Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401101.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4259.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4219
ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.08, T:0.27
Warning! 1187 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1600 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 807--2354 Score: 912
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
797 NNNNNNNNNN
* *
807 TTTTT-CATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGCATAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGCAAAAAAAG
* * * * *
871 CTACTCATTGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAGCCCTATTACTCTCTT
66 CTATTCATTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
935 TAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAA-
130 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
**************** * ** *
974 TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACAGACTATAATTGAAT-TTTTACTTGGAGAAACATG-AAGAA
1 TTT--TTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT-CAGAAACATGCAA-AA
* * * * * ** * *
1037 AAATGC-ATTCGTCAGCAAGACAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAATCTTTATTACT
62 AAA-GCTATTCAT-TGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * ********** *
1101 CGCTTTAAATTATTTTATNNNNNNNNNNTTGATTTTAAGTT-AAATG
125 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAA-G
* * * *
1147 TTTTTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTG-A--CTTTCTACTTAGAGAAACATG-AAGAA
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGC--CTT-CAGAAACATGCAA-AA
* * * * * * *********
1208 AAA-CACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNNNN
62 AAAGC-TATTCATT-GAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACT
* * * * *
1272 NACTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAATTTG--AT
125 CACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
** * * **
1316 TTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAATCCTTAAAAAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAA-CATGCAAAAAAA
* * * ********** * *
1381 TC-ATTTATTGAGAAAAAAAGTTCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACT
65 GCTATTCATTGA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * *
1445 TTAAATTCTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGATGAAAG
129 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
* ** * *
1487 TTTTTATATTTTTTACTAAAACAGAATATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACGTGCAAAAAAAG
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGCAAAAAAAG
* ** *
1552 CTATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTN
66 CTATTCATTGAAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
********* *
1617 NNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTT-AAAT
130 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
* * * * * * * *
1657 TGTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAA
1 T-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGCAAAAAAA
* * * ** *
1722 GAC-ATTCATTTGTAAAAAAACTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGTTTTATTACTCG
65 G-CTATTCA-TTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
1785 CTTTAAATTGTTTTATAACCTCAAAATTTATTTTAAGTT-AAATT
127 CTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAA-G
* * * *
1829 TTTTTACATTTATTATTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCC-TCGAGAAACATGTAAAAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTC-AGAAACATGCAAAAAAA
* * * * *
1892 ACTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTGATCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACT
65 GCTATTCATTGA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** *
1957 TTAAATTGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTG
129 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA-AG
* * * * *
2000 TTTTTTCATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGCATAAAAAC
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGCAAAAAAAG
* * * * * * *
2065 CTACTCATTGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCGCTCATT-TCTTCAAAAGCCCTATTACTCCCTT
66 CTATTCATTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* ********** **
2129 TAAATTATTTTATAATNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGAATT
130 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
* * * * * * *
2170 TTTTTATATTCTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTAG-ATTGAAAAACGTGCAAGAAAA
1 TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-GCCTTCAGAAACATGCAAAAAAA
* * * *
2234 GCTATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAGTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
65 GCTATTCATTGA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * *
2299 TCAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATG
129 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
2341 TTTTTACATTTTTT
1 TTTTTACATTTTTT
2355 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1028, Mismatches: 309, Indels: 84
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 3 0.00
168 1 0.00
169 121 0.12
170 234 0.23
171 604 0.59
172 61 0.06
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACATGCAAAAAAAG
CTATTCATTGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAAG
Found at i:2338 original size:342 final size:339
Alignment explanation
Indices: 807--2354 Score: 1032
Period size: 342 Copynumber: 4.5 Consensus size: 339
797 NNNNNNNNNN
* * * * * *
807 TTTTTCAT-TTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAACATGCATAAAAAG
1 TTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAG
* * * *
871 CTACTCATTGAGAA-AAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTGC-TTCAAAAGCCCTATTACTCTCT
66 CTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
* * * ******************
934 TTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAC
129 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
** ** * ** * * *
998 AGACTATAATTGAAT-TTTTACTTGGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTC-GTCAGCAAGACAAG
194 AGACTATAATTGAATGCCTGCCTT-AAGAAACATGAA-AAAAAAACATTCATTGAG-AA-AAAAG
* * * * * *******
1061 TCCATTTATAGTCACCCATTCCATCAAAATCTTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATNNNNNNN
255 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCA
*** *
1126 NNNTTGATTTTAAGTTAAAT
320 AAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * ** * *
1146 GTTTTTACACTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTG-A--CTTTCTACTTAGAGAAACATG-AAGA
1 TTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGC--CTT-GAGAAACGTGCAA-A
* * * *******
1207 AAAA-CACATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTAACTCATTCCTTCAAAAGCNNNNNNN
61 AAAAGC-TATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
*** * * * *
1270 NNNACTTTAAATTGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTAATTTG-ATT-TTTTT-TATTTTTTGT
123 CTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGT
* * * * *
1332 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTCAGAAATCCTTAAAAAAAATCATTTATTGAGAAAA
188 TAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAA-CATGAAAAAAAAACATTCATTGAG-AAA
********** * *
1397 AAAGT-TCATTTATANNNNNNNNNNCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAATTCTTTTATAA
251 AAAGTCT-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAA
* * * *
1461 TCTTATAATTGATTTTAAGATGAAA
315 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
1486 GTTTTTATATTTTTTACTAAAACAGAATATAATTGAATGCTTGCCTTCAGAAACGTGCAAAAAAA
1 TTTTTTATA-TTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAA
* * **
1551 GCTATTCATTAAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCT
65 GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** * * *
1616 NNNNNNNNNNTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTG-TTTTACATTTTTGGTTAAAAT
129 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* ** * * *
1680 AGACAATAATTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAAGACATTCATTTGTA-AAAAAACT
194 AGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAA-ACATTCA-TTG-AGAAAAAAGT
* ** * * *
1744 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAACCTCAA
256 CTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAA
* *
1809 AATTTATTTTAAGTTAAAT
321 AATTGATTTTAAGTTGAAT
* * * * *
1828 TTTTTTACATTTATTATTAAAA-AGACTATAATCGAATGCTTGCCTCGAGAAACATGTAAAAAAA
1 TTTTTTATATTT-TTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAA
* * * * *
1892 ACTATTCATTGAGAAAAAAAGTCCATTTATAGTGATCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCACT
65 GCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACT
********** *
1957 TTAAATTGTTTTATAATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAATTGTTTTTTCATTTTTTGTTAAAAC
129 TTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC
* * * * *
2022 AGACTATAATTGAATGCCTGCCTTGAGAAACATGCATAAAAACCTACTCATTGAGAAAAAAGTCT
194 AGACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAAC-ATTCATTGAGAAAAAAGTCT
* * * * * *******
2087 ATTTATAGTCGCTCATTTCTTCAAAAGCCCTATTACTCCCTTTAAATTATTTTATAATNNNNNNN
258 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAA
***
2152 NNNATTTTAAGTTGAAT
323 TTGATTTTAAGTTGAAT
* * * *
2169 TTTTTTATATTCTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTAG-ATTGAAAAACGTGCAAGAAA
1 TTTTTTATATT-TTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTT-GCCTTGAGAAACGTGCAAAAAA
* *
2233 AGCTATTAATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCGAGTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
64 AGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAC
* *
2298 TTCAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAA-TGTTTTTACATTTTTT
128 TTTAAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTT
2355 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 907, Mismatches: 265, Indels: 72
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 5 0.01
340 210 0.23
341 316 0.35
342 363 0.40
343 9 0.01
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
TTTTTTATATTTTTATTAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGAAACGTGCAAAAAAAG
CTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTT
AAATTGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAG
ACTATAATTGAATGCCTGCCTTAAGAAACATGAAAAAAAAACATTCATTGAGAAAAAAGTCTATT
TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTGAAT
Done.