Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401102.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_426.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 63829
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 18196 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:954 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13--4762 Score: 1516
Period size: 171 Copynumber: 28.1 Consensus size: 169
3 TTGGTTAGAA
* * * * *
13 AGATTATAATTGAATGTCTATCCTAG-GAAACATGAATAAAAACGCATTCATTGGCTAGAAAGGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * ********** * *
77 CTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAANNNNNNNNNNTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAA
64 CCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * *
142 AATTGATTTTCAGTTCAATTTGTTTTTATACTTTTAGTTAAAAT
128 AATTGATTTTAATTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
186 AGATTATAATTGAATGCCTACCTT-AGGGAATATGTAGAAAAAGTCATTCATTGGAAAAAAAAAA
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCATTGG--CAAGAAAA
* ** * **********
250 GTCCATTTATGGTCTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNNNATCTC
62 GTCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
315 ATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTCTTATATTTTT-GACTAAAAC
126 ATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC
* * * * * ** * * *
359 AGA-CATTAATTGAGTGTTTACCTAGACAAATGTGAAGAAAAA-TACCTTTATTGGTAAGAAAGG
1 AGATTA-TAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTA--TTCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * * * * *
422 TCAATTTATAGCCACCCATTCCGTCAAAAACTTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATTATCTCA
63 TCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** **
487 AAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTCAATGTTTTTAGTTAAAAC
127 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * *
530 AGATTATAATTAAATGTCTAGGCC--AAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAG
1 AGATTATAATTGAATGTCTA--CCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAG
* * ************ *
593 TCTATTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCTTTNNNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAATATCA
63 TCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
658 AAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGATAAAAC
127 TAATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
** * * * * * *****************
702 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACATAAAGATCAAGGCAATNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
***** *
767 NNNNNATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TACACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* *
831 AATTGATTTTAATTTGAGTTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAAC
128 AATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * *
874 AGATTATAATTGAATGTCTATCTCGACAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * *
939 CATTTGTATTCACCCATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
65 CATTTATAGTCACCCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * *
1004 ACTGGTTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTTT-GATTAGAAC
129 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAAC
* * * * *
1045 ATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAAAAAAAGTTTTCATTGACAAGAAAAGTCC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
1110 ATTTACAATCATCCATTCTTTCACAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATAATCTCAA
66 ATTTATAGTCACCCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GGTTT-TATAATCTCAT
* * *
1175 AATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAATA-
128 AATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAA-AC
* * * * *
1218 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAATGCATTCATTTGTAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * *
1283 TATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATGTCATA
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
*
1348 ATTGATTTTATTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
129 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
1389 AGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGGCATTGATTGGCAAGAAAAGTA
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *** *
1454 CATTTATAATTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATA
65 CATTTATAGTCACCCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
1519 ACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA--TTT--TT-----
129 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** * * * **
1550 -GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAATGTCAAGAAAAGAGCATTTATTGATAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAA-AGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *********** *
1614 TATTTATAGTCACCAATTGCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCNNNNNNNNNNTAATCTCAAA
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
1679 ATTGATTTTGAGTTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
129 ATTGATTTT-AATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * ** * * *
1721 AGATGATAATTGAATGTCTAGCAAGAGTAACATAAAGACAAAAGTATTCATGGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ** *
1786 CATTTAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACCCACTTTAAATGACTTTCTAATCTCATA
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ********* *
1850 ATTGATTTTAAGTTAAATNNNNNNNNNNTTTTTA-TTAAAAT
129 ATTGATTTTAATTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * ** * * * *
1891 AGACTATAATTGAATGCCTGGCTT-AGGAACATGTAGACAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAG-
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * ** ** * * * *
1953 CCTATTTATACTCTCTTATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATATTA
64 CC-ATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* *
2018 TAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
127 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * *
2061 AGAGTACAATTGAATG-------T--G--A-A-G-A-AAAATGCATTCATTGGCTAGTAAGGTCT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
** * ********** *
2111 ATTTATAGTCACTAATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
66 ATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
2176 TTAATTTTCAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTGGCTAAGAT
130 TTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
** * * * * * * *
2217 AGATTATAATTGAATACCT-GCATCAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAAAAAAG
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTG-GCAAGAAAAG
* * * * * **********
2280 TGCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACATTAAATGNNNNNNNNNNCTCA
63 TCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * *
2345 TAATTGATTTTGAGTTGAATTTTCTTATATTTTTTGTTAAAAC
127 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
2388 AGACTATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACCTGAAGAAAAATGTATTCATTGGCAAGAAAGGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ********** * * * * *
2452 CTATTNNNNNNNNNNCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAATGATTTTATTATCTCAA
64 CCATTTATAGTCACCCATTCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
2517 AATTGATTTTCAA-TTCAAATTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
128 AATTGATTTT-AATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * **
2559 AAATTATAATTGAAT-TATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAACAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ********** * *
2623 TATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTTAAA
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * *
2688 ATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAAC
129 ATTGATTTTAA-TTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * *
2730 ATATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCATTGTCCAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * *
2795 TATTTATAGTCACCCATTAATTTAAAAGCCTTA-TA--CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ***********************
2857 ATTGAGTTAAATTTGAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 ATTGATTTTAATTTGAAT----TTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
******************************** * * * ***
2902 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC-A-CCCA
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACAT-G-AAGAAAAAGT--ATTCATTGGCAAGAAAA
* * * * * * * *** * *
2964 TTTC-TTTA-A--AAGCC-TT-ATT---A-CCTGATTTAAATGGTTTTATAA---TCTCATAAT-
62 GTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAGCCTTA-TT-ACTCACTTTA-AATGGTTTTATAATC
* * * * * ** *
3015 TGAT-TTTAATTTGAA-TTG--TTTGTACA-TTTTTT-GTTAAAAC
124 TCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * * **
3055 AGATTATAATTGAATGTCAATCTCGAGTAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGTTAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATG-AAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
3120 GATTTATATTTACCTATTCCTTCAAAAACGTTATTACTCACTTTGAATAGTTTTATAATCTCATA
65 CATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** ******* *
3185 ATTGATTTTAGGTT-ANNNNNNNNNNTA-TTTTTTA-TTAAAAC
129 ATTGATTTTAATTTGA---ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
** * * **
3226 AGATTATAATTGAATGTCTGGCTT-AGGAAATATGAAAAAAAAAGTATTCATTGATATA-AAAAG
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAACATG-AAGAAAAAGTATTCATTGGCA-AGAAAAG
* * * *
3289 TCCGTTTATAGTCACCTATTTCTTTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTAGAATC-CT
63 TCCATTTATAGTCACCCA-TTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-
* * * * * * *
3353 AGAATTTATTTTAAATTGAATTTTTTTTTATATTTTTGGCTAAAAT
126 ATAATTGATTTTAATTTGAA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * *
3399 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGTTTTCATTAGCAAGAAAAATC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * ********** *
3464 CATTTCTAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTNNNNNNNNNNATAATCTCAAA
65 CATTTATAGTCACCCAT-TCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
3529 ATTGATTTTAAGTTCAA---TTTT---TTTTT-GTTAAAAC
129 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * ** * *
3563 AAATCATAATTGAATGTGTACATCAAGAAATATGAAGAAAAA-TACATTCATTGACAAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT--ATTCATTGGCAAGAAAAGT
***************************
3627 CCATTTATAGTCACCCATTC-TT----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATCTCATA
64 CCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
3687 ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAGAAC
129 ATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAAC
* * * ** * *
3728 AGAATATAATTCATTGTCGGCCTTGGGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGTAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAG-TATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * ********* *
3793 CATTTATATTCACTCATNNNNNNNNNNGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTTTAATCTCGA-
65 CATTTATAGTCACCCAT-TCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AT
** * *
3857 AATTGATTTTAGCTTGAATTCTTTATACTTTTTTAGTTAAAAC
128 AATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* *
3900 AGACTGTAATTG-ATCGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-TACATTCATTGGCAAGAAAAG
1 AGATTATAATTGAAT-GTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT--ATTCATTGGCAAGAAAAG
* ** *
3963 TCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGAATTATTACTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCA
63 TCCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
4028 TAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTAGTTAAAAT
127 TAATTGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
** * *
4070 AGATTATAATTGAATGTCTGA-CTT-AGGAAATGTGAAGAGAAAGGTATTCATT-G-AAAAAAAG
1 AGATTATAATTGAATGTCT-ACCTTGA-GAAACATGAAGA-AAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAG
* ******************************** *
4131 CCCATTTATAG----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGCTTTATAATCTCAT
63 TCCATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
4192 AATTGATTTTAGA-TTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAAC
128 AATTGATTTTA-ATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * *
4234 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGA
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
4298 CCATTTGTAGTCACCGATTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCACATTAAATGGCTTTATAATCTCAT
64 CCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
4363 AATTGA-TTT-ATATTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAAC
128 AATTGATTTTAAT-TTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* **
4404 AAATTATAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-GTATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
4469 CATTTATCA-CCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCAA
65 CATTTAT-AGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** *
4533 AATTAATTTTAGTTTGAATTCTTTGCACATTTTTAGTTAAAAT
128 AATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
********** * *
4576 AGATTATAATNNNNNNNNNNCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAA-TACATTCATTGGCAAG-AATGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGT--ATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
4639 CGATTTATAATCATCTATTCCTTTAAAAGCATTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAA
64 CCATTTATAGTCACCCATT-CTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
4704 AACTT-ATTTTAGTTTGAATTCTTTCTACATTTTTTGTTTAAAC
128 AA-TTGATTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
*
4747 ATATTATAATTGAATG
1 AGATTATAATTGAATG
4763 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3280, Mismatches: 1101, Indels: 394
0.69 0.23 0.08
Matches are distributed among these distances:
151 7 0.00
152 4 0.00
153 8 0.00
154 8 0.00
155 73 0.02
156 35 0.01
157 3 0.00
158 38 0.01
159 2 0.00
160 106 0.03
161 21 0.01
162 25 0.01
163 44 0.01
164 153 0.05
165 85 0.03
166 31 0.01
167 8 0.00
168 38 0.01
169 86 0.03
170 464 0.14
171 920 0.28
172 716 0.22
173 272 0.08
174 68 0.02
175 65 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
AGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
ATTTATAGTCACCCATTCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
Found at i:1063 original size:515 final size:512
Alignment explanation
Indices: 310--1554 Score: 1123
Period size: 515 Copynumber: 2.4 Consensus size: 512
300 NNNNNNNNNN
* * * * *
310 ATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATTTTCT-TATATTTTT-GACTAAAACAGA-CATTAATTGA
1 ATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTT-TGTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTA-TAATTGA
* ** * ** * * * * * ***
372 GTGTTTACCTAGACAAATGTGAAGAAAAATACCTTTATTGGTAAGAAAGGT-CAATTTATAGCCA
63 ATGTCCACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTAC-ATTTATAATTA
** * * * * * *
436 CCCATTCCGTCAAAAACTTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTCAG
127 CCCATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT-AG
* * *
501 TTCAATTTTTCA-ATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTAGGCC-AAGAAACATG
191 TTAAATTTTTTACAT-TTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA--CCTAAGAAACATG
* * * * *
564 AAGAAAAAGGTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTT-AAAAGCTTT
252 AA-AAAAAAGTATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTT
************
627 NNNNNNNNNNNNAAAT-GGTTT-TATAATATCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATT
314 ATTACTTACTTTAAATAGGTTTATATAATATCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATT
** ****
690 TTTAGATAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACATAAAGATCAAGGCAATNNNN
379 TTTAGATAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACATAAAGAAAAAGGCAATCATT
****************** * * * *
754 NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA-TACACTTTAAATGGT
443 TGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTACTACT-CACCTTAAATAGT
818 TTTATA
507 TTTATA
* *
824 ATCTTATAATTGATTTTAATTTGAGTTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATT-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * *
889 GTCTATCTCGACAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGT-ATTCACC
65 GTCCACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAATT-ACC
* * *
953 CATTCTTTCAAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTAGGTT
129 CATTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTA-GTT
* * * **
1018 AAATTTTTTTACATTTTTGATTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAAAA
193 AAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TAAGAAACATGAAAA
* * *
1083 AAAAGTTTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCCATTCTTTCACAAGCCTTATTACTT
256 AAAAGTATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTT
* * * * * *
1148 ACTTTAAATAGTTTTATATAATCTCAAAATTGATTTCAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTT
321 ACTTTAAATAGGTTTATATAATATCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGAT
** * * * * *
1213 AAATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGATGAAAAATGCATTCATTTGTAAGAA
386 AAATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACATAAAGAAAAAGGCAATCATTTGTAAGAA
*
1278 AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATA
451 AAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATA
* * *
1340 ATGTCATAATTGATTTTATTTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * * * * *
1405 TCCACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGGCATTGATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAATTACCCA
66 TCCACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAATTACCCA
* ** *
1470 TTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAAGTTG
131 TTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATA-GTTTTATAATCTCATAACTGATTTT-AGTTA
1534 AATTTTTTACATTTTTGATTA
194 AATTTTTTACATTTTTGATTA
1555 TAATTGAATG
Statistics
Matches: 584, Mismatches: 127, Indels: 40
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
513 6 0.01
514 94 0.16
515 308 0.53
516 172 0.29
517 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (512 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCCACCTCGACAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAATTACCCA
TTCTTTCAAAAGCCTTACTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGTTAAA
TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTAAGAAACATGAAAAAAAAG
TATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAATCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTT
AAATAGGTTTATATAATATCAAAATTGATTTAAATTTAAATTCTTTGTACATTTTTAGATAAATA
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCCAGAAACATAAAGAAAAAGGCAATCATTTGTAAGAAAAGTC
TATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATA
Found at i:1170 original size:344 final size:344
Alignment explanation
Indices: 776--2874 Score: 1085
Period size: 344 Copynumber: 6.2 Consensus size: 344
766 NNNNNNATAG
* *
776 TCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTA-TACACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTTATAATTGAT
1 TCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACT-TACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* *
838 TTTAATTTGAGTTCTTTGTACATTTTTAGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCGACA
64 TTTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACA
* * *
902 AACATGAAGAAAAA-GATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTGTATTCACCCATT-CTTTCAAA
128 AACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAA
** * *
965 AGTCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGGTTTTAGGTTAAATTTTTTTAC
191 AACCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTAC
* * * * **
1030 ATTTTT-GATTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACATGAA-AAAAAAGTTTTC
256 ATTTTTAG-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTC
*
1093 ATTGACAAGAAAAGTCCATTTACAA
320 ATTGACAAGAAAAGTACATTTACAA
* * * *
1118 TCATCCATTCTTTCACAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATAATCTCAAAATTGATT
1 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTT-TATAATCTCATAATTGATT
* * * *
1183 TCAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTTGTTAAATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAA
65 TTAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAA
* * * * * *
1248 CGTGATGAAAAATGCATTCATTTGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAACC
130 CATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACC
* * ** *
1313 TTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTATTTTGAATTTTTTTACATTT
195 TTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTT
* ** * *
1378 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGGGCATTGATTGG
260 TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGA
*
1443 CAAGAAAAGTACATTTATAA
325 CAAGAAAAGTACATTTACAA
* ** *
1463 TTACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGTTTTAAA-AGGTTTTATAATCTCATAACTGATTT
1 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * *
1527 TAAGTTGAATT-TTT-TACA---TT--TT---T--GATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAT
66 TAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAAC
* * * ** * * * * *
1580 GTCAAGAAAAGA-GCATTTATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTGCTTCAAAAGCC
131 ATGAAGAAAA-ATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACC
* * *********** * * * *
1644 TTATTACTCACTTTCNNNNNNNNNNTAATCTCAAAATTGATTTTGAGTTTAAATTTTTTTATATT
195 TTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTT-AGGTTAAATTTTTTTACATT
* * * * ** * * * * *
1709 TTTAGTTAAAATAGATGATAATTGAATGTCTAGCAAGAGTAACATAAAGACAAAAGTATTCATGG
259 TTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTG
* * * *
1774 GCAAGAAAAGTCCATTTAGAG
324 ACAAGAAAAGTACATTTACAA
* ** ** *
1795 TCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TACCCACTTTAAAT-GACTTTCTAATCTCATAATTGATTT
1 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * ********** * * ** * **
1858 TAAGTTAAATNNNNNNNNNNTTTTTA-TTAAA-ATAGACTATAATTGAATGCCTGGCT-TAGGAA
66 TAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAA
* * * * ** **
1920 CATGTAGACAAA-GCCATTCATTTGG-AAGAAAAG-CCTATTTATACTCTCTTATTCCTTCGAAA
130 CATGAAGAAAAATG-CATTCA-TTGGCAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * * * * * * * * * * *
1982 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTATATAATATTATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACA
192 ACCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACA
* * *
2047 TTTTTAGTTAAAACAGAGTACAATTG-A-----A---T--G-----TGAAGAAAAATGCATTCAT
257 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * * * *
2096 TGGCTAGTAAGGT-CTATTTATAG
322 TGACAAGAAAAGTAC-ATTTACAA
** * ********** * *
2119 TCACTAATTCCTTCAAAAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAAT-GGTTTTATAATCTCAAAATTAATTT
1 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * * * * * ** * * *
2183 TCAGTTCAATTGTTTTTATATTTTTGGCTAAGAT-AGATTATAATTGAATACCTGCATC-AGGAA
66 TAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAA-ATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-CAA
* * * * * * *
2246 ACGTGTAGAAAAA-GCCATTCATTGAG-AAAAAAAGTGCATTTATGGTCTCCCATTCCTTCAAAA
129 ACATGAAGAAAAATG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAA
* * * ********* * * *
2309 GCCTTATTACTCACATTAAAT-GNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTT-GAGTTGAATTTTCTTA
192 ACCTTACTACTCACCTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAACTGATTTTAG-GTTAAATTTTTTTA
* * * ** * * *
2372 TATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACCTGAAGAAAAATGTATT
255 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCT-TGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATT
* * *****
2436 CATTGGCAAGAAAGGT-CTATTNNNNN
319 CATTGACAAGAAAAGTAC-ATTTACAA
***** * * * *
2462 NNNNNCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTATTTTAAAT-GATTTTATTATCTCAAAATTGATTT
1 TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
** * * * *
2526 TCAATTCAAATT-TTT-TATATTTTTAGTTAAA-ACAAATTATAATTGAAT-TATACCTCGAGAA
66 T-AATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATA-AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAA
* ** * * * *
2587 ACATGAAGAAAAA-GATATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACACATTCCTTCAAAAG
129 ACATGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAA
* *********** * * * * *
2651 CCTTATTACTNNNNNNNNNNGGTTTTATAATCTTAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTGTTTTACA
193 CCTTACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTT-AAATTTTTTTACA
* * * * * * *
2716 TTTTTGGTTCAAACATATTATAATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCAT
257 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCAT
* * * *
2781 TGTCCAGAAAAGT-CTATTTATAG
322 TGACAAGAAAAGTAC-ATTTACAA
* * *
2804 TCACCCATTAATTT-AAAAGCCTTA-TAC--ACTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCAAAATTGAGT
1 TCACCCATT-CTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
2864 TAAATTTGAAT
65 TTAATTTGAAT
2875 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1347, Mismatches: 346, Indels: 132
0.74 0.19 0.07
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 52 0.04
325 39 0.03
326 27 0.02
327 119 0.09
328 2 0.00
329 1 0.00
331 148 0.11
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333 2 0.00
334 1 0.00
336 4 0.00
337 3 0.00
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341 172 0.13
342 173 0.13
343 117 0.09
344 230 0.17
345 69 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (344 bp):
TCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAATTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAATAAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGACAAAC
ATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAACCT
TACTACTCACCTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTACATTTT
TAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCCACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC
AAGAAAAGTACATTTACAA
Found at i:2706 original size:170 final size:162
Alignment explanation
Indices: 2503--2828 Score: 361
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
2493 TTTTAAATGA
* *
2503 TTTTATTATCTCAAAATTGATTTTCAATTCAAATT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAATTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
* *
2567 ATTGAAT-TATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATA
66 ATTGAATGTATAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATA
**
2631 GTCACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTNNNNNNNNNNGG
131 GTCACACATTAATTCAAAAGCCTTATTACT----------GG
* * * *
2673 TTTTATAATCTTAAAATTGATTTT-AAGTTCAAATTGTTTTACATTTTTGGTTCAAACATATTAT
1 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAA-TTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTAT
* * * * ** *
2737 AATTGAATGTCTAACTTGAGAAACATGAAGCAAAAGGCATTCATTGTCCAGAAAAGTCTATTTAT
65 AATTGAATGTATAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTAT
* *
2802 AGTCACCCATTAATTTAAAAGCCTTAT
130 AGTCACACATTAATTCAAAAGCCTTAT
2829 ACACTTTAAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 30 0.22
171 32 0.24
172 70 0.52
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTCAATTCAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATA
ATTGAATGTATAACTCGAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTATA
GTCACACATTAATTCAAAAGCCTTATTACTGG
Found at i:4402 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 4174--4585 Score: 537
Period size: 170 Copynumber: 2.4 Consensus size: 170
4164 NNNNNNNNNN
*
4174 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATT
1 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGA-TTTATATTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATT
*
4239 ATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATT
65 ATAATTGAATGTCTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATT
* * * *
4303 TGT-AGTCAC-CGATTCCTTCAAAAGTCTTATTACCCACATTAA
129 TATCA-CCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACCCACATTAA
*
4345 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTATATTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAAATTA
1 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTATATTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTA
* * *
4410 TAATTGAATGTCTGTCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
66 TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTA
* *
4475 TCACCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAA
131 TCACCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACCCACATTAA
* * * * * * * *
4515 ATGGTTTTGTAATCTCAAAATTAATTT-TAGTTTGAA-TTCTTTGCACATTTTTAGTTAAAATAG
1 ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTATA--TTGAAGTT-TTT-TACATTTTTGGTTAGAACAG
4578 ATTATAAT
62 ATTATAAT
4586 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 21, Indels: 13
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 152 0.71
171 36 0.17
172 23 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTATATTGAAGTTTTTTACATTTTTGGTTAGAACAGATTA
TAATTGAATGTCTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGACCATTTA
TCACCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACCCACATTAA
Found at i:5851 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 5567--5897 Score: 326
Period size: 172 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
5557 TTTATAATCA
5567 CAAAATTAATTTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATAAAATGTCT
1 CAAAATTAATTTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATAAAATGTCT
* * * * * * *
5632 ACCACAATAAACATGAAGAAAAATATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTT
66 ACCACAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTAACAGCCACCCATTT
*
5697 CTATAAAAGTCTTATTACTC-ACTTTAAATGGT
131 CT-TAAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGT
* *
5729 NNNNNNNNNNCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTATATTTTTTA-TTAAAA-TAAATTAT
1 ----------CAAAATTAATTTTAATTTGAATTCTTTGTATA-TTTTTAGTTAAAACT-AATTAT
** * * ** * * *
5792 AATTTAATTTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGACATTCAGTAGCAATATAAGTCCATTAAT
54 AATAAAATGTCTACCACAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTAAC
* *
5857 AGCCACCTATTTCTTAGAAGCCTTATTACTCGATTTAAATG
119 AGCCACCCATTTCTTAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATG
5898 ATCTTATAAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 21, Indels: 7
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 24 0.18
172 105 0.78
173 6 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
CAAAATTAATTTTAATTTGAATTCTTTGTATATTTTTAGTTAAAACTAATTATAATAAAATGTCT
ACCACAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAGTAGCAAGAAAAGTCCATTAACAGCCACCCATTT
CTTAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGT
Found at i:7336 original size:173 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7033--8227 Score: 1154
Period size: 172 Copynumber: 7.0 Consensus size: 171
7023 NNNNNNNNNN
*
7033 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
1 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
* * * * * * *
7098 AGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTATAAAAGTCTTATT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* * *
7163 AGTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAGAATTAATTTTAGT
131 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAGT
* * ** * *
7205 TTGAATTATTTGTACATTTTTTTGTTAAAACAGACCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
1 TTGAATTCTTTGTACA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATG
* ** * * ***
7270 AAGAGAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGCCATTTATTCCTTTAAAAGCCTTAT
65 AAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* * *
7335 TACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCCAAATTGATTTTAAT
130 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT-CAAATTGATTTTAGT
* * * *
7378 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGA
1 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
* * *** * ** *
7443 AGAAAAAGGCATTCATGGGTAAGAAAAGTATGTTTATAGTCACCTATTTTTTTAAAAGCCTTGTT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* *
7508 ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGT
131 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC-AAATTGATTTTAGT
* * * * *
7550 TTGAATTCTTTGTACATTTTAAGTTAGAACAGATTATAAGTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGA
1 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
* * * * *
7615 AGAAAAAGGTATTCATTTGAAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* *
7680 TCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCACAATTGATTTTA-T
131 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAGT
* * * * * *
7721 GTTGAATGTTTTTTTACATTTTTAGTCAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACG
1 -TTGAAT-TCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACA
* * * * * * *****
7785 T-AA-AAAAAAGTATTCATT-GAAAGAAGAG-CTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAANNNNN
63 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCT
***** * * *
7846 NNNNNCTCA-TATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGA
127 TATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAGT
* * * * * * * *
7892 TTGAATT-TTTTTATATTTTTATTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACA-CA
1 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
* * * * * *
7955 AAAAAAAGGTATTCATTGGCAACAAAAGTCTATTTCTAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
66 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* *
8020 ACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAAT
131 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATTTTAGT
* * ** ** *
8062 TTGAA-TCTTTTATACATTTTTGGTTAAAATTGATTATAATCAAATGTCTACCAT-AGAAAACAT
1 TTGAATTC-TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG-AAACAT
* * * ** * * *
8125 GAA-AAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATTGTCACCCATCCCTTTAAAGGCCTTA
64 GAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTA
**
8189 TTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-AATTGATT
8228 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 165, Indels: 41
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 46 0.05
169 18 0.02
170 138 0.16
171 147 0.18
172 294 0.35
173 190 0.23
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAATTGATTTTAGT
Found at i:7741 original size:345 final size:341
Alignment explanation
Indices: 7033--8227 Score: 1206
Period size: 345 Copynumber: 3.5 Consensus size: 341
7023 NNNNNNNNNN
* * * * *
7033 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
** * * * *
7098 AGAAAAATGCATTCATTGCCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATTTCTATAAAAGTCTTATT
66 A-AAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATT
* * * * *
7163 AGTCACTTTAAATGGTTTTCTAATCTCAGAATTAATTTTAGTTTGAATTATTTGTACATTTTTTT
130 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTGAATT-TTTGTACA-TTTTTA
* ** ** * * ***
7228 GTTAAAACAGACCATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAGAAATACATTCATTGGCAA
193 GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA
* * *** *
7293 GAAAAGCCCATTTATAGCCATTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATA
257 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
*
7358 ATGTC-CAAATTGATTTTAAT
322 ATCTCAC-AATTGATTTTAAT
* * * *
7378 TTGAATTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAACAAATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAACATGA
1 TTGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
* * * ** *
7443 AGAAAAAGGCATTCATGGGTAAGAAAAGTATGTTTATAGTCAC-CTATTTTTTTAAAAGCCTTGT
66 A-AAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTC-ATTCCTTTAAAAGCCTTAT
* * * *
7507 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAACTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTAA
129 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTGAATT-TTTGTACATTTTTA
* * *
7572 GTTAGAACAGATTATAAGTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTTGAAA
193 GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAA
* * * *
7637 GAAAAGTCCATTTATGGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATA
257 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATA
7702 ATCTCACAATTGATTTT-AT
322 ATCTCACAATTGATTTTAAT
* * * * * * *
7721 GTTGAATGTTTTTTTACATTTTTAGTCAGAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGAA-AAACG
1 -TTGAAT-TTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACC-TCAAGAAACA
* * * * * * ******
7785 T-AAAAAAAAGTATTCATT-GAAAGAAGAGCT-CATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAANNNNNN
63 TGAAAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAG-TATATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTT
**** * * * * *
7847 NNNNCTCA-TATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATTTCAGATTGAATTTTTTTATATTTT
127 ATTACTCACT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTGTACATTTT
* * * * * *
7911 TATTTAGAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAGGAAACA-CAAAAAAAAGGTATTCATTGGC
191 TAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGC
* * * *
7975 AACAAAAGTCTATTTCTAATCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
255 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
8040 TATTCTCACAATTGATTTTAAT
320 TAATCTCACAATTGATTTTAAT
* * ** *
8062 TTGAATCTTTTATACATTTTTGGTTAAAATTGATTATAATCAAATGTCTA-C-CATAGAAAACAT
1 TTGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA-AG-AAACAT
* * * * * *
8125 GAAAAAAATGCATTCATTGGTAAAAAAAGTTTATTTATTGTCACCCATCCCTTTAAAGGCCTTAT
64 GAAAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTAT
**
8190 TACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
129 TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
8228 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 141, Indels: 38
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
336 1 0.00
337 1 0.00
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346 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TTGAATTTTTTATACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGA
AAAAAATGCATTCATTGGTAAGAAAAGTATATTTATAGTCACTCATTCCTTTAAAAGCCTTATTA
CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTTGAATTTTTGTACATTTTTAGTT
AGAACAGATTATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCT
CACAATTGATTTTAAT
Found at i:9470 original size:170 final size:170
Alignment explanation
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Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 170
9175 NNNNACTCGC
* * *
9185 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATTTTTTTTATTTTTGGCTAGAACA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTACATTAAATTTTTTTTATTTTTGGCTAGAACA
* * *
9250 ATTTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCATTGGA-AAGAAAAG-C
66 ATTTATAACTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCATT-GACAAGAAAAGTC
* *
9313 CATTTATAGTCAACAATTCCCTCAAAAGCCTTATAACTCACA
130 CACTTATAGTCAACAATTCCCTCAAAAGCCTCATAACTCA-A
* * * *
9355 TTT-AATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTATATTGAA-TTTTTTTATGTTTTGGGTTAGAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTACATTAAATTTTTTTTAT-TTTT-GGCTAGAA
*
9418 C-ATATTATAACTGAATGTCTT-CCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAA
64 CAAT-TTATAACTGAATGT-TTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAA
* * * *
9481 GTCCACTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCAA
127 GTCCACTTATAGTCAACAATTCCCTCAAAAGCCTCATAACTCAA
*
9525 TTTAAATAGTTTTATAA
1 TTTAAATGGTTTTATAA
9542 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 18, Indels: 13
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.06
169 40 0.25
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171 49 0.30
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAAATTTACATTAAATTTTTTTTATTTTTGGCTAGAACA
ATTTATAACTGAATGTTTACCCTAAGAAACATGAAAAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAGTCC
ACTTATAGTCAACAATTCCCTCAAAAGCCTCATAACTCAA
Found at i:11065 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9724--11222 Score: 834
Period size: 172 Copynumber: 8.7 Consensus size: 171
9714 NNNNNNNNNN
* * ** * * *
9724 AATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTATACATTTTTTATTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACATTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* * * * * * * *
9789 TTTTAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAATG-CATTCATTGGCAACAAAAGCCCA
66 -TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-GACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTA
* * *
9853 TTTATAGTCACTTATTCTTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
129 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * *
9896 AATAGTTTTATAATGTCAGAATTGATTTTA-ATTTAATTTTTTTGTACATTTTT-AGTTGAAACA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACATTGAATTTTTTT-TACATTTTTGA-TTAAAACA
* * * * * * *
9959 TATTATAATTAAATGTCTATCTTAAGAAACATAAACAAAAAGGCATTCATGGGTAGC-A-AAAA-
64 GA-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCAT---TAGCAAGAAAAG
* * * * * * *
10021 TCTATTTATTGTGACCCATTCCTTTAGAAGCCTCATTATTCACTTTA
125 TCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * ** * * *
10068 AATGGTTTTCTAATCTCAAAATTGATGTTAGC-TTGAATTCATTGTGCATTTTT-ATTTAAAATA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTA-CATTGAATTTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* * ** * * * *
10131 GATTATAATTGAATGTTTACTTTGAGAAACGTGAAGAAAATGATATTCATT-GACAAAAAAAGTC
64 GA-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAGTC
* ** * *
10195 CATTTATAGTCACCTATTAATTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTA
127 TATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* ********** * * * *
10240 AATAGTTTTATAATNNNNNNNNNNA-TTTAAATTTGAATTCTTTGTACATTTAT-AGTTAAAACA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACA-TTGAATTTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* * * *
10303 AATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAAAA-AGCTTTCATTGGCAAGAAAAGTC
64 GA-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGA-CATTCATTAGCAAGAAAAGTC
* * ***********
10367 CATTTATAGTCATCC-ATTTCTTTNNNNNNNNNNTTACGT-ACTTTA
127 TATTTATAGTCA-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-TCACTTTA
* * * * *
10412 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-ATTTGAATTCTTTATACA-TTTTCAGTTAAAACA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACA-TTGAATTTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* * * ** * * * * * *
10475 GTTTATAATTGAATATCTATCTTGAGAAATAAGAAAAAAAAGGCATTCATT-GTTAGGAAAAGTC
64 G-ATATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAG-CAAGAAAAGTC
* * * * *
10539 TATTTATATTCACCCATTCTTTCAAAAGCATTATTACTCACTTTG
127 TATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
********** * * * * * *
10584 AATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTT-CGATTGAATTGTTTGT-CATTTTTTATTAGAACAG
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTAC-ATTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* ** * ** * ** * *
10647 ATTATAATTGAATGTTTGGCTTAAGAAATGTGAAAAAAAAG-TTTTCGTTGGCATA-AAAAGTCT
65 A-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCA-AGAAAAGTCT
* *
10710 ATTTACAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTAACTTTA
128 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * *
10754 AATGATTTTATAATC-CAAGAATTA-ATTTTTCATTGATTTTTTTTTACATTCTTGACTAAAACA
1 AATGGTTTTATAATCTCAA-AA-TAGATTTTACATTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* ** * *** *
10817 GATTATAATTGAATGTCTTCCTTGAGAAACATGTAGAAAAAGGTTTTCATTAGCAAGAAAAATCT
64 GA-TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCT
* * **
10882 ATTTCTAGTCACCTATACCTTCAAAAATCTTATTACTCACTTTA
128 ATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* *
10926 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACATTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* ********** *
10991 TCATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAATACATTCATNNNNNNNNNNAGTCCAT
66 T-ATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTAT
* * * *
11056 TTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTCTA
130 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * * * * * * * *
11098 AATAGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAA-TTTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGA
1 AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACATTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG-
* * * **
11162 ATATAATTCAATGTCGA-CTCTAGGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGCAAGAAAAGT
65 ATATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGT
11223 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1007, Mismatches: 278, Indels: 85
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 4 0.00
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174 1 0.00
175 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
AATGGTTTTATAATCTCAAAATAGATTTTACATTGAATTTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCTATT
TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
Found at i:11897 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 11601--13374 Score: 1109
Period size: 172 Copynumber: 10.4 Consensus size: 167
11591 NNNNNNNNNN
* * * *
11601 TTTTT-GTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAACATGAAG-AAAATTATATTCC
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCAT-GGAAACATGAAGAAAAAGT-TATTCA
* * * *
11664 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCCAAAGTCTTATTACTCACATTAAATGG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*
11729 CTTTATAATCTCACAATTGATTTATA-TTGAATTTGTTTACA
128 CTTTATAATCTCAAAATTGATTT-TAGTTGAATTT-TTTACA
* * *
11770 TTTTTTGTTAGAAAAAATTATAATTGAATGTCTGTCATGGATAACATGAAGAAAAAGTTATTCAT
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCATGGA-AACATGAAGAAAAAGTTATTCAT
* * * * * *
11835 TGGCAAGAAAAGTCTATTTTTTGCCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGT
65 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGC
* * *
11900 TTTGTAGTCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTGTTTACACA
129 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATT-TTT-TACA
* ** ** ********** *
11942 TTTTTAGTTAAAATGGCCTATAATTGAATGTCTANNNNNNNNNNCATGAAGAAAAA-TGCATTCA
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT-GTCATGGAAACATGAAGAAAAAGT-TATTCA
* * * *
12006 TTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAATTATCTATTCCTTTAAAAGCCTTCA-TACTCACTTTAAATG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATG
* *
12069 GTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTTTACA
127 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAA-T-TTTTTACA
* * * * * *** *
12113 TTTTTTATTTA-AACATATTATAATTGAATGGCT-ACCTCGAGAATTGTGAAGAAAAA-TGCATT
1 -TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCAT-G-GAAACATGAAGAAAAAGT-TATT
* *
12175 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATTCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
62 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * *
12240 GGTTTTCTAATATCAAATTTGATATTAGTTTGAATTCTTTGTACA
126 GGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATT-TTT-TACA
* * * * * * **
12285 TTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTTAATGTCTACCTCA-AGAAACATAAAGAAAAAGACATTCA
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCT--GTCATGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCA
* * * ****
12349 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCATTCCTT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAANNNN
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
****** * * **
12413 NNNNNNAATCTCATAATTGATTTTACGTTAAATATTTTTTTA
128 CTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTGAAT-TTTTTACA
* * * * * *
12455 TTTTTAGTTAGAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAAAGATATTCA
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCATG-GAAACATG-AAGAAAAAGTTATTCA
* * * *
12520 TTGGAAAGAAAAG-CCATTTATAGTCAGCAATACCCTCAAAAGCCTTATTACTCACATTT-AATG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAATG
* * *
12583 GCTTCATAATCTCATAATTGATTTTAGATTGAATTTTTTATA
127 GCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTTACA
** * * * * * *
12625 TTTTGGGTTAGATCAGATTATAATTGAATGTATGCTC-TAAGAAACGTCAAGAAAAAGGTATTCA
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTG-TCAT-GGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCA
* * * *
12689 TTGGCAAGAAAAGTCCACTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCAATTTAAATAG
64 TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGG
*********
12754 CTTTATAATCTCAAAATTGNNNNNNNNNNGAATTCTTTGTACA
128 CTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAGTTGAATT-TTT-TACA
* * * ** ** * * *
12797 TTTTTGGTTAAAACTA-ATTATAGTCAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-TGCATTC
1 TTTTTAGTTAGAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGTCAT-GGAAACATGAAGAAAAAGT-TATTC
* ********** * *
12860 ATTGGTAANNNNNNNNNNTTTATAGTCACCCATTTCTAT-AAAAGTCTTATTACTCACTTTAAAT
63 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCT-TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* *
12924 AGTTTTCA-AATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTGTACA
126 GGCTTT-ATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATT-TTT-TACA
* * * * * * ** * **
12969 TTTTTTA-TTAAAATAGGTTATAATTTAATG-CT-TACCTCAAGAAATGTGAAAAAAAAGACATT
1 -TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGT-CAT--GGAAACATGAAGAAAAAGTTATT
* * **
13031 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTT-AGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAAT
62 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT
* * * * **
13095 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACATT-ATTTTTTTTTA
126 GGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-GTTGAATTTTTTACA
* * * ** * * *
13137 TTTTTAGTTAGAACAGTTTATAATTGATTGTTTACCTTGGAAAACGTGGAAG-AAAAGGTATTCA
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCATGG-AAACAT-GAAGAAAAAGTTATTCA
* * *
13201 TTGG-AAGAAAAAG-CCATTTATAGTCAGCAATTCCCTCAAATGCCTTATTACTCACATTT-AAT
64 TTGGCAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCAC-TTTAAAT
* * *
13263 GGCTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGACTGAATTTTTTGATA
126 GGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAG-TTGAATTTTTT-ACA
** ** * * * *
13307 TTTTGGGTTAGATTAGATTATAATTGAATGTCTGCCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGGTATTCAT
1 TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCAT-GGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCAT
13372 TGG
65 TGG
13375 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1251, Mismatches: 283, Indels: 141
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 29 0.02
168 89 0.07
169 63 0.05
170 329 0.26
171 322 0.26
172 406 0.32
173 12 0.01
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCATGGAAACATGAAGAAAAAGTTATTCATT
GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGCTT
TATAATCTCAAAATTGATTTTAGTTGAATTTTTTACA
Found at i:12243 original size:343 final size:332
Alignment explanation
Indices: 11643--12328 Score: 720
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
11633 GCCTTGGGAA
* * * * * *
11643 ACATGAAGAAAATTATATTCCTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCGATTCCTTCCAAAGT
1 ACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCGATTCCTTCAAAAGC
*
11708 CTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCACAATTGATTTATATTGAATTTGTTTACATTT
66 CTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTATATTGAATTTGTTTACATTT
* * * * *
11773 TTTGTTAGAAAAAATTATAATTGAATGTCTGTCATGGATAACATGAAGAAAAAGTTATTCATTGG
131 TTTGTTAGAAAAAATTATAATTGAATGGCTGACATCGAGAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
* * *
11838 CAAGAAAAGTCTATTTTTTGCCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTT
196 CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
11903 GTAGTCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTGTTTACACATTTTTAGTTAAAATGGCCTATAATTG
261 CTAATATCAAAATTGATATTAGTTTGAATTCTTTACACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
11968 AATGTCT
326 AATGTCT
* * * * *
11975 ANNNNNNNNNNCATGAAGAAAAATGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAATTATCTATTC
1 A----------CATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCGATTC
* * * *
12039 CTTTAAAAGCCTTCA-TACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTT-TAGTTTGAA
56 CTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTATA--TTGAA
* * * * * **
12102 TTCTTTTTACATTTTTTATTTA-AACATATTATAATTGAATGGCT-ACCTCGAGAATTGTGAAGA
118 TT-TGTTTACATTTTTT-GTTAGAAAAAATTATAATTGAATGGCTGACATCGAGAA-CATGAAGA
* * * *
12165 AAAA-TGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCAATTCCTTGAAAAGCCTTATTA
180 AAAAGT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATCA
* **
12228 CTCACTTTAAATGGTTTTCTAATATCAAATTTGATATTAGTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAGT
243 CTCACTTTAAATGGTTTTCTAATATCAAAATTGATATTAGTTTGAATTCTTTACACATTTTTAGT
* *
12293 TAAAATAGATTATAATTTAATGTCT
308 TAAAATAGACTATAATTGAATGTCT
* *
12318 ACCTCAAGAAA
1 ACATGAAGAAA
12329 CATAAAGAAA
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 49, Indels: 35
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 8 0.03
340 2 0.01
341 65 0.23
342 41 0.14
343 167 0.58
344 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (332 bp):
ACATGAAGAAAAATACATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCACCGATTCCTTCAAAAGC
CTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCAAAATTGATTTATATTGAATTTGTTTACATTT
TTTGTTAGAAAAAATTATAATTGAATGGCTGACATCGAGAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGG
CAAGAAAAGTCCATTTATAGCCATCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTT
CTAATATCAAAATTGATATTAGTTTGAATTCTTTACACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
AATGTCT
Found at i:14127 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 13870--14195 Score: 347
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
13860 AATGGTTTTA
* *
13870 TAATATCAAAATTGATTTTATTTTGAATTCTTTGTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTAA
1 TAATATCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTATACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTAA
* * * *
13935 ATGTCTACTTCAACAAACATGAAGA-AAAAGACATTC-ATGGGTAAAAAAAGTCCATTTATTGTC
65 ATGTCAACTTCAACAAACATGAAAAGAAAAGACATTCAAT-GGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
13998 ACCCATTCCTTTAAAAG-CTTCATTACTCACTTNNNNNNNNNNC
129 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTT-ATTACTCACTT----------C
* * *
14041 TAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTATATATTTTT-TTAAAAATAGATTATAATTAA
1 TAATATCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTATACATTTTTATT-AAAACAGATTATAATTAA
* * * * *
14105 ATGTCAACCTT-GAGAAACATGAAAAGAAAAGGCATTCAATGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTC
65 ATGTCAA-CTTCAACAAACATGAAAAGAAAAGACATTCAATGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTC
*
14169 ACCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
129 ACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACT
14196 TGCTTTNNNN
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 15, Indels: 10
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 34 0.25
171 94 0.70
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TAATATCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTCTTTATACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTAAA
TGTCAACTTCAACAAACATGAAAAGAAAAGACATTCAATGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTC
Found at i:14614 original size:342 final size:329
Alignment explanation
Indices: 14212--14863 Score: 607
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 329
14202 NNNNNNNNNN
* * * *
14212 ATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTATATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGA
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGA
** * * * *
14277 ATGT-TTGCTGCAAAAAACATGAAGAAAAAGGTATTCATTAGTAAGAAAAG-CTTATTTATAGTC
66 ATGTCTACCT-CAAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGAC-TATTTATAGTC
* ********** * * * *
14340 ACC-CATTCCTTTANNNNNNNNNNTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA
129 ACCTC-TTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTCAAATAGTTCTATAATCTCAAAACTAATTTTA
* * * ***
14404 GATTGAATT-TTTCTAC-ATTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAATTT
193 GATTGAATTCTTTCTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACAG
* * *
14467 AAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNNNN
258 AAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATTCC-------------
14532 NTACTCGCTTTAAATAGTTTT
310 -TACTCGCTTTAAATAGTTTT
* *
14553 ATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATT-TTTTGTACGTTTTTAGTTCA-AACAGATTATAAT
1 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATA--TTTTTAGTT-AGAACAGATTATAAT
* * * *
14616 TGAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAAAAAAAAGCATTTATTCGCAAGAAAAGACTATTTATAGT
63 TGAATGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGACTATTTATAGT
* * *
14681 TACCTCTTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAAAACTAATTTTA
128 CACCTCTTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTCAAATAGTTCTATAATCTCAAAACTAATTTTA
** ** * *
14746 TTTTTTATTCTTTGTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACAG
193 GATTGAATTCTTTCTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACAG
* * *
14811 AAAGAAAAAAGTATTTATTAGCAAGAAAAATCTATTTATAATCATCCATTCCT
258 AAAGAAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATTCCT
14864 TTAAAAGCCT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 52, Indels: 27
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
340 6 0.02
341 27 0.11
342 119 0.47
343 12 0.05
344 86 0.34
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTATATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGA
ATGTCTACCTCAAAAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTAGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCAC
CTCTTCCTTCAAAAGCGTTATTACTCACTTCAAATAGTTCTATAATCTCAAAACTAATTTTAGAT
TGAATTCTTTCTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAACAGAAA
GAAAAAAGTATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAATCACCCATTCCTACTCGCTTTAAATAG
TTTT
Found at i:14717 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13836--15088 Score: 879
Period size: 172 Copynumber: 7.3 Consensus size: 172
13826 NNNNNNNNNN
* *
13836 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTATTTTGAATTCT
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCT
* * * * *
13901 TTGTACATTTTTAATTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACTTCAACAAACATG-AAGAAAAAG
66 TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAG
* * * * * *
13965 ACATTCATGGGTAAAAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCT
131 -CATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATTCCT
*********** *
14008 TTAAAAG-CTTCATTACTCAC-TTNNNNNNNNNNCTAATCTCAAAATTGATTTTAGTTTGAATTC
1 TTAAAAGCCTT-ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTC
* * * * * **
14071 TTTATATATTTTT--TTAAAAATAGATTATAATTAAATGTCAACCTTGAGAAACATGAAAAGAAA
65 TTTGTACATTTTTAGTT-AAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAA-AAA
* * * * * *
14134 AGGCATTCAATGGCAAGAATAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCT
128 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATTCCT
** ********** * ** *
14179 TTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTNNNNNNNNNNATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGT
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCT
* * * * ** * * *
14244 TT-TATATTTTTGGTTAGAACATATTATAATTGAATGT-TTGCTGCAAAAAACATGAAGAAAAAG
66 TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-CAAGAAACATGAAAAAAAAA
* * *
14307 GTATTCATTAGTAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCACCCATTCCT
130 GCATTCATTGGCAAGAAAAGAC-TATTTATAGTCACCCATTCCT
********** * * *
14350 TTANNNNNNNNNNTACTCACTTCAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGA-TTGAATT-
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA-ATTTGAATTC
* * * * *
14413 TTTCTACA-TTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACC-CTAAGAAA-TTTAAAGAAAA
65 TTTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAA-AAAA
* * * *
14475 AAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCN
128 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATTCCT
************* * * *
14520 NNNNNNNNNNNNNTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTTT
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCT
* * *
14585 TTGTACGTTTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACCTGAAAAAAAAAG
66 TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAG
* * *
14650 CATTTATTCGCAAGAAAAGACTATTTATAGTTACCTC-TTCCT
131 CATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACC-CATTCCT
* * * * * * **
14692 TCAAAAGCGTTATTACTCACTTTAAATGGTTCTATAATCTCAAAACTAATTTTATTTTTTATTCT
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCT
* * *
14757 TTGTACAATTTTAGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACA-GAAAGAAAAAA
66 TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAA-AAAAAA
* * * * *
14821 GTATTTATTAGCAAGAAAA-ATCTATTTATAATCATCCATTCCT
130 GCATTCATTGGCAAGAAAAGA-CTATTTATAGTCACCCATTCCT
******************
14864 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCT
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCT
* *
14929 TTGTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTC-A-AAACATGTGAAGAAAAA
66 TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACA--TGAAAAAAAA
* * **
14992 TGCATTCATTGGCAAGAAAAGTA-TATTTATAGTCACTCATTTTT
129 AGCATTCATTGGCAAGAAAAG-ACTATTTATAGTCACCCATTCCT
*
15036 TTAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
1 TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTT
15089 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 191, Indels: 60
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 173 0.20
171 202 0.23
172 466 0.54
173 11 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAATTTGAATTCT
TTGTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAAAAAAAAG
CATTCATTGGCAAGAAAAGACTATTTATAGTCACCCATTCCT
Found at i:16178 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15460--16650 Score: 763
Period size: 172 Copynumber: 6.9 Consensus size: 172
15450 NNNNNNNNNN
* * * * *
15460 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATATTAAATGGCTTTATAATCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
* * * * * *
15525 TTAGATTAAATTTTTCTACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATGTCTACCCTAAGAAAC
66 TTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAAC
* * * * * *
15590 GTG-AAATAAAAGGTATTAATTGAAAAGAAAAGTCCATTTCT
131 GTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * *********** **
15631 AATCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCANNNNNNNNNNTTTTATAATCTCAAAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
* * * * * * * * * *
15696 TTA-ATTTGAATCATTTGTACATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATCGAATGTCTACCAT-GGAA
66 TTAGA-TTGAAT-TTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAG-A
* * * * *
15759 AACATGAAAAAAAAATG-CATTCATTGGTCAGAAAAGTTTATTTAT
128 AACGTGAAAAAAAAA-GATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * ** ** * *********** *
15804 TGTCACTCATCCCTTTAAAGGCCTTATTACTTGCTTTAAATANNNNNNNNNNCTCATAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
* * * * * * ** *
15869 TTAGGTTGAATTTCTTAACATTTTTAGTTAGAACAGATTATAATTGAATATTTACCTTGGGAAAT
66 TTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAAC
*
15934 GTGAAGAAAAAAG-TATTCATTGGA-AAGAAAAG-CTCATTTAT
131 GTGAAAAAAAAAGATATTCATT-GATAAGAAAAGTCT-ATTTAT
* * **********
15975 AGTCAACCATT-CTTTAAAAAGCCTCATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCNNNNNNNNNNT
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAA-CCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGAT
* * *
16039 TTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTAAATATCTACCCTAAGAAA
65 TTTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAA
16104 CGTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
130 CGTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * *
16147 AGTCACCCATTCCCTTAAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATTTCGTAATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
* *
16212 TTACATTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTA-AACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAAC
66 TTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAAC
* * *
16276 GTG-AAGAAAAATACATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
131 GTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
* * * * * * * * * ** *
16317 AGTCACTCATTCATTTAAAAGCCTTATTACCCTCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAAAATTGATG
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
* * * * * * * *
16382 TTAGCTTAAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACTTTAAGAAA
66 TTAGATTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAA
** * * * *
16447 TATG-AAGACAAAGATATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAT
130 CGTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
********** * * * *** * *
16489 AGTCACCNNNNNNNNNNAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATCTCATCATTGATT
1 AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
** * * * * * *
16554 TTACG-TCAAATCTTTTTACAATTTTGCTTAGAACATATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAA
66 TTA-GATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAA
* * *
16618 CAG-G-AAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAG
130 C-GTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAG
16651 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 204, Indels: 36
0.77 0.20 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 107 0.13
171 297 0.37
172 306 0.38
173 87 0.11
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
AGTCACCCATTCCTTTAAAAACCTTATTACTCACATTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATT
TTAGATTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAGAACAGATTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAAC
GTGAAAAAAAAAGATATTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTAT
Found at i:17852 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 17480--17855 Score: 430
Period size: 171 Copynumber: 2.2 Consensus size: 170
17470 NNNNNNNNNN
* * * *
17480 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATGGTCAACTATACCTTCAAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* ** * * *
17545 GGTTTTATAATATCATAACTCATTTTATGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTAT
65 GGTTTTATAATATCATAACTCACTTTAAATTGAATGTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGAGTAT
* * * * *
17610 AATTAAATGTTTATCTTGAGAAAAGTGAAGAAAAGGGCATT
130 AATTAAATGTCTACCATGAGAAAAGTGAAAAAAAAGGCATT
* * *
17651 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACGCATTCCTTCAAACGCCTTATTACTTACTTTAAAT
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAAT
* * * * * * *
17716 GGTTTTATAATTTCATAATTGACTTTAAATTGAATTTTTTTTAAAATTTTTGGTTAGAATAGAGT
65 GGTTTTATAATATCATAACTCACTTTAAATTGAA-TGTTTTT-AAATTTTTAGTTAAAACAGAGT
* * * *
17781 ATAATTGAATGTCTACCATGGGAAGCA-TGAAAAAAAAGGTATT
128 ATAATTAAATGTCTACCATGAGAA-AAGTGAAAAAAAAGGCATT
*
17824 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
1 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCA
17856 ATTCNNNNNN
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 31, Indels: 7
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 83 0.49
172 8 0.05
173 76 0.45
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCATACCTTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATG
GTTTTATAATATCATAACTCACTTTAAATTGAATGTTTTTAAATTTTTAGTTAAAACAGAGTATA
ATTAAATGTCTACCATGAGAAAAGTGAAAAAAAAGGCATT
Found at i:20648 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20429--20947 Score: 423
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
20419 NNNNNNNAAA
* * **
20429 GCTTTTAAAGTAATGGGT-GACTATAAATAGACTTTTCTTGCTAATGAATACTTTTTTCTTA-AT
1 GCTTTTCAAGAAATGGGTAGACTATAAATAGACTTTTCTAAC-AATGAATAC-TTTTTCTTACAT
* *
20492 GTTTCTTAGGCTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAATAAAAACATAAAAAAATTGAACTGAA
64 -TTTCTAAGGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAA-ATAAAAAAATTGAACTGAA
* *
20557 CATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAG
127 AATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
*
20600 GCTTTTCACA-AAATGGGTAG-CTATAAATAGACCTTTCTAAACAATGAATA-TGTTTTCTTCAC
1 GCTTTTCA-AGAAATGGGTAGACTATAAATAGACTTTTCT-AACAATGAATACT-TTTTCTT-AC
* * * * *
20662 ATTTGTC-AAGG-TAGACACTCAATTA-ATGTCTGTTTT-AGTCAAAAATACAAGAAAATTCAAC
62 ATTT-TCTAAGGCTAGACATTCAATTATA-ATCTGTTTTAAATAAAAAATA-AA-AAAATTGAAC
* * * * *********
20723 TCAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGNNNNNNNNN
123 TGAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
* * * * * * **
20770 NCTTTTGAAGGAATGAG-AGACCATAAATGGACTTTTCTTCCCAATGAATGAC-TTTTCTTACAC
1 GCTTTTCAAGAAATGGGTAGACTATAAATAGACTTTTC-TAACAATGAAT-ACTTTTTCTT--AC
* * * * *
20833 ATTTCCTGAGGCAAG-CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATAGAAAAAAAATTGAACTG
62 ATTTTCTAAGGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAA-A-TAAAAAAATTGAACTG
*
20897 AAAATCAATTTTAAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
125 AAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
20942 GCTTTT
1 GCTTTT
20948 GAAAGAATTG
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 60, Indels: 43
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 13 0.05
170 109 0.41
171 74 0.28
172 63 0.24
173 3 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
GCTTTTCAAGAAATGGGTAGACTATAAATAGACTTTTCTAACAATGAATACTTTTTCTTACATTT
TCTAAGGCTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAATAAAAAATAAAAAAATTGAACTGAAAATC
AATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG
Found at i:22453 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 22010--22663 Score: 796
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 341
22000 NNNNNNTAAG
* * * * *
22010 TTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATGAA
1 TTGAATTTTCTTATATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTCAGAAACATGAA
** *
22075 GAAATATGCATTCATTAGCTGGAGAGGTCTATTTATAGTCAC-CGATTCCTTCAAAAGCCTTATC
66 GAAATATGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATC
* * * ** * * *
22139 ACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTTAGTTCATTTTTTTTACATTTTTGGT
130 ACTCACTTTAAAAGGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTCCAGTTCAATATTTTTACATTTTTAGT
* ** * *
22204 TAAAATAGATTATAATTGA-A-CGCCTGTCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCCATTCATTAGG-A
195 TAAAAGAGATTATAATT-ACATCGCC-ACCTCAAGAAACAT-TAAAAAAAGACATTCATT-GGCA
* * * * * *
22266 AGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCTTTTAAAAATCTTTTTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
256 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
22331 AATCTCATAATTGATTTTGAA
321 AATCTCATAATTGATTTTGAA
* * * * *
22352 TTGAATTTTCTTATATTTTTTGATCAAACGGACTATAATTGAGTGTCTACCTTCAGAAACATGAA
1 TTGAATTTTCTTATATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTCAGAAACATGAA
* * * * *
22417 GAAGA-ATGCATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATATTCACTCATTTCTTCGAAAGCCTTATT
66 GAA-ATATGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATC
* * **
22481 ACTCATTTTAAAAGGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTCCAGTTTAATATTTTTATGTTTTTAGT
130 ACTCACTTTAAAAGGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTCCAGTTCAATATTTTTACATTTTTAGT
** **
22546 TAAAAGAGATTATAATTACATTTCCACCTTGAGAAACATTAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
195 TAAAAGAGATTATAATTACATCGCCACCTCAAGAAACATTAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAA
* *
22611 AATTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
260 AAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAAT
22664 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 47, Indels: 11
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.01
341 67 0.26
342 187 0.72
343 4 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (341 bp):
TTGAATTTTCTTATATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACATTCAGAAACATGAA
GAAATATGCATTCATTAGCAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCA
CTCACTTTAAAAGGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTCCAGTTCAATATTTTTACATTTTTAGTT
AAAAGAGATTATAATTACATCGCCACCTCAAGAAACATTAAAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAA
AGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCT
CATAATTGATTTTGAA
Found at i:22485 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 22008--22663 Score: 608
Period size: 171 Copynumber: 3.8 Consensus size: 171
21998 NNNNNNNNTA
* * * *
22008 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATACTATAATTGAATGTTTACATTGAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATG
* * ** * * *
22073 AAGAAATATG-CATTCATTAGCTGGAGAGGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAGCCTTA
66 AAGAAA-AAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAACCTTA
* * * *
22137 TCACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTTAAAATTGATTTTT
130 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTC
* * * * * * * * **
22179 AGTTCATTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAACGCCTGTC-TCAAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTC-AGAAACAT
* * * * * * * * *
22243 GTAGAAAAAGCCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATGGTCTCCTATTCTTTTAAAAATCTT
65 GAAGAAAAAGACATTCATT-GGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAACCTT
* * * *
22307 TTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTG
129 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTC
* * * * * * *
22350 AATTGAATTTTCTTATATTTTTTGATCAAACGGACTATAATTGAGTGTCTACCTTCAGAAACATG
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATG
* * * * * *
22415 AAGAAGAATG-CATTCATTGGCAAGAAAGGTCTATTTATATTCACTC-ATTTCTTCGAAAGCCTT
66 AAGAA-AAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CGATTCCTTCAAAAACCTT
* * *
22478 ATTACTCATTTTAAA-AGGTTTTATTACCTCAAAATTGATTTCC
129 ATTACTCACTTTAAATA-GTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTC
* * * * * * * *
22521 AGTTTAATATTTTTATGTTTTTAGTTAAAAGAGATTATAATT-ACATTTCCACCTTGAGAAACAT
1 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGA-ATGTCTACCTTCAGAAACAT
* * *
22585 TAA-AAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAATTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAACCTTA
65 GAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAACCTTA
22649 TTACTCACTTTAAAT
130 TTACTCACTTTAAAT
22664 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 96, Indels: 24
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 68 0.18
171 298 0.79
172 7 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTCAGAAACATG
AAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGATTCCTTCAAAAACCTTAT
TACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTC
Found at i:24147 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 23629--24208 Score: 619
Period size: 172 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
23619 ATTCATTTGG
*
23629 AATAAAAGTCCATTTATAGTC-TCTCATT-CTTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTT
1 AATAAAAGTCCATTTATACTCATCTCATTAC-TTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * * *
23692 TAAAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTAT-ATTTTTGGTTAAAAAGG-CTAGAATTGAA
65 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATCATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAA
* * * * * * *
23755 TGTCT-G-TCGTGGGGAACGTTAAGCAAAAGACA-ACTATTGAC
130 TGTCTAGTTC--GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTC-ACTGAC
* * *** * * * *
23796 ACTAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTCGAAAA-CCTTATTACTCATTTTAAACGGTTT
1 AATAAAAGTCCATTTATACTCATCTCATTACTT-TAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTT
* * * * *
23859 TATTATCTCAAAATTGATTTTTAGTTTAATTTTTTTACGTTTTTTGTTC-AAGGGATTATAATTG
65 TATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTAT-CATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTG
* *
23923 AATGTCTAGCTT-GAGAACCGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGGC
128 AATGTCTAG-TTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGAC
* *
23966 AATAAAAGTCCATTTATACTCACCT-ATTACTTTAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AATAAAAGTCCATTTATACTCATCTCATTACTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* *
24030 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATATTTATGCATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTA
66 ATAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAAAT-TTTAT-CATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTG
24095 AATGTCTAGTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGAC
128 AATGTCTAGTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGAC
* ** * *
24138 AAGAAAAGTCTGTTTATACTCATCT-ATTACTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTT
1 AATAAAAGTCCATTTATACTCATCTCATTACTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
24202 ATAATCT
66 ATAATCT
24209 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 55, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 69 0.20
168 14 0.04
169 8 0.02
170 113 0.33
171 21 0.06
172 116 0.34
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AATAAAAGTCCATTTATACTCATCTCATTACTTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAAATTTTATCATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAAT
GTCTAGTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCACTGAC
Found at i:24245 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 23659--24364 Score: 526
Period size: 172 Copynumber: 4.1 Consensus size: 172
23649 CTCTCATTCT
* * * * *
23659 TTTAAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAAAT-
1 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGCTCAAATA
* * * * * * * * *
23722 TTTAT--ATTTTTGGTTAAAAAGG-CTAGAATTGAATGTCT-G-TCGTGGGGAACGTTAAGCAAA
66 TTTATACATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAATGTCTAGTTC--GAGAAACGTGAAGAAAA
* * * * ** * * ***
23782 AGACA-ACTATTGACACTAAAAGTCCATTTATAGTCA-CTCAAGCC
129 AGGCATTC-ACTGGCAAAAAAAGTCTATTTATACTCACCT-ATTAC
* * * * ** **
23826 TTCGAAAA-CCTTATTACTCATTTTAAACGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTTAG-TTTAAT
1 TT-TAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGCTCAAAT
* * * *
23889 TTTTTTACGTTTTTTGTTC-AAGGGATTATAATTGAATGTCTAGCTT-GAGAACCGTGAAGAAAA
65 ATTTATACATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAATGTCTAG-TTCGAGAAACGTGAAGAAAA
* *
23952 AGGCATTCACTGGCAATAAAAGTCCATTTATACTCACCTATTAC
129 AGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTATACTCACCTATTAC
* * * *
23996 TTTAAAAGTCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAATA
1 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGCTCAAATA
* *
24061 TTTATGCATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTAAATGTCTAGTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
66 TTTATACATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAATGTCTAGTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
* * * *
24126 GCATTCACTGACAAGAAAAGTCTGTTTATACTCATCTATTAC
131 GCATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTATACTCACCTATTAC
********** ** * * *
24168 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTNNNNNNNNNNTTAAATTTGAATTC
1 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGCTCAAATA
* * ** * * *
24233 TTTATACATTTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTATCTTC-AGAAATG-GAAAGAAAA
66 TTTATACATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAATGTCTA-GTTCGAGAAACGTG-AAGAAAA
* * * *
24296 AGACATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGC-CACCTATTTC
129 AGGCATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTATA-CTCACCTATTAC
* *
24340 TTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTA
1 TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTA
24365 TAAACTAATA
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 87, Indels: 29
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 50 0.11
168 8 0.02
169 8 0.02
170 109 0.25
171 26 0.06
172 229 0.53
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (172 bp):
TTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAAGCTCAAATA
TTTATACATTTTTTGTTCAAAGGGATTATAATTGAATGTCTAGTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAG
GCATTCACTGGCAAAAAAAGTCTATTTATACTCACCTATTAC
Found at i:24879 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 24392--24880 Score: 412
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 172
24382 NNNNNNNNNN
* * * * * * * *
24392 AGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCATGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGCCA
1 AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * * * * *********
24457 AGAAAATC-CATTTATAGTCATCCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCACTTTAAANNNNNNNNN
66 AGAAAAGCTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAT
* *
24521 NATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTATATTTTT
131 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTT
* * * *
24563 AGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTCAATAAACATGAAGACAAAGACATTCATTGGCA
1 AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
* * * * *
24628 AGAAAAGCTCATTTATAATCACCCATTCTTTCAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTAN
66 AGAAAAGCTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAT
********* * *
24693 NNNNNNNNNATTGATTTTTAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT
131 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTT
** * * *** *
24734 CTTTAAAACATACTATAATTGAATGTATGCCTTGGGAAACATGTAGAAAAAG-CTATTCATTTGG
1 AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGAC-ATTCA-TTGG
* * * *
24798 -AAGAAAAG-TCCATTTATAGTCTCCCATTCCTTGAAAAGCCATATTACTCACTTTAAACGGTTT
64 CAAGAAAAGCT-CATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAAAGGTTT
24861 TATAATCTCAAAATTGATTT
128 TATAATCTCAAAATTGATTT
24881 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 64, Indels: 8
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.01
171 182 0.73
172 66 0.26
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGTTAAAACAAACTATAATTGAATGTATACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGGCA
AGAAAAGCTCATTTATAATCACCCATTCCTTCAAAAGCCATATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAT
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTT
Found at i:33726 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 33414--33995 Score: 534
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 168
33404 NNNNNNNNNN
* * * * **
33414 TTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGCATTCAA
1 TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * ** * *
33479 CATAAAATTAATTATGACATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGG
66 CTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGT-TAAG
* * *
33544 TGACCATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTCTTTGTC
130 TGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAAT-AATGACTTT-TC
* * * * * * *
33585 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAAATCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATACAA
1 TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * *
33650 CTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACTATTTTAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAG
66 CTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TTAAG
* * * *
33715 TGACTATAAATGGACTTTTAGTGTCAATAGTTGGCTTTTGC
130 TGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATA-ATGACTTTT-C
* * *
33756 TTCACGTTCCTTAAGGCAGACATTCAATTATAG-CTTTTTTAACCAAAAATAT---AAAATTCAA
1 TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
** ** *
33817 CTTAAAATCAATT-TT-GATATTAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
66 CTTAAAATCAATTATTAG-T-TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTTA
** * * *
33879 AGAAAATATAAATAGACTTTTATT-CAAAATTAATGACTTTTTC
128 AGTGACTATAAATGGACTTTTATTGC-CAA-TAATGAC-TTTTC
* * * **
33922 TACATGTTTCTTC-AGGCAGACATTCAATTATAGCCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCA
1 TTCACGTTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCA
*
33986 AATTAAAATC
65 ACTTAAAATC
33996 CGTTACGAAA
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 64, Indels: 29
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 81 0.24
167 51 0.15
170 35 0.11
171 164 0.49
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (168 bp):
TTCACGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTAAGT
GACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATAATGACTTTTC
Found at i:33941 original size:166 final size:169
Alignment explanation
Indices: 33433--34060 Score: 522
Period size: 171 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
33423 CTCAAGGTAA
** * * * *
33433 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGCATTCAACATAAAATTAATTATGACA
1 ACATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATATAAAA--ATTCAACTTAAAATCAATTATGATA
* * * *
33498 TTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-AGGTGACCATAAATGGACTTT
64 TTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
33562 TCTTGC-CAATGAATGTCTTTGTCTTCATGTTTC-TCAAGGTAG
128 TATT-CAAAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTC-AGGCAG
* * * * * * *
33604 ACATTCAAATCTAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATTAGT
1 ACATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAA--TATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-T
* * * * * ** *
33669 -TTATAAAACTATTTTAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTT
63 ATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
33733 TAGTGTCAATAGT--TGGCTTTTGCTTCACGTTCCTTAAGGCAG
128 TA-T-TCAAAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGCAG
* *
33775 ACATTCAATTATAG-CTTTTTTAACCAAAAATAT-AAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGATATT
1 ACATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATT
** ** * *
33838 AT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGAAAATATAAATAGACTTTTAT
66 ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTAT
*
33902 TCAAAATTAATGACTTTTTCTACATGTTTCTTCAGGCAG
131 TCAAAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGCAG
** * ** * *
33941 ACATTCAATTATAGCCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAAATTAAAATCCGTTACGAAA
1 ACATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATAT--AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATA
* ** * *
34006 TTTTAAAACGCA-TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGGGTGGCTATAA
64 TTATAAAAC-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GAATGAGTGACTATAA
34061 CCTAACTTTT
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 76, Indels: 36
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 6 0.02
165 1 0.00
166 85 0.23
167 43 0.12
168 2 0.01
170 42 0.12
171 170 0.47
172 6 0.02
173 8 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ACATTCAATTATAGCCTATTTTAACCAAAAATATAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATT
ATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTAT
TCAAAATTAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGCAG
Found at i:34453 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 34167--35193 Score: 802
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 169
34157 NNNNNNNNNN
* * * *
34167 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGATTTTTCTTCTAAATGAATGGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATGGCTTTTTCT
** * * *
34232 ACATGTTTCTTGAGGCATACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAAC
65 ACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATATAAAACAATTCAAC
* * * **
34297 TAAAAATCAATTATGAGATAATAAAACTTTTTAAAGCGAGT
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGT
* *
34338 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTACAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCT
* * * * *
34403 TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTCTAGTCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAAC
65 ACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATATAAAACAATTCAAC
* * *
34468 TTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGT
129 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGT
* * * * * *
34509 AATAAAGCTTTCGAAGG-CTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTAGTGT-CAAT-AGTTGGCTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGA-TGACTATAAATGGACTTTT-CT-TCCAATGA-ATGGCTTTT
* * * * * ********** *
34571 ACTTCATGTTTCACAAGGCAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAC--TANNNNNNNNNNATTTA
62 TCTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAACAATTCA
* *
34633 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTAAGT
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGT
* * * *
34675 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGA-GACTATAAATAGACTTTTATTCCAAATTAATAGCTTTTTC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GATGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATGAATGGCTTTTTC
** * * * * * *
34739 TACATGTTTCTTGAGGCAGGCACTCAATTATAGCCTATTTTAATAGAAAATATAAAAAAATTTAA
64 TACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACA-AAAATATAAAACAATTCAA
* * * * *
34804 ATTAAAATCCATTTTGAGATTTTAAAA-TCATTTAAAGTAAAT
128 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTAAGT
* * * ** ** *
34846 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGGGTGGCTATAAATTAACTTTTCTTGCCAATGAATAACTGTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATGAATGGCTTTTTCT
* * ********** * * *
34911 TCAAGTTTCTCAA-GCTAGACNNNNNNNNNNAATCTATTTTAACTAAAAATGTACAACGAATTCA
65 ACATGTTTCTCAAGGC-AGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATATAAAAC-AATTCA
* * * * * *
34975 GCTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAAACTGTTTAATGTGAGT
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGT
* * * * *
35018 AATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGA-GATTATAAATGGACATTTCTTCTAAATGAATGATCTTTTT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATGAATG-GCTTTTT
* * * * * * *
35082 -TACATGTTTCTCAAGGCATACATTCAATTGTAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTGATACAATTCA
63 CTACATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATATAAAACAATTCA
* *
35146 ACTAAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCT-TTTAAAGTGAGT
127 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGTAAGT
35189 AATAA
1 AATAA
35194 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.18 0.06
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164 1 0.00
165 2 0.00
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168 2 0.00
169 1 0.00
170 40 0.06
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173 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATGAATGGCTTTTTCTA
CATGTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATATAAAACAATTCAACTT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGT
Found at i:34747 original size:166 final size:158
Alignment explanation
Indices: 34460--34781 Score: 298
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
34450 AATATAAAAA
* *
34460 AATTTAACTTAAAATCAATTATTAGTTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAG
1 AATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAG
* * * * * *
34525 GCTAGAGTGACTATAAATGGACTTTTAGTGTCAATAGTTGGCTTTTACTTCATGTTTCACAAGGC
66 GATAGAGAGACTATAAATAGACTTTTAGTGTCAATAGATAGCTTTTACTACATGTTTCACAAGGC
*
34590 AGACATTCAATTATAGCCT-TTTTAACT
131 AGACACTCAATTATAGCCTATTTTAACT
*
34617 ANNNNNNNNNNATTTAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTAAGTAATAA
1 A----------ATTTAACTTAAAATCAATTATT-AGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAA
* * * *
34680 GGCTTTTGAAGGA-ATGTGAGACTATAAATAGACTTTTA-T-TCCAAATTA-ATAGCTTTTTCTA
55 AGCTTTCGAAGGATA-GAGAGACTATAAATAGACTTTTAGTGT-C-AA-TAGATAGCTTTTACTA
*** *
34741 CATGTTTCTTGAGGCAGGCACTCAATTATAGCCTATTTTAA
116 CATGTTTCACAAGGCAGACACTCAATTATAGCCTATTTTAA
34782 TAGAAAATAT
Statistics
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0.77 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.01
164 1 0.01
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167 33 0.25
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (158 bp):
AATTTAACTTAAAATCAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGCTTTCGAAG
GATAGAGAGACTATAAATAGACTTTTAGTGTCAATAGATAGCTTTTACTACATGTTTCACAAGGC
AGACACTCAATTATAGCCTATTTTAACT
Found at i:40429 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 40044--40773 Score: 526
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
40034 NNNNNNNNNN
* * *
40044 TTATAGTCAT-CCATTCCTTCAAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAAT
1 TTATAGTC-TCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * *
40108 TAATTTTAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCG
65 TAATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-TTACCTCG
* * * * *
40173 AGAAA-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCAT
129 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTAT
* *************** * * *
40215 TTATAGTCACCCATTCCNNNNNNNNNNNNNNNACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATT
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
40280 GATTTTTAGTTGAATTGTTT-TGCGTTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTATGCCTCGA
66 AATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTCGA
* * * *
40344 GAAACATGTAGAAACAGCCATTCGTTTGGAAGAAAACTCTAT
130 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTAT
* **********
40386 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAACGNNNNNNNNNNCTCAAAATT
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * *
40451 AATTTTAAGCTGAATTCTTTGTATATTTTTGGTT-AAATAGATTATAATTAAATGTCTAACTCGA
66 AATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TACCTCGA
* *
40515 GAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGGCAAGAAAAGT-TAGT
130 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGG-AAGAAAAGTCTA-T
* * * ** * * *
40557 TTATAGCCACCTATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATG
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
* * * * * * * *
40622 GATTTTAATTTAAATT-TTTTTATA-TTTTCTGTT-GAACTA-AGCTATAACTGAATGCTTGCCT
66 AATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTC-GTTAAAAC-AGA-CTATAATTGAATG-TTACCT
* * * * * * *
40683 CAAGAAACATGTAGAAAAATCTATTAATTTGGAATAAAAGTTTAT
127 CGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTAT
* *
40728 TTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
1 TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
40774 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 129, Indels: 24
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
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172 15 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT
AATTTTAAGTTGAATTCTTTGTACATTTTTCGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTACCTCGAG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTTGGAAGAAAAGTCTAT
Found at i:40600 original size:342 final size:332
Alignment explanation
Indices: 40103--40771 Score: 677
Period size: 342 Copynumber: 2.0 Consensus size: 332
40093 TTATAATCTT
* * *
40103 AAAATTAATTTTAAGTTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTA
1 AAAATTAATTTTAAGCTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA
* * *
40168 CCTCGAGAAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGTCACCCATTCCN
66 ACTCGAGAAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCT
************** * * * * *
40233 NNNNNNNNNNNNNNACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGT
131 TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAAAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT-T
* * *
40298 TTTGCGT-TTTTCAT-TAAAAC--AGACTATAATTGAATG-TATGCCTCGAGAAACATGTAGAAA
195 TTT-CATATTTTC-TGTAAAACTAAG-CTATAACTGAATGCT-TGCCTCAAGAAACATGTAGAAA
* **
40358 CAGCCATTCGTTTGGAAGAAAACTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
256 AAGCCATTAATTTGGAAGAAAACTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
40423 CTTTAAACGNNNNNNNNNNCTC
321 CTTTAAACG----------CTC
* * *
40445 AAAATTAATTTTAAGCTGAATTCTTTGTATATTTTTGGTT-AAATAGATTATAATTAAATGTCTA
1 AAAATTAATTTTAAGCTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA
* * * * *
40509 ACTCGAGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT-TAGTTTATAGCCACCTATTC
66 ACTCGAGAAA-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCA-TTTATAGCCACCCATTC
* *
40573 CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATGGATTTTAATTTAAATT
129 CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAAAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATT
* ** *
40638 TTTTTATATTTTCTGTTGAACTAAGCTATAACTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAT
194 TTTTCATATTTTCTGTAAAACTAAGCTATAACTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAG
* * * * * *
40703 CTATTAATTTGGAATAAAAGTTTATTTATAGTCTCCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
259 CCATTAATTTGGAAGAAAACTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
40768 TAAA
324 TAAA
40772 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 51, Indels: 14
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 2 0.01
341 44 0.16
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343 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
AAAATTAATTTTAAGCTCAATTCTTTGTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTA
ACTCGAGAAAATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAATCCATTTATAGCCACCCATTCCT
TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGGTTTTAAAATCTCATAATGGATTTTAAGTTAAATTTT
TTCATATTTTCTGTAAAACTAAGCTATAACTGAATGCTTGCCTCAAGAAACATGTAGAAAAAGCC
ATTAATTTGGAAGAAAACTCTATTTATAGTCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
AACGCTC
Found at i:42152 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 41416--42180 Score: 639
Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
41406 NNNNNNNNNN
* * *
41416 AAAGTCTATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTCAACGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * *
41481 CTCAAAATTAATTTTAAGTTTAAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGATTGT
66 CTCAAAATTGATTTTAAG-TTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
* * *
41546 CTACCAAT--TGAACCGTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAA-A
130 CTACC-ATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
** * * * * *
41587 AAAGGTCCATTTATAGTCACCCATTTTTTTAAAAACCTTATTAGTCAATTTAAATAGTTTTATAA
1 AAA-GTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * ********* *
41652 TCTCAAAATTGATTTAAAATTNNNNNNNNNNTACATTTTTGGTTAAAATAGATTGTAATTGAATG
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTT-CAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
** * *
41717 TCTACTTTC-AGAAACGAGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGA
129 TCTACCATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *********** * * *
41760 AAAGTCTATTCATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCNNNNNNNNNNTTTTAAACGATTTTATTAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * *
41825 CTCAAAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTTTACTTTTTTGGATAAAACATATTATAATTAAATGTC
66 CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
* *
41890 TACC-TCGAGAAATGCGAAGGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGA
131 TACCATCGAGAAACGTGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* ********** * * *
41931 AAAGTCTATTTNNNNNNNNNNATTCCTTCAAAAG-CTTTTCTACTCACTTTAAATGGCTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
41995 TCTTAAAATTGATTTTAAGCTCAATTGTTTTTACATTTTTAGTTCAAAGAGATTATAATTGAATG
65 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATG
* * *
42060 TCGAGC-TCGA-AAACGTGAAGGAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
129 TCTACCATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
* * * *
42102 AAAGTCCGTTTATAGTCACCCATTACTTTAAAAGCCTCATTACCCACTTTAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
42167 CTCAAAATTGATTT
66 CTCAAAATTGATTT
42181 AAAATTGAAT
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 135, Indels: 20
0.74 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 8 0.02
171 201 0.45
172 236 0.53
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTC
TACCATCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGA
Found at i:44124 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 43830--44125 Score: 371
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
43820 TTATTCAAAC
* * *
43830 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTTAAGAAAAATGCATTCATTGGCAATAAAAGTC
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
43895 TATTTATAATTACTCAAGCCTTCGAAAACCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAAACTATTA
66 CATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACTATAA
*
43960 ATTGATTTTATATTTTCAGTTAAAAT
131 ATTAATTTTATATTTTCAGTTAAAAT
* * *
43986 AGATTATAATTGAATGTCTATCTC-ATGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCGAGAAAAGT
1 AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * ** * *
44050 CCATTTATAGTCACCCATTCTTTCCAATGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-
65 CCATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACT-AT
44114 AAATTAATTTTA
129 AAATTAATTTTA
44126 AGTTGANNNN
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 21, Indels: 4
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.01
156 115 0.98
157 1 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (156 bp):
AGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAATCACCCAAGCCTTCCAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAAACTATAA
ATTAATTTTATATTTTCAGTTAAAAT
Found at i:52130 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 51598--52246 Score: 550
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
51588 GCAATAAAAG
* * * * *** * *
51598 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTCAATTAAAATAGATTATA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
* * * ** * *
51663 ATTCAATATCTACCTCAAGAAATATCAAGAAAAAGGCATTCATTGCCAAGAAA-GTCTATTTATA
66 ATTAAATGTCTACTTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCTATTTATA
* * *******
51727 GTCACCCATTACTTCAAAAGCCTTATTACTCACTNNNNNNN
130 GTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATA
*** * * *
51768 NNNTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATAGAA-TA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA-AATTA
* * * * ** * * *
51832 TAATTGATTGTCTAGCTAT-TGCAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGATCCATTG
64 TAATTAAATGTCTA-CT-TCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCTATTT
* * *
51896 ATAGTCACCTATTTTTTTAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATA
127 ATAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATA
* * * * * *
51940 GTTTTATGATCACAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTTATACATTTTTGGTTAAAACAAATTAT
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTAT
*
52005 AATTAAATGTCTATCTTCAGAAACGAGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCTATTTAT
65 AATTAAATGTCTA-CTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCTATTTAT
* * *****
52070 AGCCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTNNNNN
129 AGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATA
***** * * ** * *
52112 NNNNNATTATCTCAAAATTGATTTTCAGTTCAATTTTTTTATGTTTTTGGTTAAAACATATAATA
1 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
* * *
52177 ATTAAATATCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT-AGCAAGAAAAGTCTATTTAT
66 ATTAAATGTCTACTTC-AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGA-CAAGAAAGGTCTATTTAT
52241 AGTCAC
129 AGTCAC
52247 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 91, Indels: 19
0.77 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 30 0.08
171 154 0.41
172 193 0.51
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATA
ATTAAATGTCTACTTCAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAGGTCTATTTATAG
TCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCAATTTAAATA
Found at i:57424 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 57399--57438 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
57389 GCTTTTTTTC
57399 TTTTCTT-TTGCTTCTCTCTTG
1 TTTTCTTCTT-CTTCT-TCTTG
57420 TTTTCTTCTTCTTCTTCTT
1 TTTTCTTCTTCTTCTTCTT
57439 TAAGTTTCAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.22
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ACGTcount: A:0.00, C:0.25, G:0.05, T:0.70
Consensus pattern (20 bp):
TTTTCTTCTTCTTCTTCTTG
Done.