Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400927.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4089.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 923
Length: 1539
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 275 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:920 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 518--1539 Score: 1128
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 171
508 NNNNNNNNNN
* * *
518 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGTCTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
583 ACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTTATGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAATCT-
66 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* ** *
647 ATTTAATAAAAAATAT-AAAAAATTCATGTTAAAATCAACT
131 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * * *
687 GTGCGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
752 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTTAGAGGTAGACATTCAATCATAATATG
66 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
817 TTTTAATAAAAAAAATAAAACAATTCAACTAAAAATCAATT
131 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
858 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGATTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * *
923 ACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATCT
66 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTT-TAGAGGTAAACATTCAATTATAATCT
* * ** *
988 ATTTAAATAAAAAATATAGAAAAAATTCAACCCAAAATCAAAT
130 GTTTTAATAAAAAATATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** *
1031 ATGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTAAGTAATAAGGTTTTCGAAA-GCATGGGTGACTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTGACTATAAATG
* ** * * *
1095 GACTTTTCGTATCAATGGATATCTTTCTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATT
65 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT-TTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATC
* * * *
1159 TATTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTCAATTTAAAATCAATT
129 TGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * ** * * *
1202 ATGAGATTATAAAATCATTGAACGTAAGTAATACGGC-TTCTGAAGGCATGGGTGTA-TTTAAAT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGCATGGGTG-ACTATAAAT
* * ** * * ** * *
1265 GAACTTTCCTTGATAAAGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCCCA-ATGTAGACATTCAATTATAAT
64 GGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTT-TTAGAGGTAAACATTCAATTATAAT
* *
1329 CTGTTTTAAT--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATT
128 CTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * **
1371 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATAT
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
1436 ACTTTTCTTGTCAATAGATATCTTCTTCTTCACGTTTTTTGA-GTAAACATTCAATTATTATCTG
66 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
* * *
1500 TTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCACCTTAAAATCAAT
131 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 114, Indels: 29
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 28 0.04
169 224 0.31
170 52 0.07
171 233 0.32
172 79 0.11
173 103 0.14
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGG
ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATCTG
TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
Found at i:1458 original size:340 final size:338
Alignment explanation
Indices: 518--1539 Score: 1169
Period size: 344 Copynumber: 3.0 Consensus size: 338
508 NNNNNNNNNN
* * *
518 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGAGTGTCTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGTATTTAAATGG
* * *
583 ACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTTCTTTATGTTTATCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTA
65 ACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTT
* * ** * * * ** *
648 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTCATGTTAAAATCAACTGTGCGATTATAAAATTATTTAAAGCG
130 TTTAATAAAATATAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
** * * *
713 AGTAATAATGCTTTCAAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTT-
195 AGTAATAA-GCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTC
* * * * *
777 TTCTTCATGTTTTTAGAGGTAGACATTCAATCATAATATGTTTTAATAAAAAAAATAAAACAATT
259 TTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAA-AATT
*
842 CAACTAAAAATCAATT
323 CAACTTAAAATCAATT
*
858 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTG-ATTATAAATG
1 ATGAGATTATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGTATT-TAAATG
* * *
922 GACTTTTCTTCCCAATGGATATCTTTTTCTTCATGTTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTATAATC
64 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATG-TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATC
* ** *
987 TATTTAAATAAAAAATATAGAAAAAATTCAACCCAAAATCAAATATGAGATTATAAAGCCATTTA
128 T-TTTTAAT--AAAATATAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * *
1052 AAGTAAGTAATAAGGTTTTCGAAAGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTATCAATGGATAT
190 AAGTGAGTAATAAGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATAT
* * * *
1117 CTTTCTT-TTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACAAAAAATATAAAA
254 CTTTCTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAA
*
1181 AACTTCAATTTAAAATCAATT
319 AA-TTCAACTTAAAATCAATT
* * ** * * *
1202 ATGAGATTATAAAATCATTGAACGTAAGTAATACGGC-TTCTGAAGGCATGGGTGTATTTAAATG
1 ATGAGATTATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATGGGTGTATTTAAATG
* * ** * * * * * *
1266 AACTTTCCTTGATAAAGGATATCTTTTTCTTTACGTTTCCCAATGTAGACATTCAATTATAATCT
64 GACTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCT
* * *
1331 GTTTTAATAAAATGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
129 -TTTTAATAAAATATAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** *
1395 TGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTACAAATATACTTTTCTTGTCAATAGATATC-T
193 TGAGTAATAAG-CTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTT
* * * *
1459 TCTTCTTCACGTTTTTTGA-GTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAATC-AAAAATGTAAAAAA
257 TCTTCTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAA
*
1522 ATTCACCTTAAAATCAAT
320 ATTCAACTTAAAATCAAT
Statistics
Matches: 575, Mismatches: 91, Indels: 33
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 54 0.09
340 199 0.35
341 39 0.07
342 5 0.01
343 40 0.07
344 232 0.40
345 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (338 bp):
ATGAGATTATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGTATTTAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGGATATCTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTTT
TTAATAAAATATAGAAAAAATTCAACTTAAAATCAAATATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGGATATCTTTCTT
CTTCACGTTTTTAGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATT
Done.