Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401068.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4227.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3249
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 978 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1678 original size:172 final size:164
Alignment explanation
Indices: 1498--2149 Score: 513
Period size: 171 Copynumber: 3.9 Consensus size: 164
1488 NNNNNNNNNT
* **
1498 TTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATACA
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATACA
* * *
1563 AAAAAAGCCATTCATTGAGAACTAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAATA
66 AAAAAAGCCATTCATTGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
****
1628 CTCGGTTTAAATTGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAG
130 CTCGGTTTAAATTGTTTTATA------TAATTGATTTTAAG
* * * * * **
1669 TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTCAAACAGACTATAATTAAATG-CTTACCTCAAGAAATGTAC
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAGGAAACATAC
** * *
1733 AAAAAAAGATATTCATTGAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AGAAGTCTTA
65 AAAAAAAGCCATTCATTGAG--AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTA
* ** * ****
1797 TTGCTCACTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAG
127 TTACTCGGTTTAAATTGTTT------TATATAATTGATTTTAAG
* *
1841 TTTAATTTTTTTA-ATTTTTT-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGCA
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATACA
* * * *
1904 GAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATTAC
66 AAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
*****
1969 TCGGTTTAAATTGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAG
131 TCGGTTTAAATTG-----TTTTAT-ATAATTGATTTTAAG
* * * * * * * * * * *
2009 TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTTAAACAGATTATAATTAAAT-CCTTGCCTTAAGAAACATGC
1 TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCAGGAAACATAC
** * * * * *
2073 AAAAAAAGTTATTTATTTAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGGCTTATT
65 AAAAAAAGCCATTCATTGAG-AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
*
2138 ACTCGCTTTAAA
129 ACTCGGTTTAAA
2150 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 384, Mismatches: 75, Indels: 44
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 5 0.01
168 72 0.19
169 7 0.02
170 98 0.26
171 128 0.33
172 68 0.18
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (164 bp):
TTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATACA
AAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGGTTTAAATTGTTTTATATAATTGATTTTAAG
Found at i:2024 original size:340 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1497--2149 Score: 747
Period size: 340 Copynumber: 1.9 Consensus size: 330
1487 NNNNNNNNNN
**
1497 TTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTTTGGAAACATAC
1 TTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAC
* * *
1562 AAAAAAAGCCATTCATTGAGAACTAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTAAT
66 AAAAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAAT
*******
1627 ACTCGGTTTAAATTGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
131 ACTCGGTTTAAATTGTTTTATA---TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
* **
1692 TCAAACAGACTATAATTAAATGCTTACCTCAAGAAATGTACAAAAAAAGATATTCATTGAGAAAA
193 TCAAACAGACTATAATTAAATCCTTACCTCAAGAAACATACAAAAAAAGATATTCATTGAG-AAA
* * * * *
1757 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGTCTTATTGCTCACTTTAAATGGTTTNNNNN
257 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTT-----
1822 NNNNNTAATTGATTTTAAG
317 -----TAATTGATTTTAAG
*
1841 TTTAA-TTTTTTTA-ATTTTTT-TTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGC
1 TTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAC
* * * *
1903 AGAAAAAGCCATTCATTGAGAA-AAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAATCCTTATT
66 AAAAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAAT
******* *
1967 ACTCGGTTTAAATTGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
131 ACTCGGTTTAAATTG---TTTTATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * *
2032 TTAAACAGATTATAATTAAATCCTTGCCTTAAGAAACATGCAAAAAAAGTTATTTATTTAGAAAA
193 TCAAACAGACTATAATTAAATCCTTACCTCAAGAAACATACAAAAAAAGATATTCATTGAGAAAA
*
2097 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAA
258 AAAGTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAA
2150 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 42, Indels: 11
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 51 0.19
340 133 0.50
341 60 0.23
342 7 0.03
343 8 0.03
344 5 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
TTTAATTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACATAC
AAAAAAAGCCATTCATTGAGAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAAT
ACTCGGTTTAAATTGTTTTATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTCA
AACAGACTATAATTAAATCCTTACCTCAAGAAACATACAAAAAAAGATATTCATTGAGAAAAAAA
GTCCATTTATAGTCACCCAGTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAATTGATT
TTAAG
Found at i:2702 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2255--3249 Score: 1362
Period size: 171 Copynumber: 5.8 Consensus size: 171
2245 NNNNNTTTTT
* * * * * * * *
2255 TTAAAATAGACAATAATTGATTGTCTACCTCTG-GAAACTTGCAGAAAAAGCCATTCATTCAGAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCT-TGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA
* * * * * *
2319 CAAAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATTGTTTTATA
65 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
2384 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATATTTGG
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
*
2426 TTAAAACAGACTATAA-TAAATGCTTT-CCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAA
* *
2489 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTATTCGCTTTAAATTGTTTTATA
65 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
2554 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * * *
2596 TTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATCCAAAAAAAGCTATTCTTTGACAAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAA
* * *
2661 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGTTTTAACTGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* *
2726 TCTCATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACAATTTTTG-
131 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTGA
* * * * *
2767 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTTTCCCTCGGGAAACATGCAGAAAAAA-CCATTCATTGAGAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCA-AAAAAAGCTATTCATTGAGAA
* * * * * * *
2831 CAAAAGTCCGTTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATTGTTTTATA
65 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* *
2896 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGATATTTTT-A
130 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
*
2937 GTTAAAACAGACTATAATTAAATGCTTT-CCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGA
1 -TTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGA
**
3001 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGGCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTA
64 AAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
**
3065 TAATCTCATAACAGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGA
128 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
* * *
3108 TTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATCCAAAAAAAGCTATTCATTGACAAA
1 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGA-GAA
* * *
3173 AAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAATCTCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAACTGGTTTTAT
65 AAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTC-CTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
3237 AATCTCATAATTG
129 AATCTCATAATTG
Statistics
Matches: 729, Mismatches: 79, Indels: 32
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 235 0.32
171 469 0.64
172 20 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGCAAAAAAAGCTATTCATTGAGAAA
AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA
Done.