Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401084.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4242.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4254
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.11, T:0.30
Warning! 787 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:291 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1549 Score: 1302
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
* * *
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTTG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * * *
64 GTCT-AAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTAGTA
66 GT-TAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * *
128 AGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTTCAAAGTCTTT
130 AGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
* * * *
170 TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * *
235 GTTAAAATAGATAATATTTAAATATCTACCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
66 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * *
300 GAAAAGTCCATTTATATTTACTCATGCC-TTCTAAAGCCTTA
131 GAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTC-AAAGCCTTA
* *
341 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTA
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * *
406 GTTAAAATATATTATAATTGAATATCT-GCTTCAGGAAACATGATGCAAAAGCCATCCATTGGTA
66 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTT-AGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
*
470 AGAAATGTCCATTTC-TAGTCACCCATGCCTTT-AGAAGCCTTA
130 AGAAAAGTCCA-TTCATAGTCACCCATGCCTTTCA-AAGCCTTA
** * * * * * *
512 TTACTTGCTTCAAATAGG-TTTATAATCTTACAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTTT
1 TTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * ** * * * * *
576 GAG-TAAAATATATCATACTTGAATGTATGTCTTAGTAAACGTGACA-AAAAAGTCATTTATTAG
65 -AGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGG
* * *
639 CGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCATTA
128 CAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
* * * * *
683 TTACTCGCTTT-AATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA--T-TTTTTTACATTT
* * * * * * * ** * * * * *
747 TTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAAAGTTTA-TTTAGAGAAATGTTAAAAAAAAGTCAGTCATTA
63 TTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAG-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG
**
811 GCAAGAAAAGTCCATTTGCAT--TCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTA
127 GCAAGAAAAGTCCA-TT-CATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
** ** * * * * ** *
856 TTACTTGCCCTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTGTATTTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * *
921 GTTAAAATAGATTATATTTGAATG-CTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCATCCATTGGCA
66 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTC-TACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * * * * *
985 GGAAAAGTCTATTCATAATCACTCATGCCTTCCGAAGCTTTA
130 AGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
* * * *
1027 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * * * *
1092 GTCAAAACAGTTTATAATTGAGTGTTTGCCTTAAGAAATAAGAAGAAGAAGCCATTCATTGGCAA
66 GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
* * * * *
1157 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAGGACTTA
131 GAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
* * * * *
1198 TTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT-TTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTG
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
* * * * * * * *
1262 GTTAAAACAGATTAAAATTT-AATATGTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTA
66 GTTAAAACAGATT-ATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *** *
1326 AGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTGGGAAGCCATA
130 AGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
* * * * ** *
1368 TTACTTACTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTCT-TATTTTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTT
* * * * * * *
1432 GGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGATGAAAAAGCTATTTA-AGTGC
65 AGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GC
* * ** *
1496 AAGAAAAGTCCACTTC-TACTCACCCATGCCTTCCAAAGTGTCA
129 AAGAAAAGTCCA-TTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
1539 TTACTCACTTT
1 TTACTCACTTT
1550 CGAGAAACGT
Statistics
Matches: 1105, Mismatches: 240, Indels: 68
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 48 0.04
170 181 0.16
171 722 0.65
172 26 0.02
173 92 0.08
174 34 0.03
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
GTTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTACCTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAA
GAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTA
Found at i:1030 original size:515 final size:506
Alignment explanation
Indices: 1--1528 Score: 1535
Period size: 515 Copynumber: 3.0 Consensus size: 506
* ** * * * *
1 TTACTCACTTTAAAT-GGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTACATTTTT
1 TTACTCACTTCAAATAGG-TTTATAACCTCACAATTAATTTCAAATTGAATGTTTTTACATTTTT
* * * * * *
63 GGTCTAAACAGATT-ATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAACGTAA-AGAAAAAGCCATTCATTAG
65 AGTCAAAACAG-TTCATAATTGAATGTATGCCTTAAGAAA--TAACA-AAAAAGCCATTCATTAG
* * * * *
126 TAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTTCAAAGTC-TTTTTACTCGCTTTAAATGATTT
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAG-CATTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * *
190 TATAATCTCATTATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGA-TAATATTT
190 TATAATCTCA-TATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTT
* *
254 AAATATCTACCTTAG-GAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATT
254 AAAT-T-TA-TTTAGAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATT
* * * * *
318 TACTCATGCCTTCT-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTC
316 CACCCATGCCTT-TGGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTT
* * * *
382 AAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAAT-ATCTGCTTCAGGAAACA
380 AAGTTAAATTTTTTTA-TTTTTT-GTTAAAATAGATTATATTTGAATGAT-TCCTT-AGGAAACA
* * * * *
446 TGATGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTTAGAAGCCTT
441 TGATGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAATCACCCATGCCTTCAGAAGCCTT
511 A
506 A
** * * * *
512 TTACTTGCTTCAAATAGGTTTATAATCTTACAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTG
1 TTACTCACTTCAAATAGGTTTATAACCTCACAATTAATTTCAAATTGAATGTTTTTACATTTTT-
* * * * * *
577 AGT-AAAATA-TATCATACTTGAATGTATGTCTT-AGTAAACGTGACAAAAAAGTCATTTATTAG
65 AGTCAAAACAGT-TCATAATTGAATGTATGCCTTAAG-AAA--TAACAAAAAAGCCATTCATTAG
* *
639 CGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCATTATTACTCGCTTT-AATGGTTTC
126 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * *
703 ATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAAT
191 ATAATCTCAT-ATTAATTTTAAGTTGAA--T-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAAT
* * * * * * * **
768 TCAAAGTTTATTTAGAGAAATGTTAAAAAAAAGTCAGTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGCATT
252 TTAAA-TTTATTTAGAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATT
* ** * *
833 CACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCCCTAAATGGTTTTATAAACTCAAAATTAATTTTA
316 CACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTA
* *
898 AGTTAAATTTCTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGCTTACCTTGGGAAACATG
381 AGTTAAATTT-TTT-TATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGATT-CCTTAGGAAACATG
* * * * * * *
963 AAGAAAAATCCATCCATTGGCAGGAAAAGTCTA-TTCATAATCACTCATGCCTTCCGAAGCTTTA
443 ATGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTC-TAATCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTA
* * * *
1027 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCACTTCAAATAGGTTTATAACCTCACAATTAATTTCAAATTGAATGTTTTTACATTTTTA
* * * * *
1092 GTCAAAACAGTTTATAATTGAGTGTTTGCCTTAAGAAATAAGAAGAAGAAGCCATTCATTGGCAA
66 GTCAAAACAGTTCATAATTGAATGTATGCCTTAAGAAATAACAA-AA-AAGCCATTCATTAGCAA
* * * * *
1157 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCC-TTCCAAGGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCA-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * *
1221 AATCTCATTTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTTAATA
193 AATCTCATATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTTAA-A
* * * * * *
1286 TGTATCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCC
257 TTTAT-TTAGAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCC
* * * * * * *
1350 ATACCTTGGGAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCA
321 ATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTA
* * *
1415 AATTTTTTCTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGATGAA
386 AA-TTTTT-TTATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGATT-CCTTAGGAAACATGATGAA
* ** * * *
1480 AAAGCTATTTA-AGTGCAAGAAAAGTCCACTTCTACTCACCCATGCCTTC
448 AAAGCCATCCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTCTAATCACCCATGCCTTC
1529 CAAAGTGTCA
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 146, Indels: 69
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 42 0.05
512 257 0.31
513 116 0.14
514 24 0.03
515 352 0.42
516 42 0.05
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (506 bp):
TTACTCACTTCAAATAGGTTTATAACCTCACAATTAATTTCAAATTGAATGTTTTTACATTTTTA
GTCAAAACAGTTCATAATTGAATGTATGCCTTAAGAAATAACAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTTAAATTTA
TTTAGAGAAACGTCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTCACCCATGCC
TTTGGAAGCCTTATTACTTACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTT
TTTTATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATGATTCCTTAGGAAACATGATGAAAAAGCCAT
CCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAATCACCCATGCCTTCAGAAGCCTTA
Found at i:1403 original size:686 final size:685
Alignment explanation
Indices: 1--1446 Score: 1594
Period size: 686 Copynumber: 2.1 Consensus size: 685
* *
1 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GA---A-TTTTTACATTT
1 TTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTT
* * ** * * *
61 TTGGTCT-AAACAGATTATAATTGAGTGTTTGCCTCATGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTA
65 TTGGT-TAAAACAGATTAAAATTCAAAGTTTGACTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCAGTCATTA
* * * **
125 GTAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATACCTTTCAAAGTCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTT
129 GCAAGAAAAGTCCATTCATA-TCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCCCTAAATGATTT
* ** * * *
190 TATAATCTCATTATTAATTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTA
193 TATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTA
* * * *
255 AATATCTACCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATATTTA
258 AATATCTACCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAATCA
* * * *
320 CTCATGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTCAAG
323 CTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAA
* * * * * * *
385 TTGAATTTTTTTACTTTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCTTCAGGAAACATGAT
388 TTGAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATATCTGCTTCAAGAAACAAGAA
* * * * *
450 GCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTCTAGTCACCCATGCCTTTAGAAGCCTTATTA
453 GCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGACTTATTA
** * *
515 CTTGCTTCAAATAGGTTTATAATCTTACAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTGAGT
518 CTCACTTCAAATAGGTTTACAATCTTACAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTCTGAGT
* * * * * * * * * *
580 AAAATATATCATACTTGAATGTATGTCTTAGTAAACGTGACAAAAAAGTCATTTATTAGCGAGAA
583 AAAACAGATAAAACTTAAATGTATCTCTAAGTAAACGTGACAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAA
* *
645 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCATTA
648 AAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGCAAAGCATTA
* *
683 TTACTCGCTTT-AATGGTTTCATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTT
1 TTACTCACTTTAAATGGTTT-ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTT
* * * *
747 TTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAAAGTTT-ATTTAGAGAAATGTTAAA-AAAAAGTCAGTCATT
65 TTGGTTAAAACAGATTAAAATTCAAAGTTTGACTCA-AGAAACG-TAAAGAAAAAGCCAGTCATT
* ** * *
810 AGCAAGAAAAGTCCATTTGCAT-TCACCCATGCCTTTGGAAGCCTTATTACTTGCCCTAAATGGT
128 AGCAAGAAAAGTCCA-TT-CATATCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCCCTAAATGAT
** * *
874 TTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTGTATTTTTTGTTAAAATAGATTATATT
191 TTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATATT
* * * * * * *
939 TGAAT-GCTTACCTTGGGAAACATGAAGAAAAATCCATCCATTGGCAGGAAAAGTCTATTCATAA
256 TAAATATC-TACCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAA
* * *
1003 TCACTCATGCCTTCCGAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTT
320 TCACTCATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTC
* * * *
1068 AAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGT-TTATAATTGAGTGTTTGCCTT-AAGAAAT
385 AAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACA-TATTATAATTGAATATCTG-CTTCAAGAAAC
* * *
1131 AAGAAG-AAGAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCA-AGGA
448 AAGAAGCAA-AAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-CAGAAGA
* * * * *
1194 CTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTTTACAATC-T-CATTTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
511 CTTATTACTCACTTCAAATAGG-TTTACAATCTTACA-ATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACA
*
1256 TTTCTG-GTTAAAACAGATTAAAATTTAATATGTATCTC-AAG-AAACGTGA-AGAAAAAGCCAT
574 TTTCTGAG-TAAAACAGA-TAAAACTTAA-ATGTATCTCTAAGTAAACGTGACA-AAAAAGCCAT
* * * **
1317 TCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTGGGAAGCCA-TA
635 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTGCAAAG-CATTA
* * * *
1368 TTACTTACTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTT-TTTCTT--ATTT
1 TTACTCACTTTAAATGG-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTT
1430 TTGGTTAAAACAGATTA
65 TTGGTTAAAACAGATTA
1447 TATTTGAATG
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 105, Indels: 49
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 3 0.00
681 28 0.04
682 11 0.02
683 21 0.03
684 4 0.01
685 115 0.18
686 427 0.67
687 22 0.03
688 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (685 bp):
TTACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTATTTTTTACATTTT
TGGTTAAAACAGATTAAAATTCAAAGTTTGACTCAAGAAACGTAAAGAAAAAGCCAGTCATTAGC
AAGAAAAGTCCATTCATATCACCCATACCTTTCAAAGCCTTATTACTCGCCCTAAATGATTTTAT
AAACTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTCTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAATATTTAAAT
ATCTACCTTAGGAAACATCAAGAAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCATAATCACTC
ATGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTAATTTCAAATTG
AATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACATATTATAATTGAATATCTGCTTCAAGAAACAAGAAGCA
AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGACTTATTACTC
ACTTCAAATAGGTTTACAATCTTACAATTGATTTCAAGTTGAATGTTTTTACATTTCTGAGTAAA
ACAGATAAAACTTAAATGTATCTCTAAGTAAACGTGACAAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAG
TCCATTTATAGTCACCCATACCTTGCAAAGCATTA
Found at i:1949 original size:428 final size:426
Alignment explanation
Indices: 1156--1955 Score: 1025
Period size: 428 Copynumber: 1.9 Consensus size: 426
1146 TTCATTGGCA
* *
1156 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCCAAGGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
* * * *
1221 AATCTCATTTTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTTAATA
66 AATCTCATATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTAAAATTGAATA
* * *
1286 TGTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCA
131 TGTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCA
* * *
1351 TACCTTGGGAAGCCATATTACTTACTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAA
195 TACCTTGGAAAGCCATATTACCTACTTTAAATAGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAA
* * * * * *
1416 ATTTTTTCTTATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGATGAAA
260 ATTATTTCTCATGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGATGAAA
* * *
1481 AAGCTATTTAAGTGCAAGAAAAGTCCACTTCTACTCACCCATGCCTTCCAAAGTGTCATTACTCA
325 AAGCTATTTAAGTGCAAGAAAAGTCAACTTATACTCACCCAAGCCTTCCAAAGTGTCATTACTCA
1546 CTTTCGAGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGACG
390 CTTTCGAGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGACG
* *
1583 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
* * ** *
1648 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAGT
66 AATCTCAT-ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTAAAATTGAAT
* * *
1713 GTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAATATG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
130 ATGTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAA-A-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC
* * * * * * * * * *
1777 CATGCCTTTGAAAGCCTTGTTACCTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTCAGTT
193 CATACCTTGGAAAGCCATATTACCTACTTTAAATAGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTC
* * * *
1842 GAA-TATTTCTACATGTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCT-ACTTCTGGAAACATGAT
258 AAATTATTTCT-CATGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACTT-AGGAAACATGAT
** * ** * *
1905 GCGAGAGCCT-TCTTTTG-GCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTT
321 GAAAAAG-CTAT-TTAAGTGCAAGAAAAGTCAACTTATACTCACCCAAGCCTT
1956 GGCAAGCCTT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 52, Indels: 13
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
427 78 0.25
428 229 0.73
429 6 0.02
430 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (426 bp):
AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAC
AATCTCATATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAAATTAAAATTGAATA
TGTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAT
ACCTTGGAAAGCCATATTACCTACTTTAAATAGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAA
TTATTTCTCATGTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGACTTAGGAAACATGATGAAAA
AGCTATTTAAGTGCAAGAAAAGTCAACTTATACTCACCCAAGCCTTCCAAAGTGTCATTACTCAC
TTTCGAGAAACGTGATGCAAAAGCCATCCGTTGACG
Found at i:2142 original size:598 final size:597
Alignment explanation
Indices: 986--2147 Score: 1439
Period size: 599 Copynumber: 1.9 Consensus size: 597
976 CCATTGGCAG
* * *
986 GAAAAGTCTATTCATAATCACTCATGCCTTCCGAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTCATAATCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
* **
1051 ACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGTTTATAATTGAGTG
66 ACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTGTAGTCAAAACAAATTATAATTGAGTG
* *
1116 TTTGCCTTAAGAAATAAGAAGAAGAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
131 TTTACCTCAAGAAATAAGAAGAAGAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *
1181 TGCCTTCCAAGGACTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATTTTTATTTTAAGTTGAA
195 TGCCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * *
1246 TTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTTAATATGTATCTCAAGAAACGTGAAGAAAA
260 TATTTCTACATTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAA
* * *
1311 AGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTGGGAAGCCATATTACTTAC
325 AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTGGCAAGCCATATTACTCAC
* *
1376 TTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAGTCAAATTTTTTCTTATTTTTGGTTAAAAC
390 TTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTTTTCTCATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * *
1441 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGATGAAAAAGCTATTTAAGTGCAAGAAAAGTC
455 AGATTATAATTGAATGTTTGACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAAGTGCAAAAAAAGTC
* **
1506 CACTTCTACTCACCCATGCCTTCCAAAGTGTCATTACTCACTTTCGAGAAACGTGATGCAAAAGC
520 CACTTATACTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTCATTACTCACTTTCGAGAAACGTGATGCAAAAGC
1571 CATCCGTTGACGA
585 CATCCGTTGACGA
* * *
1584 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAG-TCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTCATAATCACCCATGCCTTCCAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* * * * * * * *
1648 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTGTGGTTAAAACAAATTGTAATTGAGT
65 AACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTGTAGTCAAAACAAATTATAATTGAGT
* *
1713 GTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAA-AATATG-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
130 GTTTACCTCAAGAAA--T-AAGAAGAAGAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
** * * * * *
1776 TCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTAC-CTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTCAG
192 TCATGCCTTCCAAAGACTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTACAATCTCAT-ATTGATTTTAAG
* * * * **
1840 TTGAATATTTCTACATGTT-TGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTA-CTTCTGGAAACATG
255 TTGAATATTTCTACAT-TTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATATCTATC-TCAAGAAACATG
* ** * * *
1903 ATGCGAGAGCC-TTCTTTTGGCAAGAAAAGT-CAATTTATAGTCACCCA-AGCCTTGGCAAGCCT
318 AAGAAAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTGC-ATTTATAGTCACCCATA-CCTTGGCAAGCCA
* * ** *
1965 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTGAGTTTTTT-TACATTT
380 TATTACTCACTTTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTTTTCT-CATTT
* * * *
2029 TTGGTTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGAGTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTG
444 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAAGT-
* * *
2093 GCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATG-CTTTCAAAGCCTTATTACTCACTTT
508 GCAAAAAAAGTCCACTTATACTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTCATTACTCACTTT
2148 AAATGGTTTT
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 75, Indels: 26
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
597 2 0.00
598 227 0.48
599 235 0.49
600 7 0.01
601 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (597 bp):
GAAAAGTCCATTCATAATCACCCATGCCTTCCAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
ACCTCATAATTAATTTTAAATTGAATGTTTTTACATTTGTAGTCAAAACAAATTATAATTGAGTG
TTTACCTCAAGAAATAAGAAGAAGAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAT
GCCTTCCAAAGACTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTACAATCTCATATTGATTTTAAGTTGAAT
ATTTCTACATTTCTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATATCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAA
GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTGCATTTATAGTCACCCATACCTTGGCAAGCCATATTACTCACT
TTAAATGGCTTTACAATCTCATAATTGATTTCAAGTCAAATTTTTTCTCATTTTTGGTTAAAACA
GATTATAATTGAATGTTTGACTTAGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAAGTGCAAAAAAAGTCC
ACTTATACTCACCCATGCCTTCCAAAGCCTCATTACTCACTTTCGAGAAACGTGATGCAAAAGCC
ATCCGTTGACGA
Found at i:2209 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1565--2209 Score: 743
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
1555 AACGTGATGC
* * * * * *
1565 AAAAGCCATCCGTTGACGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCCAAAGTCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT
* * *
1630 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTATATTTGTGGTTA
66 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
* * * * *
1694 AAACAAATTGTAATTGAGTGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGA
131 AAACATATTATAATTGAGTGTTTA-CTTAGGAAACATGAAGA
* * *
1736 AAATATG--ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTTGAAAGCCTTGTTA
1 AAA-A-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTA
* * * * *
1799 C-CTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTC-AGTTGAATATTTCTACATGTTTGG
64 CTC-ACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGG
* * * * * *
1862 TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTACTTCTGGAAACATGATGC
128 TTAAAACATATTATAATTGAGTGTTTACTT-AGGAAACATGAAGA
* * * * * *
1907 GAGAGCC-TTCTTTTGGCAAGAAAAGTCAATTTATAGTCACCCAAGCCTTGGC-AAGCCTTATTA
1 AAAAGCCATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT-TCAAAGCCTTATTA
* *
1970 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTCAAGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGGT
64 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGT
*
2034 TAAAACATATTATAATTGAGTGTTTGAGTTAGGAAACATGAAGA
129 TAAAACATATTATAATTGAGTGTTT-ACTTAGGAAACATGAAGA
* *
2078 AAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCACCCATG-CTTTCAAAGCCTTATTACT
1 AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT
* * * * * *
2142 CACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATTATTGGTTTTCAA-TAGAATATTTGTACATTTTTAGTTA
66 CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
2206 AAAC
131 AAAC
2210 TGTTGGTCCC
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 67, Indels: 31
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 80 0.20
171 301 0.77
172 8 0.02
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTCAAAGCCTTATTACT
CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGGTTA
AAACATATTATAATTGAGTGTTTACTTAGGAAACATGAAGA
Found at i:3234 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 3112--3317 Score: 322
Period size: 73 Copynumber: 2.8 Consensus size: 73
3102 NNNNNNNNNN
* *
3112 GTAGGCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTAAGTCGATTAAGTCGTTTCTATCTCTGAACCCAAT
1 GTAGGCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAAT
* *
3177 TTCTGGTA
66 TTCTCGCA
* * * *
3185 GTAGGCTCTTAGTCGACTAACAAAATTTTTTAGTCGATTAAGTCATTTCTGTCTCTGAACCCAGT
1 GTAGGCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAAT
3250 TTCTCGCA
66 TTCTCGCA
* *
3258 GTAAGCTCTTAGTAGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAAC
1 GTAGGCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAAC
3318 TCANNNNNNN
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 13, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
73 120 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (73 bp):
GTAGGCTCTTAGTCGACTAACAAAACTTCTTAGTCGATTAAGTCGTTTCTGTCTCTGAACCCAAT
TTCTCGCA
Done.