Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401168.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_432.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2224
ACGTcount: A:0.27, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 631 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:319 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1346 Score: 1387
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
* * * * * * * *
1 ACTATAAATAGACATTTATTGTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTGA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * *
66 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTACGAGATCATAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
131 AACAATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTG
129 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * *
173 ACTATACAA-GGTCTTTTCTTCTAAATGAATGACTTTTTCTGT-ATATTTCTTGAGGCAGGCATT
1 ACTATA-AATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAGGTAGACATT
*
236 CAATTATAGTCTGTTATAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
63 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* *
301 AAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAT-
128 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTG
* * * * *
344 ACTATAAATGAACTTTTCTTACT-AATGGATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAAACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * * *
408 AATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATA
64 AATTATAGTCTGTTTTAACCA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * * * *
472 AAATAATTTTTAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAG
128 AAACAA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * * *
516 ATTATAGATGGACTTTT-TTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATAAAAATTT
1 ACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACA-TT
* * * * *
579 CAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATCATA
63 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * **
644 AAGCAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCCGTTGAAGGAATGGGTG
128 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * * * *
687 ATTATAAATGAACATTTCTTCTCGATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * * *
752 ATTATAGACTGTTTTAACTAAAAATGCAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAAT
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * ** * *
817 ACCATTTAAAGCGATTAATATGATTTTTAAAGGAATAGGTG
130 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * **
858 ACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * * *
923 ATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAGTTATGAGATCATGAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * *
988 GCAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTG
130 ACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * ** *
1029 ACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCA
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
* * * * * * * * *
1094 ATTATAATCTGTTTTATCCAATAATGTGAAAAAAATTTAATTTAAAATAAATTTTTAGGTTATAA
65 ATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * * * *
1159 AACCATTTAAAGCAAATAATGAGGCTTCTGAAGGAATGGGTG
129 AACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
* * * ** *
1201 ACAATAAATAGACTTTT-TTCTCAATAAATGGCTTTTT-TTGCACATTTGTTGAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTCTT-CATGTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * * * * *
1264 AATTATAGTCTTTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATTAGATTAT
64 AATTATAGTC--TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* *
1329 AAAACCATTTAAATCGAG
127 AAAACAATTTAAAGCGAG
1347 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 974, Mismatches: 178, Indels: 44
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 9 0.01
171 613 0.63
172 332 0.34
173 20 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAA
TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTG
Found at i:627 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 22--1346 Score: 1430
Period size: 343 Copynumber: 3.9 Consensus size: 342
12 ACATTTATTG
* * *
22 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATTGAATTATAGTCTGTTTTAACCAA
1 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CAT
* * * * *
87 AAAAGTTAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTACGAGATCATAAAACAATTTATAGCAAGTAATA
65 AAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* * * *
152 AGGCTTTTGAA-AGAATGGGTGACTATACAA-GGTCTTTTCTTCTAAATGAATGAC-TTTTTCTG
130 AGGCTTTTGAAGA-AATAGGTGACTATA-AATAGACTTTTCTTCTCAATGAATG-CTTTTTTCTG
* * * * * *
214 TATATTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTATAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACT
192 CATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACT
* * * *
279 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTGGAT
257 TAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAA-TGGGT
344 -ACTATAAATGAACTTTTCTTAC
321 GACTATAAATGAACTTTTCTT-C
** * * *
366 T-AATGGATGCTTTTTTCTTCACGTTTCTTCAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATA
1 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATA
* * * * * * *
430 AAATTTTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAATAATTTTTAAGCGAGTACTA
66 AAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAA-TTTAAAGCAAGTAATA
* * * * **
495 AGGCTTTTGAAGAAATAGGAGATTATAGATGGACTTTT-TTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTTA
130 AGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTT-CTCAATGAATGCTTTTTTCTGCA
* * * * * * *
558 TGTTTCTCGAGATAAAAATTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACTT
194 TATTTCTCGAGGTAGACA-TTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * *
623 AAAATCAGTTATGAGATCATAAAGCAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCCGTTGAAGGAATGGGTGA
258 AAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGA
* *
688 TTATAAATGAACATTTCTTC
323 CTATAAATGAACTTTTCTTC
* * * * * *
708 TCGATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGACTGTTTTAAC-TA
1 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAT-
** * * * * *
772 AAAATGCAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGATTAATA
65 AAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATA
* ** * * * * *
837 TGATTTTTAAAGGAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
130 AGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTCTGCAT
* * *
902 GTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
195 ATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAA
* * * *
967 AATCAGTTATGAGATCATGAAGCAATTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGACT
260 AATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGACT
1032 ATAAATGAACTTTTCTTC
325 ATAAATGAACTTTTCTTC
* * * *
1050 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTATCCA-
1 TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTA-ACAT
* * * * * * * * * *
1114 ATAATGTGAAAAAAATTTAATTTAAAATAAATTTTTAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAATAAT
65 AAAAT-TTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * * *
1179 GAGGCTTCTGAAGGAATGGGTGACAATAAATAGACTTTT-TTCTCAATAAATGGCTTTTTT-TGC
129 AAGGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAAT-GCTTTTTTCTGC
* * * * *
1242 ACATTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTTAAC
193 ATATTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTC--TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAAC
* * * * * *
1307 TCAAAATTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAATCGAG
256 TTAAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAG
1347 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 148, Indels: 34
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
341 1 0.00
342 339 0.42
343 415 0.51
344 61 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (342 bp):
TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATA
AAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAATAA
GGCTTTTGAAGAAATAGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGCTTTTTTCTGCATA
TTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAA
ATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTGACTA
TAAATGAACTTTTCTTC
Found at i:1068 original size:514 final size:512
Alignment explanation
Indices: 1--1341 Score: 1497
Period size: 514 Copynumber: 2.6 Consensus size: 512
* *
1 ACTATAAAT-AGACATTTATTG-TCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTTTTGAGGTAGACATT
1 ACTATAAATGA-AC-TTTTTTGCTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATT
* * * *
64 GAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAAGTTAAAAAAATTCAACTTATAATCAATTACGAGATCAT
64 CAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAA-TTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCAT
* * * **
129 AAAACAATTTATAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATACAA-GGTCTTTTCTT
127 AAAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATA-AATGAAC-TTTCTT
* * * * * *
193 CTAAATGAATGACTTTTTCTGT-ATATTTCTTGAGGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTTATAACC
190 CTCAATAAATGGCTTTTTCT-TCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACC
* *
257 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCAAGTAAT
254 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAAT
* * * * *
322 AAGGCTTTTGAAGGAATTGGATACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGGATGCTTTTTTCTTCA
319 AAGACTTTTAAAGGAATAGGATACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCA
* *
387 CGTTTCTTCAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATAAAATTTTAAAAAATTCAACTTA
384 CGTTTCTTCAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTA
* * * * * * * *
452 AAATTAATTATGAGGTTATAAAATAATTTTTAAGCGAGTACTAAGGCTTTTGAAGAAATAGGAG
449 AAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGAAATAGGAG
* * * * * * * * * * *
516 ATTATAGATGGACTTTTTTGC-CAATGAATGCTTTTTTCTTTATGTTTCTCGAGATAAAAATTTC
1 ACTATAAATGAACTTTTTTGCTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACA-TTC
* *
580 AATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATCTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATCATAA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAA
* * * * *
645 AGCAATTCAAAGCGAGTAATAAGGCCGTTGAAGGAATGGGTGATTATAAATGAACATTTCTTCTC
129 AACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAAC-TTTCTTCTC
* * * * * *
710 GATTAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGACTGTTTTAACTAAAA
193 AATAAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAA
* * * * * *
775 ATGCAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATGAGATTATAATACCATTTAAAGCGATTAATATGA
258 ATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGA
* *
840 TTTTTAAAGGAATAGG-TGACTATAAAT-AGACTTTTCTT-CTTAATGAATGCCTTTTTCTTCAT
323 CTTTTAAAGGAATAGGAT-ACTATAAATGA-ACTTTTCTTAC-TAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
*
902 GTTTC-TCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCA-AAAATATAAAAAAATTCAACTT
385 GTTTCTTC-AGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-CATAAAATATAAAAAAATTCAACTT
* * * * * *
965 AAAATCAGTTATGAGATCATGAAGCAA-TTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGGAATGGGTG
448 AAAATCAATTATGAGATCATAAAACAATTTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGAAATAGGAG
* *
1029 ACTATAAATGAACTTTTCTT-CTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACATTTCTTAAGGTAGACATTC
1 ACTATAAATGAACTTTT-TTGCTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTC
* * * * * * * * * *
1093 AATTATAATCTGTTTTATCCAATAATGTGAAAAAAATTTAATTTAAAATAAATTTTTAGGTTATA
65 AATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAAT-T-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATA
* * * * *
1158 AAACCATTTAAAGCAAATAATGAGG-CTTCTGAAGGAATGGGTGACAATAAAT-AGACTTTTTTC
128 AAACAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTT-TGAAGGAATGGGTGACTATAAATGA-ACTTTCTTC
* * *
1221 TCAATAAATGGCTTTTT-TTGCACATTTGTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTTTAAC
191 TCAATAAATGGCTTTTTCTT-CATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTC--TGTTTTAAC
* * * *
1285 CAAAAATATAAAAAAATTTAACTCAAAATTAATTATTAGATTATAAAACCATTTAAA
253 CAAAAATGTAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
1342 TCGAGNNNNN
Statistics
Matches: 684, Mismatches: 123, Indels: 38
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 2 0.00
513 132 0.19
514 462 0.68
515 88 0.13
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (512 bp):
ACTATAAATGAACTTTTTTGCTCAATAAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGACATTCA
ATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATCATAAAA
CAATTTAAAGCAAGTAATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTCTTCTCAAT
AAATGGCTTTTTCTTCATATTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGACTT
TTAAAGGAATAGGATACTATAAATGAACTTTTCTTACTAATGAATGCCTTTTTCTTCACGTTTCT
TCAGGTAAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACATAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAA
TTATGAGATCATAAAACAATTTTAAAACGAGTAATAAGGCTGTTGAAGAAATAGGAG
Done.