Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397613.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3650.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Warning! 30 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:343 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--4534 Score: 3391
Period size: 171 Copynumber: 26.6 Consensus size: 169
* * * * * **
1 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGAGTTTAAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * ** * * * * * * * * * *
65 ATACTATAATTGACTGTCTGTCTCAAAAAATATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGCAGGAAAAGTT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAAAGAAAAGTC
* *
130 CATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AGAAGCCGTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCAC-CCTTCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGC
* * *
171 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAGAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * ** * * *
236 AGATAACAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGAATAGAAAAGCC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAA-AGAAAAGTC
* **
301 CATATATAGTTGCCCTTGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
130 CATTTATAGTCACCCTT-CCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
342 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * *
407 AAATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAGAAACGT-AGAGAAAAAGCCATTCATTGGAAGGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGT
** * *
471 CTGTTTATAGCCTCCCATTCC-TCGAAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCGC
* * *
513 TTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTT-AAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
** *** * * *
576 CAAGGCTATAATTGAATGTCTGTATTGAA-AAACATTAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAA
65 C-AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAA
* * * *
640 GTTCATTTATAGTAACCCATCCCTT-TAAATGCCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGC
* * * *
684 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCT-AATTTCTTTTACATATTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * *** *
748 CAGACTATAATTGAATGTTTACCTCGTGAAACATGAAGAAACAAG-CATTCATTTGCAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCA-TTGAAAGAAAAG
* * * *
812 TCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCGAAAGGCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCACC-CTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
855 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *** * * *
920 AGATTATAATTAAATGTCTGCCAGGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTC
** * * *
985 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCGTTATTGCTCGC
130 CATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
1026 TTTTAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * * * * *
1091 CA-AGCTATTCTTGAATGTCTGCCTTAAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAA-ACAA
65 CAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAGAAAA
* *
1154 GTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACC-CTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
1198 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTGAA-TTCAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * *
1262 CAGATTACAATTGATTGCCTACCTTAGGAAACGTGACA-AAAAAACCATTCATTGACTAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAG
* * *
1326 CCCATTTATAGTCACTCATGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCAC-CCT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
1369 TTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGGTTTTAAGTAGAATTTCTTTACATCTTTT-GTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAA
* * * *** ** * *
1433 CAAATTATAATTCAATGTCTTCCTCGGGAAATGTGAATAAAAAGCTATTCATTAGAAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAGT
* ** *
1498 CTATTTATAG---CCCTATATTTCTCGAAAAGCCTTATTACTCAC
129 CCATTTATAGTCACCCT-T-CCT-TCG-AAAGCCTTATTACTCGC
* * * ** * * * * *
1540 TTTAAATGGGTTTGTAATATGGTAATTGAGTTTGAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTGATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * *
1604 ATG-CTATAATT-AAGTGTTTATCTTGAA-AAACATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGCAAGGAAA
66 A-GATTATAATTGAA-TGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGAAAGAAAA
* *
1666 GTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTC-AGAAGCCTTATTACTCGC
127 GTCCATTTATAGTCACC-CTTCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGC
* * *
1710 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * **
1774 AGATAACAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTTGAAAAG-C
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTC
* * **
1838 CTATTTATAGTCGCTCAC-ACCTTCGAAAGCC---TTACTAAC
130 C-ATTTATAGTCAC-C-CTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** *
1877 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATTTTTTTGATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * * *
1941 AATATTAAAATTGATTGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTGATTGACAAAAAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG--AAAGAAAAG
* * * ** * * *
2006 TCTATTTACAG-CAAACCATTCCTTTAAAAGTCTTACTACTCAC
128 TCCATTTATAGTC--ACCCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
2049 TTTAAATGGTTTCGA-AATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA
1 TTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* ********** * * * *
2112 ACA-AGCTATAATTGAATGTNNNNNNNNNNAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAA
64 ACAGA-TTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGAAAGAAAA
* * * ** *
2176 GTCTATTTCTAGTCACGCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGT
127 GTCCATTTATAGTCAC-CCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
2220 TTTAAAAGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTCGATTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAA
* * ** * * *
2284 CAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAGAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGT
* * *
2349 CTATTTATAGTCACCCATGCCTTCGTAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * ********** *
2391 TTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
2456 A-AGCTATAATTGAATTTTTACCTCGAA-AAACA--AAAAAAACAGCTATTCATTGGCAAA-AAA
66 AGA-TTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATT-G-AAAGAAA
* * *
2516 AG-CCATTTATAGTCAACCATTCCATC-AAAGGCCTTATTACTTGC
126 AGTCCATTTATAGTC-ACCCTTCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGC
* ********** * * * * *
2560 TTAAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTCAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * **
2625 AGACTATAATAGAATGTC-ACTCTT-TG-AACATGTGAAGAAAAAGCCATTTC-TTG-CCGAGAA
66 AGATTATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCA-TTCATTGAAAGA-AA
* * * *
2685 AGCTCCATTTGTAGTCGACTCGTTCGTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
126 AG-TCCATTTATAGTC-AC-CCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
2732 TTTAAAT-GTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAG-TGAA--TTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* *
2792 AGATTATAATTGAATGTTTACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-G-AAAGAAAAG
* * * ** * * *
2856 TCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGTGTTACTGCTCAC
128 TCCATTTATAGTCAC-CCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * *
2899 TTTAATTGG-TTTATAATCTTGTAATTGATATTAAGTTGAATATTTTTATA-ATTTTT-ATTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TACATTTTTGGTTAAA
* * * * * * * * *
2961 ACATATTAGAATTGATTGTCTGCTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTGGTAAGAAAAG
64 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAG
** * * *
3026 TTTATTTATAGCCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCAC
128 TCCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * * * *
3069 TTTGAATGATTTTGTAATCTCATATTTGATTTTAGGGTAAATTGTTTTACATATTTGGCTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
** * * * * * * * *
3134 AGGCTATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGAAAGAAAAGTC
* * * * *
3199 GATTTATAGTCACCAATTGCTTCCAAAGCCTTATTACTCGT
130 CATTTATAGTCACC-CTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * **
3240 TTTAAATGATTTTATAATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
** * * * * * * *
3305 AGATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGT-AAAAAAAATG--ATTTACTGAGTAGAAAAAT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGA-AAGAAAAGT
* * * *
3367 CCATTTATAGTCACCCATGCATTCAAAAGCTTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* *
3409 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * * *
3474 A-ACTATAATTGAATTTTTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAGGCCATTTATTGACAAAAAAAG-C
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGTC
* * * *
3537 TATTTATAGTCACCCATTCTTTC-AAAGGCCTTACTACTAAG-
130 CATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAA-GCCTTATTACT-CGC
* * * ** *
3578 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTATTTATATTTTTTATCAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
3643 AGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAACGTG-AGAAAAAAGTCATTTATTGACTAGAAAAGT
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGT
* *
3707 CCATTTATAGTCA-CCTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCACCCT--TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
3749 TTTAGAA-GGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATAAAAA
1 TTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * * * *
3813 CAG-TTTTAATTGAATGTTTGTCTCGAA-AAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GAAAGAAAAG
* * * *
3876 TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCAC
128 TCCATTTATAGTCAC-CCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* ** * *
3919 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATACTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** * * *
3984 CATATTAGAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTTAAGAAAAAGCTATTCATTTATAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGT
* * ** * *
4049 CTATTTATAGGCACCCATTCCTTAAAAAGTCTTATTACACGC
129 CCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
*** * * * * *
4091 TACGAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAAATTTAAG-TGAAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** * ** * *
4155 TAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCATA-AAACATGAAGAAAAATTCATTCATAAGCAAGAAAAG
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGAAAGAAAAG
* * *
4219 TCAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGT
128 TCCATTTATAGTCACCC-TTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * *
4262 TTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTCAATTTGAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * *
4327 CAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGTAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-AAGAAAAGT
* * *
4392 CCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
129 CCATTTATAGTCAC-CCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
4434 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
*
4499 AGA-TATAATTGAATGTCTATCTTGAA-AAACATGAAG
66 AGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAG
Statistics
Matches: 3428, Mismatches: 769, Indels: 334
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.00
167 147 0.04
168 123 0.04
169 343 0.10
170 562 0.16
171 1675 0.49
172 559 0.16
173 14 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCTTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
Found at i:1243 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1--4534 Score: 3814
Period size: 342 Copynumber: 13.3 Consensus size: 339
* * * * *
1 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGAGTTTAAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTTA-TTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAA
* ** * * * * * *
64 CATA-CTATAATTGACTGTCTGTCTCAAAAAATATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGCAGGAAAAG
65 CA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AAAAAG
* *
128 T-TCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
128 TCT-ATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * * *
192 ATAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATAACAATTGAATGTCTAC
191 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * ** *
257 CTTGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGAATAGAAAAGCCCATATATAGTTGCCCTTGCCT
256 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
*
322 TCGAAAGCCTTATTACTCGC
320 TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
342 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGATTTTAAGTAGATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
** * * * *
407 AAATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAGAAACGT-AGAGAAAAAGCCATTCATTGG-AAGGAAAAG
66 AAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAA--AAAAG
* * *
470 TCTGTTTATAGCCTC-CCATTCC-TCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCT
128 TCTATTTATAG--TCACCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * **
533 CATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGTT-AAACAAGGCTATAATTGAATGTC
190 CATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTC
*** * * * * * * *
596 TGTATTGAAAAACATTAAGAAAAAGGCATTTATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTAACCCATC
253 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
* *
661 CCTTTAAATGCCTTATTACTCGC
317 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
684 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCT-AATTTCTTTTACATATTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAA
* *** *
748 C-AGACTATAATTGAATGTTTACCTCGTGAAACATGAAGAAACAAG-CATTCATTTGCAAGAAAA
65 CAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAA-AAAA
* * * *
811 GTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTTATAATCTC
127 GTCTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * *
876 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTAAATGTCTGC
191 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * *
941 CAGGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
256 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* *
1006 TCAAAAGCGTTATTGCTCGC
320 TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
1026 TTTTAATGGTTTTATAATCTCGTAATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
** * * * *
1091 CAAGCTATTCTTGAATGTCTGCCTTAAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAAACAAGT
65 CAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAA-AAGT
* *
1156 CCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
129 CTATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
1221 AATTCATTTTGAA-TTCAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACAGATTACAATTGATTGCCTAC
193 AATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
1284 CTT-AGGAAACGTGACAAAAAAACCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGTC
256 CTTGA-GAAACATGA-AGAAAAAGCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
* *
1348 TTCGAAAGCCTTATTACTCAC
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
1369 TTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGGTTTTAAGTAGAATTTCTTTACATCTTTT-GTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAA
** * * *** ** * * * *
1433 CAAATTATAATTCAATGTCTTCCTCGGGAAATGTGAATAAAAAGCTATTCATTAGAAAGAAAAGT
65 CAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGT
* * * * *
1498 CTATTTATAG-C-CCTATAT-TTCTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGTTTGTAATAT
129 CTATTTATAGTCACC-AT-TCCT-TC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
** * * * * * * * *
1560 GGTAATTGAGTTTGAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTGATTAAAACATG-CTATAATT-AAGTGTT
190 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACA-GATTATAATTGAA-TGTC
* * * * * * * * * * *
1622 TATCTTGAAAAACATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGCAAGGAAAGTTCATTTATAGTCACCTATT
253 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATG
*
1687 CCTTCAGAAGCCTTATTACTCGC
317 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
1710 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * ** * * ** *
1774 -AGATAACAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTTGAAAAGC
66 AAGCT-ATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAAAAAGT
* ** * ** *
1838 CTATTTATAGTCGCTCACACCTTCGAAAGCC---TTACTAACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
129 CTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
1900 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTATTTTTTTGATTAAAAAATATTAAAATTGATTGTCTATC
193 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * * *
1964 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGCAATTGATTGACAAAAAAAAGTCTATTTACAG-CAAACCATTCC
257 TTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGAC-TAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCC
* * * *
2028 TTTAAAAGTCTTACTACTCAC
319 TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
2049 TTTAAATGGTTTCGA-AATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGCTAAA
1 TTTAAATGGTTT-TATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAA
********** * * *
2112 ACAAGCTATAATTGAATGTNNNNNNNNNNAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAGAAAAG
64 ACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAG
* * * * * *
2177 TCTATTTCTAGTCACGCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATATTCACA
128 TCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
2242 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ACTTTTCGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAC
192 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
** ** * *
2306 CTCAAGAAATGTGAAGAAGAAGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCT
256 CTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
**
2371 TCGTAAGCCTTATTACTCGC
320 TCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * **********
2391 TTTAAATGGTTTTACAATCTCGTAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
2456 AAGCTATAATTGAATTTTTACCTCGAAAAACA--AAAAAAACAGCTATTCATTGGCAAAAAAAG-
66 AAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGGC-AAAAAAGT
* * * * * **********
2518 CCATTTATAGTCAACCATTCCATCAAAGGCCTTATTACTTGCTTAAAANNNNNNNNNNATCTCAT
129 CTATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
2583 AATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTCAAACAGACTATAATAGAATGTC-ACTC
193 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC-C
* * * * * *
2647 TT-TG-AACATGTGAAGAAAAAGCCATTTC-TTGCCGAG-AAAGCTCCATTTGTAGTCGACTCGT
257 TTGAGAAACA--TGAAGAAAAAG-CA-TTCATTGACTAGAAAAG-TCCATTTATAGTC-ACCCAT
* * * *
2708 TCGTTCGAAAGCCTTATTACTCAC
316 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
2732 TTTAAAT-GTTTTGTAATCTCATAATTCATTTTAAG-TGAA--TTTTTACA-TTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
2792 -AGATTATAATTGAATGTTTACCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAG
66 AAG-CTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--AAAAAAG
* * ** * * * * **
2856 TCCATTTATAGTTACTCATTCCTTCAAAAGTGTTACTGCTCACTTTAATTGG-TTTATAATCTTG
128 TCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * *
2920 TAATTGATATTAAGTTGAATATTTTTATAATTTTT-ATTAAAACATATTAGAATTGATTGTCT-G
192 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* * * ** * *
2983 CTTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTATTG-GTAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCCATTC
256 CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* *
3047 CTTCTAAAGCCTTATTACTCAC
318 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * * * * * *
3069 TTTGAATGATTTTGTAATCTCATATTTGATTTTAGGGTAAATTGTTTTACATATTTGGCTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
3134 AGGCTATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATAGGCAAGAAAAGTC
66 AAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGTC
* * * * * *
3199 GATTTATAGTCACCAATTGCTTCCAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCACA
130 TATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** **
3264 ATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTT
194 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * *
3329 GAGAAACGT-AAAAAAAATG-ATTTACTGAGTAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATGCATTCA
259 GAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*
3392 AAAGCTTTATTACTCGC
323 AAAGCCTTATTACTCGC
*
3409 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * *
3474 AA-CTATAATTGAATTTTTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAGGCCATTTATTGACAAAAAAAG-C
66 AAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC-AAAAAAGTC
* * * *
3537 TATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTACTACTAAG-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
130 TATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** * *
3601 AATTGATTTTAGGTTGAATTTATTTATATTTTTTATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTT
193 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * *
3666 TAAGAAACGTG-AGAAAAAAGTCATTTATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAAGCCTT
258 TGAGAAACATGAAG-AAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
**
3730 TGAAAGCCTTATTACTCGC
321 CAAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
3749 TTTAGAA-GGTTTTGTAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GATAAAA
1 TTTA-AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** * * *
3812 -ACAGTTTTAATTGAATGTTTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAG
65 CA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAG
* * * *
3876 TCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCG
128 TCTATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
** * * * *
3941 TAATTGATACTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTAGAATTGAATGTCTGC
192 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * * * *
4006 C-TCAGGAAAGGTTAAGAAAAAGCTATTCATTTA-TAAGAAAAGTCTATTTATAGGCACCCATTC
256 CTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * *
4069 CTTAAAAAGTCTTATTACACGC
318 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
*** * * * * * *
4091 TACGAATGGTTTTGTAATCTCATAATTAAATTTAAG-TGAAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * ** **
4155 TAGGCTATAATTGAATGTCTACCTCATAAAACATGAAGAAAAATTCATTCATAAGCAAGAAAAGT
65 CAAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA-AAAAGT
* * * *
4220 CAATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTTAT
129 CTATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
4285 AATTCAATTTGAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACC
193 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * *
4350 TCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATACCTT
257 TTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
4415 CAAAAGCCTTATTACTCGC
321 CAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
4434 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * **
4499 -AGATATAATTGAATGTCTATCTTGAAAAACATGAAG
66 AAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAG
Statistics
Matches: 3349, Mismatches: 705, Indels: 277
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 2 0.00
336 37 0.01
337 100 0.03
338 291 0.09
339 200 0.06
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341 389 0.12
342 1040 0.31
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344 26 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AAGCTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAGTCT
ATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
GAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCGC
Found at i:2176 original size:851 final size:848
Alignment explanation
Indices: 1--4534 Score: 3609
Period size: 851 Copynumber: 5.3 Consensus size: 848
* * * * * *
1 TTTAAATGGTTTTGTAATCTCGTAATTGAGTTTAAGTTGTA-TTTTTGACATTTTTTA-TTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAA
* * ** * * * * * * * *
64 CATACTATAATTGACTGTCTGTCTCAAAAAATATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGC-AGGAAAAG
65 CAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTA-GAAAAG
* * * * *
128 TTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCCGTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
128 -CCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCC-T-TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCA
* * ** * * * *
193 TAATTCATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATAACAATTGAATGTCTACC
190 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** * * * * * ** *
258 TTGGGAAATATGAAGAAAAAGACATTCATTGA-ATAGAAAAGCCCATATATAGTTGCC-CTTGCC
254 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATT-CC
* * * * * * ** *
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAATGA-TTTTAAGTAGATTT
317 TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCAT-AATTACTTTTAAGTTCAATT
* * * *
385 TTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AATTATAATTGAATGTCTTCCTTAAGAAACGT-AGAGAAAA
381 TTTTTACATTTTT-GTTAAAACACAGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGA-AGAAAA
* * * * *
448 AGCCATTCATTGG-AAGGAAAAGTCTGTTTATAGCCTCCCATTCC-TCGAAAAGCCTTATTACTC
444 AGGCATTCATTGGCAA-GAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCG-AAAGCCTTATTACTC
* * * *
511 GCTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTCATAATTGAGTTTT-AGTTGAATTTTTTGACAT-TTTTGGTT
507 ACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTAGAATTTTTTTACATCTTTT-GTT
** * * * *
573 -AAACAAGGCTATAATTGAATGTCTGTA-TTGAAAAACAT-T-AAGAAAAAGGC-ATTTATT-GA
569 AAAAC-AGATTATAATTGAATGT-T-TACCTCAAGAA-ATGTGAAGAAAAA-GCTATTCATTAGA
* * ** ** *
632 CAAGAAAAGT-TCATTTATAGTAACC-CATCCCTTTAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
629 -AAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCATATTTCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * *
695 TTATAATCTCATAATTCATTTTAAGCT-AATTTCTTTTACATATTT-AGTTAAAACAGACTATAA
692 TTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTGA-TTAAAACAG-CTATAA
* ** * *
758 TTGAATGTTTACCTCGTGAAACATGAAGAAACAA-GCATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATA
753 TTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAA-AATGCATTCACTGGCAAGAAAAGTC-ATTTATA
* * * *
822 GTCACCGATTCCTTCGAAAGGCTTATTACTCAC
816 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
855 TTTAAATGTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * *** *
920 AGATTATAATTAAATGTCTGCCAGGAGAAACATAAAGAAAAAGACATTCATTGACTAGAAAAGTC
66 AGA-TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-C
* * * * * * *
985 CATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCGTTATTGCTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCGT
129 CATTTATAGTCACTCATA-CCTTCAAAAGC-CT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
* * * * ** *
1049 AATTAACTTTAAGTTGAATTTTTTTTACTTTTTT-AGTTAAAACA-AGCTATTCTTGAATGTCTG
191 AATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTATTTTTTTGA-TTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTCTA
* * * * *
1112 CCTTAAAAAATATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAAACAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCC
252 CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCC
* * * *
1177 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT-CATTTTGAA-TTCAAT
317 TTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTAC-TTTT-AAGTTCAAT
* * * * * * *
1240 TTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGA-TTACAATTGATTGCCTACCTTAGGAAACGTGACA-AAA
380 TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACACAGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGA-AGAAA
** * * * *
1303 AAACCATTCATTGACTAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATGT-CTTCGAAAGCCTTATTACTC
443 AAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAT-TCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
1367 ACTTTAAATGATTTTACAATCTCATAATTGGTTTTAAGTAGAATTTCTTTACATCTTTTGTTAAA
507 ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATCTTTTGTTAAA
* * ** *
1432 ACAAATTATAATTCAATGTCTT-CCTCGGGAAATGTGAATAAAAAGCTATTCATTAGAAAGAAAA
572 ACAGATTATAATTGAATGT-TTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGAAAGAAAA
* * * *
1496 GTCTATTTATAG-C-CCTATATTTCTCGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGGTTTGTAATA
636 GTCTATTTATAGTCACC-ATATTTCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
** * * *
1559 TGGTAATTGAGTTTGAGTTGTATT-TTTGACATTTTTGATTAAAACATGCTATAATT-AAGTGTT
700 TCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACA-GCTATAATTGAA-TGTT
* * * * * *
1622 TATCTTGAAAAACATTAAGAAAAAGGCATTTACTGGCAAGGAAAGTTCATTTATAGTCACCTATT
762 TACCTTGAAAAACATGAAGAAAAATGCATTCACTGGCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCACCCATT
*
1687 CCTTCAGAAGCCTTATTACTCGC
826 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
1710 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
1774 AGATAACAATTGATTGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTTGAAAAGCC
66 AGAT-ATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCC
* * * *
1839 TATTTATAGTCGCTCACACCTTCGAAAGCC-TTACTAACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
130 -ATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
* * * * *
1903 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTATTTTTTTGATTAAAAAATATTAAAATTGATTGTCTATCTTAA
194 TGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTATTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * * *
1968 GAAACGTGAAGAAAAAGCAATTGATTGACAAAAAAAAGTCTATTTACAG-CAAACC-ATTCCTTT
258 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTC--ACCAATTCCTTC
*
2031 AAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTCGA-AATCTCATAATTACTTTTAAGTTCAATTTTT
320 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTT-GATAATCTCATAATTACTTTTAAGTTCAATTTTT
* * ********** *
2095 TTACATTTTTGGCTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTNNNNNNNNNNAAACGTGAAGAAAAAGGC
384 TTACATTTTT-GTTAAAACACAGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGC
* * * ** **
2159 ATTCATAGGCAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACGCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
448 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
2224 AAAGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-A-CTTTTCGATTAAAACAG
513 AATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATCTTTT-G-TTAAAACAG
* *
2287 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAGAAG-TCATTCATT-GACTAGAAAAGTC
576 ATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCT-ATTCATTAGA-AAGAAAAGTC
* ** * * *
2350 TATTTATAGTCACC-CATGCCTTCG-TAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCG
639 TATTTATAGTCACCATATTTC-TCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
********* * *
2413 TAATTGATNNNNNNNNNNATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAGCTATAATTGAATTTTTAC
703 TAATTGAT-TTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGA-TTAAAAC-AGCTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * *
2477 CTCGAAAAACA--AA-AAAAACAGCTATTCATTGGCAAAAAAAGCCATTTATAGTCAACCATTCC
765 CTTGAAAAACATGAAGAAAAA-TGC-ATTCACTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCC
* * *
2539 ATCAAAGGCCTTATTACTTGC
828 TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* ********** * * * *
2560 TTAAAANNNNNNNNNNATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTAACATTTTTTGTTCAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * *
2625 AGACTATAATAGAATGTC-ACTCTT-TG-AACATGTGAAGAAAAAGCCATTTC-TTGCCGAG-AA
66 AGA-TATAATTGAATGTCTAC-CTTAAGAAACA--TAAAGAAAAAGCCA-TTCATTGACTAGAAA
* * * * *
2685 AGCTCCATTTGTAGTCGACTCGTTCGTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTGTAAT
126 AG--CCATTTATAGTC-ACTCATACCTTCAAAAGCC-T-TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAAT
* * ** * *
2749 CTCATAATTCATTTTAAGTGAA--TTTTTA-CATTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT
186 CTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
* *
2811 ACCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAAGTCCATTTATAGTTACTC-A
251 ACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAC-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CAA
** * * ** * *
2874 TTCCTTCAAAAGTGTTACTGCTCACTTTAATTGGTTT-ATAATCTTGTAATTGA-TATTAAGTTG
313 TTCCTTCAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATT-ACTTTTAAGTTC
* * * * *
2937 AATATTTTTATA-ATTTTTATTAAAACATA-TTAGAATTGATTGTCTGCTTTAGGAAACATGAAG
377 AAT-TTTTT-TACATTTTTGTTAAAACACAGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAG
* * * * * *
3000 AAAAA-GCTATTTATTGGTAAGAAAAGTTTATTTATAGCCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTA
440 AAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
3064 CTCACTTTGAATGATTTTGTAATCTCATATTTGATTTTAGGGTA-AATTGTTTTACATATTTGGC
504 CTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTAGAATTTTTTTACATCTTTTGT
** * * * * * *
3128 TAAAACAGGCTATAATTGAATGTTTATCTCAAAAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCA-TAGGCAAG
568 TAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTA-GAAAG
* * * * *
3192 AAAAGTCGATTTATAGTCACCA-ATTGCTTC-CAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTAT
632 AAAAGTCTATTTATAGTCACCATATTTC-TCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
3255 AATCTCACAATTCATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAAT
696 AATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAG-CTATAATTGAAT
* ** * * * * * *
3320 GTCTGTCTTGAGAAACGT-AAAAAAAATG-ATTTACTGAG-TAGAAAAATCCATTTATAGTCACC
759 GTTTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAATGCATTCACTG-GCAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACC
* * *
3382 CATGCATTCAAAAGCTTTATTACTCGC
822 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* *
3409 TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * * *
3474 A-ACTATAATTGAATTTTTACCTTAAAAAACGTAAAGAAAAGGCCATTTATTGACAAAAAAAGCT
66 AGA-TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCC
* * * * * * *
3538 ATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTACTACTAAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
130 ATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTT--TACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
* * * *
3603 TTGATTTTAGGTTGAATTTATTTATATTTTTT-ATCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTT
193 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTAT-TTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * *
3667 AAGAAACGTG-AGAAAAAAGTCATTTATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTAA-GCCTT
256 AAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC-AATTCCTT
** * * ** *
3730 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGAA-GGTTTTG-TAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTT
319 CAAAAGCCTTACTACTCACTTTA-AATGG-TTTGATAATCTCATAATTACTTTTAAGTTCAATTT
* * * * * *
3793 TTTTACATTTTTGATAAAA-ACAGTTTTAATTGAATGTTTGTC-TCGAAAAACATGAAGAAAAAG
382 TTTTACATTTTTGTTAAAACACAGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAG
* *
3856 GCATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCACTT
446 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ** * * *
3921 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATACTAAGTTGAATTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACA
511 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAA-TTTTTTTACATCTTTTGTTAAAACA
* * * * * * * *
3986 TATTAGAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAAGGTTAAGAAAAAGCTATTCATTTA-TAAGAAAAGTC
575 GATTATAATTGAATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCA-TTAGAAAGAAAAGTC
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4050 TATTTATAGGCACC-CATTCCTTAAAAAGTCTTATTACACGCTACGAATGGTTTTGTAATCTCAT
639 TATTTATAGTCACCATATTTCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** * *
4114 AATTAAATTTAAG-TGAAATTGTTTTACATTTTTGGCTAAAATAGGCTATAATTGAATGTCTACC
704 AATT-GATTTAAGTTG-AATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACA-GCTATAATTGAATGTTTACC
* * *
4178 -TCATAAAACATGAAGAAAAATTCATTCA-TAAGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCATTCC
766 TTGA-AAAACATGAAGAAAAATGCATTCACT-GGCAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACCCATTCC
*
4241 TTCAAAAGCCTTATTACTCGT
828 TTCAAAAGCCTTATTACTCGC
* * * *
4262 TTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTCAATTTGAGTTGAATTTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * *
4327 CAGATTATAATTGAATGTCCACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAGTAGAAAAGT
65 CAGA-TATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAG-
*
4392 CCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
128 CCATTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCC-T-TTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
* * * *
4457 AATTGATTTTAAGCTGAATTTGTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGA-TATAATTGAATGTCTATC
191 AATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTA-TTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
4520 TTGAA-AAACATGAAG
254 TT-AAGAAACATGAAG
Statistics
Matches: 2930, Mismatches: 599, Indels: 300
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
844 1 0.00
845 1 0.00
846 26 0.01
847 38 0.01
848 52 0.02
849 412 0.14
850 462 0.16
851 699 0.24
852 90 0.03
853 95 0.03
854 198 0.07
855 367 0.13
856 460 0.16
857 28 0.01
858 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (848 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AGATATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGCCA
TTTATAGTCACTCATACCTTCAAAAGCCTTTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTAATTTTTTTATTTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAA
ACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGC
CTTACTACTCACTTTAAATGGTTTGATAATCTCATAATTACTTTTAAGTTCAATTTTTTTACATT
TTTGTTAAAACACAGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATCTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
AATGTTTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGCTATTCATTAGAAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCATATTTCTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAG
TTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACAGCTATAATTGAATGTTTACCTTGAAAAACATGAAG
AAAAATGCATTCACTGGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
CGC
Done.