Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400907.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4070.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4406
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Warning! 313 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:603 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 460--632 Score: 294
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 85
450 ACTTAAAATC
*
460 AATTATGAGTTTAGAAAACCATGTAAAGTGAGTAGGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGTTTAGAAAACCATGTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
* *
525 TTGGAGTTTTCTTG-CTAATG
66 TTAGAGTTTCCTTGTC-AATG
*
545 AATTATGAGTTTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
1 AATTATGAGTTTAGAAAACCATGTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
610 TTAGAGTTTCCTTGTCAATG
66 TTAGAGTTTCCTTGTCAATG
630 AAT
1 AAT
633 GGCTTTTTCT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
85 82 0.99
86 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.08, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (85 bp):
AATTATGAGTTTAGAAAACCATGTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
TTAGAGTTTCCTTGTCAATG
Found at i:905 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 548--1425 Score: 517
Period size: 170 Copynumber: 5.2 Consensus size: 170
538 GCTAATGAAT
* * * *
548 TATGAGTTTAGAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAATTA
1 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATA
** * **
613 GAGTTTCCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTT
66 GAGTTTCCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACCT
* * *
678 GTTTTAAGCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAC
131 ATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
* * ** *
718 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGCTTGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATA
* * **
783 GCA-TTTTCTTACCAATGAATGGGTTTTTCTTCACATTTCTTGAA-GCAAACACTT-AATTA-AA
66 G-AGTTTCCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTC-CCAAGGCAAACA-TTCAATTATAA
844 CCTATTTTAACCAAAAATGTAAGAA-AATTCAACTTAAAATCAA
128 CCTATTTTAACCAAAAATGTAA-AACAATTCAACTTAAAATCAA
******** * ** * *
887 T-TNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCCGAAGGCATGGGTGACTGTAAA
1 TAT--GAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* ** ** * * * ** * **
951 -AGGACTTTTATTGTCGATGACTGGTTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAGGCATTCAATTATAA
64 TA-GAGTTTCCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAA
* * **********
1015 TCTATTTTAACTAANNNNNNNNNNCAATTCAACTTAAAATCAA
128 CCTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
* * * * * *
1058 TTATGAGGTTATAAGACCATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTAACTATAATT
1 -TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* * * * ** * * **
1123 GGACTTTTCTTA-CAAT--ATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGCAAAACGTTCAATTATAGT
65 AGAGTTTCCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGC-AAACATTCAATTATAAC
* * * ** * * *
1185 TTGTTTGAACTGAAAATTTAAAA-AAATCAAATTTAAAATCAA
129 CTATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC-AACTTAAAATCAA
* * * * * * *** * * *
1227 TTATTG-GATTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTCGAAGTCTTGAGAGACAATAAA
1 -TA-TGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAA
* * * * ** * * *
1291 TTGACTTT--TTATGCCAATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATA
64 TAGAGTTTCCTTA--CCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATA
** * *
1354 ATATATTTTAACCAAAAATATCAAAA-AATTAAACTTAAAATCAA
127 ACCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAACAATTCAACTTAAAATCAA
* *
1398 TTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCG
1 -TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCG
1426 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 139, Indels: 49
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.01
168 30 0.06
169 130 0.24
170 198 0.36
171 151 0.28
172 31 0.06
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAGAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATA
GAGTTTCCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAACCT
ATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAA
Found at i:2115 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1803--4406 Score: 1059
Period size: 171 Copynumber: 15.0 Consensus size: 172
1793 NNNNNNNNNC
* ** * * *
1803 GAAGGTATGAGTGACTATAAATATACTTTTATTGTCATTGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * ** *
1867 AAGGCAGA-TAGTCAATTATAATTTGGTTTAACCGAAAATGTACAAAAATTTGAC-CTAAATTCA
65 AAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATT-A
* ** * * *
1930 ATTATGAGATTATAAAAGGA-TATAGAA-TGAGTAATTAGGCTTTT
129 ATTATAAGATTATAAAAACACT-TA-AAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* *
1974 -AATGGCTTGAGTGACTATATATGGA-TTATTCTTGACAATGAATAG-TTTTTTCTTCACT-TTT
1 GAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGACAATGAAT-GCTTTTTTCTTCA-TGTTT
* *
2035 CTTAAGACAGACTA-TCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAAT
62 CTTAAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAAT
*
2099 TAATTATAAAATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
127 TAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * *
2145 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT-TTC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT-
* * * * * * * *
2209 AAGGTAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAA--GTAAAACTGTAAGAGAATTCAACTTAAAATC
65 AAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCG-AAAA-TGTAAAAAAATTCAACTCAAAATT
* *
2271 AATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
128 AATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * * * * *
2316 GAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-ACCAATAAATGCTCTTTT-TTCATATTT-TT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * ** * *** * *
2378 CAAAGCAGAC-ATTCAATTATAATCTATTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAATCAATT-A
65 -AAGGCAGACTAGTCAATTATAAT-T-TGTTTT-AAC-CG----AAAATGTA-A-AA-AAATTCA
* **** ** * * * * * * *
2441 TAATCTTTTTTAACCA-AAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAA---ATCAATTATGAGATTGT
118 -ACTCAAAATTAATTATAAGAT-TATAAAAA--C-ACTTAAAGCGAGCAA-TAAG-GCTTTT
** * * * *** ** *
2499 -AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAGCAC-TTGGGTGATTATAAATGGGCGTTTCT
1 GAAGGC-A--T-GAGTGACT-ATAAA----T-G-G-ACTTTTCTTGACAATGAAT--GC-TTT-T
* * * *
2562 TGCCAATGT-ATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAAGCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAA
50 T-TC--T-TCATG----TTTCTT-A------A-G--GCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAA
* * * * * * * * * * *
2625 CCAAAAATGAAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGGGC
97 CCGAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTCAAAATTAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGC
*** * *
2690 GGGAACGCTTTC
161 AATAAGGCTTTT
* * * * * * *
2702 GAAGGAATCAGTGACTATAATTGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTCATGCTTT-TT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TTTCTT
* * * * * ** * * * * * *
2766 GAGGCAAAC-ATTCAATTATACTCTG-TTTAACAAAAAATCTAAACAAATTTAGCTTAAAATCAA
65 AAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAA
* * * * *
2829 TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTT
130 TTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * * * * **
2872 GAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-TCTAATGAACGAGTTTTTCTTCACAT-TTTC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAATGCTTTTTTCTT--CATGTTTC
* * * * * * * * *
2935 -CAAGGCATAC-ATTTAATTACAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAAT
63 TTAAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTCAAAAT
* * * * * * * ** *
2998 CAATTATAAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGGAAGGCTTTC
127 TAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * * * ** * ** * * * *
3044 AAAGGCTTGGGTGACTCTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTGTTTACGTTTCTTG
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTA
* * * * * * * *
3109 AGGCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
66 AGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAAT
* * * * * * * *
3172 TCTGAGATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAACAAGGATTTT
131 TATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * * * *
3214 AAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-ATTAATGAATGGC-TTTTTCTTCATATTTC-
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCT
* * *** *
3276 TAGAGGCAGAC-AATCAGTTATAATTTGTTTTAATTAAAAATCTAAAAAAATTCAAC-CTAAAAT
64 TA-AGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAAT
* * * *
3339 CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
127 TAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * *
3385 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTC-T
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTT
* * * * ** * * * * *
3448 AAGGTAGAC-ATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTCAAGTTAAAATGAA
65 AAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAA
* * * * *
3512 TTATGAGATTAT-AAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTT
130 TTATAAGATTATAAAAAC-ACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * *
3555 GAAGGCTTGAGTGACTATAAAT--ACGGTTTTCTTG-CTAATAAATTG-GTTTTTCTTCATGTTT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGAC-AATGAA-TGCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * *
3616 TTTGAGGTAAAC-ATTCAATTATAATCTAT-TTTTAA--AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAA
62 CTTAAGGCAGACTAGTCAATTATAAT-T-TGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAA
* * * * * ** * * **
3677 ATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAGCGTGAGTAATAAGGCTTCC
125 ATTAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* ** * * * *
3725 GAAGGTAT-AGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCATTTAATGGC-TTTTTCTTC-TCATTTC
1 GAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAAT-GCTTTTTTCTTCAT-GTTTC
** ** * * * *
3787 ACAAGATAGA-TAGTCAATTATAATTTTTTTTACCCAAAAATGTAAAAATATTCAAC-CTAAAAT
63 TTAAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTC-AAAAT
* * * * *
3850 TAATTATGAGATTACAAAACCA-TATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
127 TAATTATAAGATTATAAAAACACT-TAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * * *
3896 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTATTCTTGACAATGAATG-TCTTTTTCTTAATGTCTCT
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGACAATGAATGCT-TTTTTCTTCATGTTTCT
* * * * ** * *
3959 TGAGGCAGAC-AATCAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAAATTGAAC-CTAAAAT
64 TAAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGT-AAAAAAATTCAACTC-AAAAT
* * * *
4022 CAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
127 TAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* * *
4068 GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-ACCAATGAATGCTTTTGTCTTAATGTTT-TC
1 GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGA-CAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT-
* * ** * * * * * * * * *
4131 CAAGG-AAAAAATTTAATTAAAATCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAGAATTTAGCTGAAAATCA
64 TAAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTA
* * * *
4194 ATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGGAATAATGCTTTT
129 ATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
* *
4238 GAAGGCGTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CTAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTT-T
1 GAAGGC-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGAC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCT
* ** * * * * *
4300 CCAAGATAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-ATAAATGTAAGAGAATTCAACTTAAAAT
64 -TAAGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGA-AAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAAT
* * * * * * * *
4363 CAATTATGAGATCATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
127 TAATTATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 1906, Mismatches: 388, Indels: 278
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 18 0.01
170 680 0.36
171 691 0.36
172 314 0.16
173 6 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
178 3 0.00
179 2 0.00
180 6 0.00
181 19 0.01
182 7 0.00
183 9 0.00
184 6 0.00
185 2 0.00
186 8 0.00
187 5 0.00
189 2 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
192 1 0.00
193 20 0.01
194 4 0.00
195 3 0.00
196 2 0.00
197 2 0.00
199 4 0.00
200 5 0.00
201 4 0.00
202 6 0.00
203 5 0.00
204 4 0.00
205 21 0.01
206 8 0.00
207 3 0.00
212 2 0.00
213 5 0.00
215 18 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTA
AGGCAGACTAGTCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAAT
TATAAGATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTT
Found at i:2888 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2404--4406 Score: 1833
Period size: 170 Copynumber: 11.7 Consensus size: 169
2394 TTATAATCTA
* * * * * *
2404 TTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATCTAAAAA
1 TTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
* * * * *
2469 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCG-AG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
2533 CACTTGGGTGATTATAAATGGGCGTTTCTTGCCAATGTATGA
129 -GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * *
2575 CTTTTTCTTCATGTTTCATGAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAA
1 TTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAA
* * * * **** * *
2640 ACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGGGCGGGAACGCTTTCGAA
64 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** ** * *
2705 GGAATCAGTGACTATAATTGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGG
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * *
2747 TTTTTTTTTCATGCTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATACTCTG-TTTAACAAAAAATCTAAACA
1 TTTTTTCTTCATG-TTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-A
* * * * *
2811 AATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * *
2876 GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCTAATGAACGAG
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-G
** ** * * * * *
2918 -TTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCATACATTTAATTACAATATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAA
1 TTTTTTCTTCATGTTTT-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
* * * * ** **
2982 ACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGGAAGGCTTTCAAA
64 A-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* **
3047 GGCTTGGGTGACTCTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGG
128 GGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * *
3089 GTTTTTGTTTACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAA
1 TTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
3154 ATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAACAAGGATTTTAAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ***
3219 CATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTATTAATGAATGG
130 CTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * ** *
3259 CTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAGACAATCAGTTATAATTTGTTTTAATTAAAAATCTAAAAA
1 TTTTTTCTTCATGTTT-TTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAA
* *
3324 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * *
3389 GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC
129 GCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * * *
3430 CTTTTTCTTTATGTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAA
1 TTTTTTCTTCATGTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAA
* * * * *
3495 ATTCAAGTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
65 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
3560 CTTGAGTGACTATAAAT--ACGGTTTTCTTGCTAATAAATTGG
130 CTTGGGTGACTATAAATGGAC--TTTTCTTGCCAATGAA-TGG
* *
3601 -TTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTTAA--AAAAATGTAAGA
1 TTTTTTCTTCATG-TTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAA-A
* ** * **
3663 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAGCGTGAGTAATAAGGCTTCCGAA
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * *
3728 GG-TATAGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCATTTAATGG
128 GGCT-TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * *** * * * * * *
3770 CTTTTTCTTC-TCATTTCACAAG-ATAGATAGTCAATTATAATTTTTTTTACCCAAAAATGTAAA
1 TTTTTTCTTCAT-GTTTTTGAGGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * *
3833 AATATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
63 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
3898 AGGCTTGAGTGACTATAAATAGA-TTATTCTTGACAATGAAT-G
127 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCCAATGAATGG
* * * * * * * *
3940 TCTTTTTCTTAATGTCTCTTGAGGCAGACAATCAATTATGATATGTTTTAACTAAAAATCTAAAA
1 T-TTTTTCTTCATGT-TTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AA
* * *
4005 AAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
62 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * *
4070 AGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGC
127 AGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* * ** * * * *
4113 TTTTGTCTTAATGTTTTCCAAGGAAAAAATTTAATTAAAATCTGTTTTAACC-AAAATGTAAAAG
1 TTTTTTCTTCATGTTTT-TGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-
* * * * * *
4177 AATTTAGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGGAATAATGCTTTTGAAG
64 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* *
4242 GCGTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGC
129 GC-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
* ** * *
4283 TTTTTTCTTCATATTTTCCAAG-ATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCATAAATGTAAGA
1 TTTTTTCTTCATGTTTTTGAGGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-A
* * * *
4347 GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
63 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 1500, Mismatches: 285, Indels: 94
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 32 0.02
170 633 0.42
171 425 0.28
172 391 0.26
173 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
TTTTTTCTTCATGTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC
TTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG
Found at i:2903 original size:556 final size:556
Alignment explanation
Indices: 1849--2904 Score: 1245
Period size: 556 Copynumber: 1.9 Consensus size: 556
1839 ATTGAATGGC
* * * *
1849 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATAGTCAATTATAATTTGGTTTAACCGAAAATGTACAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATAATCAATTATAATTTGGTTTAACCAAAAATCTAAAAAA
** * * * * * * *
1914 ATTTGACCTAAATTCAATTATGAGATTATAAAAGGATATAGAATGAGTAATTAGGCTTTTAATGG
66 ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATATAGAACGAGTAATAAAGCTTTCAATGA
* * * *
1979 CTTGAGTGACTATATATGGATTATTCTTGACAATGAATAGTTTTTTCTTCACTTTTCTTAAGACA
131 CTTGAGTGACTATAAATGGAGTATTCTTGACAATGAATAGCTTTTTCTTCACTTTTCTGAAGACA
* * * * *
2044 GACTATCAATTATAATTTGTTTTAACCGAAAATCTAAAAAAATTCAACTCAAAATTAATTATAAA
196 AACTATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAA
* * * * * **
2109 ATTATAAAAACACTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
261 ATTACAAAAACACTTAAAGCGAGCAAGAACGCTTTCGAAGGAATCAGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
2174 TTTTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
326 TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
** * * * * *
2239 AGTAAAACTGTAAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGT
391 ACAAAAAATCTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCACTTAAAGCGAGC
2304 AATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCTCTTTTTT
456 AATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCTCTTTTTT
2369 CATATTTTTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTAT
521 CATATTTTTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
2405 TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATAATCAATTATAATCTT-TTTTAACCAAAAATCTAAAAA
1 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATAATCAATTATAAT-TTGGTTTAACCAAAAATCTAAAAA
* * * *
2469 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTA-AAGCGAGTAATAAAGCTTTCGA-
65 AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATATAGAA-CGAGTAATAAAGCTTTCAAT
* * * * *
2532 GCACTTGGGTGATTATAAATGGGCGT-TTCTTGCCAATGTAT-GACTTTTTCTTCA-TGTTTCAT
129 G-ACTTGAGTGACTATAAAT-GGAGTATTCTTGACAATGAATAG-CTTTTTCTTCACT-TTTC-T
* *
2594 GAAG-CAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAACATTCAACTTAAAATC
189 GAAGACAAACTA-TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCAAAAAAA-ATTCAACTCAAAATC
* ** * * * * **
2657 AATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGGGCGGGAACGCTTTCGAAGGAATCAGTGACTATAA
252 AATTATAAAATTACAAAAACACTTAAAGCGAGCAAGAACGCTTTCGAAGGAATCAGTGACTATAA
* * * * *
2722 TTGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTCATGCTTTTT-GAGGCAAACATTCAATTATA
317 ATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATG-TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATA
* * * * *
2786 CTCTG-TTTAACAAAAAATCTAA-ACAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAT
381 ATCTGTTTTAACAAAAAATCTAAGA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCAC
* * *
2849 TTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
445 TTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
2905 TCTAATGAAC
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 75, Indels: 24
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
555 7 0.02
556 275 0.67
557 126 0.31
558 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (556 bp):
TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAGATAATCAATTATAATTTGGTTTAACCAAAAATCTAAAAAA
ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATATAGAACGAGTAATAAAGCTTTCAATGA
CTTGAGTGACTATAAATGGAGTATTCTTGACAATGAATAGCTTTTTCTTCACTTTTCTGAAGACA
AACTATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATCAAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATAAA
ATTACAAAAACACTTAAAGCGAGCAAGAACGCTTTCGAAGGAATCAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACAAAAAATCTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCACTTAAAGCGAGC
AATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATAAATGCTCTTTTTT
CATATTTTTCAAAGCAGACATTCAATTATAATCTAT
Found at i:3081 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 2434--4406 Score: 1877
Period size: 342 Copynumber: 5.8 Consensus size: 336
2424 AGGTAGATAA
* * *
2434 TCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATCT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
2499 AAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCG-AGCACTTGGGTGATTATAAATGGGCGTTTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT
* * * * * * *
2563 GCCAATGTATGACTTTTTCTTCAT-GTTT-CATGAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
128 GCTAATGAATG-GTTTTTCTTCATATTTTCCA--AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-
* * * * **
2626 CAAAAATGAAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGGGCG
189 CAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
** * * ** * *
2691 GGAACGCTTTCGAAGGAATCAGTGACTATAATTGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTT
253 ATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTT
*
2756 CATGCTTTTTGAGGCAAACAT
318 -ATG-TTTTTAAGGCAAACAT
* * * *
2777 TCAATTATACTCTG-TTTAACAAAAAATCTAAACAAATTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATCTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * *
2841 AAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* * * * *
2906 CTAATGAACGAGTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCATACATTTAATTACAATATGTTTTAATCAA
129 CTAATGAATG-GTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAA
* * * **
2971 AAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGGA
192 AAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATA
* * * ** * *
3036 AGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTCTAAATGGGTTTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTGTTTAC
256 AGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GGTTTTTTTTTAT
*
3101 GTTTCTTGAGGCAAACAT
320 GTTT-TTAAGGCAAACAT
* *
3119 TCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTCTGAGATTATA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * * ** **
3184 AAATCATTTCAAGCGAGTAACAAGGATTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTAT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGC
* * * * *
3249 TAATGAATGGCTTTTTCTTCATA-TTTCTAGAGGCAGACAATCAGTTATAATTTGTTTTAATTAA
130 TAATGAATGG-TTTTTCTTCATATTTTCCA-AGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAA
* * * *
3313 AAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAA
192 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
3378 GGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATG
257 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-GTTTTTTTTTATG
* * *
3443 TTTCTAAGGTAGACAT
321 TTTTTAAGGCAAACAT
* * * *
3459 TTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTCAAGTTAAAATGAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAT-CTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
3524 AAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATACGG-TTTTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GGGCTTTTCTT
* * *** * *
3588 GCTAATAAATTGGTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCTAT-TTTTAA-
128 GCTAATGAA-TGGTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAA--TATGTTTTAAC
* * **
3651 AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAGCGTGAGTAAT
190 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* * * ** * * *
3716 AAGGCTTCCGAAGGTATAGGTGACTATAAATATACTTTTCTTGTCATTTAATGGCTTTTTCTTCT
255 AAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGG-TTTTT-TT-T
* *** ** * * *
3781 CAT-TTCACAAGATAGATAG
317 TATGTTTTTAAGGCAAACAT
* * * * * * *
3800 TCAATTATAATTTTTTTTACCCAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTA-ACAAAAATCTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
3865 AAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-AGATTATTCTT
64 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTT-TTCTT
* * ** * *
3929 GAC-AATGAATGTCTTTTTCTT-A-ATGTCTCTTGAGGCAGACAATCAATTATGATATGTTTTAA
128 G-CTAATGAATG-GTTTTTCTTCATAT-TTTC-CAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA
* * * * *
3991 CTAAAAATCTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGT
189 C-AAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * *
4056 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTGTCT
252 AATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTT-TTT
* * * *
4121 TAATGTTTTCCAAGGAAAAAAT
316 TTATGTTTT-TAAGGCAAACAT
* * * * * * *
4143 TTAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAATGTAAAAGAATTTAGCTGAAAATCAATTATGAGATTATA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATCTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *
4208 AAACCACTTAAAGCGAGGAATAATGCTTTTGAAGGCGTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTG
* ** * *
4272 CTAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTTCCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAT
129 CTAATGAATG-GTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAA
* * * * *
4337 AAATGTAAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATCATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
192 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
4402 GGCTT
257 GGCTT
Statistics
Matches: 1340, Mismatches: 246, Indels: 90
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.00
340 159 0.12
341 432 0.32
342 569 0.42
343 169 0.13
344 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (336 bp):
TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATCTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCT
AATGAATGGTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
TTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGTTTTTTTTTATGTTTTT
AAGGCAAACAT
Found at i:4008 original size:683 final size:678
Alignment explanation
Indices: 2427--4406 Score: 2205
Period size: 683 Copynumber: 2.9 Consensus size: 678
2417 TTTCTTGAGG
*
2427 TAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
1 TAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * * * * *
2492 AGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCG-AGCACTTGGGTGATTATAAATGGGC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCTTGGGTGACTATAAAT--GA
* * * * * * * *
2556 GTTTCTTGCCAATGTATGACTTTTTCTTCATGTTTCATGAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTT
127 TTTTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAATCAATTATAATATGTT
* * * * *
2621 TTAACCAAAAAT-GAAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTACAAAACCATTTAAAG
192 TTAACTAAAAATCTAAAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *** * * * ** * * * *
2685 TGGGCGGGAACGCTTTCGAAGGAATCAGTGACTATAATTGGAGTTTTCTTGCCAATGAATGGTTT
256 CGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTT
* * * * * *
2750 TTTTTTCATGCTTTTTGAGGCAAACATTCAATTATACTCTG-TTTAACAAAAA-ATCTAAACAAA
321 TTCTTT-ATGCTTTCTAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAT-TAAA-AAA
* *
2813 TTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT-AAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG
383 TTTAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACT-AGCAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
2877 CTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCTAATGAACGAGTTTTTCTTCACATTTTCCAAGGCA
447 CTT-GGTGACTATAAAT-GGCTTTTCTTGCTAATGAATGAGTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTA
* * * *
2942 TACATTTAATTACAA--TATGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT
510 AACATTCAATTATAATCTAT-TTTTAA-CAAAAATGTAAGAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * ** * * * * **
3005 AAGTTTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAGGAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTCTAAATGGGT
572 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGAC
* * * *** *
3070 TTTTCTTGCCAATGAATGGGTTTTTGTTTACGTTTCTTGAGG
637 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTTACATTTCACAAGA
* * * * * * * *
3112 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTCTGA
1 TAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * ** *
3177 GATTATAAAATCATTTCAAGCGAGTAACAAGGATTTTAAAGGCATGGGTGACTATAAATGAACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATG-A-TT
* * * * * *
3242 TTCTT-ATTAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTAGAGGCAGACAATCAGTTATAATTTGTTT
129 TTCTTGA-CAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAATCAATTATAATATGTTT
*
3306 TAATTAAAAATCT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
193 TAACTAAAAATCTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
3370 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTT
258 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTT
* *
3435 TCTTTATG-TTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATTAAAAAATTC
322 TCTTTATGCTTTCTAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATTAAAAAATT-
* * * *
3499 AAG-TTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
385 TAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTT
* * ***
3563 GAGTGACTATAAATACGG-TTTTCTTGCTAATAAATTG-GTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAA
450 G-GTGACTATAAAT--GGCTTTTCTTGCTAATGAA-TGAGTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTAA
*
3626 ACATTCAATTATAATCTATTTTTAA-AAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG
511 ACATTCAATTATAATCTATTTTTAACAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** * *
3690 TTATAAAACCATTTAGCGTGAGTAATAAGGCTTCCGAAGG-TATAGGTGACTATAAATATACTTT
576 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCT-TAGGTGACTATAAATAGACTTT
* * *
3754 TCTTGTCATTTAATGGCTTTTTCTTCT-CATTTCACAAGA
640 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTT-TACATTTCACAAGA
* * * * *
3793 TAGATAGTCAATTATAATTTTTTTTACCCAAAAATGTAAAAATATTCAACCTAAAATTAATTATG
1 TAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATG
* * *
3858 AGATTACAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGATT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAAT-GATT
* * * *
3923 ATTCTTGACAATGAATGTCTTTTTCTTAATGTCTCTTGAGGCAGACAATCAATTATGATATGTTT
129 -TTCTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAATCAATTATAATATGTTT
* *
3988 TAACTAAAAATCTAAAAAAAATTGAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCG
193 TAACTAAAAATCTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
4053 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTG
258 AGCAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTT-
* * * * * * *
4118 TCTTAATGTTTTCCAAGGAAAAAATTTAATTAAAATCTGTTTTAACCAAAAT-GTAAAAGAATTT
322 TCTTTATGCTTTCTAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATTAAAA-AATTT
* * * * * *
4182 AGCTGAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGGAATAATGCTTTTGAAGGCGTT
386 AGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGC-TT
** * *
4247 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTTCCAAGATAGACA
450 GGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCTAATGAATGAGTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTAAACA
* * * *
4312 TTCAATTATAATCT-GTTTTAACCATAAATGTAAGAGAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATC
514 TTCAATTATAATCTATTTTTAA-CAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* *
4376 ATTAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
578 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTT
Statistics
Matches: 1086, Mismatches: 176, Indels: 67
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 136 0.13
682 195 0.18
683 449 0.41
684 268 0.25
685 37 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (678 bp):
TAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGATTTT
CTTGACAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAATCAATTATAATATGTTTTAA
CTAAAAATCTAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGC
AATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTT
TATGCTTTCTAAGGAAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATTAAAAAATTTAGCTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGTGAC
TATAAATGGCTTTTCTTGCTAATGAATGAGTTTTTCTTCATATTTTCCAAGGTAAACATTCAATT
ATAATCTATTTTTAACAAAAATGTAAGAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATG
AATGGCTTTTTCTTTACATTTCACAAGA
Done.