Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397631.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_768.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3647
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Warning! 160 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:290 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5--312 Score: 313
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
1 TTTC
* * * *
5 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATATCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAACACCAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTT
70 TACATTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAGAC-A
66 TACATTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAG-CTA
134 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNCATTCCTTT
130 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATT----------CATTCCTTT
* * *
176 AAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATAACCCCAAAATTGATTTTAAGTT-AATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAACACCAAAATTGATTTCAAGTTGAATT-TTT
* * * * * *
240 TTGA-ATTTTTGGTTAAAATAGACT-ATAATTGAATG-CTTGCATT-GAGAAACATGCAAAAAAA
65 TT-ACATTTCTAGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTC-TAC-TTCAAGAAACATGAAAAAAAA
301 GCTATTCATTGA
126 GCTATTCATTGA
313 GAANNNNNNN
Statistics
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170 6 0.05
171 108 0.92
172 4 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAACACCAAAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTT
TACATTTCTAGTTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACTTCAAGAAACATGAAAAAAAAGCTAT
TCATTGACAAGAAAAGTCCATTCATTCCTTT
Found at i:1281 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1256--1306 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
1246 GAAAATATGT
1256 AGAAAAAGTC-ATTCATTGAA
1 AGAAAAAG-CAATTCATTGAA
1276 AGAAAAAGCATATTCATTGAA
1 AGAAAAAGCA-ATTCATTGAA
*
1297 AGCAAAAGCA
1 AGAAAAAGCA
1307 TATTTATAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.04
20 8 0.29
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Consensus pattern (20 bp):
AGAAAAAGCAATTCATTGAA
Found at i:1290 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1266--1310 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
1256 AGAAAAAGTC
1266 ATTCATTGAAAGAAAAAGCAT
1 ATTCATTGAAAGAAAAAGCAT
*
1287 ATTCATTGAAAGCAAAAGCAT
1 ATTCATTGAAAGAAAAAGCAT
1308 ATT
1 ATT
1311 TATAGCCATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.11, G:0.13, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
ATTCATTGAAAGAAAAAGCAT
Found at i:1676 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1321--3544 Score: 1362
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 171
1311 TATAGCCATT
* * * * *
1321 CATTCCTTCAAAGGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * * **
1386 GAGTTTTTTTTACACTTTT-GTTAAAACGGACTATAACTGAATGTCTTCC-TAATGAAATGTGAA
66 GA-ATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAA-GAAACATGAA
* * * **********
1449 AAGAAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCTATTNNNNNNNNNN
129 GA-AAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * *
1492 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT-CATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *** * ** *
1556 GAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACATGGA
66 GAA-TT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA
* *
1621 GAAAAGGCCATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * ** * *******
1664 CATTCTTTCAAAAGCCTCATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTNNNNNNN
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*** * ** * * * * * *
1729 NNNTTGTTT-TACATTCTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CGTGCTTTAGGAAACGCT-T
66 GAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAAC-ATGA
* *
1791 AGAAAAAGCCATTCATTGTA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
128 AGAAAAAGACATTCATTG-AGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* *** * * **********
1835 AATAAGTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * **
1900 GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTGTACATTAAAAAATGTGAAGA
66 GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
* * *
1965 AAAA-ACATTCATT-AGCAAGAAAGTCCATTTATAGTCACT
131 AAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
********** * *
2004 CATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
2069 -AACTTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
66 GAA-TTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
* * * *
2133 AAAAA-AGCATTCATT-AGCAAGAGAAGTCTATTTATGGTCACC
130 AAAAAGA-CATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
*
2175 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
2240 TGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAG
65 TGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
* * *
2305 AAAAAAACATTCATTG-GAAAGAAAAGTCCAATTATAATCACC
130 AAAAAGACATTCATTGAGAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * *
2347 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATTATGTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * * * *
2412 CAATTTTATTTACATTTTTAGTTAAAATAGAGTATAAGTGAATGTCTTCATCATGAAACATAAAG
66 GAATTTT-TCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
* ********** * *
2477 AAAAAGGCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACA
130 AAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * * * * * ** * *
2519 TGTTCCTTTAAAAGCCCTATTACTCGCGTTAAATAGTTTTATAAGATCATAATTGATTTTAGGAT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * * * * * *
2584 GAATTTTTTTAAAATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTTGAGAAACATGTAT
66 GAATTTTTCT-ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAG
* * *
2649 AAAAAGCCATTTATTGA-AAGGAAAAG-CACATTTATAGTCACC
130 AAAAAGACATTCATTGAGAA-AAAAAGTC-CATTTATAGTCACC
** * ***********
2691 CATTCCTTCAAGGGCCTTATTACTCGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * * * * **
2756 AAAAGTTTT-TA-AGCTTTGGTTAAAACAAACTATAATCGAATGTCTAACTCATGAAATGTGAAG
66 -GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA-
* * * * *
2819 GAAAAAG-CCTTGATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCT
129 GAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
** * *
2861 CATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTGTTTCT-AGCTCATAATTGATTTTAAG
1 CATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * ** *
2925 TTGAATTCATT-TACACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTCATTAAACGTGA
64 TTGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
** * *
2989 AGAAAAACTCATTTATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
128 AGAAAAAGACATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ********** * *
3033 CATTCCTTTAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * ** * * * * **
3098 CAATTGTTT-TGCATTCTTCATTAAAACAGACAATAATTGAATG-CTTTCTTTGGGAAACATGAA
66 GAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTC-TACCTTAAGAAACATGAA
* * *
3161 -AAAAAGCCTTTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
129 GAAAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* ** ********** * * *
3203 TATTTTTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGCT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * **
3268 GAATTTTTCAACATTATTGCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGAAGA
66 GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
* * * *
3333 AAAA-AGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTGACC
131 AAAAGA-CATTCATTGAG-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
********** * *
3374 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNNAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTATAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * *
3439 GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACGAACTATAATTAAATGT-TCACCTCAAGAAACGTGAAG
66 GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAAGAAACATGAAG
* *
3503 AAAAA-AGCATTCATTTGA-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACC
130 AAAAAGA-CATTCA-TTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
3545 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1607, Mismatches: 398, Indels: 96
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 125 0.08
170 261 0.16
171 623 0.39
172 558 0.35
173 37 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGA
AAAAGACATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACC
Found at i:2571 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 1287--3543 Score: 1063
Period size: 343 Copynumber: 6.6 Consensus size: 343
1277 GAAAAAGCAT
* * ** * * *
1287 ATTCATTGAAAGCAAAAG-CATATTTATAGCCATTCATTCCTTCAAAGGCTTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGAAAG-AAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * ** * * *
1351 AAA-TGGTTTTATAATCTGATAATTAATTTTAAGTTGAGTTTTTTTTACACTTTT-GTTAAAACG
64 AAATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTT-AACTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * ** * *
1414 GACTATAACTGAATGTCTTCCT-AATGAAATGTGAAA-AGAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
128 AACTATAAGTGAATGTCTACATCAA-GAAACAT-AAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGT
* ********** * ** * **
1477 CTATTNNNNNNNNNNCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTCAT-GGTTTTATAATCTCA
191 CCATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGATCA
* * * * * *** *
1540 AAATTTATTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGGTTATAATTGAATGTTTA
256 TAATTGATTTTAAGATGAA-TT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATA
** * * ***
1605 CCTTGGGAAACATGGAGAAAAGGCC
319 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAAC
* * * * **
1630 ATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTCATTAGTTGCTTTA
1 ATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * ********** *
1695 AA-TGGTTTTATAATCTCATAACTGATTNNNNNNNNNNTTGTTT-TACATTCTTCA-TTAAAACA
65 AATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAACTT-TTTCTACATT-TTTAGTTAAAACA
* * * * * * * * *
1757 GACTATAATTGAATG-CGTGCTTTAGGAAACGCT-TAG-AAAAAGCCATTCATT-GTAAAGAAAA
128 AACTATAAGTGAATGTC-TACATCAAGAAAC-ATAAAGAAAAAAG-CATTCATTAG-CAAGAAAA
*** * * * * * **
1818 GTCCATTTATAGTCAC-CAATAAGTTCAAAAGCCTTATTCCTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATC
189 GTCCATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGA
********** *
1881 TCATAATTNNNNNNNNNNTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTGT
253 TCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTAT
* * *
1946 ACATTAAAAAATGTGAAG-AAAAAAC
318 ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAAC
* * **********
1971 ATTCATTAGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTNNNNNNNNNNTTTA
1 ATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
2035 AA-TAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAACTTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAA
65 AATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAACTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAAA
* * * * * *
2099 CTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAGAAGTCTAT
130 CTATAAGTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * **
2164 TTATGGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTATAATCTCATAAT
195 TTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGATCATAAT
* * * * *
2229 TTATTTTAAGTTGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTACCTCAA
260 TGATTTTAAGATGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTTAA
2294 GAAACGTGAAGAAAAAAAC
325 GAAACGTGAAGAAAAAAAC
* *
2313 ATTCATTGGAAAGAAAAGTCCAATTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
1 ATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
2378 AATTA-TTTTATTATGTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTATTTACATTTTTAGTTAAAATA
65 AATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTT-AACTTTT-TCTACATTTTTAGTTAAAACA
* * * * * **********
2441 GAGTATAAGTGAATGTCTTCATCATGAAACATAAAGAAAAAGGCNNNNNNNNNNAAGAAAAGTCC
128 AACTATAAGTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
** * *
2506 ATTTATAGTCACATGTTCCTTTAAAAGCCCTATTACTCGCGTTAAATAG-TTTTATAAGATCATA
193 ATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGATCATA
* * * * * * *
2570 ATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTAAAATGTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCT
258 ATTGATTTTAAGATGAATTTTTCT-ACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCT
* * * * **
2635 TGAGAAACATGTATAAAAAGCC
322 TAAGAAACGTGAAGAAAAAAAC
* ** *
2657 ATTTATTGAAAGGAAAAG-CACATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGGGCCTTATTACTCGCTTT
1 ATTCATTGAAA-GAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
********** * * ** ** *
2721 AAA-TANNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTAAAAGTTTT-TA-AGCTTTGGTTAAAACA
64 AAATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTT-AACTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACA
* ** * * * * *
2783 AACTATAA-TCGAATGTCTA-ACTCATGAAATGTGAAGGAAAAAGCCTTGATTGGCAAGAAAAGT
128 AACTATAAGT-GAATGTCTACA-TCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGT
* * * ** * * * * *
2846 CCATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTGTTTCT-AGCTC
191 CCATTTATAGTCACACATTCCTTC-AAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGATC
* * * * *
2910 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTCATT-TACACTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTATA
255 ATAATTGATTTTAAGATGAATT-TTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATA
* ** **
2974 CCTCATTAAACGTGAAGAAAAACTC
319 CCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAAC
* * * ********** *
2999 ATTTATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAANNNNNNNNNNTCGCTTTA
1 ATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
3064 AA-TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAACTTCAA-TTGTTT-TGCATTCTTCA-TTAAAAC
65 AATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTT-AACTT-TTTCTACATT-TTTAGTTAAAAC
* * * * * *** * *
3125 AGACAATAATTGAATG-CTTTCTTTGGGAAACAT-GA-AAAAAAGCCTTTCATTGAG-AAGAAAA
127 AAACTATAAGTGAATGTC-TACATCAAGAAACATAAAGAAAAAAG-CATTCATT-AGCAAGAAAA
** * ********** **
3186 GTCCATTTATAGTCAC-CTATTTTTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATAG-TTTTATAATC
189 GTCCATTTATAGTCACAC-ATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGA
* * * * * *
3249 TCATAACTGATTTTAAGCTGAATTTTTCAACATTATTGCTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCT
253 TCATAATTGATTTTAAGATGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTAT
* *
3314 ACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAAGC
318 ACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAAC
* * * * **********
3340 ATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATGGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTNNNNNNNNNN
1 ATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
3405 AA-TGGTTTTATAATCTCATAATTTATTATAAGTTGAA-TTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACGA
65 AATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTT-AACTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAA
* * * * * * * *
3468 ACTATAATTAAATGT-TCACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTTGAAAGAAAAGTCT
129 ACTATAAGTGAATGTCT-ACATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCC
3532 ATTTATAGTCAC
193 ATTTATAGTCAC
3544 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1452, Mismatches: 405, Indels: 115
0.74 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 6 0.00
340 173 0.12
341 311 0.21
342 341 0.23
343 348 0.24
344 270 0.19
345 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (343 bp):
ATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
ATTAGTTTTATAATCTCAAAATTCATTTTAAGTTAACTTTTTCTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
TATAAGTGAATGTCTACATCAAGAAACATAAAGAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCCTATTACTCACGTTAAATAGTTTTTATAAGATCATAATT
GATTTTAAGATGAATTTTTCTACATTTTTGGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTTAAG
AAACGTGAAGAAAAAAAC
Done.