Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401076.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4234.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2966
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.09, T:0.27
Warning! 779 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1750 original size:342 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1254--2947 Score: 1169
Period size: 342 Copynumber: 5.0 Consensus size: 330
1244 NNNNNNNNNN
* * * *
1254 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTACAATTAAATGCCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * *** ** * * * *
1318 CTTAGGAAACGTGTTTAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTTATTCAATCC
65 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * * *
1382 TTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAAT-T
128 TTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATGT
********** *
1446 TTTTTATATNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACGTATAGAAAATG
192 TTTTTA-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACATATAGAAAATG
** * *
1511 CCATTCATTGCGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNN
256 CCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC----
*
1576 NNNNNNGTTTTATAATCTCA
317 ------GTTTTACAATCTCA
* *
1596 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTAC
** * *
1660 CTCAAGAAATTTGAAGAAAAAATTATTTATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCATTCCT
65 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAA-TATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* ** * *
1725 TCGAAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGCCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT
129 TCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATGTT
** * * *
1790 TTTTAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTGCCTTGGGAAACATATAGAAAATGCT
193 TTTTAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACATATAGAAAATGCC
* *
1855 ATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCNNNNNN
258 ATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC------
1920 NNNNGTTTTACAATCTCA
317 ----GTTTTACAATCTCA
* * * *
1938 TAATTGATTTCAAGTAGAA-TGATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * *
2002 CTCGAA-AAGCGTGAAGAAAAACATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCCATTCC
65 CTC-AAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * *******
2065 TTCAAATACCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAATTGATTTTAAGTNNNNNNN
128 TTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAAT-CTATAATTGATTTTAAGTTAAATGT
*** * * * * *
2130 NNNTTACATTTTTAATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACGTGA-AGAGAA
192 TTTTTA-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAG-GAAACAT-ATAGA-AA
* * * * *
2193 ATG-TATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCA-TTATCA-TCACCTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACT
253 ATGCCATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACT
*
2254 CACTTTGAATGGCTTTATAATCTCA
316 --C---G--T---TTTACAATCTCA
* * * * * ** * * * *
2279 AAACTGATGTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCATTGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * * * *
2344 ATTGAGAGACGTGAAGAAAAAGGTAATCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAC-CTATTCC
65 CTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCC
* * * * *
2408 TTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATA
128 TTCAAAAACCTTATTACTCGCTT-TAAATGCTTTTATAATCT-ATAATTGATTTTAAGTTAAATG
* * ** * * * ** *
2472 TTTTTGAATTTTTCAATAAAGTAGACTACAATTGAATGCCTAACTCGGGAAACGAGTACA-AAAA
191 TTTTTTAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAAC-A-TATAGAAAA
* * * * * **** *
2536 -ACCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAANNNNNNNNNNCTCACT
254 TGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAA------AAACCTTA--
* * * *
2600 TTAAATGGTTTTATAATCCCA
311 TT-ACTCGTTTTACAATCTCA
* * * * *
2621 TAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACA-AGCAATAGTTGAATGTT
1 TAATTGATTTTAAGTTG-AA--TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTC
* * * * *
2685 TACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGCCACTTATT
62 TACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAT-ATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * * * * *
2750 CTTTCAAGAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTAAAT
126 CCTTCAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCT-ATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* *
2815 -TGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCCTAGGAAACATGA-AGAAA
190 GTTTTTTA-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACAT-ATAGAAA
* * * * * * *
2878 AAGGCATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCG
253 ATGCCATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCG
*
2943 CTTTA
318 TTTTA
2948 AATTGTTTTA
Statistics
Matches: 1074, Mismatches: 221, Indels: 121
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
335 7 0.01
336 3 0.00
338 3 0.00
341 129 0.12
342 586 0.55
343 119 0.11
344 216 0.20
345 3 0.00
347 1 0.00
349 3 0.00
351 2 0.00
352 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACC
TCAAGAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTATAATCTATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT
TAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGGAAACATATAGAAAATGCCATT
CATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCGTTTTACAA
TCTCA
Found at i:2045 original size:513 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1254--2966 Score: 1463
Period size: 513 Copynumber: 3.3 Consensus size: 508
1244 NNNNNNNNNN
* * *
1254 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTACAATTAAATGCCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC
* * *** * * * * * *
1319 TTAGGAAACGTGTTTAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCGTTTATAGTTA-TTCAATCCT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCT-ATTCCT
* * * * * * * *
1383 TCAAAACCCTTATTACTCACTT-TAAATGCTTTTATAATCTAATAGTTGATTTTAAGTTGAATTT
129 TCAAAAGCCTTATTACTCA-TTGTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATAT
********** * * * * * *
1447 TTTTATATNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTAAATGCCTACCTTAGG-AAACGTA-TAGAAAAT
193 TTTTA-ATTTTTCAATAAAACAGACTACAATTGAATGCCTAAC-TCGGAAAACG-AGTACAAAAA
* * **
1510 GCCATTCATT-GCGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNN
255 ACCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA-CCTTATTACTCAC
******** * *
1574 NNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTCTGGTTAAAAC
318 TTTAAATGGTTTTATAATC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** * * *
1639 AGATAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATTTGAAGAAAAAATTATTTATTAGCAAGAAAAGTA
382 AGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
1704 CATTTATAGTCACTCATTCCTTCGAAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGCCTTTATAATCTCA
447 CATTTATAGTCACTCATTCCTTC-AAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
* *
1767 TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC
* *
1832 TTGGGAAACAT-ATAGAAAATGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATTCCT
65 TTGGGAAACATGA-AGAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
* **********
1896 TCAAAAACCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATGA-
129 TCAAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAAT-AT
* * * ** *
1960 TTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTCCTC-GAAAA-GCGTGA-AGAAA
193 TTTTA-ATTTTTCA-ATAAAACAGACTACAATTGAATGCCTAACTCGGAAAACGAGT-ACA-AAA
* * * *
2021 AACATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCCATTCCTTCAAATACCTTATTACTCG
254 AAC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAA-ACCTTATTACTCA
********* *
2085 CTTTAAATGGTTTTATAATCCTATAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTTACATTTTTAATTAAA
317 CTTTAAATGGTTTTATAATCC-ATAATTGATTTTAAGT-TGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAA
** * * *
2150 ACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAG-AGAAATGTATTCATTGGTAAGAAAA
380 ACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAT-TATTCATTGGCAAGAAAA
* * *
2214 GTCCA-TTATCA-TCAC-CTATTCCTCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGGCTTTATAATC
444 GTCCATTTAT-AGTCACTC-ATTCCTTC-AAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATC
2276 TCA
506 TCA
* * * * * * * * * *
2279 AAACTGATGTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCATTGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTAATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTAC
* * * * * * * *
2344 ATTGAGAGACGTGAAGAAAAAGGTAATCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCC
64 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCC
* * *
2408 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATAT
128 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATAT
** *
2473 TTTTGAATTTTTCAATAAAGTAGACTACAATTGAATGCCTAACTCGGGAAACGAGTACAAAAAAC
193 TTTT-AATTTTTCAATAAAACAGACTACAATTGAATGCCTAACTCGGAAAACGAGTACAAAAAAC
* **********
2538 CATTCATTGAG-AAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAANNNNNNNNNNCTCACTT
257 CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTT
* *
2601 TAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAGAA
320 TAAATGGTTTTATAAT-CCATAATTGATTTTAAGTTG-AA--TTGTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * *
2666 CA-AGCAATAGTTGAATGTTTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATCATTCATTGGCAATAAAAG
381 CAGA-CAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * *
2730 TCCATTTATAGCCACTTATTCTTTCAAGAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
445 TCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAG-GCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
* * *
2795 TAATTGATTTCAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACC
* * * *
2860 CTAGGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTAAGAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCTATTCCT
65 TTGGGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
* * * *
2924 TCAAAAGCCATATTACTCGCTT-TAAATTGTTTTATAATCTCAT
129 TCAAAAGCCTTATTACTC-ATTGTAAATGGTTTTACAATCTCAT
Statistics
Matches: 945, Mismatches: 210, Indels: 88
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 6 0.01
512 151 0.16
513 475 0.50
514 48 0.05
515 191 0.20
516 74 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (508 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCT
TGGGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTAAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTC
AAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTAGAATATTTT
TAATTTTTCAATAAAACAGACTACAATTGAATGCCTAACTCGGAAAACGAGTACAAAAAACCATT
CATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAACCTTATTACTCACTTTAAATG
GTTTTATAATCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACAATAA
TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCATTCCTTCAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
Found at i:2143 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1254--2966 Score: 925
Period size: 171 Copynumber: 10.0 Consensus size: 170
1244 NNNNNNNNNN
* * * *
1254 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTACAATTAAATGCCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* *** * * * * *
1317 CCTTAGGAAA-CGTGTTTAAAAA-GCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCGTTTATAGTTA-TTCA
65 CCTT-GAAAAGCGTGAAGAAAAACG-TATTCATTG-GCAAGAAAAGTCC-ATTACAGTCACCT-A
* * * *
1378 ATCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGCTTTTATAATCTAA
125 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ********** * *
1425 TAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTATATNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTAAATGCCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * *
1489 CTTAGGAAA-CGT-ATAG-AAAATGCCATTCATT-GCGAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAAT
66 CTT-GAAAAGCGTGA-AGAAAAACG-TATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCTAT
*********
1550 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCA
126 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
1596 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTGTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACT-ATAATTGAATGTCTA
* *** ** * * * *
1659 CC-TCAAGAAATTTGAAGAAAAAATTATTTATTAGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCA-CTCATT
65 CCTTGAA-AAGCGTGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCT-ATT
* * * **
1722 CCTTCGAAGGCCTTATTATTCGCTTTAAATGCCTTTATAATCTCA
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
1767 TAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTTA-ATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGTGTG
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * **
1830 CCTTGGGAAA-CAT-ATAG-AAAATGCTATTCATTAAG-AAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTA
65 CCTT-GAAAAGCGTGA-AGAAAAACG-TATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCTA
* ********* *
1891 TTCCTTCAAAAACCTTATTACTCNNNNNNNNNNGTTTTACAATCTCA
125 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** ** * *
1938 TAATTGATTTCAAGTAGAA-TGATTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTTC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
2002 CTCGAAAAGCGTGAAGAAAAACATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTACAGTCACCCATTCCTT
66 CTTGAAAAGCGTGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTACAGTCACCTATTCCTT
2067 CAAATA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-CTA
131 CAAA-AGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTC-A
********** * *
2108 TAATTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNTTACATTTTTAATTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * *
2173 CTTGAGAAA-CGTGAAGAGAAATGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTATCA-TCACCTATTCC
66 CTTGA-AAAGCGTGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTA-CAGTCACCTATTCC
* * *
2236 TCCAAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATGGCTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * ** * * * *
2279 AAACTGATGTTAAGTTCAATTTTTTTTATTTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTCATTGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
* * * * * * **
2344 ATTG-AGAGACGTGAAGAAAAAGGTAATCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACCTATTCC
66 CTTGAAAAG-CGTGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCTATTCC
*
2408 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTGTAAATGGTTTTATAATCTCA
129 TTCAAAAGCCTTATTACTCCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** * *
2451 TAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTGA-ATTTTTCA-ATAAAGTAGACTACAATTGAATGCCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
2514 ACTCGGGAAA-CGAGTACA-AAAAAC-CATTCATTGAG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCA
65 CCT-TGAAAAGCGTG-A-AGAAAAACGTATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCTA
* ********** *
2575 TTCTTTC-AANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTTTATAATCCCA
125 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
2621 TAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAGAACA-AGCAATAGTTGAATGTT
1 TAATTGATTTTAAGTT-CAA-TTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
2685 TACC-TCAAGAAACATGAAGAAAAA-ATCATTCATTGGCAATAAAAGTCCATTTATAGCCACTTA
63 TACCTTGAA-AAGCGTGAAGAAAAACGT-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCTA
* * *
2748 TTCTTTCAAGAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
125 TTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
2795 TAATTGATTTCAAGTT-AAATTGTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTA
1 TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * * * * * *
2858 CCCTAGGAAA-CATGAAGAAAAAGGCATTCATTAAG-AAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCTATT
65 -CCTTGAAAAGCGTGAAGAAAAACGTATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCA-TTACAGTCACCTATT
* *
2921 CCTTCAAAAGCCATATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
127 CCTTCAAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
2966 T
1 T
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 300, Indels: 132
0.73 0.19 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 122 0.10
171 801 0.68
172 140 0.12
173 66 0.06
174 42 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAC
CTTGAAAAGCGTGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTACAGTCACCTATTCCTT
CAAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
Done.