Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401146.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_430.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 522 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:773 original size:170 final size:166
Alignment explanation
Indices: 509--1022 Score: 419
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 166
499 AACCTAAAAT
* * * * * ** * *
509 TAATAA-AGCTTTTGAAAGAATGGGTCACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAATAAAAGCTTTTTT
1 TAATAAGA-CTTTTCAAGGAATGGGTGACGATAAATAGAC-TTTCTTGCCAATAAATGC-TTGTT
* * * * * * *
573 TCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATAATCTGCTTTAATAAAAAATGTAAAAAATTTA
63 TATACATGTTTCTCAAGGAAG-CATTCAATTATAATCT-ATTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCA
* *
638 ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTC-TTTAAAGTGAG
126 ACTT-AAATCAATTATGACATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAG
* * *
680 TAATAAGACTTTTGAAGGAATGAGG-GACGATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATAGGTT-T
1 TAATAAGACTTTTCAAGGAATG-GGTGACGATAAATAGAC-TTTCTTGCC-AATAAAT-GCTTGT
* * * *
742 TTATACATGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTGTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAGTTC
62 TTATACATGTTTCTCAAGG-AAGCATTCAATTATAATCTA-TTTAATAAAAAATGTAAAAAATTC
**********
807 AACTTAAAATCAATTNNNNNNNNNNAAAACCATTTAAAGCGAG
125 AACTT-AAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * *
850 TAATAGGGCTTTTCAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTCTTGCCAATGAATGCTTGTTTCT
1 TAATAAGACTTTTCAAGGAATGGGTGACGATAAATAGACTTTCTTGCCAATAAATGCTTGTTTAT
* * * * * *
915 TCATGTTTCTCGAGATAAACATTCAATTATAATCTATTTTA-AAAAAATGTAAAAAAATTCAACC
66 ACATGTTTCTCAAG-GAAGCATTCAATTATAATCTATTTAATAAAAAATGT-AAAAAATTCAACT
979 TAACATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
129 TAA-ATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
1018 TAATA
1 TAATA
1023 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 58, Indels: 29
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 10 0.04
168 49 0.18
169 48 0.18
170 113 0.42
171 48 0.18
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (166 bp):
TAATAAGACTTTTCAAGGAATGGGTGACGATAAATAGACTTTCTTGCCAATAAATGCTTGTTTAT
ACATGTTTCTCAAGGAAGCATTCAATTATAATCTATTTAATAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTA
AATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
Found at i:2160 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 1910--2173 Score: 352
Period size: 139 Copynumber: 1.9 Consensus size: 139
1900 TTAAAGCGAG
*
1910 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAACAATGAATGCCTTCTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAACAATGAATACCTTCTTC
* * * * *
1975 TTCATGTTTGATGAGGTAGACATTCAATTATAACTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTGA
66 TTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACTTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGA
2040 ACCTAAAAT
131 ACCTAAAAT
* * * ** * *
2049 TAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGTTGACTTTAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGG-TGACTATAAATGGACTTTTCGTAACAATGAATACCTTCTT
* * *
2113 CTTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTAT-AGTCTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAA
65 CTTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACT-TATTGTAACCAAAAATATAAAAAAA
2174 TTCAACTTGA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 16, Indels: 4
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
138 4 0.04
139 103 0.96
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Consensus pattern (139 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTCGTAACAATGAATACCTTCTTC
TTCACGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACTTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAAATTGA
ACCTAAAAT
Found at i:2343 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2049--4921 Score: 2725
Period size: 171 Copynumber: 16.8 Consensus size: 171
2039 AACCTAAAAT
* * * * * * *
2049 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTTGACTTTAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * ** * * *
2114 TTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
2179 CTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
131 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * * * **
2220 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACAATAAATGGGCTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
** * * * *
2285 AACATGTTTCTCAAGGAAGGCATTCAATTATAGTGTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
2350 CTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
131 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * *
2391 TAAT-AGGACTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATAGA-ATTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTT
1 TAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * ** *
2453 TTTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTTACAATGTAAAAAAATTCA
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * *
2518 ACCTAACATCAATTATGACATTATTAAACTATTTAAAGCGAG
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * *
2560 TAAT-AGAGCTTTTAAAGGAATGGATGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTAATGAATGCCTTATT
1 TAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * ** *
2623 CTTCATGTTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTT-GTGCAAAAA--TATAAAAATTC
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACG-AAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
2685 AACTTGAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCATTT-ATGTGAG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
** **** * * *
2727 TAATAAAACTTTTGAAGGAATGAAAAACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATAAATTG-ATTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAA-TGCCTTTT
* * * * * *
2790 TCTACATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATGGTGTATTTTAA-TAAAACATGTAAAAAAAT
64 TCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAA-ATGTAAAAAAAT
2853 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAG
* * *
2898 TAATAAGGCTTTTGATA-GAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * * * * * **
2962 CTTTATGTTTCTTAGGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGGATTCA
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
*
3027 ACCTAAAATCAATTATG-GCATTATAAAACTATTTAAAGCT-AG
130 ACTTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAACTATTTAAAG-TGAG
* * * * ***
3069 TAATAGGGTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTATTAATGAATGCCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * *
3133 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT-ATGTAAAAATGCAAAAAAATTTA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACG-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * *
3197 ACATAAAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATTTAAAGTGAG
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * *
3239 TACTAAAGATTTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTGTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT-TT
* * * * * * *
3303 CTTCACGTTTCTCAA-ATAGACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAACAAAAT
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGT--AAA-AAAAT
* * * * * * *
3367 TAAACATGAAATCAATTTTGAGGTAATAAAACAATTTAAAGTGAG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
** * * * * * *
3412 GGATAAGGCTTCTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATG-CTTTTTG
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT-
** * * * *
3476 CTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTGACCAAAAATATAAAAAAAAATT
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGT--AAAAAAATT
* * * * * * * *
3541 GAACATAAAATTAATTTTGAGATAATAAAACCAGTTACAGTGAG
128 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * **
3585 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATGTGTAACTATAAATGGA-TCTTTCTTCCCAATGAATGTTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * ** * * * * * *
3649 CATCACGTTTCTTGACGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAAGTAAAAAAAATTA
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGT-AAAAAAATTC
* * * *
3714 AACTTAAAATCAATTTTGGGATTATAAAATTATTTAATGTGAG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * * * *
3757 TAATAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACAATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGACTACTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* ** * * *
3822 TTCATGTGTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* *
3887 ACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAG
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * **
3929 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGGGACTATAAATGAACTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTT
* * * * *
3993 CTACATGTTTC-CTAAGGTGGACATTCAATTATAGTGTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTC
65 CTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTC
* *
4057 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACGATTTAAAGTGAG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
4100 TAATAAGACTTTTGATA-AAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTT
* * * * *
4164 CTTTATGTTTCTTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTC
65 CTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * *
4228 AACCTAAAATGAATTATGACATTATAAAATTATTTAAAGCGAG
129 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * *
4271 TTAT-AGAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGA-GTTTCTTAG-CAATGAATCCCTTTT
1 TAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCCAATGAATGCCTTTT
** * *
4333 TCTTCAT-TTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTT-ACGTAAAAATGTAAAAACAAT
64 TCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACG-AAAAATGTAAAAA-AAT
* * * * * * *
4396 TGAACATAAATTTAATTTTGAGA-TATTAAAACCATTTAAAGTAAG
127 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * * * *
4441 TACTAAAGATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
** * * *
4506 TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTAA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-AACGAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * *
4570 ACATAAAATAAATTTTGAAATAATAAAACAAGTTAAAGTGAG
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * * * *
4612 TAATAAGGTTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * *
4677 TTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-GTAAAAATGTAAAAAAGTTCA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACG-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* *
4741 ACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAG
130 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
* * * **
4783 TAATAAGAG-TTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATG-GGTTT
1 TAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTT
* * * * * * *
4845 TCTAT-ATATTTC-CTGAGGCAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAT
64 TCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAT
4907 TCAACTTAAAATCAA
127 TCAACTTAAAATCAA
Statistics
Matches: 2238, Mismatches: 396, Indels: 138
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 41 0.02
168 89 0.04
169 217 0.10
170 420 0.19
171 847 0.38
172 341 0.15
173 239 0.11
174 44 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAG
Found at i:3174 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2049--4921 Score: 2762
Period size: 341 Copynumber: 8.4 Consensus size: 341
2039 AACCTAAAAT
* * * * * *
2049 TAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGTTGACTTTAAATGGATTTTTCTTGTCAATGAATACTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
* * ** * *
2114 TTTACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTGTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* *
2179 CTTGAAATCAATTATAAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * * * * * * ** ** * *
2244 GGACAATAAATGGGCTTTTCTTTCAAATAAATGGGTTTTTCAACATGTTTCTCAAGGAAGGCATT
195 TGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * ** * *
2309 CAATTATAGTGTATTTTAATGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATA
260 CAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
2374 AAACTATTTAAAGCGAG
325 AAACCATTTAAAGTGAG
* * *
2391 TAAT-AGGACTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATAGA-ATTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTT
1 TAATAAGG-CTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTT
* * * *
2454 -TTCATGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTATTTTAACTTACAATGTAAAAAAATTCA
65 CTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * *
2518 ACCTAACATCAATTATGACATTATTAAACTATTTAAAGCGAGTAAT-AGAGCTTTTAAAGGAATG
129 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAATG
* * * * * *
2582 GATGACTATAAATAGAC-TTTCTTGCTAATGAATGCCTTATTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACA
193 GGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* *** * *
2646 TTCAATTATAATCTGTTTTGTGCAAAAATAT--AAAAATTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTG
258 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
2709 TAAAACCATTT-ATGTGAG
323 TAAAACCATTTAAAGTGAG
** **** * * * * *
2727 TAATAAAACTTTTGAAGGAATGAAAAACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATTG-ATTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAA-TGCTTTTTT
* * * * * *
2791 CTACATGTTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATGGTGTATTTTAATAAAACATGTAAAAAAATTC
65 CTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAA-ATGTAAAAAAATTC
2855 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGATA-GAA
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGAA
* * * *
2918 TGGGTGACTATAAAT-GAACTTTTGTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTTAGGGTAG
191 TGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
* * ** *
2982 ACATTAAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAGGATTCAACCTAAAATCAATTATG-GC
255 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG-
*
3046 ATTATAAAACTATTTAAAGCT-AG
319 ATTATAAAACCATTTAAAG-TGAG
* * * * * *
3069 TAATAGGGTTTTTGAAGAAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTCTTATTAATGAATGCCTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
* ** * *
3133 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTATGTAAAAATGCAAAAAAATTTAA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTA-ACAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * * * * *
3198 CATAAAATCAATTTTGAGA-TAGTAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAAGATTTTGAAGGAATGG
130 CTTAAAATCAATTATGAGATTA-TAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
3262 GTGATTATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTGTTCTTCACGTTTCTCAA-ATAGACT
194 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTT-TTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
* * * * * * * *
3325 TTCAATTATAGTCTGTTTTAGCCAAAAATATAAAAACAAAATTAAACATGAAATCAATTTTGAGG
258 TTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAT--AAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
3390 TAATAAAACAATTTAAAGTGAG
320 TTATAAAACCATTTAAAGTGAG
** * * * * *
3412 GGATAAGGCTTCTGAAGGAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATGCTTTTTGC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
** * * * *
3477 TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTGACCAAAAATATAAAAAAAAATTG
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-AACAAAAATGT--AAAAAAATTC
* * * * * * * *
3542 AACATAAAATTAATTTTGAGATAATAAAACCAGTTACAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATG
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * ** * * ** * *
3607 TGTAACTATAAATGGA-TCTTTCTTCCCAATGAATGTTTTTTTCATCACGTTTCTTGACGTAAAC
193 GGTGACTATAAATAGACT-TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * *
3671 ATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAAGTAAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTTGGGA
257 ATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-T-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
** *
3735 TTATAAAATTATTTAATGTGAG
320 TTATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * * *
3757 TAATAAGGCTTCTAAAGGAATGGGTGACAATAAATTGACTTTTCTTGCCAATGACTACTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
* ** * *
3822 TTCATGTGTCTTGATGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAATTCA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* *
3887 ACTTGAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
129 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * ** * *
3952 GGGACTATAAAT-GAACTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTTCTACATGTTTC-CTAAGGTGGA
194 GTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTACC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGA
* * ** * * *
4014 CATTCAATTATAGTGTATTTTAATGAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGAT
256 CATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
4079 TATAAAACGATTTAAAGTGAG
321 TATAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * *
4100 TAATAAGACTTTTGATA-AAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTGTTGCCAATGAATGCTTTTTT
1 TAATAAGGCTTTTGA-AGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTT
* * * * *
4164 CTTTATGTTTCTTC-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATGAAAAATATAAAAAAATTC
65 CTTCATGTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * * * *
4228 AACCTAAAATGAATTATGACATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTTAT-AGAGCTTTTGAAGGAAT
128 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTTTGAAGGAAT
* * * ** *
4292 GGGTGACTATAAATAGA-GTTTCTTAGCAATGAATCCCTTTTTCTTCAT-TTTCTTGAGATAGAC
192 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGAC
* * * * * * *
4355 ATTCAATTATAATCTATTTT-ACGTAAAAATGTAAAAACAATTGAACATAAATTTAATTTTGAGA
257 ATTCAATTATAATCTATTTTAAC-CAAAAATATAAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
4419 -TATTAAAACCATTTAAAGTAAG
320 TTA-TAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
4441 TACTAAAGATTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
1 TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
** * *
4506 TTCACATTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-TTTTGAACCAAAAATATAAAAAAATTAA
66 TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTT-AA-CAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * * *
4570 ACATAAAATAAATTTTGAAATAATAAAACAAGTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATGA
129 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * *
4635 GAGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACAT
194 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACAT
* * ** * * *
4700 TCAATTATAGTCTGTTTTAAGTAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTGAAATCAATTATGAGATTAT
259 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
4765 AAAACCATTTAAAGTGAG
324 AAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * * **
4783 TAATAAGAG-TTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATG-GGTTT
1 TAATAAG-GCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTC-AATGAATGCTTTTT
* * * * * *
4845 TCTAT-ATATTTC-CTGAGGCAGATATTCAATTATAGTTTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAAT
64 TCT-TCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAT
4907 TCAACTTAAAATCAA
126 TCAACTTAAAATCAA
Statistics
Matches: 2077, Mismatches: 384, Indels: 142
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 33 0.02
337 61 0.03
338 116 0.06
339 130 0.06
340 230 0.11
341 492 0.24
342 266 0.13
343 262 0.13
344 196 0.09
345 145 0.07
346 119 0.06
347 27 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (341 bp):
TAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGCTTTTTTC
TTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGT
GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTC
AATTATAATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGTGAG
Done.