Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401037.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4198.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4756
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.10, T:0.28
Warning! 1120 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1431 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1240--3465 Score: 995
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 168
1230 CTTGAAATGG
** * * *
1240 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTAAATGTTTTTACATCCTTTCTTAAGACAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAAT-TTTTCTTAAAACAGACTATAA
* * * * * *
1305 TTGAATGACTGTCTCAAAAAACAT-ATAGAAAACGCCATTCATTCGAAAGAAAAGTCTATTTATA
65 TTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATA
*
1369 GTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTGAACGA
128 GTCACTCAT-CCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * * *
1411 TTTTACAATCTTAAAATTGATTATAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTTTGATTAAAACAGACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAA--TTTTT-CTTAAAACAGACTAT
* * * * * * *
1476 AACTAAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAGAAAAAGTCCGTTTAT
63 AATTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAG-AAAAGTCCATTTAT
* * * * * * *
1541 ACTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGG
127 AGTCACTCATCCTTT-AAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * *
1584 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAATTTTTC-TTAAAACAGACTATAA
* * * *
1649 TTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAG
65 TTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * ** * *
1714 TCTCGT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGG
129 TCAC-TCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * * * * * *
1755 TTTTGTAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAATTTTTTGTTAAAAAAGGCAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT--AAA-TTTTTCTTAAAACAGACTAT
*** * * * * * * * **
1820 AATTGAATCTTTGCCTTAGGGAACGTGAA-ATGAAAGCCA-TCTATTGGCACGAAAA-TTGATTT
63 AATTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGA-AAAAGGCATTC-ATT-GAAAGAAAAGTCCATTT
* * ** * *** * *
1882 ATAGTCACTTAAGCAC-TCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAA-TA
125 ATAGTCAC-TCATC-CTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * ** *
1926 GTTTTATAAGCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGAGTAT
1 -TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTAAATTT-TTCTTAAAACAGACTAT
* * * * * *
1991 AATTG-ATAGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTA
63 AATTGAAT-GACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
2055 TAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
126 TAGTCACTCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* ** * *
2099 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTCTTTTCATTTTTCATTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT-TTTAAATTTTTC-TTAAAACAGACTATA
* * * * * * * *
2163 AATGAAT-ACCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAATGAATTCATT-ATAAAAAAAATTCATTTAT
64 ATTGAATGA-CTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-AAGAAAAGTCCATTTAT
* * *
2226 AG-C-CTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
127 AGTCACT-C-A-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * *
2269 TTCTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAAAAAGTTTTTGTTGAAAA-AGGCTA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT--AAA-TTTTTCTT-AAAACAGACTA
** * * * * * * *
2332 TAATTGAATGTTTTCCT-TAGAGAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAAGTCCATT
62 TAATTGAATGACTGCCTCAAGA-AACGTGAAGA-AAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATT
* * ** *** * * *
2395 TATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGG
124 TATAGTCAC-TCATCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * ** **
2441 TTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTACATTTATGGTTAAAATTGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTAAATTT-TTCTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
2505 ATTGAAAGTCTACCTCGATAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTGACAAGAACAA-TCCATTTAT
64 ATTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-AAGAA-AAGTCCATTTAT
* * * * * * *
2569 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTGAAATGG
127 AGTCACTCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * ** * *
2612 TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATTTTGGTTAAAATAGATTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTT-TTAAATTTTTCTTAAAACAGACTATAA
* * *** * * * *
2677 TTCAATGCCTATATC-AGAAAACAT-ATAGATAAAGGCATTCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTAT
65 TTGAATGACTGCCTCAAG-AAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * * * * *
2740 AATC-TTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGG
127 AGTCACT-CA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* ** *
2783 TTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAA-GTTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAAACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATG-TTTTTAAATTTTTC-TTAAAACAGACTATA
** * * *
2847 ATTGAATTCCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAAATCCATTTAT
64 ATTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-G-AAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * *
2912 AGTC-CTCTATTCCTTCAAAAGCCATATTGCCCACTCTAAA-AA
127 AGTCACTC-A-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * * * *
2954 TTTTTTAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTGTAAAATTTTTTATTAAAAAAGGCTAG
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTT-T-AAA-TTTTTCTTAAAACAGACTAT
** * * * * * * * * * *
3018 AATTGAATGTTTACGT-TAGAGAACATGAA-ACGAAAGACATCCATTGGCACGGAAAGTCCATTT
63 AATTGAATGACTGCCTCAAGA-AACGTGAAGA-AAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTT
* * **** * *** * * *
3081 ATAGTCACTTAAGCCTTCGGCAGCCTTATCAATTACTCTAAATGG
125 ATAGTCAC-TCATCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * ** *
3126 TTTAATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTCTTATATTTATGGTTAAAACATACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTT-TTAAATTT-TTCTTAAAACAGACTATA
* * * * * * *
3190 ATTGAAAGTCTACCTCAACAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 ATTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTATA
********* * * *
3255 GTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
128 GTCACTCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
* * * * * * *
3297 TTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTATTTTAAACAGATTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATGTTT-TTAAATTTTT-CTTAAAACAGACTAT
* ** ** * ** * * *
3361 AATTGAATGCCTATCTCGGGAAACAT-ATAGCGAAAGCCATTCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTA
63 AATTGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-GAAAGAAAAGTCCATTTA
* * * *
3425 TAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAA
126 TAGTCACTCA-TCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAA
3466 TGGTNNNNNN
Statistics
Matches: 1570, Mismatches: 400, Indels: 169
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.00
170 122 0.08
171 778 0.50
172 457 0.29
173 200 0.13
174 7 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTAAATTTTTCTTAAAACAGACTATAAT
TGAATGACTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
ACTCATCCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAACGA
Found at i:2676 original size:513 final size:514
Alignment explanation
Indices: 1425--2822 Score: 1736
Period size: 513 Copynumber: 2.7 Consensus size: 514
1415 ACAATCTTAA
* * * * *
1425 AATTGATTATAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTTTGATTAAAACAGACTATAACT-AAATGTCTA
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA--TTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAA-GTCTA
* * *
1489 CCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AGAAAAAGTCCGTTTATACTCACCCATTC
63 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
1553 TTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
1618 TTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAG
192 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATACCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAG
* * * *
1683 GTATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTT
257 GAATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
1748 TAAATGGTTTTGTAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAATTTTTTGTTAAAAA
322 TAAATGGTTCTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAAGTTTTTGTTAAAAA
* * ** * * **
1813 AGGCAATAATTGAATCTTTGCCTTAGGGAACGTGAAATGAAAGCCATCTATTGGCACGAAAATTG
387 AGGCAATAATTGAATCTTTGCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAATCC
*
1878 ATTTATAGTCACTTAAGCACTCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTCAT
452 ATTTATAGTCACTTAAGCACTCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTAAT
* * * *
1941 AATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGAGTATAATTGATAGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACC
* * ** * *
2006 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTGACCCATTCCTT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
2071 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCT
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
*
2136 TTT-CATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATACCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAATGA
194 TTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATACCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGGA
* * *
2200 ATTCATTATAAAAAAAA-TTCATTTATAGCCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
259 ATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
2264 AATGGTTCTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAAAAGTTTTTGTTGAAAAAG
324 AATGGTTCTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAAGTTTTTGTTAAAAAAG
* * *
2328 GCTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAAGTCCA
389 GCAATAATTGAATCTTTGCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAA-TCCA
* * *
2393 TTTATAGTCACTTAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAAT
453 TTTATAGTCACTTAAGCAC-TCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTAAT
* * **
2455 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAATTGACTATAATTGAAAGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCT
* * * *
2520 CGATAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTGACAAGAACAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
66 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
2584 CAAAAGTCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * * * * *** * * * *
2649 CTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATGCCTATATCAGAAAACAT-ATAGATAAAGG
195 -TTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATACCTGCCTCAGGAAACGTGA-AAAAAAAGG
* * * * * * * * *
2712 CATTCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTATAATCTTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTT
258 AATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTAT-AGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
2776 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAAGTTTTTTT
322 TAAATGGTTCTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
2823 TATTTTTCAT
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 110, Indels: 28
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
512 3 0.00
513 280 0.37
514 222 0.29
515 215 0.28
516 29 0.04
517 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (514 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCT
CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATACCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAAGGAAT
TCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGCCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TGGTTCTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAAGTTTTTGTTAAAAAAGGC
AATAATTGAATCTTTGCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAATCCATTT
ATAGTCACTTAAGCACTCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTAAT
Found at i:2848 original size:513 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1425--3344 Score: 1702
Period size: 514 Copynumber: 3.7 Consensus size: 507
1415 ACAATCTTAA
* * * * *
1425 AATTGATTATAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTTTGATTAAAACAGACTATAACT-AAATGTCTA
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA--TTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAA-GTCTA
* * *
1489 CCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AGAAAAAGTCCGTTTATACTCACCCATTC
63 CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC
* * *
1553 TTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATG
127 CTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* *
1618 TTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAG
192 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
1683 GTATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTT
257 GAATTCATT-GAAAAAAAAGTCCATTTATAATCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
1748 TAAATGGTTTTGTAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAATTTTTTGTTAAAAA
320 TAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT---AA-TTTTTGTTAAAAA
* * * ** * * **
1813 AGGCAATAATTGAATCTTTGCCTTAGGGAACGTGAAATGAAAGCCATCTATTGGCACGAAAATTG
381 A-GCTATAATTGAATCTTTGCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAATCC
*
1878 ATTTATAGTCACTTAAGCACTCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTCAT
445 ATTTATAGTCACTTAAGCACTCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTAAT
* * * *
1941 AATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAGAGTATAATTGATAGTCTACC
1 AATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACC
* * ** * *
2006 TTAAGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGTAAGAAAAGTCCACTTATAGTGACCCATTCCTT
65 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
*
2071 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCT
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
* * * *
2136 TTT-CATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATACCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAATGA
194 TTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGA
* * ** *
2200 ATTCATT-ATAAAAAAAATTCATTTATAGCCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
259 ATTCATTGA-AAAAAAAGTCCATTTATAATCTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
2264 AATGGTTCTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAAAGTTTTTGTTGAAAAAGG
322 AATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--TAA-TTTTTGTT-AAAAAAG
* *
2329 CTATAATTGAATGTTTTCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAAGTCCAT
383 CTATAATTGAATCTTTGCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAA-TCCAT
* * *
2394 TTATAGTCACTTAAGC-CTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAAT
447 TTATAGTCACTTAAGCAC-TCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTAAT
* * **
2455 AATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAATTGACTATAATTGAAAGTCTACCT
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCT
* * * *
2520 CGATAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTGACAAGAACAA-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
66 CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTT
* * * * *
2584 CAAAAGTCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTT
130 CAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
** * * * *** * * *
2649 CTTACA-TTTTGGTTAAAATAGATTATAATTCAATGCCTATATCAGAAAACAT-ATAGATAAAGG
195 -TTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGA-AGAAAAAGG
* * * * * *
2712 CATTCATTGGGAAGAAAGGTCCATTTATAATCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTT
258 AATTCATT-GAAAAAAAAGTCCATTTATAATC-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* * * * * * *
2777 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAAGTTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAAA
321 AAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTAATTTTT-GTTAAAA-AAG
* * * * * * * **
2842 CTATAATTGAAT-TCCTGCCTCA-AGAAAAGTGAAGA-AAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAAAT
383 CTATAATTGAATCT-TTGCCTTAGAGAACA-TGAA-ACAAAAGCCATCCATTAG--CACGAAAAT
** * * *** * * *
2904 CCATTTATAGTC-CTCTATTC-CTTCAAAAGCC-ATATTGCCCACTCTAAA-AATTTTTTAATG-
443 CCATTTATAGTCACT-TAAGCAC-TCGAAAGCCTA-ATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAA-GC
2964 TCAA-
504 T-AAT
* * ** * * * * * *
2968 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTAAAATTTTTTATTAAAAAAGGCTAGAATTGAATGTTTACG
1 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACC
* * * * * * * * ** **
3033 T-TAGAGAACATGAA-ACGAAAGACATCCATTGGCACGGAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCC
65 TCAAGA-AACGTGAAGA-AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCC
*** * * * * * * *
3096 TTCGGCAGCCTTATCAATTACTCTAAATGGTTTAATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
* * * ** * * * * * ** *
3161 TCTTATATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGAAAGTCTACCTCAACAAACGTAAAGAAAAAGG
193 TTTTACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGG
* * * * * **********
3226 TATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAGCCTTATTACTCACTTT
258 AATTCATT-GAAAAAAAAGTCCATTTATAATCTC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
* *
3291 AAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTT
321 AAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTT-TTA-ATTTTT
3345 ATTTTAAACA
Statistics
Matches: 1150, Mismatches: 214, Indels: 81
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
512 18 0.02
513 347 0.30
514 531 0.46
515 222 0.19
516 23 0.02
517 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (507 bp):
AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCT
CAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTCATTAAAACAAATTATAATTGAATGCCTGCCTCAGGAAACGTGAAGAAAAAGGAAT
TCATTGAAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTGTTAAAAAAGCTATAATT
GAATCTTTGCCTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGCACGAAAATCCATTTATAGTCA
CTTAAGCACTCGAAAGCCTAATTACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTAAT
Found at i:3422 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1225--3429 Score: 1295
Period size: 342 Copynumber: 6.4 Consensus size: 342
1215 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
1225 ACTCACTTGAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTAAATGTTTT-T-ACATCCTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTCTAAAAT-TTTT
* * * * * * * * * *
1288 CTTAAGACAGACTATAATTGAATGACTGTCTC-AAAAAACAT-ATA-GAAAACGCCATTCATTCG
64 GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTATCTCTAGAGAACATGAAACG-AAA-GCCATCCATTGG
* * * * ** * *** * * * *
1350 AAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-CCTTTAAAAGCCTTATTACCCACTTTGAACGATTT
127 CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTCTAAATGGTTT
* * * * * * * * *
1414 TACAATCTTAA-AATTGATTATAAGTTCAATTTTTTTAAATTTTTTTGATTAAAACAGACTATAA
191 TATAAGC-TAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT--ATATTTATGGTTAAAACATACTATAA
* * * * * *
1478 CT-AAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGAC-AGAAAAAGTCCGTTTAT
253 TTGAAA-GTCTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAG-AAAA-TCCATTTAT
* * * *
1541 ACTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATC
315 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
1569 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTT-T-ATATTTTTC
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTCTAAAATTTTT-
* ** * * ** * *
1632 ATTAAAACAA-ACTATAATTGAATGCCTGCCTC-AG-GAAACGTGAAGA-AAAAGGTATTCATTA
64 GTTAAAA-AAGACTATAATTGAATGCCTATCTCTAGAG-AACATGAA-ACGAAAGCCATCCATTG
* * * * * ** * * * *
1693 GAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCGTATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGTT
126 GCAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTT-GCTCTAAATGGTT
* * * * * * * ** *
1757 TTGTAATG-TCAA-AATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAAATTTTTTGTTAAAAAAGGCAAT
190 TTATAA-GCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT--ATATTTATGGTTAAAACATACTAT
** * * * *** * ** * **
1820 AATTGAATCTTTGCCTTAGGGAACGTGAA-ATGAAAGCCA-TCTATTGGCACGAAAATTGATTTA
251 AATTGAAAGTCTACCTCAACAAACGTGAAGA-AAAAGGTATTC-ATTGGCAAGAAAATCCATTTA
* ** * *
1883 TAGTCACTTAAGCAC-TCGAAAGCCTAATT
314 TAGTCACTCATTC-CTTCAAAAGCCTTATT
** * * * * * * * * *
1912 ACTTGCTATAAATAGTTTTATAAGCTCATAATTGATTTCAAGTTGAATTTTTTTTATATTTATGG
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAAAATTT-TTG
* * * * * * * *
1977 TTAAAACAGAGTATAATTG-ATAGTCTACCT-TA-AGAAACGTGAAGA-AAAAGACATTCATTGG
65 TTAAAAAAGACTATAATTGAAT-GCCTATCTCTAGAG-AACATGAA-ACGAAAGCCATCCATTGG
* * * * ** ** * * * *
2038 TAAGAAAAGTCCACTTATAGTGACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
127 CAAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTCTAAATGGTTTT
* * * ** * * *
2103 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTCTTT-TCATTTTTCATTAAAACAAATTATAAAT
192 ATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTT-TTTAT-ATTTATGGTTAAAACATACTATAATT
* * ** * * * *** * *
2166 GAATA-CCTGCCTCAGGAAACGTGAAAAAAAATGAATTCATTATAAAAAAAATTCATTTATAG-C
255 GAA-AGTCTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTC
*
2229 -CTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATT
319 ACT-C-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* *
2254 ACTCACTTTAAATGGTTCTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAAAAAGTTTTT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCT-AAAA-TTTTT
* * * * * *
2318 GTTGAAAAAGGCTATAATTGAATG-TTTTC-CTTAGAGAACATGAAACAAAAGCCATCCATTAGC
64 GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTATCTC-TAGAGAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGGC
* * *
2381 ACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTA
128 AAGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTCTAAATGGTTTTA
* *
2446 TAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTATGGTTAAAA-TTGACTATAATTGA
193 TAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACAT-ACTATAATTGA
* * * *
2510 AAGTCTACCTCGATAAACGTGAATAAAAAGGTATTCATTGACAAGAACAATCCATTTATAGTCAC
257 AAGTCTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAA-AATCCATTTATAGTCAC
* *
2575 CCATTCCTTCAAAAGTCTTATT
321 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2597 ACTCACTTGAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATTTTGGT
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAAAATTTTTGT
* * * * * * * * *
2662 TAAAATAGATTATAATTCAATGCCTATATC-AGAAAACAT-ATAGA-TAAAGGCATTCATTGGGA
66 TAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTATCTCTAGAGAACATGA-A-ACGAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * * *
2724 AGAAAGGTCCATTTATAAT--CTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTT
129 AGAAAGGTCCATTTATAGTCACTT--AAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTCTAAATGGTTTT
* * * * * * * ** *
2787 ATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAAGTTTTTTTTATTTTTCATTAAAACAAACTATAATTG-
192 ATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGA
* * * * * * *
2851 AATTCCTGCCTCAAGAAAAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAAATCCATTTATAGTC
257 AAGT-CTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGG--CAAGAAAATCCATTTATAGTC
*
2916 -CTCTATTCCTTCAAAAGCCATATT
319 ACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ** * * * *
2940 GCCCACTCTAAA-AATTTTTTAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTAAAATTTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAAAA-TTTTTG
* * ** *
3004 TTAAAAAAGGCTAGAATTGAATGTTTA-CGT-TAGAGAACATGAAACGAAAGACATCCATTGGCA
65 TTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTATC-TCTAGAGAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGGCA
* ** * * *
3067 CGGAAA-GTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGGCAGCCTTATCAATTACTCTAAATGGTTTAA
129 -AGAAAGGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTCTAAATGGTTTTA
3131 TAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTCTTATATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGA
193 TAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTT-TTATATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGA
*
3195 AAGTCTACCTCAACAAACGTAAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
257 AAGTCTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAA-TCCATTTATAGTCAC
**********
3260 TCANNNNNNNNNNAGCCTTATT
321 TCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
3282 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATTTTTA
1 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTCTAAAATTTTT-
* * * * ** * * *
3346 TTTTAAACAGATTATAATTGAATGCCTATCTCGGGA-AACAT-ATAGCGAAAGCCATTCATTGGG
64 GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTATCTCTAGAGAACATGA-AACGAAAGCCATCCATTGGC
3409 AAGAAAGGTCCATTTATAGTC
128 AAGAAAGGTCCATTTATAGTC
3430 TCTCATTCCT
Statistics
Matches: 1447, Mismatches: 337, Indels: 155
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
340 5 0.00
341 17 0.01
342 557 0.38
343 483 0.33
344 370 0.26
345 14 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAAAATTTTTGT
TAAAAAAGACTATAATTGAATGCCTATCTCTAGAGAACATGAAACGAAAGCCATCCATTGGCAAG
AAAGGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATCACTTGCTCTAAATGGTTTTATAA
GCTAATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATGGTTAAAACATACTATAATTGAAAGT
CTACCTCAACAAACGTGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAATCCATTTATAGTCACTCATT
CCTTCAAAAGCCTTATT
Done.