Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NW_018401063.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4222.0, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1789
ACGTcount: A:0.17, C:0.08, G:0.09, T:0.19

Warning! 857 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:1581 original size:35 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 1527--1659  Score: 124
    Period size: 35  Copynumber: 3.8  Consensus size: 34

       1517 NNGTTTAATC

                    *     *      *             
       1527 AAGTTATTTGGCTTAATTGATCAAATTGTTCAATT
          1 AAGTTATTGGGC-TCATTGATTAAATTGTTCAATT

                                       ***     
       1562 AAGTTATTAGGGCTCATTGATTAAATTAAACAATT
          1 AAGTTATT-GGGCTCATTGATTAAATTGTTCAATT

                                            *   *
       1597 AAGTTATTGGGC-CTAGTTGATTAAATTTGTTTAATC
          1 AAGTTATTGGGCTC-A-TTGATTAAA-TTGTTCAATT

                          *            
       1633 AAGTTATTGGGGCTAATTGATTAAATT
          1 AAGTTATT-GGGCTCATTGATTAAATT

       1660 AAANNNNNNN


Statistics
Matches: 80,  Mismatches: 12, Indels: 12
        0.77            0.12        0.12

Matches are distributed among these distances:
  33    1  0.01
  34    5  0.06
  35   44  0.55
  36   25  0.31
  37    5  0.06

ACGTcount: A:0.33, C:0.08, G:0.17, T:0.42


Consensus pattern (34 bp):   
AAGTTATTGGGCTCATTGATTAAATTGTTCAATT

Found at i:1646 original size:71 final size:70

Alignment explanation


    Indices: 1527--1662  Score: 191
    Period size: 71  Copynumber: 1.9  Consensus size: 70

       1517 NNGTTTAATC

                    *   *                     *              *               
       1527 AAGTTATTTGGCTTAATTGATCAAATTGTTCAATTAAGTTATTAGGGCTCATTGATTAAATTAAA
          1 AAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAATTGTTCAATCAAGTTATTAGGGCTAATTGATTAAATTAAA

                 
       1592 CAATT
         66 CAATT

                           *     *         *            *                    
       1597 AAGTTATTGGGCCTAGTTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGGGCTAATTGATTAAATTAA
          1 AAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAA-TTGTTCAATCAAGTTATTAGGGCTAATTGATTAAATTAA

             
       1662 A
         65 A

       1663 NNNNNNNNNN


Statistics
Matches: 57,  Mismatches: 8, Indels: 1
        0.86            0.12        0.02

Matches are distributed among these distances:
  70   21  0.37
  71   36  0.63

ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.17, T:0.41


Consensus pattern (70 bp):   
AAGTTATTGGGCCTAATTGATCAAATTGTTCAATCAAGTTATTAGGGCTAATTGATTAAATTAAA
CAATT
Done.