Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397640.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_3818.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:688 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 122--3019 Score: 2044
Period size: 171 Copynumber: 17.0 Consensus size: 171
112 CAACAAACTC
** * *
122 AACTTAAAATCAATTATG-GAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATT
* * * * *
186 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTAGTGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTTCCT-AAAAC-A
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG--TTCCTCAAAGCAA
** * * * * *
249 TTCATTCAATTGTAGTATATTTGAACTAAATATGTAAAAAAATTT
128 GACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTT
* * * * * * *
294 AACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAGAGGTTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTG
* * ** * * **
359 AGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCCAATGGATGGTTTTTTTTTCACATTTCTTGAAGC-AGAC
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAGAC
* * * ** **
423 ATTCAATCATAATATATTTTAACCAAACTACCAAAAAATAC
131 ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTT
* * * * * *
464 AACTTAAAATCAGTTACGAGGTTATAAAACTATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTAAACGATTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTG
* * * * *
529 AGTGACTATAAATAGAGTTTTCTGGCCAATGGATGGGTTTTGCTTCTCGTTCCTCAAAGCAAG-C
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAGAC
* * * *
593 ATTTAATTATAAAATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
131 ATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTT
* * * *
635 AACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-ATT
* * * * * * * **
700 G-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTAAC-C-GAGGTAG
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT-CCTCAAAGCAAG
* * *
762 ACATTCAATTATAATATATTCTAACCAAAATATAAAAAAATTC
129 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTT
* * * ** * * *
805 AATTTTAAATCAGTTAAAAGTTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATGAGACTTTCAAAGGCA-
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-AT
* * * * * * * *
868 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAAGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGCTA-
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAG
* * * *
932 ACAATCAATGATAATATATTTTAACCGAAAATA-GAAAAAATTGT
129 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATT-T
* * ** * * *
976 AACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAACGCTTTCGAATGCATT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGATT
* * * * * * **
1041 -AGTGACAATAAATGGACTTTTCTCTACGAA-AGATGGCTTTTCCTTCACATTTCCT--AAGGTA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTCCTCAAAGCAA
* * *
1102 GACATTCAATTGTAATCTATTTTAATCAACAATAT-AAAAAATTT
128 GACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTT
* * *
1146 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGGTAATAAGGCTTTCAAA-GACA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGGA-T
* * * * * * **
1209 TGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGGATGACTTTTTCTTCATAC-TT--TCCAAGGT
64 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC--ACGTTCCTCAAAGCA
* * * * * *
1271 AGCCATTCAGTTATAATCTGTTATAACTAAAATATAAAAAAAATTT
127 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATAT-AAAAAAATTT
* * * * *
1317 AACTTCAAATCAATTTTGAGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCA-T
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-ATT
* * * * * * * *
1381 GGGTGAGTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT-TTCTAAGCCAA-
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAG-CAAG
* *
1444 ACATTCAATTATAATATATGTTAACTAAAAATATAAAAAAATTC
129 ACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTT
* * * * * * * *
1488 AATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGGTTTCTAAGGCTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTG
* * * * *
1553 AGTAACTATAAATGGACTTTTCTT-CTGAGTGGATGGCTTTTGCTTCATGTT-TTCTAAAG-AAG
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTC-AAAGCAAG
* **
1615 ACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATAC
129 ACATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATAT-AAAAAAATTT
* * * * *
1660 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTCAAAGTGAGTAATATGGCTTTAAAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATT
* * * *
1724 GAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCATTTCC-CAAAG-TA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTCCTCAAAGCAA
* *
1786 GACATTTAATTATAATATATTTTATCCAAAAATATAAAAAAAATTT
128 GACATTCAATTATAATATATTTTA-ACAAAAATAT-AAAAAAATTT
* * * * ** * *
1832 GACTTAAAATCAATTGTGAGATTGTAAAACCATTTATGGCAACTAATAAGGCTTTCAAAGG--TG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTG
* * * ** * * * ** *
1895 CAGGTGACTATAAAT-AATCCTTTCTGGTGAATGAATGGCTCATT-CTTTATATTTCCT-AAGGC
66 -A-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATGGCT-TTTGCTTCA-CGTTCCTCAAAGC
* * *
1957 AA-ACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATTATAAAAATATTT
126 AAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAA-TATAAAAAAATTT
* * * * * * *
2004 AACTTAAATTTAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCA-T
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-ATT
* * * *
2068 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGATTGTT-CTTCACG-T-CTCAAAG-TAG
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTT-TTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAG
*
2129 ACATTCAATTATAAAATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTT
129 ACATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTT
* * * * * *
2172 GACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAATTATTTACAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAA-AATAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAT-T
* * * * ** ** * *
2236 G-GACGACTATAAATGGACTTTTCATACCAA-GGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAA
65 GAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGG-ATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAA
* * * *
2299 -ACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTT
128 GACATTCAATTATAATATATTTTAAC-AAAAATAT-AAAAAAATTT
* * * * * *
2344 AACTTAAAAACAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAG-AAGTAATGAGGTTTTCAAAGGCA-T
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-ATT
* ** * * * * ** **
2407 GGGCAACTATAAATGGACTTTCCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTTTC-AAGGTAGA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAGA
* * * * * *
2471 CAATCAATTATAATATATTTCAATAAAATAAATATAAACATTT
130 CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAA-ATATAAAAAAATTT
* * * * * * * *
2514 AACTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAATGTTTTAAAAGGCA-T
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGG-ATT
* * * * * * * * ** * * *
2578 CAATTACTATAAGTGAACTTTTCTCT-ACGATGGATGGCTTTTGCTTTATATT-TTCTAATG-TA
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTC-AAAGCAA
* * * * * ** * *
2640 GACATTCAAGTAAAAAACCATTGATAGTAACAATATAAAAATATTT
128 GACATTCAATTATAATA-TATT-TTAACAAAAATATAAAAAAATTT
* * * * * * *
2686 AACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAAGAAGGCATTCGAAGG-TAT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAT-T
* * * * * * ** *
2750 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCA-GTTTTTCAAGGCAA-A
65 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAGA
* * * * * *
2813 CATTCAAATATAATCTATTTGAATAAAAAATGTAAAACAATTT
130 CATTCAATTATAATATATTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTT
* * *** * * * *
2856 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATTTAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTG
* * * * * * * *
2921 AGTGACTATATATAGACTTTTATTGCCAATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCAT-AAAG-TAGA
66 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACG-TTCCTCAAAGCAAGA
* * *
2984 TATTCAATTATAATATATTTTAATAAAAATCTAAAA
130 CATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAA
3020 GTTTACTAAG
Statistics
Matches: 2164, Mismatches: 464, Indels: 198
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 4 0.00
168 100 0.05
169 28 0.01
170 625 0.29
171 753 0.35
172 627 0.29
173 24 0.01
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTG
AGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTCCTCAAAGCAAGAC
ATTCAATTATAATATATTTTAACAAAAATATAAAAAAATTT
Found at i:749 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 120--3019 Score: 2090
Period size: 341 Copynumber: 8.5 Consensus size: 337
110 GCCAACAAAC
* ** *
120 TCAACTTAAAATCAATTATG-GAATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGATGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGA
* * * * *
184 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCCTGCTAGTGGATGCCTTTTGCTTCACGTTTTCCT-AAAAC
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCG--TTCCTCAAAGC
** * * * * *
248 ATTCATTCAATTGTAGTATATTTGAACTAAATATGTAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGA
126 AAGCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** *
313 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAGAGGTTTAAGTGACTATAAATGGACTT
190 GATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * *
378 TTCCTGCCAATGGATGGTTTTTTTTTCACATTTCTTGAAGCAGACATTCAATCATAATATATTTT
255 TTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTT-AAGTAGACATTCAATTATAATATATTTT
* **
443 AACCAAACTACCAAAAAAT
319 AACCAAAATATAAAAAAAT
* * * * * *
462 ACAACTTAAAATCAGTTACGAGGTTATAAAACTATTTAACGCGAGTAATAAGGCTTTTAAACGAT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-GAT
* * *
527 TGAGTGACTATAAATAGAGTTTTCTGGCCAATGGATGGGTTTTGCTTCTCGTTCCTCAAAGCAAG
65 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-GCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTCCTCAAAGCAAG
* * * * *
592 CATTTAATTATAAAATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGT
129 CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
657 TATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
193 TATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * ** * *
722 TTGTCAATGAATGACTTTTGCTTCACATTAACCGAGGTAGACATTCAATTATAATATATTCTAAC
258 TTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATT-TCTTAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAAC
787 CAAAATATAAAAAAAT
322 CAAAATATAAAAAAAT
* * * ** * * *
803 TCAATTTTAAATCAGTTAAAAGTTTATAAAA-TCATTTAAAGCGAGTAATGAGACTTTCAAAGGC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-G-
* * * * * * * *
867 A-TGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCCAAAGAATGGCTTTTCCTTCACGTTTCTTAAGGCT
63 ATTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTCCTCAAAGC-
* * ** *
931 AA-CAATCAATGATAATATATTTTAACCGAAAA-TAGAAAAAATTGTAACTTAAAATTAATTATG
126 AAGCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTA-AAAAAATT-TAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * * *
994 AGAATATAAAACTATTTAAATTGAGTAATAACGCTTTCGAATGCATTA-GTGACAATAAATGGAC
189 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA-TAGGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
1058 TTTTCTCTACGAAAG-ATGGCTTTTCCTTCACATTTCCTAAGGTAGACATTCAATTGTAATCTAT
253 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAA-GTAGACATTCAATTATAATATAT
*
1122 TTTAATCAACAATAT-AAAAAAT
316 TTTAACCAA-AATATAAAAAAAT
* * *
1144 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TAGGTAATAAGGCTTTCAAAGAC
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTCAAAGA-
* * * * * * * *
1208 ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCTAGTGGATGACTTTTTCTTCATAC-TT--TCCAAGG
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-T-CGTTCCTCAAAGC
* * * * * * * *
1270 TAGCCATTCAGTTATAATCTGTTATAACTAAAATATAAAAAAAATTTAACTTCAAATCAATTTTG
126 AAG-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAA-ATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * * * *
1335 AGATTATAAAACAATTTAAAACGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCATGGGTGAGTATAAATAGACT
189 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
* ** * * *
1400 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTAAGCCAAACATTCAATTATAATATATG
254 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCT-TAAG-TAGACATTCAATTATAATATATT
*
1464 TTAACTAAAAATATAAAAAAAT
317 TTAAC-CAAAATATAAAAAAAT
* * * * * * * *
1486 TCAATTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGGTTTCTAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGAT
* * * * *
1551 TGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTCTGAGTGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTT-TTCTAAAG-A
65 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC-CAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCGTTCCTC-AAAGCA
* **
1613 AGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATG
127 AG-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATG
* * ** * * *
1678 AGATTATAAAATCATTCAAAGTGAGTAATATGGCTTTAAAAGGC-TTGAGTGACTATAAATGGAC
189 AGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGAC
* * * ** *
1742 -TTTCTTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCATTTCCCAAAGTAGACATTTAATTATAATATAT
253 TTTTC-TTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTTAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
*
1806 TTTATCCAAAAATATAAAAAAAAT
316 TTTAACC-AAAATAT-AAAAAAAT
** * * * ** * * *
1830 TTGACTTAAAATCAATTGTGAGATTGTAAAACCATTTATGGCAACTAATAAGGCTTTCAAAG-GT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATT
* * ** * * * ** *
1894 GCAGGTGACTATAAAT-AATCCTTTCTGGTGAATGAATGGCTCATT-CTTTATATTTCCT-AAGG
66 G-A-GTGACTATAAATGGA-CTTTTCT-GCCAATGGATGGCT-TTTGC-TTCTCGTTCCTCAAAG
* * * * * *
1956 CAAACATTCAAATATAATCTATTTTAACTAAAAATTATAAAAATATTTAACTTAAATTTAATTTT
125 CAAGCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTA-AAAAA-ATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * *
2021 GAGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GAGTGACTATAAATAGA
188 GAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAG-GTGACTATAAATGGA
* * * * *
2085 CTTTTCTTGCCAATGAATGGATTGTT-CTTCACGTCTC-AAAGTAGACATTCAATTATAAAATAT
252 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTT-TTGCTTCACATTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAATATAT
*
2148 TTTAACAAAAATATAAAAAAAT
316 TTTAACCAAAATATAAAAAAAT
** * * * * *
2170 TTGACTTAAACTCAATTATGAGATTATAAAATTATTTACAGCTAGTAATAAGGCTTTCAAAAATA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGAT-
* * * * ** ** * *
2235 TG-GACGACTATAAATGGACTTTTCATACCAA-GGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTA
65 TGAG-TGACTATAAATGGACTTTTC-TGCCAATGG-ATGGCTTTTGCTTCTCGTTCCTCAAAGCA
* * * * * *
2298 AACATTCAAATATTATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAAACAATTATGA
127 AGCATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGA
* * * * **
2363 GATTATAAAACCATCT-AAA-GAAGTAATGAGGTTTTCAAAGGCATGGGCAACTATAAATGGACT
190 GATTATAAAACCATTTAAAACG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
* * *
2426 TTCCTTACCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-TTCAAGGTAGACAATCAATTATAATATATT
254 TTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTT-AA-GTAGACATTCAATTATAATATATT
* *
2490 TCAA-TAAAATA-AATATAAACAT
317 TTAACCAAAATATAA-A-AAA-AT
* * * * * * * * *
2512 TTAACTTAAAATTAATTATGACATTATAAAACCATTTAAACCAAGTAATAATGTTTTAAAAGGCA
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-G-A
* * * * * * * ** * *
2577 -TCAATTACTATAAGTGAACTTTTCT-CTACGATGGATGGCTTTTGCTTTATATTTTCT-AATG-
64 TTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGC--CAATGGATGGCTTTTGC-TTCTCGTTCCTCAAAGC
* * * * * * * * * *
2638 TAGACATTCAAGTAAAAAACCA-TTGATAGTAACAATATAAAAATATTTAACGTAAAATCAATTA
126 AAG-CATTCAATTATAATA-TATTTTA-ACTAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTA
* * * * * * * * *
2702 TGAGATTATAAAACCATTGAAAGCAAGTAAGAAGGCATTCGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGA
187 TGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGA
* * * * * * * *
2767 CTTTTCTTACCAATGAATGGTTTTTTCTTCA-GTTT-TTCAAGGCAAACATTCAAATATAATCTA
252 CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTT-AA-GTAGACATTCAATTATAATATA
* ** * *
2830 TTTGAATAAAAAATGTAAAACAAT
315 TTTTAA-CCAAAATATAAAAAAAT
* * * *** * * *
2854 TTAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATTTAGTAAAAAGGCTTTCGAAGGCT
1 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGAT
* * * * * * * *
2919 TAAGTGACTATATATAGACTTTTATTGCCAATGGATGACTTTTACTTCAT-GTTTCAT-AAAG-T
65 TGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTC-TCG-TTCCTCAAAGCA
*
2981 AGATATTCAATTATAATATATTTTAA-TAAAAATCTAAAA
127 AG-CATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAAT-TAAAA
3020 GTTTACTAAG
Statistics
Matches: 2023, Mismatches: 434, Indels: 204
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 3 0.00
339 78 0.04
340 207 0.10
341 707 0.35
342 562 0.28
343 233 0.12
344 215 0.11
345 17 0.01
346 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGATT
GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTCGTTCCTCAAAGCAAGCA
TTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
CCAATGAATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTAAGTAGACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAA
ATATAAAAAAAT
Done.