Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401040.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_420.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28335
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.10, T:0.23
Warning! 9456 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3240 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3214--3263 Score: 91
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
3204 CAAGAAACAT
3214 GAAGAAAAAAGCATTCATTGG
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGG
3235 GAAGAAAAAAGCATTCATTGG
1 GAAGAAAAAAGCATTCATTGG
*
3256 AAAGAAAA
1 GAAGAAAA
3264 GTCCATTTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 28 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.08, G:0.22, T:0.16
Consensus pattern (21 bp):
GAAGAAAAAAGCATTCATTGG
Found at i:9065 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8769--12283 Score: 2747
Period size: 170 Copynumber: 20.6 Consensus size: 170
8759 NNNNNNAGGC
** * * * * * * *
8769 AGACATTCAATTGTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGCAAAAAGATTCTACTCAAAATAAATTTTGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
8834 GATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
* * *
8899 TTCTTGCTGATGAGTACCTTTTCTTTATGTTTCTTAAGGT
131 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* *
8939 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * ** * *
9004 TATCATAAAACCATTTAAAGCGAGCGATAAGGCTTTTGAAGTTATGGATGACTACAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
* * * * * * *
9069 TTCTTACCAATGAGTAACTTGTCTTCAAGTTTCTCAAGGT
131 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * ** * *
9109 AGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTGAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTACGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * *
9174 CATCATTAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGG-TTACTATAAATGGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGATGACTATAAATGGACT
* * * * *
9238 TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTAATGTTTCTTGAGGT
130 TTTCTTGCCGATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
** * * * * * * *
9280 AGACATTCAATTCCAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAATA-CTGAGCTTAAAAACAATTATT
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATC-CAACTTAAAATCAATTATG
* *** * **
9344 AGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCT-T-GAGTGACTGCAAATGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGA-TGACTATAAATGGA
* ** ** ** *
9407 CTTTT-TGTTCC-AGTGGTTGGCTTTTGCTTCAT-TTTCCCCAAGGC
128 CTTTTCT-TGCCGA-TGAATACCTTTT-CTTCATGTTT-CTTAAGGT
* * * *
9451 AGACATTCAATTGTAACCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** *
9516 GATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTGGGCTTTTGAAGG-AGTGGATGACTATAAATAGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTA-TGGATGACTATAAATGGACT
* ** *
9580 TTTC-TGACAGATGAATATAATTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
130 TTTCTTG-CCGATGAATA-CCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * * * *
9622 AGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAATA-CTGAACTTAAAAACAATTATT
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATC-CAACTTAAAATCAATTATG
* *** * ** *
9686 AGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-T-GAGTGACTGCAATTGGA
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGA-TGACTATAAATGGA
* * ** * * * * * ** *
9749 CTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTTTTTCACGTTCCCCAAGGC
128 CTTTTCTTGCCGATGAAT-ACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* ** * * * *
9793 ACACATTCAATTGTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATTTTGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * *
9858 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
*
9923 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
131 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * * * *
9963 AGAAATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAATTGTGAAAAGATCCAACTTCAAATCAATTAAGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * * * ** *
10028 CATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGTA-GTCTTGAGTGAGTGCAAATGGAGT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGA-TGACTATAAATGGACT
** ** * * *
10092 TTT-TGTGCC-AGTGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGGC
130 TTTCT-TGCCGA-TGAATACCTTTT-CTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * * *
10134 AGACATTCAATTGT-AGCTTTTTTTAA-AAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAATTGTAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
10197 AGATTACAAAACCATTTGACGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACT
* *
10262 TTTCTTACCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
130 TTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* ** * *
10303 AGACATTCAATTTTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGGAT-CAACTTAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-GATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
10367 AGTTTATTAAACCATATAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GAGTGACTATAAATGAAC
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGA-TGACTATAAATGGAC
* * *
10431 TTTTC-TACCTGATGAATACCTCTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
129 TTTTCTTGCC-GATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
** * * * * *
10473 AGACATGGAATTATAATCTGTTATAACTAAAAATATGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
** * * * * * *
10538 -ATTCATAAAAGTATTTAAAGTGAGAAATAAGACATTTGAGGGTATGGGTGACTATGAATGGACT
66 GATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACT
* * *
10602 TTTCTTG-CGAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTCAGGT
130 TTTCTTGCCG-ATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * * ** * *
10644 AGACATTCAATTCTAGTCTGTTATAACTAAAGAA-GTAAAAATATTGAACTTAAAAACAATCATT
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTA-T
* * * * * * * * * *
10708 G-GGTTATAAAACCATGTAAACTAAATAATAAGTCTTTCGAAGCCT-TGTG-TGACTACAAATAG
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GTATG-GATGACTATAAATGG
* ** ** * ** * * *
10770 ACTTTTCGTGCC-ATGGTTGGCTATTGCTTCACCTTCCCTAAGGC
127 ACTTTTCTTGCCGATGAATACCT-TTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
** * * *
10814 AGACATTCAATTGTAGCCT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
*** * *
10878 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGGGTGACTATAAATAGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
* * *
10943 TTCTTGCCGAAGAATACCTTTTCTCCATGTTTCTCAAGGT
131 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * *
10983 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTGAAAAGATCCAACTTCAAATCAATTAAGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * *
11048 CATCATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGG-TGACTATAAATGGACT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGATGACTATAAATGGACT
** * * *
11112 TTTCTTGCTAATGAATGCCTTTTTGTTCATGTTTCTTGAGGT
130 TTTCTTGCCGATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * * * * * *
11154 AGATATTCAATTTTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATA-CTCAACTTAAAAACAACTCTT
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATC-CAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * * *
11218 AGTTTATAAAACCATTTAAACAT-AGTATTAAGGCTTTCGAAGGCT-T-AAGTGACTGTAAATAG
65 AGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGA-TGACTATAAATGG
** * ** ** ** **
11280 ACTTTTCAAGCCAATGGCTGGCTTTTACTT--TGCTTTCCCCAAGCC
127 ACTTTTCTTGCCGATGAATACCTTTT-CTTCATG-TTT-CTTAAGGT
* * * * * * *
11325 AGACATTCAATTGTGGCA-C-CTTTTAACCAGAAATGTAAAATGATTCAACTTAAAATGAATTTT
1 AGACATTCAATTGT--AATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
11388 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAGAC
64 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGAC
* * ** * *
11453 TTTTCTTCCCGATGAATACCTTTGCTTCATGTTTCCCAAAGA
129 TTTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * *
11495 AGACATGCAATTGTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * * *
11560 CATCATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
* * * * *
11625 TTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTTGTCCAAGTTTCTTGAGGT
131 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCT-T-CATGTTTCTTAAGGT
* * * * * * * * * *
11666 AGGCATTCAATTCTAGTCTATTTTAACC-GAAATGTAAAAATA-CTGAAGTTAAAAACAATTATT
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATC-CAACTTAAAATCAATTATG
* * * * * *
11729 AGTTTATAAAACCATTTAAACCT-AGTATTAAAGCTTTTGAAGGCT-T-GAGTGACTGTAAATAG
65 AGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATGGA-TGACTATAAATGG
* ** * * * **
11791 AATTTTCGAGCCAATG-GTTCACTTTTGCTT--TGCTTTTCCCAAGGT
127 ACTTTTCTTGCCGATGAATAC-CTTTT-CTTCATG--TTTCTTAAGGT
* *** * * *
11836 AGAGATTCAATT-TTGGCTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTG
1 AGACATTCAATTGTAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
11900 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACT
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACT
* *
11965 TTTCTTGCCGATGAGTACCTTTACTTCATGTTT-TTCAAGGT
130 TTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGT
* * *
12006 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
* ** * * * * *
12071 CATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCAGAAATGGACTT
66 GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
* * * *
12136 TTCTTGCCAATAAATGTA-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGT
131 TTCTTGCCGATGAA--TACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
********** * * * * *
12177 AGACNNNNNNNNNNAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATA-CTGAACTTAAAAACAATTATT
1 AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATC-CAACTTAAAATCAATTATG
* * *** *
12241 AGAATATAAAATCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
65 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
12284 CTTGAGTGAC
Statistics
Matches: 2615, Mismatches: 624, Indels: 211
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 188 0.07
170 1259 0.48
171 1122 0.43
172 39 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AGACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA
GATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGATGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
Found at i:9405 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8765--12146 Score: 3097
Period size: 341 Copynumber: 9.9 Consensus size: 341
8755 NNNNNNNNNN
** * * * * *
8765 AGGCAGACATTCAATTGTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGCAAAAAGATTCTACTCAAAATAAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTA-ATTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
* *
8830 TTGAGATTATAAAACCATTTAATGTGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
** * * *
8895 ACTTTTCTTGCTGATGAGTACC-TTTTCTTTATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* *
8959 TTTTAACCAAAAATGTGAAAAGAT-C-CAACTTAAAATCAATTATGA-TATCATAAAACCATTTA
195 TTTTAACCAAAAATGT-AAAA-ATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGT-TTATAAAACCATTTA
** * *
9021 AAGCGAGCGATAAGGCTTTTGAA-GTTATG-GATGACTACAAATGGACTTTTCTTACCAATGAG-
257 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAG-TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-GT
** * * *
9083 TAACTTGT-CTTCAAGTTTCTCA
319 TGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * *
9105 AGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTGAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTAATTT-TTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
** * * * * * * *
9170 ACGACATCATTAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTTACTATAAATGG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * **
9235 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTTTTAATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCCAGTCTG
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * * * *
9300 TTTTAACCAAAAATATAAAAATACTGAGCTTAAAAACAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAC
195 TTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
9365 CAAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGCAAATGGACTTTT-TGTTCCAGTGGTTGGCT
260 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGTTGGCT
9429 TTTGCTTCAT-TTTCCCCA
324 TTTGCTTCATGTTT-CCCA
* *
9447 AGGCAGACATTCAATTGTAACCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTAA-TTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * * *
9512 TTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTGGGCTTTTGAAGGAGTGGATGACTATAAATAG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* *** * *
9577 ACTTTTC-TGACAGATGAATATAATTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCT
130 ACTTTTCTTGCCA-ATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * *
9641 GTTTTAACAAAAAATGTAAAAATACTGAACTTAAAAACAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAA
194 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
9706 CCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTGCAATTGGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGCT
259 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCT
** * *
9771 TTTTTTTCACGTTCCCCA
324 TTTGCTTCATGTTTCCCA
* ** * *
9789 AGGCACACATTCAATTGTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATTAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTA-ATTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
*
9854 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * *
9919 ACTTTTCTTGCCGATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAAATTCAATTATAATCTA
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * ** **
9983 TTTTAACCAAAATTGTGAAAAGAT-C-CAACTTCAAATCAATTAAGACATTATAAAACCATTTAA
195 TTTTAACCAAAAATGT-AAAA-ATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAA
* * * * * * *
10046 AGCGAGCAATAAGGCTTTTGTAGTCTTGAGTGAGTGCAAATGGAGTTTT-TGTGCCAGTGGTTGG
258 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGTTGG
10110 CTTTTGCTTCATG-TTCCCTA
322 CTTTTGCTTCATGTTTCCC-A
* * *
10130 AGGCAGACATTCAATTGTAGCTTTTTTTAA-AAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTA-ATTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
10194 TTGAGATTACAAAACCATTTGACGTGAGTAATAGGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATAG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * *
10259 ACTTTTCTTACCGATGAATACC-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTTTAGCCTT
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * *
10323 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAGGA-TCAACTTAAAATCAATT-TTGAGTTTATTAAACCATATAA
195 TTTTAACCAAAAATGTAAAAA-TACTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAA
* ** * * * * ** **
10386 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC-TACCTGATGAATAC
258 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGTTGG
* ***
10450 CTCTT-CTTCATGTTTCTTG
322 CTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* ** * * * * * *
10469 AGGTAGACATGGAATTATAATCTGTTATAACTAAAAATATGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTAAT-TTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
* ** * * * * * *
10534 ATGA-ATTCATAAAAGTATTTAAAGTGAGAAATAAGACATTTGAGGGTATGGGTGACTATGAATG
65 TTGAGATT-ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * * *
10598 GACTTTTCTTGCGAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTCAGGTAGACATTCAATTCTAGTCT
129 GACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * * * * * * * *
10663 GTTATAACTAAAGAA-GTAAAAATATTGAACTTAAAAACAATCATTGGGTTATAAAACCATGTAA
194 GTTTTAACCAAA-AATGTAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAA
* * * * * * * *
10727 A-CTAAATAATAAGTCTTTCGAAGCCTTGTGTGACTACAAATAGACTTTTCGTGCC-ATGGTTGG
258 AGC-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGG
* **
10790 CTATTGCTTCA-CCTTCCCTA
322 CTTTTGCTTCATGTTTCCC-A
***
10810 AGGCAGACATTCAATTGTAGCCTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTT
1 AGGCAGACATTCAATTGTAATTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTT
** *
10875 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAACAAATGGGTGACTATAAATAGA
66 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
* * *
10940 CTTTTCTTGCCGAA-GAATACC-TTTTCTCCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
131 CTTTTCTTGCC-AATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * ** ** *
11003 TTTTAACCAAAATTGTGAAAAGAT-C-CAACTTCAAATCAATTAAGACATCATAAAACCATTTAA
195 TTTTAACCAAAAATGT-AAAA-ATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAA
* * * **
11066 AGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGG-TAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
258 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGA-GTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTG
* ***
11129 CCTTTTTG-TTCATGTTTCTTG
321 GC-TTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * * * *
11150 AGGTAGATATTCAATTTTAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAACAACT
1 AGGCAGACATTCAATTGTAAT-TTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAA-T
* * * * * ** ** *
11215 CTT-AGTTTATAAAACCATTTAAACAT-AGTATTAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTGTAAAT
64 TTTGAGATTATAAAACCATTTAAA-GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT
* ** ** ** * ** ** *
11278 AGACTTTTCAAGCCAATGGCTGGCTTTTACTT--TGCTTTCCCCAAGCCAGACATTCAATTGT-G
128 GGACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATG-TTT-CTTAAGGTAGACATTCAATTATAG
* ** * * * *
11340 GCACCTTTTAACCAGAAATGT-AAAATGATTCAACTTAAAATGAATT-TTGAGATTATAAAACCA
191 TC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAT-ACTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCA
* * ** * * * *
11403 TTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATAGACTTTTCTTCCCGATG
253 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG-TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
** * *
11467 AAT-ACCTTTGCTTCATGTTTCCCA
317 GTTGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCA
* * * * * *
11491 AAGAAGACATGCAATTGTAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGTAAT-TTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *
11556 ATGACATCATAAAACCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * * * * * * *
11621 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTGTCCAAGTTTCTTGAGGTAGGCATTCAATTCTAGTCTA
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTG
* * * * *
11686 TTTTAACC-GAAATGTAAAAATACTGAAGTTAAAAACAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAC
195 TTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAG
* * * ** * * ** **
11750 CTAGTATTAAAGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTGTAAATAGAATTTTCGAGCCAATGGTTCACTT
260 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTT
11815 TTGCTT--TGCTTTTCCCA
325 TTGCTTCATG--TTTCCCA
* * * ** *
11832 AGGTAGAGATTCAATTTTGGCTTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
1 AGGCAGACATTCAATTGT-AATTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
11897 TTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTGGAAGGAATGGGTAACTATAAATGG
65 TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGG
* * * *
11962 ACTTTTCTTGCCGATGAGTACC-TTTACTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
130 ACTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT
* * **
12025 GTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGAT-C-CAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTA
194 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAA-ATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTA
* * * * *
12088 AAGCAAGCAATAAAGCTTTTGAAGG-TATG-GCTGACCAGAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
257 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TGAG-TGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
12147 AAATGTATTT
Statistics
Matches: 2453, Mismatches: 505, Indels: 167
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 161 0.07
340 751 0.31
341 948 0.39
342 577 0.24
343 12 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AGGCAGACATTCAATTGTAATTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTT
TGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA
CTTTTCTTGCCAATGAATACCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGC
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGTTGGCTTT
TGCTTCATGTTTCCCA
Found at i:14656 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14125--16135 Score: 1346
Period size: 170 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
14115 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
14125 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCA-CCTTCTCAAAG
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATT-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAG
* * * * * *
14189 GCAGACATTCAATTGTATTCT-TTTTAAACCAAAAATGTAAAAAGACTCAACTAAAAATAAATT-
64 GTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTA
* *
14252 TTGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
128 TT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
*** * * * ** * *
14296 GTAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCCGATGAATAAC-TGTT-TTCATATTTCTTAAGG
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-ATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
* * * * * * * * *
14359 TA-AGCATTTATTTATAATTTGTTTCAACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTAT
65 TAGA-CATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
14423 CACATCATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTTGAA
129 TAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * *
14465 AG-TATG-GCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAATTGCATTTTTCTTCATGTTTCTTAA
1 GGCT-TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTAA
* * * *
14528 GGTATACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAACACTCAACTTAAAAACAATTG
63 GGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTA
* * * *
14592 TTAGTTTATAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
128 TTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * **
14635 GGCTTGAGTGATTACAAATGGACTTTT-TGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACG-TTCCCAAG
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGATT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * *
14698 GTAGAGATTCAATTGTAG-CATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAATCAATT-
64 GTAGACATTCAATTCTAGTC-TGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTA
*
14761 TTGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAA
128 TT-AGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * *
14805 GGAATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGG
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAGG
* * ** * *
14869 TTGACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACTGAAAATGTGAAAAGA-TCCAACTTAAAATCAAATA
65 TAGACATTCAATT-CTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACT-CAACTTAAAATCAATTA
* * * * *
14932 TGACATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGCAATAAAGCTTTTGAA
128 TTAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
14975 GG-TATG-GCTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCATTAAATGCTTTTACTTCATGTTTCTTGAG
1 GGCT-TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * * *
15038 GTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACACTCAACCTAAAAACAATTGT
64 GTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * *
15103 TAGTTTATAAAACCATTTAAACCCAGTAATAAGTCTTTCGAA
129 TAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * * *
15145 GGCTTGAGTGATTACAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATG-TTCTCCAAG
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATT-GCTTTTTCTTCATGTTTCT-TAAG
* * * * * * * *
15209 GCAGAGATTCAA-TGTAGCCT-TTTTAACAAAAAATTTAAAAAGATTCATCCTAAAATCAATT-T
64 GTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTAT
* * *
15271 TGAGATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAA
129 T-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * * *
15314 GGAATG-GCTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCGATGAGTACCTTTTCTTCATGTTT-TTCAAG
1 GGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-AAG
* * * * *
15377 ATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAA-GTGAAAAGA-TCCAACTTCAAATCAATT
64 GTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAGACT-CAACTTAAAATCAATT
* * * * *
15440 ATGACATCATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAA
127 ATTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
15484 GG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCTTGTTTCTTGAG
1 GGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * *
15548 GTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAAT-AATTA
64 GTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTT-AAAATCAATTA
* * * * *
15612 TTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTCGAA
128 TTAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* ** * * * * ** *
15655 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAGGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTTCCT-TTCCCCATG
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATT-GCTTTTTC-TTCATGTTTCTTAAG
* * * * *
15719 GTAGACATTCAATTGT-GGCATTTTTTAATC-ATAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAAAAT-AA
64 GTAGACATTCAATTCTAGTC-TGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTT--AAAATCAA
* * * **********
15781 TT-TTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAA
125 TTATT-AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * * * * * * * * * *
15827 GGAATGAATGACTATAAATAGACATTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTGTCAAAGT
1 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
* * * * * ********* *
15892 AGACATGCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTGAAAAGA-TCNNNNNNNNNNTCAATTATG
66 AGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTC-AACTTAAAATCAATTATT
* * * *
15956 ACATCATAAAACTATTTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTTGAA
130 AGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * * *
15997 GG-TATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATACTTTTT-TGTCCATGTTTCTTGA
1 GGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTTTTCT-T-CATGTTTCTTAA
* * * * * * * *
16060 GGTAGGCAATCAATTCTAGTCAGTTTTTACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAAC-ATTT
63 GGTAGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTA
*
16124 TTAGTTTATAAA
128 TTAGATTATAAA
16136 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 368, Indels: 139
0.73 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 33 0.02
169 264 0.19
170 642 0.46
171 378 0.27
172 86 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGATTGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
AGACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAGACTCAACTTAAAATCAATTATTA
GATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
Found at i:15074 original size:510 final size:510
Alignment explanation
Indices: 14125--16135 Score: 2563
Period size: 510 Copynumber: 3.9 Consensus size: 510
14115 NNNNNNNNNN
* * *
14125 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTGCCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACCTTCTCAAAGG
1 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTCTCCAAGG
* * * * *
14190 CAGACATTCAATTGTATTCTTTTTAAACCAAAAATGTAAAAAGACTCAACTAAAAATAAATTTTG
66 CAGACATTCAATTGTA-GCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTG
* * *
14255 AGATTAT-AAAGCTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTAGTGGGTGACTATAAATGGAC
130 AGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
14319 TTTTCTTTCCGATGAATAACTGTT-TTCATATTTCTT-AAGGTA-AGCATTTATTTATAATTTGT
194 TTTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTT-TTCAAGGTAGA-CATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
14381 TTCAACTAAAAATATAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTATCACATCATAAAACCATTTAAAGC
257 TTTAACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGC
* * *
14446 GAGCAATAAAGCTTTTGAAAGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGTCAATAATTGCATTT
322 GAGCAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGC-TTT
* * * *
14511 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTATACATTCAATTCTAGTCTGTTTTAA-AAAAAATGTAAAAACACT
386 TTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACACT
*
14575 CAACTTAAAAACAATTGTTAGTTTATAAAACTATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
451 CAACTTAAAAACAATTGTTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
14635 GGCTTGAGTGATTACAAATGGACTTTTTGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTC-CCAAGG
1 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTCTCCAAGG
* * *
14699 TAGAGATTCAATTGTAGCATTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTTAACTTAAAATCAATTTTG
66 CAGACATTCAATTGTAGC-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTG
*
14764 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGACT
130 AGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
14829 TTTCTTGCCAATGAGTGCCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTTGACATTCAATTATTATCTGTTTT
195 TTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT
* * * * *
14894 AACTGAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAAATATGACATTATAAAATCATTTAAAGTGAG
260 AACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *
14959 CAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTACCATTAAATGCTTTTACT
325 CAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTCT
15024 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACACTCAAC
390 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACACTCAAC
* * *
15089 CTAAAAACAATTGTTAGTTTATAAAACCATTTAAACCCAGTAATAAGTCTTTCGAA
455 TTAAAAACAATTGTTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * *
15145 GGCTTGAGTGATTACAAATGGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCATGTTCTCCAAGG
1 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTCTCCAAGG
* * * * * *
15210 CAGAGATTCAA-TGTAGCCTTTTTAACAAAAAATTTAAAAAGATTCATCCTAAAATCAATTTTGA
66 CAGACATTCAATTGTAGCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
* * *
15274 GATTATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAACGCTTTTGAAGGAATGGCTGACTATAAATGGACTT
131 GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
15339 TTTTTGCCGATGAGTACCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
196 TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
15404 ACTAAAAAAGTGAAAAGATCCAACTTCAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCGAGC
261 ACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCGAGC
* * * * *
15469 AATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
326 AATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATG-CTTTTTCT
* * * *
15534 TCTTGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAAC
390 TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACACTCAAC
* * * * *
15599 TTAAAAATAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCTAGTATTAAGGCTTTCGAA
455 TTAAAAACAATTGTTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * * *
15655 GGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCAG-GCCAATGGTTGGCTTTTGCTTTC-CTTTCCCCAT
1 GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTC-GTACCAATGGTTGGCTTTTGC-TTCACGTTCTCCAA
* * * *
15718 GGTAGACATTCAATTGTGGCATTTTTTAATCATAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAAAAT-AAT
64 GGCAGACATTCAATTGTAGC-TTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTT--AAAATCAAT
* * ********** ** *
15782 TTTGATATTATAAAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATGAATGACTATAAATA
126 TTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATG
* * * *
15847 GACATTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTGTCAAAGTAGACATGCAATTATAATCTG
191 GACTTTTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
********** *
15912 TTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATCNNNNNNNNNNTCAATTATGACATCATAAAACTATTTAAAG
256 TTTTAACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAG
* * * * * * * *
15977 CTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGGCTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATACTTT
321 CGAGCAATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTT
* * * *
16042 TT-TGTCCATGTTTCTTGAGGTAGGCAATCAATTCTAGTCA-GTTTTTACCAAAAATGTAAAAAT
386 TTCT-T-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGT-ATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAC
*
16105 ACTCAACTTAAAAAC-ATTTTTAGTTTATAAA
448 ACTCAACTTAAAAACAATTGTTAGTTTATAAA
16136 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1321, Mismatches: 163, Indels: 32
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
508 1 0.00
509 448 0.34
510 507 0.38
511 27 0.02
512 48 0.04
513 285 0.22
514 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (510 bp):
GGCTTGAGTGACTACAAATAGACTTTTCGTACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCACGTTCTCCAAGG
CAGACATTCAATTGTAGCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTCAACTTAAAATCAATTTTGA
GATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTGCCGATGAATACCTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
ACTAAAAATGTGAAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCGAGC
AATAAAGCTTTTGAAGGTATGGCTGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGCTTTTTCTT
CATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACACTCAACT
TAAAAACAATTGTTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
Found at i:18122 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17729--18159 Score: 506
Period size: 170 Copynumber: 2.5 Consensus size: 169
17719 NNNNNNNNNN
* * * * *
17729 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGCCTTTTCTTGCC
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCC
* * ** *
17794 GATGAGTACCTTTTCTTCATTTTTCTTGAGATAGAAATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAA
65 AATGAGTACCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGAAATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAA
17859 TGTGAAAGGATCCAACTTAAAATCAATATTGACATCATAA
130 TGTGAAAGGATCCAACTTAAAATCAATATTGACATCATAA
* * ********** *
17899 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGTTATNNNNNNNNNNAAATGGACTGTTCTTACC
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT-TTCTTGCC
* * * * *
17964 AATGAGTACCTTGTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAATA
65 AATGAGTACCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGAAATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAA
*
18029 TGTGAATA-GATCCAACTTAAAATCAAT-TATGACATCATGA
130 TGTGAA-AGGATCCAACTTAAAATCAATAT-TGACATCATAA
18069 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCC
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCC
* * *
18134 ACTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC
65 AATGAGTACC-TTTTCTTCATGTTTC
18160 ATGAGGTAGC
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 45, Indels: 9
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 193 0.91
171 16 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCA
ATGAGTACCTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAGAAATTCAATTACAATATGTTTTAACCAAAAAT
GTGAAAGGATCCAACTTAAAATCAATATTGACATCATAA
Found at i:18245 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 17729--18266 Score: 503
Period size: 170 Copynumber: 3.2 Consensus size: 167
17719 NNNNNNNNNN
* * * * *
17729 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGGCCTTTTCTTGCC
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCC
* *
17794 GATGAGTACCTTTTCTTCATTTTTCTTGAGATAGAAATTCAATTAC-AATCTGTTTTAACCAAAA
65 -ATGAGTACCTTTTCTTCATGTTTC-TGAGATAGACATTCAATT-CTAATCTGTTTTAACCAAAA
17858 ATGTGAAAGGATCCAACTTAAAATCAA-TATT-GACATCATAA
127 ATGTGAAA-GATCCAACTTAAAATCAATTATTAG-CATCATAA
* * ********** *
17899 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTAAAGTTATNNNNNNNNNNAAATGGACTGTTCTTACC
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACT-TTCTTGCC
* * * * * *
17964 AATGAGTACCTTGTCTTCATGTTTCTCAAGTTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAATA
65 -ATGAGTACCTTTTCTTCATGTTTCT-GAGATAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAAAAA
* *
18029 TGTGAATAGATCCAACTTAAAATCAATTATGA-CATCATGA
128 TGTGAA-AGATCCAACTTAAAATCAATTATTAGCATCATAA
18069 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACATTTCTTGCC
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGCC
* * * * ** * *
18134 ACTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGCCATTCAATTCTAGCCTATTTTAACAAAAA
65 A-TGAGTACC-TTTTCTTCATGTTTC-TGAGATAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * *
18199 ATGT-AAAAATACTAAACTTAAAAACAATTATTAGTAT-ATAA
127 ATGTGAAAGAT-C-CAACTTAAAATCAATTATTAGCATCATAA
* * *
18240 AACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTT
1 AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTT
18267 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 63, Indels: 25
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.02
170 189 0.65
171 94 0.32
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (167 bp):
AACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGCCA
TGAGTACCTTTTCTTCATGTTTCTGAGATAGACATTCAATTCTAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
GAAAGATCCAACTTAAAATCAATTATTAGCATCATAA
Found at i:19387 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18699--19431 Score: 676
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 170
18689 NNNNNNNNNN
* * *
18699 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAG-TGAGCAATAAGGCTTATGAAGGTAT
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
* * * * *
18763 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTTATGTTTCTTCAAGTAGAC
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATT-ATTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGAC
* * * *
18828 ATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATACTG
129 ATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* ** * * * *
18870 AACTTAAAAACAATTA-GTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTA
1 AACTTAAAATCAATTATG-ACATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTA
* ** * * * * * *
18934 -AAGTGACTGCAAATGGAC-TTTCGTGCCAATG-GTTGGCTTTTGCTTCA-AGTTCTCTAAGGCA
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATT--ATTTTTCTTCATATTTCT-TGAGGTA
* *** * * *
18995 GACATTCAATTGTACCCTTTTTTATCCAAAAATGTAAAAAGATTC
126 GACATTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * * * * * * **
19040 AACTTGAAATAAATTTTGAGATTATAAAGCTATTTAAAG-TGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCT-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
* * * ** * *
19104 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATTACCTTT-TTCATGTTTCTTGAGGTAGGCA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATTATTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
* * * *
19168 TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTC
130 TTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * *
19209 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATGTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * * *
19274 GGTGACCATAAATGGATTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCATATTTATTGAGGTAGACA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAAT-TATTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
* *
19339 TTCAATTATAGTATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAATACTC
130 TTCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * *
19380 AACTTAAAAAT-AATTATTA-ATTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGC
1 AACTT-AAAATCAATTATGACA-TTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGC
19432 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 100, Indels: 32
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 138 0.31
170 132 0.30
171 164 0.37
172 12 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATTATTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACAT
TCAATTATAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
Found at i:19829 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 18699--20089 Score: 1446
Period size: 512 Copynumber: 2.7 Consensus size: 510
18689 NNNNNNNNNN
** *
18699 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTATGAAGGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * * * * *
18764 AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTTATGTTTCTTCAAGTAGACA
66 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
* * *
18829 TTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATACTGAACTTAAAAACAATTAGTAGTTTA
131 TTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAACAATTATTAGTTTA
*
18894 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTAAAGTGACTGCAAATGGACTTTCGTG
196 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTAAAGTGACTGCAAATGGACTTTCGTA
* * *
18959 CCAATGGTTGGCTTTTGCTTCAAGTTCTCTAAGGCAGACATTCAATTGTACCCTTTTTTATCCAA
261 CCAATGGTTGGCTTTTGCTTCAAGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTGTACCCTTTTTTAACCAA
* *
19024 AAATGTAAAAAGATTCAACTTGAAATAAATTTTGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGGGTAATAA
326 AAATGTAAAAAGATTCAACGTCAAATAAATTTTGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGGGTAATAA
* *
19089 GGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATTACCTTTTTCATGTT
391 GGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGTACCTTTTTCATGTT
** * * * *
19154 TCTTGAGGTAGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTC
456 TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCC
* *
19209 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATGTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * ** *
19274 GGTGACCATAAATGGATTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCATATTTATTGAGGTAGACA
66 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
* * * *
19339 TTCAATTATAGTATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAATAATTATTAATTTA
131 TTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAACAATTATTAGTTTA
***************************
19404 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACTTTTCGT
196 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTAAAGTGACTGCAAATGGAC-TTTCGT
* * * *
19469 ACCAATGCG-TGGCTTTTGCTTCACA-TTCCCCATGGTAGAGATTCAATTGTAGCCTTTTTTAAC
260 ACCAATG-GTTGGCTTTTGCTTCA-AGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTGTACCCTTTTTTAAC
* * ****
19532 CAAAAATGTAAAAAGATTCAACGTCAAATCAATTTTGAGATTATAAA-ATCATTTAAAGTGNNNN
323 CAAAAATGTAAAAAGATTCAACGTCAAATAAATTTTGAGATTATAAAGCT-ATTTAAAGTGGGTA
****** * * *
19596 NNNNNNCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGA-TATTTCTTTCTAATG-AGTACCTTTTCT
387 ATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAGTACC-TTT-T
* *
19659 TCATGTTTCTCAAGGTAGACGTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAGATCC
449 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCC
********** *
19721 NNNNNNNNNNCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGGTTTTGAAGGTATG
1 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * *
19786 GGTAACAATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGTGGTAGACA
66 GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
* * * * *
19851 TTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAATACTCAACTTAAAGACAATTATTGGTTCA
131 TTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAACAATTATTAGTTTA
* * * * * ** * **
19916 TAAAACTATTTAAACCTAGTATTGAGGCTTTCGAAGGCTTGACT-AGCTATAAATGGACTTTTCG
196 TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTAAAGTGA-CTGCAAATGGAC-TTTCG
** * * **** * * * *
19980 GGCTAATGGTTGGCTTTAGCTTTGCTTTCCCCAAGGCAAACATTCAATTGT-GCATTTTTTAACT
259 TACCAATGGTTGGCTTTTGCTTCAAGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTGTACCCTTTTTTAACC
* * * *
20044 AAAAATGTAAAAAGATTGAACTTAAAATGAATTTTGAGATTATAAA
324 AAAAATGTAAAAAGATTCAACGTCAAATAAATTTTGAGATTATAAA
20090 ACCATTTANN
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 165, Indels: 19
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
510 209 0.30
511 207 0.29
512 290 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (510 bp):
AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
GGTGACAATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACA
TTCAATTCTAGTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATACTCAACTTAAAAACAATTATTAGTTTA
TAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTAAAGTGACTGCAAATGGACTTTCGTA
CCAATGGTTGGCTTTTGCTTCAAGTTCCCCAAGGCAGACATTCAATTGTACCCTTTTTTAACCAA
AAATGTAAAAAGATTCAACGTCAAATAAATTTTGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGGGTAATAA
GGCTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGTACCTTTTTCATGTT
TCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATCC
Found at i:19908 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 18699--19908 Score: 670
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 170
18689 NNNNNNNNNN
* ** *
18699 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTATGAAGGTATG
1 AACTTAAAA-CAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * ** * *
18764 AGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGAATTCCTTTTTCTTTATGTTTCTTCAA-GTAGAC
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCTT-AAGGTAGAC
* * * * *
18828 ATTCAATTCTAGTATGTTTTAACTAAAAATGTAAAAATACTG
129 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
** * * * *
18870 AACTTAAAAACAATTA-GTAGTTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCTTTCGAAAGCTA
1 AACTT-AAAACAATTATG-ACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTG-AAGGTA
** ** * ** * * *
18934 -AAGTGACTGCAAATGGAC-TTTCGTGCCAATGGTTGG-CTTTTGCTTCA-AGTTCTCTAAGGCA
63 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-GAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCT-TAAGGTA
* ** * * *
18995 GACATTCAATTGTACCCTTTTTTATCCAAAAATGTAAAAAGATTC
126 GACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * * * *** * **
19040 AACTTGAAATA-AATTTTGAGATTATAAAGCTATTTAAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAAT
1 AACTT-AAA-ACAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
* ** * * *
19104 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATTACC--TTT-TTCATGTTTCTTGAGGTAGG
64 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGA
* * *
19166 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAGATTC
128 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * *
19209 AACTTAAAATCAATTATGACATCATAAAACCATGTAAAGCTAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
1 AACTTAAAA-CAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * ** * *
19274 GGTGACCATAAATGGATTTTTCTTGCCAATAAATGTATTTTTCTTCATATTTATTGAGGTAGACA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACA
* * *
19339 TTCAATTATAGTATGTTTAAACCAAAAATGTAAAAATACTC
130 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * * * ************
19380 AACTTAAAAATAATTATTA-ATTTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAAGGCNNNNNNNNNNNN
1 AACTT-AAAACAATTATGACA-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTAT
*************** * * * * * * * ** *
19444 NNNNNNNNNNNNNNNGACTTTTCGTACCAATG-CGTGGCTTTTGCTTCACATTCCCCATGGTAGA
64 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAG-GCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGA
* * * * *
19508 GATTCAATTGTAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGATTC
128 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
* * * * * ************ *
19551 AACGTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGNNNNNNNNNNCTTTTGAAGGAATG
1 AAC-TTAAAACAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * * *
19616 GGTGACTATAAATGGA-TATTTCTTTCTAATG-AGTACC-TTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGA
65 GGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAAG-GCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGA
* * * *
19678 CGTTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTGAAAAGA-TCC
128 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACT-C
********* * *
19721 NNNNNNNNNNCAATTATGACATCATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGGTTTTGAAGGTATG
1 -AACTTAAAACAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATG
* * * **
19786 GGTAACAATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCTTGTGGTAGACA
65 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACA
* * *
19851 TTCAATTCTAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAATACTC
130 TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
19892 AACTTAAAGACAATTAT
1 AACTTAAA-ACAATTAT
19909 TGGTTCATAA
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 269, Indels: 62
0.69 0.25 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 4 0.01
169 134 0.18
170 246 0.33
171 337 0.46
172 17 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AACTTAAAACAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGGCCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAGACTC
Found at i:28290 original size:170 final size:160
Alignment explanation
Indices: 28030--28335 Score: 316
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
28020 GTCTACCTCA
* * **
28030 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGGTAGAAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATACCTTCAA
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGGAAGAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATACCTTCAA
* * *
28095 AAGCCTTATTGCTAGCTTTAAATGGTTTTATCATCTCATAATTGATGTT-AAGTTGAATCTTTTC
66 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATCAT-TCATAATTAAT-TTAAAGTTAAATCTTTTC
*
28159 ATATTTTTGGATAAAACAGATTATAATAGANNNNNNNNNNTG
129 ACATTTTTGGATAAAACAGATTATAATAGA----------TG
* * * *
28201 AGAAACATGAAG-AAAAGGTATTCATCGGCAAGAAAAA-TCCATTTAAAGTCGCCCATTCC-TCT
1 AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGG-AAGAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATACCTTC-
* *
28263 AAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTATGATTCATAATTAATTTAAAGTTAAATTTTTT
64 AAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATCATTCATAATTAATTTAAAGTTAAATCTTTT
28327 CACATTTTT
128 CACATTTTT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 14, Indels: 10
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.02
169 32 0.27
170 63 0.54
171 20 0.17
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (160 bp):
AGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATCGGAAGAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCATACCTTCAA
AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATCATTCATAATTAATTTAAAGTTAAATCTTTTCAC
ATTTTTGGATAAAACAGATTATAATAGATG
Done.