Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401087.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4245.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6964
ACGTcount: A:0.32, C:0.12, G:0.12, T:0.33
Warning! 788 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:495 original size:148 final size:149
Alignment explanation
Indices: 226--500 Score: 360
Period size: 148 Copynumber: 1.9 Consensus size: 149
216 TTATAAATTA
* * * *
226 ATAATTGATTTTAAGTTGAAGTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATACTATAATTGAATGTCTG
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTG
* * *
291 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATCGCTAAAAAAAATCTATTTATAGTCTCTCATCTT
66 CCTCAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATCGCGAAAAAAAATCCATTTAAAGTCTCTCATCTT
356 TGAATAGTTTCGTAATCTT
131 TGAATAGTTTCGTAATCTT
*
375 ATAATTGATTTTAAGTTGAA-CTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAATAAACTATAATTGAATGGT-T
1 ATAATTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTGAAT-GTCT
*** * * * *
438 GCCTTGGGAAACATGTAGAAAA-AGCTATTCATTTG-GAAGAAAAGTCCATTTAAAGTCTCTCAT
65 GCCTCAAGAAACATGAAGAAAAGAGC-ATTCA-TCGCGAAAAAAAATCCATTTAAAGTCTCTCAT
501 TCCTTCAAAA
Statistics
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0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
147 3 0.03
148 81 0.75
149 24 0.22
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (149 bp):
ATAATTGATTTTAAGTTGAAGCTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTG
CCTCAAGAAACATGAAGAAAAGAGCATTCATCGCGAAAAAAAATCCATTTAAAGTCTCTCATCTT
TGAATAGTTTCGTAATCTT
Found at i:879 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 368--3628 Score: 2501
Period size: 172 Copynumber: 19.0 Consensus size: 171
358 AATAGTTTCG
* * * * * * *
368 TAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAAATTTTTCGTTAAAATAAACTATAATTGAA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
433 TGGT-TGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCTATTCATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTAAAGTC-
66 T-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
495 TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTC
129 TC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
539 TAATCTCATAATCGATTTT-AGATTAAATATTTTTACATTTTTTGTTAAGACAGACTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * *
603 ATG-CTTACCTT-AGGAAATATGTAA-AAAACTCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAAT
65 ATGTC-TACCTTGA-GAAACATG-AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * * **
665 C-TCCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTCAAAAAGTTTTA
127 CAT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
710 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTATTTTACATTTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * *
775 AGGTCTACCTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGACATTCA-T-GTAAGAAAAGTCAATTTATAGTCAT
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
* * * *
838 CTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATAGTTTTA
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** *
880 TAATCTCCAAATTGATTTTAATTTAAATTCTTTTTGCATTTTCAGACAAAACAGATTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * ** * * *
945 ATG-CTTGTCTCAT-A-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGGGAGAAAAGTCTATTTTTTGG
65 ATGTC-T-AC-CTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTATAG
* * *
1007 TCTTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGAAATGGTTTTA
126 TCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
1053 TAATCTCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTAGATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTTA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
** * * * * *
1118 ATG-CTTGTCTCGAGAAACATGCAGCAAAAGCCATTTATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATTAGG
65 ATGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGT
* *** * * * * *** * * * *
1181 AAGAAAAGTCCATT-TATAGTC-TCCCATTC-CTTCAAAAGCCTTATTA
127 CA-TCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTT-TTA
* ** * * * *
1227 CTTAT-TTTAAATGGTTTTGTAA-TCTCAAAATTGACTTTAGGTTGAATTCTTTTTTTA-TTAAA
1 -TAATCTCAAAATTGATTT-TAAGT-T--GAATT---TTT---TT--A--C-ATTTTTAGTTAAA
* ** * * *
1289 ACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAG
50 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
* * **
1354 TCCATTTATAGTCATCCATAT-CTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAATTTTA
115 TCCATTTATAGTCATCCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
1411 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-ATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * *
1474 TTGACTACCTTGAGAAACGTG-AGAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * ** *
1538 CCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTA
129 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
1581 TATTCTCATAATTGATTTTATGTAGAATTCTTTTACATTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* ** * * * * * *
1646 AGGTCTACCTTGAGAAAGGTGAACAAAAAGACATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
* * *
1711 CCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATGG-TTTA
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1752 TAATCCCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGACTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * * * * *
1817 ATGTTTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAAAAAAAAGTCTATTTGTAGTC
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
1882 -TCTTATTCCTTGAAATGCCTTATTACTCACTTT-AATAGTTTTA
128 ATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
1925 TAATGTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTA-AGTTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * * * * *
1989 ATGTTTGCCTT-AGGGAACGTAAAGCAAAAGCCATCCATTGGCACA-AAAAGTCCATTGATAGTT
65 ATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* ** * ** * *
2052 AGT-TAAGCCTTCACAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATAGTTTTA
128 A-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* *
2096 TAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-TACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
2160 AAAT-TCTACCTTGAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTC
64 -AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** *
2224 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATAGTTTTA
128 ATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * ** * * **
2268 TTATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAATAGTTTATAATTGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
** * * * * * *
2333 ATGTCTGTC-TCAGAAAACAT-ATATAAGAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATAATC
65 ATGTCTACCTTGAG-AAACATGA-AGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
2396 -TCCCATTCCTTCCAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTA
128 AT-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
2440 TAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** * * * *
2504 TGTCTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACC
66 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
* * *
2569 CATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTA
131 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
2610 TAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGCACTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAAAAGGCTATAATAGA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AACAGACTATAATTGA
* * * * * ** * *
2675 ACGTCTGCCTTG-GAGAACATAAAGCAATAGCCAACCATTGGCACA-AAAAGTCCACTTATAGCC
65 ATGTCTACCTTGAGA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
** * * * * * **
2738 A-CTCAAGCCTTCAGACGCCTTCTAATTTGCTTTAAATGGTTTTA
128 ATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
2782 TAAAC-AAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGAATATAATTAA
1 TAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * * * *
2846 ATGCCTGCCTTGAAAAATATGTA-AAAAAGCCATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
2909 ACCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTA
129 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * *
2952 TAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGACTATAATTGAA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * *
3016 TGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT
66 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
* * * *
3080 CCATTCATTC-AAAGCGTTATTACTCAATTTAAGTGGTTTTA
130 CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * * *
3121 TTATTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTCA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA
** * * * * * * *
3186 ATGT-T-TTTTGGGAAAAATGTAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATGGTC-T
65 ATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT
* * **
3248 CCTATTCCTTTAAAAGCATTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
130 CC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * *
3291 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGACTATAATTAAA
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * ** ** * * *
3356 T-ACTTGCCTCAAGAAATGTGTAGAAAAAGCCAATCATCTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
66 TGTC-TACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAT-TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* *
3418 TCCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTA
129 T-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
** * * *
3462 TAATCTCAAAATTGATTTTAA-TACAATTTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATTG
1 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTG
* * * * ** * *
3525 AATGTTTACCTCGAGAAATATGAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTAGAGTCA
64 AATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
*
3590 CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
129 TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGT
3629 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2461, Mismatches: 514, Indels: 230
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 188 0.08
170 628 0.26
171 584 0.24
172 653 0.27
173 236 0.10
174 25 0.01
175 9 0.00
176 2 0.00
177 4 0.00
179 7 0.00
181 2 0.00
182 4 0.00
183 9 0.00
184 20 0.01
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186 67 0.03
187 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAA
TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
Found at i:1066 original size:173 final size:169
Alignment explanation
Indices: 358--3625 Score: 1366
Period size: 170 Copynumber: 19.0 Consensus size: 169
348 CTCATCTTTG
** * * * * * * * *
358 AATAGTTTCGTAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAACT-TTTTTAAATTTTTCGTTAAAATAAA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* * * **** *
422 CTATAATTGAATGGTTGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAGCTATTCATTTGGAAGAAAAGTCCAT
65 TTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCAT
*
487 TTAAAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
130 TTATAGTCT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * * * *
529 AATGGTTTTCTAATCTCATAATCGATTTTAGATTAAA-TATTTTTACATTTTTTGTTAAGACAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* ** * ** * * *
593 CTATAATTGAATGCTTACCTTAGGAAATATGTA-AAAAACTCCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCA
65 TTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCA
* * * * *
657 TTTATAATCTCCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCGCTTCA
129 TTTATAGTCT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-A
* * * * *
700 AAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTAGAATT-ATTTTACATTTTTTTGTTAAAACAG
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTA-AATTCTTTTTACA-TTTTTAGATAAAACAG
* ** * * *
764 ATTATAATTGAA-G---GTCTACCTTGAGAAAGGTGAAGAAAAAGACATTCA--TGTAAGAAAAG
64 ATTATAATTGAATGCTTGTCT--CAT-A-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAG
* * *
823 TCAATTTATAGTCATCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTA
125 TCCATTTATAGTCTTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TA
* * *
870 AATAGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTAAATTCTTTTTGCATTTTCAGACAAAACAG
1 AATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAG
* * *
934 ATTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTGGGGAGAAAAGTCTA
64 ATTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCA
* *
999 TTTTTTGGTCTTCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTGA
129 -TTTATAGTCTTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-A
* * *
1043 AATGGTTTTATAATCTCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTAGATTTTTA-ATTAAAACA
1 AATAGTTTTATAATCT-CATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGA-TAAAACA
* * * * * *
1106 GATTATAATTTAATGCTTGTCTCGA-GAAACATGCAGCAAAAGCCATTTATTAGGAAGAAAAGTC
63 GATTATAATTGAATGCTTGTCTC-ATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTC
***** * * * * *** *
1170 CATTTATTAGGAAGAAAAGTCCATT-TATAGTC-TCCCATTC-CTTCA
127 CATTTA-TA-G-TCTTCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-A
* * * * * *
1215 AA-AGCCTTATTACTTATTTTA-AATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGACTTTAGGTTGAATTCTT
1 AATAG--TT-TTA-TAATCTCATAATTGATTT-TAAT-T--AAATT--CTTT---TT--A--C-A
* * * * * * *
1278 TTTTTA-TTAAAACAGACTATAATTGAATG-TAT-AC-CTTGAGAA-ATGTGAATAAAAAGGCAT
48 TTTTTAGATAAAACAGATTATAATTGAATGCT-TGTCTCAT-AAAACATGT--AGAAAAAGCCAT
* * * * *
1338 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATAT-CTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTA
109 TCATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TTCAT-TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * * *
1401 AATAATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTA-ATTTTT-GGTTAAACAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* * * * * *
1464 TTATAATTGATTGAC-T-AC-CTTGAGAAACGTG-AGAAAAAAGACATTCA-TTGACAAGAAAAG
65 TTATAATTGAATG-CTTGTCTCAT-A-AAACATGTAG-AAAAAGCCATTCATTTG-GAAGAAAAG
** * * ** *
1524 TCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTG
125 TCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * *
1571 AATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTT-ATGTAGAATTC-TTTTACATTTTTTTGTTAAAATA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAT-TA-AATTCTTTTTACA-TTTTTAGATAAAACA
* ** * * * *
1634 GATTATAATTGAA-G---GTCTACCTTGAGAAAGGTGAACAAAAAGACATTCATTTGTAAGAAAA
63 GATTATAATTGAATGCTTGTCT--CAT-A-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAA
* ** * *
1695 GTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTA
124 GTCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TA
* * * *
1743 AAT-GGTTTATAATCCCCA-AATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGATAAAACAG
1 AATAGTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAG
* * ** *** * ** ** *
1806 ACTATAATTGAATGTTTACCTCGGGAAACGTAAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAAAAAAAAGTC
64 ATTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATT-T-GGAAGAAAAGTC
* * * * * *
1871 TATTTGTAGTCTCTTATTCCTTGAAATGCCTTATTACTCACTTT
127 CATTTATAGTCT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTA
* * * * * *
1915 AATAGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTAGAA-TATTTTTA-AGTTTTTAGTTAAAAAAG
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTA-AATTCTTTTTACA-TTTTTAGATAAAACAG
** * * * *** * ** * *
1978 GCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACGTAAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGCACA-AAAAGTC
64 ATTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-A-AGAAAAGTC
* * ** * **
2041 CATTGATAGT-TAGTTAAGCCTTCACAAGCCTTATTACTTGCTCTA
127 CATTTATAGTCT--TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACT-TA
* * * *
2086 AATAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTATACATTTTTAGTTAAAACAG
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTT-TACATTTTTAGATAAAACAG
* * * * * * * *
2150 ACTATAATTGAAATTC-T-AC-CTTGAGAAACATGAACAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGGAAAG
64 ATTATAATTG-AATGCTTGTCTCAT-A-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAG
** * **
2211 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGTTTTA
125 TCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTA
* * * * ** * * * *
2258 AATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTATTTTTTTTGTTAAAATAGT
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AATTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* * * * * *
2323 TTATAATTGAATG-TCTGTCTCAGAAAACATATATAAGAAGCCATTCATTGGGAAGAAAAGTCTA
65 TTATAATTGAATGCT-TGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCA
* * * * *
2387 TTTATAATCTCCCATTCCTTCCAAAGCCTTTTTACTCGCTTTA
129 TTTATAGTCT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * * *
2430 AAT-GATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAA-T-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
1 AATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAG
* ** * * * * * ** * *
2492 ATTATAGTTGAATGTCTACTTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGTATTTA-TTGGCAAGAAAAATC
64 ATTATAATTGAATG-CTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTC
* ** * *
2555 TATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
127 CATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA-CTTA
* * ** * * * *
2600 AAT-GATTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGCACT-TTTTTACATTTTTGGTTAAGAAAA
1 AATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAA-AACA
** * * * *** * ** * * **
2663 GGCTATAATAGAACG-TCTGCCTTGGAGAACATAAAGCAATAGCCAACCA-TTGGCACA-AAAAG
63 GATTATAATTGAATGCT-TGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-A-AGAAAAG
* * * ** * * * * * **
2725 TCCACTTATAGCCACTCAAGCCTTCAGACGCCTTCTAATTTGCTTTA
125 TCCATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * ** * * * *
2772 AATGGTTTTATAAACAAATAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* * * * * * *
2836 ATATAATTAAATGCCTGCCTTGA-AAAATATGTA-AAAAAGCCATTCATTTAGAAGAAAAGTCCA
65 TTATAATTGAATGCTTGTC-TCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCA
** * *
2899 TTTATAGTCAACCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
129 TTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * * *
2942 AATGGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACGGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* ** * * *
3005 CTATAATTGAATG-TCTACCTTGA-AAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTTGCAAGAAAAGTC
65 TTATAATTGAATGCT-TGTC-TCATAAAACATGTAGAAAAA-GCCATTCATTTGGAAGAAAAGTC
* * * * *
3067 TATTTATAGTCATCCATTCATTC-AAAGCGTTATTACTCAATTTA
127 CATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ACTTA
* * * * * * * * * *
3111 AGTGGTTTTATTATTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTAC-ATTTTTAGATAAAACAG
* * * *** * * *
3175 ATTATAATTCAATG-TTTTTTGGGAAAA-ATGTAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAGTCTA
64 ATTATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCA
* * * * **
3238 TTTATGGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCATTATTACTTGCTTTA
129 TTTATAGTCTTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * *
3281 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAAGAGA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA-TTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGA
* * * * ** * * *
3345 CTATAATTAAATACTTGCCTCA-AGAAATGTGTAGAAAAAGCCAATCATCTAGAAGAAAAGTCCA
65 TTATAATTGAATGCTTGTCTCATA-AAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCA
* * *
3409 TTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTA
129 TTTATAGTCT-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
* * * * * *
3452 AATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TACAATTTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAA-AA
1 AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTA-AA-TTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAG
* ** * * * * ** *
3515 ATTATAATTGAATGTTTACCTCGA-GAAATATGAAAAAAAAGGTATTCA-TTGGCAAGAAATGTC
64 ATTATAATTGAATGCTTGTCTC-ATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTC
* **
3578 CATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
127 CATTTATAGTC-TTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTA
3623 AAT
1 AAT
3626 GGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 2420, Mismatches: 516, Indels: 322
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.00
169 188 0.08
170 623 0.26
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173 249 0.10
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184 23 0.01
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187 9 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (169 bp):
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAATTAAATTCTTTTTACATTTTTAGATAAAACAGAT
TATAATTGAATGCTTGTCTCATAAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCTTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTA
Found at i:1173 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1143--1197 Score: 103
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
1133 AACATGCAGC
1143 AAAAG-CCATTTATTAGGAAG
1 AAAAGTCCATTTATTAGGAAG
1163 AAAAGTCCATTTATTAGGAAG
1 AAAAGTCCATTTATTAGGAAG
1184 AAAAGTCCATTTAT
1 AAAAGTCCATTTAT
1198 AGTCTCCCAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.15
21 29 0.85
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.16, T:0.29
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGTCCATTTATTAGGAAG
Found at i:2575 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1159--3628 Score: 2098
Period size: 342 Copynumber: 7.2 Consensus size: 339
1149 CATTTATTAG
* * *
1159 GAAG-AAAAGTCCATTTATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCT
1 GAAGAAAAAG-CCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCT
*** * * * *
1222 TATTACTTATTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAAAATTGACTTTAGGTTGAA-----TT-CTTTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTT
* * * * * ** * * *
1281 TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGTATACCTTGAGAAATGTGAATAAAAAGGCATTCATTAGC
129 TTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAGA-AAACAT-AACAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * *
1346 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-CCATATCTTTAAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAATTTT
192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCAT-TCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
1410 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-TAATTTTTGGTT-AAACAGATTATAATTG
255 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAT-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * *
1473 ATTGACTACCTTGAGAAACGT
319 AATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * *
1494 G-AGAAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCCTT
1 GAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT
* * * * * * *
1558 ATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTATGTAGAATTCTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
* * * * * ** * * *
1623 TTGTTAAAATAGATTATAATTGAAGGTCTACCTTGAGAAAGGTGAACAAAAAGACATTCATTTGT
129 TTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAGA-AAACAT-AACAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * * * *
1688 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTCTAAATG-GTTTA
192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTC-CTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * * * * * *
1752 TAATCCCCAAATTGATTTTAATTTGAATTCTTTTTACATTTTTGGATAAAACAGACTATAATTGA
256 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
* * * *
1817 ATGTTTACCTCGGGAAACGT
320 ATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * ** * *
1837 AAAGAAAAAGCCATTCATTGTCAAAAAAAAAGTCTATTTGTAGTCTCTTATTCCTTGAAATGCCT
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGC--AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCT
* * * * *
1902 TATTACTCACTTT-AATAGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATATTTTTA-AGTTT
64 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTT
* * * ** * *
1965 TTAGTTAAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGGAACGTAA-AGCAAAAGCCATCCATTG
128 TTTGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCC-TAGAAAACATAACA--AAAAGCCATTCATTG
* *** ** ** *
2029 GCACA-AAAAGTCCATTGATAGT-TAGTTAAGCCTTCACAAGCCTTATTACTTGCTCTAAAT-AG
190 GCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCCATTCCTTCA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-
* * * *
2091 TTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGACTAT
251 TTTTATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTT-TATATTTTTGGTTAAAACAGATTAT
2155 AATTGAAAT-TCTACCTTGAGAAACAT
314 AATTG-AATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * *
2181 GAACAAAAAGGCATTCATTGGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
* * * * * **
2246 TTACTCGTTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTTATTTTTTT
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTT
* ** * * * *
2311 TGTTAAAATAGTTTATAATTGAATGTCTGTCTCAGAAAACATATATAAGAAGCCATTCATTGGGA
130 TGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-AGAAAACATA-ACAAAAAGCCATTCATTGGCA
* * * *
2376 AGAAAAGTCTATTTATAATCTCCCATTCCTTCCAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGATTTTAT
193 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTT-CAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTAT
* * *
2441 AATCTAAAAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTGAAT
257 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* *
2505 GTCTACTTTGAGAAACGT
322 GTCTACCTTGAGAAACAT
** * * *
2523 GAAGAAAAAGGTATTTATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
** * * * * *
2588 TTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAAGTTGCACTTTTTTACATTTTTG
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * * * * **
2653 GTTAAGAAAAGGCTATAATAGAACGTCTGCCTTGGAGAACATAA-AGCAATAGCCAACCATTGGC
131 GTTAA-AAAAGACTATAATTGAATGTCTGCC-TAGAAAACATAACA--AAAAGCCATTCATTGGC
* * * * ** * * * * ** *
2717 ACA-AAAAGTCCACTTATAGCCACTCAAGCCTTCAGACGCCTTCTAATTTGCTTTAAATGGTTTT
192 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCA-AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * * * *
2781 ATAAAC-AAATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAACAGAATATAATTA
255 ATAATCTCAA-AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* * * *
2845 AATGCCTGCCTTGAAAAATAT
319 AATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * *
2866 GTA-AAAAAGCCATTCATTTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACCATTTCTTCAAAAGCCTT
1 GAAGAAAAAGCCATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTT
* *
2929 ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
65 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* ** * * * *
2993 GGTTAAAACGGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAGAAAAATG-CATTCATTTGC
130 TGTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAG-AAAACAT-AACAAAAA-GCCATTCATTGGC
* * * * * *
3057 AAGAAAAGTCTATTTATAGTCAT-CCATTCATTCAAAGCGTTATTACTCAATTTAAGTGGTTTTA
192 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTA
* * * * * * * *
3121 TTATTTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTCTATTTTTAGTTAAAATAAATTATAATTCA
256 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA
** * *
3186 ATGT-T-TTTTGGGAAAAAT
320 ATGTCTACCTTGAGAAACAT
* * * * * * * *
3204 GTAGAAAAAGCCATTAATTGGGAAGAAAAGTCTATTTATGGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCATTA
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
* *
3269 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
66 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
* * * ** * * * *
3334 GTTAAAAGAGACTATAATTAAAT-ACTTGCCTCA-AGAAATGTGTAGAAAAAGCCAATCATCTAG
131 GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTC-TGCCT-AGA-AAACAT-AACAAAAAGCCATTCAT-TGG
* * *
3397 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCTCTTTAAATGGTTTT
191 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTC-AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTT
* * * *
3461 ATAATCTCAAAATTGATTTTAA-TACAATTTTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAA-AAATTATAATT
255 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA--TTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
3524 GAATGTTTACCTCGAGAAATAT
318 GAATGTCTACCTTGAGAAACAT
* ** * * *
3546 GAAAAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAATGTCCATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
1 GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
*
3611 TTACTCACTTTAAATGGT
66 TTACTCGCTTTAAATGGT
3629 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1724, Mismatches: 340, Indels: 135
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
334 3 0.00
335 88 0.05
336 5 0.00
338 14 0.01
339 130 0.08
340 212 0.12
341 163 0.09
342 573 0.33
343 229 0.13
344 253 0.15
345 53 0.03
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (339 bp):
GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTT
GTTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTAGAAAACATAACAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACAT
Found at i:5638 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 5366--6063 Score: 646
Period size: 170 Copynumber: 4.1 Consensus size: 169
5356 NNNNNNNTTC
* * * * * *
5366 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
** ** *
5430 GCCTTTTTCCT-CATGTTTCTCAAGGTAGTCAATCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAA
66 GCCTTTTT-CTGCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATATAA
* *
5494 AAAACTTCAACTCAAAATGAATTTTGATATTAAAAAACTATTT
129 AAAA-TTCAACT-AAAATGAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
** *
5537 AAAGTGAGTACCAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATG-AT
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
** ** * * *
5600 GCCTTTTTCTTTATGTTTC-CTTGGGCAAACATTCAATTATAATCTGCTCTTATCAAAAATGTAA
66 GCCTTTTTCTGCATGTTTCTC-AAGACAAACATTCAATTATAATCTG-TTTTATCAAAAATAT-A
* * * *
5664 AAAAATTTCACCTAAAATGAATTATGAGATTAGAGAACCATTT
128 AAAAA-TTCAACTAAAATGAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
* * * *
5707 CAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAT-AGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TGCTAAATGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAA
* * * * *
5770 TCACCTTTTT-TGCATGTTTCTCAAGACCAACATTCAACTAGAATCTGTTTTAAACAAAAA-AGT
65 T-GCCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-ATCAAAAATA-T
* * * *
5833 AAAAGGAATTCAAATTAAAATGAATTTGGAGATTACAAAACCATTG
127 AAAA--AATTC-AACTAAAATGAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
* * * * *
5879 AAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACCATAAATAGACTTCTT-TTTCTCAATGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTT-TTCTTGCTCAATGAA
* *
5943 TGGCTTTTTCTGCATGTTT-TCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTATTTTATCCAAAAATATA
65 TGCCTTTTTCTGCATGTTTCTC-AAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAT-CAAAAATATA
* * ** *
6007 GAAAGAATTCAAATTAAAATCG-ATTTGGAGATTGTAAAACCCTTT
128 -AAA-AATTC-AACTAAAAT-GAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
6052 AAAGTGAGTAAT
1 AAAGTGAGTAAT
6064 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 433, Mismatches: 70, Indels: 46
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.02
170 126 0.29
171 108 0.25
172 87 0.20
173 100 0.23
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT
GCCTTTTTCTGCATGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATCAAAAATATAAAA
AATTCAACTAAAATGAATTTTGAGATTAAAAAACCATTT
Found at i:5747 original size:341 final size:343
Alignment explanation
Indices: 5367--5988 Score: 776
Period size: 341 Copynumber: 1.8 Consensus size: 343
5357 NNNNNNTTCA
* * * * *
5367 AAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAAGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-TCAATGAAT-
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTC-TGCTAAATGAATC
* ** * * * *
5430 GCCTTTTTCCT-CATGTTTCTCAAG-GTAGTCAATCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATA-T
65 ACCTTTTT--TGCATGTTTCTCAAGACCA-ACAATCAACTAGAATCTGTTTTAAACAAAAA-AGT
* * * * * * *
5492 AAAA-AACTTCAACTCAAAATGAATTTTGATATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTACCAAGGCTT
126 AAAAGAA-TTCAAATCAAAATGAATTTGGAGATTAAAAAACCATTGAAAGTAAGTAACAAGGCTT
* * * **
5556 TTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGC-CAATG-ATGCCTTTTTCTTTATGTTT
190 TTGAAGGAATGAGAGACCATAAATAGACTTCTT-TTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTGCATGTTT
** *
5618 CCTTGGGCAAACATTCAATTATAATCTGCTCTTATCAAAAATGTAAAAAAATTTCACCTAAAATG
254 CCTAAGACAAACATTCAATTATAATCTGCTCTTATCAAAAATGTAAAAAAATTTCACCTAAAATG
5683 AATTATGAGATTAGAGAACCATTTC
319 AATTATGAGATTAGAGAACCATTTC
* *
5708 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTGCTAAATGAATCA
1 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTGCTAAATGAATCA
*
5773 CCTTTTTTGCATGTTTCTCAAGACCAACATTCAACTAGAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAAG
66 CCTTTTTTGCATGTTTCTCAAGACCAACAATCAACTAGAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAA-
* * *
5838 GAATTCAAATTAAAATGAATTTGGAGATTACAAAACCATTGAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAA
130 GAATTCAAATCAAAATGAATTTGGAGATTAAAAAACCATTGAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAA
* * * *
5903 GGAATGGGAGACCATAAATAGACTTCTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTGCATGTTTTCTAAG
195 GGAATGAGAGACCATAAATAGACTTCTTTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTGCATGTTTCCTAAG
5968 ACAAACATTCAATTATAATCT
260 ACAAACATTCAATTATAATCT
5989 ATTTTATCCA
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 37, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
340 4 0.02
341 97 0.41
342 84 0.36
343 9 0.04
344 40 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTGCTAAATGAATCA
CCTTTTTTGCATGTTTCTCAAGACCAACAATCAACTAGAATCTGTTTTAAACAAAAAAGTAAAAG
AATTCAAATCAAAATGAATTTGGAGATTAAAAAACCATTGAAAGTAAGTAACAAGGCTTTTGAAG
GAATGAGAGACCATAAATAGACTTCTTTTGCTCAATGAATGCCTTTTTCTGCATGTTTCCTAAGA
CAAACATTCAATTATAATCTGCTCTTATCAAAAATGTAAAAAAATTTCACCTAAAATGAATTATG
AGATTAGAGAACCATTTC
Done.