Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400924.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4086.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 919
Length: 1533
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 110 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:691 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 483--1533 Score: 895
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 171
473 ATATAACCTG
* ** *
483 TTTTAACCAAAAA-AGTAAAACAATTCAACCCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
* * * *
547 GTGAGTACTAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTACAACTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGGT
65 GTGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
* *
612 TTTGCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATTTA
130 TTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
654 TTTTAACCAAAAATTTCAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * ** * ** *
719 TGAGTAATAAGACTTTCAAATACTTAAGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
66 TGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
* * * * ** * * *
784 TTCCTTTACGTTTTTCAAGGTAAACAGTCAAATATAATCTA
131 TTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATA
* * *
825 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * * *
890 CGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGGCTCTAAATGGACTTTGT-TTTTCAATGAATGGCT
66 TGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGTCAATGGATGGCT
** * * * *
954 TTTGCTTCATACTTCAT-GAGCCAAACATTTAGTTATAATATA
130 TTTGCTTCATGTTTC-TCAAGACAAACATTCAATTATAATATA
** * *
996 TTTTAATAAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAA-TCA-TTAC
1 TTTTAA-CCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA-
* ** * * * * * *
1059 AAGTAAACAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCCATTGATTG
63 AAGTGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGG
* * * *
1124 CTTTTGCTTCATGTTTCGCGAGACAGACATTCAGTTATAATATA
128 CTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATA
* * * * * * *
1168 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATCATGAGCTTATAAGACCATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
* * * ** *
1233 TAAGAAATAGGGCT-TTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAAATGGATGGT
66 TGAGTAATAAGGCTATCGAA-GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGGATGGC
** * * * *
1296 TTTTGCTTCACATTTC-CTAAGGCAGATATTCAGTTATAATAT-
129 TTTTGCTTCATGTTTCTC-AAGACAAACATTCAATTATAATATA
* * * *
1338 GTTT-------AA-A-AAAAAAA-T-AACATAAATTCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAG
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
** * * * * * ** *
1392 CCA-TCAATGAGGCTATCAAAGGCTTGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGCCT
66 TGAGT-AATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCT
** * ** *
1456 TTCACTTCACGTTTCT-AGAGGTAAACATTCAATTATAATTTA
130 TTTGCTTCATGTTTCTCA-AGACAAACATTCAATTATAATATA
* ** *
1498 ATTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
1 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAAT
Statistics
Matches: 702, Mismatches: 148, Indels: 60
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
158 1 0.00
159 106 0.15
160 8 0.01
161 7 0.01
163 2 0.00
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169 7 0.01
170 9 0.01
171 416 0.59
172 143 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGCTT
TTGCTTCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATA
Found at i:1231 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 483--1533 Score: 918
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 340
473 ATATAACCTG
* * * **
483 TTTTAACCAAAAAAGTAAAACAATTCAACCCAAAATCAATTATGAGAC-TATAAAACTATTTAAA
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAG-CTTATAAAACTATTTAAA
* * * *
547 GTGAGTACTAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTAC-AACTGGACTTTTCTTGTCAATGGATGGG
65 GTGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACT-CTAAATGGACTTTT-TTTTCAATGGATGGC
* * * * ** * * *
611 TTTTGCTTCATGTTTCTCAAGAAAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCAAAAATTTCAAAAC
128 TTTTGCTTCATATTTCT-AAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAAAAAAAATATAAAAAA
* * ** * *
676 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCAAATA
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAACAATAAGACTATCAAAGA
* * ** **
741 CTTAAGTGACTATAAATATACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTTACGTTTTTCAAGGTA
257 CTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCGCAAGACA
*
806 AACAGTCAAATATAATCTA
322 AACAGTCAAATATAATATA
* * * * *
825 TTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAG
* * *
890 CGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGGCTCTAAATGGACTTTGTTTTTCAATGAATGGCTT
66 TGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTT-TTTTTCAATGGATGGCTT
* * * *
955 TTGCTTCATACTTCATGAGCCAAACATTTAGTTATAATATATTTTAATAAAAAAATATAAAAAAA
130 TTGCTTCATATTTC-TAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAA-AAAAAAATATAAAAAAA
* * * * *
1020 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAATCA-TTACAAGTAAACAATAAGGCTATCGAAGG
193 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA-AAGTAAACAATAAGACTATCAAAGA
* * * * * * * *
1084 CTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTATCC-ATTGATTGCTTTTGCTTCATGTTTCGCGAGAC
257 CTTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-GCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCGCAAGAC
* * **
1148 AGACATTCAGTTATAATATA
321 AAACAGTCAAATATAATATA
* * *
1168 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATCATGAGCTTATAAGACCATTTAAAG
1 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAG
* * * ** * * * *
1233 TAAGAAATAGGGCT-TTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGGATGGTT
66 TGAGTAATAAGGCTATCGAA-GGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTTC-AATGGATGGCT
* * * * *
1297 TTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGATATTCAGTTATAATAT-GTTTAAAAAAAAA-AT-----AA
129 TTTGCTTCATATTT-CTAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAAAAAAAATATAAAAAAA
* * * ** * * * *
1355 --C-A--TAAATTCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCCATCAATGAGGCTATCAAAGGC
193 TTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAACAATAAGACTATCAAAGAC
* * * * * * **
1415 TTGAGTAACAATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGAT-GCCTTTCACTTCACGTTTC-TAGAGGT
258 TTAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTC-CTTCACGTTTCGCA-AGAC
* * *
1478 AAACATTCAATTATAATTTA
321 AAACAGTCAAATATAATATA
* * * *
1498 ATTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAAT
1 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAAT
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 116, Indels: 42
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 8 0.01
330 132 0.23
331 3 0.01
332 1 0.00
333 1 0.00
335 2 0.00
340 2 0.00
341 8 0.01
342 161 0.28
343 257 0.44
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAAATCAATTATGAGCTTATAAAACTATTTAAAG
TGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAGTGACTCTAAATGGACTTTTTTTTCAATGGATGGCTTT
TGCTTCATATTTCTAAGACAAACATTCAGTTATAATATATTTTAAAAAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAACAATAAGACTATCAAAGACTTA
AGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCCTTCACGTTTCGCAAGACAAACA
GTCAAATATAATATA
Done.