Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400883.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_405.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 52700
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.10, T:0.27
Warning! 13494 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:7184 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7007--7365 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 2.1 Consensus size: 171
6997 NNTATAAGTT
* ** *
7007 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCGA-GGTGGACATTAAATTAAAATC
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTC-ATGGTAGACATTAAATTAAAATC
* * * * *
7071 T-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTTATCCTAAAATCGATTATGAAATTATAAAACCATTTA
65 TAG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTA
* * *
7135 AAGTGAGTAATAATGC-TTTTGAAAGAATAG-GTGACTATAAATG
129 AAGCGAGTAAT-ACGCATTTCG-AAGAATAGAGTGACTATAAATG
* * ** * *
7178 GACTTTTGTTGCCAACGAATTTCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATCT
1 GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAGACATTAAATTAAAATCT
** * *
7243 AGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAGTTAAAATTAATTATGAGATAATAAAACCATTTAAA
66 AGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAA
* * *
7308 GCGAGTAATACGCATTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATT
131 GCGAGTAATACGCATTTCGAAGAATAGAGTGACTATAAATG
*
7349 GACTTTTCGTGCCAATG
1 GACTTTTCTTGCCAATG
7366 GTTGGCTTTT
Statistics
Matches: 156, Mismatches: 28, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 10 0.06
171 145 0.93
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTCATGGTAGACATTAAATTAAAATCT
AGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATACGCATTTCGAAGAATAGAGTGACTATAAATG
Found at i:9833 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9151--10137 Score: 851
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 170
9141 NNNNNNNNNN
* * * *
9151 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCGTGTTACTCCCGT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
* * * *
9216 TAAATGGTTTTATAACTTCATAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
9281 ATTATAATTGAATGTC-TGCTTTAGGAAACGTAAAGAAAGAG
130 ATTATAATTGAATGTCTTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAG
* ** * * **
9322 GTATTCATTGATGAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTAACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
* * ** * ** *
9387 TAAATAGTTTCATAACATCAAAATT-AGTTTTAAGTAAAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAA-A
66 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACA
** * * * * *
9450 GGGCTATAATTGAATG-CTTGCCTAGGGGAACATGAAGTACAAG
129 -GATTATAATTGAATGTCTTACCT-GAGAAACATGAAGAAAAAG
* ** * * * * *
9493 CCAACCATTGACACA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGT-GTTCGAAAGGCTTATTAC-CCG
1 GCATTCATTGACA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCC-
* * *
9555 CTTTAAATAGTTTTATAATCTT-ATAAGTTG-TTTTAAGTTGAATTTTTTGACATTTTTGGCCT-
63 CTTTAAATGGTTTTATAAT-TTCATAA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTAG-TTA
9617 AAACAGATTATAATTGAATGT-TTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAG
124 AAACAGATTATAATTGAATGTCTTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * *
9664 GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCCGTATTACTCCCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
* * * * *
9729 TAAATGGTTTTAAAATTTCATAATTGATATTAGGTTGAACTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
66 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG-
9794 ATT-TAATTGAATGTCTT-CCTCGAGAAACAT-AAGGAAAAAG
130 ATTATAATTGAATGTCTTACCT-GAGAAACATGAA-GAAAAAG
* * * *
9834 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAGAGTCACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
* * * *
9899 TAAATGGCTTTTA-AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTTGTTAAAA-A
66 TAAATGG-TTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * * *
9962 AAGCTATAATTGAATGT-TTGTCTTGAG-AACGTGAAGCAAAAT
129 GA-TTATAATTGAATGTCTT-ACCTGAGAAACATGAAGAAAAAG
* ** * * *** * **
10004 CCAAGCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAAA-CCTTATTACTTGCTT
1 GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
* * * * * *
10068 TAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAG
66 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
10133 ATTAT
130 ATTAT
10138 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 123, Indels: 70
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.01
169 73 0.11
170 200 0.30
171 368 0.56
172 14 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATGTCTTACCTGAGAAACATGAAGAAAAAG
Found at i:12846 original size:174 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12444--12883 Score: 440
Period size: 174 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
12434 NNNNNNNNNN
* * *
12444 CATTTATTGGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCTTTCAGAAGCCTTATTACTCACTTT
1 CATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
12509 AAATAGTTTTATAAT-T-TGATAATCGATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTTATTAAAACA
66 AAATAGTTTTATAATCTCT-ATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* *
12572 GATTTTAATTAAATGTCTACTCGAGAAACATAAAGAAAAAGG
130 GATTATAATTAAATATCTACTCGAGAAACATAAAGAAAAAGG
* * ********* *
12614 CATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGNNNNNNNNNNC-TTCAAAAGCCTTATTACTTACTT
1 CATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG-TCACGCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
12678 TAAATTGTTTTATAATCTCTA-AATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTGTATATTTTTGGTTAAA
65 TAAATAGTTTTATAATCTCTATAATTGATTTTAGGTT-AA-ATATTTT-TACATTTTTGATTAAA
* * ** *
12742 ACAGGTTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGG
127 ACAGATTATAATTAAATATCTA-CTCGAGAAACATAAAGAAAAAGG
* ** * * * * *
12788 CATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTGTTTTAAAAACCATATTACTCGCTTT
1 CATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
12853 AAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTAATTTTA
66 AAATAGTTTTATAATCTCTATAATTGATTTTA
12884 AATTAAATTT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 49, Indels: 14
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 76 0.36
171 5 0.02
172 6 0.03
173 33 0.16
174 92 0.43
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATAGTTTTATAATCTCTATAATTGATTTTAGGTTAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
ATTATAATTAAATATCTACTCGAGAAACATAAAGAAAAAGG
Found at i:18712 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18480--19687 Score: 742
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
18470 NNNNNNNNNN
* ** * ** **
18480 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGCTTTACAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAAT
* * * * * *
18545 AGATTTTAAGTAGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAAAAAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGT
66 TGATTTTAAGTAGATTTTTTTACATTTTTGGTT-AAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* **
18610 GGAACATGAAGCAAAAGCTAACCATTGGCGCCAAAAATCCA
130 GGAACATGAAGAAAAAGCTAACCATTGGCAACAAAAATCCA
* * * * *
18651 TTTATAGTAACTCAAGCCTTCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATTATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAAT
* * * * * * *
18716 TTATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTCTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCATGA
66 TGATTTTAAGTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA
* * * ** * * *
18781 GAAATATAAAGAAAAAGGC-ATTCATTGG-TACGAAAAGCTCA
130 GGAACATGAAGAAAAA-GCTAACCATTGGCAACAAAAATC-CA
*** ** ********* *
18822 TTTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNT-TCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-TGATTTTATTATCTCAAAA
* * * * *
18886 TTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTGCCTT
65 TTGATTTTAAG-TAGATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* *** * * * **
18951 -AGGAA-ATGTGAAGAAAAAGGTGTTCATTGACAAGAAAAGTTTA
128 GAGGAACA--TGAAGAAAAAGCTAACCATTGGCAACAAAAATCCA
** * * * * *
18994 TTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCACTCTAAATGATTTTATAACCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAAT
* * ** * *
19059 TGATTTTAAGTAGAAATGTTTTT-CATTTTTGGTTAAAGAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTT-
66 TGATTTTAAGTAG--ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * * *
19122 AGGGAACATGAAGTAAAAGCCAACCATTGGCAAGAAAAGTCCA
129 A-GGAACATGAAGAAAAAGCTAACCATTGGCAACAAAAATCCA
* * * * * * *
19165 TTTATAGTCACTCAAGCCTGCGAAAGGCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAAT
** * * * * *
19230 TGATTTTTGGTTGATTTTTTTTTTCATTTTTAAGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTA
66 TGATTTTAAGTAGA--TTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * ** *** * *
19294 GAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTAATAAGAAAAGTCCA
128 GAGGAACATGAAGAAAAA-GCTAACCATTGGCAACAAAAATCCA
** ** * * *
19337 TTTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAAT-AGTTTTATAATTTCATA
1 -TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATTATCTCAAA
* * * * *
19400 ATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTT
64 ATTGATTTTAAGTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * **
19464 GAGAAACATAAAGAAAAAGGC-ATA-TATTGGTAAGAAAAGCCCA
128 GAGGAACATGAAGAAAAA-GCTA-ACCATTGGCAACAAAAATCCA
* * ** * * * * *
19507 TTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAAT
* * * * * * *
19572 AGATTTGAAGTTGAATTTTTT-CATGTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCATG
66 TGATTTTAAGTAGATTTTTTTACA--TTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
* * ** * *
19636 A-GAA-ATGTAAAAAAAAAAC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
129 AGGAACATG--AAGAAAAAGCTAACCATTGGCAACAAAAATCCA
19677 TTTATAGTCAC
1 TTTATAGTCAC
19688 TCATTCCTTC
Statistics
Matches: 811, Mismatches: 192, Indels: 69
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 48 0.06
170 133 0.16
171 349 0.43
172 233 0.29
173 46 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATTATCTCAAAAT
TGATTTTAAGTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
GAACATGAAGAAAAAGCTAACCATTGGCAACAAAAATCCA
Found at i:19068 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 18480--19700 Score: 1031
Period size: 343 Copynumber: 3.6 Consensus size: 339
18470 NNNNNNNNNN
* ** * ** *
18480 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGCTTTACAATCTCAAAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAAT
* * * * * * *
18545 AGATTTTAAG-TAGATT-TTTTTATATTTTT-TGTTAAAAAAAGGTTATAATTGAATGTTTACCT
66 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAAGTT--AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * * * * ** ** *** * * * **
18607 TGTGGAACATGAAGCAAAA-GCTAACCATTGGCGCCAAAAATCCA-TTTATAGTAACTCAAGCCT
129 AGAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
18670 TCGAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATTATCTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTT
193 TCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAA-TATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * *
18735 TTTAAATTCTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCATGAGAAATATAAAGAAAAAGGC
256 TTTACATT-TTGGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGGC
*
18800 ATTCATTGGTACGAAAAGCTCA
318 ATTCATTGGTAAGAAAAGCTCA
* *********
18822 TTTATAGTCACCCGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAANNNNNNNNNNT-TCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAA-TGGTTTTATTATCTCATAA
* * *
18886 TTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTT-TGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTCTGCCT
65 TTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAAGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACC-
* ** * ** *
18950 TAG-GAAATGTGAAGAAAAAGGTGTTCATTGACAAGAAAAGTTTA-TTTATAGTCACCCATTCTT
128 TAGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATTCCT
* * * *
19013 TCAAAAGCCTTACTACTCACTCTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTAGAAATGT
193 TCAAAAGCCTTATTACTCACT-TAAAT-ATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AATTT
** * * * * * * *
19078 TTTT-CATTTTTGGTTAAAGAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACATGAAGTAAAAGC
255 TTTTACA-TTTTGGTTAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTGA-GAAACATAAAGAAAAAGG
** *
19142 CAACCATTGGCAAGAAAAG-TCCA
317 CATTCATTGGTAAGAAAAGCT-CA
* ** * * *
19165 TTTATAGTCACTCAAGCCTGCGAAAGGCTTATTACTCT-CTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAA
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-TGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAA
** * * * *
19229 TTGATTTTTGGTTGATTTTTTTTTTCATTTTTAAGTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTA
65 TTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAAGTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTA
* **
19294 GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACTTATTCCTTC
130 GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
19359 AAAAGCCTTATTACTCACTTAAATAGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTGAACTTTTTT
195 AAAAGCCTTATTACTCACTTAAATA-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
*
19424 ACATTTTGGTTAAAACAGATTTTAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATAT
259 ACATTTTGGTTAAAA-AGATTATAATTGAATGTCTACC-TGAGAAACATAAAGAAAAAGGCAT-T
*
19489 -ATTGGTAAGAAAAGCCCA
321 CATTGGTAAGAAAAGCTCA
* * * * * *
19507 TTTATAGTTACCTATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAAT
1 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAAT
* * * ** * *
19572 AGATTTGAAGTTGAA-T-TTTTT-CATGTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACC-
66 TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACAT-TTTTAAGTT-AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCT
* * ** ** *
19633 ATGAGAAATGT-AAAAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCATTCCT
129 A-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATTCCT
19696 TCAAA
193 TCAAA
19701 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 699, Mismatches: 153, Indels: 57
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 26 0.04
340 40 0.06
341 34 0.05
342 197 0.28
343 332 0.47
344 70 0.10
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATTGTTTTTACATTTTTAAGTTAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTAG
AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCATTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AAAGCCTTATTACTCACTTAAATATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
ATTTTGGTTAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTG
GTAAGAAAAGCTCA
Found at i:26041 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 25865--26400 Score: 455
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 167
25855 NNNNNNNNNN
*
25865 ATTTAAAGCGAGTAATAA-ACTTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAAGGGACTTTT-TGTACCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGAC-TTTTGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGT-CCAA
* *
25928 TGGTTGGCTTTGACTTCATGTTCCCAAGGGTAACATTCAATTATAGTCTTTTTTAACCAAAAATG
63 TGATTGGCTTTG-CTTCATGTTCCCAA-GGTAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG
* ** * * *
25993 TAGAAAAATTTTACTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAGAACC
126 TAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACC
* * * ** ** *
26035 ATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAATGAATGAGTGACTCCAAATGGACTTTTCT-TGCTAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGT-CCAAT
* ** * * **
26099 GAATACCTTTTTCTTTACAT-TTCCCAAGG-AAAATGCTCAATTATAAT-TTGTTCGAACCAAAA
64 GATTGGC-TTTGC-TT-CATGTTCCCAAGGTAACAT--TCAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAA
*
26161 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTTGGAGATTATAAAACC
123 ATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACC
* * * * *
26206 ATTTAAAGCAAGTAACAAGAGTTTTGACATCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGT-GAAT
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGTCCAAT
* * * * * *
26270 GCTTGGCTTTTGCTTCACGTTCCACAAGATAAACATGCAATTATAACCTTTTTTAACAAAAAATG
64 GATTGGC-TTTGCTTCATGTTCC-CAAGGT-AACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG
* * *
26335 TAAAAAAA--ACAAC-TAAAATCTATTT-GAGATTATAAAGCT
126 TAAAAAAATTA-AACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACC
* *
26374 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGA
26401 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 288, Mismatches: 61, Indels: 36
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 34 0.12
169 17 0.06
170 66 0.23
171 159 0.55
172 7 0.02
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGTCCAATGA
TTGGCTTTGCTTCATGTTCCCAAGGTAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA
AAATTAAACTTAAAATCAATTTGGAGATTATAAAACC
Found at i:26744 original size:171 final size:160
Alignment explanation
Indices: 26555--26883 Score: 322
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
26545 NNNNNNNNNN
* * *
26555 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAAATGGATACCTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCGTGCAAATGAATACCTTTT
* * * *
26619 TCTTTACATTT-TCCAAGGCCGACACTCAATTATAATCTGTTGTAAGTTAAAAA-GTAAAAAAAG
65 TCTTCACATTTCT-CAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTGTAA-TCAAAAATGT-AAAAAAG
* * *
26682 TCAAATTGAAATTAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNGA
127 TCAAATTAAAATCAATTATGAGATAATAAAAC----------GA
* * *
26726 GTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCGTGCCAATGAATGCCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCGTGCAAATGAATACCTTTTT
* * * * * * *
26791 CTTCACATTTCTCATGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAATCAAAAATGTATAAAATTTAA
66 CTTCACATTTCTCAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTGTAATCAAAAATGTAAAAAAGTCAA
*
26856 CTTAAAATCAATTATGAGATAATAAAAC
131 ATTAAAATCAATTATGAGATAATAAAAC
26884 CATTTAATGT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 21, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 38 0.28
171 93 0.69
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGGCTTTTCGTGCAAATGAATACCTTTTT
CTTCACATTTCTCAAGGCAGACACTCAATTATAATATGTTGTAATCAAAAATGTAAAAAAGTCAA
ATTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACGA
Found at i:29688 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 29498--29810 Score: 377
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 169
29488 GAAGGAATGG
* * * * *
29498 GTGACTATAAATGGACTTTT-G-TTCCTAATGA-ATGACTTTTTCTTCACATT-TCTCGAGGTAA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTAGCTT-C-AAT-ACATGACTTTTGCTTCACATTCTC-CAAAGCAA
** * * *
29559 ACATTTGATTATAATCTGTTTTAACCAAAA-ATATAAAAAAATTTAACGT-AAAATCAATTTTGA
62 ACATTCAATTAT-AGCTGTTTTAA--AAAATATATAAAAAAAGTCAAC-TCAAAATCAATTTTGA
*
29622 TATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGTGTTTTGAAGGCTAGA
123 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTACTAAGTGTTTTGAAGGCTAGA
* *
29669 GTGACTCTAAATAGACTTTTAGCTTCAATACTTGACTTTTGCTTCACATTCTCCAAAGCAAACAT
1 GTGACTATAAATAGACTTTTAGCTTCAATACATGACTTTTGCTTCACATTCTCCAAAGCAAACAT
*
29734 TCAATTATAGCTTTTTTAAAAAATATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAA
66 TCAATTATAGCTGTTTTAAAAAATATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAA
*
29799 ACCCATTTAAAG
131 AACCATTTAAAG
29811 TGAGTAATAA
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 14
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.04
169 47 0.39
170 10 0.08
171 53 0.44
172 4 0.03
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
GTGACTATAAATAGACTTTTAGCTTCAATACATGACTTTTGCTTCACATTCTCCAAAGCAAACAT
TCAATTATAGCTGTTTTAAAAAATATATAAAAAAAGTCAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCAAGTACTAAGTGTTTTGAAGGCTAGA
Found at i:31898 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 31704--32037 Score: 352
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
31694 TTGTGAGATT
* * *
31704 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTAT-AAATGGGCTTTTC
1 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAAATGGACTTTTC
* * *
31768 TTACCAAT-AAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCT-TGAGGTAGAGATTCAATTAAAATCTGTTTTA
66 TTACCAATGAAAT-CCTTTTTCTTTACGTTTCTCT-AGGTAGAAATTCAATTAAAATCT-ATTTA
** *
31831 ACC-AAAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCA
128 ACCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
* * *
31864 NNNNNNNNNNNATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAA
1 -----------ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAA
** * *
31929 ATGGACTTTTCTTGTCAATGAACTCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTAGAAATTCAATTATAA
55 ATGGACTTTTCTTACCAATGAAATCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTAGAAATTCAATTAAAA
* *
31994 TCTATTTAGCCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
120 TCTATTTAACCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
32036 AT
1 AT
32038 TATGAGATAA
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 18, Indels: 18
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.01
171 52 0.37
172 83 0.59
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTAACTATAAAATGGACTTTTC
TTACCAATGAAATCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTAGAAATTCAATTAAAATCTATTTAACC
TAAAAATAAAAAAAAATTCAACCTAAAATCA
Found at i:32674 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 31655--32963 Score: 1470
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 510
31645 ATATAATCTG
* * *** *
31655 TTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAATCTATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATCTGCTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * *
31720 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATAAATGCCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* *
31785 TTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGT
130 TTTCTTTATGTTTC-TGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA-T
********** * * * *
31850 TCAACCTAAAATCANNNNNNNNNNNATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
193 TCAACCTAAAATCA-ATTATGAAATATAAAACCATTCACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAA
* * * * *
31915 TAGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACTCCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGTAG
257 CAGGTGACTATAAAATGGACTTTTCATGCCAATGAACTCCTTTTTCTTTACATTTCTCTAGATAG
* * *
31980 AAATTCAATTATAATCTATTTAGCCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
322 AAATTCAATTATAATATATTTAACCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGA
* * * * *
32045 TAATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATGAGCCTTTCGCAGGCTTGAGTAATTATAAATGGACTTTT
387 TAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTT
** * * * * *
32110 CTTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCC-T
452 CGCACCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTCTCCCAAGGCAAACATCCAATTATAGCCTT
* * * * *
32168 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAAA
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCTGCTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * * * *
32233 TGAGAAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTT
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * * *
32298 TTTCTTCACAT-TTTCTAAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAA
130 TTTCTT--TATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AA
* * *
32362 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TATTCAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGA
192 TTCAACCTAAAATCAATTATGA-AATATAAAACCATTCACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGA
* * * * *
32426 ACGGGTGACTAT-AAATGGGCTTTTCATGCCAGTGAA-TGGCTTTTTCTTTATATTTCTC-ATGA
256 ACAGGTGACTATAAAATGGACTTTTCATGCCAATGAACT-CCTTTTTCTTTACATTTCTCTA-GA
* * * * * * *
32488 TCGACATTCAATTATAATATGTTTTAACC-AAGAATGCAAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTT
319 TAGAAATTCAATTATAATAT-ATTTAACCTAAAAAT-AAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTA
*
32552 TGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATGGA
382 TGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGA
* * *
32617 CTTTTCGCGCCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAG-CTCCACAAGTCAAAGATCCAATTATAGCCTT
447 CTTTTCGCACCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTCTCC-CAAGGCAAACATCCAATTATAGCCTT
* * * * *
32681 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTTCTTAAAATCTATTTTGAGATTGTAAAGCCATTTAATGT
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTGCTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
* * * **
32746 TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAATT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
*
32811 TTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
131 TTCTTTATGTTTCT-GAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAATT
* * ** * *
32876 CAACCTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCCTTTC-AAAG-GC
194 CAACCTAAAATCAATTATGAAAT-ATAAAACCATTCACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAAC
*
32939 TTGAGTGACTAT-AAATGGACTTTTC
258 -AG-GTGACTATAAAATGGACTTTTC
32964 GTGGCAACGG
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 120, Indels: 36
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.01
511 72 0.11
512 341 0.52
513 233 0.35
514 6 0.01
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTGCTTAAAATCTATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TTCTTTATGTTTCTGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCA
ACCTAAAATCAATTATGAAATATAAAACCATTCACAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAACAGG
TGACTATAAAATGGACTTTTCATGCCAATGAACTCCTTTTTCTTTACATTTCTCTAGATAGAAAT
TCAATTATAATATATTTAACCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATAAT
AAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCGCA
CCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTCTCCCAAGGCAAACATCCAATTATAGCCTT
Found at i:32805 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 32776--32815 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
32766 GAATGGGCAA
* *
32776 CAATAAATGGACTTTTCTTGC
1 CAATAAATGCAATTTTCTTGC
*
32797 CAATGAATGCAATTTTCTT
1 CAATAAATGCAATTTTCTT
32816 TATGTTTCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
CAATAAATGCAATTTTCTTGC
Found at i:33028 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 31636--33474 Score: 1357
Period size: 171 Copynumber: 10.8 Consensus size: 171
31626 TTCTCATGGT
* * * *
31636 AGACATTCAA-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAATTTAAAATCTATTGTGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
31700 GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *** *
31765 TTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGT
131 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * * *******
31806 AGAGATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACCTAAAATCANNNNNNN
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
**** * * * *
31871 NNNNATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATAAAATGGAC
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGA-GTGACTAT-AAATGGAC
* * * * * * * *
31935 TTTTCTTGTCAATGAACT-CCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGGT
129 TTTTCTTGCCAATGAA-TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
31978 AGAAATTCAATTATAATCT-ATTTAGCCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** * * * * * *
32042 AGATAATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATGAGCCTTTCGCAGGCTTGAGTAATTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACT
* ** *
32107 TTTCTTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGC
130 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* ** ** * ** *
32149 AAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCTGCTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
32213 GGTTATAAAACTATTTAAAATGAGAAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGTGACTATAAATAGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
** * ** * *
32278 TTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTTCTAAGGC
131 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
32319 AGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAATAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * ** * *
32384 GAATATAAAA-TATTCAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAAGAACGGGTGACTATAAATGGGCTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * * * *
32448 TTCATGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCATGATC
131 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAG-GC
* * * * *
32490 -GACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAGAATGCA-AAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTTT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT--ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** * *
32553 GAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATGGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAC
** ** * * * *
32618 TTTTCGCGCCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAG-CTCCACAAGTC
129 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-CAAGGC
* * * ** * * ** * *
32661 AAAGATCCAATTATAGCCTTTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCTTCTTAAAATCTATTTTGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * * ** *
32725 GATTGTAAAGCCATTTAATGTTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCAACAATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
32790 TTCTTGCCAATGAAT-GCAATTTT-CTTTATGTTTCTCGAGGT
131 TTCTTGCCAATGAATGGC--TTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* * *
32831 AGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
32896 AATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * *
32961 TTCGTGGCAACGGTTGGCTTTTGCTTCATGCTCCCCAAGGC
131 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* ** * * * *** * * *
33002 AAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTTGCTTAAAATCATTTTTAA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
33067 GGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAG-CTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACT
* * ** * * * *
33131 TTCCTTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGT
130 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* * * * * * * *
33173 GGACACTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAATTGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *** * * * * *
33238 AATTTTAAAACCATTTAAAATGAACGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
33303 TTCTTGTCAATGAATGCCTATTT-CTTCATGTTTCTCAAGGT
131 TTCTTGCCAATGAATGGCT-TTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
* * * *
33344 AGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACAAACTCAGCTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * * * *
33409 GATTATAATACCATTTAAAGCGAGGAATAATACTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
33474 T
131 T
33475 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 354, Indels: 47
0.76 0.21 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 368 0.29
171 699 0.54
172 220 0.17
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGC
Found at i:33056 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 31655--33474 Score: 1638
Period size: 513 Copynumber: 3.5 Consensus size: 510
31645 ATATAATCTG
* * * * *
31655 TTTTAACCAAAAATATGAAAAAATTCAAT-TTAAAATCTATTGTGAGATTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATAT-AAAAAAATC-ATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
** * * *
31719 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATAAATGCCT
64 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* ** * * *
31784 TTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAG
129 TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAA
********** * **
31849 TTCAACCTAAAATCANNNNNNNNNNNATAAAACCATTTACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
194 TTCAACCTAAAATCA-ATTATGAAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-
* * * * * *
31914 AT-AGGTGACTATAAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACT-CCTTTTTCTTTACGTTTCTCTAGG
257 CTGA-GTGACTAT-AAATGGACTTTTCATGCCAATGAA-TGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
* * * * * *
31977 TAGAA-ATTCAATTATAATC-TATTTAGCCTAAAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
319 CA-AACATTCAATTATAATCTTTTTTAACC-AAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTT
* * * *
32040 TGAGATAATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATGAGCCTTTCGCAGGCTTGAGTAATTATAAATGGA
382 TGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGA
* * * * *
32105 CTTTTCTTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCC-T
447 CTTTTCTTACCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTTTCCAAAGTCAAACATCCAATTATAGCCTT
* * * *
32168 TTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTC-TGCTTAAAATCAATTTTGAGGTTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAT-CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
32232 ATGAGAAATAAGGCTTTTGAAAGATTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATACCT
64 ATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT
* * * * * *
32297 TTTTCTTCACAT-TTTCT-AAGGCAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAT
129 TTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAA
* * * * *
32360 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TATTCAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAA
192 AATTCAACCTAAAATCAATTATGA-AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAA
* * * * * *
32424 GAAC-GGGTGACTATAAATGGGCTTTTCATGCCAGTGAATGGCTTTTTCTTTATATTTCTCATGA
255 G-GCTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAG-
* * * * * *
32488 TC-GACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAGAATGCAAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTT
318 GCAAACATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTT
* *
32552 TGAGATAATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTTACTATAAATGGA
382 TGAGATAATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGA
*** * *
32617 CTTTTCGCGCCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAG-CTCCACAAGTCAAAGATCCAATTATAGCCTT
447 CTTTTCTTACCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTTTCCA-AAGTCAAACATCCAATTATAGCCTT
* * * * **
32681 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTTCTTAAAATCTATTTTGAGATTGTAAAGCCATTTAATGT
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
* * * **
32746 TAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGCAACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCAATT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
* * *
32811 TTCTTTATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATT
131 TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
* *
32876 CAACCTAAAATCAATTATGAAATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTT
196 CAACCTAAAATCAATTATGAAAT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-T
* * * ** * * * * *
32941 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGGCAACGGTTGGCTTTTGCTTCATGCTCCCCAAGGCAAAC
259 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAAC
** * * ** * * * *
33006 ATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTTTTGCTTAAAATCATTTTTAAGGTT
324 ATTCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATA
* * * * *** * * *
33071 ATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAAG-CTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCC
389 ATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * ** ** *
33135 TTACCAATGAATACCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGT-GGACA-CTCAATTATAATCTG
453 TTACCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTTTCC-AAAGTCAAACATC-CAATTATAGCCTT
* * * * * * * * * * *
33193 TTCTAACCAAAATTGTAAAAAATTTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTTTAAAACCATTTAAAA
1 TTTTAACAAAAAATATAAAAAA-ATCATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAA
*** * * * *
33258 TGAACGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTA
65 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTT
* * * *
33323 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAACAAAC
130 TTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
* * * * * * ** ** *
33388 TCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGAGGAATAATACTTTTGAAGGAA
195 TCAACCTAAAATCAATTATGA-AATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-C
* *
33453 TGGGTGATTATAAATGGACTTT
258 TGAGTGACTATAAATGGACTTT
33475 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1048, Mismatches: 228, Indels: 62
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 4 0.00
511 70 0.07
512 460 0.44
513 504 0.48
514 8 0.01
515 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
TTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCATCTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAAT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATT
CAACCTAAAATCAATTATGAAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTGA
GTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATAAT
AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTA
CCAATGGTTAGCTTTTGCTTCAAGTTTCCAAAGTCAAACATCCAATTATAGCCTT
Found at i:33735 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 33687--33769 Score: 150
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33677 ATTACTCGCT
33687 TTAAATGATTTTTTTTATCTCATAATTGATTTTAGG
1 TTAAATG-TTTTTTTTATCTCATAATTGATTTTAGG
33723 TTAAATG-TTTTTTTATCTCATAATTGATTTTAGG
1 TTAAATGTTTTTTTTATCTCATAATTGATTTTAGG
33757 TTAAATGTTTTTT
1 TTAAATGTTTTTT
33770 CATTTTTAGC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 3
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
34 34 0.74
35 5 0.11
36 7 0.15
ACGTcount: A:0.27, C:0.05, G:0.11, T:0.58
Consensus pattern (35 bp):
TTAAATGTTTTTTTTATCTCATAATTGATTTTAGG
Found at i:34583 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 34270--34717 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 169
34260 NNACTCACTC
* *
34270 TAAATAGTTTTATAACCTCAAAATT-GATTTTAAGTAGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTTAAAA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAG-TTTTAAGTAGAA-TTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAA
* * * **
34334 AGGCTATAATTGAATGTTTTCCTTCGAG-AACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACAAAAAGT
63 AGGCTATAATTGAATG-TTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAATGCCAACCATTGACACAAAAAGT
* * * * * *
34398 CTATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGGTTTATTACACGTTT
126 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACACGCTT
* * * *
34442 TAAATAATTTTATTATCTCATAATTAGTTTTAAGTAGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAAAGG
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAA-G
* *
34507 GCTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAATGCCAACCATTGACGCAAAAAGTCCA
65 GCTATAATTGAATG-TTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAATGCCAACCATTGACACAAAAAGTCCA
*
34572 TTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACTCGCTT
129 TTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACACGCTT
* * * * *
34613 TAAATAGTTTTATAATCTTATAAGTAGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTATAATA
1 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTAGA-ATTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAA
**
34678 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAAT
64 GGCTATAATTGAATGT-TGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAT
34718 AGGTATTCAA
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 33, Indels: 13
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.04
171 142 0.60
172 82 0.35
173 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGG
CTATAATTGAATGTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAATGCCAACCATTGACACAAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACACGCTT
Found at i:34740 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 34270--34780 Score: 478
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 171
34260 NNACTCACTC
* * * * *
34270 TAAATAGTTTTATAACCTCA-AAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTTACATTTTTGGTTTAAAA
1 TAAATAATTTTATAATCTCATAAGTAG-TTTTAAGTAGAA-TTTTTTCACATTTTTGG-TTAAAA
* * * * ** ** *
34334 AGG-CTATAATTGAATGTTTTCCTTCGAG-AACATAAAGCAAAAGCCAACCATTGGTACAAAAAG
63 AGGACTATAATTGAATGCTTGCCTT-GAGAAACATGAAGCAAATGCCAACCAACGACAAAAAAAG
* * * * * * *
34397 TCTATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGGTTTATTACACGTTT
127 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACTCGCTT
* * *
34442 TAAATAATTTTATTATCTCATAATTAGTTTTAAGTAGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAAAGG
1 TAAATAATTTTATAATCTCATAAGTAGTTTTAAGTAGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAGG
* * ** **
34507 GCTATAATTGAATGCTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAATGCCAACCATTGACGCAAAAAGTCCA
66 ACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAATGCCAACCAACGACAAAAAAAGTCCA
34572 TTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACTCGCTT
131 TTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
34613 TAAATAGTTTTATAATCTTATAAGTAGTTTTAAGTTGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTATAATA
1 TAAATAATTTTATAATCTCATAAGTAGTTTTAAGTAGA-ATTTTTTCACATTTTTGGTTA-AAAA
* ** ** *
34678 -GATTATAATTGAATG-TCTGCCTTGAGAAACATGAAG-AAATAGGTATTCAACGATAAAAAAAG
64 GGACTATAATTGAATGCT-TGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAT-GCCAACCAACGACAAAAAAAG
* ** *
34740 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTA-AAAGCCTTATTACTC
127 TCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTAGAAAGGCTTATTACTC
34781 ACTTNNNNNN
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 47, Indels: 16
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.04
171 140 0.49
172 123 0.43
173 10 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TAAATAATTTTATAATCTCATAAGTAGTTTTAAGTAGAATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAAGG
ACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAATGCCAACCAACGACAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCAAGCCTTAGAAAGGCTTATTACTCGCTT
Found at i:36564 original size:341 final size:332
Alignment explanation
Indices: 36217--36882 Score: 656
Period size: 341 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
36207 NNNNNNNNNN
* * * * *
36217 TAAGGCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTGTC-AATGAATATCTTTTTTTT
1 TAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-ACAAATGAATACCTTTTTCTT
** **********
36281 CATGTTTCT-GAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAA-CTAAAAANNNNNNNNNNTTCAA
65 CACATTTCTCG-AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAATC-AAAAATATAAAGAAATTCAA
** * *
36344 CCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATAAGAC-TTTGAAGGAATGGG
128 CCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAGAATGGG
* * * * ********** *
36408 TGAATATAACTCAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTATTTCNNNNNNNNNNTCGAGGTAGACATT
193 TGAATATAAATCAACTTTTCTTACCAAAGAATACCTATTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* *
36473 CAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATA
258 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATA
36538 AAANNNNNNNNNNGGAGTAA
323 AAA----------GGAGTAA
* * *
36558 TAAGGCTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTTTCTTC
1 TAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTTTCTTC
* * * * *
36623 ACATTTCTCGAGGTAGACTTTCAATTATAATCTATTTTAATCAACAATATAAAGAAATTGAACCT
66 ACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAACCT
**
36688 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTACTTTTCAAAGAATGGGTGA
131 AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAGAATGGGTGA
* ** * * * *
36753 CTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATATCTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAGGCATTTAA
196 ATATAAATCAACTTTTCTTACCAAAGAATACCTATTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * * *
36818 TTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAA
261 TTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
36883 CCTTTTAAAG
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 59, Indels: 7
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
340 1 0.00
341 142 0.54
342 119 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
TAAGGCTTTCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTACAAATGAATACCTTTTTCTTC
ACATTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAACCT
AAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAGAATGGGTGA
ATATAAATCAACTTTTCTTACCAAAGAATACCTATTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
TTATAATATATTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
GGAGTAA
Found at i:36650 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36339--36903 Score: 499
Period size: 171 Copynumber: 3.3 Consensus size: 170
36329 NNNNNNNNNN
* * ** * *
36339 TTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAAGTATTTAAAGTGAGTAATAAGAC-TTTGAAGGA
1 TTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAGA
* * * ** * * * * **********
36403 ATGGGTGAATATAACTCAACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTATTTCNNNNNNNNNNTCGAGGTAG
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATACCTTTTTCCTCACATTTCTCGAGGTAG
* * * *
36468 ACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAA
131 ACTTTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAA
* ********* * * *
36509 TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAANNNNNNNNNNG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 TTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAG
* *
36573 ATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTCGAGGT
65 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAA-GAATACCTTTTTCCTCACATTTCTCGAGGT
* *
36637 AGACTTTCAATTATAATCTATTTTAATCAACAATATAAAGAAA
129 AGACTTTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAA
* * * **
36680 TTGAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATACTACTTTTCAAAGA
1 TTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAGA
* * * *
36745 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATATCTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAG
66 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATACCTTTTTCCTCACATTTCTCGAGGTAG
* *
36810 GCATTT-AATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
131 AC-TTTCAATTATAATCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAA
* * * *
36851 TTCAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGTAAGTACTAAG
1 TTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
36904 GGTTTTGAAG
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 76, Indels: 15
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 45 0.14
171 258 0.83
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTCAACCTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTCAAAGA
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAAGAATACCTTTTTCCTCACATTTCTCGAGGTAG
ACTTTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAATATAAAAAAA
Found at i:38031 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 38010--38052 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
38000 GTAAAAAAAA
38010 TTAAATT-TAAAATCAATT
1 TTAAATTATAAAAT-AATT
38028 TTAATATTATAAAATAATT
1 TTAA-ATTATAAAATAATT
*
38047 TAAAAT
1 TTAAAT
38053 GAGTAATAAG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 4
0.81 0.04 0.15
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.27
19 10 0.45
20 6 0.27
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TTAAATTATAAAATAATT
Found at i:38751 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 38417--39414 Score: 627
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
38407 NNTTTTTGTC
* ** * * * * *
38417 AATGAATACCTTTTT-TTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAA
1 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
* * * * *
38481 ACCTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
66 ATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT-TTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
* * * *
38546 CTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAACTCGAC-TTTTCTTGCT
130 CTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTTCTTACA
* * ***********
38587 AATGAATGCCTTTTTCTTCATATTNNNNNNNNNNGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
1 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
* * ****
38652 ATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATNNNN
66 ATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTAA-ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
****** * * * *
38717 NNNNNNAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACA
130 CTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTTCTTACA
* *
38759 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAA
1 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
* * *
38824 ATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATG
66 ATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT-TTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA-G
* * *
38889 -CTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCA
129 ACTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTTCTT-ACA
* * * * *** * * *
38931 AA-GAATACCTTTTTCCTCACGTTTCTCAAGGTAGGTATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAA
1 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
* * * * * ** **
38995 ATATAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTCTGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGA
66 ATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATT-TTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
* ** *** * * * * * **
39060 GTTTCGAAGTTTTAAGTGACTATAAATGGA-TCTTTCATATG
130 CTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTTCTTACA
** ** * * * * * * **
39101 AATGCTTGGCTTGTGCTTCACGTTCCCGT--GGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTCTAACAAA
1 AATGAATACCTTTTTCTTCACATT-TCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTT-TAACAAA
* * * *
39163 AAA-CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTCTAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATA
64 AAATC-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTT-AAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
********** * * * *
39227 NNNNNNNNNNAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTTACC
127 AGACTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTTCTTACA
* ** * * *
39271 AATGAATGCCTTTTTCCTT-ATGTTTCTTGA-GGAAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAA
1 AATGAATACCTTTTT-CTTCACATTTCTTAAGGGAA-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAA
* * * *
39334 AAATTTAAAAAAAGTTGAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATA
64 AAATCTAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATT-TTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* *
39399 AGGCTTTTGAAGGAAT
127 AGACTTTTAAAGGAAT
39415 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 185, Indels: 42
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 132 0.21
171 290 0.47
172 189 0.30
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA
ATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTTTAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAC
TTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTTCTTACA
Found at i:39080 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 38417--39400 Score: 796
Period size: 343 Copynumber: 2.9 Consensus size: 343
38407 NNTTTTTGTC
** *
38417 AATGAATACCTTTTTTTAATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAA
1 AATGAATACCTTTTTTTAACATTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAA
* * *
38482 CCTAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATGATATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGAC
66 CATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAC
* * * * * * *
38547 TTTTAAAGGAATGGGTGAATATAACTCGACTTTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTN
131 TTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTCTTGCTAAAGAATACCTTTTTCCTCACATTT
********* * * *
38612 NNNNNNNNNGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
196 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATA
* ** ********** *
38677 AATTTTAAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGATTGAGTGACTATAA
261 AATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGTTTCGAAGGATTAAGTGACTATAA
38742 ATGGA-CTTTTTTTTACA
326 ATGGATCTTTTTTTTACA
* * * * *
38759 AATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAA
1 AATGAATACCTTTTT-TTAACATTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAA
*
38823 A-ATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
65 ACATA-AAAA-AAGTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
38887 TG-CTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAAAGAATACCTTTTTCCTCA
128 -GACTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTCTTGCT-AAAGAATACCTTTTTCCTCA
* ** * *
38950 CGTTTCTCAAGGTAGGTATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
191 CATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* ** **
39015 AAATAAATTCTGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGAGTTTCGAAGTTTTAAGTGAC
256 AAATAAATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGTTTCGAAGGATTAAGTGAC
** **
39080 TATAAATGGATC--TTTCATATG
321 TATAAATGGATCTTTTTTTTACA
** ** ** * * * ** * ** * *
39101 AATGCTTGGCTTGTGCTTCAC-GTTCCCGTGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTCTAACAAAAA
1 AATGAATACCTT-TTTTTAACATTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAA
* * * * * * ***
39165 ACATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTCTAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATANNN
65 ACATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGA
******* * * * * * * * * **
39230 NNNNNNNAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTTATGTT
130 CTTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTCTTGCTAAAGAATACCTTTTTCCTCACATT
** * * * * * * *
39295 TCTTGAGGAAGACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAATTTAAAAAAAGTTGAACCTAAAA
195 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TTCAACTTAAAA
* * * **
39360 TCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAG
259 TAAATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
39401 GCTTTTGAAG
Statistics
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AATGAATACCTTTTTTTAACATTTCTCAAGGGAAACATTCAATTATAATCTATTCTAACTAAAAA
CATAAAAAAAGTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGAC
TTTTAAAGGAATGAGTGAATATAAATCGACTTTTCTTGCTAAAGAATACCTTTTTCCTCACATTT
CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATA
AATTCTAAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGAGTTTCGAAGGATTAAGTGACTATAA
ATGGATCTTTTTTTTACA
Found at i:39458 original size:513 final size:504
Alignment explanation
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38612 NNNNNNNNNG
*
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1 ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGA
* * *
38687 TTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATNNNNNNNNNNAAGGATTGAGTGACTATAAATGGACTTTT
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* * *
38752 TTTTACAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTA
122 TCTTACAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTA
* * * *
38817 ATAAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
187 ACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGGGAGT
* * *
38882 AATAATGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATACCTTTTTCC
252 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAAAGAATACCTTTTTCC
* ** *
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317 TCACCTTTCAT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTTTAGACTAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * *
39010 ACTTAAAATAAATTCTGAGATTATAAAACTT-TTTAAAGCAAGTAATAAGAGTTTCGAAGTTTTA
380 ACTTAAAACAAATTATAAGATTATAAAA-TTATTTAAAGCAAGCAATAAGAGTTTCGAAGTTTTA
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444 AGTGACTATAAATGGATCTTTCATATGAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGTTCCCGTGGCAA
* *
39135 ACATTCAATTATAGCCT-TTTCTAACAAAAAA-CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAACCTGTTT-TAACAAAAAATC-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAA
* * * * *
39198 GATTCTAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNNAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-T
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* * ** *
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120 TTTCTTACAAATGAATACCTTTTT-CTTCACATTTCTTAAGGGAA-ACATTCAATTAAAATCTGT
* * *
39325 TTTAACCAAAAATTTAAAAAAAGTTGAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAG
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* ********** * **
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247 GGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAAAGAATACCTT
* * * * * *
39455 TTTCTTTACCTTTCATGAGTTATACATTCAATTATAATCTTTTTAGACTAAAAATGTAAAAAAAT
312 TTTCCTCACCTTTCATAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTAGACTAAAAATATAAAAAAAT
* * *
39520 TCAACTTAAAACCACTTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGCAATAAG
377 TCAACTTAAAACAAATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGCAATAAG
39572 CTTTTTGACG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGA
TTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTACAAA
TGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACAAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCT
TTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAAAGAATACCTTTTTCCTCACCTTTC
ATAAGGTAGACATTCAATTATAATCTTTTTAGACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACAA
ATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGCAAGCAATAAGAGTTTCGAAGTTTTAAGTGACTATAAA
TGGATCTTTCATATGAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGTTCCCGTGGCAA
Found at i:39633 original size:513 final size:504
Alignment explanation
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38612 NNNNNNNNNG
*
38622 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGA
1 ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGA
* * *
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* * *
38752 TTTTACAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACTTTCAATTATAATCTGTTTTA
122 TCTTACAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTA
* * * *
38817 ATAAAAAATATAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
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* * *
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252 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAAAGAATACCTTTTTCC
* ** *
38947 TCACGTTTCTCAAGGTAGGTATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
317 TCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * **
39012 TTAAAATAAATTCTGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGTAATAAGAGTTTCGAAGTTTTAAGT
382 TTAAAACAAATTATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGCAATAAGAGTTTCGAAGTGCTAAGT
* **
39077 GACTATAAATGGATCTTTCATATGAATGCTTGGCTTGTGCTTCACGTTCCCGTGGCAA
447 GACTATAAATGGATCTTTCATAGGAATGCTTGAATTGTGCTTCACGTTCCCGTGGCAA
* *
39135 ACATTCAATTATAGCCT-TTTCTAACAAAAAA-CATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 ACATTCAATTATAACCTGTTT-TAACAAAAAATC-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAA
* * * * *
39198 GATTCTAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATANNNNNNNNNNAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-T
64 GATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATA---------AAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTT
* * ** *
39262 TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCCTT-ATGTTTCTTGA-GGAAGACATTCAATTAAAATCTGT
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* * *
39325 TTTAACCAAAAATTTAAAAAAAGTTGAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAG
183 TTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAG
* ********** * **
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247 GGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAAAGAATACCTT
* * * * * *
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312 TTTCCTCACCTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA-ACTAAAAATATAAAAAA
* * * ** * *
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375 ATTCAACTTAAAACAAATTATAAGATTATAAAACTT-TTTAAAGCAAGCAATAAGAGTTTCGAAG
* * * * *
39582 -GCTAGAGTGCCTATAAATGGA-CTTTTCAT-GGAAATGGTTGAATTTTGCTTCATGTTCTC-TA
439 TGCTA-AGTGACTATAAATGGATC-TTTCATAGG-AATGCTTGAATTGTGCTTCACGTTCCCGT-
39643 AGGCAA
500 -GGCAA
* * * * * * * * * ********** *
39649 GCATTCAACTATATCCCT-TCTGAACTAAAAATGTGAAAAAATTCTACTTANNNNNNNNNNTGAG
1 ACATTCAATTATA-ACCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAG
* *** * *
39713 GTTATAAAACCATTTAAAATAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATGAATGGAC-T
65 ATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAAT-A--------AAGGAATGA-GTGACTATAAATAGACTT
* * ** * * * * *
39776 TTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAGCGCAGACATTCAATTATAATCTATT
120 TTTCTTACAAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAG-GGAAACATTCAATTAAAATCTGTT
* * *** * * * * * *
39840 CTAACTAAAAACGCAAAAAGATTTAACCTAAAATCAATTATAAAGTTATGAAACTATTTAAAGCG
184 TTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGGG
* * ** * *
39905 AGTAACAAGGCTTTTAATGGAAT-AG-GTAGCTATAAATGGACTTTTTTTTACCAATA-AATGCC
249 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTG-A-CTATAAATGGAC-TTTTCCTGCCAA-AGAATACC
* * ** *
39967 TTTTTCTTCACATTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
310 TTTTTCCTCACCTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTA
40015 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 148, Indels: 68
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 4 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (504 bp):
ACATTCAATTATAACCTGTTTTAACAAAAAATCTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGA
TTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTCTTACAAA
TGAATACCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGGAAACATTCAATTAAAATCTGTTTTAACAAAAAAT
ATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAAATTATAAAACCATTTAAAGGGAGTAATAAGGCT
TTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAAAGAATACCTTTTTCCTCACCTTTC
TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAACAA
ATTATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGCAAGCAATAAGAGTTTCGAAGTGCTAAGTGACTATAAA
TGGATCTTTCATAGGAATGCTTGAATTGTGCTTCACGTTCCCGTGGCAA
Found at i:41923 original size:513 final size:510
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40185 NNNNNNNNNN
* * * * * *
40195 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATTA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * *** *
40260 ATACTTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTGTGGGCCAAAAATGAA
66 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * * *
40325 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAGTTAAAGCGAGTAATATA-GTTTT
131 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA-AGGCTTT
* * * * * *
40389 TAAATGAATTGGTGATTATAAATAGATTTTTCTTGC-CAATGAATGCCTTTTTCTTCACT-TTTC
195 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCA-TGTTTC
** * * * * *
40452 TTGATGTAGACATTCAATTATAAGCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTGAACCTAAAATCA
259 TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* * * * * *
40517 ATT-TAGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
323 ATTAT-GAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATTGAGTGACTATAA
* * *
40581 ATGGACTTTTCGTACCAAT-AGTTGGCTTTTGGTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATA
386 ATGGACTTTTCGTGCCAATGA-TTGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGGTAAACATTCAATTATA
** * * * *
40645 GCCTTTTTTTAATAAAAAATATAAAACAAATT-TACTTAAAATAAATTTTGAGGA-TATAAAACT
449 G-CTTTTTTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGA-GATTATAAAACC
40708 A
510 A
* *
40709 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-AGACTTTTCTTGCCAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * * *
40773 AATACC-TTTTCCTCTACGTTT-TCCAATGCAAATATTCAATTATAATCT-TTTCTATA-AAAAA
65 AATGCCTTTTTCTTC-ATGTTTCT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT-TA-ACCAAAA
* * * * * *
40834 ATGGAAAAACATTCAACCTAAAATCACTTATGAAATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAAG
126 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
* * * ** * *
40899 CTTTTGAAGG-ATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CCCAATGAATATCTTTTTTTTCACGT
191 CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGT
* * * *
40962 TTCT-AGAGGTAGATATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAAATTCAACGT-AA
256 TTCTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
41025 ATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTGAGGCA-AGTACTAAGGGTTTCGAAGGTTAGAGTGACT
319 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATT-GAGTGACT
* * ** * * *
41089 ATAAATAGACTTTTAGTTTCAAT-ACTTAGCTTTTGCTTTACGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAT
382 ATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGA-TTGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGGTAAACATTCAAT
* *
41153 TATAGC--CTTTT-A--AAAAATGT-AAAAA---AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACC
445 TATAGCTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACC
41209 A
510 A
* *
41210 TTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
*
41275 ATG-CTTTTTCGTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
66 ATGCCTTTTTC-TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
41338 AAAAAAATGCAACGTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
*** * *
41403 TGAAGGAATAAATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGTCTTTTTCTTTATGTTTCT
195 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * *
41467 CAAAGTAGGCATTCAATTATAATCTATTTAGGCCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAA
260 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* *
41532 TTATGAGATAATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAAT
324 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGA-TTGAGTGACTATAAAT
* * * *
41597 GGACTTTTCGTGGCAATGATTGGCTTTTACTTCATGCTCTCCAAGGCAAACATTCAATTATAGCT
388 GGACTTTTCGTGCCAATGATTGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCT
* * * * * *
41662 TTTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAGTACTACTTAAAATAAATTTTGAGGTTATTAAACCA
452 TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
*
41722 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAATTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* *
41787 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTCTAACCAAAAATGT
66 ATGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ********************* *
41851 AAAAACATTCAACCTAAAATCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGTGATTAATAAGGCTTT
130 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
41916 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTT-TTTCTTAATGAGTGGCTTTTCCTTCATGTTTCT
195 TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * * * *
41980 CAAGATAAAAATTCAATTATAATCTGTTTAGGCTAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATTAA
260 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * * *
42045 TTAGGAGATAATAAAACCATTTAACGTGAGTAATAAGCCTTTGGAAGGCTTGAGTGACTATAAA-
324 TTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATTGAGTGACTATAAAT
* * * * * *
42109 GGTACTTCTT-GTGCTAATGGTTAGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAAGTAAACATTCAATTATAT
388 GG-ACTT-TTCGTGCCAATGATTGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAAACATTCAATTATAG
* ** * * * *
42173 CCTTTTTTAACTGAAAATGTAAAATAATTCTACTTAAAATCAATTTTGAGCTCATAAAACTA
450 CTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * *
42235 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* *
42300 ATACCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
66 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * * * *
42365 AAAAAATTCAACCTAAAGTCAATTATTAAATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTTATAAGGCATTT
131 AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* ** * * *
42430 AAAGGAAAAGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CTTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC
196 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * * *
42494 AAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTAGGCCAAAAATGCAAAAAAATTCAACTTGAAATCAAT
261 AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTA-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * * *
42559 TATGAGATAATAAAACTATTTAAAGCA-AGTAATAAGCCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT
325 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GATTGAGTGACTATAAAT
* * * *
42623 GGACTGTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGGAAAACATTCAATTATAGCC
388 GGACTTTTCGTGCCAATGATTGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGGTAAACATTCAATTATAGCT
* * * * * **
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* * * * * *
42748 TTTAAAGTGAGTAATCAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATATATGGACTTTTTTTACCAATGA
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGA
* ** * * * * *
42813 AGGCCTTTCCCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACATTCTATTATAAACTGTTCTAACCAAAAATGTA
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* *
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* * ** * ** *
42943 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTAC-CAACAAATGCCTTTTTCTTTACATTTCTT
196 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
* * ** * * *
43007 GAGGTAGATATTCAATTATAATCTGTATTAATAAAAAAT-TAAAACAATTGAACATAAAATCAAT
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* * ** *
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* * * ** * * *
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* ** * *
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451 T-TTTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGC-CAATG
* * * * * ** *
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65 AATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* * * * * * * * *
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128 GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * *
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* * * * * *
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257 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT-GTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAA
* * *
43578 TCAATTATTAGATTATAAAACCATTT-AA-AGCG-AATAA---TTAT--AA-A-T--G-CAC--T
320 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT-TCGAAGATTGAGTGACTAT
* * * ** *
43628 ---T---CTTCTTC-T--AAATGAATGG-GTTT-CTTCAT-TTTAGTAAGGAAAACATTCAATTA
384 AAATGGACTT-TTCGTGCCAATGATTGGCTTTTGCTTCATGTTT-CCAAGGTAAACATTCAATTA
* ** * * *
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447 TAGCT-TTTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTT-TGAGATTATAAAAC
43744 CA
509 CA
* * * * *
43746 TTTGAATTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAAT-ATCTTTCTCTTACCAATG
1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTT-TCTTGCCAATG
* * * * * *
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65 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* ********** * * ** *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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*** * * * *
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* * *
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* * ** * * **
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTTGCCAATG
* * * *
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* *
44898 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTGTAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
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* **
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* * *
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260 CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG-TTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCA
* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* ** * * *
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* * * ** *
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130 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT-AAGGCTT
*** * * * * * * *
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194 TTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT-GCCTTTTTCTTCATGTTT
* * * ** * * ** *
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258 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * ** *
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* * * * * * *
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383 TAAATGGACTTTTCGTGCCAATGATTGGC-TTTTGCTTCATGTTTCCA-AGGTAA-ACATTCAAT
** * * * * * *
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45791 CCA
508 CCA
* ********** * *
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGCCAATG
* * * *
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45910 AGATCAAAAA
Statistics
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*
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* * * *
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* * ** * * * ** * ** *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
41170 TGT--AAAAA---AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACCA
127 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
*
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
*
41275 ATG-CTTTTTCGTT-ATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGT
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* * * *
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130 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
***
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* *
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* * ******************
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* * * ** * * *
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** * * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * ** * *
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG
* * *
42470 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTACACATTCAATTATAATCTG-TTTAGGCCAAAAATG
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* * * *
42534 CAAAAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATAATAAAACTA
129 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * * ** * * * *
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1 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* * * * * ** * * *
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* * * * * **
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* *
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* ** ** * * **
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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45910 AGATCAAAAA
Statistics
Matches: 1692, Mismatches: 339, Indels: 76
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 129 0.08
170 323 0.19
171 1207 0.71
172 32 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
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CTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
Done.