Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397636.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_576.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3435
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Warning! 30 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:706 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 71--3435 Score: 2162
Period size: 171 Copynumber: 19.7 Consensus size: 170
61 AATCCAACGA
* ** * ** * * *
71 ATGGCTTTTACTTCATATTTCCTGATGTTGACATTTAATTACAATATATTTTAACAAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-
* * ** * *** **
136 AAACAAATTCAGCTTAAAATTAGCTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGTGTAATAATACTTT
65 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
** **
201 CGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACCATTC-CCCTAATGG
129 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * ** * * * **
242 ATGACTTTTGCTTCACATTTTTTG-AGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACCAACAATAA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * *
306 AAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGGAATAAGGCTTT
65 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * *
371 CGAAAG-TATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTAGC-AATGA
129 CGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGG
* * * ** * * * * * * * ** *
413 ATGGTTTTTTCTTTATATTT-CTTAAGGCAAACATTTAAATATAATCTGTTTGAATAAAAAAATA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAA-CCAAAAATG
* ** *
477 TAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGACTT
64 TAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * *
542 TCGAAGGCTTGAGTAAATATAAATGGATTTTTCTTACTAGTGG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * * * ** *
585 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCATTTATAATATAATTGAATAAAAAATATA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
* * *
650 AAATAATTCAACGTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTC
66 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
714 GTA-GC-TGTAGGTGACAATAAATAGACTTTTTTTACCAATGA
130 GAAGGCTTG-A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
*** * ** * * * * * *
755 ATAATTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTAGTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
* * * * ** *
820 AAAATATCCAACTTAAAATCAATTATAAGATTCTAAAACTATTTAAAATAAGAAATAAGGCTTTC
66 AAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * *
885 AAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGG
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * ** * **
926 ATGGCTTTTACTTTACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTAT-A-ACATTTTAACCAAAAGGGTT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG-T
* * * *
989 AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* *
1054 GAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCGAT-G
130 GAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
* * * * * * * * * *
1094 ATTGGCTTTTTCTTCACATTT-CTCAAGAAAAACATTTAAATATAATTTGTTTGAA-CAAAAATG
1 A-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * * *
1157 TGAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAATAAGACTT
64 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
1222 TCGGAGGCTTAAGT-ATCTATAAACGGGC-TTTCTTGCCAATGG
128 TCGAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * * * * *
1264 ATGGCTTTT-CTTTCACATTTTCAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * *
1328 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTTATAAAACTATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTGT
65 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * *
1393 CAAAGGTATTG-GTGACTATAAATGTTTTAACCAATTATAAAACTTTTCTTA-TCAATGA
129 CGAAGG-CTTGAGTGACTATAAATG----------------GACTTTTCTTACT-AATGG
** * * * * * *
1451 ATAACTTTTTCTTCATG-TTCTCT-AAGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* * * *
1514 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCT
64 TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
** * *
1579 CGAAGGCTTGAAAGACTATAAATGTACTTTTCTT-GTCAAT-G
129 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
* * * * * * * *
1620 AGTGACTTTTACTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAGTTCTAAAATATTTTAACCAAAAATG
1 A-TGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
* ** *
1684 TAAAAAAATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATGGTAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTT
64 T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * *
1748 TCGAAGGCTTAAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACCT-GTGG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-CTAATGG
* * * * *
1791 ATGGCTTTTGCTTCACATTTTCC--AAGACATACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATG
1 ATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCTGAAG-CAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG
** * * ** * *
1854 TAAAACAATTCAACTTAAAATTGATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGTGAGTCATAAGGATT
64 TAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTT
* * * *
1919 TTGAAGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG
128 TCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * * *
1962 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTGTATCCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-
* ********** * *
2027 AAAAAATACAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTC
65 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
2092 GAAGGTTTAAAG-GACTGTAAATGGACCTTTCTTTCCAATGG
130 GAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * * * * * * * *
2133 ATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAAGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATATA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
* *
2198 AAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTAT--AA-C----AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
66 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
**********
2256 NNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTA-TCAATGG
131 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
* * * * * * * *
2296 GTAGCTTTTGTTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCACTTCTAATATATTTTAACCAAAAATGTA
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
* *
2361 AAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTT
66 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTC
* * * * * *
2426 AAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCCTTTCTT-GTCAATGA
130 GAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
*** * * * * * * * *
2467 ATAATTTTTTCTTCAC-ATT-CTCAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAGTGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * *
2530 AAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTT
65 AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
2595 CAAAGG-TAT-AGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAACGA
129 CGAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * * * * * * *
2637 ATGGCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAAATATTATA-AGTTTTAACCAAAAATGT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATA-TTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * * * *
2701 AAAAAAATCCACCTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATCATTTGAAGCGAGAAATAAGGTTTT
65 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTT
* * * *
2766 CAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGG
129 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
* * * * * * * * *
2808 ACGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAGAAGCATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCAAAAGTGT-
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
* * * *
2872 AATAA---AGCTT----TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCG
66 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
* * * *
2930 AAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTA-TCAAT-G
131 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
* ** ** * * * * * * * *
2969 ATTGACTTTTTTTTTCATATTT-CTCAAGGTAGACATTTAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAAT
1 A-TGGC-TTTTGCTTCACGTTTCCTGAA-GCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT
* **
3033 GTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
63 GT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* *
3098 TTCGAAGGCTT-AGGTGACTATAAATGGACTTTGCTT-GTAAATGG
127 TTCGAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
* * * * ********** ** *
3142 GTGACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAAGNNNNNNNNNNATTATAATATATTTTAATAAAAAATAT
1 ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-GAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT
* * * * * * *
3206 AAAAAAATTAAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTAAGTGATAAGGCTTT
65 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TT
* * * * *
3271 TC-AAGGCATG-GATTACTATAAATGTACTTTTCTT-GTCAATGA
128 TCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTACT-AATGG
* * * * * * * * **
3313 AT-GATTTTACCTTCACATTTCTTG-AGGAGGACAATT-AAATATAATCTGTTTTAAATAAAAAT
1 ATGGCTTTT-GCTTCACGTTTCCTGAAGCA-GAC-ATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT
** * * *
3375 AAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
63 GTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
Statistics
Matches: 2482, Mismatches: 590, Indels: 244
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 73 0.03
163 141 0.06
164 28 0.01
165 4 0.00
166 6 0.00
167 2 0.00
168 16 0.01
169 189 0.08
170 736 0.30
171 902 0.36
172 236 0.10
173 10 0.00
185 3 0.00
186 78 0.03
187 55 0.02
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
ATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTA
AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG
AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGG
Found at i:946 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 120--3435 Score: 2249
Period size: 341 Copynumber: 9.7 Consensus size: 339
110 TACAATATAT
* * * ** *
120 TTTAACAAAAAATGTAAAACAAATTCAGCTTAAAATTAGCTATGACATTATAAAACCATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATGT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** ** * *
185 TGTGTAATAATACTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACCATTC--CCCTAATGGATGAC
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGGATGGC
* * * ** * * * * *
247 TTTTGCTTCACATTT-TTTGAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTGACCAACAATA-AAAAA
127 TTTTACTTCACGTTTCCTAAAG-TAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAA
* * *
310 GAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGGAATAAGGCTTTCGAA
191 -AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCG-A
* * * * *
375 AGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTAGCAATGAATGGTTTTTTCTTTATATTTCTTAAGG
254 AGTATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGG
*
440 CAAACATTTAAATATAATCTG
319 CAAACATTCAAATATAATCTG
** * *
461 TTTGAATAAAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATTTAAA
1 TTT-AA-CCAAAAATGTAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * * *
526 GTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAAATGGATTTTTCTTACTAGTGGATGGCT
63 GTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * *
591 TTTGCTTCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCATTTATAATATAATTGAATAAAAAATATAAAATAA
128 TTTACTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* * * *
656 TTCAACGTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC-TTCGTAGCT
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAG-T
* * * * *** * *
720 GTAGGTGACAATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATAATTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGCAG
257 ATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAA
*
785 ACATTCAAATATTATCTAG
322 ACATTCAAATATAATCT-G
* * * * *
804 TTTAACCAAAAATGTAAAAATATCCAACTTAAAATCAATTATAAGATTCTAAAACTATTTAAAAT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
869 AAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTT
* * * * * *** *
934 TACTTTACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAATTAT-A-ACATTTTAACCAAAAGGGTTAAAAAATT
130 TACTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATT
* * * *
997 TAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTAT
195 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTAT
** * * * * **
1062 -GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCGATGATTGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGAAAAA
259 AG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAA
* *
1126 CATTTAAATATAATTTG
323 CATTCAAATATAATCTG
* * *
1143 TTTGAA-CAAAAATGTGAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG
1 TTT-AACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * *
1207 CT-AGTAATAAGACTTTCGGAGGCTTAAGT-ATCTATAAACGGGC-TTTCTTGCCAATGGATGGC
64 -TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGC
* *
1269 TTTT-CTTTCACATTTTC-AGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAA
127 TTTTAC-TTCACGTTTCCTA-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAA
* * * * * *
1332 AAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTTATAAAACTATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTGTCAAA
190 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA
* * * **
1397 GGTATTGGTGACTATAAATGTTTTAACCAATTATAAAACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTTTC
255 -GTATAGGTGACTATAAATG----------------GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTC
* * * * *
1462 TTCAT-GTTCTCTAAGGCAGATATTCAATTATAATTTG
303 TTCATATTTCT-TAAGGCAAACATTCAAATATAATCTG
* * * *
1499 TTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCACTTAAAGC
1 -TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* ** * * *
1564 GAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCTTGAAAGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAAT-GAGTGACTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGCTT
* * * * * * *
1628 TTACTTCATGTTT-CTCAAGGTAGACATTCAGTTCTAAAATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
129 TTACTTCACGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
* ** *
1692 TTCAACTT-AAATTAATTATGAGATGGTAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC
193 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-G-
* * ** * * * * *
1756 T-TAAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACCTGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TCCAAGAC
256 TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-TAAGGC
*
1819 ATACATTCAAATATAATCTG
320 AAACATTCAAATATAATCTG
** * *
1839 TTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTGATTATAAGATTATAAAACCATATAAAG
1 -TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
1904 TGAGTCATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
64 TGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT
* * * * * * *
1969 TTGCTTCACGTTTCCTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTATTGTATCCAAAAATGTAAAAAAAT
129 TTACTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT
* ********** * * *
2034 ACAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCGAAGGTT
194 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTA
* * * * * * * * *
2099 TAAAG-GACTGTAAATGGACCTTTCTTTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAAGTA
258 T-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCT-TAAGGCA
* *
2162 AACATTCAATTATAATCTAT
321 AACATTCAAATATAATCT-G
* * * * * **
2182 TTTAACTAACAATATAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATTAT--AA-C----AAAGCA
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
********** ** * *
2240 AGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGGTAGCTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT
** * * * * * * * *
2305 GTTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCACTTCTAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTC
131 ACTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
* ** *
2370 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCAT-
196 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-GTATA
* * ** *** * * * *
2434 GAGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTTCTTCACA-TTCTCAAGGTAGAC
260 G-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAAC
* *
2498 ATTTAAATATAATCTAT
324 ATTCAAATATAATCT-G
* * * * *
2515 TTTAACCAAAAGTGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
2580 AAGTAATAAGTCTTTCAAAGG-TAT-AGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGGCT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* * * * * * * * * *
2643 TTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAAATATTATA-AGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
128 TTTACTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATA-TTTTAACAAAAAATATAAAAAA
* * * * * * * * * * *
2707 ATCCACCTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATCATTTGAAGCGAGAAATAAGGTTTTCAAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGT
* * * * * * * * * *
2772 CTTGAGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAGAAGC
257 ATAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTA-AGGC
* * * * * *
2836 ATATATTTAATTATAATGTA
320 AAACATTCAAATATAATCTG
* * * * *
2856 TCTTAACCAAAAGTGT-AATAA---AGCTT----TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGC
1 T-TTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * ** *
2913 AAGTAATAAAGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAAT-GATTGACTT
65 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TGGC-T
** ** * * * * * * * *
2977 TTTTTTTCATATTT-CTCAAGGTAGACATTTAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
128 TTTACTTCACGTTTCCT-AAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAA
* **
3041 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
192 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAA-G
* *** ** * * * * * *
3106 CT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGTAAATGGGTGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGN
256 -TATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGC
********* * * *
3170 NNNNNNNNNATTATAATATAT
320 AAACATTCAAATATAATCT-G
** * * * * * *
3191 TTTAATAAAAAATATAAAAAAATTAAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGT
1 TTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * * * *
3256 AAGTGATAAGGCTTTTC-AAGGCATG-GATTACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAAT-GAT
65 GAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
* ** * * * *
3318 TTTACCTTCACATTT-CTTGAGGAGGACAATT-AAATATAATCTGTTTTAA-ATAAAAATA-AAA
128 TTTA-CTTCACGTTTCCTAAAGTA-GAC-ATTCAATTATAATATATTTTAACA-AAAAATATAAA
* * *
3379 AAACATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
189 AAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
Statistics
Matches: 2358, Mismatches: 514, Indels: 205
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 115 0.05
334 389 0.16
335 6 0.00
336 6 0.00
337 7 0.00
338 50 0.02
339 151 0.06
340 239 0.10
341 519 0.22
342 399 0.17
343 188 0.08
344 13 0.01
355 4 0.00
356 182 0.08
357 87 0.04
358 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (339 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTT
ACTTCACGTTTCCTAAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTC
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGTATAG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGCAAACAT
TCAAATATAATCTG
Found at i:3159 original size:334 final size:335
Alignment explanation
Indices: 1437--3168 Score: 960
Period size: 334 Copynumber: 5.1 Consensus size: 335
1427 TTATAAAACT
* * * * * * * * * * *
1437 TTTCTTATCAATGAATAACTTTTTCTTCATG-TTCTCTAAGGCAGATATTCAATTATAATTTGTT
1 TTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGCAGACATTTAAATATAATCTATC
* * * * * * * *
1501 TTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGA
65 TTAACCAAAAGTGTAAATAA-T-AACTT---ATCAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAA
* * * ** ** * *
1566 GTAATAAGGCTCTCGAAGGCT-T-GAAAGACTATAAAT-GTACTTTTCTTGTCAATGAGTGACTT
125 GTAATAAGTCTTTCAAAGG-TATAG-GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAACGAATGACTT
* ** * * * *
1628 TTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC-AGT-TCTAAAATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
187 TTCCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATAT-TATAA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* ** * * ** *
1691 ATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATGGTAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
250 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
1755 CTTAAGTCACTATAAATGGAC
315 CTTGAGTGACTATAAATGGAC
** ** * ** * * * *
1776 TTTTCTTACCTGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TCCAAGACATACATTCAAATATAATCTGT
1 -TTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG-CAGACATTTAAATATAATCTAT
* * * ** * * * * *
1840 TTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTGATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGT
64 CTTAACCAAAAGTGT-AAATAA-T-AACTT---ATCAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGC
* * ** ** * * * * * *
1905 GAGTCATAAGGATTTTGAAGGCT-T-GAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCT
123 AAGTAATAAGTCTTTCAAAGG-TATAG-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGACT
* * * * * * * * * *
1968 TTTGCTTCACGTTTC-CTAAAGCAGACATTCAATTATAATCTA-TTGTATCCAAAAATGTAAAAA
186 TTTCCTTCACATTTCTC-AAGGTAAACATTCAAATATTAT-AAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* ********** * * * *
2031 AATACAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCGAAG
249 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * *
2096 GTTTAAAG-GACTGTAAATGGACC
314 GCTT-GAGTGACTATAAATGGA-C
* * * * *
2119 TTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAAGTAAACATTCAATTATAATCTAT
1 TTTCTTGT-CAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTC-AAAGCAGACATTTAAATATAATCTAT
* * * * * * *
2182 TTTAACTAACAA-TATAAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAGATT---ATAAC----AAAGC
64 CTTAACCAA-AAGTGTAAATAA-T-AACTT---ATCAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGC
* *********** * * * **
2239 AAGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGGT-AGCTT
123 AAGTAATAAGTCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGA-CTT
** ** * * ** * * *
2303 TTGTTTCATGTTTC-CTAAAGCAAACATTCACTTCTAATATA-TTTTAACCAAAAATGTAAAACA
187 TTCCTTCACATTTCTC-AAGGTAAACATTCAAATATTATA-AGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
* * *
2366 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
250 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG
* *
2431 CATGAGTGACTATAAATGGGCC
315 CTTGAGTGACTATAAAT-GGAC
* * * * ** * * *
2453 TTTCTTGTCAATGAATAATTTTTTCTTCA-CATTCTCAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTT
1 TTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTTAAATATAATCTATCT
* * *
2517 TAACCAAAAGTGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCAA
66 TAACCAAAAGTGT-AAATAA-T-AACTT---ATCAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAA
* *
2582 GTAATAAGTCTTTCAAAGGTATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTC
125 GTAATAAGTCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGACTTTTC
** *
2647 CTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCA
190 CTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
2712 CCTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAA-TCATTTGAAGCGAGAAATAAGGTTTTCAAAGGCTTG
255 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
2776 AGTGACTATAAATGGAC
319 AGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
2793 TTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAGAAGCATATATTTAATTATAATGTAT
1 TT-TCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCA-AAGCAGACATTTAAATATAATCTAT
* *
2857 CTTAACCAAAAGTGT-AATAA-AGCTT-TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAA
64 CTTAACCAAAAGTGTAAATAATAACTTATCAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAAGTAA
* * * * * **
2919 TAAAG-CTTTCGAA-GTCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGATTGACTTTTTTT
129 T-AAGTCTTTCAAAGGT-ATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGAC-TTTTCC
* * * ** *
2982 TTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
191 TTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
*
3047 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-AG
256 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-
3111 GTGACTATAAATGGAC
320 GTGACTATAAATGGAC
* *
3127 TTTGCTTGTAAATGGGTGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG
1 TTT-CTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAG
3169 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1104, Mismatches: 243, Indels: 96
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
332 4 0.00
333 113 0.10
334 378 0.34
335 6 0.01
337 8 0.01
338 3 0.00
339 2 0.00
340 68 0.06
341 361 0.33
342 150 0.14
343 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (335 bp):
TTTCTTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGCAGACATTTAAATATAATCTATCT
TAACCAAAAGTGTAAATAATAACTTATCAATTATGAGATTAGAAAAACATTTAAAGCAAGTAATA
AGTCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGACTTTTCCTTCAC
ATTTCTCAAGGTAAACATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAA
AATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGGAC
Found at i:3159 original size:846 final size:839
Alignment explanation
Indices: 325--3435 Score: 2602
Period size: 846 Copynumber: 3.7 Consensus size: 839
315 CAACTTAAAA
* * * * **
325 TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGGAATAAGGCTTTCGAAAGTATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCG-AAGTATAAGTGACTAT
* * * * * * * *
390 AAATGGACTTTTCCTAGCAATGAATGG-TTTTTTCTTTATATTTCTTAAGGCAAACATTTAAATA
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTTT-TTCATATTT-TCAAAGTAAACATTCAAATA
* * * *
454 TAATCTGTTTGAA-TAAAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAAC
128 TAATCTATTTTAACT--AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
* * * * * * *
518 CATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGAGTAAATATAAATGGATTTTTCTTACT-AG
191 TATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTAATAAA
* * * * * * *
582 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAAGTAGACATTCATTTATAATATAATTGAATAAAAAAT
255 TGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCA-TTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * *
647 ATAAAATAATTCAACGTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
319 ATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * * ** *
712 TCGT-A-GC-TGTAGGTGACAATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATAATTTTTTCTTCATATT
383 T-TTAAGGCATG-A-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTTCTTCACATT
** * * * * *
774 TCTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTAGTTTAACCAAAAATGT-AAAAATATCCAACTTAAAA
445 TCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAA
* * * *
838 TCAATTATAAGATTCT-AAAACTATTTAAAATAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTT-GAGTGACT
510 TCAATTATGAGATTATAAAAAC-ATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAG-GTGACT
* * * * *
901 ATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCCCAAAGCAGACATTC--A-
573 ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTCAAAG-AAACATTCAAAT
* ** * * *
963 ATTATAACATTTTAACCAAAAGGGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAA-ATTATAAAA
637 ATTATAA-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTAT-AAGATTATAAAA
* * * * *
1027 TCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGG-TATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCG
700 TCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCT-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * * * *
1091 AT-GATTGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGAA--AAACATTTAAATATAATTTGTTTGAACAAA
764 ATGGA-TGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CAAGAAGCAAACATTTAATTATAATCTATTT-AACCAA
*
1153 AATGTGAAAAAATTTAATTT
826 AA-GTG-TAAAA---AA-TT
* * *
1173 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCTAGTAAT-AAGACTTTCGGAGGCT-TAAGT
1 ----TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAG-CTTTC-GAAG-TATAAGT
* * ** * * *
1236 -ATCTATAAACGGGC-TTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTCTTTCACATTTTCAGAAGTAGACATT
59 GA-CTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTTTTTCATATTTTCA-AAGTAAACATT
* * * * *
1299 CAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTAAGAGTTTATA
122 CAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
1364 AAACTATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCTGTCAAAGGTATTGGTGACTATAAATGTTTTAACCAAT
187 AAACTATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTCGAAGG-CTTGGTGACTATAAATG-----------
* * * * * * *
1428 TATAAAACTTTTCTT-ATCAATGAATAACTTTTTCTTCATG-TTCTCTAAGGCAGATATTCAATT
239 -----GACTTTTCTTAATAAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAAGCAGACATTC-ATT
* * * *
1491 ATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCA
297 ATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * ** * ** *
1556 CTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCTTGAAAGACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATGA
362 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCT-TTTAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA
* * * * ** ** * **
1621 GTGACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTTCTAAAATATTTTAACCAAAAATGTA
426 ATAATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTA
* ** * * *
1686 AAAAA-ATTCAACTT-AAATTAATTATGAGATGGTAAAACCATTTCAAGCAAGTAATAAGGCTTT
491 AAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTT
* * * * ** *
1749 CGAAGGCTTAAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACCTGTGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-TC
556 CAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTC
* * ** *
1813 CAAGACATACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATTG-
621 AAAGA-A-ACATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-TGA
* * * * *
1877 ATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGTGAGTCATAAGGATTTT-GAAGGCTTGAGAGACTATAA
683 ATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAA
* * *
1941 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AAGCAGACATTCAATTATA
747 ATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAGAAGCAAACATTTAATTATA
* * *
2005 ATCTATTGTATCCAAAAATGTAAAAAAAT
812 ATCTATT-TAACCAAAAGTGTAAAAAATT
* * *** * * * *
2034 ACAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCGAAGGTT
1 TCAA-TT---ATGA-------GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAA-GTA
* * ** *
2099 TAAAG-GACTGTAAATGGACCTTTCTT-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTTCTAAAGTA
54 T-AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-CAATGGATGGCTTTTTTTTCATATTTTC-AAAGTA
* * * *
2162 AACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAACAATAT-AAAAAATTCAATTTAAAATAAATTATGAG
116 AACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
** *********
2226 ATTAT--AAC-----AAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTT
181 ATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
2284 TCTT-ATCAATGGGT-AGCTTTTGTTTCATGTTTCCTAAAGCAAACATTCACTTCTAATATATTT
245 TCTTAATAAATGGATGA-CTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCA-TTATAATATATTT
* * *
2347 TAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAA
308 TAACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
* *
2412 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGACTATAAATGGGCCTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTT
372 GTAATAAGGCTTTT-AAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTT
* * *
2477 CTTCACA-TTCTCAAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAAAATA-ATTC
436 CTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTC
* * * *
2540 AACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGG-TAT
501 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCT-T
* * * * ** *
2604 AGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAACGAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAAAC
565 AGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTCAAAG-AAAC
* *
2669 ATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCACCTTAAAATGAATTATAAGATT
629 ATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATT
* * * *
2734 ATAAAATCATTTGAAGCGAGAAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTATCT
694 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
2799 TGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AGAAGCATATATTTAATTATAATGTATCTTAAC
759 TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCAAGAAGCAAACATTTAATTATAATCTAT-TTAAC
*
2863 CAAAAGTGTAATAAAGCTT
823 CAAAAGTGTAA-AAA-ATT
* **
2882 TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGT-ATAAGTGACTAT
* * * * *
2947 AAATAGACTTTTCTTATCAAT-GATTGACTTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAAAT
65 AAATGGACTTTTCTTATCAATGGA-TGGC-TTTTTTTTCATATTT-TCAAAGTAAACATTCAAAT
* * *
3011 ATTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
127 ATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* *
3076 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTGCTT-GTAAAT
192 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAATAAAT
* ********* *
3140 GGGTGACTTTTGCTTCATGTTT-CTCAAAGNNNNNNNNNNATTATAATATATTTTAATAAAAAAT
256 GGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAAG-CAGACATTCATTATAATATATTTTAACAAAAAAT
* * * * * * *
3204 ATAAAAAAATTAAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTAAGTGATAAGGCT
319 AT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCT
* * * **
3269 TTTCAAGGCATG-GATTACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATGAATGATTTTACCTTCACATTT
383 TTT-AAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTT
** * ** *
3333 CTTGAGG-AGGACAATT-AAATATAATCTGTTTTAAATAAAAAT-AAAAAAACATTCAACTTAAA
446 CTCAAGGTA-GAC-ATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAA
* * *
3395 ATCAATTATGATATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAA
509 ATCAATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAATAA
Statistics
Matches: 1803, Mismatches: 348, Indels: 221
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
836 5 0.00
837 59 0.03
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839 34 0.02
841 3 0.00
844 5 0.00
845 131 0.07
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847 95 0.05
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849 1 0.00
850 84 0.05
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857 3 0.00
858 2 0.00
861 34 0.02
862 2 0.00
863 1 0.00
864 4 0.00
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866 154 0.09
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869 72 0.04
870 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (839 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGTATAAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTTATCAATGGATGGCTTTTTTTTCATATTTTCAAAGTAAACATTCAAATATAA
TCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAATAAATGGATG
ACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAAGCAGACATTCATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAA
ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAGGC
ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAG
ACATTCAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAAACATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAGGTGACTATAAATAGACTTT
TCTTACCAATGGATGGCTTTTACTTCACATTTCTCAAAGAAACATTCAAATATTATAAGTTTTAA
CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGTTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTT
CACGTTTCCAAGAAGCAAACATTTAATTATAATCTATTTAACCAAAAGTGTAAAAAATT
Found at i:3211 original size:505 final size:503
Alignment explanation
Indices: 325--3311 Score: 1110
Period size: 505 Copynumber: 5.9 Consensus size: 503
315 CAACTTAAAA
* * * * * * *
325 TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCCAGGAATAAGGCTTTCGAAA-GTATGGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTC-AAAGGCATGAGTGACTA
* * * * ** * * * * *
389 TAAATGGACTTTTCCTAGCAATGAATGGTTTTTTCTTTATATTTCTTAAGGCAAACATTTAAATA
65 TAAATAGACCTTTCTTATCAATGAATAATTTTTTCTTCACA-TTCTCAAGGTAGACATTTAAATA
* * ** * * * *
454 TAATCTGTTTGAATAAAAAAATATAATAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACC
129 TAATCTATTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC
** * * * * * * * * *
519 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-T-GAGTAAATATAAATGGATTTTTCTTACTAG
193 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAG-GTGACTATAAATAGACTTTGCTTACAAA
* * * * * * * ** * * *
582 TGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC-CTGAAGTAGACATTCATTTATAATATA-ATTGAATAAAAA
256 CGAATGACTTTTCCTTCACATTTCTC-AAAGTAAACATTCAAATATAATA-AGTTTTAACAAAAA
* * * * * * *
645 ATATAAAATAATTC-AAC-GTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
319 ATATAAAA-AAATCAAACTG-AAAATAAATTATAAGATTATAAAACTATTTGAAGCAAGAAATAA
* * * * * * * * **** *
708 GGC--TTCGTA-GC-TGTAGGTGACAATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATAATTTTTTCTTC
382 GGCTTTTC-AAGGCATG--GATGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTC
* ** * * * * * * * *
769 ATATTTCTTGAGGCAGACATTCAAATATTATCTAGT-TTAACCAAAAATGTAAAAATATCCAA-C
444 ATGTTTCCAGAAGCATATATTTAATTATAATGTA-TCTTAACCAAAAGTGT---AATA---AAGC
832 TT
502 TT
* ** * ** * * *
834 AAAATCAATTATAAGATTCTAAAACTATTTAAAATAAGAAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA
1 ----TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
* ** * *** * * * * * * *
899 CTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCCCAAAGCAGACATTCAA
62 CTATAAATAGACCTTTCTTATCAATGAATAATTTTTTCTTCAC-ATTCTCAAGGTAGACATTTAA
* ** * * *
964 TTATAA-C-ATTTTAACCAAAAGGGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAA
126 ATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * *
1027 TCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGTAT-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-
191 ACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAG-GTGACTATAAATAGACTTTGCTT-ACA
* * * * * * * ** *
1090 GATGATTGGCTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGAAAAACATTTAAATATAATTTGTTTGAAC-AAA
254 AACGAATGACTTTTCCTTCACATTTCTCAAAG-TAAACATTCAAATATAATAAGTTTTAACAAAA
* * ** * * * * * * *
1153 AATGTGAAAAAATTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGCTAGTAATAA
318 AATATAAAAAAATCAAACTGAAAATAAATTATAAGATTATAAAACT-ATTTGAAGCAAGAAATAA
* * * * * * *
1217 GAC-TTTCGGAGGC-T-TAAGTATCTATAAACGGGCTT-TCTTGCCAATGGATGGCTTTT-CTTT
382 GGCTTTTC-AAGGCATGGATG-A-CTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGC-TT
** * * * * * * * * * * * *
1277 CACATTTTCAGAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATTCAACT
443 CATGTTTCCAGAAGCATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCAAAAGTGT--AATAA---AGCT
1342 T
503 T
* * * * * * * *
1343 AAAATCAATTAAGAGTTTATAAAACTATTTAAAGGAAGTAATAAGGCTGTCAAAGGTATTG-GTG
1 ----TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCA-TGAGTG
* **
1407 ACTATAAAT-GTTTTAACCAATTATAAAACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTC
61 ACTATAAATAG-----A-C----------C-TTTCTTATCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTC
* * * * * * *
1471 TCTAAGGCAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATC
109 TC-AAGGTAGACATTTAAATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * **
1535 AATTACGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCGAAGGCT-T-GAAAGACTAT
173 AATTATGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAG-GTGACTAT
* * * * * ** * * **
1598 AAAT-GTACTTTTCTTGTC-AATGAGTGACTTTTACTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAGTT
236 AAATAG-ACTTTGCTT-ACAAACGAATGACTTTTCCTTCACATTTCTCAAAGTAAACATTCAAAT
* * * * * * * **
1661 CTAA-AATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC-AACT-TAAATTAATTATGAGATGGTAAAA
299 ATAATAA-GTTTTAACAAAAAATATAAAAAAA-TCAAACTGAAAATAAATTATAAGATTATAAAA
* * * ** * * *
1723 CCATTTCAAGCAAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGC-TTAAGTCACTATAAATGGACTTTTCTTACC
362 CTATTTGAAGCAAGAAATAAGGCTTTTC-AAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTATCTTGCC
** * * * * * * *
1786 TGTGGATGGCTTTTGCTTCACAT-TTTCC--AAGACATACATTCAAATATAATCTGTTTTAACCA
425 AATGGACGGCTTTTGCTT--CATGTTTCCAGAAG-CATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCA
* * *
1848 AAAATGTAAAACAATTCAACTT
487 AAAGTGT--AATAA---AGCTT
** * * * ** * * * ** * *
1870 AAAATTGATTATAAGATTATAAAACCATATAAAGTGAGTCATAAGGATTTTGAAGGCTTGAGAGA
1 ----TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
* * ** * *** * * * * *
1935 CTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT-TCCTAAAGCAGACATTCA
62 CTATAAATAGACCTTTCTTATCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTCT-C-AAGGTAGACATTTA
* * * * **********
1999 ATTATAATCTATTGTATCCAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCANNNNNNNNNNTATAAA
125 AATATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * *
2064 ACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGATTTCGAAGGTTTAAAG-GACTGTAAATGGACCTTT-CTTTC
190 AACATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTAT-AGGTGACTATAAATAGA-CTTTGCTTAC
* * * * * ** * * *
2127 CAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-TCTAAAGTAAACATTCAATTATAATCTA-TTTTAACTA
253 AAACGAATGACTTTTCCTTCACATTTCTC-AAAGTAAACATTCAAATATAAT-AAGTTTTAACAA
* * * * * *
2190 ACAATATAAAAAATTC-AATTTAAAATAAATTATGAGATTAT--AAC-A----AAGCAAGTAATA
316 AAAATATAAAAAAATCAAACTGAAAATAAATTATAAGATTATAAAACTATTTGAAGCAAGAAATA
********** * ** *** *
2247 AGGC-TTTCGNNNNNNNNNNTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGGGTAGCTTTTGTTTCA
381 AGGCTTTTC-AAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * * * *
2311 TGTTTCCTA-AAGCAAACATTCACTTCTAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAACTT
445 TGTTTCC-AGAAGCATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCAAAAGTGT--AATAA---AGCTT
* * * *
2375 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGTGA
1 ----TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGA
* * *
2440 CTATAAATGGGCCTTTCTTGTCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTCTCAAGGTAGACATTTAAA
62 CTATAAATAGACCTTTCTTATCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTCTCAAGGTAGACATTTAAA
* * * *
2505 TATAATCTATTTTAACCAAAAGTGTAAAATAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAAA
127 TATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAA
* * * *
2570 CATTTAAAGCAAGTAATAAGTCTTTCAAAGGTATAGGTGACTGTAAATAGACTTTTCTTACCAAC
192 CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTACAAAC
* ** * * * *
2635 GAATGGCTTTTCCTTCACATTTCTTGAGGTAAACATTCAAATATTATAAGTTTTAACCAAAAATG
257 GAATGACTTTTCCTTCACATTTCTCAAAGTAAACATTCAAATATAATAAGTTTTAACAAAAAATA
* * * * *
2700 TAAAAAAATCCACCTTAAAATGAATTATAAGATTATAAAA-TCATTTGAAGCGAGAAATAAGG-T
322 TAAAAAAATCAAACTGAAAATAAATTATAAGATTATAAAACT-ATTTGAAGCAAGAAATAAGGCT
*
2763 TTTCAAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTT
386 TTTC-AAGGCATGGA-TGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTT
2827 TCCAGAAGCATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCAAAAGTGTAATAAAGCTT
449 TCCAGAAGCATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCAAAAGTGTAATAAAGCTT
* * *
2882 TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGTCATGGGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT
* * * * *
2947 AAATAGACTTTTCTTATCAATGATTGACTTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAGACATTTAAATA
66 AAATAGACCTTTCTTATCAATGAAT-AATTTTTTCTTCACA-TTCTCAAGGTAGACATTTAAATA
* * *
3012 TTATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACT
129 TAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAAC-
** * * ** *
3076 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TAGGTGACTATAAATGGACTTTGCTTGTAAAT
193 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-TATAGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTACAAAC
** * ** ********** * *
3140 GGGTGACTTTTGCTTCATGTTTCTCAAAGNNNNNNNNNNATTATAATATA-TTTTAATAAAAAAT
257 GAATGACTTTTCCTTCACATTTCTCAAAGTAAACATTCAAATATAATA-AGTTTTAACAAAAAAT
* * * **
3204 ATAAAAAAATTAAACTGAAAATAAATTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGTAAGTGATAAGGCT
321 ATAAAAAAATCAAACTGAAAATAAATTATAAGATTATAAAACTATTTGAAGCAAGAAATAAGGCT
* * * *
3269 TTTCAAGGCATGGATTACTATAAATGTACTTTTCTTGTCAATG
386 TTTCAAGGCATGGATGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATG
3312 AATGATTTTA
Statistics
Matches: 1933, Mismatches: 443, Indels: 204
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
503 88 0.05
504 187 0.10
505 463 0.24
506 15 0.01
507 6 0.00
508 14 0.01
509 177 0.09
510 152 0.08
511 83 0.04
512 239 0.12
513 107 0.06
514 2 0.00
522 1 0.00
523 1 0.00
524 4 0.00
525 42 0.02
526 191 0.10
527 152 0.08
528 7 0.00
529 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (503 bp):
TCAATTATGAGATTAGAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGAGTGACTAT
AAATAGACCTTTCTTATCAATGAATAATTTTTTCTTCACATTCTCAAGGTAGACATTTAAATATA
ATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAACATT
TAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTGCTTACAAACGAAT
GACTTTTCCTTCACATTTCTCAAAGTAAACATTCAAATATAATAAGTTTTAACAAAAAATATAAA
AAAATCAAACTGAAAATAAATTATAAGATTATAAAACTATTTGAAGCAAGAAATAAGGCTTTTCA
AGGCATGGATGACTATAAATGGACTTATCTTGCCAATGGACGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAGAA
GCATATATTTAATTATAATGTATCTTAACCAAAAGTGTAATAAAGCTT
Done.