Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401083.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4241.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 621
Length: 1035
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Found at i:475 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1035 Score: 1132
Period size: 171 Copynumber: 6.1 Consensus size: 171
* * * * * * *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCTTTTATTAAAATAGAATATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTG
* * * * * * *
66 AATGTATACCTCGATAAATGT-ACA-AAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTACAGT
66 AATGTATACCTTGAGAAACGTGA-AGAAACAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAGAGT
* * * * *
129 TACCCATTCCTTCAAAAGGCCTATTACACTCTTTAAATGGTTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
172 TATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAATTTTCTTTACAGTTTTTATTAAAACATACTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTT-TTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAAT
* * * * * ***
236 TGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGAAATAAGCATTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTAGAGT
64 TGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAGAGT
* * *
301 CACTCATTCTTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** * *
344 TATAATATCGTAATTGATTTTAAGTCGAATTATTTTGTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAAGTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTG
* * * * * *
409 ATTGTATGCCTTGTGAAACGTGTAGAAA-AAGCAATTAATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
66 AATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAGAGTC
* *
473 ACTCATTCCTTC-AAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTT
130 ACCCATTCCTTCAAAAAG-CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *
515 TATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAAACTAAAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-TGTTAAAACATACTATAATT
* * * * *
579 GAAAGCT-TACC-TCAGGAAAGGT-ATAG-AA-AAGCCATTCATTGA-AATGAAAAATCCATTTA
65 GAATG-TATACCTTGA-GAAACGTGA-AGAAACAAG-CATTCATTGAGAA-GAAAAGTCTATTTA
* * * *
638 TAGAT-ACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
125 GAG-TCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
685 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTA-ATATTTTTGATTAAAATATACTATAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTTG-TTAAAACATACTATAAT
* *
748 TGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGT
64 TGAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAGAGT
* *
813 CACCCATTCCTTTAAAAAGCTTATTAATCGCTTTAAATGGTTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
856 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACA-TTTTTGATTAAAACATACTATAATG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACATACTATAATT
* *
920 GAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTG-GCAAAAAAAGTCTATTTAGAGT
65 GAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCTATTTAGAGT
* * * * *
984 CACGCATTCCTTCAAAAGGCTTGTTACTCACTTTTAATGGTTT
129 CACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
1027 TATAATCTC
1 TATAATCTC
Statistics
Matches: 731, Mismatches: 105, Indels: 56
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 14 0.02
170 131 0.18
171 431 0.59
172 143 0.20
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACATACTATAATTG
AATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCA
CCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:770 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 1--1035 Score: 1232
Period size: 341 Copynumber: 3.0 Consensus size: 337
* *
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATCTTTT-ATTAAAATAGAATATAATT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATAT-TTTTGATTAAAATAGACTATAATT
* * * * * *
65 GAATGTATACCTCGATAAATGT-ACAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCAATTACAGT
64 GAATGTATACCTTGAGAAACGTGA-AGAAAAAG-CATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGT
* *
129 TACCCATTCCTTCAAAAGGCC-TATTACACTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT-AGTTT
127 CACCCATTCCTTCAAAA-GCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTT
*
192 TAAGTTGAATTTTCTTTACAGTTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTTTATCTCGAGAAAC
190 TAAGTTGAATTTT-TTTACA-TTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATG-TTACCTCGAGAAAC
* * ** * * *
257 ATGAAGAAATAAGCATTCATTTTCAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACTCATTCTTTCAAAAAGCT
252 GTGAAGAAACAAGCATTCA-TTGAAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCT
* *
322 TATTACTCGCTTTAAACGGTTT
316 TATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
344 TATAATATCGTAATTGATTTTAAGTCGAATTATTTTGTATTTTTTG-TTAAAACAGACTATAAGT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATA-TTTTTGATTAAAATAGACTATAATT
* * * * * *
408 GATTGTATGCCTTGTGAAACGTGTAGAAAAAGCAATTAATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATAGTC
64 GAATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTC
* *
473 ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
128 ACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * *
538 ATTGAATTTTTTTACATTTTTCTTTAAAACAAACTAAAATTGAAAGCTTACCTC-AGGAAAGGT-
193 GTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACATACTATAATTGAATG-TTACCTCGA-GAAACGTG
* * *
601 ATAG-AA-AAGCCATTCATTGAAATGAAAAATCCATTTATAGAT-ACCCATTCCTTCAAAAGGCT
255 A-AGAAACAAG-CATTCATTGAAA-GAAAAGTCTATTTAGAG-TCACCCATTCCTTCAAAAGGCT
*
663 TATTACTCACTTTAAATAGTTT
316 TATTACTCACTTTAAATGGTTT
*
685 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAATATTTTTGATTAAAATATACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTG
* * *
750 AATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAACAAGCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCA
65 AATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAA-AAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCA
*
815 CCCATTCCTTTAAAAAG-CTTATTA-ATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
129 CCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACA-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
* * *
878 AGTTGAATTGTTTTACATTTTTGATTAAAACATACTATAATGGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
192 AGTTGAATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAACATACTATAATTGAATGT-TACCTCGAGAAACGTG
* *
943 AAGAAACAAGCATTCATTGGCAAA-AAAAGTCTATTTAGAGTCACGCATTCCTTCAAAAGGCTTG
255 AAGAAACAAGCATTCATT-G-AAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTA
*
1007 TTACTCACTTTTAATGGTTT
318 TTACTCACTTTAAATGGTTT
1027 TATAATCTC
1 TATAATCTC
Statistics
Matches: 587, Mismatches: 79, Indels: 53
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.03
341 267 0.45
342 129 0.22
343 168 0.29
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (337 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAGACTATAATTGA
ATGTATACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTTTTTACATTTTTATTAAAACATACTATAATTGAATGTTACCTCGAGAAACGTGAAGAAA
CAAGCATTCATTGAAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCAC
TTTAAATGGTTT
Done.