Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401000.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4162.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1755
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Warning! 29 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:546 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1755 Score: 1440
Period size: 171 Copynumber: 10.3 Consensus size: 170
* * ** *
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAAAAGATTTTTGAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** * ** * *
66 AATAGGAGACTATGAACAGACTTTTCTTGC-CAACGAATGCTTGTTTCTTGATGTTT-CTCAAGG
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTT-TTTCTACACGTTTCCT-GAGG
* * *
129 TAGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAATATTGTAATAAAA
128 CAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAA
* * * * **
173 ATT-GACTTAAAATTAATTATTAGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** * * *
237 AATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTCGGAATGAATGGCTTTTTCTGCAGGTTTTCC-AAGGC
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACACG-TTTCCTGAGGC
* * ** * *
301 AGACATCCAATTATAGCCTACTTTAACTAAAAATATAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
*******************
343 ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * **
408 AATGGGTAACAATAAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACACATTTCCCAAGGC
66 AATGGGTGACAAT-AAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGC
* * * *
473 AGACATTCAATTCTAGCCTGCTTTATCCAAAAATGT-AAAAA
129 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * * * * *
514 ATTCATCTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAGTTAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * ** *
579 AATAGGTGATAATAAATAGG-CTTTTCTTCTCAATGTATTACTTTTTCTACATATTT-CTCGAGA
66 AATGGGTGACAATAAAT-GGACTTTTCTTCTCAATG-AATGCTTTTTCTACACGTTTCCT-GAGG
* *
642 CAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAN
128 CAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
********* * * * * *
685 NNNNNNNNNAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAAAAATGTTTTTGAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * ** * ** * * *
750 AATAGGAGACTGTAAATAGACTTTTCTTGC-CAATGAATGCTTGTTTCTTGACGTTTCATAAGGT
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTT-TTTCTACACGTTTCCTGAGGC
* * * * *
814 AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATATAATAAAA
129 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAA
* * * * ** *
857 ATT-GACTTAAAATCAATTATTAGACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTGAAAG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** * * * **
921 AATGGGTGACAATAAATGAACTTTTCTTCTAAATGAACGGCTTTTTCTGTAGGTTTTCTAAGATA
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAA-TGCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCA
* * ** * *
986 GACATTCAATTATTGCCTACTTTAACTAAAAATATAAAAAA
130 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* *
1027 ATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
1092 AATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGATTTTTTATACACGTTTCCCT-AGGC
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTACACGTTT-CCTGAGGC
* * *
1156 AAACATTCAATTATAGTCTGTATTAGCCAAAAATGT-AAAAA
129 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * ** *
1197 ATTCACCTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
1262 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTACTTGC-CAATTAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATG-CTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGC
*
1326 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * * * *
1369 ATT-TACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGCCTTTTGAAGA
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *** * * * * * * *
1433 AATAGGTGAGTGTAAATAGA-TGTTTCTTCTAAATGATTGGCCTTTTATGCACGTTTTCTGAGGC
66 AATGGGTGACAATAAATGGACT-TTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGC
* *
1497 AGACATTCAATTATAGTCTGCTTTAACCAAAAATATGAAAAAA
129 AGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * *
1540 GTT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGT
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* *
1604 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTT-TTCTCAATGAATGGCTTTTTCTACACGTTTCTTGA-GAA
66 AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCA
* * * * * *
1667 AATATTCAATTATAGTCTATTTTTATCAAAAATGGAAAAAA
130 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
1708 ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGT
1 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGT
Statistics
Matches: 1248, Mismatches: 304, Indels: 65
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.01
169 73 0.06
170 266 0.21
171 803 0.64
172 97 0.08
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
AATGGGTGACAATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTACACGTTTCCTGAGGCAG
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
Found at i:1411 original size:512 final size:509
Alignment explanation
Indices: 365--1751 Score: 1597
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 509
355 NNNNNNNNNG
* * * * **
365 AGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACAATAAAATGGGC
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACAAT-AAATGAAC
* * * * * * *
430 TTTTCTTCTCAATGAATAGCTTTTTCTACACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTCTAGCCTGCT
65 TTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTGCT
* * * * *
495 TTATCCAAAAATGT-AAAAAATTCATCTTAAAATTAATTATGAGACTATAAAACAATTTAAAGTG
130 TTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
* * * * * *
559 AGTAGTTAGGCTTTTGAAGGAATAGGTGATAATAAATAGGCTTTTCTTCTCAATGTATTACTTTT
195 AGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTT
** * * * * ****
624 TCTACATATTTCTCGAGACAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAANNNNN
260 TCTACACGTTTC-CTAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTT-ACCAAAAATGTAAAAA-ATTA
***** * * *
689 NNNNNAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TAATTTAAAGCGAGTAAAAATGTTTTTGAAAGAAT
322 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT--TTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAAT
* * * *
753 AGGAGACTGTAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTGACGTTTCATAAGGTAGAC
385 AGGAGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAAAC
* * * * *
818 ATTTAATTATAATCTGTTTTAATCAATAATATAATAAAAATTGACTTAAAATCAATTATT
450 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGACTTAAAATCAATTATC
* *
878 AGACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAACCTTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATGAACT
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATGAACT
* * * ** * *
943 TTTCTTCTAAATGAACGGCTTTTTCTGTAGGTTTTCTAAGATAGACATTCAATTATTGCCTACTT
66 TTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTGCTT
* * * *
1008 TAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCGA
131 TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA
* *
1073 GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGATTTTTT
196 GTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTT
* * * *
1138 ATACACGTTTCCCTAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTATTAGCCAAAAATGTAAAAAATTCAC
261 CTACACGTTT-CCTAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-CCAAAAATGTAAAAAATTAAA
* * *
1203 CTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GA
324 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTTTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAATAG-
* * * * * *
1267 GTGACTATAAATGGACTTTACTTGCCAATTAATGTCTT-TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACA
387 GAGACTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATG-CTTGTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAAACA
* * *
1331 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTTACTTAAAATCAATTATC
451 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGACTTAAAATCAATTATC
* * * ***
1390 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGCCTTTTG-AAGAAATAGGTGAGTGTAAAT-AGA
1 AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAG-AATGGGTGACAATAAATGA-A
* * * * *
1453 -TGTTTCTTCTAAATGATTGGCCTTTTATGCACGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATTATAGTCTG
64 CT-TTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTG
*
1517 CTTTAACCAAAAATATGAAAAAAGTT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
128 CTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAA
* * *
1581 GCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGTAATGGGTGACAATAAATGGACTTTT-TTCTCAATGAATGGCT
192 GCGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGACT
* * * * * *
1645 TTTTCTACACGTTT-CTTGAGAAAATATTCAATTATAGTCTATTTTTATCAAAAATGGAAAAAAA
257 TTTTCTACACGTTTCCTAG-GCAAACATTCAATTATAGTCT-GTTTTACCAAAAAT-GTAAAAAA
*
1709 TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGC
319 TTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-TTTAAAGC
1752 GAGT
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 122, Indels: 32
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
509 3 0.00
510 28 0.04
511 80 0.11
512 414 0.56
513 210 0.28
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (509 bp):
AGATTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGTGACAATAAATGAACT
TTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCTGCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTGCTT
TAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGA
GTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACAATAAATGGGCTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTT
CTACACGTTTCCTAGGCAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTACCAAAAATGTAAAAAATTAAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTTTTAAAGCAAGTAAAAAGGCTTTTGAAAGAATAGGAGA
CTATAAATAGACTTTACTTGCCAATGAATGCTTGTTTCTTCACGTTTCATAAGGTAAACATTCAA
TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGACTTAAAATCAATTATC
Done.