Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400914.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4077.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7317
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.09, T:0.31
Warning! 1532 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:323 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9--1760 Score: 988
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 169
1 AAAAGCCT
* ** *
9 TATTACTTGCTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATATTTTTATATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTT
** *
73 TTCATTAAAACAAACTATAATTGAATG-C-A-CTTGAAGAAACGT-ATAGAAAAAATCATTCATT
64 TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATT
* * * *
134 TGGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAATGC
127 GGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAA-GC
* *
178 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTATTGCATTT
1 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTT
* * * * *
242 TTGGTT-AAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAGCATGAAGAAAAAGGTATTCATTGG
64 TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* ******
306 GAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCTTTCANNNNNNN
129 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCA-AAAAGC
*** * * * * * *
348 NNNTACTCGTTTTAAAT-GATTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTCTTACGTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTACATTT
** * * * * *
412 TTTATTAAAATAGATTATAATTGAATG-C-ACCTTAAGAAACGT-ATAGAAAAAACCATTCATTT
64 TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *
474 GGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTGT
128 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAA-AGC
* * * * *
517 TATTACTTGCTTTAAATAGTATTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATT
1 TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTT
* * *
582 TGGTTAAAACGAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATCGAG
65 TGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGG
*
647 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATC-TTC-AAAAGCC
130 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT-TCTTTCAAAAAG-C
** ** * *
687 TTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATGC-CATAGCTAATTTTAAGTTTAATTTTTTACATTT
1 -TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
* * * * * * * * *
751 TTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAAGGAATTAATTGG
64 TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGG
* *
816 TAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATT-TCTTC-AAAAGC
129 GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAAGC
* * * * * ****
856 TTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTNNNNNN
1 --TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--ACAT
********* * * * * ** * * *
921 NNNNNNNNNAAACATATTATAATTAAATGTTTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATT
62 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
** * * * * * *
986 GAAAAGAAAATTCTATTTATAGTCATCGATTCCTAC-AAAAGCC
127 GGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAAG-C
* * **********
1029 TTATTAATCGCTTTAAA-AGGTTTTAAAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTTTTTACATTT
1 -TATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTT
** * * * * ** ********* *
1093 TTTCTTAAACCAGATTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAA-GNNNNNNNNNNAGGCATTCATTG
64 TTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACG-TGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *
1157 GCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCAGCCATTCCTTT--AAAAGCC
128 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAAG-C
* * * * * * *
1199 TTATTACCCACTTTTAATGGTTTGATAATCTCA-AAATGATTTT-AGTTTGAATTTTTTGTACTT
1 -TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAA-TTTTT-TACAT
* * * * * * *
1262 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
62 TTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT
** * ** * * *
1327 GTTAAGAAAACTCCATTTATAGTTGCTCATTCCTTC-AACAGCC
127 GGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAAG-C
** * * * * * *
1370 TTATTACTCGCTTTAAAGGGTTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTCAGTTTTTTTAAATTA
1 -TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTT
* * * * * * *
1435 TTAGTTGAAACAAAGTA-AATTCGAATGTCTACCTCAACAAACATGAAGAAAAAAACATTCATTG
64 TTGGTTAAAACAAACTATAATT-GAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *********
1499 GTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATACTTNNNNNNNNNN
128 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTT-TCAAAAAGC
* * * * * *
1542 TATTACTCACTTTAAAT-GATTTTACAAACTCAAAATTAATTGTAAGTTGAATTCTTTGTACATT
1 TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT-TACATT
* * * * * *** *
1606 TTTTGTTAAAACAGATTACAATTGAATGTCTACCTTGA-AAACACAAAGAAAAAGGCATTCATTG
63 TTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTG
** * * * * *
1670 CTAAGAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTC-AAAAGCC
128 GGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAAG-C
* **
1712 TTATTACACATTTTAAA-AGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 -TATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
1761 CAAGTTTTNN
Statistics
Matches: 1208, Mismatches: 323, Indels: 102
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 27 0.02
169 188 0.16
170 378 0.31
171 437 0.36
172 171 0.14
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTT
GGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGGA
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAAGC
Found at i:505 original size:169 final size:166
Alignment explanation
Indices: 9--914 Score: 651
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 166
1 AAAAGCCT
* * * *
9 TATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAACTGAATATTTTTATATTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAAT-TTTTTACATTTT
*
74 TCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCA-CTTGAAGAAACGTATAGAAAAAATCATTCATTTGGA
65 TCATT-AAA-AAACTATAATTGAATGCACCTT-AAGAAACGTATAGAAAAAACCATTCATTTGGA
*
138 GGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAATGC
127 GGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATGC
* *
178 TATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATCTTATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTATTGCATT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGA-TTTTAAGCTGAATTTT-TTACATT
** * * * *** *
241 TTTGGTTAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAGCATGA-AGAAAAAGGTATTCATTG
63 TTTCATTAAA-AAACTATAATTGAATG-C-ACCTTAAGAAACGT-ATAGAAAAAACCATTCATTT
* * * *******
305 GGAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATTCTTTCANNNNNNN
124 GGAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATGC
*** * * * *
348 NNNTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATATTATAATTGATTTTAAGCTAAATTTTCTTACGTTTT
1 TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTT-TTACATTTT
* *
413 TTATTAAAATAGATTATAATTGAATGCACCTTAAGAAACGTATAGAAAAAACCATTCATTTGGAG
65 TCATTAAAA-A-ACTATAATTGAATGCACCTTAAGAAACGTATAGAAAAAACCATTCATTTGGAG
* *
478 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAGTGT
128 GAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATGC
* * * * * * *
517 TATTACTTGCTTTAAAT-AGTATTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATAT
1 TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAA-TTTTTTACATTT
** * *
581 TTGGTTAAAACGAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCA-TC
64 TTCATTAAAA--AACTATAATTGAATG-C-ACCTTAAGAAACGT-ATAGAAAAAACCATTCATTT
* * *
644 GAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATATC-TTC-AAAA-GCC
124 G-GAGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCAT-TCTTTCAAAAATG-C
** * ** * * *
687 TTATTACTCATTTTAAAT-AGTTTTATAATGC-CATAGCTAATTTTAAGTTTAATTTTTTACATT
1 -TATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAAT-CTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATT
** * * *** *
750 TTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAAC--ATGAGGAAAAAGGAATT-AA
63 TTTCATTAAAA-A-ACTATAATTGAATG-C-ACCTTAAGAAACGTAT-A-GAAAAAACCATTCAT
* * *
812 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATT-TCTTC-AAAA-GC
122 TTGG-AGGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCT-TTCAAAAATGC
* * * * * * *
856 TTTAGTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTT
1 --TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTT
915 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 106, Indels: 67
0.78 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 27 0.05
169 186 0.31
170 263 0.44
171 116 0.19
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
TATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTT
CATTAAAAAACTATAATTGAATGCACCTTAAGAAACGTATAGAAAAAACCATTCATTTGGAGGAA
AAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCTTTCAAAAATGC
Found at i:5043 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4202--5591 Score: 1012
Period size: 170 Copynumber: 8.1 Consensus size: 171
4192 NNNNNNNNNN
* * * * *
4202 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTCTTTGTA-TATTTTTGGT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACT-TTTTTTGT
* **** * * * * * *
4266 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGTAGCAAGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGA
* * * *
4331 AAAGTCCATTTATGGTCACCCATT-CTTTCAAAAACTTTATTAC
129 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAGCCTTATTAC
* * *
4374 TCGCTCTCAAA-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTA-TATTTTTTGN
1 TCGCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTTTGT
********* * *
4437 NNNNNNNNNTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAA-TATTCATTGACAAAA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGA
* *********** *
4501 AAAGTCCATTTATAGTTAACC-ATTCCTTCNNNNNNNNNNTGAC
129 AAAGTCCATTTATAG-TCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * * * * **
4544 GCGCTTTAAATGGTTTGATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTTATTTTTTTTTACATTTTCAT-T
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAC-TTTTTTTGT
* * * * * * * *
4608 TAAAACCGAGTATAATT-AATTGTCTACCTTGAGAAACGTTAAAAAAAAAAGATATTCGTTGGCG
64 TAAAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTCGAGAAACG-TGAAGAAAAAAG-TATTCATTGACA
* * *
4672 AGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTAC
126 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* ** * * *
4718 TCACTTTAAAAAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACTTTTTTAGTT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACTTTTTTTGTT
*** * * * *
4783 AAAGA-AGGCCATAATTGAATGTCTATCT-TACGAAACATGAAG-AAAAAGTTATTTATTGACAA
65 AAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAAG-TATTCATTGACAA
* * * * *
4845 AAAAAGGT-TATTTATAGGCACCTATTCCTTTAGAAGTCTTATTAC
127 GAAAA-GTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * *
4890 TCGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACTTTTTTTGTTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTA
* * *
4954 AAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAA
* * * *
5019 AGTCCATTTACAATCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC
131 AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* **********
5060 TCGCTTTAAAAGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC--TTTTT-TTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTA
* * *
5122 AAGCAGATTATAATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAA
66 AAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-TCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAA
* * * * *
5186 AAGTCCATTTATCGTCACCTATTTCTTCAAAAGCCTTTTTGC
130 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * * * *
5228 -CGCTTTAAATGATTTTATATTCTTAAAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-TATTTTTCT-T
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACT-TTTTT-TGT
* * * *
5289 TAAAACAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAGACATTCATTAGA-AA
64 TAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAG-TATTCATT-GACAA
* * * *
5352 GAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTAC
127 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
* * ********** * * *
5397 TCGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTA
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTA
** * * * * * * *
5462 AAGA-AGGCTATCATTGAATGTCTGCCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGA
66 AA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGA
* *
5525 AAAGTCCAGTTACAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
129 AAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
*
5568 TCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
1 TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
5592 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 940, Mismatches: 240, Indels: 77
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 10 0.01
167 26 0.03
168 104 0.11
169 97 0.10
170 219 0.23
171 214 0.23
172 144 0.15
173 18 0.02
174 105 0.11
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTTGTTA
AAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAAGTATTCATTGACAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTAC
Found at i:5381 original size:337 final size:339
Alignment explanation
Indices: 4203--5587 Score: 1098
Period size: 337 Copynumber: 4.1 Consensus size: 339
4193 NNNNNNNNNT
* * * * **
4203 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTCAATTCTTTGTATATTTTTGGTTA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTT-AATT-TTTTTATATTTTTCTTTA
* * * * ** ** *
4268 AAATAGATTATAATTGAATGTCTGTAGC--AAGAAACATGGAGAAAAAGGCATTCATTAACAAGA
64 AAACAGATTATAATTGAATGTC--TACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGA-AAGA
* ** * * * *
4331 AAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCTTTCAAAAA-CTTTATTACTCGCTCTCAAAGGTTTTATAA
126 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTT-AAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * ***********
4395 TCTCATAATTGATTTTAAATTGA-ATTTTTTTATATTTTTTGNNNNNNNNNNTTATAATTGAATG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTTA-CTTTTTTATTAAAGAAGATTATAATTGAATG
* *
4459 TCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AAAAAATATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTTAACC-
254 TCTACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAG-TCACCT
**********
4522 ATTCCTTC-NNNNNNNNNNTGACG
317 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTG-CG
* * * *
4545 CGCTTTAAATGGTTTGATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTTATTTTTTTTTACATTTTCATTTA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTATA-TTTTTC-TTTA
* * * * **
4610 AAACCGAGTATAATT-AATTGTCTACCTTGAGAAACGTTAAAAAAAAAAGATATTCGTTGGCGAG
64 AAACAGATTATAATTGAA-TGTCTACCTTGAGAAACG-T-AAAGAAAAAGATATTCATT-GAAAG
* * *
4674 AAAAGTCCATTTATTGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAAGTTTTATAA
125 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAA
* * ***
4739 TCTCGTAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAGAAGGCCATAATTGAATG
190 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAGAAGATTATAATTGAATG
* * ** * * *
4804 TCTATCTTACGAAACATGAAGAAAAAGTTATTTATTGACAAAAAAAGGT-TATTTATAGGCACCT
254 TCTACCTGA-GAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAAAAAA-GTCCATTTATAGTCACCT
* * * * *
4868 ATTCCTTTAGAAGTCTTATTACT
317 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCG
* * * *
4891 CGCTTTAAAGGGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACT-TTTTT-TGTT
1 CGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-TATTTTTCT-TT
* * *
4953 AAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTAAAGAAAAA-AGTATTCATTGACAAGA
63 AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGA-TATTCATTGA-AAGA
* * * *********
5017 AAAGTCCATTTACAATCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGNNNNNNNNN
126 AAAGTCCATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAAT
* *
5082 NTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAC-TTTTT-TTAAAGCAGATTATAATTGAATGTC
191 CTCATAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTTACTTTTTTATTAAAGAAGATTATAATTGAATGTC
* *
5144 TACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATCGTCACCTATT
256 TACC-TGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATT
* *
5209 TCTTCAAAAGCCTTTTTGC-
320 CCTTCAAAAGCCTTATTGCG
* *
5228 CGCTTTAAATGATTTTATATTCTTAAAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTCTTTAAA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTCTTTAAA
* * * *
5293 ACAGATTATAATTGACTATCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTAGAAAGAAAAG
66 ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATT-GAAAGAAAAG
* * ** * * *
5358 TCTATTTATAGTTACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTACTCGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
130 TCCATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCA
********** * * ** * *
5423 TAATTNNNNNNNNNNTGA-ATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAGAAGGCTATCATTGAATGTCTGC
195 TAATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTTACTTTTTTA-TTAAAGAAGATTATAATTGAATGTCTAC
** * * * * *
5487 CTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAGTCCAGTTACAGTCACCTATTCC
259 C-TGAG-AAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
* * *
5551 TTTAAAAGCCTTATTACT
322 TTCAAAAGCCTTATTGCG
*
5569 CACTTTAAATGGTTTTATA
1 CGCTTTAAATGGTTTTATA
5588 ATCTNNNNNN
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 189, Indels: 69
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
336 3 0.00
337 171 0.21
338 93 0.11
339 3 0.00
340 103 0.13
341 37 0.05
342 150 0.18
343 8 0.01
344 125 0.15
345 43 0.05
346 79 0.10
347 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (339 bp):
CGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTCTTTAAA
ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGAAAAAGATATTCATTGAAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTTATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTGATATTTTTTTACTTTTTTATTAAAGAAGATTATAATTGAATGTCTACCT
GAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
AAAGCCTTATTGCG
Found at i:6632 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6295--7162 Score: 780
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6285 NNNNNNNNNG
* * * * * *
6295 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTT-TACATTTTTTGTTAACACAGATAATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAATTTATTTATACATTTTTT-TTAAAACAGATTATA
* * * * *
6359 ATTGAATGTCTGCCAT-GATAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGACAAA-AAAA-TCCATTTA
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* * * * *
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* * *
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1 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-AATTTATTTATACATTTTTTTTAAAACAGATTATA
* * * * * * *
6529 ATTGACTGTCTACCTCAAAAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAAAAAGAAAAGTTCATCTGTA
65 ATTGACTGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATA
* *
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* * * * * *
6635 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAGA-AGGTTA
1 -TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAATTTATTTATACATTTTT-TTTAAA-ACAGATTA
* * * * * *
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* * * * * * *
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128 TA-GTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACT-CGCTTTAAATGA
* * *
6808 TTTTATAATATCATAAATGT--TTTTAAGTTGAACTTT-TTTAT--ATTTTTTGTTAAAATAAAT
1 TTTTATAATCTCA-AAAT-TAATTTTAAGTT-AA-TTTATTTATACATTTTTT-TTAAAACAGAT
* ** * * *
6868 TATAATTGAATGTCTGTCTCGAAAAACATGAAGAAAAA-AGTGTTCATTGATAAGAAAAGTCCAT
61 TATAATTGACTGTCTACCTCGAAAAACGTGAAGAAAAAGA-TATTCATTGAAAAGAAAAGTCCAT
*
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125 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
* * * **
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1 TTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-AATTTATTTATACATTTT-TTTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
7044 AATTGACTGTATACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCATTTA
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* * * * * *
7108 TAGCCACCCATTTCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAAAGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGA
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7163 AATAATTTTT
Statistics
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0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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6284 NNNNNNNNNN
* * * *
6294 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTGTTTTACATTTTTTGTTAACACAGATAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAA-ACAGATTATA
* * * * * *
6359 ATTGAATGTCTGCCATGATAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATCGACAA-AAAAATCCATTTATA
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* * * * * *
6423 -GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTGATTCACTTTAAATGATTTTATATTCCCAAAATTAATT
128 GGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATGATCCACTTTAAACGATTTTATAATACCAAAATT-ATT
* *
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192 TTAAGTTCAATTTTTTATA-ATTTTTTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAAC
* ** *
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256 ATGAAGAAAAAGACATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCC
6616 TTATTACTCGCTTTAAAAA
321 -TATTACTCGCTTT-AAAA
* *
6635 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTCTTTTTACATTTTTAGTTAAAGAAGGTTAT
1 GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTT-TTTTTACATTTTTAGTTAAA-CAGATTAT
*
6700 AATTGACTGTCTACCTTGGAGAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
64 AATTGACTGTCTACCTT-GAGAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * ** * *
6765 AGGT-GCCTATTCTTTTAAAACCCTTATTATCCGTTTTAAACGGTTTTATAATATCATAAATGT-
127 AGGTCACCCATTCCTTCAAAACCCTTATGATCCACTTTAAACGATTTTATAATACCA-AAAT-TA
* * ** *
6828 TTTTAAGTTGAACTTTTTTAT-ATTTTTTGTTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTGTCTCGAAA
190 TTTTAAGTTCAA-TTTTTTATAATTTTTT-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAA
** * * *
6892 AACATGAAGAAAAA-AGTGTTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAA
253 AACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCTACAGTCACCCATTCCTTCAAAA
*
6956 GCCCTATTACTCGCTTTAAAT
317 GCCCTATTACTCGCTTTAAAA
* * * * * *
6977 GATTTTATATTCTCAAAATTAATTTTAAGTTCAATTTATTTTTACATTTTCATTTAATCCAGATT
1 G-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-GATTT-TTTTTACATTTTTAGTTAA-ACAGATT
* * **
7042 ATAATTGACTGTATACCTTGAGAAACGTGAAAAAAAAGACATTCATTGGCAAAG-AAAGTCCATT
62 ATAATTGACTGTCTACCTTGAG-AACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT-G-AAAGAAAAGTCCATT
* *
7106 TATA-GCCACCCATTTCTTCAAAA
124 TATAGGTCACCCATTCCTTCAAAA
7129 GCTTTATTAC
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 66, Indels: 33
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 35 0.09
342 74 0.18
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344 105 0.26
345 5 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATTATAA
TTGACTGTCTACCTTGAGAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGGT
CACCCATTCCTTCAAAACCCTTATGATCCACTTTAAACGATTTTATAATACCAAAATTATTTTAA
GTTCAATTTTTTATAATTTTTTTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAA
GAAAAAGACATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATCTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCCTATTA
CTCGCTTTAAAA
Done.