Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400891.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4057.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7110
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.11, T:0.32
Warning! 1104 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:741 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--833 Score: 629
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
* * *
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTTCATTCTTGGTTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAAA
* ** ***
66 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTTGTTGATGAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * *
131 GTATTTATACTCACTTATGCCTTT-AAAAGCCTTATTACTTG
130 CCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAAGCCTTATTACCTG
* * ********** * *
172 CTTTAATTGTTTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTTTGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * * * *
237 GAAATTATAATTGAATGTCTACGTCAAGAAACGTGAACAAAAAGATATCCATTGGCAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
302 CTATTTATTGTCACCCAT-TCTTTCG-GAAGCCTTATTACTTG
130 CCATTTATAGTCACTCATGTCTTT-GAAAAGCCTTATTACCTG
* * * * *********
343 CTTTAAATAGTTTTATAACCGCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTNNNNNNNNNNTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
408 CATATTATAATTAAATATCTACCTTGAAAAACCTAAAGAAAAAG-TCATTTATTGGTAAGACAAG
65 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCT-ATTCATTGGCAAGAAAAG
* * **********
472 TCCATTTATAGTCACCTACA---CCTTCAANNNNNNNNNNA-CTCG
129 TCCATTTATAGTCA-CT-CATGTCTTTGAAAAGCCTTATTACCT-G
* * * *
514 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAACTTTAAGTTGAATTTGTTTTCATTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * *
579 TAGATTATAATTAAATATCTACCTTGACAAACATGAAGAAAAAGCTATTCGTTGGCAAGAAAAGT
65 CAGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGT
*
644 CCATTTATACTCACTCATGTCTTTGAAAAGCCTTATTACCTG
130 CCATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAAGCCTTATTACCTG
* * * * ** *
686 CTTTAACTGGTTTTATAATATCATAATTGATTTGAAGTTTAATTTTTTACATTTTTTATTAAAAG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * ***
751 AGATTATAATTAAATGTCTACCTTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATACATCATCAAGAAAAGTC
66 AGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
*
816 CATTTATAGTCACCCATG
131 CATTTATAGTCACTCATG
834 GTTTTATAAT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 155, Indels: 30
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 12 0.02
171 426 0.87
172 48 0.10
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
AGATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACTCATGTCTTTGAAAAGCCTTATTACCTG
Found at i:3113 original size:685 final size:672
Alignment explanation
Indices: 1901--3233 Score: 1468
Period size: 685 Copynumber: 2.0 Consensus size: 672
1891 ATTCTATTAA
* * * *
1901 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCGTAGAAAACGTGAAAAAAAGATATTCAT
1 ATTTTTAGTTAAAACAAATTACAATTGAATGTCTACCGTAGAAAACATGAAAAAAAGATATTCAT
* * * * * *
1966 TGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGT
66 TGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGT
* * *
2031 TTTATAATATCATAATTGTTGTGAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTGTTAAAACTAATAAGAA
131 TTCATAAGATCATAATTGTTGTGAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTATTAAAACTAATAAGAA
* * **
2096 TTTAATGTCTACCTTGGTAAACGAGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAC
196 TTGAATGTCTACCTAGGTAAACGAGAAGAAAAAGATATTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAC
* *
2161 TCACCTACGCTTTCGAAAGCCGTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTCATTTG
261 TCACCTACGCTTTCAAAAGCCGTATTACTGGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTCATTTG
*
2226 AAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
326 AAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
* * *****
2291 AAGGAAAAAGATATTCATTACCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAANNNNNNN
391 AAGGAAAAAGACATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAA--AGCCT
*** * * ** *
2356 NNNCTCGCTTGAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTG
454 TATCTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTC
* * *
2421 GTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGATACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAA
519 ATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGGAAA
* *
2486 GAAAAATCTATTTATAGCCACCCATGCCGTCAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTNNN
584 GAAAAATCTATTTATAACCACCCATGCCGTAAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTT---
2551 NNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTAC
646 -------AATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTAC
* ** *
2585 ATTTTTAGTTAAAACAAATTACAGTTGAATGTCTGTC-TAAGAAAACATGAAGCAAAAG-TCATT
1 ATTTTTAGTTAAAACAAATTACAATTGAATGTCTACCGT-AGAAAACATGAA-AAAAAGAT-ATT
* *
2648 CATTGGA-AGGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCA-ACTCTTCGAAAGCTTTATCACTCACTTTAA
63 CATT-GACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACT-TTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAA
* *
2711 ATGGTTTCATAAGCTCATAATTGATT-TGAAGTTG-ATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-TAA
126 ATGGTTTCATAAGATCATAATTG-TTGTGAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTATTAAAACT-A
* * ** ** * *
2773 ATTAGGATTGAATGTCTATGTCAGG-AAACTTGAAGAAACAGATATTCATTCATAAGAAAAGTCC
189 ATAAGAATTGAATGTCTACCT-AGGTAAACGAGAAGAAAAAGATATTCATTCACAAGAAAAGTCC
* * * * *
2837 ATTTATAGTTACCTATG-TCTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
253 ATTTATACTCACCTACGCT-TTCAAAAGCCGTATTACTGGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATA
* ** * * * *
2901 ATTGACTTTG-AGTTGATTTTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACC
317 ATTCA-TTTGAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC
** ** * * *
2965 TTCA-GAAACATGAA-GAAAAATCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTC
380 TT-AGGAAACAT-AAGGAAAAAGACATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** ********
3028 TTTGAAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACGTTAAGTTGAATTG
443 TTCAAAAGCCTTAT--CTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACGTTAAGTTGAATT-
* *
3093 TTT-TTCATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGAAGAAAAAG
505 TTTATACATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAG
* * * * * * * *
3157 CCATTCAATGGTACGAAAAGTCTATTTATAATCATCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTCCTCACTT
570 CCATTCAATGGAAAGAAAAATCTATTTATAACCACCCATGCCGTAAAAAGCCTTAGTACTCACTT
3222 TAAATGGTTTTA
635 TAAATGGTTTTA
3234 TAATCTCATA
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 95, Indels: 41
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
675 1 0.00
683 3 0.01
684 181 0.34
685 343 0.64
686 10 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (672 bp):
ATTTTTAGTTAAAACAAATTACAATTGAATGTCTACCGTAGAAAACATGAAAAAAAGATATTCAT
TGACAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCATACTTTCGAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGT
TTCATAAGATCATAATTGTTGTGAAGTTGAATTTTTTTTACATGTTTTATTAAAACTAATAAGAA
TTGAATGTCTACCTAGGTAAACGAGAAGAAAAAGATATTCATTCACAAGAAAAGTCCATTTATAC
TCACCTACGCTTTCAAAAGCCGTATTACTGGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTCATTTG
AAGTTAAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACAT
AAGGAAAAAGACATTCATTACCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTA
TCTCGCTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACGTTAAGTTGAATTTTTATACATTTTTCAT
TAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGGAAAGA
AAAATCTATTTATAACCACCCATGCCGTAAAAAGCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTAATTG
ATTTTAAGTTAAATTATTTTAC
Found at i:3262 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 918--3733 Score: 1797
Period size: 171 Copynumber: 16.5 Consensus size: 170
908 TTACCTTGGT
* * * * * **
918 AAACATGAAGAAAAGGACATTCTTTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * ********** *
983 GCCTTATTATTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAANNNNNNNNNNTTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCA
* * * * *
1048 TTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTTTGCCTTAGG
131 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
1089 AAATATGAACAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * * ********** *
1154 GCCTTATTTCTCGCTTGAAATGGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTANNNNNNNNNNTTTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCA
* * * * * *
1219 TTTTTGGTTAAAACAGATAATAATGGAATGTTTGCCT-AGGG
131 TTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCA-AG
* * * * *
1260 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGCCACCCATGCCATCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* * * * ********** * *
1325 GCCTTAGTAGTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTATTTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCA
* ** * *
1390 TTTTTAGTTAGAACAGATTGCAGTTGAATGTCTGCCT-AAGG
131 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAA-G
* * * * * *
1431 AAATATGAAGTAAAAGCCATTCATTAG-AAGGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCA-ACTCTTTG
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-GAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC-CTTCG
* * * * *
1493 AAAGCCTTATCAGTCACTTTAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTCTT
63 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTT
* * * *** *
1558 ACATTTTT-TTAAAAACAAATTATGATTGAATGTCTTTGTCAGG
128 TCATTTTTATT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* ** * * * * *
1601 AAGCATGAAGAAAAAGATATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCTATGCCTTCGAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
********** * *
1666 GCCTTATTANNNNNNNNNNATGGTTTTATAATCTCATAATTAACTTTG-AGTTCAATTTTTTCTT
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTT-TT
* **
1730 CATTTTTGATTAAAACAGATTGTAATTG-ATGTCTACCTTGAG
129 CATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * *
1772 AAATATGAAGAAAAAGCCATTTATTGGTCAA-AAAAGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
********** * * * * * **
1836 AGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATCGATTTGAGGTTGAATTCTATTAA
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTC
*
1901 ATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCGT--AG
130 A-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAG
* ** ** * * *
1942 AAAACGTGAA-AAAAAGATATTCATTGACAAGAAATGTCTATTTATAGTCACCCATGCTTTCGAA
1 -AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
* * *
2006 AGCCTTATTACTCGCTTTTAATGGTTTTATAATATCATAATTG-TTGTGAAGTTGAATTTTTTTT
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT-TGAAGTTGAATTTTTTTT
* * * * **
2070 ACATGTTTTGTTAAAACTA-ATAAGAATTTAATGTCTACCT-TGG
129 -CAT-TTTTATTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
** * * * * *
2113 TAAACGA-GAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTCACCTACGCTTTCGA
1 -AAAC-ATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* ** * * * * *
2177 AAGCCGTATTACTTGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTCATTTGAAGTTAAATGTTTTTA
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTT
* * *
2242 CATTTTTGTTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGG
129 CATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
** *** *
2285 AAACAT-AAGGAAAAAGATATTCATTACCAAGAGAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-AA
1 AAACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
********* * * * * * * *
2348 ANNNNNNNNNNCTCGCTTGAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTATA
65 A-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTT
* *
2413 CATTTTTGGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
129 CATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * *
2456 ATACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGAAAGAAAAATCTATTTATAGCCACCCATGCCGTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* ********** * * * *
2521 GCCTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTNNNNNNNNNNAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCA
* * * **
2586 TTTTTAGTTAAAACAAATTACAGTTGAATGTCTGTCT-AAG
131 TTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * *
2626 AAAACATGAAGCAAAAGTCATTCATTGG-AAGGAAAAG-CCTATTTATAGTCACCCA-ACTCTTC
1 -AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAA-GAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGC-CTTC
* * * *
2688 GAAAGCTTTATCACTCACTTTAAATGGTTTCATAAGCTCATAATTGATTTGAAGTTG-ATTTTTT
62 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT
* * ** ** *
2752 TTACATTTTTTATTAAAATAAATTAGGATTGAATGTCTATGTCAGG
127 TT-CA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * ** ** * * * *
2798 AAACTTGAAGAAACAGATATTCATTCATAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGTCTTCAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
** *
2863 GCCTTATTACTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTG-AGTTGATTTTTTTTTT
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGA-ATTTTTTTT
* * *
2927 CATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATGTCTACCTTC-AG
129 CATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCAAG
* * * *
2970 AAACATGAAGAAAAATCCATTCATTGGCT-AGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATGTCTTTGAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
********** * *
3034 AGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACGTT-AAGTTGAATTGTTTTT
65 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTGAAGTTGAATTTTTTTT
*
3098 CATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAG
129 CATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * * * * * **
3141 AAACTTGAAGAAAAAGCCATTCAATGGTACGAAAAGTCTATTTATAATCATCCATGCCTTAAAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
* *
3206 GCCTTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAATTGAATTTTTTTTTA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTTT-
* * * * ** **
3271 CATTTTTTGTTGAAACAGATTATAATTGAATTTTGTATGTTGAG
129 CA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCAAG
* * * * * * *
3315 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCATA-CAAAG-CCTATTCATAGTTACGCAAGCCTTTGA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA-AGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGA
* ********** *
3378 AAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCATAATTGATGTT-AAGTTGAATTGTTTT
64 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTGAAGTTGAATTTTTTT
* *
3442 TCATTTTTCATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTTCCTCAAG
128 TCATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* * ******
3486 AAACTTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTNNNNNN
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
************** * * * * *
3551 NNNNNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTCTAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
66 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCA
* ***
3616 TTTATTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACTTTGGG
131 TTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
* ** * * * * *
3657 AAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCT-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAA
1 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAA
3721 AGCCTTATTACTC
65 AGCCTTATTACTC
3734 GTTTTANNNN
Statistics
Matches: 2043, Mismatches: 529, Indels: 146
0.75 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.00
170 254 0.12
171 1345 0.66
172 293 0.14
173 44 0.02
174 99 0.05
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTTTTCA
TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAG
Found at i:4995 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 4812--5997 Score: 416
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 172
4802 NNNNNNNNNN
* *
4812 CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTCTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
1 CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
* *
4877 TAAAT-TTTTTTTCATTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATACAATG-TCGACCTTGAGAAACT-T
66 TAAATGTTTTTAT-ATTTTTT-ATTAAAACAGATTATAATACAATGCTCGACCTTGAGAAA-TGT
*
4939 GAAGAAAAAGCA-ATTCA-TTGCCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATC
128 GAAGAAAAAG-ATATTCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-C
********** ** * *
4985 C-ATACCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGT
1 CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
* ** * **
5049 TAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAGTGCTTTACCTTGAGAAATGTGAA
66 TAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATACAATGCTCGACCTTGAGAAATGTGAA
5114 GAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
131 GAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * ** * *********** * *
5156 CTATGCGTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTTATAATTGATTTTAAGC
1 CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG-
* * * * * ** * **
5221 TGAATTGTTTTTACATTTTTTATCAAAACAGATAATAATTGAATGC-CTG-CCTTGGGAAACATG
65 TTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATACAATGCTC-GACCTTGAGAAATGTG
* * * *
5284 AAGAAAAAGGTATTTATTAGCAAGAAAAG-CCAATTTATAATCAC
129 AAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC
* * * ********** *
5328 TTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGACTTTAGGT
1 CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
* * * * * * * ** * ** * **
5393 TGAAT-TTTTTATATTTTTGACTAATACATATTACAGTTGAATG-T-GTGCCAAGGGAAACATGA
66 TAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATACAATGCTCG-ACCTTGAGAAATGTGA
* * * * *
5455 AGAAAATGACATTCA-TTGGAACAAAAAG-CCTACTTATAGTCA-
130 AGAAAAAGATATTCATTTGCAA-GAAAAGTCC-ATTTATAGTCAC
* * ** * ** * *
5497 CTAAAGTCTTCAAAAGTGTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAATTGACTTGAAG
1 CTATA-CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAG
* * * * * * * * ** * *
5562 TTGAATCTTTATACATTTTTTGTTAAAAAAGATTGTTATTGAATG-TCTACCAT-AGGAAACT-T
65 TTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATACAATGCTCGACCTTGA-GAAA-TGT
* * * **********
5624 GAAGAAAAAGATATTTATTGGTAAGAAANNNNNNNNNNTAGTCAC
128 GAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * ** *
5669 CCATGCCTTCAAAAGCTTTGTTGA-TCA-CTTTTAATTGTTTTATAATC-CATAATTGA-TGTGA
1 CTATACCTTCAAAAGCCTTATT-ACT-AGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACT-TTA
* * * * * * * ** * * * *
5730 AGTTGAATTTTTTTTTACATCTTTTGTTAAAACAAATAATAATTGAATG-TCTACCTAGGGAAAC
63 AGTT-AA-ATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATACAATGCTCGACCTTGAGAAAT
* * * *
5794 ATAAAGAAACAGATATTCA-TTG-ATGAGAAAAGTCCATTTATACTCAC
126 GTGAAGAAAAAGATATTCATTTGCA--AGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * * * * * *
5841 CTATGCTTTCGAAAGGCTTATTACTCA-CTTTAAATGGA-TTTATAATTTCATAATT-AATTTGA
1 CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAAT-AATTTTATAATCTCATAATTGACTTT-A
* * * ** * * * **
5903 AGTTGAACGTTTTTACATTTTTTGCTAAAACAGATTAAAATTGC-ATG-TCTACCTTGAGAAACA
63 AGTTAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAA-TACAATGCTCGACCTTGAGAAATG
*
5966 TGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGT
127 TGAAGAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGT
5998 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 747, Mismatches: 228, Indels: 78
0.71 0.22 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 7 0.01
170 135 0.18
171 188 0.25
172 353 0.47
173 63 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
CTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGT
TAAATGTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGATTATAATACAATGCTCGACCTTGAGAAATGTGAA
GAAAAAGATATTCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
Done.