Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397644.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2556.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2858
ACGTcount: A:0.27, C:0.11, G:0.09, T:0.28
Warning! 727 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:981 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 656--986 Score: 366
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
646 NNNNNNNNNN
* * * *
656 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATTTTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATTTCAAT
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTCAAT
* * * * *
721 TTTCTTCATATTTTTGGACAAAACAAACTATAATTAAATACTTGTCTCAAGAAACCTGTAGAAAA
66 TTTCTTCACATTATTGGACAAAACAAACAATAATTAAATACTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAA
**
786 AGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTTAGCCAT
131 ACACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTTAGCCAT
* * *
827 TCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTGTAATCTCATAATT-ATTTTTTAGTTGA
1 TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGA--TTTTAGTTCA
* ** * * * * *
891 A-TTTCTTTACATTATTGGTTAAAACAGACAATAATTCAAT-GTT-TACTTAGTGAAACATGAAG
64 ATTTTCTTCACATTATTGGACAAAACAAACAATAATTAAATACTTGT-CTCA-AGAAACATGAAG
* *
953 AAAAACACATTCGTTG-GCAAGAAAAGTCCTTTTA
127 AAAAACACATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTA
987 TAGTCACCCN
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 24, Indels: 10
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 7 0.05
171 114 0.87
172 9 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGTTCAAT
TTTCTTCACATTATTGGACAAAACAAACAATAATTAAATACTTGTCTCAAGAAACATGAAGAAAA
ACACATTCATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAGAGTTAGCCAT
Found at i:1915 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1343--2858 Score: 1261
Period size: 171 Copynumber: 8.9 Consensus size: 171
1333 NNNNNNNNNN
** *
1343 AGACTATAATTGAATGTCTACCTT-GAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCGTTGGCAAGAAAAGT
1 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
1407 CTATTTATTGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTCAT
********** * * ** *
1472 AATNNNNNNNNNNTTAAATTTATTTACATTTTTTATTAAAAA
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
** * * * * *
1514 AGA-TAATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAATGTCAAGAAAAATAAATTCATTGACAAGAAAAGG
1 AGACT-ATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* ** ********** *
1578 CCCTTTATAGTCACTTATTCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATTGTTTTATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTCAT
* * * *
1643 AATTGATTTT-ATTTTAA-TTTTTTATATTTTTGGATAAAAC
130 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * **
1683 AGACTATAATTGAATG-CTTGTCTCA-AGAGACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAG-AAGAAAA
1 AGACTATAATTGAATGTC-T-ACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTG-GCAAGAAAA
* ** * *
1745 GTCCATTTAGAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGATTTGTAATCTC
63 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTC
* *
1810 ATAATT-ATTTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAAC
128 ATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * **
1854 AGACTATAATTCAATGTCTACTTAGTGAAACATGAAGAAAAACACATTTGTTGGCAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * *
1919 CTTTTATAGTCACCCATTCCTTGAAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATTGTTTTATAATCTTATA
66 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTCATA
* ** * *
1984 ATTGATTTTAAGCTGAAGGTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
131 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
*
2025 AGACTATAATTTAATGTCTACCTTA-AGAAACATGAAGAAAAA-ACATTCATT-GCTAAGAAAAG
1 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGC-AAGAAAAG
* * * * *
2087 TCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
64 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTCA
* *
2152 TAATTCATTTTCAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * **
2197 AGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAAAAACGTGAACAAAAACATATTCGTTATCAAGAAAAGTC
1 AGACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* *
2262 CCTTTATAGTCACCCATTCCATT-AAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTCA
66 CATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGA-TTTATAATCTCA
* * * * *
2325 TAATTGATTTGAAGTTAAATTTATTTGCATTTTTGATTAAAAC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * ** * *
2368 AGA-TAATAATTGAATGTCTACTTAGAAAAACGTGCAGAAAAATAGATTTGTTGACGAGAAAAGT
1 AGACT-ATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * **
2432 CCCTTTATAGTCACTCATTCCTTCAGAAGCGTTATTACTTACTTTAAATT-ATTTTATAATCTCA
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGA-TTTATAATCTCA
********** *
2496 TAATTGATTTTAAGTTGAATTNNNNNNNNNNTTTGGATAAAAC
129 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * *
2539 AGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGAG-AAGAAAAG
1 AGACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAA-CACATTCATTG-GCAAGAAAAG
* * * * * *
2602 TCTATTTATACTCATCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTC
64 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGA-TTTATAATCTC
* ********** * *
2666 ATAATAGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAT
128 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * * * * *
2710 AGACAATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCATGACAAGT
1 AGACTATAATTGAATGTCTA-CTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * *
2774 TTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCAT
65 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTCAT
2839 AATTGATTTTAAGTTGAATT
130 AATTGATTTTAAGTTGAATT
Statistics
Matches: 1064, Mismatches: 250, Indels: 62
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 120 0.11
170 112 0.11
171 682 0.64
172 61 0.06
173 84 0.08
174 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AGACTATAATTGAATGTCTACTTAGAGAAACATGAAGAAAAACACATTCATTGGCAAGAAAAGTC
CATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGATTTATAATCTCATA
ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
Found at i:2386 original size:514 final size:507
Alignment explanation
Indices: 1622--2858 Score: 1349
Period size: 514 Copynumber: 2.4 Consensus size: 507
1612 NNNNNNNNNN
* * * *
1622 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTATTTTAA-TTTTTTATATTTTTGGATAAAACAGA
1 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * *
1686 CTATAATTGAATG-CTTGTCTCAAGAGACGTGTAGAAAAAGTCATTCATTGAGAAGAAAAGTCCA
65 CTATAATTGAATGTC-T-ACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAT-ATTCATT-ACAAGAAAAGTCCA
* ** * * *
1750 TTTAGAGTCAGTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTGA-TTTGTAATCTCATAA
126 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTCATAA
* * *
1814 TT-ATTTTTTAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTA
190 TTGA-TTTTAAGTTGAATTTATTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTA
** * * *
1878 GTGAAACATGAAGAAAAACACATTTGTTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCACCCATTCCTTGA
254 GAAAAACATGAAGAAAAACACATTTGTTGACAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
1943 AAAGCCTTATTACACGCTTGAAATTGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGCTGAAGGTT-TT
319 AAAGCCTTATTACACACTTGAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAA--TTATT
* * *
2007 TATATTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-ACAT
382 TATATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACAT
** * *
2071 TCATTGCTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCAATTCCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTT
447 TCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
2132 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTCAGTTGAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTT-AGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
* * * * *
2197 AGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAAAAACGTGAACAAAAACATATTCGTTATCAAGAAAAGTC
62 AGACTATAATTGAATGTCTACTCA-AGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTA-CAAGAAAAGTC
*
2262 CCTTTATAGTCACCCATTCCATT-AAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAT
124 CATTTATAGTCACCCATTCC-TTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCAT
* * * * *
2326 AATTGATTTGAAGTTAAATTTATTTGCATTTTTGATTAAAACAGA-TAATAATTGAATGTCTACT
188 AATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTACATTATTGATTAAAACAGACT-ATAATTCAATGTCTACT
* * * * * *
2390 TAGAAAAACGTGCAGAAAAATAGATTTGTTGACGAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACTCATTCCTT
252 TAGAAAAACATGAAGAAAAACACATTTGTTGACAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTT
* * ** * * **
2455 CAGAAGCGTTATTACTTACTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTNNN
317 CAAAAGCCTTATTACACACTTGAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATT-AT
******* * * *
2520 NNNNNNNTTTGGATAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
381 TTATATTTTTAGATAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACA
* * **
2585 TTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATACTCATCAATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTGGCTT
446 TTCATTGAGAAGAAAAGTCTATTTATACTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ********* * *
2647 TAAATTATTTTATAATCTCATAATAGATTNNNNNNNNNNTTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAG
1 TAAATTGTTTTATAATCTCATAAT-TATT-TTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * **
2712 ACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCATGACAAGTTTA
64 ACTATAATTGAATGTCTA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAA-ATATTCATTA-CAAGAAAAGTCCA
* * *
2777 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTC-TTACTCGTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATAA
126 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAA
2841 TTGATTTTAAGTTGAATT
190 TTGATTTTAAGTTGAATT
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 103, Indels: 37
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 30 0.05
511 5 0.01
512 4 0.01
513 149 0.25
514 329 0.54
515 87 0.14
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TAAATTGTTTTATAATCTCATAATTATTTTAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAC
TATAATTGAATGTCTACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAATATTCATTACAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATT
TTAAGTTGAATTTATTTACATTATTGATTAAAACAGACTATAATTCAATGTCTACTTAGAAAAAC
ATGAAGAAAAACACATTTGTTGACAAGAAAAGTCCCTTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
TATTACACACTTGAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTATTTATATTTTT
AGATAAAACAGACTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTGAGA
AGAAAAGTCTATTTATACTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
Done.