Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400980.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4140.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5462
ACGTcount: A:0.22, C:0.08, G:0.07, T:0.21
Warning! 2229 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3656 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3320--4531 Score: 1152
Period size: 172 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
3310 NNNNNNNNNN
* * * *
3320 AGTCACCCATTGCTTCAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTTAAAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
* * * * * * * *
3385 TTAAGTTCAAATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCAGCTCGAGAAA
65 TTAAATT-GAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * *
3450 CATGAACAAAAAGGCATTTATTGGCAAGAAAAGTCCGTTTAT
129 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
3492 AGTTAGCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * *
3557 TAAATTGGAATTCTTTATACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATATCTACCTCGACAAA
66 TAAATT-GAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * * *
3622 CATAAAGAAAAAGACATTCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTAT
129 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * *
3664 AGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGAAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * *
3729 TAAATTTGAATTCTTTGTAAATTTTTAGCTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACATCGAGAAA
66 TAAA-TTGAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
** * * *
3794 TGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTCT
129 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
3836 ATTTACCCATTCCTTTACAA-CCTTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTATAACCTCAAAATTGAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-
* * * * * *
3900 TTTAATTTTAAATCTTTGTACATTTTCAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCTAGAA
64 TTTAA-ATTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
* * * * * *
3965 ATATGGAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCTATTTAT
128 ACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
4008 AGTCACCCATTCATTCAAAAG-TTGTAGTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGAT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-
* * ** * *
4072 TTTAGATTGAATATTTTTGTA-ATTTTGA-TTAAAA-AAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTG-G
64 TTTAAATTG-A-ATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAA-ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* * * *
4133 AGAACATGAGGCAAAAGCCATTCATTGGCACAAAAAGTCCATTTAT
126 A-AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* ** * * *
4179 AGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGA-TTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGA
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAA-AATTGA
* * * * *
4242 TTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
64 -TTTAAATTGAATTTTTGTACATTTTTAG-TTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
* *
4306 AACATGAAGAAAAAGGCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCTTTTAT
127 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * * *
4350 ATTCACCCATTCCTTCAAAAAACTTATTACTCACTTTGAATGGTTTTATAATCTTATAATTAATT
1 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * * * * *
4415 TTAATCTGAATTTTTTTACATTTAT-GGTAAGAACAGATTATAATTGATTGTCTACCTTG-GCAA
66 TAAAT-TGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAA-AACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA
* * *
4478 -ATGCAAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
129 CATG--AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
4521 AGTCACCCATT
1 AGTCACCCATT
4532 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 161, Indels: 51
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.01
170 23 0.03
171 320 0.37
172 481 0.56
173 19 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
TAAATTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACA
TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAT
Done.