Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401020.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4181.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3474
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Warning! 294 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:302 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2565 Score: 2346
Period size: 172 Copynumber: 14.9 Consensus size: 171
* *
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTTTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * *
66 TTCAATTATAATTTGTTTTAA-CAACAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAGAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTA-AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGAT
* * *
130 TATAAAACAATTTAAAATGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * * * * **
173 GGTGAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTGTTGAGCTAAACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * * * *
238 TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
303 ATGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATA
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATG
* * * *
345 GGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * * *
410 TTTAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAGAATTCAAATCTCAAAT-AATTTTGAGAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAAT-TAAAATCAATTTTGAGAT
* * *
474 TATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * *
517 AGTGACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGATA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
*
582 TTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATCT-AAATCAATTTTGAGAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAAT-TAAAATCAATTTTGAGAT
* ** *
646 TATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * *
689 GGTGACTATAAACT-AACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTT-TTCGTTTCTTGAGGTAGA
1 GGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGTTGA
* * * * * * * * *
752 CATTCAATTATAGTCGGTTTTAACTAAAAGTGTAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATG-GCA
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-A
* * * * ** *
816 TTATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTTTGCAGGTATG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAAGGAATG
* * * * *
861 GGTGACTATAATTGGACTTTTCTTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATATTTCTTGAGATTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * * * *
926 TTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAAAGTACAAAGAATTCAAATTTAAGTCAATTTTGAGAAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATT
*
991 ATAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * * * * * * ** * *
1033 GGTGAATATAAATGGATTTTTCTTGTCAATTAATACTTTTTTCTTCACGTTTATCAAGCTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * * * * *
1098 TTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTTAAAA-CAAATTATGAGAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAA-TTCAAATTAAAATC-AATTTTGAGAT
* *
1162 TATAAAACCAATTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATG
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATG
* * *
1205 GGTGACTATAAAT--ATCGTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGA
1 GGTGACTATAAATGGA-C-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGA
* * *
1268 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAAATCAAATCT-AAATCAATTTTGAG
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAGAATTCAAAT-TAAAATCAATTTTGAG
* * * *
1332 ATTATATAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATG
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * * **
1377 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAGGAATGCCTTTTTCTT-TTCGTTTCTTGAGATAAAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCAT-GTTTCTTGAGGTTGAC
* ** * * * *
1441 ATTCAATTATAGTC-GATTTTAATGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-GCA
65 ATTCAATTATAATCTG-TTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG-A
* * * *
1504 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTTGAA-TATATG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTTAAAGGA-ATG
* * *
1549 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * * * * *
1614 TTCAATTATACTCTATTTTAACCAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTTAAATCTATTTTGAGAAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATT
* *
1679 ATAAAACTATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
130 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * ** * * * ** * *
1721 GGTGAATATAAATGGATTTTTTTTATCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTATCAAGCTAGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * * * **********
1786 TTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-ACATTTGAACTTAAANNNNNNNNNNAGAT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGA-A-TTCAAATTAAAATCAATTTTGAGAT
*
1850 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATA
129 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATG
* * * * * *
1893 AGTGGCTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* * ********
1958 TTCAATTATAATATGTTTTAA-TAANNNNNNNNNNAAGAATTCAAATCT-AAATCAATTTTGAGA
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA--AAATGTAAAAGAATTCAAAT-TAAAATCAATTTTGAGA
* *
2021 TTATAAAATCC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAA-GAATG
128 TTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATG
********** * ** *** * *
2065 GGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACG
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
* ** * * ** *
2130 TTCAATTATAATCTGGTCAAACCAAAAATGTCAAAA-TATACAACCTAAAATCAATTATGA-AGT
66 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGA-T
* * *
2193 TATAAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGCCTTTTAAAGGAATA
129 TAT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * * * * *
2237 GGTAACTTTAAATGGAGTTTTCTTGCTAATAAATG-CTGTTTTCTTCATGCTTCTT-ACGGTAGA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCT-TTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTTGA
* * ********** * *
2300 CATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAAATGTACNNNNNNNNNNAATTTAAATCAATTTTGAT
64 CATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTA-AAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAG
* * * * *
2365 ATTATAAAACAATTTAAAGTCAGCAATAAGACTTTTGAAGGAAT-
127 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
* * * * *
2409 GGCGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG-CTTTTTACTTTATGTTTCTTAAGGTAGAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-CTTCATGTTTCTTGAGGTTGAC
* * * * *
2473 ATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACT-TCAAAA-AGTTCAACTTAAAATTAATTATGAGA
65 ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-TGT-AAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGA
*
2536 TTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGG
128 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
2566 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1915, Mismatches: 415, Indels: 128
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 47 0.02
171 166 0.09
172 1498 0.78
173 181 0.09
174 22 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTTGACA
TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAAATTAAAATCAATTTTGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG
Found at i:1317 original size:688 final size:684
Alignment explanation
Indices: 1--2565 Score: 2699
Period size: 688 Copynumber: 3.7 Consensus size: 684
* *
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTT-TTTTCATGTTTCTTGAGGTTGAC
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTTC--GTTTCTTGAGGTAGAC
* ** * * * * *
65 ATTCAATTATAATTTGTTTTAAC-AACAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATAAATTTTGAG-
64 ATTCAATTATAGTCGGTTTTAACTAA-AAGTGTA-AAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATG-GC
* * * * *
128 ATTATAAAACAATTTAAAA-TGAATAATAAGGC-TTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATAGACT
126 ATTATAAAACTA-TTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACT
* * * * * ** *
191 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTCCTTCACGTTTGTTGAGCTAAACATTCAATTATAATATGTTT
190 TTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATTGACATTCAATTATAATCTGTTT
* * * * * * *
256 TAACCAAAAATGTA-AAACAATTTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTATGAAACCATTTAAAGT
255 TAACCAAAAATGTACAAAGAA-TTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
320 GAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATAGGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTACCAATAAATGCCTT
319 GAATAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTATCAATAAATGCTTT
* * * * * * ** * *
384 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTTGACATTTAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAATATATAAAGAA
383 TTTCTTCACGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAA
* * * * * * * *
449 -TTCAAATCTCAAATAATTTTGAGATTATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
447 TTTGAACT-TAAAAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* * *
513 AATGAGTGACTATGAATGGAC-TTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
511 AATGAGTGACTATAAAT--ACGTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGT
* * * *
577 TGATATTCATTTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATTCAAATCTAAATCAATTTTG
574 TGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATCTAAATCAATTTTG
** ** *
642 AGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAATACTTTTGAAGGAATG
639 AGATTATAAAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
*
689 GGTGACTATAAACT-AACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTTTCGTTTCTTGAGGTAGAC
1 GGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCTTTTCGTTTCTTGAGGTAGAC
* * *
753 ATTCAATTATAGTCGGTTTTAACTAAAAGTGTAAAACAATTCAACTAAAAATTAATTATGGCATT
64 ATTCAATTATAGTCGGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATT
* * * * *
818 ATAAAACTATTAAAAGCGAGTAATAAGACTTTTTGCAGGTATGGGTGACTATAATTGGACTTTTC
129 ATAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * *
883 TTACCAATGAATGCATTTTTCTTCATATTTCTTGAGATTGACATTCAATTATAATCTGTTTCAAC
194 TTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* *
948 CAAAAAAGTACAAAGAATTCAAATTTAAGTCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATA
259 CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATA
* * *
1013 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTGTCAATTAATACTTTTTTCTT
324 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTT
* *
1078 CACGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATATTTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAAC
389 CACGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAAC
* * *
1143 TTAAAACAAATTATGAGATTATAAAACCAATTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGT
454 TTAAAA-AAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGT
*
1208 GACTATAAATATCGTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGACATTC
518 GACTATAAATA-CGTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGACATTC
*
1273 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAAATCAAATCTAAATCAATTTTGAGATTATA
582 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATCTAAATCAATTTTGAGATTATA
* *
1338 TAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGAATG
647 AAACC-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
* * * *
1377 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAGGAATGCCTTTTTCTTTTCGTTTCTTGAGATAAACA
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCTTTTCGTTTCTTGAGGTAGACA
* *
1442 TTCAATTATAGTCGATTTTAA-TGAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGCATT
65 TTCAATTATAGTCGGTTTTAACT-AAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATT
* * **
1506 ATAAAACTATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTTGAATATATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
129 ATAAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTC
* * * *
1571 TTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTTGACATTCAATTATACTCTATTTTAAC
194 TTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* * *
1636 CAAAAATGTGCAAAGAATTCAAATTTAAATCTATTTTGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAATA
259 CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATA
* *
1701 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTTTTATCAATGAATGCTTTTTTCTT
324 ATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTT
* *
1766 CACGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTTGAAC
389 CACGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAAC
********* *
1831 TTAAANNNNNNNNNNAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAAGT
454 TTAAA-AAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGT
* *
1896 GGCTATAAATGGA-GTTTTCTTACCAATAAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGACATT
518 GACTATAAAT--ACGTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGACATT
* *********
1960 CAATTATAATATGTTTTAA-TAANNNNNNNNNNAAGAATTCAAATCTAAATCAATTTTGAGATTA
581 CAATTATAATCTGTTTTAACTAA-AAATATACAAAGAATTCAAATCTAAATCAATTTTGAGATTA
*
2024 TAAAATCCTTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAAAGAATG
645 TAAAA-CCTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
********** * ** * *** *
2065 GGTGACTATANNNNNNNNNNTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCACATTTCCCAAGGTAGACG
1 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCTTTTCGTTTCTTGAGGTAGACA
* ** * * * * * * * *
2130 TTCAATTATAATCTGG-TCAAACCAAAAATGTCAAAATATACAACCTAAAATCAATTAT-GAAGT
65 TTCAATTATAGTC-GGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCA-T
* * * * * * * * * *
2193 TATAAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAA-GCCTTTTAAAGGAATAGGTAACTTTAAATGGAGTTT
128 TATAAAACT-ATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * * * * *
2257 TCTTGCTAATAAATGC-TGTTTTCTTCATGCTTCTT-ACGGTAGACATTCAATTATAATATGTTT
192 TCTTGCCAATGAATGCAT-TTTTCTTCATGTTTCTTGA-GATTGACATTCAATTATAATCTGTTT
* ********** * * *
2320 TAACAAAAAAATGTACNNNNNNNNNNAATTTAAATCAATTTTGATATTATAAAACAATTTAAAGT
255 TAAC-CAAAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGT
* ** * * * * * * *
2385 CAGCAATAAGACTTTTGAAGGAAT-GGCGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCTAATGAATGCTTT
319 GAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTATC-AATAAATGCTTT
* * * * * * * * *
2448 TTACTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTGAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAACT-T-CAAAAA
383 TTTCTTCACGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAAA
* * * *
2511 GTTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAGG
447 TTTGAACTTAAAA-AAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
2566 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1585, Mismatches: 260, Indels: 65
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
686 8 0.01
687 111 0.07
688 1363 0.86
689 97 0.06
690 6 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (684 bp):
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTTTTCGTTTCTTGAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCGGTTTTAACTAAAAGTGTAAAAAAATTCAACTTAAAATAAATTATGGCATTAT
AAAACTATTAAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT
GCCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATTGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
AAAATGTACAAAGAATTCAAATTTAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAATAAT
AAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGAATATAAATGGATTTTTCTTATCAATAAATGCTTTTTTCTTCA
CGTTTATCAAGCTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTGAACTT
AAAAAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGAC
TATAAATACGTTTTCTTGCCAATAAATGCCTTTTTCTTCGTGTTTCTTGAGGTTGACATTCAATT
ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATACAAAGAATTCAAATCTAAATCAATTTTGAGATTATAAAAC
CTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
Done.