Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018400997.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4159.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6606
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.11, T:0.35
Warning! 674 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:888 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 589--1003 Score: 481
Period size: 172 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
579 NNNNNNNNNN
*
589 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTACAAAACCATTT
1 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
* * * * * * * ** * *
654 AAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAGGGCTTGGGCGATTATAAATGTGCTTTTTTTGCCAATGAATG
65 AAAGCAAGCAATAAAGCTTTGGAAGGCTTGAGCGACTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATA
* * * * *** *
719 GGTTTTTCTCCACGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTACAAT
130 GCTTTTTCTCCA-ATTTCCTAAACCAAACATTCAATTACAAT
* * *
761 CTGTTTTAACCAAAAATAATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
1 CTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTT
* * *
826 AAAGCGAA-CAATAAAGCTTTGGAAGGCTTTAGTGACTAAAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAAT
65 AAAGC-AAGCAATAAAGCTTTGGAAGGCTTGAGCGACTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
* *
890 AGCTTTTTCTTCAATTTCCTAAACCAAACATTCAATTATAAT
129 AGCTTTTTCTCCAATTTCCTAAACCAAACATTCAATTACAAT
* * * * * *
932 TTGTTTTAACAAAAAATGTAAAATAATTCAACTAAAAATCAATTATGACATTACAAAACTATTTA
1 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
997 AAGCAAG
66 AAGCAAG
1004 TAACAANNNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 37, Indels: 8
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 45 0.22
171 36 0.18
172 111 0.55
173 9 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTA
AAGCAAGCAATAAAGCTTTGGAAGGCTTGAGCGACTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATAG
CTTTTTCTCCAATTTCCTAAACCAAACATTCAATTACAAT
Found at i:1320 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1086--1469 Score: 493
Period size: 170 Copynumber: 2.2 Consensus size: 168
1076 NNNNNNNNNN
* * * *
1086 CAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAATTACAACTTAAAATTAATTATG
1 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAATT-CAAATAAAAATCAATTATG
* * *
1151 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTT-GAAGACTTGAGTGACTATAAATGTAC
64 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAACAAAG-TTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGAC
* *
1215 TTTTCTTGTGAATGAATGGCTCTTTCTTCAA-TTTCCTAAAC
128 TTTTCTTGTCAATGAACGGCTCTTTCTT-AAGTTTCCTAAAC
* *
1256 CAAACATTCAATCATAATCTATTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAATAAAAATCAATTATG
1 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAA-AATTCAAATAAAAATCAATTATG
* * * *
1321 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAACAAAGTTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
64 AGATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAACAAAGTTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACT
* * * **
1386 TTTCTTGTCAATGAACGGGTTTTTCTTAATGTTTGCTAAGG
129 TTTCTTGTCAATGAACGGCTCTTTCTTAA-GTTTCCTAAAC
*
1427 CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
1 CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAA
1470 CATTCAACTT
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 24, Indels: 10
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.04
170 130 0.70
171 48 0.26
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAAATAAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACTATTTAAAGCAAGCAACAAAGTTTTCGAAGACTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTGTCAATGAACGGCTCTTTCTTAAGTTTCCTAAAC
Found at i:2642 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 2021--6606 Score: 3495
Period size: 341 Copynumber: 13.6 Consensus size: 337
2011 ACTAAAATAT
* * * * * * *
2021 ATTATGATTAAATGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAGTAAAAGCCA-TCTATTGACATGAAAAATC
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTC
* * ** * * *
2084 CATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
2149 ATTGATTTGAAGTTAAACTTTTTTATTTTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTT
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* ** * * * * * * * *
2214 AGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATAGGCATGAAAAGTTCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
194 A-GAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGACA--AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCG
** * *
2279 AAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
255 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
* * *
2344 TGCTTTCGGTTAAAACAT
320 TACTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * *
2362 ATTATATTTGAATGTTCACCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT-ATAAAAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* ** * * * * *
2426 TTTATAGTCATTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTGTAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
2491 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTGCCTCT
131 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT-T
* * * *
2556 AGAAACGTGAAGAAAAACTTATTCTTTGGCAAAAAATCCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
194 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGACAAAAAAT--CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * *
2621 AAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTT-
256 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTA
*
2684 TACATTTT-ATTAAAAACAG
320 TAC-TTTTGGTT-AAAACAG
* * * * *
2703 ATTATAATT-ACA--TCCATGCCTCAGG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAGAG
1 ATTATAATTGA-ATGTTCA--CCT-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAG
* * * *
2764 CCCATTTATAGTCAC-CAAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTG
62 TCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * ** * *
2828 ATAATTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTAGG-TAAACCAGATAATAATTGAATGTTTG
126 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTA
* * * * *
2892 CCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATAGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCATCCAAGCC
190 CCT-TAGAAACATGAAGAAAAACC-ATTCATTGACAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* * *
2957 TTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTG-TTTTAAGTTGAATTT
251 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
3021 TTT-TACATTTTTGGTTAAAACAG
316 TTTATAC--TTTTGGTTAAAACAG
* ** * * * *
3044 ATTAGAATTGAATGTTTTCCTTAGG-AAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTTC
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* ** * * *
3108 AATTATAGTCAC-CGATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
3172 ATTAAGTTTATGTTGAATGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCT
129 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * *
3237 TGGGAAACATTAAGAAAAACCCATTCATTAACAGGAAAAGCCTATTTATAGTCACCCAAGTCTCC
193 T-AGAAACATGAAGAAAAA-CCATTCATTGACA-AAAAATCC-ATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * * * *
3302 AAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTCAATTGTTT
254 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
**
3367 -TACATTTTATATTAAAACAG
319 ATAC-TTTT-GGTTAAAACAG
**** * * *
3387 ATTATAATTGAATGTTTGGTTTAGG-AAA-TTGAAGAAAGAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
3450 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTC--AA-----A--A---GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
3503 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCGTTG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * *
3568 GAAA-ATGTTAAGAAAAACCTGTTCATT-ATCAAGAAAAGCTAATTTATAATCACCCAAGCCTTC
195 GAAACATG--AAGAAAAACC-ATTCATTGA-CAA-AAAATC-CATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * * * * * *
3631 GAAAGTCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTT
254 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
* * ** *
3696 TACATTTTTTATTATAACAG
318 TATACTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * *
3716 ATTATAATTGAATATTTAGTTTAGAAAA-TTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
3780 TTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAATCTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
3845 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGAATGTAATT-AATTTTTTGCCTCA
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACCT-T
* * * *
3909 AGAAACGTGGAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATCA-TCACCCAAGCCTTCA
194 AGAAACATGAAGAAAAAC-CATTCATTGACAA-AAAA-TCCATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCG
* ** * *
3973 AAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTGA-AATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATGTTTT
255 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTT
*
4037 TTATATTTTTGGTTAAAACAG
317 TTATACTTTTGGTTAAAACAG
* * *
4058 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGTAAACATGAAG-AAAAG-C---C-----C------A---C-
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
4103 -TTATAGTCACTCAAGCCTTTAATAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATAGCTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * * *
4167 TGATTTTAAGTTGTATTGTTTTATTTTTTTGATTAAAATATAATATGATTGAATGTCTAACTTGA
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT-A
* * * * * *
4232 GAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTCCGA
195 GAAACATGAAG-AAAAACCATTC-ATTGACA--AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * * * * *
4296 AAGCCTAATTACTCGCTTTGAATGGTTTCATAATATCATAATTGATTTTAAGTTATATTGTTT-T
256 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTAT
* * *
4360 ACTTTCTTGATTAAAATAT
321 AC-TT-TTGGTTAAAACAG
* * * * *
4379 AATATGATTGAATG-TCTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTTC-ACCTTGGA-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGT
* * * * * * * ** *
4441 TCACTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTATTGGCTTTTAATATTTTTATTATCTCAT
63 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
4506 AATTAATTTTAAGTT--ATATTTTTTACT-TTTTTGATTAAAATATATTATGATTTAATGTCTAA
128 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * ** * * * *
4568 CTTGAGAAACGTGAAGCAAAAATCA-TCTATTGATGTGAAAAGTTCATTTCTAGTCACTCAAGCC
191 CTT-AGAAACATGAAG-AAAAACCATTC-ATTGA--CAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCC
* *
4632 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
251 TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT
* * *
4697 TTTACATTTTTGGTTAAAATAG
316 TTTATACTTTTGGTTAAAACAG
*** * * * * *
4719 ATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAGGCCATTTATTAACAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * ** *
4784 CTTATAGTCAC-CTAAGCTTTCGAAAGTTTTATTACTTGCTTTAAATTGGTTTTATAATCTCATA
66 TTTATAGTCACTC-AAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
4848 ATTGATTTTAAGTTG-ATTTTCTTTACATTTTTTATTAAGAA-ATATTATAATTGAATGTCTATC
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTATATTTTTGGTTAA-AATAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * * *
4911 TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAATATGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTT
192 TT-AGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGACA--AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTT
* *
4976 CGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
253 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TT
*
5041 TTATA-TTTTTGTCTAAAACAG
317 TTATACTTTTGGT-TAAAACAG
* * * * * * * * *
5062 ATTTTAATTGAATG-CCTGCCATGGAAAATAT-AAAAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTTC-ACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* ** * ** * * *
5125 ATTTATAGTCACACATTCCCTCAAAAAACTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTCTAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
5190 TTGACTTTAAGTCG-ATTATCTTTACATTTTTAGTTAAAATAAAATATAA-TCAACTGTCTACCT
130 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAA-TGTTTACCT
* * *
5253 TGAGAAACAT-AATGAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATGCCTTC
193 T-AGAAACATGAA-GAAAAACCATTCATTGACAA-AAAA-TCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTC
* * * *
5317 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTACA-TTAAGTTTTT
254 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTAAATTTTT
* **
5381 T-TACATTTTTTGTTAATGCAG
318 TATAC--TTTTGGTTAAAACAG
* * * * *
5402 ATTGTAATCGAATGTT-ACCTTGGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAG-CCT
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-
* * *
5465 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
5530 TTGATGTTAAGTT-AATTTTTTTACT-TTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTCACCTT
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * * * * *
5593 AG---GATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCTATTTATAGTCACGCAAACTTTCAA
194 AGAAACATGAAG-AAAAACCATTCATTGACA--AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* * *
5655 AAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTGA-ATTCTCAGAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTT
256 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-ATTTTT
* * *
5719 TACATTTTTAGTTAAAACAG
318 TATACTTTTGGTTAAAACAG
** * * * ** ** * *
5739 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAAACGTAAAGAGAAAGGTATTCATTGGTAAGAGAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * ** * *
5804 TTTATAGTCACCCAAGCATTTGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAAT
66 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
5869 TCATTTTAAGTTGATTTTTTTTA-ATATTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCTTTG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * ** *** ** * * *
5933 GAAA-ATGTGAGGAAAAGCCATTCATTGACATGACAGGTTTGTTTATAGTCACTTAATCTTTTGA
195 GAAACA--TGAAGAAAAACCATTCATTGACA--AAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGA
* ** *
5997 AAGGCTTATTACTCGCTTTAAATTAATTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTT
256 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AAATTTTT
* * * *
6061 TATATTTTTGATTAAAATAT
318 TATACTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
6081 ATTATAATTAAATG-TCTACAGTAGG-AAACATGAAG-CAAAGTCA-TCTATTGGCATA-AAAAG
1 ATTATAATTGAATGTTC-AC-CTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-AGAAAAG
* * * * * *
6141 TTCACTTATAGTCACTCAA-CTTTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTC
62 TCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
6205 ATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTTTGC
126 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAC
* * * * * * * * **
6269 CTTAGGATACATGAAGACAAAGCTATTTATTGAAAAGAAAAGCTTATTTATAGTTACCCAAGTAT
191 CTTA-GAAACATGAAGA-AAAACCATTCATTGACAA-AAAATC-CATTTATAGTCACCCAAGCCT
* * * *
6334 TCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTT
252 TCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTT
*
6399 TT-TACATTTTAGTTAAAACAG
317 TTATAC-TTTTGGTTAAAACAG
** * * *
6420 ATTATAATCAAATG-TCTACCTTGGGAAACATG-AGGAAAAGCCATTCATTGACAA-AACAAGTT
1 ATTATAATTGAATGTTC-ACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAA-AAGTC
* * * * ** * *
6482 CGTTTATTGTCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATGATGTCAT
64 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
6547 AATTGTTTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTT
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTT
Statistics
Matches: 3461, Mismatches: 604, Indels: 360
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
319 2 0.00
320 9 0.00
321 42 0.01
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324 2 0.00
325 1 0.00
327 3 0.00
328 9 0.00
329 223 0.06
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333 2 0.00
335 5 0.00
336 87 0.03
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339 203 0.06
340 526 0.15
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343 139 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (337 bp):
ATTATAATTGAATGTTCACCTTGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAG
AAACATGAAGAAAAACCATTCATTGACAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCC
TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATACTTT
TGGTTAAAACAG
Found at i:2779 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2021--6606 Score: 3477
Period size: 170 Copynumber: 27.1 Consensus size: 170
2011 ACTAAAATAT
* * * * * * * **
2021 ATTATGATTAAATGTTTACCTT-GAGAAACGTGAAGTAAAAGCCA-TCTATTGACATGAAAAATC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACAAGAAAAGCC
** * ** * * *
2084 CATTTATAGTCACTTAAGTCTTTGAAAGCCTTACTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** * *
2149 ATTGATTTGAAGTTAAACTTTTTTATTTTTTTGATTAAAATAT
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAG
* * * * ** * * * * **
2192 ATTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGTCATCCATAGGCATGAAAAGTTCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * ** ** * *
2257 CTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAC
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * ** *
2322 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTATGC-TTTCGGTTAAAACAT
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTGTTAAAACAG
* ** * *** * * *
2362 ATTATATTTGAATGTTCACCTT-GGAAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATT-ATAAAAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
** ** * * * * *
2425 ATTTATAGTCATTCATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
2490 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAA
130 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* ** * * *
2533 ATTATAATTGAATGTTTGCCTCTA-GAAACGTGAAGAAAAACTTATTCTTTGGCAA-AAAATCCC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCT-TAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAA-GCC
* *
2596 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCAT
64 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCAT
* *
2660 AATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAT-TAAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAG
*** * * *
2703 ATTATAATT-ACATCCATGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAGAGCCC
1 ATTATAATTGA-ATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
* * * *
2767 ATTTATAGTCACCAAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
2832 TTGATTTTAAGTTAAATATTTTTATATTTTTAGGTAAACCAG
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * *
2874 ATAATAATTGAATGTTTGCCTAAAGAAACATGAAGAAAAACCTATTCATAGGCAAGAAAAGCCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * * *
2939 TTTATAGTCATCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
3004 TG-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * * **
3044 ATTAGAATTGAATGTTTTCCTTAGGAAACATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAATGTTCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * ** * * *
3109 ATTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGTCTTACTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * *
3174 TAAGTTTATGTTGAATGTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* * * * * *
3216 ATTATAATTGAATGTTTTCCTTGGGAAACATTAAGAAAAACCCATTCATTAACAGGAAAAGCCTA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * * * *
3281 TTTATAGTCACCCAAGTCTCCAAAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * *
3346 TGATTTTTAGTTCAATTGTTTTACATTTTATATTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAG
** * * * * *
3387 ATTATAATTGAATGTTTGGTTTAGGAAA-TTGAAGAAAGAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
*
3451 TTTATAGTCACTCAAGCCTTC--AA-----A--A---GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
3504 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * **
3545 ATTATAATTAAATGTTTGCGTT-GGAAA-ATGTTAAGAAAAACCTGTTCATT-ATCAAGAAAAGC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG--AAGAAAAACCCATTCATTGA-CAAGAAAAGC
** * * * * * * * *
3607 TAATTTATAATCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTGTTACTTGCTTTAAATAGTTTTGTAATGTCAT
63 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
3672 AATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTATAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* * * *
3716 ATTATAATTGAATATTTAG-TTTA-GAAA-ATTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTT-GCCTTAGGAAACA-TGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCC
* * * * * *
3778 CATTTATAGTCACTCAAACCTTTAAAATCTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
64 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
3843 ATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAG
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * * * *
3886 AATGTAATT-AATTTTTTGCCTCAAGAAACGTGGAGAAAAACTCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
1 ATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
* **
3950 ATTTATCA-TCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTGA-AATCTCAT
65 ATTTAT-AGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT-ATAATCTCAT
* *
4013 AATTGATTTTTAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * ***
4058 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAGTAAACATGAAGAAAAGCCCACTT-ATAGTC-ACTCAAG-CC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCA-TTCATTGACAAGAAAAGCCC
** * * * * * * *
4120 -TTTAATAG-C-CTTATTG-C-TC----G-CTT-TAAATAGCTTTATAA---TCTCATAAT-TGA
65 ATTT-ATAGTCACCCA-AGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCTCA
** * * * * *
4170 TTTTA-AGTTGT-A-TTG--TTTTATT---TTTTTGATTAAAATAT
127 TAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAG
* * * ** * * * * *
4208 AATATGATTGAATGTCTAACTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACAAGAAAAGCC
* * * * * * * *
4271 CACTTATAGTCACTCAAGCCTCCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTGAATGGTTTCATAATATCATA
64 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
4336 ATTGATTTTAAGTT-ATATTGTTTTAC-TTTCTTGATTAAAATAT
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* * * * * * * * **
4379 AATATGATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGATATGAAAAGTT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACAAGAAAAGCC
* ** * * * * ** *
4442 CACTTATAGTCATTCAAGCCTTCAAAAACCTTATTATTGGCTTTTAATATTTTTATTATCTCATA
64 CATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
4507 ATTAATTTTAAGTT--ATATTTTTTACTTTTTTGATTAAAATAT
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* * * ** * * *** *
4549 ATTATGATTTAATGTCTAACTT-GAGAAACGTGAAGCAAAAA-TCA-TCTATTGATGTGAAAAGT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACATGAAG-AAAAACCCATTC-ATTGACAAGAAAAGC
* * * **
4611 TCATTTCTAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
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*
4676 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
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* * * ** * * *
4719 ATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGTAGAAAAGGCCATTTATTAACAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * * * ** *
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* *
4849 TTGATTTTAAGTTG-ATTTTCTTTACATTTTTTATTAAGAA-AT
130 TTGATTTTAAGTTGAATTTT-TTTACA-TTTTTGTTAA-AACAG
* ** * * * * * * * *
4891 ATTATAATTGAATGTCTATCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAATATGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* * * *
4956 CTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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* *
5021 TGATTTTAAGTTGAATTCTTTTATATTTTTGTCTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGT-TAAAACAG
* ** * * * ** * * *
5062 ATTTTAATTGAATGCCTGCCAT-GGAAA-ATATAAAAAAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAGTCT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAT-GAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
* ** * ** * * *
5125 ATTTATAGTCACACATTCCCTCAAAAAACTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTCTAATCTCATAA
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* * * * *
5190 TTGACTTTAAGTCG-ATTATCTTTACATTTTTAGTTAAAATAA
130 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * * * *
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1 ATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTAG-GAAACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGC
* * * *
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63 CCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
**
5358 AATTGATTTTACA-TT-AAGTTTTTTTACATTTTTTGTTAATGCAG
128 AATTGATTTTA-AGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAG
* * * * * *
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1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* *
5466 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAATCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
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* * * *
5531 TGATGTTAAGTT-AATTTTTTTACTTTTTTGATTAAAATAT
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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130 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAG
* * * *** ** *
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1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGG-AAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
* ** * *
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* * *
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* * * * * * * ***
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1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATG-AAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCC
* ** * * ** * **
5973 GTTTATAGTCACTTAATCTTTTGAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATTAATTTTATAATCTCATA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* * *
6038 ATT-ATTTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
129 ATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAG
* * * ** * ** * **
6081 ATTATAATTAAATGTCTACAGTAGGAAACATGAAG-CAAAGTCA-TCTATTGGCATA-AAAAGTT
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTC-ATTGACA-AGAAAAGCC
* * * * * *
6143 CACTTATAGTCACTCAA-CTTTTCGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAT
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* * * *
6207 AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTAGTTAGAACAG
128 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAG
* * * * * * **
6250 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGATACATGAAGACAAAGCTATTTATTGAAAAGAAAAGCTTA
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
* ** * * *
6315 TTTATAGTTACCCAAGTATTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
66 TTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
6380 TGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTAGTTAAAACAG
131 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAG
** * * * * * **
6420 ATTATAATCAAATGTCTACCTTGGGAAACATG-AGGAAAAGCCATTCATTGACAA-AACAAGTTC
1 ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAA-AAGCCC
* * ** * ** * *
6483 GTTTATTGTCACTTAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTTATGATGTCATA
65 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
6548 ATTGTTTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAT
129 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAACAG
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ATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCA
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TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAG
Found at i:2945 original size:21 final size:21
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*
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* *
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Found at i:4147 original size:151 final size:150
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* * *
3939 AAGAAAAGCCCATTTATCATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAATTTTG
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
150 50 0.36
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ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (150 bp):
AAGAAAAGCCCACTTATCATCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAACTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTGATTAAAACAGAATATAATTGAA
TGTCTAACTTGAGAAACATG
Done.