Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397622.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2568.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4097
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.11, T:0.28
Warning! 915 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1276 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 794--1611 Score: 507
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 170
784 NNNNNNNNNN
* * * * ** *
794 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTTGATGTAGATATTC
1 GACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGATATTC
** ********** * *
859 AATTAT-ATCGGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAATATAA
** ** * * *
923 AATAATTTAAAAAGATTAATAAGGCTTTTGAAGGATTAGGT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * * * ** * * * ** **
964 GACTATAAATAGACTTCTGTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTTTGGAGGTAGGCATT
1 GACTATAAATGGAATTTTCTTAC-CAATGAATCTCTTTTTCT-TATGTTTCTCAAGGTAGATATT
* * * * * * * **
1028 CATTTATAGTCTTTTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATNNN
64 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAAT-AT
******* *
1092 NNNNNNNTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGAATGGGT
128 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* *
1135 GACTAAAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTCTCTATGCTTCTCAAGGTAGATATTC
1 GACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTCT-TATGTTTCTCAAGGTAGATATTC
* * ********** * *
1200 AATTCTAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATNNNNNNNNNNATCAATTATGAGATTATAA
65 AATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAATATAA
* * * **
1265 AACCATTTAAAGCCAGTAATAAGACTTTTAAAGGAATGAAT
130 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* * ** *
1306 GACTATAAATGGACTTTTCGTACCAATGAATGC-CTTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGTAGACATT
1 GACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAAT-CTCTTTTTC-TTATGTTTCTCAAGGTAGATATT
********** * * *
1370 CAANNNNNNNNNNTTTTAA-TAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCCATTATAAGAATATA
64 CAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAATATA
* * *
1434 AAATCATTTAAAGCGACTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
129 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
* *
1476 GACTATAGAT-GAATTTTTCTTACCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACT-T
1 GACTATAAATGGAA-TTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTCTT-ATGTTTCTCAAGGTAGA-TAT
* * * * * ** *
1539 TCAATTATAATCTGTTTTGACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGTGATTAT
63 TCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAATAT
1604 AAAACCAT
128 AAAACCAT
1612 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 479, Mismatches: 156, Indels: 25
0.73 0.24 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 179 0.37
171 291 0.61
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
GACTATAAATGGAATTTTCTTACCAATGAATCTCTTTTTCTTATGTTTCTCAAGGTAGATATTCA
ATTATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATAAGAATATAAA
ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
Found at i:3204 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3015--3354 Score: 426
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
3005 NNNNNNNAAT
*
3015 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAC-CGTTTAAAGCGAGTAATAAG-GCT-TTCAAA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTC-TTTAAAGCGAATAA-AAGTGCTATT-AAA
** * *
3076 GGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTT-CCTAATGAATGTCTTTTTCATCATGTTTCTTGAG
63 GGAATGGGT-ACTATAAATAGACATTT-TTGCCTAATGAATCCCTTGTTCATCAAGTTTCTTGAG
*
3140 GTAGACG-TTCAATTATA-TTCTGTTTTAA-CTAAAAATTTTAAAAAAA
126 GTAGA-GATTCAATTATAGTT-TGTTTTAATC-AAAAATGTTAAAAAAA
* *
3186 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTCTTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTGAAGGA
1 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTCTTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTAAAGGA
* * * * * *
3251 ATGGGTACTATAAATGGTCCTTTTTGGCTAATGCATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGA
66 ATGGGTACTATAAATAGACATTTTTGCCTAATGAATCCCTTGTTCATCAAGTTTCTTGAGGTAGA
3316 GATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAA
131 GATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAA
3355 CTATTTAAAG
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 14, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 107 0.73
172 34 0.23
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTCTTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTAAAGGA
ATGGGTACTATAAATAGACATTTTTGCCTAATGAATCCCTTGTTCATCAAGTTTCTTGAGGTAGA
GATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAATGTTAAAAAAA
Found at i:3363 original size:479 final size:480
Alignment explanation
Indices: 2867--3834 Score: 1085
Period size: 479 Copynumber: 2.0 Consensus size: 480
2857 CAATTATGAG
* *
2867 GTTATAAAACAATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATGGACT-
1 GTTA-AAAACAATTT-AAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATAGA-TA
* * * ** *
2930 T-TTTTTCTCAATGAATGACTTTTTCTACACG-TTTTTCAAGGCAGGTATTTAATTATAGTCTGT
63 TGTCTTACT-AATGAATCACTTTTTCT-CACGTTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGT
** ********** * **
2993 TTTAATGAANNNNNNNNNNAATTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCGTTT-AAAG
126 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAG
*
3056 CGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTC-TTCCT-AATGAATGTC
191 -GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTTCCTCAATGAATGGC
* ** * * * *
3119 TTTTTCATCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAA
254 TTTTTCA-CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAAGTGTAAAAA
* *
3184 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTC-TTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTGAA
317 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAATAAAAGGGCTATTGAA
* * * * * **
3248 GGAATGGGT-ACTATAAATGGTCCTTTTTGGCTAATGCATCCCTTGTTCTTCAA-GTTTCTTGAG
381 GGAATGAGTGACTATAAATAGACCTTTTTGGCCAATGAATCCCTTGTTCTT-AACGTTTCTCAAG
* * *
3311 GTAGAGATTCAATTATAGTTTGTTTTAATCAAAAAT
445 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
* ** * ** *
3347 GTTAAAAACTATTTAAAGCTTGCAATAGGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGATATGT
1 GTTAAAAACAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATAGATATGT
* * ** *
3412 CTTACTAATGAATCCCTTTTTCTCATGTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
66 CTTACTAATGAATCACTTTTTCTCACGTTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
*
3477 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTA
131 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTA
** * * *
3542 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTA
196 ATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTTCCTCAATGAATGGCTTTTTCA
* * * * * *
3607 CACGTTTCTCAATGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGTAAAATAATTTAACT
261 CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACT
** * *
3672 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAGGGCTATTGAAGGAATGAGTG
326 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAAAGGGCTATTGAAGGAATGAGTG
* * * *
3737 ACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATCCCTTGTTCTTAACTTTTCTCAAGTTAGACATTCA
391 ACTATAAATAGACCTTTTTGGCCAATGAATCCCTTGTTCTTAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
3802 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
456 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
3827 GTTAAAAA
1 GTTAAAAA
3835 ATTCAATTTA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 75, Indels: 22
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
478 9 0.02
479 200 0.50
480 174 0.43
481 19 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (480 bp):
GTTAAAAACAATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATAGATATGT
CTTACTAATGAATCACTTTTTCTCACGTTTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTA
ATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTTCCTCAATGAATGGCTTTTTCA
CACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAAGTGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAATAAAAGGGCTATTGAAGGAATGAGTG
ACTATAAATAGACCTTTTTGGCCAATGAATCCCTTGTTCTTAACGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAT
Found at i:3632 original size:309 final size:308
Alignment explanation
Indices: 3074--3661 Score: 762
Period size: 309 Copynumber: 1.9 Consensus size: 308
3064 AAGGCTTTCA
* * * **
3074 AAGGAATGGGTGACTATAAATAGACATTTCTTCCTAATGAATGTCTTTTTCATCATGTTTCTTGA
1 AAGGAATGCGTGACTATAAATAGACATGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCATCATGTTTCTTGA
* * * *
3139 GGTAGACGTTCAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
66 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
**
3204 ATGAGGTTATAAAACTCTTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTGAAGGAATGGGTACTATAAATGGT
131 ATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTGAAGGAATGGGTACTATAAATGGT
* * ** *
3269 CCTTTTTGGCTAATGCATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAGTTTGT
196 ACTTTTTGGCTAATGAATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTGT
3334 TTTAATCAAAAATGTTAAAAACTATTTAAAGCTTGCAATAGGGCTTTTG
261 TTTAATCAAAAATG-TAAAAACTATTTAAAGCTTGCAATAGGGCTTTTG
* *
3383 AAGGAATGCGTGACTATAAATAGATATGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTC-TCATGTTTTTTTG
1 AAGGAATGCGTGACTATAAATAGACATGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCATCATG-TTTCTTG
3447 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
65 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* *
3511 TATG-GGATTATAAAACAATTTAAAAG-GAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAA
130 TATGAGG-TTATAAAACAATTT-AAAGCGAATAA-AAGTGCTATTGAAGGAATGGGT-ACTATAA
** ** * *
3573 ATGG-ACTTTCTTTTCTCAATGAATGGCTT-TT-TTACACGTTTCTCAATGTAG-GCATTCAATT
191 ATGGTACTTT-TTGGCT-AATGAATCCCTTGTTCTT-CAAGTTTCTCAAGGTAGAG-ATTCAATT
* * *
3634 CTAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGTAAAA
252 ATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAA
3662 TAATTTAACT
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 29, Indels: 19
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
307 2 0.01
308 81 0.34
309 149 0.62
310 9 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (308 bp):
AAGGAATGCGTGACTATAAATAGACATGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCATCATGTTTCTTGA
GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
ATGAGGTTATAAAACAATTTAAAGCGAATAAAAGTGCTATTGAAGGAATGGGTACTATAAATGGT
ACTTTTTGGCTAATGAATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAGTCTGT
TTTAATCAAAAATGTAAAAACTATTTAAAGCTTGCAATAGGGCTTTTG
Found at i:3641 original size:650 final size:650
Alignment explanation
Indices: 2373--3913 Score: 1776
Period size: 650 Copynumber: 2.4 Consensus size: 650
2363 NNNNNNNNNN
* * * *
2373 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTTGAATA-G-ATAAGT
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATT-AA-AGGAATGAGT
* * * * ** * * *
2436 GGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAACGAATAGCTTTTTC-T-CCATGTTTCTCCAAGG-AGGCA
64 GACTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATCCCTTGTTCATAAC-T-TTTCT-CAAGGTAGACA
* ** * ** **********
2498 TTCAATTATAGTCCGTTTTAATGAAGAATGCAAAAAAATTCAACTTAAANNNNNNNNNNAGGTTA
126 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTA
2563 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGTACCTTTCTT
191 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGTACCTTTCTT
*
2628 TCTAATGAATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATCATAGTCTGTTCAACTAA
256 GCTAATGAATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATCATAGTCTGTTCAACTAA
*
2693 AAATGTTAAAAACTATTTCAAGTTAACAATAACCCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGAC
321 AAATGTTAAAAACTATTTAAAGTTAACAATAACCCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGAC
* * * * *
2758 TTTTCTTGCTAATGAATCCCTTTTTTTCATTTTTTTTTGAGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTT
386 TTGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCTCATGTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTT
* **********
2823 TTAACTAAAAATGNNNNNNNNNNCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAAGG
451 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAAGG
2888 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTT
516 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTT
* * * **********
2953 TCTACACGTTTTTCAAGGCAGGTATTTAATTATAGTCTGTTTTAATG-AANNNNNNNNNNAATTT
581 TCTACACGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGTAAAATAATTT
3017 CAACTT
646 -AACTT
* *
3023 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCT-TTCAAAGGAATGGGTG
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATT-AAAGGAATGAGTG
** * * ** *
3086 ACTATAAATAGACATTTCTT-CCTAATGAATGTCTTTTTCATCA-TGTTTCTTGAGGTAGACGTT
65 ACTATAAATAGACATTTCTTGCC-AATGAATCCCTTGTTCATAACT-TTTCTCAAGGTAGACATT
* * *
3149 CAATTATATTCTGTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
128 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT
3214 AAAACTC-TTTAAAGCGAA-TAA-AAGTGCTATTGAAGGAATGGGT-ACTATAAATGGT-CCTTT
192 AAAAC-CATTTAAAGC-AAGTAATAAG-GCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAAT-GTACCTTT
* * * * * *
3274 -TTGGCTAATGCATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTTGAGGTAGAGATTCAATTATAGTTTGTTTTA
253 CTT-GCTAATGAATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATCATAGTCTG-TTCA
* ***
3338 A-TCAAAAATGTTAAAAACTATTTAAAGCTT-GCAATAGGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATA
316 ACT-AAAAATGTTAAAAACTATTTAAAG-TTAACAATAACCCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATA
3401 AATAGA-TATGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCTCATGTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTAT
379 AATAGACT-TGTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCTCATGTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTAT
3465 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GGATTATAAAACAA
443 AGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACAA
** *
3529 TTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTTTCTCAATG
507 TTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATGGACTTT-TTTTCTCAATG
* * * *
3594 AATGGCTTTTT-TACACGTTTCTCAATGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGT
571 AATGACTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGT
3658 AAAATAATTTAACTT
636 AAAATAATTTAACTT
** * *
3673 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAGGGCTATTGAAGGAATGAGTGA
1 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATTAAAGGAATGAGTGA
* * * *
3738 CTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATCCCTTGTTCTTAACTTTTCTCAAGTTAGACATTCAA
66 CTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATCCCTTGTTCATAACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
* * *
3803 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAA
131 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
** * * * *
3868 TAATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATA
196 CCATTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATA
3914 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 111, Indels: 55
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
647 1 0.00
648 12 0.02
649 165 0.22
650 415 0.55
651 154 0.20
652 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (650 bp):
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATTAAAGGAATGAGTGA
CTATAAATAGACATTTCTTGCCAATGAATCCCTTGTTCATAACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAA
CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGTACCTTTCTTGCTAA
TGAATCCCTTGTTCTTCAAGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATCATAGTCTGTTCAACTAAAAATG
TTAAAAACTATTTAAAGTTAACAATAACCCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGACTTGTC
TTACTAATGAATCCCTTTTTCTCATGTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAA
TAAGGCTTTTGAAGGAATGAATAACTATAAATGGACTTTTTTTCTCAATGAATGACTTTTTCTAC
ACGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGTAAAATAATTTAACTT
Found at i:3642 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3449--4096 Score: 680
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
3439 TTTTTTTGAG
3449 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
1 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* *
3514 GGGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
66 GAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
3579 TTTCTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACACGTTTCTCAA
131 TTTCTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACACGTTTCTCAA
* * ** * * *
3619 TGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGTAAAATAATTTAACTTAAAATCAATTA
1 -GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** * * *
3684 TGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAATAGGGCTATTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGA
65 TGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGA
** *
3749 CTTT-TTTTGC-CAATGAATCCCTTGTTCTTA-ACTTTTCTCAA
130 CTTTCTTTT-CTCAATGAATGGCTT-TT-TTACACGTTTCTCAA
* * *
3790 GTTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAGTCAATTA
1 G-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ****
3855 TGAGATTATAAAATAATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-AGGTGACTATANNNNN
65 TGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATA-AATG
***** * * *
3919 NNNNNTC--TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCTAG
128 GACTTTCTTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TACACGTTTCTC-AA
** * ** ********
3962 GTAGGTATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNCTTAAAATCAATT
1 GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA--AAATTCAACTTAAAATCAATT
* ** *
4027 ATGAGATTATGAAACCGTTT-AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
64 ATGAGATTATAAAACAATTTAAAAG-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG
4091 GACTTT
128 GACTTT
4097 T
Statistics
Matches: 383, Mismatches: 79, Indels: 29
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 22 0.06
171 289 0.75
172 11 0.03
173 59 0.15
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
TTTCTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACACGTTTCTCAA
Found at i:3983 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3351--4097 Score: 915
Period size: 342 Copynumber: 2.2 Consensus size: 342
3341 AAAAATGTTA
* ** * * *
3351 AAAACTATTTAAAGCTTGCAATAGGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATAGA-TATGTCTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACT-TTTCTT
* * ** * **
3415 ACTAATGAATCCCTTTTTCTCATGTTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
65 ACCAATGAATCCCTTGTTCTCAACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCA
*
3480 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATA
130 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATA
*
3545 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACAC
195 AGGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTC-TTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACAC
* * * *
3610 GTTTCTCAATGTAGGCATTCAATTCTAGTCTGTTTTAATGAAAAGTGT-AAAATAATTTAACTTA
259 GTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAATTTAACTTA
3674 AAATCAATTATGAGATTAT
324 AAATCAATTATGAGATTAT
*** * * *
3693 AAAACCATTTAAATTGAGTAATAGGGCTATTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTG
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
* *
3758 CCAATGAATCCCTTGTTCTTAACTTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
66 CCAATGAATCCCTTGTTCTCAACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
* * * *
3823 AAATGTTAAAAAATTCAATTTAAAGTCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAAGGAGTAATAA
131 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAA
********* *
3888 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATANNNNNNNNNNTC-TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACAT
196 GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATA-AATGGACTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTT-TACAC
* * * *********
3952 GTTTCCCTAGGTAGGTATTTAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAANNNNNNNNNNCTT
259 GTTTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAA-ATAATTTAACTT
4017 AAAATCAATTATGAGATTAT
323 AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * *
4037 GAAACCGTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
1 AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTT
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 60, Indels: 8
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 20 0.06
342 238 0.70
343 6 0.02
344 76 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA
CCAATGAATCCCTTGTTCTCAACTTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAAGGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTCTTTCTCAATGAATGGCTTTTTTACACGT
TTCCCAAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAATAATTTAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTAT
Done.