Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400994.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4156.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4293
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.12, T:0.31
Warning! 613 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:278 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 50--281 Score: 286
Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 125
40 TTCTTAAGGC
* * **
50 AGACATTAAATTATAATATATTTTTACCAAAAATGTAAAAAACACTTAACCTAAAATTAAATATG
1 AGACATTAAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACACTTAACCTAAAAACAAATATG
* *
115 AGACTATAAAACCATTTAAAGCAAGGAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGGCTGACTACAAAT
66 AGACTATAAAAACATTTAAAGCAAGGAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGGCTGACTACAAAT
* * * * * *
175 AGACATTAAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATATTAAAAACA-TTCAACCTAAAAACAATTAT
1 AGACATTAAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACACTT-AACCTAAAAACAAATAT
* * ** * *
239 GAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTCAAAG
65 GAGACTATAAAAACATTTAAAGCAAGGAATAAAGCTTTCAAAG
282 ACTTTAGTGA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 18, Indels: 2
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 2 0.02
125 86 0.98
ACGTcount: A:0.48, C:0.11, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (125 bp):
AGACATTAAATTATAATATATTTTAACCAAAAATATAAAAAACACTTAACCTAAAAACAAATATG
AGACTATAAAAACATTTAAAGCAAGGAATAAAGCTTTCAAAGGTTTGGCTGACTACAAAT
Found at i:881 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 174--3137 Score: 2557
Period size: 171 Copynumber: 17.4 Consensus size: 171
164 TGACTACAAA
* * * * * * *
174 TAGACATTAAATTATTATCTGTTTTAATCAAAAATAT-TAAAAACATTCAACCTAAAAACAATTA
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAA-CAAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
** * * * * *
238 TGAGATTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAAGTTTTCAAAGACTTTAGTGAATATAAATAGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
*
303 CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC-CGAAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTC-AAGG
* * * * *
346 TAAACATTCAGTTAT-A-ATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTCAAAAT-AATTTT
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTAT
* * *
408 GAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATAGAT
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAC
** **
473 TTTTCTT-CCTAATGGATGGTTTTTGCTTCACATTTCTGGAGG
130 TTTTCTTGCC-AATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* ** * *
515 TGGACATTCAA-TTATAGCATATTTTAAC-CAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT
1 TAGACATT-AAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * *
578 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCATTCGATGG-TAT-AGATGACTAGAAATGG
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-TGAG-TGAATATAAATAG
* * * * ** *
641 ACTTTTGTTGCTC-ATGAAAAGA-TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
128 ACTTTTCTTGC-CAATG-GATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * * *
685 TAAACATTCAA-TTATTATCTATTTTAACAAAAAATATAAAACAAATTCAACCTAAAACCAATTA
1 TAGACATT-AAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * **
749 TGACATTCT-AAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGTAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
* * * ** *
813 ATTTTCTTACCAATGGATGACTTTTGCTTTAGGTTTCCCAAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * *
856 TAGATATTAAGTTATAATTTATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* ** ** * * * *
921 AGACTATAAAATAATTTATAA-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TCAGGCGACTATAAATAAA
66 AGATTATAAAACCATTTA-AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGAATATAAATAGA
* * * *
984 CTTTTCTTGCCAGTAGG-T-AGCTTTTGCTTTACATTTCCCAAAG
129 CTTTTCTTGCCAAT-GGATGA-CTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * * * *
1027 CAAACATTCAA-TTATTATCTATTTTAACTATAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAGAA-CAATTC
1 TAGACATT-AAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA-AATCAATTA
* *
1090 TGAGATTATAAAAACATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
* * * * *
1155 CTTTTCTTGCCATTTGATGGCTTTTGTTTCACATTTC-CTGAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTC-AAGG
* * *
1198 TAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
1263 AGACTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGTTTCAGTGAATATAAATAGACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACT
* * * * *
1328 TTTCTTGCCAATGGATTACTTTTACTTCACGTTCCT-TAGG
131 TTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * * * *
1368 CAGACATTCAA-TTAGT-TTCTCTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAATACAA-TTAAAATTAATT
1 TAGACATT-AAGTTA-TAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * *
1430 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTAAAGGCTTGACTGAATATAAATAG
63 ATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAG
* * * *
1495 ACTTGTCTT-CCAAGTGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTCAAGA
128 ACTTTTCTTGCCAA-TGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * *
1539 TAGACATTTAGTTATAATATATTTTAATAGAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
1604 AGACTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAGTTTAAATGGACT
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACT
* * * *
1669 TTTCTTGCCAATGGGTGGCTTTTGCTTCACGTTT-TCTAAAG
131 TTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTC-AAGG
* * * * * * * * *
1710 CAAACACTCAGTTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAAATTCAACTTGAAATCAGTTAT-
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * *
1774 -GATTATAAAATCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATTG-GTGACTATAAATAGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGAGTGAATATAAATAGA-
* * *
1837 CTTTT-TTACCAATGAATGACTTGTT-CTTTACATTT-TCTAAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTT-TTGCTTCACATTTCTC-AAGG
* * * * * * * *
1879 TGGACATTCAA-TTATATTCTGTTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTAT
1 TAGACATT-AAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAT
** * * * * * * *
1943 GAGATTATAAAGTCATTTAAAGTGAGCAATAAGGGTTTCGAAGACTTGAATAAATATAAATAGAC
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAC
* * * * *
2008 TTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTTCTTTACATTTCTCGAGG
130 TTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * **
2050 TAGACATTAAGCTATAATATATTTTAAC-CAACATGTTTAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * * * * *
2114 AGATTATAAAATCATTTAAAGCAAATAATAAGGCGTTCGATGGCATGGGT-AACTAGAAATGGAC
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAA-TATAAATAGAC
* * * * * * * **
2178 TTTTTTTGCTAATGAAAGTCTTTCT-CTTTATATTTCTTGAGG
130 TTTTCTTGCCAATGGATGACTTT-TGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * * * * * * * * * *
2220 CAAAAATTTAA-TTATTATCTGTTTTAACCAAAAAGGTAAGAAGAATTTAACCTCAAATTAATTA
1 TAGACA-TTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAA-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
2284 TGAGATTATGAAACCATATAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGAATATAAATAGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
* * * * *
2349 ATTTTCATGTCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGG
129 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * *
2392 TAGACATTTAGTTATAATATAGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTAAAAAT-AATTAT
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTAT
* * ** *
2456 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAA
65 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGAC
* * * *
2521 TTTTCCTT-CCAATAGATGACTTTTGTTTC-CTGTTTCTCGAGG
130 TTTT-CTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCAC-ATTTCTCAAGG
* * * * *
2563 AAGACATTAAGTTATAATATATTGTAACCAAAAATGTAAAAAAACTCAATTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
2628 AGACTATAAAACTATTTAAAGC-AGGGAATAAGGCTTTCAAAGGTTTG-GCTTG-ATACAAATAG
66 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG--TGAATATAAATAG
* * *
2690 GCTTTTCTTGCCAATTGG-T-AGCTTTTGCTTCACGTTTCTTGAA-G
128 ACTTTTCTTGCCAA-TGGATGA-CTTTTGCTTCACATTTC-TCAAGG
* * * *
2734 TAGACATTCAA-TTATTATCTGTTTTAATC--AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAACAA-T-
1 TAGACATT-AAGTTATAATATATTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
* ** * *
2794 TGAGCTTATAAAAATATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTGGAGTGAATATAAATAGA
64 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGA
* *
2859 CTTTTCTTGCCAATGGATTACTTTTGCTTCACGTTTCTC-AGG
129 CTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * ** *
2901 CAGACATTCAA-TTAGT-ATCTCTTTTAACTGAAAATGTAAAAAACAATTCAA-TTAAAATTAAT
1 TAGACATT-AAGTTA-TAATATATTTTAACAAAAAATGT-AAAAA-AATTCAACTTAAAATCAAT
* * * * *
2963 TATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGACTGAATATAAATA
62 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATA
* ** * * * * * *
3028 TACTGGTCTTCCCAGTGGATGGCTTTTGCTTCATATTTCTTAAGA
127 GACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
* * * * *
3073 TAGACATTTAGTTATAGTATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
1 TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
3138 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2262, Mismatches: 435, Indels: 191
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 30 0.01
168 92 0.04
169 279 0.12
170 517 0.23
171 1116 0.49
172 224 0.10
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAGACATTAAGTTATAATATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG
AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAATATAAATAGACT
TTTCTTGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACATTTCTCAAGG
Done.