Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400955.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4116.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1975
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.08, T:0.26
Warning! 694 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1279 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 823--1975 Score: 1030
Period size: 171 Copynumber: 6.7 Consensus size: 170
813 NNNNNNNNNN
* * *
823 TAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGGCTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* * ** * * * ** *
888 TGCCTGCCTTTTGAATCGA-GAAGAAAAAAGCTTTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTC
66 TGTCTGTCTTGAGAAAC-ATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC
* * *
952 CCAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTA
130 TCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATT-TAAATGGTTTTA
** * * * * *
994 TAATCTCATAATTGATTTTGTGTTCAATTTTTTTTATATATTTCATTAAAACAGAGTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGA
* ** * ** *
1059 ATGTCTGCCTTGA-AAATGGTAAAGGAAAAG-GCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTACAGCC
65 ATGTCTGTCTTGAGAAA-CATGAA-GAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCC
* * * * * *
1122 TTTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAGTGATTTTA
128 TCTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-TTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1166 TAATCTAATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * *
1231 TGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
66 TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
* * * *
1296 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTC
131 CATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTC-ATTTAAATGGTTTTA
* * * * **
1337 TAGTCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
** * * ** *
1402 TGTCT-TCCTTTCGAATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTC
66 TGTCTGT-CTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC
* * *
1466 TCAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTGAATGGTTTTA
130 TCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATT-TAAATGGTTTTA
* * *
1508 TAAACTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAA-ACGAGTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAATA-GACTATAATTG
* * * *
1572 AATGTCTGTCTTGA-AAA-ATGTAAAGAAAA-AGGTAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAG
64 AATGTCTGTCTTGAGAAACATG--AAGAAAAGA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
* * * * * **
1634 CCTCTCCTTCCTTTAAAAGCATTTTTACTTATTTTAGGTGGTTTTA
126 CCTCTCATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-TTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
1680 TAATCTAATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTTTTAGATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* * * * * *
1745 TGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCAGTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACT
66 TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
* * * * ** * * *
1810 CATTCCTTTAAAAGACTTCTCGCT-AGCTTTAAATAGTTATC
131 CATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA--TTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1851 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTCAGTAAAACATACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
* ** * * ** * *
1916 TGTCTGCCTCAAGAAATATGAAGAAAA-ATGCATTCTTTGATACGAAAAGTCCATTTATAG
66 TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 171, Indels: 46
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 14 0.02
171 500 0.63
172 261 0.33
173 13 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAATTGAA
TGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
CATTTCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATTTAAATGGTTTTA
Found at i:1544 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 828--1975 Score: 1037
Period size: 343 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
818 NNNNNTAATG
* * *
828 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAAGGCTATAATTGAATGCCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATT-AAAAAGACTATAATTGAATGTCT
* ** * * ** *
893 GCCTTTTGAATCGA-GAAGAAAAAAGCTTTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCAGT
65 GTCTTGAGAAAC-ATGAAG-AAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCA-T
* * *
957 T-CTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGTGTTCAA
127 TCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCATT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAA
* * ** * * * * ** * *
1021 TTTTTTTTATATATTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGGTAAAGGAA
191 -TGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAATCATGAAGAAA
* * * * * * * *
1086 AAGGCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTACAGCCTTTCATTTTTTCAAAAGCCTTATTACTTA
255 AAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCAGTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
*
1151 CTTTAAGTGATTTTATAATC
320 CTTTAAGTGATTTTATAAAC
* * * *
1171 TAATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCT
* * * * *
1236 ATATTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
65 GTCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTC
* * * *
1301 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTCTAGTCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATG
129 CTTCAAAAGCCTTTTTACTC-ATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATG
**
1366 TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTTCGAATCATGAAGAAAAAA
193 TTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAATCATGAAGAAAAAA
* * *
1431 GCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTCTCAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCA-TT
258 GCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCAGTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
*
1495 CTGAA-TGGTTTTATAAAC
323 -T-AAGTGATTTTATAAAC
* *
1513 TCATAATTGATTTTAAGTTCAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAAACGAGTATAATTGAATGTC
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTCATTAAAAA-GACTATAATTGAATGTC
* * * *
1578 TGTCTTGA-AAA-ATGTAAAGAAAAAGGTAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCC
64 TGTCTTGAGAAACATG--AAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTC-CC
* * * ** *
1641 -TTCCTTTAAAAGCATTTTTACTTATTTTAGGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTT-ATGTT
125 ATTCCTTCAAAAGCCTTTTTACTCA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGA-GTT
* * *
1704 GAA-GTTTTT-TAGATTTTTGATTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTAT-CTTGAGAAACATGA
188 GAATGTTTTTATA-TTTTTTG-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCT-TCCTTGAGAATCATGA
* * ** * * * * * * * * *
1766 AGAAAAGAGCATTCAGTGGCAAGAAAATTCCATTTATAGTCACTCA-TTCCTTTAAAAGACTTCT
250 AGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCAGTT-CTTCAAAAGCCTTAT
** * * * *
1830 CGCT-AGCTTTAAAT-AGTTATCTAATC
314 TACTCA-CTTTAAGTGA-TTTTATAAAC
* * * * *
1856 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTCAGTAAAACATACTATAATTGAATGTCT
1 TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA-AGACTATAATTGAATGTCT
* ** * * ** * *
1921 GCCTCAAGAAATATGAAGAAAAATGCATTCTTTGATACGAAAAGTCCATTTATAG
65 GTCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
Statistics
Matches: 657, Mismatches: 122, Indels: 53
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
341 7 0.01
342 239 0.36
343 401 0.61
344 10 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (339 bp):
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAAAGACTATAATTGAATGTCTG
TCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGCCTCCCATTCCT
TCAAAAGCCTTTTTACTCATTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTT
TTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAATCATGAAGAAAAAAGCA
TTCATTGATAACAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCAGTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
GTGATTTTATAAAC
Found at i:1800 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 823--1975 Score: 1620
Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 513
813 NNNNNNNNNN
* * *
823 TAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAAAAGGCTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAAAGACTATAATTGA
* * *
887 ATGCCTGCCTTTTGAATCGA-GAAGAAAAAAGCTTTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCT
64 ATGTCTGCCTTTAGAATC-ATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCT
* **
951 CCCAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGTG
128 CCCAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAG
* *
1016 TTCAATTTTTTTTATATATTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGGTAA
193 TTCAATTGTTTTTACATATTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGGTAA
* * * ** * * *
1081 AGGAAAAGGCATTCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTACAGCCTTTCATTTTTTCAAAAGCCTTATT
258 AGAAAAAGGCAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCTTTCAAAAGCATTATT
* *
1146 ACTTACTTTAAGTGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTTAT
323 ACTTACTTTAAGTGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGAT
*
1211 TAAAATAGACAATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATTGGCAAGA
388 TAAAATAGACAATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCAGTGGCAAGA
* * * * *
1276 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTC
453 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATCACTAGCTTTAAATAGTTATC
* * * *
1337 TAGTCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAA
* * *
1402 TGTCTTCCTTTCGAATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTCT
65 TGTCTGCCTTTAGAATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTCC
*
1467 CAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTGAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT
130 CAGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTT
* *
1532 CAATTGTTTTTACATTTTTCATTAAAA-ACGAGTATAATTGAATGTCTGTCTTGAAAAAT-GTAA
195 CAATTGTTTTTACATATTTCATTAAAACA-GAGTATAATTGAATGTCTGCCTTG-AAAATGGTAA
* * *
1595 AGAAAAAGGTAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCCTTCCTTT-AAAAGCATTTT
258 AGAAAAAGGCAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATT-CTTTCAAAAGCATTAT
* * * * * *
1659 TACTTATTTTAGGTGGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTATGTTGAAGTTTTTTAGATTTTTGA
322 TACTTACTTTAAGTGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGA
*
1724 TTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCAGTGGCAAG
387 TTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCAGTGGCAAG
* * * * *
1789 AAAATTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGACTTCTCGCTAGCTTTAAATAGTTATC
452 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATCACTAGCTTTAAATAGTTATC
* *
1851 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTCAG-TAAAACATACTATAATTGA
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTT-AGTTAAAAAAGACTATAATTGA
** * * *
1915 ATGTCTGCCTCAAGAAAT-ATGAAGAAAAATGCATTCTTTGAT-ACGAAAAGTCCATTTATAG
64 ATGTCTGCCTTTAG-AATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAAC-AAAAGTCTATTTATAG
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 63, Indels: 20
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
513 10 0.02
514 544 0.96
515 12 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (513 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAAAGACTATAATTGAAT
GTCTGCCTTTAGAATCATGAAGAAAAAAGCATTCATTGATAACAAAAGTCTATTTATAGCCTCCC
AGTTCTTCAACAGCCTTTTTACTCATTCTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTC
AATTGTTTTTACATATTTCATTAAAACAGAGTATAATTGAATGTCTGCCTTGAAAATGGTAAAGA
AAAAGGCAGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTACAGCCTCTCATTCTTTCAAAAGCATTATTACT
TACTTTAAGTGATTTTATAATCTAATAATTGATTTTACGTTAAAGTTTTTTACATTTTTGATTAA
AATAGACAATAATTGAATGTCTATATTGAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCAGTGGCAAGAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGACTTATCACTAGCTTTAAATAGTTATC
Done.