Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397637.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_5827.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3227
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.08, T:0.45
Warning! 44 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:352 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 316--353 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
306 CTTTATAAGT
*
316 TTTTACGTCAATTCTTATAG
1 TTTTACGTCAATACTTATAG
336 TTTTACGTCGAA-ACTTAT
1 TTTTACGTC-AATACTTAT
354 CTATGTTAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.88
21 2 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.16, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TTTTACGTCAATACTTATAG
Found at i:452 original size:251 final size:250
Alignment explanation
Indices: 1--830 Score: 992
Period size: 251 Copynumber: 3.3 Consensus size: 250
* * * * *
1 TATTATGTTAACTCTCACACATTTATGTTAGGATTTAAAATTTAATTATTTCATCTTTATAAGTT
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAGTT
* * *
66 TTTACGTTAATTCTTACAATTTTACATCAAGATTTTTCTATG-TACATTTTAAA-C-TATAATTA
66 TTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTCAAGACTTTTCTATGTTA-ATTTTAAATCATA-AATTA
* * * **
128 TTTTTATCCTTATTATCCTTTATTTAAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAATACTTTTAGTTTG
129 TTTTTATCTTTATTAT-TTTTATTTAAAAATTAAAATTT-TATATCGTTACATACTTTTAGCCTG
* * * * * *
193 AAAATATAAATTTAAATATTTATTTTTTACTAAAATTAAATTTTGTTATTTAATTGATT
192 ATAATATAAATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTATTTAATTAATT
* ** * *
252 TATTATGTTAACTCTCACATGTTTACGTTAGGATTTAAAATTTAATTATTCCAACTTTATAAGTT
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAGTT
* * *
317 TTTACGTCAATTCTTATAGTTTTACGTCGAA-ACTTATCTATGTTAATTTTAAATCATAAATTAT
66 TTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTC-AAGACTTTTCTATGTTAATTTTAAATCATAAATTAT
* * * *
381 TTTTATCTTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAGTTATTATATTGTTACATACTTTTAACCCGAT
130 TTTTATCTTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATT-TTATATCGTTACATACTTTTAGCCTGAT
*
446 AATATAAATATAAATACTTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTATTTAATTAATT
194 AATATAAATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTATTTAATTAATT
* * * * * *
503 TATTACGTTAACTCTCACACATTTGCGTTAAGATTTAAAATGTAGTTAATCTACCGTTATAAGTT
1 TATTACGTTAACTCTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAGTT
* * * * * * *
568 TTTATGTCAATTCTTACAATTTTATGTCAAGGCTTTTTTATGTCAATTTTGAATGAT-AATTATT
66 TTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTCAAGACTTTTCTATGTTAATTTTAAATCATAAATTATT
* * *
632 TTTAT-TCTTATTATTTTTTATTT-AAAAGTAAAATTTTGAATATCATTACATATTTTTAGCCTG
131 TTTATCT-TTATTA-TTTTTATTTAAAAATTAAAATTTT--ATATCGTTACATACTTTTAGCCTG
* * *
695 ATAATATAAATACAAATGTTTATTTTTCATTAAAATTAAATCTTTTTTACTTAATTAATT
192 ATAATATAAATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAAAT-TTTTTTATTTAATTAATT
* * * * *
755 TATTACGTTGACAT-TCAAATATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACCTTTATAAGT
1 TATTACGTTAAC-TCTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAGT
819 TTTTACGTCAAT
65 TTTTACGTCAAT
831 ATTGAACTAT
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 69, Indels: 23
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
249 3 0.01
250 30 0.06
251 355 0.71
252 107 0.21
253 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (250 bp):
TATTACGTTAACTCTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACCTTTATAAGTT
TTTACGTCAATTCTTACAATTTTACGTCAAGACTTTTCTATGTTAATTTTAAATCATAAATTATT
TTTATCTTTATTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTTATATCGTTACATACTTTTAGCCTGATAA
TATAAATATAAATATTTATTTTTCATTAAAATTAAATTTTTTTATTTAATTAATT
Found at i:2145 original size:691 final size:685
Alignment explanation
Indices: 825--2335 Score: 1904
Period size: 691 Copynumber: 2.2 Consensus size: 685
815 AAGTTTTTAC
* *
825 GTCAATATTGAACTATAA-TTTTTTTTATTATTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAC
1 GTCAATATTGAACTATAATTTTTTTTTATTTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAA
* *
889 CACTTTTAGCACTAAAATATAAGTTTAAATATTTTTTATTTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATT
66 CACTTTTAGCACGAAAATATAAATTTAAATATTTTTTA-TTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATT
* ******
954 AACTTGTTACGTTAACTCTCACACATTTACATTAAGANNNNNNNNNNAATTATTTCATCTTTATA
130 AACATGTTACGTTAACTCTCACACATTTACATTAAGA----AAATTTAATTATTTCATCTTTATA
* * * **
1019 AATTTTTACTCCAATTGTTTCAGTTTTACGTCAAAACTTAAAAATTAAAATTTGTATATCGTTAA
191 AATTTTTACGCCAATTATTTCAGTTGTACGTCAAAACTTAAAAATTAAAATTCATATATCGTTAA
* * *
1084 AAACTTTTAGTTCGAGAATATAAATTGAAATATTTATTTTTCACTAAAGTTAGATTTTTTTTTAT
256 AAACTTTTAGTTCAAGAATATAAATTCAAATATTTATTTTTCACTAAAGGTAGATTTTTTTTTAT
* * * *
1149 TTAATTGACTTGTTACGTTAACTTTCACACGTTTACGTTAAGATTTAAAATTTATTTATTTCACC
321 TTAATTGACTTGTTACGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACA
* * * * * *
1214 TTTTTAAGTTTTTACTTCAATTCTTATAGTTTAACGTCAAGCTTTTCTATGTTAAATTTTTTTAA
386 TTTATAAATTTTTACGTCAATTCTCATAGTTTAACGCCAAGCTTTTCTATGTTAAATTTTATTAA
1279 ATATCAATTATTATCTAATTATGCTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATTATTAAACACTTTT
451 ATAT-AATTATTATCTAATTATGCTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATTATTAAACACTTTT
* ******
1344 AATCTAAGAATATAAATATAAATGTTTATTTTTCACTAAAATTAGAGTTTTTTACTTAANNNNNN
515 AATCCAAGAATATAAATATAAATGTTTATTTTTCACTAAAATTAGAGTTTTTTACTTAATTAACT
****************** *
1409 NNNNNNNNNNNNNNNNNNACATTTATGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACCTTTATAAGTT
580 TGTTATGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACCTTTATAAGTT
* * * * *
1474 TTTACGTTAATTTTTATAGTTTTACTTCAAGGCTT-ATCTAT
645 TTTACATCAATTGTTACAGTTTTACGTCAAGG-TTCATCTAT
* *
1515 GTCAATATTGACCTATAATTTTTTTTTATTTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAG
1 GTCAATATTGAACTATAATTTTTTTTTATTTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAA
1580 CACTTTTAGCACGAAAATATAAATTTAAATATTTTTTCATTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATT
66 CACTTTTAGCACGAAAATATAAATTTAAATATTTTTT-ATTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATT
** *******
1645 CGCATGTTACGTTAACTCTCACACATTTACGNNNNNNNNNNAAATTTAATTATTTCATCTTTATA
130 AACATGTTACGTTAACTCTCACACATTTAC----ATTAAGAAAATTTAATTATTTCATCTTTATA
*
1710 AATTTTTACGCCAATTATTAT-AGTTGTACGTCAAAACTTCAAAATTAAAATTCATATATCGTTA
191 AATTTTTACGCCAATTATT-TCAGTTGTACGTCAAAACTTAAAAATTAAAATTCATATATCGTTA
* *
1774 AATACTTTTAGTTCAAGAATATAAATTCAAATATTTATTTTTTACTAAAGGTAGA-TTTTTTTTA
255 AAAACTTTTAGTTCAAGAATATAAATTCAAATATTTATTTTTCACTAAAGGTAGATTTTTTTTTA
1838 TTTAATTGACTTGTTACGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCAC
320 TTTAATTGACTTGTTACGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCAC
1903 ATTTATAAATTTTTACGTCAATTCTCATAGTTTAACGCCAAGACTTTTCTATGTT-AATTTTCAA
385 ATTTATAAATTTTTACGTCAATTCTCATAGTTTAACGCCAAG-CTTTTCTATGTTAAATTTT--A
* * * *
1967 TTATAAT-T-ATTTTTATCTTTATTATTCTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATTATTAAATA
447 TTA-AATATAATTATTATC-TAATTATGCTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATTATTAAACA
*
2030 CTTTTAATCCAAGAATATAAATATAAATGTTTATTTTTTACTAAAATTAGAGTTTTTTACTTAAT
510 CTTTTAATCCAAGAATATAAATATAAATGTTTATTTTTCACTAAAATTAGAGTTTTTTACTTAAT
*
2095 TAACTTGTTATGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTAT
575 TAACTTGTTATGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACCTTTAT
* *
2160 AAGTTTTTATATCAATTGTTACAGTTTTACGTCAAGGTTCATTTAT
640 AAGTTTTTACATCAATTGTTACAGTTTTACGTCAAGGTTCATCTAT
* * *
2206 GTCAATTTTGAATTATAATTATTTTTATTATTTTTATTTTTATTTAAAAATTAAAATTTGTATAT
1 GTCAATATTGAACTATAATT-TTTTT-TTA----T-TTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATAT
* ** *
2271 CGTTAAACAATTTTAGTTCGAGAATATAAATTTAAATATTTATTTTTTATTAAAATTA-ATTTTT
59 CGTTAAACACTTTTAGCACGAAAATATAAATTT-AA-A--TATTTTTTATTAAAATTAGATTTTT
2335 T
120 T
2336 AATTGACTTG
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 90, Indels: 38
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
690 140 0.20
691 465 0.66
692 11 0.02
693 6 0.01
697 1 0.00
698 56 0.08
699 2 0.00
700 8 0.01
701 10 0.01
702 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.10, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (685 bp):
GTCAATATTGAACTATAATTTTTTTTTATTTTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATCGTTAAA
CACTTTTAGCACGAAAATATAAATTTAAATATTTTTTATTAAAATTAGATTTTTTTACTTAATTA
ACATGTTACGTTAACTCTCACACATTTACATTAAGAAAATTTAATTATTTCATCTTTATAAATTT
TTACGCCAATTATTTCAGTTGTACGTCAAAACTTAAAAATTAAAATTCATATATCGTTAAAAACT
TTTAGTTCAAGAATATAAATTCAAATATTTATTTTTCACTAAAGGTAGATTTTTTTTTATTTAAT
TGACTTGTTACGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAATTATTCCACATTTAT
AAATTTTTACGTCAATTCTCATAGTTTAACGCCAAGCTTTTCTATGTTAAATTTTATTAAATATA
ATTATTATCTAATTATGCTTTATTTAAAAATTAAAATTTATATATTATTAAACACTTTTAATCCA
AGAATATAAATATAAATGTTTATTTTTCACTAAAATTAGAGTTTTTTACTTAATTAACTTGTTAT
GTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTTAAAATTTAGTTATTTCACCTTTATAAGTTTTTACA
TCAATTGTTACAGTTTTACGTCAAGGTTCATCTAT
Found at i:2222 original size:251 final size:246
Alignment explanation
Indices: 1750--2393 Score: 791
Period size: 251 Copynumber: 2.6 Consensus size: 246
1740 TCAAAACTTC
*
1750 AAAATTAAAATTCATATATCGTTAAATACTTTTAGTTCAAGAATATAAATTCAAATATTTATTTT
1 AAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGTTCAAGAATATAAATT-AAATATTTATTTT
**
1815 TTACTAAAGGTAGATTTTTTTTATTTAATTGACTTGTTACGTTAACTTTCACACATTTACGTTAA
65 TTACTAAAATTAGA--TTTTTTA-TTAATTGACTTGTTA-GTTAACTTTCACACATTTACGTTAA
* * *
1880 GATTTAAAATTTAATTATTCCACATTTATAAATTTTTACGTCAATTCTCATAGTTTAACGCCAAG
126 GATTTAAAATTTAGTTATTCCACATTTATAAATTTTTACATCAATTCTCACAGTTTAACGCCAAG
*
1945 ACTTTTCTATGTTAATTTTCAATTATAATTATTTTTATCT-TTATTATTCTTTATTTA
191 ACTTTTCTATGTCAATTTTCAATTATAATTATTTTTAT-TATTATTATT-TTTATTTA
** * * *
2002 AAAATTAAAATTTATATATTATTAAATACTTTTAATCCAAGAATATAAATATAAATGTTTATTTT
1 AAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGTTCAAGAATATAAAT-TAAATATTTATTTT
*
2067 TTACTAAAATTAGAGTTTTTTACTTAATTAACTTGTTATGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAG
65 TTACTAAAATTAGA-TTTTTTA-TTAATTGACTTGTTA-GTTAACTTTCACACATTTACGTTAAG
* * * * * * * *
2132 ATTTAAAATTTAGTTATTTCACTTTTATAAGTTTTTATATCAATTGTTACAGTTTTACGTCAAG-
127 ATTTAAAATTTAGTTATTCCACATTTATAAATTTTTACATCAATTCTCACAGTTTAACGCCAAGA
* * *
2196 GTTCATT-TATGTCAATTTTGAATTATAATTATTTTTATTATTTTTATTTTTATTTA
192 CTT--TTCTATGTCAATTTTCAATTATAATTATTTTTATTATTATTATTTTTATTTA
* * * *
2252 AAAATTAAAATTTGTATATCGTTAAACAATTTTAGTTCGAGAATATAAATTTAAATATTTATTTT
1 AAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGTTCAAGAATATAAA-TTAAATATTTATTTT
* * * *
2317 TTATTAAAATTA-A--TTTT-TTAATTGACTTGTTACTTAACTTTTACTA-ATTTATGTTAAGAT
65 TTACTAAAATTAGATTTTTTATTAATTGACTTGTTAGTTAACTTTCAC-ACATTTACGTTAAGAT
**
2377 TTTCAATTTAGTTATTC
129 TTAAAATTTAGTTATTC
2394 TACCTGTACG
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 44, Indels: 21
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
243 37 0.11
244 15 0.04
246 4 0.01
249 1 0.00
250 76 0.22
251 137 0.40
252 71 0.21
253 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (246 bp):
AAAATTAAAATTTATATATCGTTAAATACTTTTAGTTCAAGAATATAAATTAAATATTTATTTTT
TACTAAAATTAGATTTTTTATTAATTGACTTGTTAGTTAACTTTCACACATTTACGTTAAGATTT
AAAATTTAGTTATTCCACATTTATAAATTTTTACATCAATTCTCACAGTTTAACGCCAAGACTTT
TCTATGTCAATTTTCAATTATAATTATTTTTATTATTATTATTTTTATTTA
Found at i:2334 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2302--2336 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
2292 GAATATAAAT
*
2302 TTAAATATTTATTTTTTA
1 TTAAATATTAATTTTTTA
2320 TTAAA-ATTAATTTTTTA
1 TTAAATATTAATTTTTTA
2337 ATTGACTTGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.69
18 5 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (18 bp):
TTAAATATTAATTTTTTA
Done.