Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401139.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4295.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5747
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 735 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:536 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--2235 Score: 1383
Period size: 171 Copynumber: 13.1 Consensus size: 169
* * * * * *
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGCATATTTCTTG
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAT-TTTCTTG
* * * * *
66 TGAATGAATGGTTTTTTCTTTAAGTTTCCTAAGATAG-AAAC--TCAATTATAA-CTTATTTTAA
65 TCAATGAATGG-CTTTTCTTTATGTTTCC-CA-A-AGCAAACATTCAATTATAATC-TGTTTTAA
* * *
127 CAAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAAT
125 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * *
172 AAAACCATT-AAAGGGAGTAACAAGGCTTGTGAAGGAAGGGGTGAATATAAATGAACTTTCTTTG
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATTTTC-TTG
* * * * * * * *
236 CCAATGAATGTCTTTTTCTTCATGTTTCACTAAGCAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-GAA
65 TCAATGAATGGC-TTTTCTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* *
300 AAATGTAAGAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTATGAGGTTAT
129 AAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTAT
********** * *
341 AAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATATTTCTTG
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAT-TTTCTTG
* * * * *
406 TCAATGAATGACTTTCTCTTTATGGTTCCCGATA-CAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCA
65 TCAATGAATGGCTTT-TCTTTATGTTTCCC-AAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* * * *
470 AAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATAATAAGATTGT
128 AAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** * * *
512 ACAACCATTGAAATATAGTAATAAGGGTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTGTCCTTG
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTTG
* * * * * * *
577 GCAATGAATGACTTTTACTTCATATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAA
65 TCAATGAATGGCTTTT-CTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * * *
642 AAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATAAGGTTAT
129 AAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
684 AAAACTATTTAAAGAGAATACTAAGGCCTTCGAAAGCT-T-GGCTGACTATAAATTGACTTTTCT
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATAGG-TGACTATAAATGGA-TTTTCT
* * * * * *
747 TGCCAA-GAATGGCTTTTGTTTCATGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAGC
63 TGTCAATGAATGGCTTTTCTTT-ATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC
* * * * * *
811 AAAAAAGTGAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
127 AAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * *
854 AAAACTATTGAGAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT-TAGATGTCTATAAATGGGCTTTTCTT
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTATAAAT-GGATTTTCTT
* * * * *
918 GTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAAT-TTTTCCAAAGTCAAACATTCAATT-TGATATGTTTTAA
64 GTCAATGAATGG-CTTTTCTT--TATGTTTCCCAAAG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * **
981 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAACCAT
125 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* ** * * *
1026 AAAACCATTAAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGATTTGTTTTG
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATTT-TCTTG
* * ** * * *
1091 GCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAA
65 TCAATGAATGGCTTTT-CTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * *
1156 AAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATGAGGTTAT
129 AAATGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * *
1198 AAAACTATTTAAAGAGAATACTATGGCCTTCGAAAGCT-T-GGTTGACTATAAATTGACTTTTCT
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGGTATAGG-TGACTATAAATGGA-TTTTCT
* * * *
1261 TGCCAA-GAATGGCTTTTGTTTCATTGTTTCTCC-AAGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAA
63 TGTCAATGAATGGCTTTTCTTT-A-TGTTTC-CCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * * * * *
1324 GCAAAAAAGTGAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
125 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * *
1369 AAAACTATTGAGAGAGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCT-TAGATGTCTATAAATGGACTTTTCTT
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTATAAATGGA-TTTTCTT
* * * * * **
1433 GTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAAT-TTTTCCGAAGTCAAACATTCAATTATGAGATGTTTTAA
64 GTCAATGAATGG-CTTTTCTT--TATGTTTCCCAAAG-CAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* * * **
1497 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAACCAT
125 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
*** * * * *
1542 AAAACCATTGAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATA-ATGACTATATATAGATTTGTTTTG
1 AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATTT-TCTTG
* ** * * * *
1606 TCAATGAATGGCTTTGTATTTACATTTCCC-ATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAA
65 TCAATGAATGGCTTT-TCTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA
* * * *
1670 AAATATAAAAAAAGTCAA-CTAAAAATCAATTATGAGACTAC
129 AAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * *
1711 AAAACTATTTAAAGGGTGGGTGTAATAAGG-TATTCGAAGGT-TTGACTGTCTATAAATGGACTT
1 AAAACCATTGAAA----GAGAGTAATAAGGCT-TTTGAAGGTATAG-GTGACTATAAATGGA-TT
* * * * * ** * * * * *
1774 TTCATATCAATGGATGACATTTGCTCCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-AGATTT
59 TTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTG-TTT
* * * * *
1838 TAA-TAAAAGAAGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT--ATCCATGAGTTTAT
122 TAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAAT-TATGAGATTAT
* * * *
1885 AAAACCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCT
1 AAAACCATTGAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-TATAGGTGACTATAAAT-GGATTTTCT
* * * * * * *
1948 TGTCATTGAATGGCTTTCTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACAAAT-AATTACAATCTGTTTTAAC
63 TGTCAATGAATGGCTTT-TCTTTATGTTTCCCAAAGCAAAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
* ********** *
2012 TANNNNNNNNNNAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTAT
126 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
2056 AAAACTATAT-AAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCAT-GAGTAACTATAAATTGACTTTTCT
1 AAAACCAT-TGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAG-GTGACTATAAATGGA-TTTTCT
* * * * ** * * * *
2119 TGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAG-ATAGATACTCAATTGTAATATGTTTTAA
63 TGTCAATGAATGGC-TTTTCTTTATGTTTCCCAAAGCA-A-ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
* *
2182 CCAAATATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
125 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
2227 AAAACCATT
1 AAAACCATT
2236 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1591, Mismatches: 387, Indels: 173
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 9 0.01
169 122 0.08
170 358 0.23
171 504 0.32
172 349 0.22
173 139 0.09
174 57 0.04
175 50 0.03
176 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAAACCATTGAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATTTTCTTGT
CAATGAATGGCTTTTCTTTATGTTTCCCAAAGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
Found at i:876 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--2235 Score: 1110
Period size: 343 Copynumber: 6.5 Consensus size: 341
* * * * * * * *
1 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTGAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGCATATTTCTT
1 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCCTTCGAA-GCTATAGGTGACTATAAATGGATATTTCTT
** ** * * * * *
65 GTGAATGAATGGTTTTTTCTTTAAGTTTCCTAAGATAGAAAC--TCAATTATAA-CTTATTTTAA
65 GCCAATGAATGACTTTCTCTTTATGGTTCCCAA-A-ACAAACATTCAATTATAATC-TATTTTAA
* *
127 CAAAAAA-TGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATAATAAAACCATT-AAAGGGAGT
127 CAAAAAAGTG-AAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAGT
* * * * * * *
190 AACAAGGCTTGTGAAGGAAGGGGTGAATATAAATGAACTTTCTTTGCCAATGAATGTCTTTTTCT
191 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGACTTTTTCT
* * * * *
255 TCATGTTTCACTAAGCAAACATTCAATTATAATTTTTTTTAA-GAAAAATGTAAGAAAATTCAAC
256 TCATATTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
*
319 TAAAAATCAATTATGAGGTTAT
321 T-AAAATCAATTATAAGGTTAT
********** * * * *
341 AAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATAGGTGACTATAAATGGATATTTCTTG
1 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCCTTCGAAGCTATAGGTGACTATAAATGGATATTTCTTG
* * * * *
406 TCAATGAATGACTTTCTCTTTATGGTTCCCGATACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAA
66 CCAATGAATGACTTTCTCTTTATGGTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
* * * * * *
471 AAA-TGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATAATAAGATTGTACAACCATTGAAATATAGTAATA
131 AAAGTG-AAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAGTAATA
* * * * *
535 AGGGTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGACTGTCCTTGGCAATGAATGACTTTTACTTCAT
195 AGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCAT
* *
600 ATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAACAATTCAACATA
260 ATTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAAC-TA
*
665 AAATCGATTATAAGGTTAT
323 AAATCAATTATAAGGTTAT
* *
684 AAAACTATTTAAAGAGAATACTAAGGCCTTCGAAAGCT-T-GGCTGACTATAAATTGACT-TTTC
1 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCCTTCG-AAGCTATAGG-TGACTATAAATGGA-TATTTC
* * * *
746 TTGCCAA-GAATGGCTTT-TGTTTCATGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
63 TTGCCAATGAATGACTTTCTCTTT-ATGGTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* * * * * *
809 GCAAAAAAGTGAA-AAACTTTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGAGAGT
127 -CAAAAAAGTGAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAGT
** * * * * * *
873 AATAAGGCTTTTGAAGGCTTAGATGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGA-TTTTTC
191 AATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAAT-GACTTTTTC
* * * * *
937 TTCAAATTTTTCCAAAGTCAAACATTCAATT-TGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
255 TTCATA-TTTCCCTAAG-CAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * ***
1001 AGCCTAAAATTAATTATGAA-ACCAT
318 A-ACTAAAATCAATTAT-AAGGTTAT
* * ** * * * * * * *
1026 AAAACCATTAAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGAT-TTGTTTT
1 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCCTTCGAAGCTATAGGTGACTATAAATGGATATT-TCTT
* * * *** * * *
1090 GGCAATGAATGGCTTT-TACTTCACATTTCCCTAAGA-AAACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
65 GCCAATGAATGACTTTCT-CTTTATGGTTCCC-AAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-
* * * * * * *
1153 CAAAAATA-T-AAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAA
127 CAAAAA-AGTGAAGAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAG
* * * * * ** * * * *
1216 TACTATGGCCTTCGAAAGCTTGGTTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAA-GAATGGCTTTTGT
190 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGACTTTT-T
* * * * * * * *
1280 -TTCATTGTTTCTCC-AAGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAAAGTGAAAAACTT
254 CTTCA-TATTTC-CCTAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* ** *
1343 TAACTTAAAATCAATTACGAGATTAT
317 CAAC-TAAAATCAATTATAAGGTTAT
* * * * * ** * *
1369 AAAACTATTGAGAGAGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCT-TAGATGTCTATAAATGGACT-TTTCT
1 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCCTTCGAA-GCTATAGGTGACTATAAATGGA-TATTTCT
* * * ** * ** * ** *
1432 TGTCAATGAATGGA-TTTTTCTTCAAATTTTTCCGAAGTCAAACATTCAATTATGAGATGTTTTA
64 TGCCAATGAAT-GACTTTCTCTT--TATGGTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTA
* * * * * ** ***
1496 ACCAAAAA-TGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAACCATAAAACCATTGAAATCTAG
126 ACAAAAAAGTG-AAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAG
* ** * * ** * * *
1560 TAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-AATGACTATATATAGA-TTTGTTTTGTCAATGAATGGCTTTGT
190 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT-CCTTGCCAATGAATGACTTTTT
* * * * * * * * * *
1623 ATTTACATTTCCC-ATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAAGTCA
254 CTTCATATTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* ** *
1687 ACTAAAAATCAATTATGAGACTAC
319 ACT-AAAATCAATTATAAGGTTAT
* ** ** * * * *
1711 AAAACTATTTAAAGGGTGGGTGTAATAAGGTATTCGAAGGT-TTGACTGTCTATAAATGGACT-T
1 AAAACTATTTAAA----GAGAATAATAAGGCCTTCGAAGCTATAG-GTGACTATAAATGGA-TAT
* ** * * * * *** * **
1774 TTCATATCAATGGATGACATTTGCTC--CACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATAGATT
60 TTCTTGCCAATGAATGAC-TTT-CTCTTTATGGTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATT
* * * * * *
1837 TTAATAAAAGAAGT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT--ATCCATGAGTTTATAAAACCATTTAAA-
123 TTAACAAAA-AAGTGAAGAAAATTCAACCTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTGAAAG
* ** * * * *
1898 ACGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGTCATTGAATGGC
186 A-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTCCTTGCCAATGAATGAC
* ** * * * * * * * **********
1962 TTTCTCTTCACGTTTCTCAAAGTAAACAAAT-AATTACAATCTGTTTTAACTANNNNNNNNNNAA
249 TTTTTCTTCATATTTCCCTAAGCAAAC-ATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
*
2026 AATTCAACCTAAAATCAATTAT-GGGATTAT
313 AATTCAA-CTAAAATCAATTATAAGG-TTAT
* * * * *
2056 AAAACTATATAAAGCGAGTAATAA-GCCTTTCGAAGGC-AT-GAGTAACTATAAATTGACT-TTT
1 AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCC-TTCGAA-GCTATAG-GTGACTATAAATGGA-TATTT
** * * * * ** * * * * * * * *
2117 CTTGTTAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGATAGATACTCAATTGTAATATGTTTTAA
62 CTTGCCAATGAATGACTTTCTCTTTATGGTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* *
2182 CCAAATA-TGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
127 CAAAAAAGTG-AAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
2236 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1466, Mismatches: 353, Indels: 150
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
338 4 0.00
339 4 0.00
340 143 0.10
341 209 0.14
342 328 0.22
343 347 0.24
344 274 0.19
345 104 0.07
346 48 0.03
347 3 0.00
348 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGCCTTCGAAGCTATAGGTGACTATAAATGGATATTTCTTG
CCAATGAATGACTTTCTCTTTATGGTTCCCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAA
AAAGTGAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTGAAAGAGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATGAATGACTTTTTCTTCATA
TTTCCCTAAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTAAAA
TCAATTATAAGGTTAT
Found at i:1094 original size:514 final size:516
Alignment explanation
Indices: 443--1724 Score: 2033
Period size: 514 Copynumber: 2.5 Consensus size: 516
433 CCCGATACAG
* * * * * * *
443 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATAAT-AAG
1 ACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAA-
*** * * * ** ** * *
507 ATTGTACAACCATTGAAATATAGTAATAAGGGTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATGGA-CTG
65 ACCATAAAACCATTGAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGATTTG
* * *
571 TCCTTGGCAATGAATGACTTTTACTTCATATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTT
130 T-TTTGGCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTT
*
636 AACCAAAAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATAAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGA
194 AACCAAAAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGA
701 ATACTAAGGCCTTCGAAAGCTTGGCTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAGAATGGCTTTTGT
259 ATACTAAGGCCTTCGAAAGCTTGGCTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAGAATGGCTTTTGT
*
766 TTCA-TGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAAAGTGAAAAACTTTA
324 TTCATTGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAAAGTGAAAAACTTTA
*
830 ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG
389 ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAG
*
895 ATGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCCAAAGTCAA
454 ATGTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCCAAAGTCAA
958 ACATTCAATT-TGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAA
1 ACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAA
* *
1022 CCATAAAACCATTAAAATCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGATTTGT
66 CCATAAAACCATTGAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGATTTGT
1087 TTTGGCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
131 TTTGGCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
1152 CCAAAAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAAT
196 CCAAAAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAAT
* *
1217 ACTATGGCCTTCGAAAGCTTGGTTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAGAATGGCTTTTGTTT
261 ACTAAGGCCTTCGAAAGCTTGGCTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAGAATGGCTTTTGTTT
* *
1282 CATTGTTTCTCCAAGCAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAAAGTGAAAAACTTTAAC
326 CATTGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAAAGTGAAAAACTTTAAC
*
1347 TTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGAGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGAT
391 TTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGAT
*
1412 GTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCCGAAGTCAA
456 GTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCCAAAGTCAA
*
1473 ACATTCAATTATGAGATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAA
1 ACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAA
*
1538 CCATAAAACCATTGAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAA-TGACTATATATAGATTTGT
66 CCATAAAACCATTGAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGATTTGT
* * * * * *
1602 TTTGTCAATGAATGGCTTTGTA-TTTACATTTCCC-ATGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA
131 TTTGGCAATGAATGGCTTT-TACTTCACATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
* * * ** *
1665 ATCAAAAATATAAAAA-AAGTCAAC-TAAAAATCAATTATGAGACTACAAAACTATTTAAAG
195 ACCAAAAATATAAAAACAATTCAACAT-AAAATCGATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAG
1725 GGTGGGTGTA
Statistics
Matches: 711, Mismatches: 50, Indels: 14
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
512 1 0.00
513 37 0.05
514 322 0.45
515 253 0.36
516 98 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (516 bp):
ACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAGCCTAAAATTAATTATGAAA
CCATAAAACCATTGAAATCTAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGACTATAAATAGATTTGT
TTTGGCAATGAATGGCTTTTACTTCACATTTCCCTAAGAAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAA
CCAAAAATATAAAAACAATTCAACATAAAATCGATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGAGAAT
ACTAAGGCCTTCGAAAGCTTGGCTGACTATAAATTGACTTTTCTTGCCAAGAATGGCTTTTGTTT
CATTGTTTCTCAAAACAAACATTCAATTACAATCTATTTTAAGCAAAAAAGTGAAAAACTTTAAC
TTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGAGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTAGAT
GTCTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGATTTTTCTTCAAATTTTTCCAAAGTCAA
Found at i:1435 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1411--1453 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1401 AAGGCTTAGA
*
1411 TGTCTATAAATGGACTTTTCT
1 TGTCAATAAATGGACTTTTCT
* *
1432 TGTCAATGAATGGATTTTTCT
1 TGTCAATAAATGGACTTTTCT
1453 T
1 T
1454 CAAATTTTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 19 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.12, G:0.16, T:0.49
Consensus pattern (21 bp):
TGTCAATAAATGGACTTTTCT
Found at i:2695 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2406--2738 Score: 397
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
2396 AAATTAATTA
* * * * *
2406 TGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAATCTTGGGTGACTATAAATGGG
1 TGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA-GATTTTGAAATCATGGGTGACTATAAATGGA
* * * * *
2471 CTATTCTTGCCAATGAATGGGTTTCTCTTCACATTTCTTGAGGCAAACATTCAATCATAATCTAT
65 CTATTCTTACCAATAAATGGCTTTCTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATCTAT
*
2536 TTTAA-CAAAAATATAAAA-ATATTCAACTTAAAATCGATTT
130 TTTAATAAAAAATATAAAACA-ATTCAACTTAAAATCGATTT
*
2576 TGAGGTTACAAAACCATTTAAA-CTGAGTAATATA-ATTTTTAAACTCATGGGTGACTATAAATG
1 TGAGGTTACAAAACCATTTAAAGC-GAGTAATA-AGATTTTGAAA-TCATGGGTGACTATAAATG
* * * * * *
2639 GACTTTTCTTACCAGTAAATGTCTTT-TACTTCACGTTTCCTAAGGCAAATATTCAATTATAATC
63 GACTATTCTTACCAATAAATGGCTTTCT-CTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATC
* *
2703 TCTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACTTAAA
127 TATTTTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAA
2739 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 20, Indels: 11
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 9 0.07
170 103 0.75
171 24 0.18
172 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TGAGGTTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGATTTTGAAATCATGGGTGACTATAAATGGAC
TATTCTTACCAATAAATGGCTTTCTCTTCACATTTCCTAAGGCAAACATTCAATCATAATCTATT
TTAATAAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCGATTT
Found at i:3270 original size:171 final size:163
Alignment explanation
Indices: 3091--3405 Score: 322
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 163
3081 NNNNNNNNNN
* * * *
3091 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGTG-T-TTTCTTCACATTTCCTAAGACAGACAC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT-G-GCTATGTCTTCACATTTCCCAAGACAAACAA
* *
3154 TTAATTATAA-CATGTTTTAA-TCAAAAT-TATTAAAAA-A-TTCAACCTAAAATCAATTATGAG
64 TCAATTATAATC-TGTTTTAACTAAAAATGTA--AAAAAGAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAG
3214 ATTATAAAAT-CATTTAAAGNNNNNNNNNNGGCTTTCGAAGGAATGGGT
126 ATTAT-AAATCCATTTAAAG----------GGCTTTCGAAGGAATGGGT
* * ** * *
3262 GACTATAAATGGACTTTTTTTGTCAATGAATGGCTATGTCTTCATGTTTCCCATGGCAAACAATC
1 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTATGTCTTCACATTTCCCAAGACAAACAATC
3327 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
66 AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
3392 AAATCCATTTAAAG
131 AAATCCATTTAAAG
3406 CGAGTAGTAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 12, Indels: 14
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 2 0.02
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172 12 0.10
173 39 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.12, T:0.34
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GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTATGTCTTCACATTTCCCAAGACAAACAATC
AATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAGAGTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAATCCATTTAAAGGGCTTTCGAAGGAATGGGT
Found at i:4578 original size:345 final size:343
Alignment explanation
Indices: 3806--4901 Score: 1044
Period size: 345 Copynumber: 3.2 Consensus size: 343
3796 NNAAAAATAT
* * * **
3806 AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCTATTTAAAACGAGTAATAAGGCCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT
* *** ** * * * * *
3871 CAAAGAAATG-GACAACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAGTAAATGGC-TTTGTCTTCACGTTTC
66 CGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTG-CTTCACGTTTC
* * *** * *
3934 CTACTGCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAAT
129 CGACTGCAAACATTCAAATATAATAAATTTTAA-TAAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAAT
* * * * ** *
3998 CAATTATGAGATTACAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTT-AAAAAAAGGGATGAGTAT
192 CAATTATGAGATTACAAAACCATTAAAACTGAGTAATAAGGTATTTGAAAAAATGGG-TGAGTAT
** * * * * * * * *
4062 AAAT-AAACTTTTGTTGTCAATGAATACCGTTTCTTTCATGTTTTTCAAGGCAGACAATCGATTA
256 AAATGAAA-TTTCCTTGTCAATAAATAGCTTTTCTTTCA-CTTTTCCAAGGAAAACAATCAATTA
* *
4126 TACTCTACTTTAACTAAAAA-TATA
319 TAATCTACTTTAACTAAAAATTTTA
* * * *
4150 AAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT
** *
4215 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGA-CTTT-TTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTC
66 CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTG--CCAATAAATAGCTTTTGCTTCACGTTTC
* * * * *
4278 TC-A-TGGAAGACATT-AAATGATAATAAATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAGAA
129 -CGACTGCAA-ACATTCAAAT-ATAATAAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAA
* ** * * *
4340 TCAATTATGATATT-GTAAACCATTCAAAAGT-AGTAATAAGGCT-TTTGAAGAAATGGGTGATT
191 TCAATTATGAGATTACAAAACCATT-AAAACTGAGTAATAAGG-TATTTGAAAAAATGGGTGAGT
* * * * *
4402 ATAAAT-AGACTTTCCTTGGT-AATGAATGGCTTTTACTTT-ACATTTTCCTAGGAAAACATTCA
254 ATAAATGA-AATTTCCTT-GTCAATAAATAGCTTTT-CTTTCAC-TTTTCCAAGGAAAACAATCA
* * *
4464 ATTATAATTTATTTTGACTAAAAATTTTA
315 ATTATAATCTACTTTAACTAAAAATTTTA
* * *
4493 AAAACAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCC
1 AAAA-A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCC
* * *
4558 TTCGAAGGTTTG-GCTGACTATAAATTGACCTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCACGTTT
64 TTCGAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTGCTTCACGTTT
* ** *
4622 CCGACTGCAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATT
128 CCGACTGCAAACATTCAAATATAATAAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * *
4687 AATTATGAGCTTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGTATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAA
193 AATTATGAGATTACAAAACCATTAAAACTGAGTAATAAGGTATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAA
* * * * * *
4752 ATGAAATTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTCTTTCATCTTTTTCAAGGTAGACAATCAATTATAC
258 ATGAAATTTCCTTGTCAATAAATAGCTTTTCTTTCA-CTTTTCCAAGGAAAACAATCAATTATAA
* * *
4817 TCTACTTTAACCAAATATATT-
322 TCTACTTTAACTAAAAATTTTA
4838 -AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT
1 AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT
4902 TAATAAAATG
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 106, Indels: 64
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
342 141 0.23
343 68 0.11
344 125 0.20
345 170 0.28
346 106 0.17
347 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (343 bp):
AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTT
CGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACCTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCG
ACTGCAAACATTCAAATATAATAAATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
TATGAGATTACAAAACCATTAAAACTGAGTAATAAGGTATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATG
AAATTTCCTTGTCAATAAATAGCTTTTCTTTCACTTTTCCAAGGAAAACAATCAATTATAATCTA
CTTTAACTAAAAATTTTA
Found at i:4844 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3798--5742 Score: 1301
Period size: 171 Copynumber: 11.3 Consensus size: 170
3788 NNNNNNNNNN
* * *
3798 AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAATCTATTTAAAAC-GAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAACTGAGTAA
* *** * * *
3862 TAAGGCC-TTCAAAGAAATGGACAACTATAAAT-AGACTTTTCTTGTCAGTAAATGGCTTTGTC-
65 TAAGGCCTTTGAAA-AAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTT-TCT
* * ** * ** *
3924 TTCACGTTTCCTACTGCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAACT
127 TTCACTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* * * * *
3969 AAAAATGTAAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCCTTTAAAGTGAGTAA
1 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAA
* * * * * * *
4034 TAAAGCCTTT-AAAAAAAGGGATGAGTATAAATAAACTTTTGTTGTCAATGAATACCGTTTCTTT
65 TAAGGCCTTTGAAAAAATGGG-TGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTCTTT
* * * * * *
4098 CATGTTTTTCAAGGCAGACAATCGATTATACTCTACTTTAACT
129 CA-CTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* *
4141 AAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-GAGTA
1 AAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTA
**** * * * *
4205 ATAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTACCAATGGATGGCTTTTG
64 ATAAGGCCTTT-GAAAAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT--CAATGAATAGCTTTT-
* * * * ** * **
4267 C-TTCACGTTTCTCATGG-AAGACATTAAATGATAATAAATTTTAATG
125 CTTTCAC-TTTTTCAAGGCAA-ACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* * * * * * *
4313 AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATGATATTGT-AAACCATTCAAA-AGTAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTG-AGTAA
* * * * *
4376 TAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGATTATAAAT-AGACTTTCCTTGGT-AATGAATGGCTTTTACT
65 TAAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-GTCAATGAATAGCTTTT-CT
* * * * * *
4439 TT-ACATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTGACTA
127 TTCAC-TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAAC-A
* * * * *
4484 AAAATTTTAAAAACAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGT
1 AAAAATAT-AAAA-A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGT
* * **** * * * *
4549 ACTAAGGCCTTCGAAGGTTTGGCTGACTATAAATTG-ACCTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTT-T
63 AATAAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTCT
* * ** * * *
4612 CTTCACGTTTCCGACTGCAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATA
127 -TTCACTTTTTC-AAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* * * *
4658 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGCTTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
** * * * *
4723 AAGGTATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAAATTTTCTTGTCAATAAATATCTTTTCTTTCA
66 AAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTCTTTCA
* * * * *
4788 TCTTTTTCAAGGTAGACAATCAATTATACTCTACTTTAACC
131 -CTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* * *
4829 AAATATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
* * * * *
4894 AAGGCCTTT-AATAAAATGGATGAGTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAACGAATACCTTTTCTTTC
66 AAGGCCTTTGAA-AAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTCTTTC
* * * *
4958 ATATTTTTCAAGGCAGACAATT-AATTATACTCTACTTTAACC
130 A-CTTTTTCAAGGCAAAC-ATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* * * *
5000 AAAAATATTAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGC-GAGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-CTGAGTAA
**** * * * *
5064 TAAGG-CTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTT-TTGTACCAATGGATGGCTTTTGC
65 TAAGGCCTTT-GAAAAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGT--CAATGAATAGCTTTT-C
* * * * ** *
5126 -TTCACGTTTCTCATGGCAAACATTAAATGATAATAAATTTTAACA
126 TTTCAC-TTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
* * * * * *
5171 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACTATTCAAAAAT-AGTAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT-TAAACTGAGTAA
** * * * *
5235 TAAGGTTTTTGAAAAAATTGGTGACTATAAAT-AGGCTTTCCTTGGT-AATGAATGGCTTTTAC-
65 TAAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTTCTT-GTCAATGAATAGCTTTT-CT
* * * * * * *
5297 TTCAAATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTAT-ATTTTCTTTTGACTA
127 TTC-ACTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTAC-TTTAAC-A
* * * * * *
5343 AAAATAAAAAAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTA
1 AAAA-ATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTA
* * **** * * * * * * * *
5408 CTAAGGCCTTCGAAGGCTTGGTTGACTATAAATTG-ACCTTCCTAGCCAATAAATGGCGTTGTC-
64 ATAAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAA-TGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGC-TTTTCT
* ** ** * **
5471 TTCAAGTTTCCCACTGCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAATC-
127 TTC-ACTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAA-CA
********** * * *
5516 AAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAAT
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
* * *
5581 AAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTCTTTCA
66 AAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTCTTTCA
* * * * *
5646 TATTTTTCAAGGCAGACAATCAATTATACTCCACTTTAACA
131 -CTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
*
5687 AAAAATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1 AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
5743 GCGAG
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 339, Indels: 144
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.00
170 108 0.08
171 716 0.53
172 260 0.19
173 36 0.03
174 144 0.11
175 92 0.07
176 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAACTGAGTAAT
AAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATAGCTTTTCTTTCA
CTTTTTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTACTTTAACA
Found at i:5641 original size:858 final size:859
Alignment explanation
Indices: 3979--5743 Score: 2861
Period size: 858 Copynumber: 2.1 Consensus size: 859
3969 AAAAATGTAA
* * *
3979 AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCCTTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTT
* * *
4044 AAAAAAAGGGATGAGTATAAATAAACTTTTGTTGTCAATGAATACCGTTTCTTTCATGTTTTTCA
66 AAAAAAAGGGATGAGTATAAATAAACTTTTCTTGTCAACGAATACCGTTTCTTTCATATTTTTCA
* *
4109 AGGCAGACAATCGATTATACTCTACTTTAACTAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
131 AGGCAGACAATCAATTATACTCTACTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
4174 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
196 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
4239 GACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGGAAGACATTAAATGATAATAA
261 GACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGGAAGACATTAAATGATAATAA
** * *
4304 ATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAGAATCAATTATGATATTGTAAACCATTCAAAA
326 ATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAAACCATTCAAAA
* * *
4369 GTAGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGGGTGATTATAAATAGACTTTCCTTGGTAATGAATGGCTT
391 ATAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGGTAATGAATGGCTT
* * ** *
4434 TTACTTTACATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTGACTAAAAATTTTAAAAACA
456 TTACTTCAAATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTGACTAAAAATTAAAAAAAAA
4499 GAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCCTTCGAA
521 GAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCCTTCGAA
* * * * * * *
4564 GGTTTGGCTGACTATAAATTGACCTTTCTTGCCAATAAATAGCTTTTTCTTCACGTTTCCGACTG
586 GGCTTGGCTGACTATAAATTGACCTTCCTAGCCAATAAATAGCGTTGTCTTCAAGTTTCCCACTG
4629 CAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
651 CAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
* *
4694 AGCTTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGTATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAAAT
716 AGATTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGCATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAAAT
* * * *
4759 TTTCTTGTCAATAAATATCTTTTCTTTCATCTTTTTCAAGGTAGACAATCAATTATACTCTACTT
781 TTTCTTGTCAATAAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCAAGGCAGACAATCAATTATACTCCACTT
* *
4824 TAACCAAATATATT
846 TAACAAAAAATATT
*
4838 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAAGCCTTT
* * * * *
4903 AATAAAATGGATGAGTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAACGAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCA
66 AAAAAAAGGGATGAGTATAAATAAACTTTTCTTGTCAACGAATACCGTTTCTTTCATATTTTTCA
* * * * *
4968 AGGCAGACAATTAATTATACTCTACTTTAACCAAAAATAT-TAAAATATTTAACTTAAAATCAAT
131 AGGCAGACAATCAATTATACTCTACTTTAACCAAAAATATAAAAAAAAATCAACTTAAAATCAAT
5032 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
196 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
5097 GACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGGCAA-ACATTAAATGATAATA
261 GACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGG-AAGACATTAAATGATAATA
*
5161 AATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACTATTCAA
325 AATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTGT-AAACCATTCAA
* * *
5226 AAATAGTAATAAGGTTTTTGAAAAAATTGGTGACTATAAATAGGCTTTCCTTGGTAATGAATGGC
389 AAATAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGGTAATGAATGGC
* *
5291 TTTTACTTCAAATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTATATTTTCTTTTGACTAAAAA-TAAAAAAA
454 TTTTACTTCAAATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTGACTAAAAATTAAAAAAA
* *
5355 AAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGTTTATAAAATCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCCTTCG
519 AAGAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGCCTTCG
* *
5420 AAGGCTTGGTTGACTATAAATTGACCTTCCTAGCCAATAAATGGCGTTGTCTTCAAGTTTCCCAC
584 AAGGCTTGGCTGACTATAAATTGACCTTCCTAGCCAATAAATAGCGTTGTCTTCAAGTTTCCCAC
* * **********
5485 TGCAAACATTCAACTATAATCTGTTTTAATCAAANNNNNNNNNNAATTCAACTTAAAATTAATTA
649 TGCAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTA
*
5550 TGAGATTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGCCTTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAA
714 TGAGATTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGCATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAA
*
5615 CTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCAAGGCAGACAATCAATTATACTCCAC
779 ATTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCAAGGCAGACAATCAATTATACTCCAC
5680 TTTAACAAAAAATATT
844 TTTAACAAAAAATATT
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5744 CGAG
Statistics
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TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
GACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGGAAGACATTAAATGATAATAA
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ATAGTAATAAGGCTTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCCTTGGTAATGAATGGCTT
TTACTTCAAATTTTCCTAGGAAAACATTCAATTATAATTTATTTTGACTAAAAATTAAAAAAAAA
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GGCTTGGCTGACTATAAATTGACCTTCCTAGCCAATAAATAGCGTTGTCTTCAAGTTTCCCACTG
CAAACATTCAACTATAATCTATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATG
AGATTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGCATTTGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAAAT
TTTCTTGTCAATAAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCAAGGCAGACAATCAATTATACTCCACTT
TAACAAAAAATATT
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Alignment explanation
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*
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* * *
4903 -AATAAAATGGATGAGTGTAAATGAACTTTTCTTGTCAACGAATACCTTTTCTTTCATATTTTTC
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* * *
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*
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* ** ** * * *
5096 GGACTTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCATGGCAAACATTAAATGATAATA
258 GGACTCTTCCTACCAATAAATGGCTTGTGCTTCAAGTTTCCCATGGCAAACATTAAATGATAATA
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* * * * **
5180 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGATATTGTAAAACTATTCAAAAAT-AGTAATAAGGTTTT
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* * * * ** *
5244 TGAAAAAATTGGTGACTATAAAT-AGGCTTTCCTTGGT-AATGAATGGCTTTTAC-TTCAAATTT
65 TGAAAAAATGGGTGAGTATAAATGA-ACTTTTCTT-GTCAATGAATACCTTTT-CTTTCATATTT
* * * * * * * * **
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* * * *
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*
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* *** ******
5497 ACT-ATAATCTGTTTTAATC-AAANNNNNN
313 AATGATAATAAATTTTAA-CAAAAAATGTA
**** * * * *
5525 NNNNAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCCTTTAAACTGAGTAATAAGGCCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTT
*
5590 GAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATAAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCA
66 GAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCA
*
5655 AGGCAGACAATCAATTATACTCCACTTTAACAAAAA-ATATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
131 AGGCAGACAATCAATTATA-TCTACTTTAACAAAAATA-ATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
*
5719 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
194 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAG
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 91, Indels: 44
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.01
342 166 0.36
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345 237 0.52
346 11 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (341 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCCTTT
GAAAAAATGGGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATGAATACCTTTTCTTTCATATTTTTCA
AGGCAGACAATCAATTATATCTACTTTAACAAAAATAATTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA
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CTCTTCCTACCAATAAATGGCTTGTGCTTCAAGTTTCCCATGGCAAACATTAAATGATAATAAAT
TTTAACAAAAAATGTA
Done.