Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400972.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4131.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2739
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.11, T:0.30
Warning! 457 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1607 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1155--2739 Score: 1447
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 171
1145 NNNNNNNNNN
** * *
1155 GTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATT
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * *
1219 TAAGGCGAATAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAT
* *
1284 ATCTTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATA
131 GTCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * * * *
1325 ATATGTTTTAACCAATAATGTAAAAAAAATTGAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTAT
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
1390 TTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGAAAGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGAA
65 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAA
* * *
1455 TGTTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
130 TGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* *
1497 GTCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * *
1562 TAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCTAATGAA
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCC-AATGAA
* * ** *
1626 TATCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTGGACATTCAGTTATA
130 TGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * * * * **
1668 ATCTATTTTAGCCACATATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAAAAAATAATT
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * ** *
1732 TAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTTTCAATAAA
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * * **
1796 TAG-GTTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAAGTATTCAATTATA
130 T-GTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* ** ** * * *
1838 GTCTGTTTTAAGCAAAAATGCAAAAACTTTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATT
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ********** * **
1903 TAAAGCAANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTTACAATGAA
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TTTTTCTTGCCAATGAA
* * * * *
1967 TGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGCTAAACATTGAATTATA
130 TGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * * ** *
2009 ATATGTTTTAA-AAAATAATGTTAAAAAAATTGAACAAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCA
1 GTCTGTTTTAACCAAA-AAT-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
** * ** * ** *
2073 TTTAAATTGAGTACTAAGGCTTTTGAAAAAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGA
64 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGA
** *
2138 ATGT-TTTTT-TT-ATGTTTCTCGAGGTAAGCATTCAATTATA
129 ATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * *
2178 ATCTGTTTTAACTAAAAAT-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATT
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
2242 TAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
2307 GTGTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATA
131 GTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* * * * ********
2348 GTTTGTTTTAACCAAAACTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNN
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
*** * * * *
2413 NNNAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTGAATG-A
66 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGC-CAATGAA
** * ***
2476 TCAACTTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGGTATTCAATTATA
130 T-GTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* ** * *
2519 GT-TTTTTATAAAGAAAAATATAAAAATATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 GTCTGTTT-TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * *
2583 TTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGAATTTGTT-TTGCCAGTGA
65 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTT-TTCTTGCCAATGA
* * * * *
2647 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTTAACTATA
129 ATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
* * *
2690 GTTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
1 GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
Statistics
Matches: 1126, Mismatches: 265, Indels: 47
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
167 92 0.08
168 4 0.00
169 38 0.03
170 204 0.18
171 572 0.51
172 215 0.19
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAAT
GTCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATA
Found at i:1905 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 1155--2739 Score: 1529
Period size: 341 Copynumber: 4.6 Consensus size: 336
1145 NNNNNNNNNN
*
1155 GTCTGTTTTAATG-AAAAATATAAAACAATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
1 GTCTGTTTTAA-GCAAAAAT-TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
* * * * *
1218 TTAAGGCGAATAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAA
63 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAA
* **
1283 TATCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATAATGTAA
127 TGTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAT-ATGT-A
* * * * * *
1348 AAAAAATTGAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT
190 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * **
1413 GAAAGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGAATGTTTTTTTCTTTATGTTTCTCA
254 GAAAGAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAATG-GTTTTTCTACATGTTTCTCA
*
1478 AGGTAAACATTCAATTATA
318 AGGTAAGCATTCAATTATA
* *
1497 GTCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
1 GTCTGTTTTAAGCAAAAAT-TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* *
1562 TAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCTAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAAT
* * * * * * *
1627 ATCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTGGACATTCAGTTATAATCTATTTTAGCCACATATGT-AA
128 GTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCA-ATATGTAAA
* * *
1691 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAAAAAATAATTTAAAGCGAGTAGTGAGGCTTTTGA
192 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAAT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * ** * * *
1756 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTTTCAATAAATAGGTTTTTCTACACGTTTCTCAA
256 AAGAATAGAAGACTATAAATGGA-TTTTTCTTTCCAATGAAT-GGTTTTTCTACATGTTTCTCAA
* *
1820 GGCAAGTATTCAATTATA
319 GGTAAGCATTCAATTATA
* * * * *
1838 GTCTGTTTTAAGCAAAAATGCAAAAACTTTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATT
1 GTCTGTTTTAAGCAAAAAT-TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* ********** * * *
1903 TAAAGCAANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTCCAATGAAT
* * * * **
1968 GTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGCTAAACATTGAATTATAATATGTTTTAAAAAATAATGTTAA
128 GTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAT-ATG-TAA
* ** * ** ** *
2033 AAAAATTGAACAAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTACTAAGGCTTTTG
191 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** *
2098 AAAAAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAAT-GTTTTT-TTTATGTTTCTCGAG
255 AAAGAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTCTACATGTTTCTCAAG
2161 GTAAGCATTCAATTATA
320 GTAAGCATTCAATTATA
* * *
2178 ATCTGTTTTAA-CTAAAAATTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACTATT
1 GTCTGTTTTAAGC-AAAAA-TTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * *
2242 TAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAATGAAT
64 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAAT
* * * * * * *
2307 GTGTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAGTTTGTTTTAACCAAAACTGTAAA
128 GTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATA-TGTAAA
* ***********
2372 AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
192 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-AAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * * * ** *
2437 AGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTC-TTCTGAATG-ATCAACTTTTTCTACATGTTTCTTA
256 AAGAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTC-CAATGAAT--GGTTTTTCTACATGTTTCTCA
* *
2500 AGGTAGGTATTCAATTATA
318 AGGTAAGCATTCAATTATA
* *
2519 GT-TTTTTATAAAG-AAAAATATAAAAATATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
1 GTCTGTTT-T-AAGCAAAAAT-TAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * *
2582 TTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAAT-GAATTTGTTTTGCCAGTG
62 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTT-CCAATG
* * * * * * * * *
2646 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTTAACTATAGTTTGTTTTAACTAAAAATGT
125 AATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAAC-CAATATGT
2711 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
189 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 192, Indels: 60
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
337 5 0.00
338 85 0.08
339 122 0.12
340 64 0.06
341 304 0.30
342 217 0.21
343 218 0.21
344 6 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
GTCTGTTTTAAGCAAAAATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGTC
TTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATATGTAAAAAAA
TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAATATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAA
TAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAATGGTTTTTCTACATGTTTCTCAAGGTAAGC
ATTCAATTATA
Found at i:2608 original size:681 final size:682
Alignment explanation
Indices: 1155--2735 Score: 1901
Period size: 681 Copynumber: 2.3 Consensus size: 682
1145 NNNNNNNNNN
1155 GTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACA-ATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
1 GTCTGTTTTAA-GAAAAATATAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * * *
1218 TTAAGGCGAATAATAAGACTTTTGAATGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCCAATGAA
64 TTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAA
* ** * ** *
1283 TATCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATAATGTAA
129 TGTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAAAAATAATGTTA
* * *
1348 AAAAAATTGAACCTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT
194 AAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTT
* *
1413 GAAAGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGAATGTTTTTTTCTTTATGTTTCTCA
259 GAAAAAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGAATG-TTTTTTCTTTATGTTTCTCA
*
1478 AGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
323 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * *
1543 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
388 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGA
* * * * *
1608 ACTTTTCTTCCTAATGAATATCTTTTTCTTCATGTTTTTTAAGGTGGACATTCAGTTATAATCTA
453 ACTTTTCTTCCTAATGAATATCTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTA
* *
1673 TTTTAGCCACATATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAAAAAATAATTTAAAGC
518 TTTTAACCACAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAAAAAATAATTTAAAGC
* * * * * * **
1738 GAGTAGTGAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTCAATAAATAGGTTT
583 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAACTTT
1803 TTCTACACGTTTCTCAAGGCAAGTATTCAATTATA
648 TTCTACACGTTTCTCAAGGCAAGTATTCAATTATA
** * *
1838 GTCTGTTTTAAGCAAAAATGCAAAAACT-TTCAAGTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCAT
1 GTCTGTTTTAAG-AAAAATATAAAAA-TATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
********* * **
1902 TTAAAGC-AANNNNNNNNNNTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTACAATGA
64 TTAAAGCGAA-TAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGA
* * *
1966 ATGTCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGCTAAACATTGAATTATAATATGTTTTAAAAAATAATGTT
128 ATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAAAAATAATGTT
* ** * *
2031 AAAAAAATTGAACAAAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTACTAAGGCTTT
193 AAAAAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTT
* * *
2096 TGAAAAAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTTCCAATGAATG-TTTTT-TTTATGTTTCTCG
258 TGAAAAAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGAATGTTTTTTCTTTATGTTTCTCA
* * * *
2159 AGGTAAGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATT
323 AGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
2223 TTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGA
388 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGA
* * * * * * *
2288 ACTTTTCTTGCTAATGAATGTGTTTTACTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAATCAATTATAGTTTG
453 ACTTTTCTTCCTAATGAATATCTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTA
* * * ***********
2353 TTTTAACCA-AAACTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATANNNNNNNNNNNA
518 TTTTAACCACAAA-TGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAAAAAATAATTTAAA
* *
2417 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCTGAAT-GATCAAC
581 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAAT-AAC
* * * *
2481 TTTTTCTACATGTTTCTTAAGGTAGGTATTCAATTATA
645 TTTTTCTACACGTTTCTCAAGGCAAGTATTCAATTATA
* * *
2519 GT-TTTTTATAAAGAAAAATATAAAAATATTCACCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAT
1 GTCTGTTT-T-AAGAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCAT
* * * * * * *
2583 TTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAAT-GAATTTGTTTTGCCAGTGA
64 TTAAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TTTTCCCAATGA
* * * * * * *
2647 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTGTTGAGGTAAACATTTAACTATAGTTTGTTTTAACTAAA-AATG-
128 ATGTCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-AAAATAATGT
* *
2710 TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
192 TAAAAAAATTGAACATAAAATCAATT
2736 ATGA
Statistics
Matches: 751, Mismatches: 133, Indels: 31
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
679 2 0.00
680 176 0.23
681 305 0.41
682 14 0.02
683 30 0.04
684 224 0.30
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (682 bp):
GTCTGTTTTAAGAAAAATATAAAAATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
AAAGCGAATAATAAGACTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTCCCAATGAATG
TCTTTTTCTTCATGTTTTTTGAGGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAAAAAATAATGTTAAA
AAAATTGAACATAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTGA
AAAAATAGAAGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAAGGAATGTTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGG
TAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCCTTTGAAGGAACGAGTGACTATAAATGAACT
TTTCTTCCTAATGAATATCTTTTACTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATCAATTATAATCTATTT
TAACCACAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTAAAAAATAATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATAAATAACTTTTTC
TACACGTTTCTCAAGGCAAGTATTCAATTATA
Done.