Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018397616.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5200.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4443
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.34

Warning! 93 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1516 original size:55 final size:55

Alignment explanation


    Indices: 1345--1537  Score: 296
    Period size: 55  Copynumber: 3.5  Consensus size: 55

       1335 GTTATTAACA

                                     **               *            
       1345 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAATAATGGGTCTATCCTCTACGTGACTTCAACT
          1 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAATTGTGGGTCTATCCTCTAGGTGACTTCAACT

                                           *                  *       
       1400 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAATGGTGGTTGGTCTATCCTCTAGGTGAATTCAACT
          1 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAAT--T-GTGGGTCTATCCTCTAGGTGACTTCAACT

                                                                   
       1458 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAATTGTGGGTCTATCCTCTAGGTGACTTCAACT
          1 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAATTGTGGGTCTATCCTCTAGGTGACTTCAACT

                       *        *    
       1513 TTGAACTCTTTGGTATTTTACCAAT
          1 TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAAT

       1538 AGTTTCGTTT


Statistics
Matches: 126,  Mismatches: 9, Indels: 6
        0.89            0.06        0.04

Matches are distributed among these distances:
  55   75  0.60
  56    1  0.01
  58   50  0.40

ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.16, T:0.44


Consensus pattern (55 bp):   
TTGAACTCTTTTGTATTTTAACAATTGTGGGTCTATCCTCTAGGTGACTTCAACT

Found at i:3194 original size:14 final size:14

Alignment explanation


    Indices: 3173--3230  Score: 55
    Period size: 14  Copynumber: 4.2  Consensus size: 14

       3163 GAATTTTATT

                          
       3173 TATATTTGATGTAA
          1 TATATTTGATGTAA

             *      *    *
       3187 TGTATTTGCT-TAT
          1 TATATTTGATGTAA

               *          
       3200 TATTTTTGATGTAA
          1 TATATTTGATGTAA

             *      *     
       3214 TTTATTTGTTGTAA
          1 TATATTTGATGTAA

               
       3228 TAT
          1 TAT

       3231 GTTTTTATTA


Statistics
Matches: 32,  Mismatches: 11, Indels: 2
        0.71            0.24        0.04

Matches are distributed among these distances:
  13    9  0.28
  14   23  0.72

ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.14, T:0.59


Consensus pattern (14 bp):   
TATATTTGATGTAA

Found at i:4314 original size:252 final size:252

Alignment explanation


    Indices: 3868--4443  Score: 827
    Period size: 252  Copynumber: 2.3  Consensus size: 252

       3858 NNNNNGCGTG

                           *                                 *               
       3868 TGAGAGTTAATGTAAGAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATCAAAATTAAATATTTA
          1 TGAGAGTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAATTAAATATTTA

                    *                      *                                 
       3933 AATTTATATTCTCAGGCTGAAAATGTATAACGATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAA
         66 AATTTATAGTCTCAGGCTGAAAATGTATAACAATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAA

                       *        *                    *    * *                
       3998 TAAGGATAAAATTAATTATATTTCAAAATTGACATGAAAAACCCTTGATGTAAAACTATAAGAAT
        131 TAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATGAAAAAACCTTAACGTAAAACTATAAGAAT

                       *  *                                 *   *    
       4063 TGACATAAAAGTTTGTAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAATGTAAGTGTA
        196 TGACATAAAAGCTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAATATAAATGTA

                      *    *                               *                 
       4120 TGAGAGTTAACGTAATAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAGTGAAAATTAAATATTTA
          1 TGAGAGTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAATTAAATATTTA

                                   *   *                              *      
       4185 AATTTATAGTCT-AGGACTGAAACTGTTTAACAATATAAAAATTTTAATTTTTAAAT-TAAGAAT
         66 AATTTATAGTCTCAGG-CTGAAAATGTATAACAATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAG-AT

                                               *         *             *     
       4248 AATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACGTGAAAAAACTTTAACGTAAAACTGTAAGA
        129 AATAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATGAAAAAACCTTAACGTAAAACTATAAGA

                  *           *      **                                
       4313 ATTGACGTAAAAGCTTATGAAGGTGGCATAACTAAATTTTAAATCTTAATATAAATGTA
        194 ATTGACATAAAAGCTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAATATAAATGTA

                 *     *         *                                  *        
       4372 TGAGAATTAATATAACAAGTCCATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATG--AATGCAAATATTT
          1 TGAGAGTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAAT-TAAATATTT

                     
       4435 AAATTTATA
         65 AAATTTATA


Statistics
Matches: 289,  Mismatches: 32, Indels: 7
        0.88            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
 250    3  0.01
 251   23  0.08
 252  263  0.91

ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.12, T:0.33


Consensus pattern (252 bp):   
TGAGAGTTAATGTAACAAGTCAATTAAGTAAAAACAATGTAAATTTAATGAAAATTAAATATTTA
AATTTATAGTCTCAGGCTGAAAATGTATAACAATATAAAAATTTTAATTTTTAAATAAAAGATAA
TAAGGATAAAAATAATTATAGTTCAAAATTGACATGAAAAAACCTTAACGTAAAACTATAAGAAT
TGACATAAAAGCTTATAAAGGTGAAATAACTAAATTTTAAATCTTAATATAAATGTA
Done.