Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401009.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4170.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3887
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 1083 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3556 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2764--3887 Score: 695
Period size: 171 Copynumber: 6.6 Consensus size: 171
2754 GAATGGGTGG
* * ** ** * ** *
2764 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATG-CTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGATAGACTTTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTC-TTTCGCTTCACGTTCCT-AAGGCAGACATTCA
* * * * * * * * **
2828 ATTATAGTCTGTTTGAACC-ATAAATGTAAAACAGTTCAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATAA
64 ATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTATATTATAA
* * * * * **
2892 AACGATTTAGAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA
129 AACCATTTAAAGTAGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
* * * * * * *
2935 CTAGAAATGGACTTTTTGTGCCAAT-AGATGCCTTTTGCTTCATCTTTCCTAAGGCCGACATTCG
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGA-ATGTCTTTCGCTTCA-CGTTCCTAAGGCAGACATTCA
* * *
2999 ATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATTTTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGATATTAT
64 ATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAA-ATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-ATATTAT
** * ** * *
3063 AAAACCATTTAAAGT-GAAAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGAGA
127 AAAACCATTTAAAGTAGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
** *** * ** * * *
3107 CTATAAATGGA-TTTTTTTTATAATGAAT-TCCTTCTTATTCACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCA
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTCTTTC-GCTTCACG-TTCCTAAGGCAGACATTCA
* *** * * * * * * *
3170 TTTATAATATTTTTCAA-TAAAAAATATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
64 ATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTATATTATAA
* * **
3234 AACCATTTAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
129 AACCATTTAAAGTAG-GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
* * * ** * * *
3277 CTATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGCAGACTTTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTCTTTCGCTTCACGTTCCT-AAGGCAGACATTCAA
* * * * * *
3342 TTATTA-TCTGTTTTAACCATAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATTATCTTATAA
65 TTA-TAGCCTTTTTTAACCAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTATATTATAA
* * * **
3406 AACTATTTAAAGTAGGTGATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGA
129 AACCATTTAAAGTAGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
* * * * * * *
3449 CTATAAATCGAC-TTTCGTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCACTTAGGTAAACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTCTTTCGCTTCACGTTC-CTAAGGCAGACATTCAA
3513 TTATAGCCTTTTTTAA-CAAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT-TTGATATTATA
65 TTATAGCCTTTTTTAACCAAAAAA-TTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATT-ATATTATA
* * * *
3576 AAATCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGA
128 AAACCATTTAAAGTAG-GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
* * ** * * ** *
3620 GTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATGGATGTCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAA
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTCTTTCGCTTCACG-TTCCTAAGGCAGACATTCAA
* * * * * * *
3685 TTATAG-TTTGTTTTAA-CAAAAAATAT-AAAAAGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAA
65 TTATAGCCTT-TTTTAACCAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTATATTATAA
* * * * **
3747 AACAATTTTAAAG-CGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGA
129 AACCA-TTTAAAGTAG-GTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
* * * * * * * * ** *
3791 CTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTGCCTTGT-TCTTCACATTTCTAGATGTGGACATTTA
1 CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTCTT-TCGCTTCACGTTCCTA-AGGCAGACATTCA
** *
3855 ATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATTTAAAAAA
64 ATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAAATTTAAAAAA
Statistics
Matches: 736, Mismatches: 183, Indels: 67
0.75 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 45 0.06
170 93 0.13
171 360 0.49
172 192 0.26
173 46 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
CTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATGTCTTTCGCTTCACGTTCCTAAGGCAGACATTCAAT
TATAGCCTTTTTTAACCAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATTATATTATAAAA
CCATTTAAAGTAGGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAAGTGA
Found at i:3603 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 3179--3805 Score: 830
Period size: 343 Copynumber: 1.8 Consensus size: 341
3169 ATTTATAATA
*
3179 TTTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
1 TTTTTCAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * *
3244 AGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGAATGTC
66 AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGAATGTC
* * * *
3309 TTTTGCTTCACGTTT-CTCAAGGCAGACTTTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCATAAAATGTAAA
131 TTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGACAGACATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATAT-AA
* * ** * *
3372 AAAATTTAACTTAAAATAAATTATTATCTTATAAAACTA-TTTAAAGTAG-GTGATTAGGCTTTC
192 AAAATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTTAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTC
**
3435 GAAGGCTTAAGTGACTATAAATCGACTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCACTTA
256 GAAGGAATAAGTGACTATAAATCGACTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCACTTA
3500 GGTAAACATTCAATTATAGCC
321 GGTAAACATTCAATTATAGCC
* * * * * * *
3521 TTTTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTA
1 TTTTTCAACAAAAAA-TATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * *
3586 AAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGAGTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATGGATGT
65 AAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGAATGT
* *
3651 CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
130 CTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA
* * * *
3716 GTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
195 ATTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTCGAAG
** *
3781 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
260 GAATAAGTGACTATAAATCGACTTT
3806 TCTTGCTAAT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 38, Indels: 10
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 35 0.14
342 66 0.27
343 139 0.57
344 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TTTTTCAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGACTATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGAATGTC
TTTTGCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA
TTCAACTTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACAATTTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTCGAAGG
AATAAGTGACTATAAATCGACTTTCGTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCACTTAGGTAA
ACATTCAATTATAGCC
Found at i:3793 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 2754--3887 Score: 1417
Period size: 514 Copynumber: 2.2 Consensus size: 511
2744 NNNNNNNNAC
* * * *
2754 GAATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTCAAGAT
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGC--TTTTCTTCACATTTCTCAAGGT
* * * *
2819 AGACTTTCAATTA-TAGTCTGTTTGAACCAT-AAATGTAAAACAGTTCAACTTAAAATCAATTAT
63 AGACTTTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCATAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTAT
* *
2882 TAGCTTATAAAACGATTTAGAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGGAC
127 TAGCTTATAAAACGATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATCGAC
* * * ** *
2947 TTTTTGTGCCAATAGATGCCTTTTGCTTCATCTTTCCTAAGGCCGACATTCGATTATAGCCTTTT
192 TTTTCGTGCCAATAGATGCCTTTCGCTTCATCGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTT
* *
3012 TTAACCAAAAATTTTTTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAG
257 TTAACCAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAG
*
3077 TGAAAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGATTTTTTTTATAATGAATTCCTTCT
322 TGAAAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTATAATGAATTCCTTCT
* ** * * *
3142 TATTCACGTTTCCTGAGGTAGGCATTCATTTATAATATTTTTCAATAAAAAATATAAAAAAATTA
387 TATTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATTTTTCAACAAAAAATATAAAAAAATTA
*
3207 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
452 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
* * * * *
3267 GAATGGGTGACTATAAGTGAACTTTTCTTATCAATGAATGTCTTTTGCTTCACGTTTCTCAAGGC
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATG-CTTTT-CTTCACATTTCTCAAGGT
*
3332 AGACTTTCAATTATTATCTGTTTTAACCATAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATAAATTATT
63 AGACTTTCAATTATTATCTGTTTTAACCATAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATT
* * * * ** * *
3397 ATCTTATAAAACTATTTAAAGTAGGTGATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATCGAC-
128 AGCTTATAAAACGATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATCGACT
* * * *
3461 TTTCGTGCCAATGGATGGCTTTCGCTTCAT-GTTCACTTAGGTAAACATTCAATTATAGCCTTTT
193 TTTCGTGCCAATAGATGCCTTTCGCTTCATCGTTC-CTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTT
* *
3525 TTAA-CAAAAAATTTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAATCATTTAAAG
257 TTAACCAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * *
3589 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGGAGAGTATAAGTGGACTTTTTTTGTCAATGGATGT-CT
322 TGA-AAATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTAT-AATGAAT-TCCT
* * * *
3653 TTTTCTTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAGT-TTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAA
384 TCTTATTCACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATT-TTTCAACAAAAAATATAAAAAA
* * * * *
3716 GTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACAATTTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
448 ATTAAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
* * *
3781 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAGTGCCTTGTTCTTCACATTTCT-AGATG
1 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATG-CTT-TTCTTCACATTTCTCA-AGG
* * *
3845 TGGACATTT-AATTATAATCTGTTTTAACCA-AAAATTTAAAAAA
62 TAGAC-TTTCAATTATTATCTGTTTTAACCATAAAATGTAAAAAA
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 76, Indels: 26
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 66 0.12
513 220 0.41
514 240 0.45
515 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (511 bp):
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGCTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGA
CTTTCAATTATTATCTGTTTTAACCATAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATTAGC
TTATAAAACGATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTAGAAATCGACTTTT
CGTGCCAATAGATGCCTTTCGCTTCATCGTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAA
CCAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGAA
AATAAGCCTTTTAAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTATAATGAATTCCTTCTTATT
CACGTTTCCTAAGACAGACATTCAATTATAATATTTTTCAACAAAAAATATAAAAAAATTAAACC
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAG
Done.