Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397635.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2946.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3492
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.39
Warning! 130 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:683 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 182--695 Score: 514
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
172 NNNNNNNNAC
* *
182 TTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAT-TATGAGAAACGTG
1 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-AAATTATAATTGAAAGTCTATCT-TGAGAAACGTG
* * * *
246 AAGAGAAAGCCTTTCATTGGTAGGTAAAGCCCATTTATAGTCACCTATACCTTCGAAAGTATTAT
63 AAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTATTAT
* *
311 TACTTGTTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAG
128 TACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * * * *
354 TTGAA-TTTTTCATATTTTTTATTAAAATATATTATATTTGAATA-TTTCTCTTGAGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA-AAATTATAATTGAA-AGTCTATCTTGAGAAACGTGA
* * * * * * * *
417 AGATAAA-CTCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAGGTAATAN
64 AGAAAAAGC-CTTTCATTGGTAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTATTAT
***************** *
481 NNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAG
128 TACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
*
524 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAGATTATAATTGAAAGTCTATCTTAAGAAACGTGAA
1 TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAA-ATTATAATTGAAAGTCTATCTTGAGAAACGTGAA
* *
589 GAAAAAGCCTTTCATTGGCAGGTAAAGTCTATTTATAGTTACCCATACCTTCGAAAGTATTATTA
65 GAAAAAGCCTTTCATTGGTAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTATTATTA
* * *
654 CTTGCTTTAAATGGTTTTGTAAACTCATAATTGATTTTAAG
130 CTTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
695 T
1 T
696 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 78, Indels: 15
0.73 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 127 0.49
171 123 0.48
172 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
TTGAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAAAAATTATAATTGAAAGTCTATCTTGAGAAACGTGAAG
AAAAAGCCTTTCATTGGTAGGTAAAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTCGAAAGTATTATTAC
TTGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
Found at i:1289 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 937--3492 Score: 2482
Period size: 170 Copynumber: 15.1 Consensus size: 170
927 NNNNNNNNNN
* * * * *
937 CTTCGAAAGTAATATTACTCTCTTTAAGTGGTTGTATAATCTCATAATTGATTTTATGTT-AAGT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * *
1001 TTTTTTAAATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGATTGTCTATCTT-AGGAAACGTGAAGAAAA
65 TTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGA-GAAACGTGAAGAAAA
* ** * * * *
1065 AGCCTTTCATCGGTAGGTAAAGTCCATTTATAGCCACCCATAC
128 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * *
1108 CTTCGAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAACTGATTTTATGTTGAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * *
1173 TTTTTTATATTTTT-TTAAAATATATTATAATTGAATATTTATCTTGAAAAATGTGAAGATAAAG
65 TTTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
1237 CCATTCATTAGCAAAAAAAGTGCATTTTTAGTCACCCATGC
130 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * *
1278 CTTCGAAAGTATTATTACAT-GCTGTAAATAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AT
1 CTTCGAAAGTATTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
1341 TTTTTTATATTTTTGATTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
65 TTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * * * * * *
1406 GCCTTTCATTGGTAGGTAAAGTCCATTTCTAGTCACCTATAC
129 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
** * * *
1448 CTTCGAAAGTATTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTT-AAAT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
1512 TTTTTATATTTTTCATTAAAATATATTATATTTGAATATTTCTCTTGAGAAACATGAAGATAAAG
66 TTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * ***
1577 CCATTCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTGCAC
130 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * ** * * *
1618 CTTCGAAGGCATTATTACACATTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
1683 TTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGGGAAACGTGAAGACAAAG
66 TTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
1748 CCTTTCATTAGCAGGTTAAAGTCCATTTATAG-CTATCCATAC
130 CCATTCATTAGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATAC
*
1790 TTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A--
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
1852 TTTTT-T-TTTTCATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTGAGAAACGGGAAGAAAAAGT
66 TTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * *
1915 GATTCATAAGCAAGAAAAGTGCATTTACAGCCACCCATGC
131 CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * * *
1955 CTTCGACAGCATTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** * * * * * * * *
2020 TTTTTACGTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCCACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAA
66 TTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * ** *
2085 CCATT-ATTTGGCAAGAAAAGTTCATTTATATTGACTTATGC
130 CCATTCA-TTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * * * * *
2126 CTTCAAAAGTAATATTACTCTCTTTAAGTGGTTGTATAATCTCAAAATT-ATTTTATGTT-AAGT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * *
2189 TTTCTTA-ATTTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGCAAA
65 TTTTTTATA-TTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAA
* * *
2253 AGCCTTTCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
128 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* *
2296 CTTCGAAAGTATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTT-AA-T
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * *
2359 TCTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCCTT-A-AAATTGTGAAGATAAA
66 TTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTAT-CTTGAGAAA-CGTGAAGAAAAA
* * * * *
2422 GCCATTCATTAGCAAG-AAAGTGCATTTTTGGTCACTCACAC
129 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * *
2463 CTTCGAAAGTATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * *
2528 TTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACGTAAAGAAAAAG
66 TTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* *
2593 CC-TT--TTAGTGACAGATAAAGTCCATTTATTGTCACCCATAC
130 CCATTCATTAG-CA-AGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * *
2634 CTTTGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC-CTATAATTGATGTTAAGTTGAA-
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
2697 TTTTTTATATTTTTCACTAAAATATATTATAATGGAATGTTTCTCTT--GAAATGTGAAGATAAA
65 TTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGA-AAA
*
2760 A-CCATTCATTAGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATAC
128 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * **********
2802 CTACG-AAGATATTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGNNNNNNNNNNGAAT
1 CTTCGAAAG-TATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * *
2866 TTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGTAAAA
65 TTTTTTATATTTTT-ATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAG-AAAA
* * * * * * *
2931 A-CCTTTCATTGGCAGGTAAAGTCTATTTATTGTCACCTATAC
128 AGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * ** * * **
2973 CGTCGAAAGTATTATTACTCACTTCCAATAGTTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAACTGAA-
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
3037 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGTCTTCAAAAACGTGAAGAAAAA
65 TTTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA
* * ** *
3102 GCAATTAATTAGCAAGAAAAGTGTATTTACAGTCACCCATAC
129 GCCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
* * * *
3144 CTTCGAAAGCATTATTACTCGTTTTAAATGGGTTTAT-ATCTCATAATTGATTTCAAGTTG-ATT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* ** * * ** ** * *
3207 TTTTTATGTTTTGGGTTAAAATAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGAAAAAA
66 TTTTTATATTTT-TATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
3272 CTATTTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACATC-TGC
130 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CCATAC
* * * * * *
3313 CTTCGAAAGCATTATTACTCTCTTTAAGTAGTTTTATAATCTCCTAATTGACTTTAAGTTGAATT
1 CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
* * * * * *
3378 TTTTTACAGTTTTGATTAAAACATATTAGAATTGAATGTTTATCTTGAGAAACGTGGAGAAAAAG
66 TTTTTATA-TTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * * * *
3443 CCTTTCATTGGTAGGTAAAGTCCATTTATAGTCACCTATAC
130 CCATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
3484 CTTCGAAAG
1 CTTCGAAAG
Statistics
Matches: 1941, Mismatches: 387, Indels: 114
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 73 0.04
166 56 0.03
167 88 0.05
168 154 0.08
169 224 0.12
170 644 0.33
171 582 0.30
172 120 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (170 bp):
CTTCGAAAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
TTTTTATATTTTTATTAAAATATATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATAC
Done.