Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401140.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4295.2, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4151
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Found at i:343 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2358 Score: 1709
Period size: 171 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
* * * * *
1 GGCTTTCGAAAG-TTGGAGTGACTATAAATGGACTTTT-GTGTCAATGGATGACTTTTGC-TTCA
1 GGCTTTCGAAGGCATGG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTTCA
* * ** * ** * *
63 TGTTTCTCATGAAAAACATTCCGTGATAATAAATTTTAACCAAAATTGT-AAAAAATTCAACTTA
64 TGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* *
127 AAATCAATTATGAGATTACAAAATCC-TTTAAAGTAAGTAATAA
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * *
170 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTCTTTCATG
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATG
* * * * *
235 TTTTTCAAGACAAACATTCAATGATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAA
66 TTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
*
300 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTCAAAGTGAGTAATAA
131 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
** * * *
341 GGCTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATTGAC-TTT-TTGTACCAATGGATGGCTTTTGC-TTC
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT--CAATGAATGGCTTTT-CTTTC
* * ** * *
403 ACGTTTCTCAAGGA-AAACATTCAATCATAATAAATTTTAACCAAAAATGT-------CTC-A--
63 ATGTTTCTCAA-GACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
*
457 TAAAATCAATTATGAGATTATAAGACCA--TAAA-TGA-TAATAA
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * ** ** * * * * * *
498 AGCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTATAAATAAACTTTTTTTGACAATGAATGGTTTTTTTTTAACG
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATG
* * * * * * * * * * *
563 TTTCT-AAAAGTAAATAGTGAATTAT-ATATATTTGAACTAAAAATCTAAAAAAAACTCAACCTA
66 TTTCTCAAGA-CAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTA
* * * * *
626 AAATTAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAATGCGTAATAC
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* *
669 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AATGGACATTTCTTG-CGAATGAATGACTTTTCTTT-AT
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTCTTTCAT
* * * * * * *
731 GTTTCTAAAAGTA-GAA-ATTTAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAACAT-AAAAAATTCAACTT
65 GTTTCT-CAAG-ACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* *
793 AAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTCG-GTAATAA
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAA
* * *
837 GGCTTTCGAAAGCATAGGTG-CTATAAATGGA-TATTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTT-A
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTCTTTCA
* * * * * * * * * * *
899 TG-TCCCCTGATACAGACACTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTTAACCT
64 TGTTTCTC-AAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
** *
963 AAAATCAATTACAAGATTGTAAAACCATTTAAA-TGTAGTAATAA
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAA
* * ** * * * * *
1007 GGGTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAATGGGCTGTCCTTGGT-AATGAATGGCTTTTACTTCAC
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GTCAATGAATGGCTTTT-CTT-TC
* * *
1071 AT-TTTC-CTAAGA-AAACATTCAATAATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAACTATTCAA
63 ATGTTTCTC-AAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA--ATTCAA
* * * * * *
1133 CATAAAATCAATTGTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAA
125 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * ** ** * *
1180 GGCCTTCGAATGCTTGGCTGACTATAAATTAACTTTTCTTG-CTAAAAAATGACTTTTCCTTCAT
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTCTTTCAT
* * * * * * * * *
1244 ATTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAAAA-AGTGAAAAAGTTCAACTTA
65 GTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTA
* * * * ** * *
1308 AAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTGAGAGCAAGTAGTCA
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * * * * * *
1351 GGCTTTTGAAGGCTTAGATGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAGTGAATGAGTTTTTC-TTCAA
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATG-GCTTTTCTTTCAT
* * * * *
1415 GTTTCCCCGAAGTCAAACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCT
65 GTTT-CTC-AAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * *
1480 AAAATCAATTATGAGACTGTAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAA
128 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
1524 GGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGGCTTTT-TCTTCAT
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT-TTCAT
** * * * * * * * *
1588 GTTTCTTGAGACAGACAGTCAATCATAATATGTTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAGCCTAA
65 GTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
1653 AATCAATTATGAAATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA
130 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
1695 GGGTTTCGAAGGTATGGGTCACTATAAATAGACTTCTT-TTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTT-A
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTT-TTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTTCA
* * * * * * *
1758 CGTTTCCCATG-TAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTAA
64 TGTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * *
1822 AAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGCGTGTAATAA
129 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
** ** * ** * * * *
1865 GGCTTTCGAAGGTTTGACTGATTATAAATATACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTCT-AT
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTTCAT
* * * *
1929 GTTCCAT-AAGGCAAACATTCAATTATAATA-GATTTTAA-TAAAAGA-AGTAAAAAAATTTAAC
65 GTTTC-TCAAGACAAACATTCAATTATAATATG-TTTTAACCAAAA-ATA-TAAAAAAATTCAAC
* * * * *
1990 TTAAAATCAATTATGAGATGATAAAACCATCTAAAGCGAGCAATAG
126 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * * *
2036 GGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCATTGAATGGC-TTTCTCTGCAT
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT-TTCAT
* * * * * * * ** * *
2100 GTTTCTCAAGGCAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAAGCTTAAAAAATTCAACCTAA
65 GTTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * * *
2165 AATCAATTAGGTGATTATAAAAACATATAAAGCGAGTAATAA
130 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
* * * *
2207 GCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTT-TCTTCA
1 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCT-TTCA
* ** * * * * * *
2270 CGGTTT-TCAAGGTAGACACTT-AATTGTAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAGAAAATTCAACT
64 -TGTTTCTCAAGACAAACA-TTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
*
2333 TAATATCAATTATGAGATTATAAAAC
127 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
2359 TAGTTTATAA
Statistics
Matches: 1733, Mismatches: 368, Indels: 174
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 1 0.00
156 19 0.01
157 66 0.04
158 6 0.00
159 6 0.00
161 27 0.02
164 5 0.00
165 1 0.00
167 30 0.02
168 96 0.06
169 98 0.06
170 319 0.18
171 759 0.44
172 52 0.03
173 247 0.14
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTTCATG
TTTCTCAAGACAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
Found at i:1833 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 1--2358 Score: 1772
Period size: 344 Copynumber: 6.9 Consensus size: 336
* * * * *
1 GGCTTTCGAAAGTTGGAGTGACTATAAATGGACTTTTGTGTCAATGGATGACTTTTGCTTCATGT
1 GGCTTTCGAAGGTTGG-GTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTCACGT
* ** * * *
66 TTCTC-ATGAAAAACATTCCGTGATAATAAATTTTAACCAAAATTGTAAAAAATTCAACTTAAAA
64 TTC-CAAAG-AAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAAC-TAAAA
* * * * * * *
130 TCAATTATGAGATTACAAAATCCTTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGAGTAT
126 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTAT
* * * *
195 AAATGAACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCCTTTTCTTTCATGTTT-TTCAAGACAAACATTCAATG
191 AAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTC-TTCATGTTTCTT-AAGACAGACATTCAATT
* * * * * *
258 ATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAGCTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
254 ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
* *
323 ATTCAAAGTGAGTAATAA
319 ATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
341 GGCTTTCGAAGGGTTGAGTGACTATAAATTGAC-TTTTTGTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
1 GGCTTTCGAA-GGTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGT--CAATGAATGGCTTTT-CTTCAC
* * * *
405 GTTTCTCAAGGAAAACATTCAATCATAATAAATTTTAACCAAAAATGT------CTC-A-TAAAA
62 GTTTC-CAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTAAAA
* * * * * *
462 TCAATTATGAGATTATAAGACCA--TAAA-TGA-TAATAAAGCTTTCGAAAGTTTGGGTGACTAT
126 TCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTAT
* * * * * * * *
523 AAATAAACTTTTTTTGA-CAATGAATGGTTTTTTTTTAACGTTTC-TAA-A-AGTAAATAGTGAA
191 AAATGAACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAG-ACAT--TCAA
* * * * *
584 TTAT-ATATATTTGAACTAAAAATCTAAAAAAAACTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAA
252 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** * *
648 ACTATTTAAAATGCGTAATAC
316 ACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
669 GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AATGGACATTTCTTG-CGAATGAATGACTTTTCTTTATG
1 GGCTTTCGAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGTC-AATGAATGGCTTTTCTTCACG
* * * * * **
732 TTTCTAAAAGTAGAA-ATTTAATTAGAATCTATTTTAACCAAAAACATAAAAAATTCAACTTAAA
63 TTTC-CAAAG-AAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAAC-TAAA
* * *
796 ATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTCG-GTAATAAGGCTTTCGAAAGCAT-AGGTG-C
125 ATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGA-GTGAC
* * * * ** * * * *
858 TATAAATGGA-TATTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTTATGTCCCCTGATACAGACACTCAA
188 TATAAATGAACT-TTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTCAA
* * * * ** *
922 TTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTACAAGATTGTAAAA
252 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
987 CCATTTAAATG-TAGTAATAA
317 CCATTTAAA-GCGAGTAATAA
* * ** * * * *
1007 GGGTTTTGAAGAAATGGATGACTATAAATGGGCTGTCCTTGGT-AATGAATGGCTTTTACTTCAC
1 GGCTTTCGAAG-GTTGGGTGACTATAAATGGACT-T-TTTTGTCAATGAATGGCTTTT-CTTCAC
* * * * * * *
1071 ATTTTCCTAAGAAAACATTCAATAATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAAACTATTCAACAT
62 -GTTTCCAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAA--ATTCAAC-T
* * * * * * * *
1136 AAAATCAATTGTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTACTAAGGCCTTCGAATGCT-TG-GCT
122 AAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGTATGAG-T
* * ** * * * *
1199 GACTATAAATTAACTTTTCTT-GCTAAAAAATGACTTTTCCTTCATATTTCTTAAGGCAGACATT
185 GACTATAAATGAACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATT
* * * * * * *
1263 CAATTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTGAAAAAGTTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
249 CAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
1328 AAACTATTGAGAGCAAGTAGTCA
314 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * * * * *
1351 GGCTTTTGAAGGCTTAGATGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAGTGAATGAGTTTTTCTTCAAG
1 GGCTTTCGAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATG-GCTTTTCTTCACG
* * * *
1416 TTTCCCCGAAGTCAAACATTCAATTATGATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTA
63 TTT--CCAAAG-AAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAA-CTA
* * * *
1481 AAATCAATTATGAGACTGTAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGAGTGAC
123 AAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGAC
* * * *
1546 TATAAATGGACTTCTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGACAGACAGTCAAT
188 TATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTCAAT
* * * * * * *
1611 CATAATATGTTTTATCCAAAAATGTAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAAATTGTAAAAC
253 TATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
*
1676 TATTTAAAGCGAGTAATAA
318 CATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * *
1695 GGGTTTCGAAGGTATGGGTCACTATAAATAGACTTCTTTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTTACG
1 GGCTTTCGAAGGT-TGGGTGACTATAAATGGACTT-TTTTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTCACG
* * * *
1760 TTTCCCATGTAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTCAACTAAAAA
63 TTTCCAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACT-AAAA
* * * * * *
1825 TCAATTATGAGATTACAAAA-CTATTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGACTGATTA
126 TCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTA
* * * * * * *
1889 TAAAT-ATACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGC-TCTATGTTCCATAAGGCAAACATTCAAT
190 TAAATGA-ACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC-ATGTTTCTTAAGACAGACATTCAAT
* * * * * *
1952 TATAATAGATTTTAA-TAAAAGAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATGATAAAA
253 TATAATATATTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
2016 CCATCTAAAGCGAGCAATAG
317 CCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
2036 GGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCATTGAATGGCTTTCTCTGCATG
1 GGCTTTCGAAGG-TTGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGTCAATGAATGGCTTT-TCTTCACG
* * * * * * * *
2101 TTTCTCAAGGCAGATAATCAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAA-GCTTAAAAAATTCAACCTAA
63 TTTC-CAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATG--TAAAAAATTCAA-CTAA
* * * * * * *
2165 AATCAATTAGGTGATTATAAAAACATATAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACT
124 AATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACT
* * * * * * **
2230 ATAAATGATCTTTTCTTGTCAATAAATGACTTTTTCTTCACGGTTT-TCAAGGTAGACACTT-AA
189 ATAAATGAACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTTAAGACAGACA-TTCAA
* * * * * * *
2293 TTGTAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAGAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAA
252 TTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
2358 C
317 C
2359 TAGTTTATAA
Statistics
Matches: 1591, Mismatches: 338, Indels: 176
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 43 0.03
327 42 0.03
328 130 0.08
329 12 0.01
330 4 0.00
332 26 0.02
333 1 0.00
334 1 0.00
335 27 0.02
337 5 0.00
338 109 0.07
339 70 0.04
340 78 0.05
341 337 0.21
342 190 0.12
343 91 0.06
344 371 0.23
345 16 0.01
346 37 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (336 bp):
GGCTTTCGAAGGTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTTCTTCACGTTT
CCAAAGAAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTAAAATCAAT
TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTATGAGTGACTATAAATG
AACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGACAGACATTCAATTATAATAT
ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAA
Found at i:2545 original size:241 final size:241
Alignment explanation
Indices: 2122--2599 Score: 798
Period size: 241 Copynumber: 2.0 Consensus size: 241
2112 AGATAATCAA
* *
2122 TTATAATCTTTTTTAACTAAAAAGCTTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAGGTGATTATAAAA
1 TTATAATCTTTTTTAACTAAAAAGATTAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTAGGTGATTATAAAA
2187 ACATATAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGTCAA
66 ACATATAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGTCAA
*
2252 TAAATGACTTTTTCTTCACGGTTTTCAAGGTAGACACTTAATTGTAATCTGTTTTAACCAAATAT
131 TAAATGACTTTTTCTTCACGGTTTTCAAGGTAGACACTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAATAT
* *
2317 GTAAGAAAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACTAGT
196 GTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGT
*
2363 TTATAATCTTTTTTAACTAAAAAGATTAAAAAATTTAAACTAAAATCAATTATGG-GATTATAAA
1 TTATAATCTTTTTTAACTAAAAAGATTAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTA-GGTGATTATAAA
* *
2427 AACATATAAAGCGAGTAATAAGCTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGTC
65 AACATATAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GATCTTTTCTTGTC
* * * * * *
2491 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTTTAGGGTAGACACTCAATTGTAATCTGTTTTACCCAAAT
129 AATAAATGACTTTTTCTTCACGGTTTTCAAGGTAGACACTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAT
2556 ATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
194 ATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
2600 CATTTGAAGT
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 14, Indels: 4
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
241 217 0.98
242 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (241 bp):
TTATAATCTTTTTTAACTAAAAAGATTAAAAAATTCAAACTAAAATCAATTAGGTGATTATAAAA
ACATATAAAGCGAGTAATAAGCCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGATCTTTTCTTGTCAA
TAAATGACTTTTTCTTCACGGTTTTCAAGGTAGACACTCAATTGTAATCTGTTTTAACCAAATAT
GTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAGT
Found at i:2719 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2363--4144 Score: 1488
Period size: 171 Copynumber: 10.4 Consensus size: 170
2353 TAAAACTAGT
* * * * *
2363 TTATAATCTTTTTTAACTAAAAA-GATTAAAAAATTTAAACTAAAATCAATTATGGGATTATAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG--TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* *
2427 AACATATAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
2491 AATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTTTT-AGGGTAGACACTCAA
128 AATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * *
2534 TTGTAATCTGTTTTACCCAAATATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * *
2599 CCATTTGAAGTGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTATCAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * *
2664 TGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATACAA
130 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * *
2705 TTATAATATGTTTTAGCCCAAAATGTTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGA-TATAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA-GATTATAAA
* * * * * *
2769 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTG-TTGGATGACTATAAATGGTCTATTCTTGCC
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * *
2833 AAGGAATGGGTTTCTCTTCACGTTTCTT-GAGGCAAACATTCAA
128 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT-TTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * * * *
2876 TTATAATCTATTTTAA-TAAAAATGCAAAAACATTCAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTACAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * **
2940 CCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCCTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * *
3005 TGAATGCCTTTTACTTCAC-ATTTCCTAAGGCAAAAATTTAA
130 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAA
* * * ** ****
3046 TTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTGAAAAAGCTCAA-CTGAAAATCAATTACCTTATTAT-AA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * *
3109 ACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCA
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * * *
3174 ATAAATAGATCTTTCTTCAAGTTTTTCATAAGTCAAACATTCAA
129 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC--AAGGCAAACATTCAA
* * * * * **
3218 TTATGATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAGACAATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
3283 TCATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * *
3348 TGAATGGCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGACAAACAGTCAA
130 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* ** * * * * * *
3389 TCATAATCAATTTTATCGAAAAATGTAAAACAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTGTAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
3454 CCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATTGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGTCAA
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * *
3519 TGAATGGCTTTGTCTTTACG-TTTCCCATGTAAACATTCAA
130 TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* *
3559 TTATAATCTGTTTTAACCAAATATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTATGAGATTACAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAA
* ** ** ** * * * *
3623 GCCATTTAAAGC-ATGTAATAAGGCTTTCAAAGGTTTGACTAACTATAAATGGATTTTTCATATC
64 ACCATTTAAAGCGA-GTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * * * *
3687 AATGGATGGCTTTTGCTCCATG-TTCTCTGAGGCAGACATTCAA
128 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTC-AAGGCAAACATTCAA
* * ** * * * * *
3730 TTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAGTATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * * * * *
3795 TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGGTCAT
65 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
* * * * * *
3860 TGAATGACTTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAATAAA
130 TGAATGGC--TTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * * *
3903 TTATAATCTTTTTTAACTAAAGAGAT-AAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTATAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAA-A-ATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * * * * **
3967 ACTATATAAAGTGAGTAATAAGCCTTTCGAAAGTATGGGCGACTATAAATGGACTTTTCTACTCA
64 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * ** ** * *
4032 ATGAAAGGCTTTTTATTCATGTTTTTTGAGTTAGACACTCAA
129 ATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
* * * * * *
4074 TTGTAACCCGTTTTAACCAAATACGTAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
1 TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA-AAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
4139 CTATTT
65 CCATTT
4145 TAAGTGA
Statistics
Matches: 1274, Mismatches: 303, Indels: 68
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 10 0.01
170 338 0.27
171 635 0.50
172 77 0.06
173 206 0.16
174 6 0.00
175 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAAT
GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGCAAACATTCAA
Found at i:3008 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2363--4144 Score: 1557
Period size: 341 Copynumber: 5.2 Consensus size: 342
2353 TAAAACTAGT
* * * * * *
2363 TTATAATCTTTTTTAA-CTAAAAAGATTAAAAAATTTAAAC-TAAAATCAATTATGGGATTATAA
1 TTATAATATATTTTAACCAAAAAAG-TTAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
2426 AAACATATAAAGCGAGTAATAA-GCTTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
64 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * * * * * * *
2490 CAATGAATGGCTTTTTCTTCATGGTTT-TTAGGGTAGACACTCAATTGTAATCTGTTTTACCCAA
128 CAATGAATGGCTTTTTCTTCA-CGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAA
* * * * *
2554 ATATGTAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTGAAGTGAGTAGTAA
192 AAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
2619 GGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTTTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCATG
257 GGCCTTTGAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATG
* *
2684 TTTTTC-AAGGTAAACATACAA
321 TTTTTCTAAGGCAAACATTCAA
* * * *
2705 TTATAATATGTTTTAGCCCAAAATGTTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGA-TATAAA
1 TTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAA
* * * *
2769 ACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGTG-TTGGATGACTATAAATGGTCTATTCTTGCC
65 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * * * *
2833 AAGGAATGGGTTTCTCTTCACGTTTCTTGAGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAA-TAAAA
129 AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
* * * * * * * *
2897 ATGCAAAAACATTCAACTTAAAATCGATTTTGAGGTTACAAAACCATTTAAGGCGAGTAATAAGG
194 ATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * * **
2962 CCTTTGAAGTCATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTACTTCA-CAT
259 CCTTTGAAGT-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
* * *
3026 TTCCTAAGGCAAAAATTTAA
323 TTTCTAAGGCAAACATTCAA
* * * * * ****
3046 TTATAATCTATTTTAATCAAAAAAGTGAAAA-AGCTCAACTGAAAATCAATTACCTTATTAT-AA
1 TTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAACA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
3109 ACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGTCTATAAATGGGCTTTTCTTGTCA
65 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * * * * * *
3174 ATAAATAGATCTTTCTTCAAGTTTTTCATAAGTCAAACATTCAATTATGATTTGTTTTAACTAAA
130 ATGAATGGCTTTTTCTTCACG--TTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * ** * *
3239 AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATTAATTATGAGACAATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATATG
193 AATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * **
3304 GCTTTTGAAGGTATGAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT
258 GCCTTTGAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
* * *
3369 TTCTC-AAGACAAACAGTCAA
322 TTTTCTAAGGCAAACATTCAA
* * * * * * *
3389 TCATAATCA-ATTTTATCGAAAAATG-TAAAACAATTCAGCTTAAAATTAATTATGAGATTGTAA
1 TTATAAT-ATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAAC-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * *
3452 AACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATTGG-TGACTATAAATAGACTTTTCCTGT
64 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGT
* * ** * * *
3516 CAATGAATGGCTTTGTCTTTACGTTTC-CCATGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
128 CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * *
3580 TATGTAAAAAAATTCAA-CTAAAAATCAATTATGAGATTACAAAGCCATTTAAAGC-ATGTAATA
193 AATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA-GTAATA
* * * * * * * *
3643 AGG-CTTTCAAAGGTTTGACTAACTATAAATGGA-TTTTTCATATCAATGGATGGCTTTTGCTCC
256 AGGCCTTT-GAA-GTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTT-TTATCAATGAATGGCTTTTTCTTC
* * *
3706 ATG-TTCTCTGAGGCAGACATTCAA
318 ATGTTTTTCTAAGGCAAACATTCAA
** * * * * *
3730 TTATAATATATTTTAATAAAAAAAGTAAAAAAATTTAACTTAAAATTAATTATGAGAGTATAAAA
1 TTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * * * *
3795 TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTT-GAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTGGTCA
66 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCA
* * * * * * * *
3859 TTGAATGACTTTTTTTTTTCACGTTTCTCAAGGCAGACAATAAATTATAATCTTTTTTAACTAAA
130 ATGAATGGC--TTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA
* * * * *
3924 GA-GATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGGGATTATAAAACTATATAAAGTGAGTAATAA
193 AATG-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
3988 -GCCTTTCGAAAGTATGGGCGACTATAAATGGAC-TTTTCTACTCAATGAAAGGCTTTTTATTCA
257 GGCCTTT-G-AAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTA-TCAATGAATGGCTTTTTCTTCA
* ** * *
4051 TGTTTTT-TGAGTTAGACACTCAA
319 TGTTTTTCTAAGGCAAACATTCAA
* **** * * * * *
4074 TTGTAACCCGTTTTAACCAAATACG-TAAGAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
1 TTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAA-AACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
4138 ACTATTT
65 ACCATTT
4145 TAAGTGA
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 255, Indels: 82
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 96 0.08
341 408 0.36
342 172 0.15
343 189 0.17
344 264 0.23
345 12 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (342 bp):
TTATAATATATTTTAACCAAAAAAGTTAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAA
TGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAT
GTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCC
TTTGAAGTATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTT
CTAAGGCAAACATTCAA
Done.