAGATCATAATTTATTGTTTACATTAGGCAAAGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAAATAAAAGT
376 CAGACCATAATTTATTGTTTACATTAGGAAAAATGAAGCAAAAGCAATCCATTAAAAAGAAAAGT
*
189574 CCATTTATAGTCGCTTATGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATGATTTTA
441 CCATTTATAGTCACTTATGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATGATTTTA
* * * *
189639 AATCAAAATTGTTATCATTTCTAGTTCAAATAGATCATATTTGTGTGTTTACAATAGGAAACATG
506 AATCAAAATTATTATCAATTCTAGTTCAAATAAATCATATTTGTGTGTTCACAATAGGAAACATG
*** * * * *
189704 AAGTGAAAGCCATCCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAT-
571 AAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATGCCTTCAAAAGCCT-TG
* * * *
189768 TGACTC-CTTTTAAGTGGTTTTAGAACTTTA
635 TTACTCGC-TTTAA-AGGATTTATAAC-TTA
* ** * * *
189798 TAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTTACATC
1 AAATGATTTTAAAT-TGATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATT-TATGTTTGCATC
* **
189863 AAGAAATGTGAAGTGAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTATAGTAATTCATGTCTTTA
64 AAGAAATGTGAAGTGAAAG-TATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATTCATGTCTTTA
* *
189928 GAAGCCTTATTACTCACTTTGAGTGGTTTTATAACTTTGTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTC
128 GAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTC
*
189993 ATTTGTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA
193 ATTTGTTGTTAAAACAAATCATAATTT-ATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA
* * *
190058 TTGACAAGGAAAGTCTATTTATTGTCATTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
257 TTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGG
* * * *
190123 TGTTATAGTCTAATAAATTATTTTAAATCAAAGCTTT-TTCATTTTTAGTTAAAACATACCATAA
322 TTTTATAGTCT-ATAAATAATTTTAAATCAAAGATTTGTTCATTTTTAGTTAAAACAGACCATAA
* * * * *
190187 TTTATTTTTTGCATCATA-GAAAACATG-AGCCAAAA-CAAATCCATTGACAAGAAAAGTCTATT
386 TTTATTGTTTACAT--TAGGAAAA-ATGAAG-CAAAAGC-AATCCATTAAAAAGAAAAGTCCATT
* *
190249 TATGGTCACTCATACCTTCGAAAGGCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAT-TTATAAAT
446 TATAGTCACT--TA---T-----GCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTTAT-AAT
* * * * *
190313 GATTTTAGATTC-AATTTATTTTCAATTCTAGTT-AGAATAAATCTTAATTTGT-TGTTCGCATC
499 GATTTTA-AATCAAAATTATTATCAATTCTAGTTCA-AATAAATCAT-ATTTGTGTGTTCACA--
* * * * * * *
190375 ATAGGTAACGTGAACCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCTCATGCCAT
559 ATAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATGCCTT
* *
190440 CAAAAGCCTTGTTAATCGCTTTGAACGGATTTATAACTTCA
624 CAAAAGCCTTGTTACTCGCTTT-AAAGGATTTATAACTT-A
* *
190481 CAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTCATTTTT-GATTAAAACATATCATAATTTATTGTTTGCTT
1 -AAATGATTTTAAATTGATTTTTTTCATTTTTAG-TTAAAACAAATCATAATTTA-TGTTTGCAT
*** * * * ** *
190545 TGGGAAATGT-ATAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAACAGGCCATTTATAGTCATTCATACCTC
63 CAAGAAATGTGA-AGTGAAAGT-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATTCATGTCTT
* * * * * * *
190609 CATAAGTCTTATTATTCGCTTTAAGCGGTTTTATAACTTTATAAATTATTTTAAATTAATTTTTT
126 TAGAAGCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTT
** *
190674 TCATTT-TTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGTGAGAGCCAT
191 TCATTTGTT-GTTAAAACAAATCATAATTT-ATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * * *
190738 TCATAGACAAGAAAAAT-TCATTTATAGTCACTCATGCCTTTCAAAGCCTAGTAACTCACTTCAA
254 TCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAA
*
190802 TTGGTTTTATAGTCCTATAAAT
318 ATGGTTTTATAGT-CTATAAAT
190824 GGTTCTTTTA
Statistics
Matches: 1367, Mismatches: 251, Indels: 159
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
668 38 0.03
669 104 0.08
670 43 0.03
671 67 0.05
672 125 0.09
673 57 0.04
674 71 0.05
675 36 0.03
676 3 0.00
677 2 0.00
678 1 0.00
679 1 0.00
680 33 0.02
681 54 0.04
682 70 0.05
683 457 0.33
684 132 0.10
685 73 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (662 bp):
AAATGATTTTAAATTGATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTATGTTTGCATCAA
GAAATGTGAAGTGAAAGTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTAATTCATGTCTTTAGAA
GCCTTATTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATT
TGTTGTTAAAACAAATCATAATTTATGTTTGCATTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA
CAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAGTCTATAAATAATTTTAAATCAAAGATTTGTTCATTTTTAGTTAAAACAGACCATAATTTAT
TGTTTACATTAGGAAAAATGAAGCAAAAGCAATCCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
TATGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATGATTTTAAATCAAAATTATTAT
CAATTCTAGTTCAAATAAATCATATTTGTGTGTTCACAATAGGAAACATGAAACAAAAGCCATCC
ATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAAGG
ATTTATAACTTA
Found at i:190660 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 189715--190725 Score: 1072
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 507
189705 AGTGAAAGCC
189715 ATCCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTATTGACTCCTTTTA
1 ATCCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTATTGACTCCTTTTA
* * * *
189780 AGTGGTTTTAGAACTTTATAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCA
66 AATGGTTTTAGAAATTTATAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTCAATTCTAGTTAAAACAAATCA
* * *** * **
189845 TAATTGGATGTTTACATCAAGAAATGTGAAGTGAAAGCTATCCATTGACAAAAAAAGTTTATTTA
131 TAATTGGATGTTCACATCAAGAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
* * * * * ** * ***
189910 TAGTAATTCATGTCTTTAGAAGCCTTATTACTCACTTTGAGTGGTTTTATAACTTTGTAAATGAT
196 TAGTAATTCATGCCATCAAAAGCCTTATTAATCACTTTGAACGGATTTATAACTTCACAAATGAT
189975 TTTAAATTAATTTTTTTCATTTGTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACG
261 TTTAAATTAATTTTTTTCATTTGTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACG
* * * * * * **
190040 TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGGAAAGTCTATTTATTGTCATTTATGCCTTTGAAAGCCTA
326 TGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGGAAAGGCCATTTATAGTCATTCATACCTTCCAAAGCCTA
* *
190105 GTTACTCACTTTAAATGGTGTTATAGTCTAATAAATTATTTTAAATCAAAGCTTTTTCATTTTTA
391 GTTACTCACTTTAAACGGTGTTATACTCTAATAAATTATTTTAAAT-AAAGCTTTTTCATTTTTA
* * *
190170 GTTAAAACATACCATAATTTATTTTTTGCATCATAGAAAACATGAGCCAAAACAA
455 GTTAAAACAAACCATAATTTAATGTTTGCAT--TAGAAAACATGAGCCAAAACAA
* * * * * *
190225 ATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATGGTCACTCATACCTTCGAAAGGCT-TGTTACTCGC-TT
1 ATCCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTAT-TGACTC-CTTT
* * * * *
190288 TAAATGGTTTTATAAATTTATAAATGATTTTAGATTC-AATTTATTTTCAATTCTAGTTAGAATA
64 TAAATGGTTTTAGAAATTTAT-AATGATTTTA-AATCAAAATT-TTTTCAATTCTAGTTAAAACA
* * * * * * * *
190352 AATCTTAATTTGTTGTTCGCATCATAGGTAACGTGAACCAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGT
126 AATCATAATTGGATGTTCACATCA-A-GAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGT
* * * *
190417 CCATTTATGGT-CTCTCATGCCATCAAAAGCCTTGTTAATCGCTTTGAACGGATTTATAACTTCA
189 CCATTTATAGTAAT-TCATGCCATCAAAAGCCTTATTAATCACTTTGAACGGATTTATAACTTCA
* * *
190481 CAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTCATTT-TTGATTAAAACATATCATAATTT-ATTGTTTGCT
253 CAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTGTTG-TTAAAACAAATCATAATTTGA-TGTTTGCA
* * ** *
190544 TTGGGAAATGT-ATAGTGAAAGTCATCCATTGACAA-GAACAGGCCATTTATAGTCATTCATACC
316 TTGGAAAACGTGA-AGAAAAAGCCATCCATTGACAAGGAA-AGGCCATTTATAGTCATTCATACC
* * * * * * * *
190607 -TCCATAAGTCTTA-TTATTCGCTTTAAGCGGTTTTATAACT-TTATAAATTATTTTAAATTAAT
379 TTCCA-AAG-CCTAGTTACTCACTTTAAACGGTGTTAT-ACTCTAATAAATTATTTTAAATAAAG
* * * *
190669 TTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGCATTGGAAAACATGA
441 CTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAACCATAATTTAATGTTTGCATTAGAAAACATGA
190726 AGTGAGAGCC
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 79, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 71 0.17
511 26 0.06
512 39 0.10
513 53 0.13
514 212 0.52
515 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (507 bp):
ATCCATTGAAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTATTGACTCCTTTTA
AATGGTTTTAGAAATTTATAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTCAATTCTAGTTAAAACAAATCA
TAATTGGATGTTCACATCAAGAAACGTGAACCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCCATTTA
TAGTAATTCATGCCATCAAAAGCCTTATTAATCACTTTGAACGGATTTATAACTTCACAAATGAT
TTTAAATTAATTTTTTTCATTTGTTGTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTTGCATTGGAAAACG
TGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGGAAAGGCCATTTATAGTCATTCATACCTTCCAAAGCCTA
GTTACTCACTTTAAACGGTGTTATACTCTAATAAATTATTTTAAATAAAGCTTTTTCATTTTTAG
TTAAAACAAACCATAATTTAATGTTTGCATTAGAAAACATGAGCCAAAACAA
Found at i:190823 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 188440--190812 Score: 1367
Period size: 169 Copynumber: 14.0 Consensus size: 167
188430 AAAAGTCCAT
* * * * * *
188440 TTATAAATGACTTTAAATTGAA-TTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAAAT-ACAATATGATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAAC-AAATCATAATTTAATGTTT
* * * * * * *
188503 GCATTTGAAAACTTGAAGCGAAAGCCATCCATTTACAAG-AAAAGTCTATTTATAGTAACTTATA
64 GCATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATG
* * * * * *
188567 CCTTTAAAAGCCTAGTTATTTACATTAAATAGTTTTATAATC
128 CC-TTCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-C
* * * **
188609 TTATAAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTTCATTTCTAGTTAACACCTATCATAA-TTACATGTT
1 TTATAAATGATTTTAAAT--TAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTA-ATGTT
* * * * *
188673 TACATTGTGAAAA-GTGAAGCGAAAACCATCCATTGACAAG-AAAAGTCCATTCATAGTCACTCA
63 TGCATTG-GAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGT-CATTTATAGTCACTCA
**
188736 TGCCTTCGGAAA-CCTCA-TTACTTGCTTTAAGTGGTTTTATAAC
126 TGCCTTC--AAAGCCT-AGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
* * * * * *
188779 TTCATAAATTATTCTAAATTGAATTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTT
1 TT-ATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT
* * * * * * * * **
188844 ACATTGGGAAACAAGAAGCGAGAGCCATTCATTGACAA-AAAAAGTCCATTTATACTCAATCACA
64 GCATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGT-CATTTATAGTCACTCATG
* ** * *
188908 CCTTTAAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATC
128 CC-TTCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-C
** * * ** * * *
188950 TTATATGTTATTTTAAATCAAAATTTTTTTCATATACT-GTTAAAAAAAATCATAATTGAATATT
1 TTATAAATGATTTTAAAT--TAATTTTTTTCAT-TTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTT
* ** *** * * *
189014 TGCACTAAAAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGATAA-AGAAAAGTCTATTTATAGTTACTTA
63 TGCATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAAGTC-ATTTATAGTCACTCA
** * * *
189078 TGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTCTAATC
126 TGCCTTC-AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-C
* * *
189122 TTATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTATCATTTTTAGTTAAAACACATCAT-ATTTTATGTTT
1 TTATAAATGATTTTAAATT-AATTTTTT-TCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT
* * ** * * **** * *
189186 GTATCAAGG-AATGA-GAAGCGCAAGTTGCCCATTGAGAAG-AAAAGTCCATCTATAGTCACAT-
64 GCAT--TGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGT-CATTTATAGTCAC-TC
* * * ** * * * *
189247 ATGTCTTTGAAAGGCTTTTTACTCTCCTTAAGTGATTTTGTAAC
125 ATG-CCTTCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
* * * *
189291 TTTATAAATGATTTTAAATTTAATTTTTTTTA-TATTGGATTAAAACAAATCATAATTT-ATTTC
1 -TTATAAATGATTTTAAA-TTAATTTTTTTCATTTTTAG-TTAAAACAAATCATAATTTAATGT-
* ** * * *
189354 TTGCATTATGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGATAAG-AAAAGTCTATTTATAATCACT
62 TTGCATT-GGA-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTC-ATTTATAGTCACT
* * ** *
189418 TATGCCTTCGAAAGCCTTGTTACTTTCTTTAGGTGGTTTTATAAC
124 CATGCCTTC-AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
* * * * * * *
189463 TTTATAAGTAATTTTAAATTGAATATTTGTTCATTTTTGGTTAAAAGAGATCATAATTTATTGTT
1 -TTATAAATGATTTTAAATT-AAT-TTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTT
* * * ** *
189528 TACATTAGGCAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCATT-A-AAAATAAAAGTCCATTTATAG----TC
63 TGCATT-GGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGA-AAAAGT-CATTTATAGTCACTC
* * * *
189586 --G-CTT--ATGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
125 ATGCCTTCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAA-C
* * * * * * * **
189625 TTAT-AATGATTTTAAATCAAAATTGTTATCATTTCTAGTTCAAATAGATCAT-ATTTGTGTGTT
1 TTATAAATGATTTTAAAT--TAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTT-AATGTT
* * *
189688 TACAATAGG-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGA-AAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA
63 TGC-ATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCA
* *
189751 TACCTTCAAAAGCCTA-TTGACTC-CTTTTAAGTGGTTTTAGAAC
126 TGCCTTC-AAAGCCTAGTT-ACTCAC-TTTAAGTGGTTTTATAAC
* * **
189794 TT-TATAATGATTTTAAATCAAAATTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTGGATGTTT
1 TTATA-AATGATTTTAAAT-TAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT
* ** ** * * * *
189858 ACA-TCAAGAAATGTGAAGTGAAAGCTATCCATTGACAA-AAAAAGTTTATTTATAGTAATTCAT
64 GCATTGGA-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAG-TCATTTATAGTCACTCAT
* * *
189921 GTCTTTAGAAGCCTTA-TTACTCACTTTGAGTGGTTTTATAAC
127 GCCTTCA-AAGCC-TAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
* *
189963 TTTGTAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTGTT-GTTAAAACAAATCATAATTTGATGTTT
1 -TTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTT-TTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT
* ** * * * * *
190027 GCATTGGAAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-GAAAGTCTATTTATTGTCATTTATG
64 GCATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCATG
* * * *
190091 CCTTTGAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTGTTATAGTC
128 CC-TTCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATA-AC
* * * ** * * * *
190133 TAATAAATTATTTTAAATCAAAGCTTTTTCATTTTTAGTTAAAACATACCATAATTTATTTTTTG
1 TTATAAATGATTTTAAAT-TAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTG
* ** * * *
190198 CATCATAGAAAACATG-AGCCAAAACAAATCCATTGACAAG-AAAAGTCTATTTATGGTCACTCA
65 CAT--TGGAAAACATGAAGTGAAAGC-CATCCATTGACAAGAAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCA
* * * * * *
190261 TACCTTCGAAAGGCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAT
126 TGCCTTC-AAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTAT-AAC
* * * * * * ** *
190305 TTATAAATGATTTTAGATTCAATTTATTTTCAATTCTAGTTAGAATAAATCTTAATTTGTTGTTC
1 TTATAAATGATTTTAAATT-AATTT-TTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT
* * *** * * * *
190370 GCATCATAGG-TAACGTGAACCAAAAGCCATTCATTGATAAG-AAAAGTCCATTTATGGTCTCTC
64 GCAT--T-GGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGT-CATTTATAGTCACTC
* * * * * *
190433 ATGCCATCAAAAGCCTTGTTAATCGCTTTGAA-CGGATTTATAAC
125 ATGCCTTC-AAAGCCTAGTTACTCACTTT-AAGTGGTTTTATAAC
* * * *
190477 TTCACAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTCATTTTT-GATTAAAACATATCATAATTTATTGTTT
1 TT-ATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAG-TTAAAACAAATCATAATTTAATGTTT
* * * * * * *
190541 GCTTTGG-GAA-ATGTATAGTGAAAGTCATCCATTGACAAGAACAGGCCATTTATAGTCATTCAT
64 GCATTGGAAAACATG-A-AGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTCATTTATAGTCACTCAT
* * * * * *
190604 ACCTCCATAAGTCTTA-TTATTCGCTTTAAGCGGTTTTATAAC
127 GCCTTCA-AAG-CCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
* *
190646 TTTATAAATTATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTG
1 -TTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTG
* * * *
190711 CATTGGAAAACATGAAGTGAGAGCCATTCATAGACAAGAAAAATTCATTTATAGTCACTCATGCC
65 CATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTCATTTATAGTCACTCATGCC
* * *
190776 TTTCAAAGCCTAGTAACTCACTTCAATTGGTTTTATA
130 -TTCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATA
190813 GTCCTATAAA
Statistics
Matches: 1723, Mismatches: 362, Indels: 238
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
159 8 0.00
160 74 0.04
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174 17 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TTATAAATGATTTTAAATTAATTTTTTTCATTTTTAGTTAAAACAAATCATAATTTAATGTTTGC
ATTGGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAAGTCATTTATAGTCACTCATGCCT
TCAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAGTGGTTTTATAAC
Found at i:192279 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 191369--194076 Score: 1890
Period size: 341 Copynumber: 8.0 Consensus size: 339
191359 GTTTTAAGAA
* * *
191369 GTTTTATAGTCTTATAAATTA-TTTAAATCAAAATTTTTTCATTTCTAG-TAAAAAGAAATCATA
1 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTCTAGTTAAACAG--ATCATA
* * * * ** * * *
191432 ATTAGATGTTTGCATCA-AGAAACGTGCAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTAT
64 ATTGGATGTTTGCATTAGA-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTGAT
* * * * *
191496 AGTCACTCATGCCTTCGAAAAG-CTTGTTACT-GACTTTAAATGGTTTTATAACTTAATAAATGA
128 AGTCACTTATGTCTT-TAAAAGCCTAGTTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGA
* * * * * *
191559 TTTTAAATT-GATCTTTTTT--TTCA---TTAAAACAGATCATAATTTCTATATTT--ATCA-AG
191 TTTTAAATTAAAT-TTTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTT-GATGTTTGCATTAGAA
* * ** * * * *
191615 AA-ATGTTAACCCAAAGCTGTCCATTAATAAGCAATGTCCATTCATAGTCACTCATGCCTTC-AA
254 AACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAA
* * **
191678 ACACCTAGCTACTTTCTTTAAATG
317 A-GCCTAGTTACTCGCTTTAAATG
** * * * * * * ** *
191702 AATTAATAATCTTATAAATGATTTTATATTGAAATTATTTTCATTTTTTCTTAAAAAGGATCATA
1 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATT-AAATTTTTTTCATTTCTAGTTAAACA-GATCATA
** * * * *
191767 ATTGCTTGTTTGCATTA-AGAAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTAACAA-AAAAGGTCTATTTA
64 ATTGGATGTTTGCATTAGA-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-GTCCATTGA
* * *
191830 TAGTCACTTAT-TACTTTAAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATGATTTTAGAACTTTAT-AATGA
127 TAGTCACTTATGT-CTTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGA
* *
191893 TTTGT-AATTAAATTTGTTTTCATTTGTGGTTAAAACAGTTCATAATTTGATGTTTGCATTAGAA
191 TTT-TAAATTAAATTT-TTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAA
* * * * * **
191957 AACATGAAGTAAAAGCCATTCATTAATAATAAAAGTCCATTTATAGTCATTTGTGCCTTCGAAAG
254 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
*
192022 CCTAGTTACTCGCTTTAAATT
319 CCTAGTTACTCGCTTTAAATG
* *
192043 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTGAA-TAAATTTTTTTTCATTTCTAGTTCAACCA-AGTCAT
1 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATTAAA-TTTTTTTCATTTCTAGTT-AAACAGA-TCAT
* * ** *
192106 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTAAAGTGAAAGTTATCCATAGACAAGAAAAGTCCATTGAT
63 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTGAT
** * * * * *
192171 AGTCACTTATGTCTTCGAATGCCATA-TTACTCACTTTAAGTGGTTTTAGAACTTTATAAATAAT
128 AGTCACTTATGTCTTTAAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* * * * * * *
192235 TTTAAATTATATTCTTTTTCATTTGTGGTTAAAACAAATCATAATTTGAGGTTTTCATTGGAAAG
192 TTTAAATTAAATT-TTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAA
* * * * * *
192300 CATGAAGCAAAAGCCGTACATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATACCTT-TAAACC
256 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
*
192363 CTAAGTTGCTCGCTTTAAATG
320 CT-AGTTACTCGCTTTAAATG
* * * *
192384 GTTTTGTAGTCTTATAAATTATTTCAAATCAAAAATTTTTTT-ATTTATAGTTAAAACAGATCAT
1 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAAT--TAAATTTTTTTCATTTCTAGTT-AAACAGATCAT
* * ** * *** *
192448 AATTAGATGTTTGCATTGGGCAACATAAAAAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTG-
63 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA-TTGA
* * * **
192512 TAGTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTTA-TTAGTCGCTTTATGTGGTTTTATAACTTTATAAATG
127 TAGTCACTTATGTCTTT-AAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATG
* * * * * ** *
192575 ATTTCAAATTGAATTCTTTTTTTATTTATGGTTAAAATAGATTATAATTTG-TAGTACGCATCAT
190 ATTTTAAATT-AAAT-TTTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTGAT-GTTTGCATTA-
** * * * * * *
192639 GGGAA-ATGTAAAGCAAATGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGTCTTT
251 GAAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * ** *
192703 AAAAGCCTGGTTACTTACTTTAATTG
314 GAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * * *
192729 GTTTTATA-ACTTTAAAAATGATTTTAATTTGACTTTTTTTTATTT-TGGTTAAAGTAGATAATA
1 GTTTTATAGTC-TTATAAATTATTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTCTAGTTAAA-CAGATCATA
* * * * * ** * * *
192792 ATTTGTTGTTTGCATTGGGAAAA-GTAAAGAAAAAGCCATCCATTGAAAATAAAAAGTCCATTTA
64 ATTGGATGTTTGCATT-AGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAA-GAAAAGTCCATTGA
* ** * * ** * * *
192856 TAGTCACTTTTAACTTTGAAAGCTTTCTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAA-TCTCATAAATGA
127 TAGTCACTTATGTCTTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGA
* * * * * * * *
192920 GTTTAAATTGAATTGTTTTCA-TTATTGGTCAAAACAGATTATGATTTGATGTTTGCACTAGGAA
191 TTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTA-TGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAA
* * * * * * * *
192984 ACAAGAAGCAAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACTTATACCTTCGAAAAC
255 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
* * * **
193049 TTAATTTCTCGCTTTAAACA
320 CTAGTTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
193069 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGTAAATCTTTTTCATTTCTAGTTAAAATAGATCATAA
1 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTCTAGTT-AAACAGATCATAA
* * ** * * * * *
193134 TTGGATGTTTGCATCA-AGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGAAAAGCAAACTTCATAT-AT
65 TTGGATGTTTGCATTAGA-AAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCAT-TGAT
* * * ** *
193197 ATTCAATCATG-CATTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCATATATATGAT
128 AGTCACTTATGTC-TTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGAT
* * * ** * * * *
193261 TTTTAATGAAAATTATACTCATTTATAGTTAAAACAGTTCATAATTGGATGTTTGCATTAGCAAA
192 TTTAAAT-TAAATTTTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAA
* * *
193326 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAATA-TCAATTTAAAGTCACTCATACCTTCGAAAGC
256 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
* ** *
193390 CTTGTTACTTACTTCAAATG
320 CTAGTTACTCGCTTTAAATG
* * * * *
193410 GTTTTCT-GCTCTTA-AAATTGTTTTAAATTACAATTGTTTTCATTTTTGGTTAGAACAGATCAT
1 GTTTTATAG-TCTTATAAATTATTTTAAATTA-AATTTTTTTCATTTCTAGTTA-AACAGATCAT
* * *
193473 AATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGCG-AA---ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
63 AATTGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTGAT
* * *
193534 AGTCACTCAAGGT-TTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA-TCTTATAAAT-A
128 AGTCACT-TATGTCTTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGA
** * * * * * * * *
193596 TTTTAGAACAAAATTTTTGTCATTTCTAGTTAATATAGAACATAATTGGATGTTTGCACT-GAGA
191 TTTTA-AATTAAATTTTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGA-A
* * * * * * * * * *
193660 AACCTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTTCATTTAAAGTCAATAACGTCTTTGAAAG
254 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAG
* *
193725 TCTAGTTACTTGCTTTAAATG
319 CCTAGTTACTCGCTTTAAATG
* * * * * * * * *
193746 GTTTTATAATTTTATAAATAAGTTTAGATT-GATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATTAAATTTTTTTC-ATTTCTAGTT-AAACAGATCATA
* * * * *
193810 ATTTGATGTTTGCATCTAG-AAACATGGAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCAATGGAT
64 ATTGGATGTTTGCAT-TAGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTGAT
* * * *
193874 ATTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTATAAATGAT
128 AGTCACTTATGTCTTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACT-TTATAAATGAT
* * * * * * * * * *
193938 TTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAA-TTGCTTGTTTGCAATGGGAA
192 TTTAAAT-TAAATTTTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTG-ATGTTTGCATTAGAAA
* * * * * * * *
194002 ACATGAAGCGAAAGCTATCCAATGATAAAAAAAGTCCATTTATAATTACTTATGCCTTTGAAAGC
255 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGC
194067 CTAGTTACTC
320 CTAGTTACTC
194077 ATTTTACTAG
Statistics
Matches: 1868, Mismatches: 412, Indels: 182
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 16 0.01
334 29 0.02
335 126 0.07
336 178 0.10
337 90 0.05
338 2 0.00
339 13 0.01
340 389 0.21
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343 116 0.06
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345 80 0.04
346 7 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTAAATTAAATTTTTTTCATTTCTAGTTAAACAGATCATAAT
TGGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTGATAGT
CACTTATGTCTTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTTA
AATTAAATTTTTTTCATTTATGGTTAAAACAGATCATAATTTGATGTTTGCATTAGAAAACATGA
AGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCCTAGTT
ACTCGCTTTAAATG
Found at i:192710 original size:174 final size:169
Alignment explanation
Indices: 192144--192863 Score: 498
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 169
192134 AGTGAAAGTT
* * * * * *
192144 ATCCATAGACAAGAAAAGTCCATTGATAGTCACTTATG-TCTTCGAATGCCAT-ATTACTCACTT
1 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCT-TTCAAAAGCC-TGATTACTCACTT
* * * * * *
192207 TAAGTGGTTTTAGAACTTTATAAATAATTTTAAATT-A-TATTCTTTTTCATTTGTGGTTAAAAC
64 TAATTGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTCAAATTGACT-TT-TTTTT-ATTT-TGGTTAAAAT
* * *** * *
192270 AAATCATAATTTG-AGGTTTTCATT-GG-AAAGCATGAAGCAAAAGCC
125 AGATAATAATTTGTA-GTACGCATTGGGAAAAG--TAAAGAAAAAGCC
* * * * * * * *
192315 GTACATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCATACCTTT--AAACCCTAAGTTGCTCGCT
1 ATCCATTGATAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAT-GCTTTCAAAAGCCTGA-TTACTCACT
* * * * * ** ** * *
192377 TTAAATGGTTTTGT-AGTCTTATAAATTATTTCAAATCAAAAATTTTTTTATTTATAGTTAAAAC
63 TTAATTGGTTTTATAACT-TTAAAAATGATTTCAAAT-TGACTTTTTTTTATTT-TGGTTAAAAT
* * ** * *
192441 AGATCATAATTAG-ATGTTTGCATTGGGCAACA-TAAAAAAAAAGCC
125 AGATAATAATTTGTA-GTACGCATTGGG-AAAAGTAAAGAAAAAGCC
* * * * *
192486 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCATGCTTTCGAAAGCCTTATTAGTCGCTTT-
1 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTA
* *
192550 ATGTGGTTTTATAACTTTATAAATGATTTCAAATTGAATTCTTTTTTTATTTATGGTTAAAATAG
66 AT-TGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTCAAATTG-ACT-TTTTTTTATTT-TGGTTAAAATAG
* * * *
192615 ATTATAATTTGTAGTACGCATCATGGGAAATGTAAAGCAAATGCC
127 ATAATAATTTGTAGTACGCAT--TGGGAAAAGTAAAGAAAAAGCC
* * * * *
192660 ATCCATTGGTAGGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGTCTTT-AAAAGCCTGGTTACTTACTTT
1 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATG-CTTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTT
* * *
192724 AATTGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTTAATTTGACTTTTTTTTATTTTGGTTAAAGTAGATA
65 AATTGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTCAAATTGACTTTTTTTTATTTTGGTTAAAATAGATA
* **
192789 ATAATTTGTTGTTTGCATTGGGAAAAGTAAAGAAAAAGCC
130 ATAATTTGTAGTACGCATTGGGAAAAGTAAAGAAAAAGCC
* *
192829 ATCCATTGAAAATAAAAAGTCCATTTATAGTCACT
1 ATCCATTGATAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACT
192864 TTTAACTTTG
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 83, Indels: 53
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 29 0.07
170 34 0.08
171 199 0.45
172 68 0.15
173 9 0.02
174 95 0.22
175 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCTTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTA
ATTGGTTTTATAACTTTAAAAATGATTTCAAATTGACTTTTTTTTATTTTGGTTAAAATAGATAA
TAATTTGTAGTACGCATTGGGAAAAGTAAAGAAAAAGCC
Found at i:194092 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 191369--194092 Score: 1629
Period size: 170 Copynumber: 16.0 Consensus size: 168
191359 GTTTTAAGAA
* * * * * *
191369 GTTTTATAGTCTTATAAATTA-TTTAAATCAAAA-TTTTTTCATTTCTAGTAAAAAGAAATCATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * *
191432 ATTAGATGTTTGCATCAAGAAACGTGCAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATA
65 ATT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
191497 GTCACTCATGCCTTCGAAAAG-CTTGTTACT-GACTTTAAATG
129 GTCACTTATGCCTTTG-AAAGCCTAGTTACTCG-CTTTATA-G
** * *
191538 GTTTTATAA-CTTAATAAATGATTTTAAAT-TGATCTTTTT--TTTC--ATTAAAACAGATCATA
1 GTTTTATAATCTT-ATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * ** * * * ** * * * * *
191597 ATTTCTATATTT--ATCAAGAAATGTTAACCCAAAGCTGTCCATTAATAAGCAATGTCCATTCAT
65 A-TT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * ** *
191660 AGTCACTCATGCC-TTCAAACACCTAGCTACTTTCTTTAAATG
128 AGTCACTTATGCCTTTGAAA-GCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
** * * * * * **
191702 AATTAATAATCTTATAAATGATTTTATATTGAAATTATTTTCATTTTTTCTTAAAA-AGGATCAT
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACA-GATCAT
* * * ** * *
191766 AATTGCTTGTTTGCATTAAGAAACGTGAAGTGAAAGCCATCCATTAACAA-AAAAGGTCTATTTA
64 AATTG-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA-GTCCATTTA
** * * *
191830 TAGTCACTTATTACTTTAAAAGCCTAGTTACTTGCTTTAAATG
127 TAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * * * *
191873 ATTTTAGAA-CTT-TATAATGATTTGT-AATTAAATTTGTTTTCATTTGTGGTTAAAACAGTTCA
1 GTTTTATAATCTTATA-AATGATTT-TAAATAAAATTT-TTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCA
* * * * * *
191935 TAATTTGATGTTTGCATTAGAAAACATGAAGTAAAAGCCATTCATTAATAATAAAAGTCCATTTA
63 TAA-TTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
192000 TAGTCATTTGTGCCTTCGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATT
127 TAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * * * * * *
192043 GTTTTATAGTCTTATAAATTATTTTGAATAAATTTTTTTTCATTTCTAGTTCAACCA-AGTCATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGA-TCATA
* * * ** ** * *
192107 ATTGGATGTTTGCATTAGAAAACGTAAAGTGAAAGTTATCCATAGACAAGAAAAGTCCATTGATA
65 ATT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * *
192172 GTCACTTATGTCTTCGAATGCCATA-TTACTCACTTTA-AGTG
129 GTCACTTATGCCTTTGAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTATA--G
* * * * * *
192213 GTTTTAGAA-CTTTATAAATAATTTTAAATTATATTCTTTTTCATTTGTGGTTAAAACAAATCAT
1 GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATAAAATT-TTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCAT
* * * *
192277 AATTTGAGGTTTTCATT-GGAAAGCATGAAGCAAAAGCCGTACATTGACAAGAAAAG-CCTATTT
64 AA-TTGATGTTTGCATTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTT
* * * * *
192340 ATAGTCACTCATACCTTT-AAACCCTAAGTTGCTCGCTTTAAATG
126 ATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCT-AGTTACTCGCTTTATA-G
* * * * * *
192384 GTTTTGTAGTCTTATAAATTATTTCAAATCAAAAATTTTTTT-ATTTATAGTTAAAACAGATCAT
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT--AAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCAT
* * * ** * *
192448 AATTAGATGTTTGCATTGGGCAACATAAAAAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGT
64 AATT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
192513 AGTCACTCATG-CTTTCGAAAGCCTTA-TTAGTCGCTTTATGTG
128 AGTCACTTATGCCTTT-GAAAGCC-TAGTTACTCGCTTTAT-AG
* * * * * * *
192555 GTTTTATAA-CTTTATAAATGATTTCAAATTGAATTCTTTTTTTATTTATGGTTAAAATAGATTA
1 GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAA-TAAAAT-TTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCA
** * * * ** * *
192619 TAATTTG-TAGTACGCATCATGGGAA-ATGTAAAGCAAATGCCATCCATTGGTAGGAAAAGTTCA
63 TAA-TTGAT-GTTTGCATTA-GGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * ** *
192682 TTTATAGTCACTCATGTCTTTAAAAGCCTGGTTACTTACTTTAATTG
123 TTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT-ATAG
* * ** * * ** *
192729 GTTTTATAA-CTTTAAAAATGATTTTAATTTGACTTTTTTTTATTT-TGGTTAAAGTAGATAATA
1 GTTTTATAATC-TTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * *
192792 ATTTGTTGTTTGCATTGGGAAA-AGTAAAGAAAAAGCCATCCATTGAAAATAAAAAGTCCATTTA
65 A-TTGATGTTTGCATTAGGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAA-GAAAAGTCCATTTA
* ** * ** *
192856 TAGTCACTTTTAACTTTGAAAGCTTTCTTACTCACTTTAAATA-
127 TAGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTT--ATAG
* * ** * * *
192899 GTTTTATAATCTCATAAATGAGTTTAAATTGAATTGTTTTCATTAT-TGGTCAAAACAGATTATG
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATT-TCTGGTTAAAACAGATCAT-
* * * * * *
192963 ATTTGATGTTTGCACTAGGAAACAAGAAGCAAAAGCCATCCACTAACAAGAAAAGTCAATTTATA
64 AATTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * * * *
193028 GTCACTTATACCTTCGAAAACTTAATTTCTCGCTTTAAACA
129 GTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * *
193069 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAGT-AAATCTTTTTCATTTCTAGTTAAAATAGATCATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAA-TAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * * * * *
193133 ATTGGATGTTTGCATCAAGAAATATGAAGCAAAAGCCATCCGTTGAAAAGCAAACTTCATATATA
65 ATT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * * *
193198 TTCAATCATGCATTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATG
129 GTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * * * * ** * * *
193239 GTTTTATAACCATATATATGATTTTTAATGAAAATTATACTCATTTATAGTTAAAACAGTTCATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * *
193304 ATTGGATGTTTGCATTAGCAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAATA-TCAATTTAA
65 ATT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAA-AGTCCATTTAT
* * * * ** * *
193368 AGTCACTCATACCTTCGAAAGCCTTGTTACTTACTTCAAATG
128 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* ** * * * *
193410 GTTTTCTGCTCTTA-AAATTG-TTTTAAATTACAATTGTTTTCATTTTTGGTTAGAACAGATCAT
1 GTTTTATAATCTTATAAA-TGATTTTAAA-TAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCAT
* * *
193473 AATTGGATGTTTTCATTAGAAAACATGAAGC-GAA---ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
64 AATT-GATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * ** * *
193534 AGTCACTCAAGGTTTTAAAAGCCTAGTTACTCGCTTTAAATG
128 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * * * * * *
193576 ATTTTATAATCTTATAAAT-ATTTTAGAACAAAATTTTTGTCATTTCTAGTTAATATAGAACATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTA-AATAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * *
193640 ATTGGATGTTTGCACT-GAGAAACCTAAAGCAAAAGCCATCCATTGAAAAGAAAAGTTCATTTAA
65 ATT-GATGTTTGCATTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
193704 AGTCAATAACGTCTTTGAAAGTCTAGTTACTTGCTTTAAATG
128 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * * * ** * *
193746 GTTTTATAATTTTATAAATAAGTTTAGAT-TGATTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAACAGATTATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTC-ATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* ** * * **
193810 ATTTGATGTTTGCATCTA-GAAACATGGAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCAATGGAT
65 A-TTGATGTTTGCAT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * *
193874 ATTCACTTATGCCTTCAAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATG
128 AGTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATA-G
* * * *
193916 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATA
1 GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAAT-AAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATA
* * * * * * * *
193981 ATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCAATGATAAAAAAAGTCCATTTATA
65 ATTG-ATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
* * **
194046 ATTACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCATTTTACTAG
129 GTCACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTA-TAG
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1 GTTTTA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
GTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATAAAATTTTTTTCATTTCTGGTTAAAACAGATCATAA
TTGATGTTTGCATTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGT
CACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCGCTTTATAG
Found at i:194308 original size:406 final size:406
Alignment explanation
Indices: 193762--195390 Score: 2462
Period size: 406 Copynumber: 4.0 Consensus size: 406
193752 TAATTTTATA
* * *
193762 AATAAGTTTAGATTGA-TTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTTGATGTTTGCAT
1 AATAAGTTTAGATTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAG-TCATAATTTGATGTTTACAT
* *
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*
193889 CAAAAGCTTAGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGT
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194 TTTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTA
* * * * *
194019 TCCAATGATAAAAAAAGTCCATTTATAATTACTTATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAC
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* *
194084 TAGGTTTTAGAACTGTAACACCCCGTACCCTCATTTAGAAGTTAGTAAGACCTTATCGACAAGAC
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*
194149 AATGGGTCAATTGACGCT
389 AAGGGGTCAATTGACGCT
*
194167 AATAAGTTTAGATTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAGTCATAATTTGATGTTTACGT-
1 AATAAGTTTAGATTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAGTCATAATTTGATGTTTACATC
*
194231 TAAGAAACATAGAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATTACTAATGCCTTC
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* *
194296 AAAAGCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCCAAATTGCT
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* *
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195 TTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTAT
* *
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* * * * *
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* *
194556 AAGGGTCAATTGACTCT
390 AGGGGTCAATTGACGCT
* * *
194573 AATTAGTTTAGGTTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAGTCATAATTTGATGTTTACATT
1 AATAAGTTTAGATTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAGTCATAATTTGATGTTTACATC
* * * *
194638 TAGAAATATAGAGTAAAAGCCATCCATTAATAAGAAAAGTCTATGGATAATTACTTATGGCTTCA
66 TAGAAACATAGAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATTACTTATGCCTTCA
*
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131 AAAGCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTT
*
194768 TCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATCATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTA-C
196 TCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATC
194832 GCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCATTTTACT
261 -CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCATTTTACT
* * * * * * *
194897 GGGTTTTAGAACTATCACACCCCATACCATCGTAGAGAAGTTAGTAAGACCTTATCGACAAGACG
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390 AGGGGTCAATTGAC-GCT
* * * * *
194979 ACTAAGTTTAGATTTCATTTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACATA-TCATAATTTGATGTTTGCA
1 AATAAGTTTAGA-TTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACA-AGTCATAATTTGATGTTTACA
* * * *
195043 TCTAGAAACATGGAGTGGAAGCCATCCATTTACAAGAAAAGTCTATGGATAATCACTTATGCCTT
64 TCTAGAAACATAGAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATTACTTATGCCTT
* * * *
195108 TAAAAGATTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTTAGAAATGATTTTAAATCAAAATTGT
129 CAAAAGCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGT
* * ** *
195173 TTTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAATTGCTTGTTTGGAAAGAAAAATATGAAGCGAAAGCTA
194 TTTCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTA
* * *
195238 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTAATTACTCATTTTAT
259 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCATTTTAC
* * * * * * * * *
195303 TGGGTTTTAGAACTGTAACATCCTATACCCTCGTATAGAAGTTTGTACGATCTTATAGACAAAAC
324 TAGGTTTTAGAACTGTAACACCCCATACCCTCATATAGAAGTTAGTAAGACCTTATCGACAAGAC
*
195368 GAGGGGTCAATTGACGCT
389 AAGGGGTCAATTGACGCT
195386 AATAA
1 AATAA
195391 ACCATCCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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408 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (406 bp):
AATAAGTTTAGATTGATTTTTTTTCCATTTTTGGTTAAAACAAGTCATAATTTGATGTTTACATC
TAGAAACATAGAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATTACTTATGCCTTCA
AAAGCTTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTT
TCATTTCTAGTTAAAATAGGTCATAATTGCTTGTTTGCAATGGGAAACATGAAGCGAAAGCTATC
CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTAGTTACTCATTTTACTA
GGTTTTAGAACTGTAACACCCCATACCCTCATATAGAAGTTAGTAAGACCTTATCGACAAGACAA
GGGGTCAATTGACGCT
Found at i:195669 original size:328 final size:328
Alignment explanation
Indices: 195064--195716 Score: 981
Period size: 328 Copynumber: 2.0 Consensus size: 328
195054 GGAGTGGAAG
* *
195064 CCATCCATTTACAAGAAAAGTCTATGGATAATCACTTATGCCTTTAAAAGATTAGTTACTCACTT
1 CCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATCACTTATGCCTTGAAAAGATTAGTTACTCACTT
** *
195129 TAAATGGTTTTAGAATCTTAGAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTCTAGTTAAAATAG
66 TAAATACTTTTAGAATCTTAGAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTATAGTTAAAATAG
* * *
195194 GTCATAATTGCTTGTTTGGAAAGAAAAATATGAAGCGAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTCCA
131 GTCATAATTGCTTGTTTGCAAAGAAAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * *
195259 TTTATAGTCACTCATTCCTTTGAAAGCCTAATTACTCATTTTATTGGGTTTTAGAACTGTAACAT
196 TTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCATTTTACTGGGTTTTAGAACTGTAACAT
* * ** ** *
195324 CCTATACCCTCGTATAGAAGTTTGTACGATCTTAT-AGACAAAACGAGGGGTCAATTGACGCTAA
261 CCCATACCCTAGTATAGAAGTCAGTAAAACCTTATCA-ACAAAACGAGGGGTCAATTGACGCTAA
195388 TAAA
325 TAAA
195392 CCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATCACTTATGCCTTGAAAA-ACTTAGTTACT-AGC
1 CCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATCACTTATGCCTTGAAAAGA-TTAGTTACTCA-C
* * *
195455 TTTAAATACTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTATAGTTAAAAT
64 TTTAAATACTTTTAGAATCTTAGAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTATAGTTAAAAT
* *
195520 AGGTCATAATTGCTTGTTTGCAATAG-GAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAATT
129 AGGTCATAATTGCTTGTTTGCAA-AGAAAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGT
* * *
195584 TCATTTATTGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAGTTACTCATTTTACTGGGTTTTAGAACTGTAA
193 CCATTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCATTTTACTGGGTTTTAGAACTGTAA
* * *
195649 CATCCCGTACCCTAGTATAGAAGTCAGTAAAACCTTATCAACAAGACGAGGGGTCAATTGATGCT
258 CATCCCATACCCTAGTATAGAAGTCAGTAAAACCTTATCAACAAAACGAGGGGTCAATTGACGCT
195714 AAT
323 AAT
195717 TTGTGTGCCA
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 29, Indels: 8
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.01
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ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
CCATCCATTAACAAGAAAAGTCTATGGATAATCACTTATGCCTTGAAAAGATTAGTTACTCACTT
TAAATACTTTTAGAATCTTAGAAATGATTTTAAATCAAAATTGTTTTCATTTATAGTTAAAATAG
GTCATAATTGCTTGTTTGCAAAGAAAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCATGCCTTTAAAAGCCTAATTACTCATTTTACTGGGTTTTAGAACTGTAACAT
CCCATACCCTAGTATAGAAGTCAGTAAAACCTTATCAACAAAACGAGGGGTCAATTGACGCTAAT
AAA
Found at i:198542 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 198509--198563 Score: 85
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
198499 TATCATTATT
198509 CGTGGCAAGGCCAC-AGGTTGATATA
1 CGTGGCAAGGCCACGA-GTTGATATA
*
198534 GGTGGCAAGGCCACGAGTTGATATA
1 CGTGGCAAGGCCACGAGTTGATATA
198559 CGTGG
1 CGTGG
198564 TTGCTACCAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 26 0.96
26 1 0.04
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Consensus pattern (25 bp):
CGTGGCAAGGCCACGAGTTGATATA
Found at i:202048 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 202033--202081 Score: 55
Period size: 10 Copynumber: 4.9 Consensus size: 10
202023 GAGGGTTTTC
202033 CTTTTTCTTT
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202043 CTTTTTCTTT
1 CTTTTTCTTT
*
202053 GATTTTT-TTT
1 -CTTTTTCTTT
*
202063 CTTTTTCTCT
1 CTTTTTCTTT
*
202073 CTGTTTCTT
1 CTTTTTCTT
202082 CTCAATTTTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 5, Indels: 4
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.16
10 22 0.69
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ACGTcount: A:0.02, C:0.18, G:0.04, T:0.76
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CTTTTTCTTT
Found at i:206297 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 206282--206309 Score: 56
Period size: 10 Copynumber: 2.8 Consensus size: 10
206272 CATAAATTTG
206282 CTCTTTCTTC
1 CTCTTTCTTC
206292 CTCTTTCTTC
1 CTCTTTCTTC
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1 CTCTTTCT
206310 CTTATTCAGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (10 bp):
CTCTTTCTTC
Found at i:208299 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 208203--208342 Score: 244
Period size: 73 Copynumber: 1.9 Consensus size: 73
208193 AATATTGTTA
* * *
208203 CTTAGTTGATTAAGTCGTCTCTGTCTCTTAACCCAGTTTTTGGCAGTAAGCTCTTAGTCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTCTCTGTCTCTAAACCCAGTTTTTGGCAGTAAGCTCTTAATCGACTAA
208268 CAAAACTT
66 CAAAACTT
*
208276 CTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTAAACCCAGTTTTTGGCAGTAAGCTCTTAATCGACTAA
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTCTCTGTCTCTAAACCCAGTTTTTGGCAGTAAGCTCTTAATCGACTAA
208341 CA
66 CA
208343 CTATCTCTTG
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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CTTAGTCGATTAAGTCGTCTCTGTCTCTAAACCCAGTTTTTGGCAGTAAGCTCTTAATCGACTAA
CAAAACTT
Found at i:208781 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 208636--208793 Score: 208
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 84
208626 TTTCTGGTTA
* * * *
208636 AAATAGATCATGATTACATGCTTGCATCGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATTAACAAGAAA
1 AAATAAATCATAATTACATGCTTGCATAGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATGAACAAG-AA
208701 AGTCAATTTCATTTTTTCTC
65 AGTCAATTTCATTTTTTCTC
* * ** * *
208721 AAATAAATCATAATTTCATGTTTGCATAGGTCAACATCAAGTGAAAGCTATCCATGAACAAGAAA
1 AAATAAATCATAATTACATGCTTGCATAGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATGAACAAGAAA
*
208786 GTCCATTT
66 GTCAATTT
208794 ACAGGTATTC
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 11, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
84 10 0.16
85 52 0.84
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Consensus pattern (84 bp):
AAATAAATCATAATTACATGCTTGCATAGGGAAACATAAAGTGAAAGCCATCCATGAACAAGAAA
GTCAATTTCATTTTTTCTC
Found at i:210117 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 209942--210934 Score: 441
Period size: 169 Copynumber: 5.9 Consensus size: 168
209932 TGTGAAATGC
* **
209942 AAGCCATTCATTGATAATGAAAGTCCACCTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGCTTTACTTGC
1 AAGCCATTCATTAATAA-GAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGCTTTACTTGC
* *
210007 GTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAATATTTTGAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAA
65 CTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAATATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAA
* *
210072 AGATCATTATTTGCTGTTTGTATTAGGAAACGTGAAGTA
130 AGATCATAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGTGAAGTA
** * * * * *
210111 AAGCCA-TCTATTAATAAGAAAAGTCTGTTTATAGTGACTTATGCCTTTGAAAG-CCTAATTGC-
1 AAGCCATTC-ATTAATAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGCT--TTACT
* * * * * * *
210173 TGCTTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTAT-AAATGAGTTTAAATTGAAGTCTTTTTCATTTTTGAT
62 TGC-CTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATAAAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGT
* * *
210236 TAAAACA-ATTATAATTTGATGTTTGTATT-GAGAAACGTGAAGCGA
124 TAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTATTAG-GAAACGTGAAG-TA
** * * * * * * * *
210281 AAGTTATTCATTAACAAAAAAAATCCATTTATATTCACTCATGCCTTCAAAAGCATG-GTTACTC
1 AAGCCATTCATTAA-TAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAG--TGCTTTACTT
* * * * * *
210345 GCCTTAAGTGGTTTTGTAACATTAGAAATTATTTTAAATTG-ATTTTTTATTA-TTTTAGTTAAA
63 GCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAATATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAA
* * * * * *
210408 ATAGATCATAATTTGATGTTTGCATCATGAACCATGAAGTGA
128 AAAGATCATAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGTGAAGT-A
* * * * * ** *
210450 AAGCCATTCATTGATAAGAAA-T-TATTTTATAGTCACTTATACCTTTGAAA-ACCTAGTAAC-T
1 AAGCCATTCATTAATAAGAAAGTCCA-TTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGCT--TTACTT
* * * * ** * * * ***
210511 -CTCTTCAAATGGTTTTAT-AGTCCTATAAAACATTTTAAA-TGAAAAATGTTTTCACTTCAAGT
63 GC-CTT-AAGTGGTTTTATAACT-TTATAAAATATTTTAAATTG-AATTTTTTTTTATTTTTGGT
* * * * * * * * * *
210573 TAACATAGGTCATACTTGGATGATTGCATCAGAAAACGTAAAGTGA
124 TAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGTGAAGT-A
* * * * * ** * * * **
210619 AAGTCATCCGTTGATAAGAAAAGTCAATAGATAATCACTCATACCTTTAAAAGT-CTTGTTACTT
1 AAGCCATTCATTAATAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGC-T-TTACTT
* * * * * *
210683 GCTTTAAGTGATTTTGTAATTTTAT-AAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTCATTTTTGATTAA
63 GCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAA
* * * * * * *
210746 AACATATCATAATTGGATAG-TTGCATTGGGAAACATGAAGCGAA
127 AAAAGATCATAATTTGAT-GTTTGTATTAGGAAACGTGAA--GTA
* * * ** * * *
210790 AAGCTA-TCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTTATGCCTTTGACAG-GCTTGTTACT
1 AAGCCATTC-ATTAATAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGC-T-TTACT
** * * * * *
210853 CACTTTAAGTGGTTTCATAACTTTAT-AAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTTTGTTC
62 TGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTA
** *
210917 AAGTAGATCGTAATTTGA
126 AAAAAGATCATAATTTGA
210935 CATTTGCATC
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 169, Indels: 89
0.70 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 7 0.01
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170 167 0.27
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172 40 0.07
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (168 bp):
AAGCCATTCATTAATAAGAAAGTCCATTTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAGTGCTTTACTTGCC
TTAAGTGGTTTTATAACTTTATAAAATATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAA
GATCATAATTTGATGTTTGTATTAGGAAACGTGAAGTA
Found at i:210183 original size:338 final size:336
Alignment explanation
Indices: 209498--210527 Score: 835
Period size: 339 Copynumber: 3.0 Consensus size: 336
209488 GTTGTTACTA
** * * * * * * *
209498 GCTTTAAATCATTTTAAAATCTCATAAATAATTTTAAATT-AATTTTTTTTCATTTTAGGA-TCA
1 GCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAAATGAGTTTAAATTCAAGTCTTTTTCATTTT-TGATTAA
* * * * * * * * *
209561 AACAAATCATAATTTG-TATTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAA
65 AAC-AATAAGAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAACGAAAGCCATTCATTAACAAAAAAA
** * * * * ** * *
209625 ATCCATGTGTAGTCGCTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAGTGGTTTTATAACTT
129 ATCCACCTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAG-ATGGTTACTCGC-CTTAAGTGGTTTTATAACAT
* * * * * ** *
209689 TA-TAAATGATTTTCACTTGCTTTTTT-TCATTTCTAGTTAAAATTGATCTTAATTTGATGTGTT
192 TAGAAAAT-ATTTTAAATTGATTTTTTATTATTT-TAGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGT-TT
* * * * * * * * * *
209752 GCATC-GAGAAACGTTAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAGATAGTCCACTTTATAGTCACATATG
254 GCATCAG-GAAACATGAAGTGAAAGCCATTCATTAATAAGAAAGT--ATTTTATAGTCACTTATG
* * *
209816 CCTTTGAAAACATAGTTGTTC
316 CCTTTGAAAACCTAATTGCTC
* * * *
209837 GCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAACTGATTTTAAGTTCAA-T-TTTTTCATTTTTGCTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAAATGAGTTTAAATTCAAGTCTTTTTCATTTTTGATTAAA
* ** * * * * * * ** *
209900 ATAGATAAGGGTTTGTTGTTTGCATTGAGAAATGTGAAATGCAAGCCATTCATTGATAATGAAAG
66 ACA-ATAAGAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAACGAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAA
* * * * *
209965 TCCACCTATAGTCACTAATGCCTTCGAAAG-TGCTTTACTTGCGTTAAGTGGTTTTATAACTTTA
130 TCCACCTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGATG-GTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACATTA
* * * * * * *
210029 TAAAATATTTTGAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATTATTTGCTGTTTGTA
194 GAAAATATTTTAAATTG-ATTTTTTATTA-TTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCA
* * * *
210094 TTAGGAAACGTGAAGT-AAAGCCA-TCTATTAATAAGAAAAGTCTGTTTATAGTGACTTATGCCT
257 TCAGGAAACATGAAGTGAAAGCCATTC-ATTAATAAG-AAAGTAT-TTTATAGTCACTTATGCCT
*
210157 TTGAAAGCCTAATTGCT-
319 TTGAAAACCTAATTGCTC
* *
210174 GCTTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAAATGAGTTTAAATTGAAGTCTTTTTCATTTTTGATTAA
1 GC-TTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAAATGAGTTTAAATTCAAGTCTTTTTCATTTTTGATTAA
* * * * **
210239 AACAATTATAATTTGATGTTTGTATTGAGAAACGTGAAGCGAAAGTTATTCATTAACAAAAAAAA
65 AACAATAAGAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAACGAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAA
** * * *
210304 TCCATTTATATTCACTCATGCCTTCAAAAGCATGGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTGTAACATTA
130 TCCACCTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAG-ATGGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACATTA
* *
210369 GAAATTATTTTAAATTGATTTTTTATTATTTTAGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATC
194 GAAAATATTTTAAATTGATTTTTTATTATTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATC
* * * * *
210434 ATGAACCATGAAGTGAAAGCCATTCATTGATAAGAAATTATTTTATAGTCACTTATACCTTTGAA
259 AGGAAACATGAAGTGAAAGCCATTCATTAATAAGAAAGTATTTTATAGTCACTTATGCCTTTGAA
* **
210499 AACCTAGTAACTC
324 AACCTAATTGCTC
* *
210512 TCTTCAAATGGTTTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTA
210528 TAGTCCTATA
Statistics
Matches: 547, Mismatches: 122, Indels: 46
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 49 0.09
338 184 0.34
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340 88 0.16
341 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
GCTTTAAATGGTTTTAAAATCTTATAAATGAGTTTAAATTCAAGTCTTTTTCATTTTTGATTAAA
ACAATAAGAATTTGATGTTTGCATTGAGAAACGTGAAACGAAAGCCATTCATTAACAAAAAAAAT
CCACCTATAGTCACTAATGCCTTCAAAAGATGGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACATTAGA
AAATATTTTAAATTGATTTTTTATTATTTTAGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGCATCAG
GAAACATGAAGTGAAAGCCATTCATTAATAAGAAAGTATTTTATAGTCACTTATGCCTTTGAAAA
CCTAATTGCTC
Found at i:210193 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 209523--210934 Score: 489
Period size: 170 Copynumber: 8.3 Consensus size: 169
209513 AAAATCTCAT
* * * * * *
209523 AAATAATTTTAAATT-AATTTTTTTTCATTTTAGGATCAAACAA-ATCATAATTTG-TATTTGCA
1 AAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGG-TTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTA
* * * * * * * * * * *
209585 TTGGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAATCCATGTGTAGTCGCTCATGCCTT
64 TTAGGAAACGTGAAG-TAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAAT-CTTTTATAGTCACTTATGCCTT
** * *
209650 CAAAAGCCTTATTACTC-CTTTTAAGTGGTTTTATAACTTTAT-
127 TGAAAGCCTAATTACTCGC-CTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
* * * * * * ** * *
209692 AAATGATTTTCACTTG--CTTTTTTTCATTTCTAGTTAAAATTGATCTTAATTTGATGTGTTGCA
1 AAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGT-TTGTA
* * * * * * * * * * *
209755 -TCGAGAAACGTTAAGCGAAAGCTATCCATTGACAAG-ATAGTCCACTTTATAGTCACATATGCC
64 TTAG-GAAACGTGAAG-TAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAAT-C-TTTTATAGTCACTTATGCC
* * * ** * * *
209818 TTTGAAAACATAGTTGTTCGCTTTAAATGGTTTTA-AAATCTTAT-
125 TTTGAAAGCCTAATTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATA
* * * * * * * *** * *
209862 AACTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTCATTTTTGCTTAAAATAGATAAGGGTTTGTTGTTTGCAT
1 AAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTAT
* * * * * *** *
209925 T-GAGAAATGTGAAATGCAAGCCATTCATTGATAATG-AAAGTCCACCTATAGTCACTAATGCCT
65 TAG-GAAACGTGAAGT-AAAGCCATTCATTAATAA-GAAAAAT-CTTTTATAGTCACTTATGCCT
* * * *
209988 TCGAAAGTGCT--TTACTTGCGTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
126 TTGAAAG-CCTAATTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
* * *
210031 AAATATTTTGAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATTATTTGCTGTTTGTATT
1 AAATATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTATT
* *
210096 AGGAAACGTGAAGTAAAGCCA-TCTATTAATAAGAAAAGTCTGTTTATAGTGACTTATGCCTTTG
66 AGGAAACGTGAAGTAAAGCCATTC-ATTAATAAGAAAAATCT-TTTATAGTCACTTATGCCTTTG
* * *
210160 AAAGCCTAATTGCT-GCTTTTAAATGGTTTTATAA-TCTTAT-
129 AAAGCCTAATTACTCGC-CTTAAGTGGTTTTATAACT-TTATA
* * * * * * *
210200 AAATGAGTTTAAATTGAAGTCTTTTTCATTTTTGATTAAAACA-ATTATAATTTGATGTTTGTAT
1 AAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTAT
* ** * * * * *
210264 T-GAGAAACGTGAAGCGAAAGTTATTCATTAACAAAAAAAATCCATTTATATTCACTCATGCCTT
65 TAG-GAAACGTGAAG-TAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAAT-CTTTTATAGTCACTTATGCCTT
** * ** * * *
210328 CAAAAGCATGGTTACTCGCCTTAAGTGGTTTTGTAACATTAGA
127 TGAAAGCCTAATTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
* * * * * *
210371 AATTATTTTAAATTG-ATTTTTTATTA-TTTTAGTTAAAATAGATCATAATTTGATGTTTGCATC
1 AAATATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTATT
* * * * * * *
210434 ATGAACCATGAAGTGAAAGCCATTCATTGATAAG-AAATTATTTTATAGTCACTTATACCTTTGA
66 AGGAAACGTGAAGT-AAAGCCATTCATTAATAAGAAAAATCTTTTATAGTCACTTATGCCTTTGA
* * * * * * *
210498 AAACCTAGTAACTC-TCTTCAAATGGTTTTAT-AGTCCTATA
130 AAGCCTAATTACTCGCCTT-AAGTGGTTTTATAACT-TTATA
* ** * * * *** * * * * * * *
210538 AAACATTTTAAA-TGAAAAATGTTTTCACTTCAAGTTAACATAGGTCATACTTGGATGATTGCAT
1 AAATATTTTAAATTG-AATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTAT
* * * * * * * * * ** * * *
210602 CAGAAAACGTAAAGTGAAAGTCATCCGTTGATAAGAAAAGTCAATAGATAATCACTCATACCTTT
65 TAGGAAACGTGAAGT-AAAGCCATTCATTAATAAGAAAAATC-TTTTATAGTCACTTATGCCTTT
* * ** * * * * *
210667 AAAAGTCTTGTTACTTGCTTTAAGTGATTTTGTAATTTTAT-
128 GAAAGCCTAATTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
* * * * * *
210708 AAATGATTTTAAATTG-ATTTTTTTTCATTTTTGATTAAAACATATCATAATTGGATAG-TTGCA
1 AAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGAT-GTTTGTA
* * * * * * * * **
210771 TTGGGAAACATGAAGCGAAAAGCTA-TCAATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTTATGCC
64 TTAGGAAACGTGAA--GTAAAGCCATTC-ATTAATAAGAAAAAT-CTTTTATAGTCACTTATGCC
* * ** * * *
210835 TTTGACAGGCTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTCATAACTTTAT-
125 TTTGAAAGCCTAATTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
* * * ** *
210879 AAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATTTTTTGTTCAAGTAGATCGTAATTTGA
1 AAAT-ATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGA
210935 CATTTGCATC
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 264, Indels: 105
0.71 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.01
167 55 0.06
168 82 0.09
169 260 0.28
170 346 0.37
171 138 0.15
172 38 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.14, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
AAATATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAAAAGATCATAATTTGATGTTTGTATT
AGGAAACGTGAAGTAAAGCCATTCATTAATAAGAAAAATCTTTTATAGTCACTTATGCCTTTGAA
AGCCTAATTACTCGCCTTAAGTGGTTTTATAACTTTATA
Found at i:210966 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 210673--210986 Score: 371
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
210663 CTTTAAAAGT
** ** * * *
210673 CTTGTTACTTGCTTTAAGTGATTTTGTAATTTTATAAATGATTTTAAATTGATTTTTTTTCATTT
1 CTTGTTACTCACTTTAAGTGATTTCATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGATTTTTTTTAATTT
* * **** *
210738 TTGATTAAAACATATCATAATTGGATAGTTGCATTGGGAAACATGAAGCGAAAAGCTATCAATTG
66 TTGATTAAAACAGATCATAATTGGACAGTTGCATCAAAAAACATGAAGCGAAAAGCTATCAATTA
*
210803 ATAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTTTTATGCCTTTGACAGG
131 ACAAG-AAAGTCCATTTATAGCCTTTTATGCCTTTGACAGG
*
210844 CTTGTTACTCACTTTAAGTGGTTTCATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGAATTTTTTTTAATT
1 CTTGTTACTCACTTTAAGTGATTTCATAACTTTATAAATAATTTTAAATTG-ATTTTTTTTAA-T
* ** * * * * *
210909 TTTTG-TTCAAGTAGATCGTAATTTGACATTTGCATCAAAAAATATGAAGCG-AAAGCTATCCAT
64 TTTTGATTAAAACAGATCATAATTGGACAGTTGCATCAAAAAACATGAAGCGAAAAGCTATCAAT
210972 TAACAAGAAAGTCCA
129 TAACAAGAAAGTCCA
210987 CTGATAGTCA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 24, Indels: 5
0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.07
171 60 0.51
172 43 0.37
173 6 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
CTTGTTACTCACTTTAAGTGATTTCATAACTTTATAAATAATTTTAAATTGATTTTTTTTAATTT
TTGATTAAAACAGATCATAATTGGACAGTTGCATCAAAAAACATGAAGCGAAAAGCTATCAATTA
ACAAGAAAGTCCATTTATAGCCTTTTATGCCTTTGACAGG
Found at i:211082 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 210937--211262 Score: 397
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
210927 TAATTTGACA
* * *
210937 TTTGCATCAAAAAATATGAAG-CGAAAGCTATCCATTAACAAGAA-AGTCCACTGATAGTCACTC
1 TTTGCATCAAAAAACATGAAGTCGAAAAC-ATCCATCAACAAGAATAGTCCACTGATAGTCACTC
*
211000 ATA-CCTTCAAAAGCCTCGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAATGATTTCAATTC
65 A-ACCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAATGATTT-AATT-
211064 AAAATATTTTTCATTTTTTGTTAGAACAAATCATAATTGCATG
127 AAAATATTTTTCATTTTTTGTTAGAACAAATCATAATTGCA-G
** * * * *
211107 TTTGCATCAGGAAACATGAAGTCTAAAACATCCATCACCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACTCA
1 TTTGCATCAAAAAACATGAAGTCGAAAACATCCATCAACAAGAATAGTCCACTGATAGTCACTCA
** * * * *
211172 ACCCTTCAAAAGTTTAGTCACTCATTTTAAATGGTTTTATAATATGATAAATGATTGTAAATGAA
66 ACCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAATGATT-T-AATTAA
* * *
211237 AACATTTTTCATTTTTGGTTAAAACA
129 AATATTTTTCATTTTTTGTTAGAACA
211263 TAAAGGAAAT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 20, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 32 0.24
171 96 0.73
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ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TTTGCATCAAAAAACATGAAGTCGAAAACATCCATCAACAAGAATAGTCCACTGATAGTCACTCA
ACCCTTCAAAAGCCTAGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAAATGATTTAATTAAAA
TATTTTTCATTTTTTGTTAGAACAAATCATAATTGCAG
Found at i:211592 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 211473--211592 Score: 168
Period size: 63 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
211463 ATCTTTCTCT
* * * **
211473 CTCAACTCTCTGAACTGTGTCAACTTTGTTAACTCTCTGTTAAACATCATTTTCATCAACTCA
1 CTCAACTCTCTGAACTGTATCAACTTTGTCAACTCTCTGTTAAACACCATCGTCATCAACTCA
* * *
211536 CTCAACTCTCTGAACTGTATGAGCTTTGTCAACTCTCTGTTAAGCACCATCGTCATC
1 CTCAACTCTCTGAACTGTATCAACTTTGTCAACTCTCTGTTAAACACCATCGTCATC
211593 GTGCTATGGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 8, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
63 49 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.11, T:0.36
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CTCAACTCTCTGAACTGTATCAACTTTGTCAACTCTCTGTTAAACACCATCGTCATCAACTCA
Found at i:211901 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 211827--211954 Score: 170
Period size: 44 Copynumber: 2.9 Consensus size: 44
211817 TTAGCACTGG
* *
211827 GCATGTAACATGTTGTGAAAATGGCGTGTAACAATTTTTTAACTT
1 GCATGTAACAT-TTTTGAACATGGCGTGTAACAATTTTTTAACTT
** * * *
211872 GTGTGTAGCATTTTTGAACATGGCATGTAACAATTTTTGAACTT
1 GCATGTAACATTTTTGAACATGGCGTGTAACAATTTTTTAACTT
211916 GCATGTAACATTTTTGAACATGGCGTGTAAC--TTTTTTAA
1 GCATGTAACATTTTTGAACATGGCGTGTAACAATTTTTTAA
211955 AAATGGCGTG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 12, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 7 0.10
44 56 0.79
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ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (44 bp):
GCATGTAACATTTTTGAACATGGCGTGTAACAATTTTTTAACTT
Found at i:211930 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 211826--211969 Score: 123
Period size: 22 Copynumber: 6.5 Consensus size: 22
211816 GTTAGCACTG
* *
211826 GGCATGTAACATGTTGTGAAAAT
1 GGCATGTAACAT-TTTTGAACAT
* * *
211849 GGCGTGTAACAATTTTTTAACTT
1 GGCATGTAAC-ATTTTTGAACAT
*
211872 GTG--TGTAGCATTTTTGAACAT
1 G-GCATGTAACATTTTTGAACAT
211893 GGCATGTAACAATTTTTGAAC-T
1 GGCATGTAAC-ATTTTTGAACAT
*
211915 TGCATGTAACATTTTTGAACAT
1 GGCATGTAACATTTTTGAACAT
* * * *
211937 GGCGTGTAACTTTTTTAAAAAT
1 GGCATGTAACATTTTTGAACAT
*
211959 GGCGTGTAACA
1 GGCATGTAACA
211970 ACATGACAGA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 16, Indels: 13
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.01
21 21 0.21
22 48 0.48
23 26 0.26
24 3 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
GGCATGTAACATTTTTGAACAT
Done.