Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400880.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4047.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4503
ACGTcount: A:0.29, C:0.11, G:0.10, T:0.29
Warning! 938 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1050 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 706--2526 Score: 1589
Period size: 172 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
696 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
706 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTA
1 CACTTTAAA-GATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
** * * *
770 AAACAGACTTTAATTGAATATCTACCTT-AGGAA-ATGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG--AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *
833 AAAGTCCATTTATAG-CGACGCATTCCTTCAAGAGCCTTTTTACT
127 AAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * *
877 CAGC-TCAAAGCATGTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTTTATATTTTTGGTT
1 CA-CTTTAAAG-ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTT
* * * ** *
941 AAAATAGGCTAGAATTGAATGTCTACGTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAA
63 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
1006 AAGTCCACTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
1049 CACTTTAGATGATTTTGTAATGC-CATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTATATATTTGATT
1 CACTTTA-AAGATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * *
1113 -AAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTAT-AA-AAAAAGGTATTTATTGGGAAG
63 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC--ATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * * * * *
1175 AGAAGTTCACTTATAGTCACCCGTTCTTTTAAAAGCCTTATTACT
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
1220 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTAAATTTG-ATTTCATTATACATTTTTGGTT
1 CACTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTT--TTTTACATTTTTGGTT
* * * * *
1284 AAAACAAACTAGAGTTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAA
63 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
1349 AAGTCCATTTAGAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * *
1392 CGCTTTAAATGGTTTT-GAAT-TCGTATAATTGGTTT-TATGTTGAATTTTTTTACAATTTTAGT
1 CACTTTAAA-GATTTTATAATCTC--AAAATTGATTTAAAT-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
** * * * * *
1454 TAAAACAGACTTTAATTGAATGCCTACTTTCAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGG-AAG
62 TAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAG
* * *
1518 AGAAGTCCATTGATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
126 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
1563 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTA
1 CACTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * * * *
1628 AAACAGACTAGGATTGAATCTTTACCTTCAAAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCGAGAAA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * *
1693 AGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACG
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
1735 CGCTTTAAATTG-TTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTT
1 CACTTTAAA--GATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * * * * * *
1798 AAAACAGACTATAACTGAATGTCCACATCGATAAACGTAAATAAAAAGGCTTTCATTTGCAAGAA
63 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * *
1863 AACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTGCT
128 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
1906 TAGTTTAAATTATTTTATAATCTTAAAATTAATTGAAATTTGAATGTTTTGTACATTTTTGGTTA
1 CACTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * * * *
1971 AAACAGACTAGAATTGAATGTCAACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCGACAAA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * *
2036 AGTCTATTTATAGTCACCTATTGCTTCAAAAGCCTTATTAAT
129 AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
2078 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCTTTTTTGGTTA
1 CACTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * ** * *
2143 AAACATATTATAATTGAACGTCTACCCAGAGAAACAT-AA-ACAAGAGAGCATTCATTGGTAAGA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAG-GCATTCATTGGCAAGA
* * * *
2206 AAAGTCCATTTATAGCCATCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT
127 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
2250 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTA
1 CACTTTAAA-GATTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTA
** * * * * *
2314 AAACAGACTTTAATTGAATATCTACCTT-AGGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAA
64 AAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * *
2378 AAATCCATTTATAG-CGACGCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACT
128 AAGTCCATTTATAGTC-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * **
2421 CAGC-TCAAAGGATGTTATAATCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTT
1 CA-CTTTAAA-GATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTT
* *
2485 AAAATAGGCTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
63 AAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG
2527 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1324, Mismatches: 279, Indels: 93
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 15 0.01
171 566 0.43
172 712 0.54
173 25 0.02
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
CACTTTAAAGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
ACAGACTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:1339 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 706--2520 Score: 1822
Period size: 343 Copynumber: 5.3 Consensus size: 342
696 NNNNNNNNNN
*
706 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-ATTTTGGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATA-TTTGGTTA
* * * * *
770 AAACAGACTTTAATTGAATATCTACCT-TAGGAAATGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * * *
834 AAGTCCATTTATAGCGACGCATTCCTTCAAGAGCCTTTTTACTCAGC-TCAAA-GCATGTTATAA
129 AAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATG-GTTTTATAA
* * * * * *
897 TCTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGGCTAGAATTGAATG
192 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGATTTC-TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* * ** * *
962 TCTACGTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCA
256 TCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* *
1027 TACCTTTAAAAGCCTTATTACT
321 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
1049 CACTTTAGATGATTTTGTAATGCCATAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTATATATTTGATT-
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATATTTGGTTA
* * * * *
1113 AAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCGAGAAACGTATAA-AAAAAGGTATTTATTGGGAAGAG
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTA-AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
* * * * * *
1177 AAGTTCACTTATAGTCACCCGTTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
129 AAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
1242 TCAAAATTCATTTAAATTTGATTTCATTATACATTTTTGGTTAAAACAAACTAGAGTTGAATGTC
194 TCAAAATTGATTTAAATTTGATTTC-TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
* * *
1307 TACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAGAGACACTCATT
258 TACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT
1372 CCTTCAAAAGCCTTATTACT
323 CCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
1392 CGCTTTAAATGGTTTTG-AATTCGTATAATTGGTTTTATGTTGAATTTTTTTACA-ATTTTAGTT
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATA-TTTGGTT
* * *
1455 AAAACAGACTTTAATTGAATGCCTACTTTC-AGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGG-AAG
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAG
* *
1518 AGAAGTCCATTGATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
127 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
1583 TCTCAAAATTGGTTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATC
192 TCTCAAAATTGATTTAAATTTGATTTC-TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATG
* * * * *
1648 TTTACCTTCAA-AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
256 TCTACATT-AAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
1712 ATACCTTTAAAAGCCTTATTACG
320 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* *
1735 CGCTTTAAATTGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACT-TTTGGTTA
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TATTTGGTTA
* * * * * * *
1799 AAACAGACTATAACTGAATGTCCACATCGATAAACGTAAATAAAAAGGCTTTCATTTGCAAGAAA
65 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * **
1864 ACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTGCTTAGTTTAAATTATTTTATAATCT
130 AGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * *
1929 TAAAATTAATTGAAATTTGAATGTT-TTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
195 CAAAATTGATTTAAATTTG-AT-TTCTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTC
* * * * * * * *
1993 AACCA-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCGACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
258 TA-CATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* *
2057 TGCTTCAAAAGCCTTATTAAT
322 TCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
2078 CACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTCTTTTTTGGTT
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATATTTGGTT
* * * * * * *
2142 AAAACATATTATAATTGAACGTCTACC-CAGAGAAACATAAA-CAAGAGAGCATTCATTGGTAAG
64 AAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTC-GAGAAACGTAAAGAAAAAG-GCATTCATTGGCAAG
* * * *
2205 AAAAGTCCATTTATAGCCATCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAA
127 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * **
2270 TGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACAATTTTGGTTAAAACAGACTTTAATTGAAT
192 T-CTCAAAATTGATTTAAATTTG-ATTTCTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAAT
* * * * * * * * * *
2333 ATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAATCCATTTATAG-CGACG
255 GTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACC
*
2397 CATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACT
319 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * ** *
2421 CAGC-TCAAA-GGATGTTATAAT-CTCAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGG
1 CA-CTTTAAATGG-TTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATATTTGG
* * * *
2483 TTAAAATAGGCTAGAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAC
62 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAC
2521 ATGAAGNNNN
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 220, Indels: 68
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 32 0.03
343 1023 0.84
344 158 0.13
345 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGGTTAA
AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
AAAATTGATTTAAATTTGATTTCTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTAC
ATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACT
Found at i:2441 original size:515 final size:513
Alignment explanation
Indices: 706--2526 Score: 2025
Period size: 515 Copynumber: 3.5 Consensus size: 513
696 NNNNNNNNNN
*
706 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACAATTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAA
* * *
771 AACAGACTTTAATTGAATATCTACCTTAGGAAATGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
836 GTCCATTTATAG-CGACGCATTCCTTCAAGAGCCTTTTTACTCAGCTCAAAGCATGTTATAATCT
131 GTCCATTTATAGAC-ACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTCAAAGGATGTTATAATCT
* * * *
900 CAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGGCTAGAATTGAATGTCT
195 CAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCT
* ** * * *
965 ACGTTGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATAC
260 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * * * *
1030 CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAGATGATTTTGTAATGC-CATAATTGATTTAAAGTTAAAT
324 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAAGTTAAAT
* * *
1094 TTTTTTTAT-ATATTTGATT-AAACAGACTATAATTGAATATCTACCTC-GAGAAACGTATAAAA
388 TTTTTTT-TCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-CTCTACCTCAGAGAAAC--ATAAAA
* * * * * * * *
1156 AAAG-GTATTTATTGGGAAGAGAAGTTCACTTATAGTCACCCGTTCTTTTAAAAGCCTTATTACT
449 AAAGAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT
* * * * * * *
1220 CACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTCATTTAAATTTG-ATTTCATTATACATTTTTGGT
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTT--TTTTACAATTTTGGT
* * * * * * * * *
1283 TAAAACAAACTAGAGTTGAATGTCTACATTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
63 TAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * *
1348 AAAGTCCATTTAGAGACACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGG-T-TT-TG
128 AAAGTCCATTTATAGACACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGC-TCAAA-GGATGTTAT-
* * ** * * * **
1409 AAT-TCGTATAATTG-GTTTTATGTTGAATT-TTTTTACAATTTTAGTTAAAACAGACTTTAATT
190 AATCTC--AAAATTGAATTAAAT-TTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATT
* * * * * * * *
1471 GAATGCCTACTTTCAGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAG-GAAGAGAAGTCCATTGATAGC
252 GAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCGAA-A-AAGTCCATTTATAGT
*
1535 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAA
315 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAA
* * * * * ** *
1600 ATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGGATTGAATCTTTACCTTCA-A-AAAC
380 AGTTAAATTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA-CTCTACC-TCAGAGAAAC
* *
1663 ATGAAGAAAAA-AGTATTCATTTGCGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCC
443 AT-AA-AAAAAGAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCC
*
1727 TTATTACG
506 TTATTACT
* * *
1735 CGCTTTAAATTGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACACTTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAA
* * * * * * * * *
1800 AACAGACTATAACTGAATGTCCA-CATCGATAAACGTAAATAAAAAGGCTTTCATTTGCAAGAAA
66 AACAGACTATAATTGAATATCTACCTTAG-GAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAA
* * * * * * * * * ** *
1864 ACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGAGCCTTATTGCTTAGTTTAAATTATTTTATAATCT
130 AGTCCATTTATAGACACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTCAAAGGATGTTATAATCT
*
1929 TAAAATT-AATTGAAATTTGAATGT-TTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
195 CAAAATTGAATT-AAATTTGAAT-TCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGT
* * * * * *
1992 CAACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTTGCGACAAAAGTCTATTTATAGTCACCTAT
258 CTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
* * * *
2057 TGCTTCAAAAGCCTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA
322 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAA
* * *
2122 TTTTTTTTTCTTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAACGTCTACC-CAGAGAAACATAAACAA
387 TTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAC-TCTACCTCAGAGAAACATAAA-AA
* * * * *
2186 GAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT
450 AAGAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT
2250 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAA
1 CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAA
* * *
2315 AACAGACTTTAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAA
66 AACAGACTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
* *
2380 ATCCATTTATAG-CGACGCATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCAGCTCAAAGGATGTTATAATCT
131 GTCCATTTATAGAC-ACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTCAAAGGATGTTATAATCT
* * *
2444 CAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGCACATTTTTGGTTAAAATAGGCTAGAATTGAATGTCT
195 CAAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCT
2509 ACCTTGAGAAACATGAAG
260 ACCTTGAGAAACATGAAG
2527 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1072, Mismatches: 193, Indels: 83
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 16 0.01
514 322 0.30
515 710 0.66
516 22 0.02
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (513 bp):
CACTTTAAATGGTTTTGTAATGCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTTAA
AACAGACTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACGTAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGACACGCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAGCTCAAAGGATGTTATAATCTC
AAAATTGAATTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA
CCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTT
TTTTTCATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAACTCTACCTCAGAGAAACATAAAAAAAGAGT
ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACT
Found at i:3342 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2803--3463 Score: 719
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 171
2793 NNNNNNNNNN
* *
2803 TCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATA-TCAAAATTGATTTAAATTTGAATTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTG
* * * * * * *
2867 TTTGTACATTTTTTGTTAAATAGACAAGGATTGAATGTTTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAA
66 TTTGTACATTTTTGGTTAAACAGACAAGAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
* * * *
2932 AATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGAC-CTATTCCT
131 CATTCATTGGCAAGAAAAGTACA-TTATAGTCACTC-ATTCCT
* * * * *
2974 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTG
* * * * *
3038 TTTTTAAATTTTTGGTTAAACAGGCAATAATT-AAATGTCTACCTCGAGAAACAT-AGAGAAAAA
66 TTTGTACATTTTTGGTTAAACAGACAAGAATTGAAA-GTCTACCTTGAGAAACATGA-AGAAAAA
* *
3101 AGCATTCATTGGGAAGAGAAGTACATTGATAGTCACTCATTCCT
129 AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATT-ATAGTCACTCATTCCT
* *
3145 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTC
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTG
* * * *
3209 TTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGGATTGAAAGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAA
66 TTTGTACATTTTTGGTT-AAACAGACAAGAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAA
* * * *
3274 GTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTTACTCATACCT
130 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTACAT-TATAGTCACTCATTCCT
* * * ** *
3317 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATACT-ATTATTGATTTTAAGTTGAATTG
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTG
* * * * * * * * *
3381 TTT-TACACTTTCGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTTGATAAA-AGTAAATAAAAA
66 TTTGTACATTTTTGGTT-AAACAGACAAGAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACA-TGAAGAAAAA
*
3444 GGCATTCATTGGCAAGAAAA
129 AGCATTCATTGGCAAGAAAA
3464 ATNNNNNNNN
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 67, Indels: 24
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.02
171 270 0.66
172 127 0.31
173 7 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATACTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTG
TTTGTACATTTTTGGTTAAACAGACAAGAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAG
CATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTATAGTCACTCATTCCT
Found at i:3451 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2803--3460 Score: 935
Period size: 343 Copynumber: 1.9 Consensus size: 342
2793 NNNNNNNNNN
* *
2803 TCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAATTGT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
* * *
2868 TTGTACATTTTTTGTTAAATAGACAAGGATTGAATGTTTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAAA
66 TTGTACATTTTTTGTTAAACAGACAAGGATTGAAAGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAAA
* *
2933 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
131 ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGTGACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * *
2998 AATAGTTTTATAATGCCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTAAATTTTTGGTTAAACAGGC
196 AATAGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTAAACTTTCGGTTAAACAGAC
* *
3063 AATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAGAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAGAGAAGTACATT
261 AATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTACATT
3128 GATAGTCACTCATTCCT
326 GATAGTCACTCATTCCT
*
3145 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
* * *
3210 TTGTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAGGATTGAAAGTCTACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAAG
66 TTGTACATTTTTTGTT-AAACAGACAAGGATTGAAAGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAA
* * * * * *
3275 TATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATGTATAGTTA-CTCATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
130 AATTCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGTGACCT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
3339 TAAATGGTTTTGTAATACTATTATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACACTTTCGGTTAAAACA
194 TAAATAGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTAAACTTTCGGTT-AAACA
* * * * * * *
3403 GACTATAATTGAATGTCTATCTTGATAAA-AGTAAATAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
258 GACAATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACA-TAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
3461 AAAATNNNNN
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 36, Indels: 7
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
342 94 0.34
343 182 0.66
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (342 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCT
TTGTACATTTTTTGTTAAACAGACAAGGATTGAAAGTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAAA
ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATGTATAGTGACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTTAAACTTTCGGTTAAACAGAC
AATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAGAAGTACATT
GATAGTCACTCATTCCT
Found at i:4224 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3749--4503 Score: 667
Period size: 172 Copynumber: 4.4 Consensus size: 171
3739 NNNNNNNNNN
* * * *
3749 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTAAGTTTTAATTCTTTGT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTTT
* *
3814 GCATTTTTGGTTAAAACAGAATAAGATTGAATATCTACCTTCAGAAACATGAAGGAAAAAA-CAT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAGATTGAATATCTACCTTCAGAAACATGAA-GAAAAAAGCAT
* *
3878 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATACCCTCAA
129 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * * *
3921 AAGCCTTATGATTCGCTTTAAATGATTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-TTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTT
* * * * * *
3984 TATATTTTTGGATT--AACAGGC-AATAATTGAATGTCTACC-ACGAGAAACAT-AAAAAAAAAG
64 TACATTTTTGG-TTAAAACAGACTAA-GATTGAATATCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAA-
* * * * *
4044 GCATTCATTGGGAAGAGAAGTACATTGATAGTCACCCATTCCTTCAA
125 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* ** * *
4091 AGGCCTTATTACTCACAATAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGGTTTAAATTTGAATTCTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTTT
* * * *
4156 ACATTTTTAGTTAAAACAGACTAGGATTGAATCTCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
65 ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAAGATTGAATATCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
*
4221 CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
130 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * * *
4263 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCATTTTGTAATGC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA--CGTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GTTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTC-TTT
* * * ** * * * * *
4325 TTACACTTTTGGTTAAAATAGACTATA-ACTGAACGTCTACC-TCGATAAACGTAAATAAAAAGG
63 TTACATTTTTGGTTAAAACAGACTA-AGATTGAATATCTACCTTC-AGAAACATGAAGAAAAAAG
* * * ** *
4388 CTTTTATTTGCAAG-AAAGCTCTGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
126 CATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
* * * * * *
4434 AAGCCTTACTCCTCAGTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTAATTTAAATTTGAATGT-TTTT
1 AAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAAT-TCTTTT
4498 TACATT
64 TACATT
Statistics
Matches: 466, Mismatches: 92, Indels: 50
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.01
169 6 0.01
170 118 0.25
171 156 0.33
172 169 0.36
173 11 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTTTA
CATTTTTGGTTAAAACAGACTAAGATTGAATATCTACCTTCAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
Done.