Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397626.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5502.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3720
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Warning! 198 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1213 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 565--3044 Score: 2020
Period size: 171 Copynumber: 14.5 Consensus size: 171
555 TTTTCTCAAG
* * * *
565 TTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAA-CTTTTTTGAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-A
* * * * ** * ** *
629 AAAT-AATTATGAGGTTATACAATCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTAAAAGAAAGGGGTGAA
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGAC
* * *
693 TATAAATGGACTTTTATT-TCTAAATGAATGGCTTTTTCTACA-T
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTC--AATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * * * ** *
736 GTTTCTTGAGGTA-AAATTTCAATCATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAATGATTTAACTTA
1 -TTTCTCGAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * *
800 AAATCAATTATGAGATTTTAAAATCATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTCAAAGAATAGGTGAC
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGAC
* * * *
865 TACAAATTGACTTTTCTTGAT-AATGAATCCCTTTTTCTTCACA
129 TATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * *
908 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATCCTACTTA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
973 AAATCAATGT-TGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGA
64 AAATCAAT-TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGA
*
1037 CTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
128 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * * * *
1081 TTTCTTGATGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAATTTAAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* **
1146 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGCAACTA
66 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTA
* * * *
1211 TAAATAGACTTTT-TCTGTCAATGAATACTTTTTTCTTCACG
131 TAAATGGACTTTTCT-TGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * *
1252 TTTCTCAAGATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAATAAATACAACTTAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAA
* * * * **
1317 AATTAATTTTGAGATTATAAAA-CTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGGT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGAC
* * * * * *
1381 TATAAATGAACTTTACTTGCCATTAAATGCC-TTTACATTCA-T
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTC-TTCACT
* * * * * * * * *
1423 GTTTCTTGAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTGAACTAAAAATGTGAAAATATTCACCTTAA
1 -TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * *
1488 AATCAATTTTGAGATTGTAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGGAAGAAATTGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACT
* * *
1553 ATAAATGGATTTTTCTTG-CTAATGAATGTCTTTTT-TTCACG
130 ATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * ** *
1594 TTTCTCGAAGTAGACATGCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTAAACTTAAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * ** * ** *
1658 ATCAATTATGAGATTATAATACCTTTTAAAATGGGTAATAAAACTTTTGAAGGAA-TGAGAGACT
66 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACT
* * * *
1722 ATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTACACG
130 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * *
1764 TTTCTCGAGATAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCATCTTAAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * *
1829 ATGAATTAGGAGATTATAAAACCATTT-AAGATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TGGATGAC
66 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGG-TGAC
** ** **
1892 TATAAATGGACTTTTCTTAACAATGAATGTATTTTTCTT-TGT
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * ** *
1934 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAA
1 -TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * * * *
1998 AATCAATTATGCGGTTATAAAACCATGTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACT
** * * *
2063 ATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATG-TTTTTTTTCTCACG
130 ATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCT-TCACT
** * * ** **
2105 TTTCTTAAGGTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACGCATTTTAAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
* * * * * * * *
2170 ATTAATTATTAGTTTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGG-CTTAAGTGAC
66 ATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-GGTGAC
* * * *
2233 TATAAATGGACTTTTCTTTTTCAATGAAAGACTTTTGCTTCA-T
129 TATAAATGGACTTTTC-TTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * * * * * * *
2276 GTTTCCCAAAGCATATATTCAATTATAGTCTGTTTTAGCTAAAATTGTATAAAAATTCAACTTAA
1 -TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *** * *** * * *
2341 AATTAATTATGAGATTACAAAA-CTATTTAAAAATAATAATAATAATTTTGAAAGAATAGGTGAT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGAC
* ** *** * *
2405 TGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATATATGTTTCTTCACG
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * *
2448 TTTCTCGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAA
* * ** * * *
2513 AATCAATTTTGAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTGATAAGTCTTTTGAAGGAA-TGAGTGAA
65 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGAC
* * * * *
2577 TATAAATGGACTTTTCTT-CCTAGTAAAAGCTTTTTTCTTCA-T
129 TATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * * *
2619 GTTTATCGA-GTGAGACATTTAATTATAGTCTGGTCTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACGTA
1 -TTTCTCGAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * *
2683 AAATTAATTATTAGTTTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGAAGG-TTTGAGTG
64 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATTG-GTG
* ** ** * * * * *
2746 ATTATAAATAAACTTTTCGCGTCAGTGGATGGCTTTTGCTTCACA
127 ACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * * * * * **
2791 TTCCCCAAAGTAGACATTCAATTAT-AGCTTTTTTTAACC-AAAATGTAAAAAAATTTTACTTAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
* * *
2854 AATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT
65 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACT
* * ** * *
2919 ATAAGTAGACTTTTCTTG-CTAATGAACACTTTTTTCTTCACC
130 ATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCCTTTTTCTTCACT
* * *
2961 TTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAA
1 TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAA
3026 AATCAATTATGAGATTATA
65 AATCAATTATGAGATTATA
3045 TGAAGGAATG
Statistics
Matches: 1834, Mismatches: 415, Indels: 118
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 99 0.05
170 356 0.19
171 701 0.38
172 520 0.28
173 154 0.08
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTA
TAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACT
Found at i:1457 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 553--3044 Score: 2116
Period size: 343 Copynumber: 7.3 Consensus size: 339
543 NNNTAATGCA
* * * * * *
553 TTTTTTC-TCAAGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAA-CTTTTTTGAACCAAAAATGTAAAA
1 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AAACAAAAAAGTAAAA
* * * * * * **
616 ATATTTAACTTAAAAAT-AATTATGAGGTTATACAA-TCATTTAAAGCAAGTAACAAGGCTTTAA
65 AAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * *
679 AAGAAAGGGGTGAATATAAATGGACTTTTATTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCTTG
128 AAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * **
744 AGGTA-AAATTTCAATCATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAATGATTTAACTTAAAATCAAT
191 AGGTAGATA-TTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * * * * *
808 TATGAGATTTTAAAATCATTTGAAGCGAGTAATAAGACTTTTCAAAGAATAGGTGACTACAAATT
255 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATG
* *
873 GACTTTTCTTGATAATGAATCC
320 GACTTTTCTT--CAATGAATAC
* * * * *
895 CTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATATTCTATTTT-AACTAAAAATGTAAAA
1 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAAAGT--AA
* * * * *
959 AAAAATCCTACTTAAAATCAATGT-TGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTTTT
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
1023 GAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGACAATGAATGCCTTTTTCTTCACTTTTCTTG
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * * *
1088 ATGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATCTAAAAAAATTTAATTTAAAATCAATT
191 AGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
* ** *
1153 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGCAACTATAAATAG
256 ATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGG
1218 ACTTTTTCTGTCAATGAATAC
321 AC-TTTTCT-TCAATGAATAC
* *
1239 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAAT
1 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAA-
* * * *
1304 AAATACAACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTATCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * * * * *
1369 GGAATGGGTGGTTATAAATGAACTTTACTTGCCATTAAATGCCTTTACATTCATGTTTCTTGAGG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTC-TTCACGTTTCTTGAGG
* * * * * * *
1434 TAGATATTCAATTATAGTCTATTTGAACTAAAAATGTGAAAATATTCACCTTAAAATCAATTTTG
194 TAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
1499 AGATTGTAAAATCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTGGAAGAAATTGGTGACTATAAATGGATT
259 AGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACT
*
1564 TTTCTTGCTAATGAAT-G
324 TTTCTT-C-AATGAATAC
* * *
1581 TCTTTTT-TTCACGTTTCTCGAA-GTAGACATGCAATTATAATTTGTTTTAATA-AAAAATGT-A
1 T-TTTTTCTTCACGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-ACAAAAAAGTAA
* * ** * **
1642 AAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAATACCT-TTTAAAATGGGTAATAAAACTTTT
63 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-AACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
* * * *
1706 GAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCTC
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTT
* * * * * *
1770 GAGATAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAACATTCATCTTAAAATGAAT
190 GAGGTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * *
1835 TAGGAGATTATAAAACCATTT-AAGATGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TGGATGACTATAAA
255 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGG-TGACTATAAA
*
1898 TGGACTTTTCTTAACAATGAAT-G
318 TGGACTTTTCTT--CAATGAATAC
*** * **
1921 TATTTTTCTTTGTGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAGTC-AAAAA-TATAA
1 T-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTA-AA
* * * * * *
1984 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGCGGTTATAAAACCATGTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * * *
2049 AGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGTTTTTTTTCTCACGTTTCTTAAG
129 AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCT-TCACGTTTCTTGAG
* * *** ** *
2114 GTAGATATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACGCATTTTAAAATTAATTAT
193 GTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
2179 TAGTTTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAAGAAGGCTTTCGAAGG-CTTAAGTGACTATAAATGG
258 GAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-GGTGACTATAAATGG
*
2242 ACTTTTCTTTTTCAATGAAAGAC
321 ACTTTTC---TTCAATG-AATAC
* * * * * * * * * ** *
2265 -TTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGCATATATTCAATTATAGTCTGTTTT-AGCTAAAATTGTATAA
1 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAAAGTAAAA
* * *** * ***
2328 AAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAAATAATAATAATAATTTTGAA
65 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
2393 AGAATAGGTGATTGTAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-ATATGTTTCTTCACGTTTCTCGAG
130 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-T-TTTCTTCACGTTTCTTGAG
* * * * * * *
2457 GTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTT
193 GTAGATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* ** * * *
2522 TGAGATTATAAAATTATTTAAAATGAGTGATAAGTCTTTTGAAGGAA-TGAGTGAATATAAATGG
257 TGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTG-GTGACTATAAATGG
* *
2586 ACTTTTCTTC-CTAGTAAAAGC
321 ACTTTTCTTCAAT-G-AATA-C
* * * * * * * *
2607 TTTTTTCTTCATGTTTATCGA-GTGAGACATTTAATTATAGTCTGGTCTAACCAAAAATA-TAAA
1 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAA-AGTAAA
* * * * *
2670 AAAATTCAACGTAAAATTAATTATTAGTTTATAAAACCT-TTTAAAGCAAGTAATAAGG-TTTTC
64 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-
** * * ** ** * * * * * * ***
2733 GAAGGTTTGAGTGATTATAAATAAACTTTTCGCGTCAGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTCCCCA
127 GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCTTG
* * * * *
2798 AAGTAGACATTCAATTATAG-CTTTTTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTTTACTTAAAATCAAT
191 AGGTAGATATTCAATTATAGTC-TATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * *
2861 TATGAAATTATAAAATCATTTAATGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTA
255 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATG
*
2926 GACTTTTCTTGCTAATGAACAC
320 GACTTTTCTT-C-AATGAATAC
* * * *
2948 TTTTTTCTTCACCTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA-TAAAA
1 TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAA-AGTAAAA
3012 AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
65 AA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
3045 TGAAGGAATG
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 351, Indels: 140
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 7 0.00
340 234 0.14
341 397 0.23
342 165 0.10
343 554 0.32
344 286 0.17
345 84 0.05
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTA
GATATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTCAATGAATAC
Done.