Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397617.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1573.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4426
ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.11, T:0.36
Warning! 368 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:521 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 109--648 Score: 652
Period size: 171 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
99 ATTCATTCAG
*** * * * *
109 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTGTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
174 TAATCTCATAACTCATTTTAAGTTAAATTTTTTCATATTTGTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
66 TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAA
* * * * * * *
239 TGTCTATCTCAAAAAATATGTAGAAAATGTCGTTCATTTGG
131 TGTCTACCTCAAGAAATATGAAGGAAA-GGCATTCA-TTGC
* * * *
280 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTA-ATCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
344 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAATTAAAAAAGAATATAATTGA
65 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGA
*
409 ATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGGAAAGGCATCCATTGAC
130 ATGTCTACCTCAAGAAATATGAAGGAAAGGCATTCATTG-C
*
450 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
515 TAATCTCA-ACATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTG
66 TAATCTCATA-ATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTG
* ** * *
579 AATGTTTACCTTGAGAAATATGAAGAGAAATGCATTTATTGGC
129 AATGTCTACCTCAAGAAATATGAAG-GAAAGGCATTCATT-GC
*
622 AAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
649 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 44, Indels: 13
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 87 0.27
171 189 0.59
172 37 0.12
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGAATATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAATATGAAGGAAAGGCATTCATTGC
Found at i:1239 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1018--1507 Score: 477
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 170
1008 NNNNNNNNNN
* * * * **
1018 TTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTCA-TTAAAACAGATTATTATTGAATGCCTGTCTTGCT
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTCACT-TTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAA
* ** * *
1081 AAACGTATAGAAAAAGTCATTCATTTTGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTATCATTCTTTTAAAA
64 AAACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTC-TTCAAAA
* * **********
1146 GTCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAANNNNNNNNNNGA
128 GTCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTAATAATCTCATTACTGA
* **
1189 TTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAA-A
* ** * * * * *
1253 AACGTGTATAAAATA-TTGTTCATTGGGATGAATAGTCCATTTATAGTTTCTCAATTCTTCAAAA
65 AACGTGTAGAAAA-AGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCTTCAAAA
* * *
1317 GCCTTATTACCCACTTTAAAAAGTTTAATAATCTCATTACTGA
128 GTCTTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTAATAATCTCATTACTGA
* *
1360 TTTTAAGTTGAATTTTATCACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAA
1 TTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAA
* * * * *
1425 ACATGTAGAAAATG-CTATTAATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAATCCTTCAAAAA
66 ACGTGTAGAAAAAGTC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTC-ATTCTTCAAAAG
1489 TCTTATTACTCGCTTTAAA
129 TCTTATTACTCGCTTTAAA
1508 TAATCATAGT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 57, Indels: 16
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 245 0.96
172 8 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (170 bp):
TTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAA
ACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCTTCAAAAGTC
TTATTACTCGCTTTAAAAAGTTTAATAATCTCATTACTGA
Found at i:1988 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 1775--2084 Score: 318
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1765 TAAAGAAAAA
** * *
1775 ATTCATTGGCAACAAAAGTCTGTTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATTGGCAACAAAAGTCAATTTATAGCCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
1840 AATAGTTTTACT-ATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
66 AATAGTTTTA-TAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAA-GTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAG
1904 ATTATAATTGNNNNNNNNNNTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
129 ATTATAATTG----------TTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
* * *
1947 ATTCATTGGCAA-AAAAGCTCAATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAACGTTATTACTCATTTT
1 ATTCATTGGCAACAAAAG-TCAATTTATAGCCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTT
* * * * * *
2011 AAATATTTTTATAATCTTATAGTTGATTTAAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGA
65 AAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGA
2076 TTATAATTG
130 TTATAATTG
2085 AAAGTTTACC
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 19, Indels: 5
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 37 0.32
172 80 0.68
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
ATTCATTGGCAACAAAAGTCAATTTATAGCCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTCAAGTTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGAT
TATAATTGTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGC
Found at i:2145 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1187--3006 Score: 966
Period size: 171 Copynumber: 10.7 Consensus size: 168
1177 NNNNNNNNNN
* * * *
1187 GATTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTTTTAG-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAA
* * * * ** * * ** *
1251 GAAACGTGTATAAAATATTGTTCATTGGGATGAATAGTCCATTTATAGTTTCTCAATT-CTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAGA-CATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATTCCTTCAA
* * * * * *
1315 AAGCCTTATTACCCACTTTAAAAAGTTTAATAATCTCATTACT
126 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
1358 GATTTTAAGTTGAATTTTATCACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTGTCTTGA
1 GATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCT-ACCTCA
* * * * * *
1422 A-AAACATGTAGAAAATG-CTATTAATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCAATCCTTCA
63 AGAAACATGAAGAAAA-GAC-ATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
** ** * * *
1485 AAAATCTTATTACTCGCTTTAAATA--ATCATAGTCTCATAATT
125 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * ** ***
1527 GATTTTAAGTT-ATATTTTTTTTATATTTTTGGC-TAAAAAATG-CTATAATTGAGTGTCCGTCT
1 GATTTTAAGTTGA-A--TTTTTTACATTTTT-GCTTAAAACA-GACTATAATTGAAAGTCTACCT
* * * ** * * * * * ** **
1589 TAGGGAATGTGAAACAAAAG-CTATCCATTAGCATGAAAAGTTCATTTATAGTCACTTAAGCCTT
61 CAAGAAACATG-AAGAAAAGAC-ATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
1653 CGAAAA-CCCTATTA--C--TTTAAA-CGATTTTGTAAACTAATAATT
123 C-AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATT
********** * * *
1695 GATTTTAAGTTGAATGTTTNNNNNNNNNNGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
1 GATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAG
* * * ** *
1760 AAATATAAAGAAAA-A-ATTCATTGGCAACAAAAGTCTGTTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAG
65 AAACATGAAGAAAAGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
1823 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACT-ATCTCAAAATT
129 CCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTA-TAATCTCATAATT
* * * * * * ********** **
1863 GATTTTATGTTCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGNNNNNNNNNNTTGA
1 GATTTTAAGTTGAA--TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAA
* * *
1928 GAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAA-AAAAGCTCAATTTATAGCCACCCATTCCTTCAA
64 GAAACATGAAGAAAAGA-CATTCATTGG-AAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * *
1992 AAACGTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTTATAGTT
126 AAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
2035 GATTTAAAGTTGAAGTTTTTTATATTTTTGCTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAG
** *
2100 AAACATGAAGAGAAAGACATTCATTGGTTTGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAA
65 AAACATGAAGA-AAAGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
********** * **
2165 GCCTTATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTATTATCTTGTAATT
128 GCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
2206 -AGTTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTT-CATTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-T
1 GA-TTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCA
* * * * ** *
2268 GGAAAACAT-ATAGAAAAAGTCACTCATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCATTC
63 AG-AAACATGA-AG-AAAAGACATTCATT-GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * *
2332 AAAAGCCTTTTTACTCATATTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
124 AAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
2377 GATTTTAAGTTGAATTGTTTT-CATTTTAGGTTAAAACAGACTATTATTGAATGTCTACCTCAAG
1 GATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAG
* ** * * *
2441 AAACATAAAGAAAAAGGTAGTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCCTTCAAAA
65 AAACATGAAG-AAAAGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* **********
2506 GCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATT
128 GCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * *
2547 GATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTAG-TTAAAACGGATTATAATTGAAAGTCTACCTTAA
1 GATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAA
* * * *
2611 GAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTTCTTCAAA
64 GAAACATGAAGA-AAAGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
**********
2676 AGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATT
127 AGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * *
2718 GGTTTTAATTTGAATTTATTTATATTTTT-CATTAAAACGGGCTATAATTGAATA-TTTACCTCA
1 GATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGC-TTAAAACAGACTATAATTGAA-AGTCTACCTCA
* * * ** * *
2781 A-AAACTATGTAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCTTTTA
63 AGAAAC-ATGAAGAA-AAGACATTCATTG-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
2845 AAAACTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
125 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * *
2889 GATTTTAAGTTGTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTTAAAA-AGGCTATAATTGAATGTCTGCCTT
1 GATTTTAAGTTG-AA--TTTTTTACATTTTT-GCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTC
* * * * * * **
2953 AAGGAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCATGAAATGTCTGTTTATAGTCAC
62 AAGAAACATGAAG-AAAAGACATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
3007 TATTCATTTG
Statistics
Matches: 1258, Mismatches: 318, Indels: 144
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 5 0.00
164 37 0.03
166 16 0.01
167 30 0.02
168 55 0.04
169 72 0.06
170 218 0.17
171 639 0.51
172 108 0.09
173 64 0.05
174 14 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (168 bp):
GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGCTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGA
AACATGAAGAAAAGACATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
TTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATT
Found at i:2503 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 1726--2984 Score: 1172
Period size: 512 Copynumber: 2.5 Consensus size: 509
1716 NNNNNNNNGG
* * * *
1726 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-TATAAAGAAAAA---ATTCATTG-GCA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTC-AAAAACTATATAGAAAAAGCCACTCATTGAG-A
* ** * * * * * *
1786 ACAAAAGTCTGTTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TTAAATAGTTTTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCATTCAAAAACTTTATTACTCA-TATTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
1850 CT-ATCTCAAAATTGATTTTATGTT-CAATTTTTTTTACATTTTTGG-TTAAAATATATTATAAT
128 -TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTGTTTTACATTTTAGGTTTAAAA-AGACTATAAT
********** ** * * * * *
1912 TGNNNNNNNNNNTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAAAAAGCTCAATTTATAGC
191 TGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAGTCATTGGCAAAAAAGCTCAATTTACAAC
* * * *
1977 CACCCATTCCTTCAAAAACGTTATTACTCATTTTAAATATTTTTATAATCTTATAGTTGATTTAA
256 CACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTAA
* *
2042 AGTTGAAGTTTTTT-ATATTTTT-GCTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTTTACCTCAAGAAACA
321 AGTTGAA-TTTTTTCACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACA
****
2105 TGAAGAGAAAGACATTCATTGGTTTGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
384 TGAAGAGAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTT
**** * **
2170 ATTNNNNNNNNNNAATAGTTTTATTATCTTGTAATTAGTTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTT
449 ATT------ACTCAATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTT
2235 CA
508 CA
* * * * ** *
2237 TTCAAATAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTGGAAAAC-ATATAGAAAAAGTCACTCATT-AGGA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACC-TCAAAAACTATATAGAAAAAGCCACTCATTGA-GA
* *
2300 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCATTCAAAAGCCTTT-TTACTCATATTAAATGGTTTTA
64 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCATTCAAAA-ACTTTATTACTCATATTAAATGGTTTTA
*
2364 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTGTTTT-CATTTTAGG-TTAAAACAGACTATTATT
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTGTTTTACATTTTAGGTTTAAAA-AGACTATAATT
* * * *
2425 GAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGTAGTCATTGGTAAGAAAAG-TCCATTTACAAT
192 GAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAGTCATTGGCAA-AAAAGCTCAATTTACAAC
* ********** *
2489 CACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTNNNNNNNNNNTATAATCTCATAATTGATTTTA
256 CACCCATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTAA
* *
2554 AGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACGGATTATAATTGAAAGTCTACCTTAAGAAACATG
321 AGTTGAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATG
* * * *
2619 AAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCCCATTTCTTCAAAAGCCTTAT
386 AAGAGAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
**** * *
2684 TACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAATTTGAATTTATTTATATTTTTCA
451 TACTC------AATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTCA
* * * * * *
2749 TTAAAACGGGCTATAATTGAATATTTACCTCAAAAACTATGTAGAAGAAGCCATTCATTGAGAAG
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAAAACTATATAGAAAAAGCCACTCATTGAGAAG
* * *
2814 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCTTTTAAAAACTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCATTCAAAAACTTTATTACTCATATTAAATGGTTTTATAA
* * *
2879 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTTAAAAAGGCTATAATTGAAT
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTGTTTTACATTTTAGGTTTAAAAAGACTATAATTGAAT
* * * * *
2944 GTCTGCCTTAAGGAACATAAAGCAAAAGCCA-TCCATTGGCA
196 GTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAGT-CATTGGCA
2985 TGAAATGTCT
Statistics
Matches: 603, Mismatches: 117, Indels: 52
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 55 0.09
512 384 0.64
513 17 0.03
514 84 0.14
515 57 0.09
516 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (509 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATATCTACCTCAAAAACTATATAGAAAAAGCCACTCATTGAGAAG
AAAAGTCCATTTATAGTCTCTAATTCATTCAAAAACTTTATTACTCATATTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGTAATTTGTTTTACATTTTAGGTTTAAAAAGACTATAATTGAAT
GTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCAGTCATTGGCAAAAAAGCTCAATTTACAACCACCC
ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAATTGATTTAAAGTTG
AATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAAGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAG
AAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
AATAGTTTTATAATCTCATAATTAGTTTTAAGTTGAATTTATTTATATTTTTCA
Found at i:3463 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3080--4426 Score: 742
Period size: 171 Copynumber: 7.9 Consensus size: 169
3070 NNNNNNNNNN
* * *
3080 ACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAATT-ATTCAT
1 ACCTTGAGAAACATG-A-AAAAAAGCCACTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTAT-ATTCACTCAT
* * *
3143 TCCTT-AAAAAGC-TATATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTGATTTTAAGTTG
62 TCCTTCAAAAA-CTTA-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-
** * * * * * *
3206 AATTTGTTTTACAATTTTGT-TTAAAACATATTATAATCGGATGCCT
123 AAAATGTTTTACATTTTTGTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
* * *
3252 ACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGGCATTAATTAGGAAGAAAAG-CCAATTTATATTCACTCATTC
1 ACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGCCACTCATTA-GAAGAAAAGTCC-ATTTATATTCACTCATTC
* * * *
3316 CTTCAAAAACTTAATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCCCATAATTAATTTTAAGTAAAATG
64 CTTCAAAAACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATG
* *
3381 TTTCTAC-TTTTTGTGTTAAAATAGACTATAATTGAATACCT
129 TTT-TACATTTTTGTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
* * * *
3422 ACCTTGATAAACATGTAAAAGAAGCCACTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTC
1 ACCTTGAGAAACATG-AAAAAAAGCCACTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTC
* ** * * *
3487 TTTCACAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
64 CTTCA-AAAACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAAAA
* * *
3551 TTTTTTACATTTTTG-GTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCT
127 TGTTTTACATTTTTGTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
* * * * * *
3593 ACCTT-AGGGACCATGAAGCAAAAGTCA-TCCGTT-GACATGAAAAGTCCATTTATAATT-ACCC
1 ACCTTGA-GAAACATGAA-AAAAAGCCACT-CATTAGA-A-GAAAAGTCCATTTAT-ATTCACTC
* ** ** ** * *
3654 ATTGCTTCGAAAGCCTT-ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGCAAACTAATAATTGATTTTAAGTT
60 ATTCCTTC-AAAAACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T
* * * * *
3718 GAATTATTTTACATTTTTAGT-TT-AAACAGACTATAATTGAATGTCT
123 AAAATGTTTTACATTTTT-GTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
* ** * * * * * *
3764 ACCTTGTGAAACATGAAAAAAAAAGATATTTATTGGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATT
1 ACCTTGAGAAACATG--AAAAAAAGCCACTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCATT
* * * * * *
3829 CCTTCAAAAGCTGT-ATTATTAACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
63 CCTTCAAAAACT-TAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-T-AA
** * ** * * * * * * *
3893 TTTTTTTTGTAATTTTGT-TTGAAACATATTATAA-TCAGATGTCT
125 AATGTTTTACATTTTTGTGTTAAAAAAGACTATAATTGA-ATGCCT
* * * * *
3937 ACCTTGAG-AA-ATGGAAACAAAAG-GAATACATTTGGAAGAAAAGTCTATTTATATTCGCTCAT
1 ACCTTGAGAAACAT-GAAA-AAAAGCCACT-CA-TTAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAT
* * * * * * * * *
3999 TCTTTCAAAAGCCTAATTACTCCCTGTAAATAGTCTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTAAAT
62 TCCTTCAAAAACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAA
* * * * * *
4064 TTTTTTTC-TTTTT-TCATTAAAACAGACTATAATTAAATACCT
127 TGTTTTACATTTTTGT-GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
* * * * * * * * ** * *
4106 -GCTATAACAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATT-GCAAAAAAAATTTATTTAT-TGTCTCCCAT
1 ACCT-TGAGAAACATG-AAAAAAAGCCACTCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAT-TCACTCAT
** * * * * * *
4168 TCCTTCTAAAGCCTT-GTTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATTTTATAACTGATTTTAAGTTAA
62 TCCTTC-AAAAACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TAA
* * * * * *
4232 ATTGTTTTATATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCT
125 AATGTTTTACATTTTTGTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
* ** * ** * * * *
4276 ATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATT
1 ACCTTGAGAAACATGAA-AAAAAGCCACTCATT-AGAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTC-ATT
* * * * **
4340 CCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTTAATGGATTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
63 CCTTCAAAA-ACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAA
4404 TGTTTTTACATTTTTG-GTTAAAA
127 TG-TTTTACATTTTTGTGTTAAAA
Statistics
Matches: 931, Mismatches: 183, Indels: 123
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 8 0.01
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172 134 0.14
173 41 0.04
174 1 0.00
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Consensus pattern (169 bp):
ACCTTGAGAAACATGAAAAAAAGCCACTCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCATTCCT
TCAAAAACTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAAAATGTT
TTACATTTTTGTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCT
Found at i:3751 original size:342 final size:337
Alignment explanation
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* * *
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* * * * * *
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129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG-GAAACATGAAGAAAAAGGAATCAATT-GGAAG
* *
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192 AAAAGTCC-ATTTATATT-ACCCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTC-CTTTAAATAGTTTTAT
* * * *
3353 AATCCCATAATTAATTTTAAGTAAAATGTTTCTAC-TTTTT-GTGTTAAAATAGACTATAATTGA
253 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGT-TT-AAACAGACTATAATTGA
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* * * *
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** * * *
3502 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG
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* ** * * * ** **
3567 TTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTAGGGACCATGAAGCAAAAGTCATCCGTT-GACAT
129 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GGAAACATGAAGAAAAAGGAATCAATTGGA-A-
* * * * **
3631 GAAAAGTCCATTTATAATTACCCATTGCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGCA
191 GAAAAGTCCATTTAT-ATTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCCTTTAAATAGTTTTATA
* * * *
3696 AACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TATTTTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAAT
254 ATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGT-TTTTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAAT
** *
3760 GTCTACCTTG-TGAAACATGAAA
318 ACCTACCTTGAT-AAACATG--T
** * * * * *
3782 AAAAAAGATATTTATT-GGCAAGAAATGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTGTATT
1 AAAAAAGCCATTCATTCAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTATATT
* * ** *
3846 ATTAACTTTAAAAGGTTTTGTAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTGTAATTTTGT
65 ACTAACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACAATTTTGG
* * * *
3911 TTGAAACATATTATAA-TCAGATGTCTACCTT-GAGAA-ATGGAA-ACAAAAGGAATACATTTGG
129 TTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTCTACCTTGGA-AACAT-GAAGA-AAAAGGAAT-CAATTGG
* * * * *
3972 AAGAAAAGTCTATTTATATT-CGCTCATTCTTTCAAAAGCCTAATTACTCCCTGTAAATAGTCTT
189 AAGAAAAGTCCATTTATATTAC-C-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT-CCTTTAAATAGTTTT
* * * * *
4036 ATAATCTCATAATTAATTTTAAG-TAAATTTTTTTTCTTTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTA
251 ATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT-AGTTTAAACAGACTATAATTG
* * * *
4099 AATACCT-GCTATAACAAACGTGT
315 AATACCTACCT-TGATAAACATGT
* ** * * *
4122 AGAAAAAGCCATTCATTGCA-AA-AAAAATTTATTTATTGTCTCCCATTCCTTCTAAAGCCT-TG
1 A-AAAAAGCCATTCATT-CAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAG-CTATA
** * * * * * * * * *
4184 TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATTTTATAACTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTATATTTTTA
63 TTACTAACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTG
* * ** * *
4249 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTC-ATTGACA
128 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGGAAACATGAAGAAAAAGGAA-TCAATTG-GA
* * * * * *
4313 AGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTTAATGGATTTAT
190 AGAAAAGTCCATTTATA-TTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATAGTTTTAT
* * *
4378 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
253 AATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTT
4419 GGTTAAAA
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 155, Indels: 97
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
339 38 0.05
340 161 0.21
341 91 0.12
342 258 0.33
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344 45 0.06
345 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
AAAAAAGCCATTCATTCAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCTATATTA
CTAACTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAATTTTGGTT
AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGGAAACATGAAGAAAAAGGAATCAATTGGAAGAAAA
GTCCATTTATATTACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
AATTAATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAATACCTACCT
TGATAAACATGT
Done.