Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401088.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4245.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3145
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Warning! 160 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1483 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 882--1483 Score: 500
Period size: 172 Copynumber: 3.5 Consensus size: 170
872 NNNNNNNNGG
* ** * * *
882 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTT-CACTATCTCGAGGTAGACATTCAACCATAACCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTACA-TATCTTAAGATAGACATTCAACTATAATCTG
* * * * * ******
946 TTTTAACCTAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAACTANNNNNN
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCAATTAAA
**** *
1010 NNNNGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAA
130 GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GAGACCATAAATAA
* * * ** * * * * *
1052 ACTTTTCTTCCCAATGAATGGATTTATCTATATGTTTCTTGAGACAGACAATCAATTATAATCTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCT-TACATATCTTAAGATAGACATTCAACTATAATCTG
** * * *
1117 TTTTAATTAAAAATGTGACAAAAATTGAACTTAAAAAT-AATTTTGAGATAATAAAACCATTTAA
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTT-AAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCAATTAA
* * *
1181 AGTGAGTATTAAAGC-TTTGAAAGGAATAGGAGACCATAAATGA
129 AGTGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGAAT-GGAGACCATAAATAA
* * *
1224 ACTTTTCTT-CCTAATGAATG-ACTTTTTC-TACATATTTTTCAAGATAGGCATTCAATTA-AAT
1 ACTTTTCTTGCC-AATGAATGCA-TTTTTCTTACATA-TCTT-AAGATAGACATTCAACTATAAT
* *
1285 CTGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCAAT
62 CTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCAAT
* *********
1350 TACAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACNNNNNNNNN
126 TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-GACCATAAATAA
* * * *
1396 NCTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTCACATATCTTAAGGTAGACATTCAACTATAGTTTG
1 ACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTT-ACATATCTTAAGATAGACATTCAACTATAATCTG
1461 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 TTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1484 TTCAATNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 71, Indels: 36
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 28 0.08
171 74 0.22
172 201 0.59
173 34 0.10
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ACTTTTCTTGCCAATGAATGCATTTTTCTTACATATCTTAAGATAGACATTCAACTATAATCTGT
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCAATTAAAG
TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGAGACCATAAATAA
Found at i:2377 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1590--3145 Score: 1360
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 171
1580 NNNNNNNNNN
* * *
1590 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTC-ATTTTAGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
* * * ** *
1654 TTAAAACA-AGTTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGTTA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
66 TTAAAACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAA
* * **
1717 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTTTTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
** * * *
1760 ACTCAATTTAAATGGCTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTTAC-ATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACTATTTTTG
* * * ** * *
1824 GTTAAGAAAAGGCTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TCTATTGAC
65 GTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTC-ATTGGC
* * ** * * * *
1888 ACGAAAAGTCCACTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCAGAAGTCTTCTA
127 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * * **
1933 ATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTGC-ATATTTCA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
* * * * * * * * * * *
1997 TTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGTAGGAAAAGGTATCCATTTG-AAA
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* *
2061 AAAAATCCATTTATAGTCA-CTCATTCTTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * *
2103 ACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTAC-ATTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
* * **
2166 TAAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGACAAAGTGTTCATTGGCAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAG
* * * *
2231 AAAACTCTATTTCTAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2273 ACTCACTTTAAATGGTTTTTTTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-CTGTTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
* * * * * *
2337 TTAAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTT-AGAAAACATGTAGAAAAAGCTATTAATTAGG-A
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATT-GGCA
* * * *
2400 AAAAAAGTCTATTTAT-GATCTTCCATTTCTTCAAAAGCCTTATT
128 AGAAAAGTCCATTTATAG-TCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * *
2444 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TATTTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
* * * * * * *
2508 TTAAAACAGACTATAATTGATTGCCTATCTCT-AGAATCATGTAGAAAAAGTCATTCATTTGAAA
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAA
* *
2572 GAAAAGTCCATTTATAG-CCTCCCGTTCCTTCAGAAA-CCTTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCAT-CCATTCCTTCA-AAAGCCTTATT
* * * **
2615 ACTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATAT-AATTTTTTTAAAATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACTATTTTTG
* * * ** * *
2679 GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAGAAAGCATTCATTGACGA
65 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAA
* * * *
2744 CAAATA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
129 GAAA-AGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * **
2787 ACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-GCTTTTGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
* * * *
2851 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGGAGAGAAAGACATTCATTAGCAAG
66 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAG
* * *
2916 AAAATTCGATTTATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCTTTATT
130 AAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ********** * * *
2958 ACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTCTTTGTAC-AGTTTTA
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACTATTTTTG
* * * * * *
3022 GTTGAAACAAATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGGAAAATGCATTCATTGGCAA
65 GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAA
* * * *
3087 GAAATGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
129 GAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
3130 ACTCGCTTTAAATGGT
1 ACTCGCTTTAAATGGT
Statistics
Matches: 1122, Mismatches: 225, Indels: 76
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 69 0.06
170 191 0.17
171 462 0.41
172 300 0.27
173 99 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACTATTTTTGG
TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGA
AAAGTCCATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATT
Found at i:2824 original size:514 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1594--2981 Score: 1508
Period size: 514 Copynumber: 2.7 Consensus size: 508
1584 NNNNNNACTC
* * * *
1594 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTCATTTTAGGTTAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * ** *
1659 ACAAG-TTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGTTAGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG
66 A-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAC
* ** * * *
1723 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTTTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATAACCTCA
129 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
1788 AAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAAAAGGCTATAATTGAATGTCTA
194 AAATTGATTTTAAGTT-CAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * ** * * **
1853 CCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCTATT--GACACGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAG
257 CCTTAGAAAACATGAAGAAAAAG-CAT-TATTAGGA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* * * * * ** * * *
1916 CCTTCAGAAGTCTTCTAATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAAT
318 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** * *
1981 TTTTTTGCATATTTCATTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGTAGGAAAA
383 TTTTTTACATATTTCATTAAAACAGACTATAATGGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAGGAAAA
* * * *
2046 GGTATCCATTTGAAAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTT
448 AGTATCCATTTGAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * *
2107 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATAGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * **
2170 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGACAAAGTGTTCATTGGCAAGAAAA
66 AA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GTGAA-GAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * *
2235 CTCTATTTCTAGTCATCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTTATCTC
128 CTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
2300 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-CTGTTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCCTG
193 AAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTAC-GTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTA
* * * *
2364 CCTTAGAAAACATGTAGAAAAAGCTATTAATTAGGAAAAAAAGTCTATTTAT-GATC-TTCCATT
257 CCTTAGAAAACATGAAGAAAAAGC-ATT-ATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACT-CATT
*
2427 TCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
318 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAAT
* * ** * * * *
2492 TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGATTGCCTATCTCT-AGAATCATGTA-GAAA
383 TTTTTTACATATTTCATTAAAACAGACTATAATGGAATGCCTACCT-TGAGAAACATGTAGGAAA
* * * *
2555 AAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGCCTCCCGTTCCTTCAGAAA-CCTTATTACTT
447 AAGT-ATCCATTTGAAA-AAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCA-AAAGCCTTATTACTT
* *
2619 GCTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAA-TATAATTTTTTTAAAATTTTTGGTTA
1 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTA-AATTTTTTT-ACATTTTTGGTTA
* * * *
2683 AAAAAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAGAAAGCATTCATTGACGACAAA
64 AAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA-GTGAAGAA-AAAGCATTCATTGGCAAGAAA
* *
2748 TA-TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
127 -ACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC
* * *
2812 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGCTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
191 TCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
* * * * * *
2877 ACC-TCGAGAAACATGGAGAGAAAGACATTCATTAGCAAGAAAATTCGATTTATAGTCACTCATT
256 ACCTTAGA-AAACATGAAGAAAAAG-CATT-ATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATT
* *
2941 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCACGTTAAATAGTTTTATAAT
318 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAT
2982 CTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 125, Indels: 51
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
510 12 0.02
511 171 0.24
512 133 0.18
513 143 0.20
514 254 0.35
515 11 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
AAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAAGTGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAACTC
TATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
ATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT
AGAAAACATGAAGAAAAAGCATTATTAGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAC
ATATTTCATTAAAACAGACTATAATGGAATGCCTACCTTGAGAAACATGTAGGAAAAAGTATCCA
TTTGAAAAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTT
Found at i:2840 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 1590--3142 Score: 1396
Period size: 343 Copynumber: 4.5 Consensus size: 342
1580 NNNNNNNNNN
* *
1590 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTTCA-TTTTAGG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA-G
* * ** *
1654 TTAAAACAAG-TTATAGTTGAATGTCTACCTCGAGTTA-GTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAA
65 TTAAAA-AAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA-GCATTCATTGACAA
* * ** ** * *
1717 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTTTTATTACTCAATTTAAATGGCTTTATA
128 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* * * * * *
1782 ACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAGAAAAGGCTATAATTGAA
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AACAGACTATAATTGAA
* ** * * * * *
1847 TGTCTACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCA-TC-TATTGACACGAAAAGTCCACTTATAGTCA
256 TGTCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCAT-TTGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTC-
* * * * *
1910 CT-CAA-GCCTTCAGAAGTCTTCTA
318 CTCCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * * * *
1933 ATTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTGCATATTTCA-
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTAG
* * * * * * * * *
1997 TTAAAACAGATTATAATGGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGT-AGGAAAAGGTATCCATTTG--A
65 TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AA-ATGTGAAGAAAAAGCATTCA-TTGACA
* * *
2059 AAAAAAATCCATTTATAGTCACTCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTA
127 AAAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* *
2123 TAATCTCATAATAGA-TTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAAACAGACTATAATTGAA
191 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * * * * * *
2187 TGTCTACCTTGAGAAACATGAAGGACAAAGT-GTTCATTGGCAAGAAAACTCTATTTCTAGTCAT
256 TGTCTACCTTGAGAAACATGTA-GAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCT
2251 -CAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
320 CCAATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * * *
2273 ACTCACTTTAAATGGTTTTTTTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTT-CTGTTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC-ATTTTTAG
* * * * * * *
2337 TTAAAACATATTATAATTGAATGCCTGCCTTAGAAAACATGT--AGAAAAAGCTATTAATT-AGG
65 TTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAA-ATGTGAAGAAAAAGC-ATTCATTGA-C
* * ** * * *
2399 AAAAAAAGTCTATTTAT-GATCTTCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
126 AAAAAAAATCCATTTATAG-TCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * *
2463 ATAATATCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGA
190 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
* * * *
2528 TTGCCTATCTCT-AGAATCATGTAGAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAG-CC
255 ATGTCTACCT-TGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCC
**
2591 TCCCGTTCCTTCAGAAA-CCTTATT
319 TCCAATTCCTTCA-AAAGCCTTATT
* * * * *
2615 ACTTGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATAT-AATTTTTTTAAAATTTTTG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTT-ACATTTTTA
* *
2679 GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTATCTTGAGAAATGTGAAGAAGAAAGCATTCATTGACGA
64 GTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAA-AAAGCATTCATTGACAA
* * *
2744 CAAATATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
128 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
* **
2809 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGCTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
193 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATG
* * * * * * * *
2874 TCTACCTCGAGAAACATGGAGAGAAAGACATTCATTAGCAAGAAAATTCGATTTATAGTCACT-C
258 TCTACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-CTCC
*
2938 -ATTCCTTCAAAAGCTTTATT
322 AATTCCTTCAAAAGCCTTATT
* * * ********** * *
2958 ACTCACGTTAAATAGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTTAAGTTGAATTCTTTGTACAGTTTTAG
1 ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTAG
* * *** * *
3023 TTGAAACAA-ATTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACAAGAAGGAAAATGCATTCATTGGCAA
65 TT-AAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAA-GAAAAAGCATTCATTGACAA
* ** *
3087 GAAATGTCCATTTATAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
128 AAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
3143 GGT
Statistics
Matches: 980, Mismatches: 188, Indels: 84
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 17 0.02
340 147 0.15
341 107 0.11
342 172 0.18
343 493 0.50
344 26 0.03
345 16 0.02
346 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (342 bp):
ACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGT
TAAAAAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGCATTCATTGACAAAAA
AAATCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
TCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCT
ACCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGTCATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCCTCCAATT
CCTTCAAAAGCCTTATT
Done.