Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397619.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5405.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 119 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:724 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--3941 Score: 3523
Period size: 171 Copynumber: 23.0 Consensus size: 171
** * * * * **
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1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
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66 AGTCACCCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATTTTAAAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* *
131 TTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT
131 TTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * **
174 ACTTGAATGCCTAGCTCAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTTAATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
239 AGTCACCAATTGCTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGA-T
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *** * *
303 TTAAGTTTGAATTCTTTGTACATATTTGGTTGAATTGGACTAG
131 TTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
346 AATTGAATATTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCT-TTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG-AAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *** * * * * * *
410 TATTCACTTGTACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGTAAT-GCAATAATTGA
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGA
* * * *
474 TGTTAAGGTTAAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTA-
129 TTTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * *
517 ATATTGAATGCCTACC-TAGAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
1 A-ATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
581 ATAGTCACTCATTCCTTCAAAATCATTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCAAAACTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * * *
645 TTTGAAGTTTAATTCTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAAATAT
129 TTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
689 AATTGAATGCCTACCTCATGAAATATAAAGAAAAA-GTCATTCATTGGAAAG-AAAGCTCCATTT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGT-ATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTT
* * * * * *
752 ATAGTCACCCATTCTTTGAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATTATTTCATAATTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * *** * *
817 TTTTAGGTTGAATTTTTTGATGGTTTTAGTTAGAACAGATTAT
129 TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
860 AATT-AAGTGTTTGCC-TAGGGAAACATGAAGTAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTT
1 AATTGAA-TGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
** * * * * *
923 ATAGTCTTCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAAACTTAAAATTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * **
988 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
129 TTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * * * * ***
1033 AATTGAATGTTTATCTTGGGAAACCTGAACAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAAAAGTATGTTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
1098 TGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATT-AT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAAATTGAT
* * *
1162 TTTAAGTTCAAATTGTTTTACA-TTTTGGTTAAAACAAATTAT
130 TTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * * *
1204 AATTTAATTTTTAGCC-CCAGAAACATGAAGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTA
1 AATTGAATGTCTA-CCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
1268 TAGTCACCCATTTCTT-TAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCGAAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * *
1332 TTAAATTTGAATTCTTTGTACACTTTTGGTT-AAACAGATTGT
130 TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** *
1374 AATTGAATATCTACCTCAAG-AACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
1438 AGTCACCCATTCCTTCAACAGCTTTATTACTTACTTTCAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* ** * * * *
1503 TTAGGTTGAATTGTTTTTTATGTTTTTCGCTAGAATAGATTAT
131 TTAAGTTGAA-T-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * * *
1546 AATTGAATGTTTGCCTTAGGAAATGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * ** * *
1611 AGTCACCAATTCCTTCATAGGTCTTATTACTTACTTTAAATACTTTTATAGTCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *
1676 TTAAGTTGAACTTTTTGACATTTTTGGTTAGAACAGATCAT
131 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* *
1717 AATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
1781 TAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
*
1846 TTTAAGTTCCAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTAT
130 TTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
1888 AATTAAATGTCTACCTTGAGAAATC-T-AATGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAA-CATGAA-GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
1951 ATAGTCAGCGATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
64 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * *
2016 TTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAACATATTAT
129 TTTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * * *
2060 AATTAAAAGTCTAGCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAAAAAAATCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * *
2125 AGTCACCCATTCCTTTGAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * **
2189 TTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTGTGATTGAAAA-AGACTGG
131 TTAAG-TTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTT-AAAACAGATTAT
* * * ***
2232 AATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATTAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * *
2297 AGTCACCTGTACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGAT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGAT
* * * *
2361 TTTAAGGTTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
130 TTTAA-GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
2404 AATTGAATGCCTACCTTGAGCAACCTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
2469 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTGAAAAATAATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * ** * * *
2534 TCAATTTTAATTCTTTGAACATTTTTCGATAAAATAGATTAT
131 TTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* ** * * *
2576 AATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGACATAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGCTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTA
* * * * * *
2640 TAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTGTTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * *
2705 TTTAGGTTGAATTTTCTAAC-GTTTTGATTAGAACAGATTAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* ** * * *
2746 AATTAAATGT-TTGCTTAGGGAAACATGAAGAAAAGGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
2810 TAGTCACCCACTT-CTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAAACTCAAAATTGA
65 TAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
*
2874 TTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTT---A-A-A--AT
129 TTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** ** * * *
2911 GATTGAATGTCTGCCTT-AGAAA-ATGAGAAGCAAAAGCCAACCTTTGACACA-AAACGTCCATT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAT--GAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATT
* ** ** ** ** *
2973 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAGCT-AATAATT
63 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATT
* * ** * * *
3037 GATCTTAAGTTAAATTTTTTTGTAGTTTTGGTTAAAACAGACTAG
127 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
3082 AATTGAATG-CTTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAAAGCATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * *
3145 TAGTCACCCATAT-CTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATAC-CATAATT
65 TAGTCACCCAT-TCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATT
* * * *
3208 GATTTAAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-T
127 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
3252 AATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
3317 AGTCACCCAATCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATA
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *
3382 TAAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
131 TTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
3424 AATTGAATGTC-AACTTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCGATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
3487 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * *
3552 TTTAGGTTGAACTTTTTAACCTTTTTGGTTAGAACAGATTAT
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * ** * * *
3594 AATTGAACGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTGACTGGCAAGAAAAGTCCGTTTAC
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-
** * * * *
3659 T-GTCACGTATTCGTTCAAAAGCCCTACTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * *
3723 TTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAAGAGATTCT
130 TTTAAGTT-GAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * *
3766 AGTTGAATGTCTAGCTTAAGAAACATGGAGAAAAAGGTACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * *
3831 AGTCACCCATT-CTTTTAAAGCTTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * ** *
3895 TAAATTTGAATTCTTTGAACATTTTTAGTTAAAATC-GATTAT
131 TTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA-CAGATTAT
3937 AATTG
1 AATTG
3942 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3020, Mismatches: 654, Indels: 190
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 22 0.01
165 93 0.03
166 5 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 72 0.02
170 414 0.14
171 1112 0.37
172 922 0.31
173 361 0.12
174 13 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
Found at i:1611 original size:342 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1--3941 Score: 3423
Period size: 344 Copynumber: 11.5 Consensus size: 343
** * * * **
1 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAATATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAGGTGTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** ********** * *
66 AGTCACCCATTCCTTCGGAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATTTTAAAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * * * *
131 TTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATACTTGAATGCCTAGCTCAAGAA
131 TTAAGTTGAA-TTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
* * * * ** * * *
196 ACATGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGTTAATTTATAGTCACCAATTGCTTTAAAAGC
194 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * *
261 CTTATTACTCAATTTAAATAGTTTTAGAATCTCAAAATTGATTT-AAGTTTGAATTCTTTGTACA
259 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAG-TTGAATTCTTTGTACA
* * *** * *
325 TATTTGGTTGAATTGGACTAG
323 TTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
346 AATTGAATATTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCTTTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* *** * * * * *
411 ATTCACTTGTACTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTGTAAT-GCAATAATTGA
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAA-AATTGA
* * * *
474 TGTTAAGGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGACTA-ATATTGAATGCCTACC-TAG
129 TTTTAA-GTTGAATTTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAGATTATA-ATTGAATGTCTACCTTAG
* * *
536 AGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
191 -GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * * * * * *
601 AATCATTATTCCTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCAAAACTGATTTGAAGTTTAATTCTTTCT
255 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGT
* *
665 ACATTTTTGGTTAAAACAAAATAT
320 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * *
689 AATTGAATGCCTACCTCATGAAATATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAG-AAAGCTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTA
* * * * * * *
753 TAGTCACCCATTCTTTGAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATTATTTCATAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * ** * * * *
818 TTTAGGTTGAA-TTTTTTGATGGTTTTAGTTAGAACAGATTATAATT-AAGTGTTTGCC-TAGGG
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTTA-CATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTA-GG
* * * * ** *
880 AAACATGAAGTAAAAGTTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCCATTTCTTCAAAA
192 AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * * * *
945 GCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAAACTTAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTA
257 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTCTTTGTA
* * **
1010 TATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAT
321 CATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** * * * ***
1033 AATTGAATGTTTATCTTGGGAAACCTGAACAAAAAGGCATTGATTGGCAAGAAAAGTATGTTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
1098 TGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCCTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAAATT-AT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTC-AAAATTGAT
* * * * * * * * **
1162 TTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTGGTTAAAACAAATTATAATTTAATTTTTAGCCCCA-GAA
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTAGGAA
* * * * * *
1226 ACATGAAGAAAAGGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTTCTT-TAAAGC
194 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* * * *
1290 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCGAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTGTACAC
259 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACAT
*
1355 TTTTGGTT-AAACAGATTGT
324 TTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * ** *
1374 AATTGAATATCTACCTCAAG-AACATGAAGAAAAAGAAATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
1438 AGTCACCCATTCCTTCAACAGCTTTATTACTTACTTTCAATAGTTTTACAATCTCATAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* ** * * * * *
1503 TTAGGTTGAATTGTTTTTTATGTTTTTCGCTAGAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAA
131 TTAAGTTGAATT-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
* * * * * * * *
1568 ATGTGAAGAAAAAGATATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCATAGGT
194 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* ** * * *
1633 CTTATTACTTACTTTAAATACTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTT-TTTG-ACA
259 CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAA-TTCTTTGTACA
* *
1696 TTTTTGGTTAGAACAGATCAT
323 TTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * *
1717 AATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
1781 TAGTCACCCATTCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* *
1846 TTTAAGTTCCAA-TTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTT-GAGA
130 TTTAAGTT-GAATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GA
* * * * * *
1909 AATC-T-AATGAAAAAGGTAGTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTAATAGTCAGCGATTCCTTCAAA
193 AA-CGTGAA-GAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA
* * * * * * *
1972 AGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTA
256 AGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTA
* *
2037 CATTTTTTGTTAAAACATATTAT
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* * * * * * * *
2060 AATTAAAAGTCTAGCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGGAAAAAAAATCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * *
2125 AGTCACCCATTCCTTTGAAGGCTTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * ** *
2189 TTAAGTTTGAATTCTTTGTACATTTGTGATTGAAAA-AGACTGGAATTGAATGTTTACCTT-GAG
131 TTAAG-TTGAATTTTTTTTACATTTTTG-TT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-G
* * *** ** *
2252 AAACATTAAGAAAAAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTACCTTCAAAA
192 AAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
* * * * *
2317 GCCTTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATAATGC-CATAATTGATTTTAAGGTTAAATGT-TTT-
257 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAAAATTGA-TTTAAAGTTGAAT-TCTTTG
* *
2379 TACATTTTTTGTTAAAACAGACTAT
319 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * * * *
2404 AATTGAATGCCTACCTTGAGCAACCTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
2469 AGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTGATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATTTGAAAAATAATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * ** * *
2534 TCAATTTTAATTCTTTGAACATTTTTCGATAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAA
131 TTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAA
* * * * *
2598 ATGTGAAGACATAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGCTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAG
194 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * *
2662 CCTTGTTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAGGTTGAA-T-TTTCTA-A
258 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACA
* * *
2724 CGTTTTGATTAGAACAGATTAT
323 -TTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* ** * * * *
2746 AATTAAATGT-TTGCTTAGGGAAACATGAAGAAAAGGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
2810 TAGTCACCCACTT-CTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGCTTTATAAACTCAAAATTGA
65 TAGTCACCCA-TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * *
2874 TTTGAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGGTT---A-A-A--ATGATTGAATGTCTGCCTTAGAA
129 TTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA
* * * ** ** * * * * ** **
2932 AATGAGAAGCAAAAGCCAACCTTTGACACA-AAACGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
193 AACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
** ** * * *
2996 GCCTTATTACTTGCTTTAAATATTTTTATAAGCT-AATAATTGATCTT-AAGTTAAATTTTTTTG
257 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA-AATTGAT-TTAAAGTTGAA-TTCTTTG
* * *
3059 T--AGTTTTGGTTAAAACAGACTAG
319 TACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * *
3082 AATTGAATG-CTTACCTTGAGAAACGTGAACAAAAAAGCATT-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
1 AATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
3145 TAGTCACCCATAT-CTTCAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAATAC-CATAAT
65 TAGTCACCCAT-TCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAAT-CTCAAAAT
* * * * * *
3207 TGATTTAAAGTTG-AGTTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGACT-TAATTGAATATCTACCTCA
126 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * *
3270 AGAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAATCCTTCAA
190 GGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAA
* * *
3335 AAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATATAAATTTGAATTCTTTGT
255 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGT
*
3400 ACATTTTTTGTTAAAACAGATTAT
320 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * *
3424 AATTGAATGTC-AACTTCAAGAAACGTGAA-AAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCGATTTA
1 AATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
3487 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGAT
65 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * * * * * * *
3552 TTTAGGTTGAA-CTTTTTAACCTTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAACGTTTGCCTTGGGAA
130 TTTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAA
* * * * ** *
3616 ACATGAAGAAAAAGGTATTGACTGGCAAGAAAAGTCCGTTTACT-GTCACGTATTCGTTCAAAAG
194 ACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* * * * * * * *
3680 CCCTACTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACA
258 CCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACA
* *
3745 TTTTTGGTTAAAAGAGATTCT
323 TTTTTGGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
3766 AGTTGAATGTCTAGCTTAAGAAACATGGAGAAAAAGGTACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTAT
1 AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
** * * * * *
3831 AGTCACCCATT-CTTTTAAAGCTTTATTACTTACATTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATT
66 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * **
3895 TAAATTTGAATTCTTTGAACATTTTTAGTTAAAATC-GATTATAATTG
131 TTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTT-GTTAAAA-CAGATTATAATTG
3942 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2892, Mismatches: 608, Indels: 194
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.00
335 156 0.05
336 96 0.03
337 8 0.00
338 6 0.00
339 7 0.00
340 104 0.04
341 241 0.08
342 781 0.27
343 546 0.19
344 796 0.28
345 144 0.05
346 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
AATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TTAAGTTGAATTTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAAC
GTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTGAATTCTTTGTACATTT
TTGGTTAAAACAGATTAT
Done.