Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401010.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4171.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2738
ACGTcount: A:0.20, C:0.08, G:0.06, T:0.21
Warning! 1230 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1193 original size:171 final size:166
Alignment explanation
Indices: 1009--1574 Score: 489
Period size: 170 Copynumber: 3.3 Consensus size: 166
999 ATCTCAAAAT
* * *
1009 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTTAAACAGACTATAATTGAATGTCTGCCTTCA
1 TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAATG-CTGCCTTCA
* * *
1074 TAAATGTGTAAAAAGAGCGATTCATTCGGAAGAAAAGTCAATTTATATTCACTCATTTCTTCAAA
65 GAAATGTGTAAAAAGA-C-ATTCATT-GGAA-AAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
*
1139 AGCCTTATTACTTGCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAAA
126 AGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAAA
* ** * *
1180 TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACAATTGTTGAATGCTACCTTGA
1 TGATTTAAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTGCCTTCA
** * * ********* *
1245 GAAACATGAAACAAAGACATTTATTGGCAANNNNNNNNNNTTTATAGTCAC-CTATTCCTTTAAA
65 GAAATGTGTAA-AAAGACATTCATTGG-AA-AAAAGTCAATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAA
* *
1309 AGCCTCATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCCCA-AAA
126 AGCCTTATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAAA
* * * * * * *
1349 TTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTACGATTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCC-TC
1 -TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGC-TGCCTTC
* * * *
1412 AAGAAATGTGTAAAAAAACCTATTCATTGAGGAAAAAATTCCATTTATAGTC-GTCCATTCCTTC
64 -AGAAATGTGTAAAAAGA-C-ATTCATT--GGAAAAAAGTCAATTTATAGTCACT-CATTCCTTC
* * *
1476 AAAAGCCTTATTA-TTCACTGTAAATTGTTTTATAATCTCATAAT
123 AAAAGCCTTATTACTT-ACTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAAA
* * * *
1520 TGATTTTAAA-ATAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGGCAATAATTGAATG
1 TGA-TTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAATG
1575 TTTACCTTGA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 73, Indels: 34
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 18 0.06
169 40 0.13
170 153 0.50
171 52 0.17
172 42 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
TGATTTAAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTGCCTTCAG
AAATGTGTAAAAAGACATTCATTGGAAAAAAGTCAATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACTTACTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAAA
Found at i:1631 original size:340 final size:336
Alignment explanation
Indices: 739--2031 Score: 948
Period size: 340 Copynumber: 3.8 Consensus size: 336
729 NNNNNNNATA
* * * *
739 TGTAAAAAAAGTCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGTCTT
1 TGTAAAAAAA-CCATTCATTGAGGAAAAAAGTCAATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTT
* * * * *
804 ATTACTT-AGTGTAAATTATTTTATACTATCATAATTAATTTTAAA-AT-AATTTTTTTTACATT
64 ATTA-TTCACTGTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAGATAAATTTTTTTTACATT
** * ********** * *
866 TTGGGTCAAAACAGNNNNNNNNNNAATGTTTACTTTGAGAAACATGACAAAAAGGCATTCATTAG
128 TTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG-CTACCTTGAGAAACATGA-AAAAAGGCATTCATTAG
* * * *******
931 CAAGAAAAGTTTACTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNN
191 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTGTTTT
*** * * *
996 NNNATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATGGTTTAAACAGACTATAATTGA
256 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTA-CGATTAAAAAGACTATAATTGA
*
1061 ATGTCTGCCTTCATAAATG
319 ATGTCTGCC-TCAGAAATG
* * * * *
1080 TGTAAAAAGAGCGATTCATT-CGGAAGAAAAGTCAATTTATATTCACTCATTTCTTCAAAAGCCT
1 TGTAAAAA-AACCATTCATTGAGGAA-AAAAGTCAATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCT
* * * * *
1144 TATTACTT-GCTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAAATGA-TTTAAAGTTAAATTTTTTTTACAT
63 TATTA-TTCACTGTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAGATAAATTTTTTTTACAT
* ** * * *
1207 TTTTGGTTAAAACAGACAATTGTTGAATGCTACCTTGAGAAACATGAAACAAAGACATTTATTGG
127 TTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTACCTTGAGAAACATGAAA-AAAGGCATTCATTAG
********** * *
1272 CAANNNNNNNNNNTTTATAGTCA-CCTATTCCTTTAAAAGCCTCATTACTCACTTTAAATTGTTT
191 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCATCC-ATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTGTTT
* * * *
1336 TATAATCCCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTACGATTAAAAAGACTATAATCGA
255 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTACGATTAAAAAGACTATAATTGA
1401 ATG-CTTGCCTCAAGAAATG
319 ATGTC-TGCCTC-AGAAATG
* * *
1420 TGTAAAAAAACCTATTCATTGAGGAAAAAATTCCATTTATAGTCGTCCATTCCTTCAAAAGCCTT
1 TGTAAAAAAACC-ATTCATTGAGGAAAAAAGTCAATTTATAGTC-ACCATTCCTTCAAAAGCCTT
1485 ATTATTCACTGTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAA-ATAAA-TTTTTTTACATTT
64 ATTATTCACTGTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAGATAAATTTTTTTTACATTT
* * ********
1548 TTAGTTAAAACAGGCAATAATTGAATGTTTACCTTGA-ANNNNNNNNNNAAAAGGCATTCATTAG
129 TTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG-CTACCTTGAGA--AACATGAAAAAAGGCATTCATTAG
* * * *
1612 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAACCTTGTTACTCGCTTTATACTGTTTT
191 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTGTTTT
********* * * *
1677 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTANNNNNNNNNNCATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTAA
256 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTACGATTAAAA-AGACTATAATTGA
*
1742 ATGTCTGTCTCGAGAAATG
319 ATGTCTGCCTC-AGAAATG
* * * * * *
1761 TGCAAAAAAATCATTCATTGAGAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAACCTTA
1 TGTAAAAAAACCATTCATTGAGGAAAAAAGTCAATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTA
* * * * **********
1826 TTACTCACTAG-AAATTGTTTTAT-ATCTCATAATGGATTTT-AAGTTGAATTTNNNNNNNNNNT
65 TTATTCACT-GTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAGATAAATTTTTTTTACATTT
* * ** * * *
1888 TT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCCACAGTGAGAAACGTCAAAAAAAGCTATTCATTGAG
129 TTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATG-CTACCTTGAGAAACATGAAAAAAGGC-ATTCATT-AG
* ** * *
1952 -AAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-CC-TGTTTTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTT
191 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCATCCAT-TCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTGTT
*
2014 TTATAATCTCATAATTGA
254 TTATAATCTCAAAATTGA
2032 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 746, Mismatches: 176, Indels: 62
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 14 0.02
339 163 0.22
340 300 0.40
341 235 0.32
342 33 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TGTAAAAAAACCATTCATTGAGGAAAAAAGTCAATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTAT
TATTCACTGTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAAGATAAATTTTTTTTACATTTTT
AGTTAAAACAGACAATAATTGAATGCTACCTTGAGAAACATGAAAAAAGGCATTCATTAGCAAGA
AAAATCTATTTATAGTCATCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACTGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTACGATTAAAAAGACTATAATTGAATGTCTG
CCTCAGAAATG
Done.