Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401030.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4191.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4973
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 347 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:317 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--412 Score: 562
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTACATTTGTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTGTGGTTAAAAT
* * *
66 AGATTATATTTAAATGTCTACCTTGGGAAACGTGATGCAAAAGACATTCATTGATAAAAAAAGTC
65 AGATTATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGATGCAAAAGACATCCATTGATAAAAAAAGTC
* *
131 CATTTATAGCCACTCAAGCTAG-TGAAAGCCTTATTAC-TCTC
130 CATTTATAGCCACTCAAGC-AGCCGAAAGCCTTATTACAT-GC
* * * *
172 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGAATTTAAATTGAATTTTTTGCATTTGTGGTTAAAATA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTGTGGTTAAAATA
* * *
237 GATTATATTTGAAA-GTCTACCTTAGGAAACATG-TAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT
66 GATTATATTT-AAATGTCTACCTTAGGAAACATGAT-GCAAAAGACATCCATTGATAAAAAAAGT
* * * * *
300 TCATTTCTAGTCACTCAAGCCGCCGAAATCCTTATTACATGC
129 CCATTTATAGCCACTCAAGCAGCCGAAAGCCTTATTACATGC
* *
342 TTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTGTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTGTGGTTAAAAT
*
407 AAATTA
65 AGATTA
413 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 24, Indels: 10
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 140 0.66
171 70 0.33
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTGTGGTTAAAATA
GATTATATTTAAATGTCTACCTTAGGAAACATGATGCAAAAGACATCCATTGATAAAAAAAGTCC
ATTTATAGCCACTCAAGCAGCCGAAAGCCTTATTACATGC
Found at i:1526 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1012--1528 Score: 583
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
1002 NNNNNNNNNN
*
1012 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATCAATTTTAAGTTAAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAACATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACA-TTTTTATTAA-ATA
* *
1076 AATTATATTTGAATGTCTGCCTCATGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
64 AATTATAATTGAATGTCTGCCTCA-GAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
* * * * * *
1141 ATTGATGGCCACTAAAACCATTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
128 ATTTATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
1183 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATCATTTTTAAGTTGAATTTGTTTATA-GTTTTTGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTT-TTTTTACATTTTTATT-AAATA
** * * * *
1247 GGTTAT-ATTTAATTGTTTACCTCAGGAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTCG-TAAGAAAAGTC
64 AATTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTC
* * * *
1310 CATTTATAGTCGCTCAAGCCATTGAATGCCTTATTTCTTACTT
127 CATTTATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTT
** * *
1353 TAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTATTAAATTAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTATTAAA-TAA
* * * ** *
1418 ATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCGAAAGATATCCATTGATAAGAAAAGTCTA
65 ATTATAATTGAATGTCTGCCTC-AGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA
* * *
1483 TTTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCACTT
129 TTTATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTT
1524 TAAAT
1 TAAAT
1529 TATTTTGAAT
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 52, Indels: 20
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.03
170 129 0.45
171 138 0.49
172 4 0.01
173 5 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTTACATTTTTATTAAATAAA
TTATAATTGAATGTCTGCCTCAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCACTT
Found at i:1985 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1679--2580 Score: 945
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 171
1669 NNNNNNNNNN
* * ** ** *
1679 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAAAAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAC
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAG
* * ** * * * *
1744 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTTGTATTTCCTGAGGTAAATAGT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACAGT
* * * * *
1809 CAAATATAACCTATTTTAATAGAAACTACAAAAAAATTCAA
131 CAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
* * * *
1850 CTTAAAAACGATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAATGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAG
* * * * * * * * * *
1915 TGGCTATGAGTGGACTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTGCCTGAAACAGACATT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACAGT
* *
1980 CAAATATAATTTATTTTAATAAAAAAAATAAAAAAATTTAA
131 CAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
* * *
2021 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAG
* * * *
2086 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCATAATGTTTCGT-AAGCCAAACAG
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAG-CAAACAG
* *
2150 TCAAATATAATCTATTTTAACAAAAACTATAAAAAAAATTTAA
130 TCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTTAA
* * *
2193 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAGGGCTTGA
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGA
* * * * * * *
2257 GTTG-CTATAAATGGACTTTACTTATCAATGGATGACTTTTACTTTATGTTTTCTGAGGCAAAGA
65 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACA
* * * *
2321 TTCGAATATAATTTATTTTAATAAAAAATATAAAAAGATTTAA
129 GTCAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
* * * *
2364 CTTAAAATTAATAATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAA-GGCTTGA
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AATGGCTTGA
* * * * * * * *
2428 GTGCCTATAAATGAACTTTTC-TAGTTAATGGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA
65 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACA
* ** * * *
2492 TTCAGTTATAAT-TGTTTTGAA-AAAAAATGTAAAAATATTTAA
129 GTCAAATATAATCTATTTT-AATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
* * * * * *
2534 CCTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACGATTTAAAGCAATTAATAA
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
2581 AACTTTCGAG
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 110, Indels: 21
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 70 0.11
171 389 0.64
172 147 0.24
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAAGCAAACAGT
CAAATATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTTAA
Found at i:2364 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1679--2580 Score: 1038
Period size: 343 Copynumber: 2.6 Consensus size: 341
1669 NNNNNNNNNN
* ** ** * *
1679 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAAAAATAAGGCTTTCAATGGCTTGAC
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * ** * *
1744 TGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAGATGGCTTTTGCTTTGTATTTCCTGAGGTAAATAGT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTGAGGTAAACAGT
* * * * * *
1809 CAAATATAACCTATTTTAATAGAAACTACAAAAAAATTCAACTTAAAAACGATAATGAGATTATA
131 CAAATATAATCTATTTTAA-AAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATA
* * * * * * * *
1874 AAA-CTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTTCAATGGCTTGAGTGGCTATGAGTGGACTTTTCTTG
195 AAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAGGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTACTTA
* *
1938 TCAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTGCCTGAAACAGACATTCAAATATAATTTATTTTAATAAA
259 TCAATGGATAGCTTTTACTTCACGTTGCCTGAAACAAACATTCAAATATAATTTATTTTAATAAA
2003 AAAAATAAAAAAATTTAA
324 AAAAATAAAAAAATTTAA
*
2021 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * * * **
2086 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCATAATGTTTCGTAAGCCAAACAGT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTGAGGTAAACAGT
2151 CAAATATAATCTATTTTAACAAAAACTATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
131 CAAATATAATCTATTTTAA-AAAAACTAT-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
* *
2216 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTTAAGGGCTTGAGTTGCTATAAATGGACTTTACTTA
194 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAGGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTACTTA
* * ** ** * *
2281 TCAATGGAT-GACTTTTACTTTATGTTTTCTGAGGCAAAGATTCGAATATAATTTATTTTAATAA
259 TCAATGGATAG-CTTTTACTTCACGTTGCCTGAAACAAACATTCAAATATAATTTATTTTAATAA
* *
2345 AAAATATAAAAAGATTTAA
323 AAAAAATAAAAAAATTTAA
* * ** * *
2364 CTTAAAATTAATAATAAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATCGAAGGCTTGAG
1 CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * * * * * * *
2429 TGCCTATAAATGAACTTTTC-TAGTTAATGGATGGCTTGTGCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACAT
66 TGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTGAGGTAAACAG
** * * * * * * *
2493 TCAGTTATAAT-TGTTTTGAAAAAAAATGTAAAAATATTTAACCTAAAATCAATTATGAGACTAT
130 TCAAATATAATCTATTTT-AAAAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTAT
** * *
2557 AAAACGATTTAAAGCAATTAATAA
194 AAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAA
2581 AACTTTCGAG
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 82, Indels: 11
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 51 0.11
342 150 0.32
343 270 0.57
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
CTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTGCTTAATGTTTCCTGAGGTAAACAGT
CAAATATAATCTATTTTAAAAAAACTATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
AACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGATTTCAAGGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTACTTATC
AATGGATAGCTTTTACTTCACGTTGCCTGAAACAAACATTCAAATATAATTTATTTTAATAAAAA
AAATAAAAAAATTTAA
Found at i:3729 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3429--3823 Score: 433
Period size: 170 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
3419 TTTTAATAAA
* * * *
3429 AAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT-AAAGTGCAAAATA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTG-AAAACA
* * * * * * *
3493 AAACTTTCAACGGCTTGAGTGACTATATATGGACGTTTTTTATCAACGGATTGCTTTTCCTTCAT
65 AAACTTTCAACGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACGTTTTTTATCAAAGGATGGCTTTTCCTTCAT
**
3558 GTTTCCCT-AGGGAGACA-TAAAATATAATTTATTTTAACCA-C
130 GTTT-CCTGAGACAGACATTAAAATATAATTTATTTTAA--ATC
*
3599 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGTG-TAACA
1 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAA-GTGAAAACA
** * * **
3663 AGGCTTTCGACGGCTTGAGAGACAAGAAATGAAC-TTTTCTTGTCAAAGGATGGCTTTTGTTTCA
65 AAACTTTCAACGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACGTTTT-TTATCAAAGGATGGCTTTTCCTTCA
* * ** *
3727 TGTTTCTTGAGACAGACATTCAGTTATAATTTATTTTAAATG
129 TGTTTCCTGAGACAGACATTAAAATATAATTTATTTTAAATC
* * *
3769 AAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAA
1 AA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
3824 TTGAGTACAA
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 28, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.04
170 111 0.58
171 69 0.36
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAAGTGAAAACAA
AACTTTCAACGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACGTTTTTTATCAAAGGATGGCTTTTCCTTCATG
TTTCCTGAGACAGACATTAAAATATAATTTATTTTAAATC
Found at i:3966 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3577--3970 Score: 423
Period size: 172 Copynumber: 2.3 Consensus size: 170
3567 GGGAGACATA
*
3577 AAATATAATTTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
1 AAATATAATCTATTTTAACCA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * * * *
3642 AACCATTTAAAACGTGTAACAAGGCTTTCGACGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGTC
65 AACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTCGAAGGCTTAAGAGACAACAAATGAACTTTTCTTGAC
* * * * *
3707 AAAGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTC
130 AAAGGAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCATGAGACAAACATTC
** * ** * * * *
3748 AGTTATAATTTATTTTAAATGAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAA
1 AAATATAATCTATTTT-AACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
** * *
3813 AACCATTTAAATTGAGTACAAATAGAC-TTCGAAGGCTTAAGCGACTACAAAT-AGACTTTTCTT
65 AACCATTTAAAACGAGTA-AAA-AGACTTTCGAAGGCTTAAGAGACAACAAATGA-ACTTTTCTT
* * **
3876 GACAATGGAGGGTTTTTGCTTCACGTTTCATGAGGTAAACATTC
127 GACAAAGGAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCATGAGACAAACATTC
* * *
3920 AAATGTAATCTGTTTTAACCAAACATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAA
1 AAATATAATCTATTTTAACCAAA-ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
3971 CAAGGAGACT
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 39, Indels: 9
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 73 0.41
172 103 0.58
173 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AAATATAATCTATTTTAACCAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAACGAGTAAAAAGACTTTCGAAGGCTTAAGAGACAACAAATGAACTTTTCTTGACA
AAGGAGGGCTTTTGCTTCACGTTTCATGAGACAAACATTC
Found at i:4322 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4037--4973 Score: 787
Period size: 171 Copynumber: 5.5 Consensus size: 170
4027 CTATAAATGG
* * * * *
4037 ATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACT
1 ATGTTTCC-GAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAAACAAAAATGT-AAAAAAATTCAACT
* * * *
4101 TAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTTACTA
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGACTG
* * * *
4166 ACTATAAATGGACTTTTCTTACAAATGGATGGCTTTTAATTC
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTC
* * * * * *
4208 ATGTTTCTCGAAGCAAACATACAATTAGAATATATTTTAAATAAAGATGTAAAAAAATTCAACTT
1 ATGTTTC-CGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * ** ** **
4273 AAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAG-AATGGGTG
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGTCTTGACTG
* * * * * * *
4337 ACTATAAATAGACTTTTGTTGTCGATGAATGACTTTTTCTTT
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTC
* * * * * **
4379 ATGTTTCC-CAGGATTGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAAAT-TTCAAAAATTCAAC
1 ATGTTTCCGAAGCA--GACATTCAAATATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * * * * *
4442 TTTAAATTAGTAATGAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
63 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGACT
* * *
4507 GACTATGAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTACTTC
128 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTC
* * * ** * *
4550 ATATTTCCTGAGGTAGACATTCAGTTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTT
1 ATGTTTCC-GAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
* * * * * * *
4615 AAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTATTTACATTGTGTAATAAGGCTTTCGAAGCCTTAAGC-G
65 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGA-CTG
* * * * **
4678 AGTATAAATAAACTTTTCTTGCTAGTGGATGGCTTTTGTTTC
129 ACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTC
* ** * * *
4720 ACGTTT-TTAGAGCTAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAACAAATTTAACT
1 ATGTTTCCGA-AGC-AGACATTCAAATATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * * * *
4784 TAAAAACTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGACTTTTGAAGGTC-TGAAT
64 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGTCTTGACT
* *
4848 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTT
128 GACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTC
** * * * * * * * *
4891 ACATTTCCAAAGGCA-ATAGTAAAATATAATCTATTTT-CACAAAAAATATAAAAAAATTTAACT
1 ATGTTTCCGAA-GCAGACATTCAAATATAATATATTTTAAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
4954 TAAAATCAATTATGAGATTA
64 TAAAATCAATTATGAGATTA
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 147, Indels: 39
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 5 0.01
170 202 0.34
171 370 0.62
172 20 0.03
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGTTTCCGAAGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTGACTGAC
TATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTC
Found at i:4340 original size:311 final size:311
Alignment explanation
Indices: 3776--4345 Score: 668
Period size: 310 Copynumber: 1.8 Consensus size: 311
3766 ATGAAGATGT
* * * *
3776 AAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAATTGAGTACAAATAGACT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACAAATAGACT
* * * **
3841 TCGAAGGCTTAAGCGACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGGAGGGTTTTTGCTTCACGTTTCA
66 TCAAAGGCTTAAGCAACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGGAGGGCTTTTAATTCACGTTTCA
* * * * * * *
3906 TGAGGTAAACATTCAAATGTAATCTGTTTTAACCAAACATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAA
131 TGAAGCAAACATACAAATGTAATATATTTTAAACAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
** * * * **
3971 CAAGGAGACTATAAAAGTATTGAAATAAGTAATAAGGCTATTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
196 CAAGGAGACTATAAAACCATTCAAACAAGTAATAAGGCTATTGAAAGAATGAGTGACTATAAATG
4036 GATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATTC
261 GATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATTC
* *
4087 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATA-AGGCT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACAAATAGAC-
* * * * * *
4150 TTCAAAGTCTTTA-CTAACTATAAATGGACTTTTCTT-ACAAATGGATGGCTTTTAATTCATGTT
65 TTCAAAGGCTTAAGC-AACTACAAATAGACTTTTCTTGAC-AATGGAGGGCTTTTAATTCACGTT
* * *
4213 TC-TCGAAGCAAACATACAATTAG-AATATATTTTAAATAAAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
128 TCAT-GAAGCAAACATACAAAT-GTAATATATTTTAAACAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAA
** * * * *
4276 ATCAATTATGAGATTATCAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTCGAAAGAATGGGTGACT
191 ATCAACAAGGAGACTATAAAACCATTCAAA-CAAGTAATAAGGCTATT-GAAAGAATGAGTGACT
4340 ATAAAT
254 ATAAAT
4346 AGACTTTTGT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 40, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
309 7 0.03
310 122 0.58
311 83 0.39
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (311 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACAAATAGACT
TCAAAGGCTTAAGCAACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGGAGGGCTTTTAATTCACGTTTCA
TGAAGCAAACATACAAATGTAATATATTTTAAACAAACATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
CAAGGAGACTATAAAACCATTCAAACAAGTAATAAGGCTATTGAAAGAATGAGTGACTATAAATG
GATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATCTGTTTTAATCAAAAATTC
Found at i:4486 original size:482 final size:482
Alignment explanation
Indices: 3578--4519 Score: 1049
Period size: 482 Copynumber: 2.0 Consensus size: 482
3568 GGAGACATAA
* * *
3578 AATATAATTTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
* * * *
3643 ACCATTTAAAACGTGTAACAAGGCTTTCGACGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGTCA
66 ACCATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGACA
** * * * * * * *
3708 AAGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGACAGACATTCAGTTATAATTTATTTTAAATGAAGA
131 AAGGATGGCTTTTAATTCATGTTTCTCGAGACAAACATACAATTAGAATATATTTTAAATAAAGA
* * * * ***
3773 TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAATTGAGTACAAATAG
196 TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTACAAATAG
* ** * **
3838 ACTTCGAAGGCTTAAGCGACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGGAGGGTTTTTGCTTCACGTT
261 ACTTCGAAAGAATAAGCGACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGAAGACTTTTTGCTTCACGTT
** * *
3903 TCATGAGGTAAACATTCAAATGTAATCTGTTTTAACCAAACATGTAAAAGAATTCAACTTAAAAT
326 TCACCAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAAT
**
3968 CAACAAGGAGACTATAAAAGTATTGAAATAAGTAATAAGGCTATT-GAAGGCTTGAGTGACTATA
391 CAACAAGGAGACTATAAAACCATTGAAATAAGTAATAAGGCT-TTCGAAGGCTTGAGTGACTATA
4032 AATGGATGTTTCCTGAGGCAGACATTCT
455 AATGGATGTTTCCTGAGGCAGACATTCT
* * *
4060 AATATAATCTGTTTTAATCAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAA
1 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAA
** * * * * * * *
4124 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTTACTA-ACTATAAATGGACTTTTCTT-A
65 AACCATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGA
4187 CAAATGGATGGCTTTTAATTCATGTTTCTCGA-AGCAAACATACAATTAGAATATATTTTAAATA
129 CAAA-GGATGGCTTTTAATTCATGTTTCTCGAGA-CAAACATACAATTAGAATATATTTTAAATA
* *
4251 AAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTCAAAGCAAGTA-AT
192 AAGATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTACAA
* ** * * * * *
4315 A-AGGCTTTCGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTGTTGTCGATGAATGACTTTTT-CTT
257 ATAGAC-TTCGAAAGAATAAGCGACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGAA-GACTTTTTGCTT
* * ** * * *
4378 TATGTTTC-CCAGGATTGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAAATTTCAAA-AATTCAA
320 CACGTTTCACCAGG-TAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAGAATTCAA
* * ** * * * * * *
4441 CTTTAAATTAGTAATGAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
383 CTTAAAATCAACAAGGAGACTATAAAACCATTGAAA-TAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAG
*
4506 TGACTATGAATGGA
447 TGACTATAAATGGA
4520 CTTTTCTTGC
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 75, Indels: 20
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
480 6 0.02
481 110 0.29
482 258 0.69
483 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (482 bp):
AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGACA
AAGGATGGCTTTTAATTCATGTTTCTCGAGACAAACATACAATTAGAATATATTTTAAATAAAGA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGCAAGTACAAATAG
ACTTCGAAAGAATAAGCGACTACAAATAGACTTTTCTTGACAATGAAGACTTTTTGCTTCACGTT
TCACCAGGTAAACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAAT
CAACAAGGAGACTATAAAACCATTGAAATAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
ATGGATGTTTCCTGAGGCAGACATTCT
Found at i:4686 original size:652 final size:652
Alignment explanation
Indices: 3419--4686 Score: 1396
Period size: 652 Copynumber: 1.9 Consensus size: 652
3409 TTGTAATATA
* * *
3419 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAG
1 TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
3484 TGCAAAATAAAACTTTCAACGGCTTGAGTGACTATATATGGACGTTTTTTATCAACGGATTGCTT
66 TGCAAAATAAAACTTTCAAAGGCTTGACTAACTATAAATGGACGTTTTTTATCAACGGATGGCTT
** * * * * * * *
3549 TTCCTTCATGTTTCCCTAGGGAGACATAAAATATAATTTATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATT
131 TTAATTCATGTTTCCCGAAGCAAACATAAAATAGAATATATTTTAAACACAAATGTAAAAAAATT
* ** ** **
3614 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGTGTAACAAGGCTTTCGACGGCTT
196 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGAAAGAAT
* * **
3679 GAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGTCAAAGGATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTTGAGACAGAC
261 GAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGTCAAAGAATGACTTTTGTTTCATGTTTCCAGAGACAGAC
** * * * *
3744 ATTCAGTTATAATTTATTTTAAATGAAGATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGATT
326 ATTCAAATATAATTTATTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATT
*
3809 GTAAAACCATTTAAATTGAGTACAAATAGACTTCGAAGGCTTAAGCGACTACAAATAGACTTTTC
391 GTAAAACCATTTAAAGTGAGTACAAATAGACTTCGAAGGCTTAAGCGACTACAAATAGACTTTTC
* * * * * * *
3874 TTGACAATGGAGGGTTTTTGCTTCACGTTTCATGAGGTAAACATTCAAATGTAATCTGTTTTAAC
456 TTGACAATGGAGAGCTTTTACTTCACATTTCATGAGGTAAACATTCAAATATAATATATTTTAAC
* *
3939 CAAACATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACAAGGAGACTATAAAAGTATTGAAATAAGTAAT
521 CAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACAAGGAGACTATAAAACTATTGAAATAAGTAAT
* * *
4004 AAGGCTATTGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATC
586 AAGGCTATTGAAGCCTTAAGCGACTATAAATGGATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATC
4069 TG
651 TG
* *
4071 TTTTAATCAAAAAT-TCAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 TTTTAATAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * *
4135 GTG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGTCTTTACTAACTATAAATGGAC-TTTTCTTA-CAAATGGATG
65 GTGCA-AAATAAAACTTTCAAAGGCTTGACTAACTATAAATGGACGTTTT-TTATC-AACGGATG
* * *
4197 GCTTTTAATTCATGTTTCTCGAAGCAAACATACAATTAGAATATATTTTAAATA-AAGATGTAAA
127 GCTTTTAATTCATGTTTCCCGAAGCAAACATA-AAATAGAATATATTTTAAACACAA-ATGTAAA
* * *
4261 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTCAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGA
190 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGA
* * * * * * * *
4326 AAGAATGGGTGACTATAAAT-AGACTTTTGTTGTCGATGAATGACTTTT-TCTTTATGTTTCCCA
255 AAGAATGAGAGACAAGAAATGA-ACTTTTCTTGTCAAAGAATGACTTTTGT-TTCATGTTT-CCA
** * ** *
4389 G-GATTGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCA-AAAAAT-TTCAAAAATTCAACTTTAAATTA
317 GAGACAGACATTCAAATATAATTTATTTTAA--ATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTA
* * * * * * **
4451 GTAATGAGATTGTGAAACCATTTAAAGTGAGTA-ATA-AGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATG
380 ATAATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGTGAGTACAAATAGAC-TTCGAAGGCTTAAGCGACTACA
* * * * * * **
4514 AATGGACTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTACTTCATATTTCCTGAGGTAGACATTCAGTTATA
444 AATAGACTTTTCTTGACAATGGAGAGCTTTTACTTCACATTTCATGAGGTAAACATTCAAATATA
** * *
4579 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAA-ATATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACTAT
509 ATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAGA-ATTCAACTTAAAATCAACAAGGAGACTATAAAACTAT
* * ** *
4642 TTACATTGTGTAATAAGGCT-TTCGAAGCCTTAAGCGAGTATAAAT
573 TGA-AATAAGTAATAAGGCTATT-GAAGCCTTAAGCGACTATAAAT
4687 AAACTTTTCT
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 100, Indels: 30
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
651 21 0.04
652 278 0.55
653 195 0.39
654 6 0.01
655 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (652 bp):
TTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
TGCAAAATAAAACTTTCAAAGGCTTGACTAACTATAAATGGACGTTTTTTATCAACGGATGGCTT
TTAATTCATGTTTCCCGAAGCAAACATAAAATAGAATATATTTTAAACACAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAACAAGTAACAAGGCTTTCGAAAGAAT
GAGAGACAAGAAATGAACTTTTCTTGTCAAAGAATGACTTTTGTTTCATGTTTCCAGAGACAGAC
ATTCAAATATAATTTATTTTAAATAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATAATGAGATT
GTAAAACCATTTAAAGTGAGTACAAATAGACTTCGAAGGCTTAAGCGACTACAAATAGACTTTTC
TTGACAATGGAGAGCTTTTACTTCACATTTCATGAGGTAAACATTCAAATATAATATATTTTAAC
CAAAAATGTAAAAGAATTCAACTTAAAATCAACAAGGAGACTATAAAACTATTGAAATAAGTAAT
AAGGCTATTGAAGCCTTAAGCGACTATAAATGGATGTTTCCTGAGGCAGACATTCTAATATAATC
TG
Done.