Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018401170.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_4321.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6682
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.12, T:0.32
Warning! 758 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3026 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2154--4805 Score: 2257
Period size: 171 Copynumber: 15.6 Consensus size: 171
2144 NNNGTTGATT
** * * *
2154 TTTTTTTACA-TTTTAATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAATA--TGAAGCA
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* * * * * * *
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* *
2281 GCTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATTATTTTTAAGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
2324 TTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGATTGTTTGCTTTTACG-AAATGCGAAGCA
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* * * * *
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64 AAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
2453 GCTTTAAATGGTTCTATAGTCTCATAATTGATTTTAGGTT-AA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
** * * *
2495 GTTTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATATATTATAATT-ATATGTCTGCCTTA-AGAAACATGAAG
1 --TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAG
* * * * * * *
2558 CAAAAGCCATCCATT-----GATAAGTTTATTTATATTCACTCAAGCCCTT-TAAAACTTTATTA
62 CAAAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCGAAAGCCTTATTA
** *
2617 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGTTTTTAAGTTTAA
126 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * ** * *
2663 -TATTTTACATTTTTGTTTAAAACAGATAATAATTGAACATCTG-CTTCAGGAAACGTGAAACAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGAAAACGTGAAGCAA
** * * * * * * * * * *
2726 AAGTAACCAATTAGCAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCTAGCATTTGGAAGTCTTATTACTCA
65 AAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
2791 CTTTAAGTTGTTTTATACTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAG
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
** * * * * * *
2833 TTTTTTTTTATTTTTAGTTAAAATATACTATAACTAAATGTCTGCCTTAGAAAACATGAAGCAAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAA
* * * * * * *
2898 AGTCATCTATTGGAAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTCAATCCTTTGAAAGCCTCATTACTTGC
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* *
2963 TTTAAATAG-TTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAA
131 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * ** *
3003 TTGTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATAATAATTGAATGTCTG-TTTGGGCAACATGAAGCAA
1 TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAA
* * * * * * *
3067 AAGACATCGATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCCAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCG
65 AAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
3132 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTACGTTGAG
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
3174 TTTTTTTTCATTTTTGGTTAAAATATATTACAACTAAATGTCTACC-TCGAGAACGGTGAAGCAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAAC-GTGAAGCAA
* * * * * *
3238 AAGTCATCCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATATTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTG
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*
3303 CTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAA
130 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG-AA
* * *
3346 TTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTAG-CTTAGAAAACGTGAAGCA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGAAAACGTGAAGCA
* * * * * * *
3409 AAAGTCATCTATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATATTCACCCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTT
64 AAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* *
3474 ACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * *
3517 TTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGA-TATTAATTGAATGTCTGTCTCA-AGAAACGTGAAGGA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTA-TAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGCA
* * * ** *
3580 AAAACCAT-TCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTAC-
64 AAAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
3643 CTGTTTTATATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
128 C-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
3688 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAGGAAATGTGATGTAAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAA
* *
3753 AGCCAT-TCATTGGCAAGAGAAGTGTATTTATAGTCACTCATA-CCTTCGAAAGCCTTATTACTC
66 AGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCA-AGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * *
3816 GCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAT
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
3859 TTTTTTTACATTCTTGGTTAAAATAGACTATATTTGAATGTGTACCTT-GAGAAATGTGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGCAA
*** ** *** * * *
3923 AAATTAT-TCATTGGTGAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-CTATTTCTTCAAAAGCCCTATTATT
65 AAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
3986 TGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCAATTTTAAGTTGAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * * *
4030 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTAAATGTTTG-CTTCA-AGAAACATGAATC-
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AGA-AAACGTGAAGCA
* * * * * * * * *
4092 AAAGCCATCCACTGTCAAGAAAATGTCCATTTGTCGTCACTCAAGCATTCAAAACCCTTATTACT
64 AAAGCCATCTATTGGCAAGAAAA-GTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* * *
4157 CGCCTTAAATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
4201 TTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAGATTATATTTAAATATTTACCTTAGAAAATGTGAAG-AAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAA
* * * * * *
4265 GAGCCAT-TAATTGACAAGAAAA-CCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGTCTTATTACTT
66 -AGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTC
* * * * * *
4328 ACTTTAAATGGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTAAAGTT--T
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * ** * * * *
4369 TTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATAAATAATAGCTGAATGTTTACCTCAAGAGATA--TGAAGCA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAGA-AAACGTGAAGCA
* * * * * * * *
4432 AAAGCCATCCATTAGTAGGAAATGTCTATTTATATTCACACAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTT
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* * * * *
4497 TCTTTAAATGATTTTATAAGCTCCTAATTGATTTTAAGTT-AA
129 GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* * * ** * * * * * *
4539 ATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATAATAGCTAAATGTCTACCTCAGGAAACATGATA-TAA
1 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGA-AGCAA
* * *
4603 AAGCCAT-TCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATG-CTCCGAAAGCCTTATTACT
65 AAGCCATCT-ATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA-GCCTTCGAAAGCCTTATTACT
* *
4666 CGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGA
128 CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGA-A
* * *
4710 -TTTTTTACAATTTTT-GTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGTCTTA-AGAAACGTGAAGCA
1 TTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGA-AAACGTGAAGCA
* * * *
4772 AAAGCTATCTGTTAGCAAGAGAAGTCTATTTATA
64 AAAGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATA
4806 TCCAGTAAAG
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 407, Indels: 140
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 51 0.03
166 1 0.00
167 70 0.03
168 64 0.03
169 80 0.04
170 518 0.26
171 880 0.44
172 296 0.15
173 42 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGAAAACGTGAAGCAAA
AGCCATCTATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
Done.