Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401115.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4272.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3983
ACGTcount: A:0.21, C:0.08, G:0.07, T:0.23
Warning! 1625 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:335 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10--1198 Score: 1203
Period size: 171 Copynumber: 7.0 Consensus size: 170
1 CTGACTAGG
* * * * * * **
10 GAAACGTGCAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAATCTATTTATAGTCACTCATTCCATCAAA
1 GAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
* *
75 AGTCTTATTAC-CAGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
66 AGCCTTATTACTC-GCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
139 CATTTTTCTTTAAAACAGACTATAATTGAAAGCCTGCCT-TA
129 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * *
180 GGAAAGGTGTAGGAAAAGCTATTGATCGTGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAG
1 -GAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* *
245 AAGGCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * *
310 CATTTTTGATTAAAACATACTATAATTGAATGTCTAACTCGA
129 CATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * *
352 GAAACGTGAAGTAACAAGC-ATTCATTAACAAGAAAAGTCTATTTAGAGTCACCCATTCTTTCAA
1 GAAACGTGTAG-AAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* * * * *
416 AAACCTTATTACTCGTTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTCAAGTTTAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
481 CATTGTTT--TTAAAACATATTGTAATTGATTGTATACCTCGA
129 CATT-TTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * *
522 GAAACATGCAAAAAAAACCATTCATTTAGAAGAAAAG-CTCATTTATGGTCACTCATTCTTTCAA
1 GAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACTCATTCTTTCAA
* * * * * *
586 AAGGCTTATTACCCACTTTTAATGATTTTATAATTTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** * *
651 CTTTTTTTTATTAAAATAGACTGCAACTGAATGTTTACCTCGA
129 C-ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * *
694 GAAATGTGCAAAAAAAGCCATTCATTAAGAA-AAAGAGACCATTTATAGTCACCCATTCTTTCTG
1 GAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTC--
* * * *
758 AAAA--CTTATTACTCGTTTTAAACGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTT
63 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
821 TACATTTTTTATTAAAATAGACTATAAGTGATTATCTACCTTG-
127 TACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * *
864 GAAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGACAAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATTCCTTCA
1 G-AAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGA-GAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCA
*
929 AAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
994 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAAGGCCTGCCTC-A
128 ACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * * *
1036 GAAAGGTTTAGAAAAAGCTATTCATTGAAAAGAAAAATCCATTTTTAGTGACCCATTCTTTCAAA
1 GAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
* * * ** *
1101 AGCCTTATTACTCGGTTTAGATGATTTTATAGTCTCATAATTTTTTTTAAGTTGAATTGTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *
1166 ATTTTTCTTTAAAACAGACAATAATTGAATGTC
130 ATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC
1199 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 147, Indels: 47
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 249 0.29
171 332 0.39
172 250 0.29
173 5 0.01
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GAAACGTGTAGAAAAAGCTATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCTTTCAAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
TTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGA
Done.