Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401123.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_428.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 29743
ACGTcount: A:0.20, C:0.07, G:0.07, T:0.20
Warning! 13673 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:643 original size:345 final size:343
Alignment explanation
Indices: 7--927 Score: 953
Period size: 345 Copynumber: 2.7 Consensus size: 343
1 ACAAAG
* * * ** * * * *
7 AATTCAAATTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGCAACAAGGCCTTT-AAA
1 AATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
*** * * * ** * * * **
71 GGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CCTTTTTGTTGACCTTTCTCGAG
66 -GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCTTCACATTTCTTAAG
* * * * * * *
135 GTAAACATTCAATTATAAT-TGTTCTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-ACTT
130 ATAGACACTCAAGTATAATCTGTT-TCAACCAAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAC-T
* * * * * * ** * * **
197 ATGAGATTGTAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGAAATGGATAACTATAAATA
193 AAGAGATTATAAAA-CTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGTATAGTTGGCTATAAATA
* * *
261 GACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
257 GACTTTTCTTGTCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATCT
*
326 GTTTTAACCAAATATGTAAAAA
322 GTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
348 AATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAA
1 AATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
* * * ** *
413 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCTATAAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGA
* * *
478 TCA-ACACTCTAGTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAC
131 T-AGACACTCAAGTATAATCTGTTTCAACCAAAAAAG-T--AAAAAAAATCAACTTAAAATCAAC
*
542 -AAG-GCCTTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGTATAGTTGGCTATAAAT
192 TAAGAG-ATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGTATAGTTGGCTATAAAT
* * *
605 AGGCTTTTCTT-TACAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGGCATTCAACTATAAT
256 AGACTTTTCTTGT-CAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAAT
* * *
669 CTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAC
320 CTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * *
693 AATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
*** *
758 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGA
66 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGA
* * * * * * *
823 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAGCCAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAAATCAACTATG
131 TAGACACTCAAGTATAATCTGTTTCAACCAAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAACTAAG
* *
888 AGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGA
196 AGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGA
928 AACAATGGGT
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 88, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 80 0.17
342 65 0.14
343 43 0.09
344 7 0.01
345 261 0.55
346 19 0.04
347 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
AATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATAAATGATTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGA
TAGACACTCAAGTATAATCTGTTTCAACCAAAAAAGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAACTAAG
AGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAGGGTATAGTTGGCTATAAATAGACT
TTTCTTGTCAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTT
TAACCAAAAATGTAAAAA
Found at i:841 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7--968 Score: 1036
Period size: 172 Copynumber: 5.6 Consensus size: 171
1 ACAAAG
* * * ** * * * * *
7 AATTCAAATTAAAATCAATTTTCAGATTATAAAATAATTTAAAGCAAGCAACAAGGCCTTTAAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * ** * * ** **
72 GAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTGTTGACCTTTCTCGAGGT
66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
*
137 AAACATTCAATTATAAT-TGTTCTTAACCAAAAATGT-AAAA
131 AGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
177 AATTCAACTTAAAATCACTTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* * * * * *
242 AAATGGATAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGT
66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
*
307 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAA
131 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * * * * *
348 AATTTAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCTTTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
*** * * *
413 GAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCTATAAATGCTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
* * * * *
478 TCA-ACACTCTAGTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAAA
130 T-AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-T--AAAAA
* * * * * * * *
523 AAATCAACTTAAAATCAA-CAAG-GCCTTATAAAACTATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * ** * *
586 GGTATAGTTGGCTATAAATAGG-CTTTTCTTTACAATAAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
65 GGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAG
* * * * *
650 GTAGGCATTCAACTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAGAC
129 GTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* *
693 AATTCAATTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
** *
758 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGATTTTTTTCTTCACATTTCTTAAGA
66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGG
* * *
823 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAGCCAAAAATGTAAAAC
130 TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
865 AATTCAACTTAAAATCAACTATGAGATTATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA
1 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
* *
930 CAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAT
66 GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
969 ACCTTTTTCT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 120, Indels: 26
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 154 0.23
171 163 0.25
172 206 0.31
173 53 0.08
174 60 0.09
175 22 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGTTTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
Found at i:14288 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14002--15871 Score: 1438
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 170
13992 NNNNNNNNNN
* * *
14002 AATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAATGCTTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCT
* * * * * *
14067 TCATATTTCTTGAGGTACACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATCTACAAAGAATTTAA
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCAA
* * * * *
14132 ATTTAAATCGATTTTCAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGT
129 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
14174 AATAAGGCCTTTAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT
* * * * * * ** *
14239 TCATGTTTCTCAAGCTAGATATTCAATTATAATATGTTTTGACTAAAAATGTAAATAAGCTTGAA
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAAATTCAA
* *
14304 ATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTGAGT
129 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * *
14346 AATAAGGCTTTTGAAGCAATGGGTGCCTATGAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCT
* * * * * * *
14411 TGATATTTCTTGAGGTATACATTCAGTTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTGAAC
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * **
14476 TTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCTTTTACAGCAAGT
130 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * *
14517 AATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGAATATCCTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCT
* * * * * *
14582 TAATGTTTCTCGAGGAAGATATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
14647 TTAAAATCAATTATGACATTACAAAACTATTTAAAGCGGGT
130 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* *
14688 AATAAGGCTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGC-TTTTTCT
* * * * * * * * **
14753 TTATATTTCTTGAGGTAGATATTCAATTCTAGTCTATTTTAA-TCAAAACTATAAAAGTATTCAA
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * ***
14817 CTTAAAAAT-AAGTATTG-GTTTATGAAGCCATTTAAACCAAGT
129 CTT-AAAATCAA-TTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* ** *** * ** *
14859 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATAGACTTTTCGTGCCAATGGTTTGCTTTTGCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAAT-GAATGCTTTTTCT
* ** * ** * * * *
14924 TCATATTCCTTAAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAAC
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
14989 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
130 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * *** *
15030 AATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATACCTTTTTCT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAAT-GCTTTTTCT
* * * * * *
15095 TCATATTT-TCAAAAGTAGACACTCAATTATAAACTGTTCTAACTAAAAAAGTAAAACAAATTCA
65 TCATATTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA-AAATTCA
* * * * * * *
15159 AATTAAAATCAATTCTAAGATTATAAAACTATTCAGAGTGCGT
128 ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * * * *
15202 AATAAGGATATTGAAGGAATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGCCTTTTTAT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT
* * *
15267 TCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGT---AAAA--CAA-
65 TCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* **
15326 -T----T--A--TT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCAAGT
130 TTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* ** * * ** *
15357 AATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCGTGTTAAT-AGATGGCTTTTGC
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGA-AT-GCTTTTTC
* * * * * ** * * ** *
15421 TTCATGTTTCCCCAGATAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATACAAAAATATTCAA
64 TTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * ** * *
15486 CCTAAAATCAATTATGATATTATAAAAATATTTATAGCGAGT
129 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * ** * *
15528 AATAAGGGTTTT-ATAGAAATGGGTGACTAT-AA-A-ACTTTTCTTATCGATGAATGTCTTTCTC
1 AATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTC
* * ********** * *
15589 TTCATATTTTTCAAGGTAGACNNNNNNNNNNAATCTGTTTTAACCAAAAATGTACAAAGAATT-A
64 TTCATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA-AAAAAATTCA
* * **
15653 GAATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAAACATTTAAAGCAAGT
128 -ACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * * ********** * *
15697 AACAAGGCCTTTAAAGCAATGGNNNNNNNNNNATAGACTTTTCCTGCCAATGAATGCCTTTTTGT
1 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTCT
* * * * *
15762 TCACT-TTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTATCTTAACTAAAAATGT-AAACAATTCAA
65 TCA-TATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * *
15825 CTTAAAATCACTTATGAGATTGTAAAACCTTTTAAAGCGAGT
129 CTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
15867 AATAA
1 AATAA
15872 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1328, Mismatches: 325, Indels: 92
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
155 112 0.08
156 2 0.00
158 4 0.00
160 4 0.00
162 1 0.00
164 1 0.00
166 4 0.00
167 1 0.00
168 56 0.04
169 61 0.05
170 66 0.05
171 569 0.43
172 442 0.33
173 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTCTT
CATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
Found at i:19439 original size:171 final size:161
Alignment explanation
Indices: 19148--19464 Score: 307
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
19138 NNNNNNNNNN
* **
19148 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTGAATTTCTTTAAATTTTTAGTT
1 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTAAATTTCTTTAAATTTTTAGCC
* * * * ** * *
19213 AAAACGGATTAAAATTAAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGGAAAAGGCATTCATTAGTAAGAA
66 AAAACAGACTAAAATTAAATGCTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGGAAAAA
* *
19278 AAGTCTATTTATAGTCACTCATTCNNNNNNNNNNCTTCTTA
131 AAGCCCATTTATAGTCACTCATTC----------CTTCTTA
* * *
19319 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAAGTTAAATTT-TTTATATTTTTAGC
1 CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGGTAAATTTCTTTAAATTTTTAGC
* * * * *
19383 CAAAACAGACTATAATTGAATGCTTGCCTT-GGAAAACAT-ATAGAAAAACCCATTCATTTGGAA
65 CAAAACAGACTAAAATTAAATGCTTACCTTAAG-AAACATGA-AGAAAAACCCATTCATTAGGAA
19446 AAAAAGCCCATTTATAGTC
128 AAAAAGCCCATTTATAGTC
19465 TCTTATTTCT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 107 0.88
172 13 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (161 bp):
CTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGGTAAATTTCTTTAAATTTTTAGCC
AAAACAGACTAAAATTAAATGCTTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAGGAAAAA
AAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCTTA
Done.